The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
|
sequence length |
184
|
structure length |
184
|
Chain Sequence |
HMLWARLVGLARLEARALSKKERRSLLERLKPYYTRIPFSEKADLRLVKARTDSGEYEIITVDGVPCLFEWSDGRIYPTLQCLKAFGVDWLKGVVLVDKGAAIALAKGAHLMIPGVVGVEGSFTRGDVVAALYHETRTPVMVGVAEVDSSALEKLYREKARGRAVRRVHRLGDALWELAQEVGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a PUA domain (APE0525) from the Aeropyrum pernix K1 (tartrate complex)
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Aeropyrum pernix
|
| molecule keywords |
hypothetical protein APE0525
|
| total genus |
48
|
| structure length |
184
|
| sequence length |
184
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01472 | PUA | PUA domain |
| A | PF09183 | DUF1947 | Domain of unknown function (DUF1947) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 | PUA domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Pre-PUA domain; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J5T A; 2Q07 A; 2J5V A; 4DMG A; 1IQ8 A; 1R3F A; 2AB4 A; 2CWW A; 1WXW A; 1T5Y A; 1SGV A; 3VSE A; 3LDF A; 1ZS7 A; 1Q7H A; 2CX0 A; 1ZE2 A; 1ZL3 A; 3UAI A; 1IT8 A; 1SQW A; 2AS0 A; 3C0K A; 1K8W A; 1ZE1 A; 1J2B A; 1WXX A; 2CX1 A; 2P38 A; 4Q1T A; 3D79 A; 1R3E A; 1IT7 A; 2B78 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RCL A; 3NQZ A; 2XFS A; 2XF3 A; 4J9A A; 3X3X A; 1B2S A; 1UUG B; 2C11 A; 1IQ8 A; 3N8B A; 3GZX B; 2XGN A; 1LQG C; 2JQ5 A; 3GZR A; 1VQ7 3; 3HII A; 3BLZ A; 1NNV A; 1DYU A; 1FGO A; 3F7S A; 2QEX 3; 1BVI A; 4HOH A; 2KCD A; 1O7G B; 5KP1 A; 1PYL A; 1RNT A; 2V1L A; 2W0Q A; 3LWR A; 4XDV A; 5IER A; 1RNB A; 1CYU A; 1YGW A; 2C10 A; 2YFL B; 3F8X A; 5AYR B; 1ZGX A; 2FNQ A; 3JUP A; 5EEO A; 1T2I A; 1RGG A; 4AKZ A; 1LOX A; 3V98 A; 3D79 A; 1SJW A; 2CFG A; 3BB9 A; 3EBT A; 1K28 A; 3UJM A; 4EXR A; 5GSP A; 1NJI 4; 2AAE A; 2F86 B; 5BU4 A; 1VQ9 3; 3EN1 B; 4KZ1 A; 1OHO A; 3G6E 3; 3F9S A; 1IVW A; 3B4P A; 1R3F A; 3F8H A; 4EC6 A; 2AB4 A; 3BND A; 1UDI I; 2XRX B; 3FG3 A; 2GBX B; 1BRS A; 1GSP A; 3OXA A; 6GSP A; 3DZL A; 1MOL A; 3OWU A; 1HKX A; 2OWP A; 5IEO A; 5IW9 A; 1CYV A; 1IV7 A; 2OCT A; 2PZV