The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
88
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structure length |
82
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Chain Sequence |
b'SLEIEELARFAVDEHNKKENALLEFVRVVKAKEQIDLTQEWVFTMYYLTLEAKDGGKKKLYEAKVWVKGLTNWKELQEFKPV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Generation of specific inhibitors of SUMO-1- and SUMO-2/3-mediated protein-protein interactions using Affimer (Adhiron) technology.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SUMO-Affirmer-S2D5
|
| source organism |
Synthetic construct
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
13
|
| structure length |
82
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N5H A; 3PS8 A; 5EQL A; 2BO9 B; 4N6L A; 1MNL A; 1A90 A; 1RN7 A; 4N6O B; 3UL5 A; 1GD4 A; 3SVA A; 1STF I; 4N6N B; 1R4C A; 3GAX A; 4TX4 A; 1EQK A; 1CYU A; 1IV7 A; 1FA3 A; 1YVB I; 1GD3 A; 5A0O B; 4N6M A; 1DVC A; 4N6V 0; 3MWZ A; 1N5P A; 3Q2P A; 3S67 A; 1IV9 A; 3KFQ C; 1N9J A; 1A67 A; 1NB3 I; 1M9G A; 2W9P A; 1CEW I; 3L0R A; 1KWI A; 3QRD A; 3UL6 A; 1MOL A; 1G96 A; 5LC7 A; 1CYV A; 1ROA A; 3IMA B; 5ELU A; 1LXE A; 2CH9 A; 3K9M C; 1TIJ A; 1DVD A; 4IT7 A; 4N6T A; 2KXG A; 2OCT A; 3LH4 A; 1FUW A; 4LZI A; 4N6U A; 3PYJ A; 1NB5 I; 4CCV A; 4EYC A; 3KSE D; 5LC6 A; 4ZM8 A; 2O9U X; 2W9Q A; 3NX0 A; 3PXM A; 1WNH A; 5ELJ A; 1PFP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W4N A; 2FNQ A; 1VQP 3; 3FG1 A; 3GZB A; 3GZY B; 1OHO A; 1MNL A; 4XBY A; 2W6J H; 1OHP A; 1GOY A; 1QAL A; 1RN4 A; 4N6O B; 3LTC A; 3M8C A; 1OAC A; 3UL5 A; 3PCR A; 3DUK A; 3OWU A; 4HM8 B; 3EN8 A; 3Q1C A; 3CPW 2; 3LTA A; 2P0X A; 4KVH A; 5AEU B; 2E2V A; 1D6Y A; 1RGG A; 3AGO A; 3DH2 A; 1BUQ A; 1B2X A; 3NM2 A; 5BXQ A; 3LTB A; 3DGM A; 3LZA A; 8CHO A; 1IQ8 A; 3BLZ A; 3RNT A; 2PNC A; 1Q40 B; 3NBB A; 1LNI A; 2CHC A; 1IV7 A; 3CC2 3; 1BNG A; 1RSN A; 3HIG A; 2ZL8 A; 4WP5 A; 2W2C A; 2HMM B; 5A0O B; 3DM8 A; 3B4P A; 2WOF A; 1DVC A; 1MGR A; 1OCV A; 4JF8 A; 