The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NLSDIIEKETGKQLVIQESILMLPEEVEEVIGNKPESDILVHTAYDESTDENVMLLTSDAPEYKPWALVIQDSNGENKIKML
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Domain closure and action of uracil DNA glycosylase (UDG): structures of new crystal forms containing the Escherichia coli enzyme and a comparative study of the known structures involving UDG.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
URACIL-DNA GLYCOSYLASE
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
19
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
D, F, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-05-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LQM B; 1UDI I; 2UUG C; 1EUI C; 2J8X B; 2ZHX B; 1LQG C; 1UGI A; 1UUG B; 4LYL B; 1UGH I; 2UGI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BSD A; 3AHW A; 1RN4 A; 4N6V 0; 2ZDJ A; 4STD A; 4XBT A; 1TUH A; 1JN5 A; 1STD A; 1MGR A; 1X1X A; 4FMD A; 1AQZ A; 1MNL A; 2L4V A; 4N6M A; 1FUS A; 1YNV X; 4FCZ A; 3NBR A; 5KP3 A; 1ASK A; 1SPU A; 3FGY A; 3HOH A; 4H61 A; 3V98 A; 1X1U A; 3KSP A; 1BRJ A; 2W6J H; 3DY5 A; 1DVD A; 1IVU A; 1AV4 A; 1EUI C; 3OWS A; 1T2H A; 1RTU A; 2W56 B; 1OCV A; 4N6T A; 4EW5 A; 3GZX B; 1RMS A; 2LQV A; 2MC8 A; 3D79 A; 3FG4 A; 1AVK A; 1LRA A; 3EF8 A; 4CPK A; 1Q7Y 4; 1SQW A; 2F99 A; 2XFS A; 1MGW A; 2BMO B; 3G16 A; 4O8S A; 5DRE A; 2WGQ A; 4O2H A; 4WYK B; 3CME 3; 1BVI A; 3CCR 3; 3EN1 B; 3S28 A; 1UGH I; 2FGT A; 1V74 A; 3EBT A; 1Q9E A; 1AR0 A; 2GSP A; 1UI8 A; 1DE3 A; 2BU4 A; 1BNR A; 1I2E A; 2OCT A; 4HZ9 B; 5CK6 A; 4GSP A; 1IQ8 A; 1A2V A; 2FNQ A; 4IPB A; 2YFL B; 3S5C A; 3MPH A; 1Q42 A; 1JKG B; 2CFG A; 3B8L A; 3H51 A; 4FMA A; 8RNT A; 4NRE A; 3DGL A; 1BUJ A; 5IEN A; 3F7S A; 3X41 A; 1BRN L; 3GZB A; 3FG3 A; 4ILF A; 1BNJ A; 4EBG A; 5IG5 A; 4IIA A; 1RRL A; 4L8O A; 1BNF A; 1BNG A; 1BOX A; 2F98 A; 5AII A; 2SBL A; 4L8P A; 4HM4 