A; 1US1 A; 4GL6 A; 1EEJ A; 1OPY A; 3LDF A; 1BNJ A; 1ZE2 A; 1D6Z A; 5FGO A; 3CCM 3; 1DMM A; 1JBS A; 3NHX A; 2WGO A; 2EY4 A; 1CEW I; 1GOV A; 3JUN A; 1VQQ A; 2GBW B; 3D4A A; 2P38 A; 1JNQ A; 4RNZ A; 3ER7 A; 3LML A; 1E97 A; 5JPU A; 3D3L A; 1K9M 4; 1Q40 A; 3M8C A; 4BU4 A; 1RGH A; 1AR0 A; 2K0M A; 3LWP A; 3DUK A; 4HM1 B; 3FH1 A; 3DXO A; 1SPU A; 3NQY A; 4OVM A; 2CWU A; 4AKY A; 1DMQ A; 3EQQ B; 4HZ9 B; 3NV0 A; 1W2Z A; 4O8S A; 1BSE A; 2UGI A; 3G4S 3; 1DMN A; 1OGZ A; 2R41 A; 1RLS A; 1ROA A; 3HOH A; 3S67 A; 5D83 A; 1Q9E A; 1IDP A; 1TRP A; 3FF0 A; 4OK0 A; 2K3D A; 4MMZ B; 2HVY A; 3I56 3; 1STD A; 3PZW A; 3MWZ A; 1BRI A; 3NM2 A; 3AGO A; 1ZE1 A; 1Y4K A; 3CCR 3; 4HZB B; 3O8Y A; 3F40 A; 1VQL 3; 3CCQ 3; 3M6U A; 2LQV A; 3H51 A; 2FRX A; 2RFK A; 2IUJ A; 1YVB I; 3MG1 A; 1LOV A; 3WMD A; 1OCV A; 4N6V 0; 4WYK B; 1FUW A; 1K41 A; 2W6J H; 3EX9 A; 4EV5 A; 3SYU A; 5CLK A; 1BAO A; 3B8L A; 1G02 A; 2O3O A; 1T5Y A; 3OX9 A; 2Z0T A; 4CI3 B; 1I2G A; 1RN7 A; 1MNL A; 4CJN A; 1O7M B; 1S72 3; 3SOY A; 4WP5 A; 3CC4 3; 1IQX A; 1WQL B; 4NHF A; 3MQK A; 1B2Z A; 4N3V A; 3NXJ A; 3LOY A; 2QA4 3; 2W9P A; 3IUW A; 3LH4 A; 1BRG A; 3EBY A; 4MMX B; 1ZL3 A; 3S28 A; 1AV4 A; 3RDE A; 3B4O A; 4BIR A; 3OW2 2; 1RDS A; 3LTA A; 1QVF 2; 1JB4 A; 2E2U A; 2IUK A; 2GSP A; 5BXQ A; 3FCS B; 1R4Y A; 3DGO A; 3CCL 3; 3WA3 A; 1OAC A; 1TJD A; 3FLJ A; 2UX0 A; 3AHW A; 4BL3 A; 1PU4 A; 3WOE B; 4FCZ A; 4TZ4 C; 3B7C A; 1I3F A; 2E2T A; 1B2X A; 1S5A A; 2BU4 A; 2WGQ A; 1T2H A; 3FZW A; 5RNT A; 3CC2 3; 1ISK A; 4H61 A; 1TE7 A; 2Z6B A; 2XR8 B; 3FKA A; 1RN1 A; 3SX1 A; 2CFD A; 2OQE A; 1JKG A; 4LMI A; 1GMQ A; 1OHP A; 3ROB A; 2RFR A; 3EN8 A; 4XBX A; 1STF I; 1AVL A; 4ZM8 A; 3LTC A; 2BO9 B; 3AMO A; 1SQW A; 2BHM A; 2O9U X; 1ULI B; 2WO0 A; 1K8W A; 3M6W A; 2GU3 A; 3DMC A; 3GRD A; 3K7C A; 4WHA A; 3CXC 2; 2GXF A; 4HM3 B; 1UGI A; 1GY7 A; 1AQZ A; 1X1U A; 2CIU A; 1R3E A; 1N8Q A; 1V74 A; 4RNT A; 4EYC A; 1N5P A; 3D5I A; 3DGY A; 1G96 A; 1XNE A; 3MYT A; 4K1U A; 3URP A; 2OOV A; 3WDG B; 1BRH A; 2CFK A; 4HM0 B; 5G2G A; 2XH9 A; 1T3B A; 5TGN A; 1GY5 A; 2YFI B; 1FGM A; 2BMQ B; 2HMK B; 5KP4 A; 4FCJ A; 1FGQ A; 2KF6 A; 3NBB A; 3PCR