4U13 A; 4N6V 0; 2XSO B; 3LXU X; 3KE7 A; 3X3Z A; 3HI7 A; 1DE3 A; 1BSE A; 1UUW B; 1BSC A; 5M1A A; 4MMY B; 7STD A; 2GEY A; 1PU4 A; 1JBS A; 2F86 B; 1BRG A; 3BNE A; 1JZD A; 2Z77 A; 3KFQ C; 1BVI A; 1JB2 A; 1UGI A; 3OW2 2; 1ZGX A; 5IG5 A; 1YVS A; 3CCR 3; 1FGT A; 4K90 B; 3I56 3; 3WA3 A; 2OTJ 3; 1MWT A; 1FGR A; 1LQM B; 1OF5 B; 3L0R A; 3PGB A; 3A5E A; 6RNT A; 3CNX A; 5G1K A; 2CG0 A; 4J5K A; 3AHW A; 1RRH A; 3F9S A; 1G96 A; 4OUQ A; 2UUG C; 1DMM A; 1VQQ A; 5RNT A; 2MF7 A; 1VQ9 3; 1T3B A; 3IMA B; 1RNB A; 1X1Y A; 2L4V A; 1MGW A; 3N9H A; 1CH0 A; 4H61 A; 3ZG0 A; 6GSP A; 1VQ5 3; 2CFL A; 2H0G A; 4DKI A; 1LNH A; 2AAE A; 1K73 4; 2W0Q A; 2Y74 A; 3OWS A; 2CFG A; 3DXO A; 4EW5 A; 2H0I A; 2CH9 A; 1I70 A; 1IQX A; 3N54 B; 4HM0 B; 1JB4 A; 1C7H A; 1M90 4; 1RTU A; 2ML5 A; 1OUN A; 5KP4 A; 3F8H A; 1GOU A; 1UGH I; 1TU5 A; 2MC8 A; 1RLS A; 1TP6 A; 2CFD A; 4WFO A; 2OOV A; 1I2E A; 2YFI B; 4J8T A; 5CF1 A; 1VQ7 3; 1O7M B; 2V1L A; 4IT7 A; 3SYU A; 5JPU A; 1G0T A; 1B2U A; 1M1X B; 1RN1 A; 1K9M 4; 3WMD A; 1IVV A; 2KXG A; 1Z1S A; 2OCT A; 1FYS A; 4L7K A; 4BIR A; 1HU9 A; 1MWS A; 3KSP A; 1US1 A; 3OWY A; 2W03 A; 4FCJ A; 4L8P A; 4XB5 A; 1YIJ 3; 2HML B; 1I2F A; 3ROB A; 4BU4 A; 1N9E A; 1UCJ A; 4LZI A; 5HOH A; 3FF2 A; 4N6U A; 1V57 A; 5FGO A; 1FUS A; 3EX9 A; 5AIH A; 3E99 A; 4BTY A; 3CPO A; 4FMA A; 1YI2 3; 4X2H A; 4NPB A; 2I9W A; 4MMZ B; 2BMR B; 1FGO A; 3GZX B; 1B20 A; 2YX9 A; 3F8X A; 2F56 A; 2O9U X; 2HMK B; 3EN1 B; 3OXA A; 1BNI A; 1WQL B; 3OV4 A; 4HZ9 B; 1N8R 4; 5CLK A; 1X1U A; 1QVF 2; 3B4O A; 1BAN A; 1NNV A; 3DGL A; 3EE1 A; 3DGN A; 3AHS A; 3X40 A; 2F5M A; 1BRS A; 3K0Z A; 2XF3 A; 5D82 A; 3CCV 3; 3NBR A; 3SOA A; 1IT8 A; 2KRT A; 3HZP A; 1WNH A; 3FCS B; 1I2G A; 3NV0 A; 4BL2 A; 5AYS C; 4LMI A; 1N5H A; 1X1X A; 3PS8 A; 2YFJ B; 1A90 A; 4I4K A; 4LGQ A; 5D83 A; 3T8U A; 2Z6B A; 1I3I A; 3X41 A; 1LVN A; 1YIT 3; 2XRX B; 4HBR A; 3SVA A; 1RNT A; 2INX A; 1SJW A; 3BIR A; 4N6N B; 5CF2 A; 2Z76 A; 3ZFZ A; 1BNR A; 3NQY A; 1Q82 4; 5EVH A; 1JKG A; 1UCI A; 4BTW A; 3UB1 A; 