B; 4KZ1 A; 3BNE A; 3HIG A; 7RNT A; 3FG1 A; 3MHE A; 2JQ5 A; 2W2C A; 3EQQ B; 2BO9 B; 1N9J A; 3DGO A; 3F9S A; 1UDI I; 1IDP A; 1UUV B; 2STD A; 3RGA A; 2O3O A; 3U1W A; 1ZX2 A; 3D9R A; 3NV0 B; 1X1W A; 6RNT A; 1RNT A; 3K5T A; 1SAR A; 3LTB A; 3O8Y A; 1VQP 3; 1U5O A; 1YGE A; 2P38 A; 1OHO A; 1NWW A; 1U8C B; 1VQ8 3; 4U13 A; 3J7Y d; 1KQS 2; 1K9M 4; 5AI1 A; 3RGR A; 1NB5 I; 5HOH A; 3NM2 A; 4DKI A; 1NU3 A; 2GXF A; 3D5G A; 1RCK A; 1OUN A; 2ZL8 A; 3CPW 2; 5CLK A; 4LZI A; 4FR9 A; 2P09 A; 3DZL A; 4HM1 B; 2XFT A; 2PZV A; 2YFJ B; 3MG3 A; 2KF5 A; 2F5W A; 2GBW B; 4XDV A; 3UJM A; 5FW5 A; 1G96 A; 5D82 A; 3F8H A; 1VQM 3; 1TU5 A; 4CCV A; 1Y4K A; 1W4N A; 4O3V A; 1PU4 A; 1UW1 A; 1CQS A; 1BNS A; 4KT3 B; 1OF5 A; 2YFI B; 1CYU A; 3NXJ A; 2F4Y A; 1IVV A; 4G1M B; 3SX1 A; 3NQY A; 3QRD A; 1WMN A; 1YJN 3; 1GOV A; 1T5Y A; 3GZR A; 2W0Q A; 1FZU A; 1VZZ A; 3HZP A; 4QWT A; 3B4P A; 5G1L A; 3DGY A; 1JJ2 2; 3CCQ 3; 3S67 A; 1JZO A; 1JN5 B; 1OPY A; 1RGG A; 2CFL A; 3X42 A; 3KCH A; 1NO3 A; 1OHS A; 3BNB A; 1I8V A; 1G02 A; 5HGR A; 3PXM A; 2MF7 A; 3LT9 A; 3N54 B; 5IW9 A; 3CXC 2; 5CF1 A; 3G4S 3; 1QMA A; 3WMD A; 1FA3 A; 1RGA A; 1C54 A; 1QAK A; 2CWT A; 1GMP A; 2ZHX B; 2Z6B A; 2Y73 A; 4XM4 A; 1N8Q A; 3BNC A; 1RLS A; 5ELU A; 3PZW A; 2HMM B; 1FW7 A; 1LVN A; 2CK3 H; 1SII A; 1RDS A; 3NHX A; 4Q53 A; 1TIJ A; 1C7H A; 2RFR A; 2W03 A; 3B7C A; 3CNX A; 4K1U A; 4NPB A; 3DM8 A; 4RZM A; 5D81 A; 3T0U A; 1M1K 4; 1RGH A; 1BSC A; 4XBX A; 4OVM A; 1OGZ A; 5AEW B; 5RNT A; 1J2B A; 4EV2 A; 3AGO A; 1JZD A; 5EVH A; 2XRX B; 1EKM A; 5GSP A; 2CFD A; 9RNT A; 1D6Y A; 5CF2 A; 3NBJ A; 4HM2 B; 4LMI A; 1BAO A; 2A15 A; 1JNQ A; 3HK4 A; 4WFO A; 1PY3 A; 1O7H B; 4BTX A; 2CKF B; 2CFW A; 3L0R A; 3MWZ A; 1S72 3; 2K3D A; 3KFQ C; 1VQK 3; 4N6N B; 1CH0 A; 1YVB I; 2XGN A; 1DYU A; 1VQ6 3; 3LTD A; 3BU4 A; 2RNT A; 2GBX B; 1B27 A; 3KSE D; 4HM6 B; 3DMC A; 1KWI A; 4HOH A; 4KVH A; 5AEU B; 3VSY A; 4BL3 