A; 3STD A; 1EUI C; 1UCI A; 3ZV0 C; 3HAX A; 3U28 A; 5EQL A; 3UNL A; 1KD1 4; 3A76 A; 2D42 A; 3UL5 A; 4I4K A; 2RSX A; 1O7H B; 1UI8 A; 4NRE A; 5M18 A; 4QWT A; 5LC6 A; 3S5C A; 3I55 3; 4HAA A; 1GD3 A; 1Q7H A; 1OF5 A; 5IG4 A; 1U5O A; 1B2U A; 1BSB A; 3QRD A; 8CHO A; 2F98 A; 1IT8 A; 2CG1 A; 1BSC A; 4HM5 B; 1WXX A; 3Q1C A; 2K54 A; 2KF3 A; 3GSP A; 3NX0 A; 3NM7 A; 3PYJ A; 2KKU A; 4HM8 B; 1PFP A; 5ELJ A; 3G71 3; 3JUQ A; 1I0V A; 3SOA A; 2GEY A; 5AII A; 6STD A; 3KZT A; 3F14 A; 2CH9 A; 1BNI A; 1RJO A; 3PXM A; 3BNB A; 3LYG A; 1SIH A; 1X1X A; 1BUJ A; 3SED A; 2F56 A; 1M1K 4; 2ZA4 A; 1RCK A; 1M1X B; 1LRA A; 1FZU A; 1WNH A; 4EV2 A; 3CCS 3; 4HM6 B; 2YX9 A; 3EB8 A; 4XDW A; 1W00 A; 4HJL B; 4I5Q A; 4MJD A; 5DRE A; 1AVK A; 3RGR A; 2F5M A; 3CC7 3; 5JBS A; 1VQO 3; 3C0K A; 2OQE C; 1MGR A; 1WMN A; 3KSE D; 4N6U A; 1GMR A; 1YI2 3; 1JBR A; 1VQ6 3; 5M19 A; 1NB3 I; 1YVS A; 2KXG A; 1F8N A; 3FG1 A; 1GMP A; 2PNC A; 3GWR A; 3MKI A; 1Q42 A; 2HMM B; 1O7P B; 1RMS A; 2M7O A; 3KKG A; 2Q07 A; 3HZP A; 5HGR A; 2Y73 A; 1HYF A; 4X2H A; 1YJN 3; 1IQY A; 1KWI A; 3CCE 3; 2P09 A; 3JVC A; 4FMD A; 2RCD A; 4HKV B; 4AEQ A; 1IVX A; 4EW5 A; 3FG4 A; 2OOV C; 8RNT A; 2F5W A; 1C54 A; 3X42 A; 3VF1 A; 1KSI A; 1K8A 4; 4O02 B; 1WTH A; 1DVD A; 4O3V A; 1FUT A; 3CME 3; 4U13 A; 1V57 A; 1DVC A; 1LNI A; 1RRH A; 1IK3 A; 1W6Y A; 1JJ2 2; 5LC7 A; 1I3I A; 4R1K A; 1BRN L; 2UUG C; 4N6T A; 3MPH A; 1JN5 A; 3DGM A; 4HVN A; 4PEJ A; 1GS3 A; 1AY7 A; 1IU7 A; 4RBN A; 1Q82 4; 1X1W A; 2XGL A; 2W56 A; 3KCH A; 4KVH A; 5A0O B; 4BTW A; 2R4I A; 5BVB A; 5AEU B; 1JBT A; 1B20 A; 1VQ4 3; 1B27 A; 1QMA A; 3HJY A; 1I2E A; 2H0G A; 2W9Q A; 3N9H A; 4N6M A; 1UCL A; 3D9R A; 2JDI H; 1TFK A; 1Q81 4; 2H0I A; 1LOW A; 3AGN A; 1BRJ A; 3UB1 A; 1VQK 3; 1JZO A; 1E3R A; 4LSO A; 1GY6 A; 2BNG A; 1MWR A; 3LTD A; 2IY2 A; 2CKF B; 2ZHX B; 3X40 A; 3QK9 A; 2HMN B; 1RKY A; 1GOU A; 1HZ1 A; 2XSO B; 2ZL8 A; 1OHS A; 1L5G B; 3T8U A; 2DP9 A; 1SII A; 2CC3 A; 2AUS A; 2GU1 A; 3LWQ A; 3M65 A; 4HYZ A; 3WHO A; 1JKG B; 1I2F A; 3BNC A; 4BL2 A; 1R4C A; 2B78 A; 2IMJ A; 4FMA A; 4WFO A; 1BIR A; 7RNT A; 4HM2 B; 4CDL A; 1D6Y A; 1YIJ 3; 4DKI A; 2XFT A; 2B1X