1V58 A; 4NHF A; 2F99 A; 1LOX A; 1X1W A; 3GAX A; 4TX4 A; 3FG3 A; 1BAO A; 2CFK A; 1IVX A; 2Z7A A; 2B1X B; 4HAA A; 4HJL B; 4HM7 B; 1BRJ A; 4XM4 A; 1YJW 3; 1YHQ 3; 2CC3 A; 1CYU A; 2AAD A; 3CU3 A; 3HX8 A; 1FA3 A; 3LTD A; 1GOV A; 1RGE A; 1Q42 A; 3MSO A; 3RGA A; 3CD6 3; 4R9L A; 3G71 3; 1SIH A; 1BGS A; 1W00 A; 1FGQ A; 1ZX2 A; 2KF6 A; 3CCL 3; 3GZR A; 3JUN A; 2HMJ B; 1R4Y A; 1EG9 B; 1U8C B; 2BT3 A; 3SED A; 3CMA 3; 1UCK A; 1Y4K A; 4KFE A; 2BIR A; 1ULJ B; 1RDS A; 3WHO A; 3WR2 A; 4XBT A; 1NDO B; 1N8Q A; 1YGE A; 1Q7H A; 1M9G A; 2W04 A; 4RNY A; 2ZDJ A; 2CIU A; 1IVU A; 2BMO B; 1K41 A; 3EF8 A; 3K63 A; 2F98 A; 5AYR B; 3S5C A; 5EEO A; 3SXX A; 3QRD A; 1MOL A; 2HOH A; 5BU4 A; 5LC7 A; 3LOY A; 3EBY A; 3U97 A; 3LT8 A; 9RNT A; 2CX1 A; 3AMO B; 1B2Z A; 1A2K A; 1ROA A; 3KCH A; 1DET A; 1T2I A; 8RNT A; 4HM1 B; 2CWV A; 1I3F A; 2QEX 3; 5ELU A; 1NJI 4; 1BU4 A; 4HM4 B; 3MG1 A; 1FW7 A; 4R1K A; 1RKY A; 2YFL B; 4OVM A; 1VZZ A; 2BNG A; 1BSD A; 7RNT A; 1RHL A; 3EJV A; 3BU4 A; 3FZW A; 2P05 A; 3FG4 A; 3NBJ A; 1B21 A; 1DVD A; 1TRP A; 1OGX A; 1PY3 A; 4I5Q A; 5DRE A; 4GB5 A; 5KP3 A; 1W02 A; 5HGR A; 1T2H A; 1EUI C; 1AQZ A; 3CC7 3; 1Q40 A; 4O2H A; 2C11 A; 4Q53 A; 3X3X A; 2R41 A; 3KKG A; 1BNE A; 3NHX A; 2CG1 A; 1O7G B; 1FUW A; 3JUP A; 1BIR A; 1GSP A; 4AKY A; 3G4S 3; 2B24 B; 1A2V A; 3FH1 A; 2RBI A; 3JUM A; 4R9K A; 1BSB A; 1NB5 I; 1JZO A; 3QK9 A; 5TGN A; 4EYC A; 3MG3 A; 3V99 A; 3LML A; 4HYZ A; 1OGZ A; 2R4I A; 4X2O A; 3ZG5 A; 1SPU A; 2Q07 A; 2UGI A; 4K1V A; 4MMX B; 1KSI A; 3EHC A; 5BIR A; 1UDI I; 5M19 A; 5AII A; 2UX0 A; 1BRK A; 2GU1 A; 1OF5 A; 1ROV A; 2RFR A; 3B8L A; 3BND A; 1VQO 3; 2OTL 3; 1RRL A; 3RDE A; 3PXM A; 2WOH A; 3TDG A; 4FMC A; 1AR0 A; 1VQL 3; 1F8N A; 1TFO A; 1B3S A; 1LOW A; 4L8O A; 3MKI A; 4WYK A; 2K0M A; 3Q90 A; 3PZW A; 3F40 A; 3A76 A; 4FMD A; 4HM6 B; 2XFT A; 3B7C A; 5EQL A; 1NWW A; 5IF6 A; 1A2P A; 2QGU A; 1BRN L; 2BMQ B; 2IUJ A; 1NU3 A; 1UW1 A; 1WMN A; 2D42 A; 3DZL A; 3IPT A; 1RN7 A; 3X42 A; 2LYX A; 3ER7 A; 3UNL A; 3T8N A; 1T5Y A; 1IVW