A; 3UNL A; 3CCE 3; 1IU7 A; 1BRK A; 4GHO A; 1R4C A; 4R1K A; 1LOX A; 3LTA A; 4N6U A; 5KP1 A; 3URP A; 1BUQ A; 4AKY A; 1RN7 A; 4N3V A; 3KE7 A; 1IT8 A; 1SIH A; 3JUQ A; 2HML B; 4PEJ A; 1BRI A; 1EQK A; 3ECF A; 1K73 4; 2OQE C; 2OOV C; 1K8A 4; 1O7G B; 1LNH A; 3QK9 A; 1E97 A; 3K63 A; 1UI7 A; 1IQY A; 1YGW A; 1MWT A; 2AAE A; 1LQG C; 1ZS7 A; 5EEO A; 5DRV A; 2CFK A; 1LOV A; 1RCL A; 1TJD A; 2Q07 A; 2XGL A; 4N6L A; 1YHQ 3; 4FCM A; 1GY6 A; 1W02 A; 3BND A; 3CCV 3; 4JF8 A; 4XDW A; 5IEO A; 3ER7 A; 1YVS A; 1IK3 A; 3DGN A; 3ZG5 A; 1BRH A; 1LQM B; 1OGX A; 1T3B A; 2IUJ A; 2OTL 3; 1NNV A; 1L5G B; 1ISK A; 4RNT A; 1FUW A; 1A67 A; 1FYS A; 3EBY A; 4J9A A; 1N5P A; 4I4K A; 3WOE B; 3GRD A; 4AEQ A; 1VQL 3; 1DVC A; 6STD A; 3EX9 A; 1JB5 A; 2FXT A; 1OF5 B; 4HYZ A; 4KFD A; 4KFE A; 8CHO A; 1N8R 4; 1WNH A; 3PCS A; 5M19 A; 4KFF A; 1MWR A; 4X2H A; 3X3Z A; 1UGI A; 2W9Q A; 3AMO A; 3UL6 A; 2AAD A; 1IV7 A; 3SVA A; 3WOF B; 5I97 A; 3T8U A; 2JDI H; 1TFK A; 3Q1C A; 2Z76 A; 4WWU C; 2GU3 A; 2KXG A; 4H3U A; 2XEP A; 4R9K A; 3T8N A; 1NJI 4; 1IVW A; 1AY7 A; 2BIR A; 2CC3 A; 3Q3F A; 1GSP A; 5AYS C; 1VQO 3; 2B1X B; 1WMO A; 2PNC A; 1DMM A; 2XF3 A; 3BB9 A; 3FF0 A; 3WDG B; 2BMQ B; 1UUG B; 5CXO A; 2E2T A; 2HMK B; 1O7P B; 1O7W B; 4NHF A; 2Y74 A; 2H0G A; 3GWR A; 3KKG A; 3WA3 A; 1T2I A; 1EA2 A; 1B2X A; 1Q40 A; 4TX4 A; 1WQL B; 2E2V A; 1SJW A; 2UUG C; 2GEY A; 3AGN A; 1IV9 A; 1HZ1 A; 4WYK A; 3Q2P A; 1VQN 3; 4K90 B; 1OHP A; 2H0I A; 1PYL A; 4HM0 B; 4J8T A; 4MEI A; 1E3V A; 1B2S A; 5STD A; 1BIR A; 1RHL A; 3U97 A; 1DMN A; 3X3X A; 4JRF A; 2R4I A; 1I3I A; 1TTO A; 2CWV A; 2K0M A; 1VQ9 3; 4RBN A; 1I3F A; 2KF3 A; 3JUM A; 4HM3 B; 2SAR A; 1GS3 A; 3X40 A; 1G0T A; 1US1 A; 2QA4 3; 3GAX A; 5IER A; 1I70 A; 2HOH A; 3LXU X; 3OX9 A; 1JB2 A; 1DET A; 1ROA A; 3D4A A; 1HYF A; 5G1K A; 1KD1 4; 1ULI B; 3ALA A; 1W00 A; 1WMP A; 1I2G A; 1W6G A; 3N8B A; 1FGO A; 4CDL A; 1LOY A; 2IY2 A; 2KF4 A; 