B; 1VZZ A; 4CI1 B; 4DMG A; 3AMO B; 1IYY A; 1TIJ A; 1W01 A; 2Z7A A; 3CNM A; 1W2B 2; 1OUN A; 2CWV A; 4IIA A; 2STD A; 4GSP A; 1QVG 2; 3D5G A; 3U1W A; 1HU9 A; 3ZG0 A; 3EJV A; 4EBG A; 1EG9 B; 2L1S A; 1SGV A; 1BNG A; 4L8P A; 1TFO A; 4R9K A; 3AHS A; 3HI7 A; 3VSE A; 2W2C A; 3S27 A; 2CX0 A; 2P0M A; 1WMP A; 3JUM A; 5CXO A; 5AEW B; 3HX8 A; 3LWV A; 3NBJ A; 4J5K A; 4KFF A; 3PGB A; 2YFJ B; 4WYK A; 4MMY B; 2Z76 A; 3ZG5 A; 4BTX A; 2D1W A; 1WK2 A; 2H0H A; 3MSO A; 2P05 A; 2HMJ B; 3GAX A; 5G1K A; 1ZO2 A; 3X3Z A; 1NDO B; 2SBL A; 4IT7 A; 3DM8 A; 4KFD A; 1EA2 A; 3X3Y A; 2W03 A; 1M90 4; 1O7N B; 3PCS A; 4Q53 A; 3BNE A; 2BMO B; 3RGA A; 1MWS A; 1LQM B; 1DET A; 1BAN A; 2KAA A; 3J7Y d; 1YGE A; 3WOD G; 3V92 A; 2RNT A; 1FUS A; 6RNT A; 1E3V A; 1LXE A; 1FGT A; 4G1M B; 3EE1 A; 4XB5 A; 3Q2P A; 3SXX A; 1RGK A; 1ZS7 A; 5D81 A; 3LZA A; 4FCM A; 1B3S A; 3NUV A; 1LOY A; 1RHL A; 3CU3 A; 1GYB A; 5KP3 A; 1NU3 A; 3BIR A; 1NO3 A; 3K0Z A; 1LVN A; 4FR9 A; 4LGQ A; 1FA3 A; 4LZI A; 4N6O B; 9RNT A; 2FXT A; 3CCV 3; 4WWU C; 3U97 A; 5IG3 A; 5EVH A; 1ROV A; 2J5T A; 3LJC A; 3K63 A; 3KN4 A; 4TX4 A; 1BNR A; 3KFQ C; 7STD A; 1A2K A; 1EKM A; 1I0X A; 3FF2 A; 3ZFZ A; 3V99 A; 5HOH A; 1OGX A; 4XM4 A; 4JF8 A; 3CPO A; 2BT3 A; 4GB5 A; 5AI1 A; 3T8N A; 2KF5 A; 4CPK A; 3CD6 3; 1M9G A; 1BRK A; 2J8X B; 1Q40 B; 3LT9 A; 2SAR A; 2ZDJ A; 5IG0 A; 1YNV X; 3KSP A; 4K61 A; 4RZM A; 3UAI A; 3GZB A; 3Q3F A; 3IPT A; 4XBT A; 2I9W A; 5STD A; 4STD A; 3NV0 B; 1OH0 A; 4Q1T A; 1D6U A; 1UW1 A; 1RGE A; 1NWW A; 1QAL A; 1W4N A; 3RNT A; 1CQS A; 1PY3 A; 1TRQ A; 2XSH B; 1K73 4; 4GHO A; 1A2P A; 2ML5 A; 1IVV A; 3H3H A; 2CW9 A; 2WOH A; 1Q86 4; 1FW7 A; 1EQK A; 1BOX A; 3HJW A; 3WA2 X; 3M4X A; 4CCV A; 1WXW A; 1JN5 B; 3HK4 A; 3KII A; 1G0T A; 3OWY A; 4J8T A; 3M6V A; 5IG5 A; 2W56 B; 2P0X A; 1W02 A; 2A15 A; 2CHC A; 2FGT A; 3LWO A; 1N8R 4; 4HM4 B; 3VGN A; 1V58 A; 5IEP A; 1VQM 3; 1BU4 A; 1WMO A; 2CFL A; 1B21 A; 1N5H A; 1YJW 3; 1VQ5 3; 5AIF A; 3WR2 A; 1X1Y A; 2LYX A; 5IF6 A; 1BSD A; 4X2O A; 3UL6 A; 1KQS 2; 1ZBO A; 1BNE A; 1C7H A; 3G16 A; 5G1L A; 4K1V A; 3CCU 3; 3I0Y A; 3KE7 A; 1ULJ B; 1BGS A; 1W5Z A; 3G0K A; 1N9E A; 2IA7 