A; 1W2B 2; 1I0V A; 3BNB A; 3S28 A; 1IYY A; 3DGY A; 1R4C A; 1JN5 B; 2L1S A; 4CJN A; 4QWT A; 4JRF A; 4EV2 A; 4H3U A; 3LT9 A; 2RNT A; 1UUV B; 1EEJ A; 1K28 A; 6STD A; 1AVL A; 2RCD A; 1BNS A; 2K3D A; 3V98 A; 4NRE A; 5IEP A; 1YJN 3; 1W5Z A; 1DYU A; 1WTH A; 4RZM A; 1SQW A; 1QJG A; 4MJD A; 4HKV B; 1YVB I; 1GD3 A; 1GMP A; 1BNF A; 3I0Y A; 2E2T A; 2M7O A; 2KAA A; 1O7W B; 3D79 A; 1RJO A; 4HM5 B; 5STD A; 3WOF B; 4EC6 A; 3G6E 3; 3MWZ A; 3U1W A; 3MPH A; 2IA7 A; 4KFF A; 1JBT A; 2HMN B; 4KT3 B; 3Q3F A; 1W7C A; 4EXR A; 5JBS A; 1TUH A; 2OWP A; 2C4B A; 2ZHX B; 2XFS A; 1RCL A; 1ULI B; 1UCL A; 1OPY A; 2W9P A; 1K8A 4; 3NM7 A; 2W56 B; 3SOY A; 4LSO A; 3UL6 A; 1ZS7 A; 1BSA A; 1FZU A; 2RGQ A; 3RGR A; 1RGH A; 2E2U A; 3KII A; 4WWU C; 5IEN A; 4BTX A; 1BOX A; 2P0M A; 1IU7 A; 2RSX A; 1UI8 A; 2P09 A; 4K1U A; 4MEI A; 4O02 B; 3OX9 A; 1E97 A; 4XDW A; 1Q9E A; 3EC9 A; 5KP1 A; 3CCM 3; 3NUV A; 4J5G A; 3D5G A; 4O8S A; 3D5I A; 4ILF A; 1ASK A; 1LOV A; 1LXE A; 3URP A; 3K9M C; 2SBL A; 4HOH A; 3IJE B; 1JNQ A; 1HKX A; 1ZO2 A; 2IUK A; 1BRI A; 3WOE B; 1W6Y A; 2H0H A; 2QIY A; 4XBX A; 5IW9 A; 2OOV C; 5AI1 A; 1TIJ A; 1LQG C; 1DMN A; 2CK3 H; 4HM2 B; 3PCS A; 3K7C A; 2P38 A; 2A15 A; 4R4K A; 4N6T A; 5G2G A; 1QAF A; 4EV5 A; 1BUJ A; 4OK0 A; 3KN4 A; 1JV2 B; 4CDL A; 4WHA A; 1G02 A; 2OQE C; 1IT7 A; 1O7N B; 3CCE 3; 3CCQ 3; 1QMA A; 3LH4 A; 1VQK 3; 1UI7 A; 3K5T A; 1UUG B; 4RNT A; 2ML6 A; 4XDV A; 4HZB B; 3HOH A; 3PYJ A; 4CCV A; 5IG4 A; 3CME 3; 3GWR A; 1VQ8 3; 3DY5 A; 1AY7 A; 1MWU A; 1VQM 3; 1GY6 A; 3KSE D; 3EB8 A; 1RGA A; 1HZ1 A; 1MWR A; 1JJ2 2; 5LC6 A; 1W01 A; 2HMO B; 3D4A A; 1NO3 A; 1STD A; 3DMC A; 2IY2 A; 1TTO A; 2W9Q A; 3F7S A; 3T0U A; 3NX0 A; 2IMJ A; 1S72 3; 4HM3 B; 3F7X A; 1IK3 A; 3VSY A; 1VQ4 3; 3V92 A; 3CC4 3; 1I8V A; 2SAR A; 3ALA A; 3CCS 3; 2XH9 A; 2KF3 A; 1VQN 3; 3F14 A; 2GU3 A; 4R80 A; 1YNV X; 3JUO A; 1GMQ A; 3AMO A; 4RBN A; 1AVK A; 3D9R A; 2BO9 B; 4N6L A; 4CPK A; 3EQQ B; 3MHE A; 1GY5 A; 4FCM A; 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