3LT8 A; 4HJL B; 2K54 A; 1R4Y A; 2INX A; 1MWU A; 2IUK A; 2W9P A; 3A5E A; 1OAC A; 3GZY B; 3CPO A; 1STF I; 1MWS A; 3CCL 3; 3NX0 A; 1JBR A; 1YJW 3; 1LNI A; 2F86 B; 1N9E A; 1UCJ A; 3DUK A; 4I5Q A; 2BMR B; 3SOY A; 3TDG A; 1RSN A; 3AHS A; 3EHC A; 1UCI A; 1UCK A; 2WOF A; 4HBR A; 1B20 A; 3S27 A; 1GY7 A; 5IG4 A; 1BNE A; 4FCJ A; 3E99 A; 4LEH A; 4XB5 A; 2CG0 A; 4WP5 A; 3CD6 3; 1JV2 B; 4BL2 A; 3KII A; 5IF6 A; 2Z7A A; 4GB5 A; 3CC2 3; 1JB4 A; 3EE1 A; 3UL5 A; 5M18 A; 3RNT A; 1JRQ A; 4BIR A; 1BGS A; 1IT7 A; 2CX1 A; 4FMB A; 5BXQ A; 3FSD A; 2L1S A; 1UCL A; 1S5A A; 3I0Y A; 4J5G A; 5IEP A; 3GSP A; 1IQX A; 1GMR A; 1KC8 4; 3NQZ A; 3OWY A; 3CNM A; 4X2O A; 3WR2 A; 3K9M C; 2HMO B; 1ZO2 A; 1RNB A; 1W6C A; 2E2U A; 3Q90 A; 3VF1 A; 2WOH A; 1I0V A; 3HX8 A; 3A76 A; 2BT3 A; 3JUP A; 3MSO A; 4OK0 A; 3ZFZ A; 1IVX A; 3SED A; 1GMQ A; 5LC6 A; 4LYL B; 2RSX A; 1ZGX A; 2D1W A; 3JUN A; 2QGU A; 3HII A; 3DXO A; 2OQE A; 2OOV A; 2C10 A; 3FKA A; 3EC9 A; 4EV5 A; 2QEX 3; 2XSH B; 1VQ7 3; 1FGM A; 1OH0 A; 5G2G A; 1RRH A; 1DMQ A; 3FZW A; 4MMZ B; 3AMO B; 3I56 3; 4AKZ A; 3ZG0 A; 4LGQ A; 3EJV A; 1TFO A; 1RGL A; 2KF6 A; 2YX9 A; 3LYG A; 3WOD G; 2ML6 A; 4K61 A; 4K1V A; 3CC7 3; 2P0M A; 3NM7 A; 2J8X B; 2H0H A; 1GY5 A; 1I2F A; 1GOU A; 5AIF A; 3G6E 3; 4BTW A; 3MYT A; 1M9G A; 4O02 B; 1ROV A; 3S29 A; 2RBI A; 2HMJ B; 3JUO A; 1RGF A; 3G71 3; 1W6Y A; 5M1A A; 1M90 4; 3F40 A; 3ROB A; 1HU9 A; 1Q7H A; 4MMY B; 3UB1 A; 2OTJ 3; 3IJE B; 5FGO A; 3SYU A; 2P0X A; 3FLJ A; 1CYV A; 1K41 A; 4EYC A; 1BRG A; 4EXR A; 2OWP A; 4R9L A; 3MKI A; 1RGK A; 5BIR A; 1B3S A; 3NUV A; 1Q40 B; 1QJG A; 1BNI A; 1LXE A; 1FUT A; 1LOW A; 3PGB A; 2KAA A; 1NB3 I; 2QIY A; 4HAA A; 5EQL A; 1W01 A; 1QVG 2; 3CC4 3; 2C11 A; 1VQ5 3; 1W2Z A; 2R41 A; 2P05 A; 3JVC A; 1FGQ A; 5JBS A; 1K28 A; 3V99 A; 1BSA A; 3MG1 A; 1CEW I; 3DH2 A; 3FH1 A; 1BSB A; 1FGT A; 1TRQ A; 5IG0 A; 1I0X A; 2Z77 A; 1B21 A; 5A0O B; 4BU4 A; 3LOY