A; 5AIG A; 5I97 A; 1FGR A; 1RTU A; 1UUW B; 3HIG A; 1B2M A; 2RBI A; 3S29 A; 3IMA B; 1JB5 A; 2KRT A; 4FMB A; 4K90 B; 3VSY A; 3MHE A; 4HM7 B; 2MF7 A; 2CWW A; 3OV4 A; 2B24 B; 4FMC A; 4KT3 B; 5ELU A; 1TU5 A; 1A90 A; 1RGL A; 3N54 B; 5AIH A; 2E2V A; 1BNF A; 3TDG A; 2HMO B; 1ASK A; 2IYJ A; 1RRL A; 1UUV B; 2QGU A; 1UCJ A; 3CPW 2; 3GZY B; 1TP6 A; 2E5O A; 1YIT 3; 2XEP A; 4LYL B; 4O2H A; 3LTB A; 3WOF B; 1W6C A; 3T0U A; 1BUQ A; 3CNX A; 1JV2 B; 1YJ9 3; 7GSP A; 1VQP 3; 2CG0 A; 2QIY A; 1QAF A; 3JUO A; 2RGQ A; 3DGN A; 5JPP A; 3IJE B; 3E99 A; 2ANE A; 1MWU A; 4NPB A; 4LEH A; 5M1A A; 2OTJ 3; 2F99 A; 3CMA 3; 2WOF A; 3FSD A; 5FW5 A; 1ZX2 A; 2CFW A; 3EHC A; 5BIR A; 1RSN A; 1I8V A; 1TUH A; 1Q7Y 4; 1W7C A; 5CF1 A; 2OTL 3; 4N6N B; 4R4K A; 3X41 A; 1A67 A; 2GEX A; 1KC8 4; 5CK6 A; 3EC9 A; 1JZD A; 1RN4 A; 4N6L A; 4L8O A; 3L0R A; 3M6X A; 3FGY A; 2L4V A; 3DGL A; 1LNH A; 2CK3 H; 1UCK A; 1JB2 A; 3Q90 A; 2APO A; 3BU4 A; 1MGW A; 4J5G A; 4OUQ A; 3NBR A; 3CCJ 3; 4ILF A; 4RNY A; 3LT8 A; 3OWS A; 1S04 A; 2CWT A; 3LXU X; 1MWT A; 1U8C B; 1QAK A; 2KF4 A; 4ORL A; 1I70 A; 1VQN 3; 5IEN A; 4XBY A; 5DRV A; 2ML6 A; 5AYS C; 2Y74 A; 2MC8 A; 1TTO A; 3MG2 A; 1N9J A; 1RGC A; 1IT7 A; 2INX A; 1Z1S A; 1GD4 A; 1CH0 A; 3A5E A; 1IV9 A; 1OF5 B; 2J5V A; 1DE3 A; 3SVA A; 4CI2 B; 1BNS A; 1FYS A; 2C4B A; 1W6G A; 2Z77 A; 3G8Z A; 1VQ8 3; 1BSA A; 4MEI A; 3DY5 A; 4BTY A; 4JRF A; 4R9L A; 1RGF A; 1JRQ A; 2F4Y A; 4H3U A; 2AAD A; 4L7K A; 2HOH A; 4IPB A; 1RGA A; 1UGH I; 2W04 A; 1YHQ 3; 1A2V A; 1IVU A; 1O7W B; 1SAR A; 1UI7 A; 2AS0 A; 2HML B; 3F7X A; 3ECF A; 3PS8 A; 1GOY A; 4R80 A; 3MG3 A; 3ALA A; 1J2B A; 4KFE A; 3K5T A; 3SLU A; 2CX1 A; 1QJG A; 2BMR B; 5D82 A; 1UOY A; 2BIR A; 5CF2 A; 3EF8 A; 1NB5 I; 3K9M C; 3DH2 A; 4HBR A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2J5T A; 2Q07 A; 2J5V A; 4DMG A; 1IQ8 A; 1R3F A; 2AB4 A; 2CWW A; 1WXW A; 1T5Y A; 1SGV A; 3VSE A; 3LDF A; 1ZS7 A; 1Q7H A; 2CX0 A; 1ZE2 A; 1ZL3 A; 3UAI A; 1IT8 A; 1SQW A; 2AS0 A; 3C0K A; 1K8W A; 1ZE1 A; 1J2B A; 1WXX A; 2CX1 A; 2P38 A; 4Q1T A; 3D79 A; 1R3E A; 1IT7 A; 2B78 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