A; 1RKY A; 2O9U X; 1EG9 B; 3FCS B; 3IMA B; 3HI7 A; 3M8C A; 1WTH A; 1QAF A; 5AIG A; 5BVB A; 2CW9 A; 5D83 A; 4MJD A; 3OW2 2; 1MOL A; 2UX0 A; 3V92 A; 1BAN A; 4BTY A; 2CIU A; 3LML A; 2W56 A; 1B2Z A; 1TP6 A; 1JBS A; 2CX0 A; 1TRP A; 3H3H A; 1W2B 2; 5AYR B; 1F8N A; 3EB8 A; 2CG1 A; 3F8X A; 5TGN A; 3G0K A; 1EEJ A; 1BU4 A; 1YJ9 3; 3D5I A; 4HM5 B; 2KRT A; 1GD3 A; 5BU4 A; 3K7C A; 4RNY A; 1BSE A; 5KP4 A; 1W5Z A; 3PYJ A; 1IYY A; 3IPT A; 1GD4 A; 1M1X B; 3F7X A; 6GSP A; 2M7O A; 1JBT A; 3STD A; 1A2K A; 3KZT A; 3WA2 X; 1UUW B; 1Q81 4; 1NDO B; 2BNG A; 2ML5 A; 3PCR A; 1W7C A; 2KCD A; 3BLZ A; 4J5K A; 4R80 A; 3LTC A; 3SXX A; 3K0Z A; 1YI2 3; 4HM7 B; 1JKG A; 2CHC A; 2WGO A; 4FMC A; 4MMX B; 5JPU A; 2F56 A; 1B2M A; 2RCD A; 1B2U A; 3CCM 3; 1PFP A; 1VQQ A; 2GEX A; 4HVN A; 1QAL A; 1HKX A; 3X3Y A; 3LZA A; 1QVF 2; 3N9H A; 3F14 A; 1AVL A; 2B24 B; 3G8Z A; 7STD A; 1A2P A; 3OWU A; 1RGE A; 3SOA A; 3CCJ 3; 1FGR A; 1Q82 4; 2C4B A; 4ZM8 A; 1A90 A; 3PS8 A; 1RN1 A; 2IYJ A; 2ZA4 A; 3D3L A; 1Q86 4; 1V57 A; 2D42 A; 2LYX A; 4HKV B; 2XSO B; 3NBB A; 1VQ4 3; 1YIJ 3; 2V1L A; 4OUQ A; 3BIR A; 2XH9 A; 5AIH A; 2CWU A; 3KN4 A; 2GU1 A; 3NV0 A; 4CJN A; 4R4K A; 3WHO A; 3CCU 3; 1O7M B; 2WO0 A; 2XR8 B; 1GOY A; 3EN8 A; 3VGN A; 3OXA A; 7GSP A; 2IA7 A; 3CU3 A; 1YIT 3; 5JPP A; 1O7N B; 3RDE A; 4IT7 A; 2HMN B; 3DGM A; 2I9W A; 1RJO A; 2F5M A; 3SLU A; 2BHM A; 1Z1S A; 3B4O A; 5IG3 A; 1D6U A; 4LSO A; 4HM8 B; 1BRS A; 4GL6 A; 4N6O B; 1X1Y A; 3FF2 A; 3I55 3; 4HZB B; 2IMJ A; 4EC6 A; 1V58 A; 2RGQ A; 1N5H A; 3CCS 3; 1ULJ B; 3OV4 A; 3MG2 A; 2W04 A; 2UGI A; 3CMA 3; 1RGC A; 1KSI A; 1GYB A; 4ORL A; 4XBY A; 4L7K A; 5LC7 A; 2CH9 A; 4RNZ A; 1E3R A; 4WHA A; 1D6Z A; 5ELJ A; 3LH4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1LQM B; 1UDI I; 2UUG C; 1EUI C; 2J8X B; 2ZHX B; 1LQG C; 1UGI A; 1UUG B; 4LYL B; 1UGH I; 2UGI A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
