The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
SGDTQLFNRAVSMVEKNKDIRSLLQCDDGITGKERLKAYGELITNDKWTRNRPIVSTKKLDKEGRTHHYMRFHVESKKKIALVHLEAKESKQNYQPDFINMYVDVPGEKRYYLIKPKLHPVSN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Tim21 Binding Domain Connects the Preprotein Translocases of Both Mitochondrial Membranes
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule keywords |
IMPORT INNER MEMBRANE TRANSLOCASE SUBUNIT TIM21 MITOCHONDRIA
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| total genus |
24
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-03-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CIU A; 2MF7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AR0 A; 1AV4 A; 5IF6 A; 4U13 A; 4PEJ A; 1IK3 A; 1K73 4; 1VQ6 3; 1AQZ A; 3D5I A; 1WTH A; 4L8O A; 4EC6 A; 1QVG 2; 2XR8 B; 4J8T A; 5EQL A; 4LMI A; 5IG3 A; 2QIY A; 3X40 A; 2Z77 A; 4DKI A; 1E3R A; 1I0V A; 5LC6 A; 3PZW A; 2O9U X; 4ORL A; 4O3V A; 1GY5 A; 1VQ8 3; 2BO9 B; 4IT7 A; 1RKY A; 2CWT A; 2QGU A; 1O7G B; 1RNT A; 1Q40 B; 4NRE A; 1S5A A; 3UJM A; 4HM5 B; 1YJN 3; 1MWT A; 1OHS A; 4O8S A; 3X3Z A; 1QAK A; 4L8P A; 1DE3 A; 2KF5 A; 5ELJ A; 1SII A; 2HMN B; 1RGA A; 2K3D A; 3DM8 A; 2AAE A; 2H0I A; 2W04 A; 3LXU X; 4N6M A; 1JB5 A; 1MOL A; 1ULJ B; 1LNI A; 2OQE A; 1LNH A; 2H0H A; 3FF0 A; 1GOU A; 2CFK A; 3HK4 A; 2F99 A; 1RN7 A; 1ZS7 A; 1C54 A; 2BHM A; 3S5C A; 3CME 3; 4OK0 A; 1JNQ A; 4FMC A; 4LEH A; 1RN1 A; 2I9W A; 3CC7 3; 1TU5 A; 3NBB A; 3DXO A; 3WOD G; 2BMQ B; 3EN1 B; 3PXM A; 1W5Z A; 4GSP A; 3K9M C; 1BNG A; 1OF5 A; 1BSA A; 3NXJ A; 3G6E 3; 1VQ9 3; 2C10 A; 3JUO A; 2Z7A A; 1TP6 A; 4J9A A; 5IEP A; 2XFT A; 2WO0 A; 1GS3 A; 1U8C B; 3F9S A; 2CG0 A; 4BTX A; 4X2O A; 4HZ9 B; 4KFD A; 1U5O A; 1I2F A; 1N9E A; 2BNG A; 2YFL B; 1X1U A; 3BNC A; 3FCS B; 1RGF A; 1E3V A; 3JUQ A; 1GD4 A; 3JUM A; 3NQY A; 4FMA A; 2MC8 A; 8CHO A; 5JPP A; 4N3V A; 1HYF A; 4GHO A; 1WMP A; 3D3L A; 3STD A; 1A2P A; 2RBI A; 4GB5 A; 1KWI A; 1MGW A; 3PS8 A; 4MMX B; 4WYK A; 1QJG A; 1BGS A; 2C11 A; 1PY3 A; 4EBG A; 1LXE A; 1SAR A; 2INX A; 6RNT A; 1I70 A; 3WR2 A; 4XM4 A; 2M7O A; 5AEW B; 1V74 A; 5HOH A; 1G96 A; 3MYT A; 1RGE A; 3NHX A; 3EE1 A; 3LTD A; 3DUK A; 1BSE A; 2OCT A; 2IUJ A; 1OPY A; 3ZFZ A; 3PCR A; 5DRE A; 1QAL A; 2BMO B; 5BU4 A; 1JZD A; 3I56 3; 3MHE A; 3UB1 A; 1YHQ 3; 4X2H A; 4HJL B; 2GU1 A; 4WHA A; 1CH0 A; 4FCZ A; 5IG4 A; 2GU3 A; 2CFL A; 4ZM8 A; 1D6U A; 1GMP A; 2FNQ A; 2Y74 A; 3DGO A; 1CEW I; 3N9H A; 4J5K A; 1MWR A; 4FCM A; 3ER7 A; 4R80 A; 2CX0 A; 2HOH A; 1GMR A; 1BRI A; 3AGN A; 2L1S A; 5ELU A; 1I2G A; 1BIR A; 1YGW A; 3KN4 A; 1N5P A; 1RRH A; 1I0X A; 1GY6 A; 1O7H B; 1ISK A; 3KE7 A; 2XSH B; 3RGA A; 5CF2 A; 1A90 A; 3J7Y d; 3K7C A; 3B8L A; 3S27 A; 1MWU A; 3GZB A; 2CX1 A; 1V58 A; 4MJD A; 1DVD A; 5FW5 A; 2E2T A; 1BRG A; 2C4B A; 3OV4 A; 2CK3 H; 2XSO B; 1FUW A; 3OX9 A; 1FUS A; 3LT9 A; 1VQM 3; 4R1K A; 2F98 A; 1BVI A; 3F14 A; 1OCV A; 2W2C A; 1NB3 I; 2W0Q A; 1B2X A; 5GSP A; 5AEU B; 1Q81 4; 1FYS A; 1UI8 A; 3FF2 A; 1YJW 3; 1RDS A; 3AHW A; 5CLK A; 4BIR A; 1BRK A; 4N6N B; 3WA3 A; 2ML5 A; 3D4A A; 1SJW A; 2O3O A; 4QWT A; 1ZX2 A; 1K28 A; 1KSI A; 1ROA A; 1W7C A; 1BSB A; 4RNT A; 5BXQ A; 5IG5 A; 1VQL 3; 1VQ7 3; 2D42 A; 3X41 A; 3RGR A; 1QAF A; 3CCQ 3; 3FKA A; 1GMQ A; 1RRL A; 1BSD A; 1A2V A; 2Q07 A; 2BU4 A; 2YFJ B; 2B24 B; 2A15 A; 4FR9 A; 1O7M B; 3MWZ A; 1TJD A; 3CNX A; 5G1L A; 5AYS C; 1IVU A; 3OWU A; 1BNF A; 1FGT A; 3E99 A; 1IT8 A; 1L5G B; 3KZT A; 1UI7 A; 3CPO A; 2OOV A; 1W01 A; 1Z1S A; 1AY7 A; 3SOA A; 3CCL 3; 5IEO A; 3DGY A; 3V92 A; 2PZV A; 5STD A; 3VSY A; 2RSX A; 4FMB A; 3D79 A; 4N6V 0; 3F40 A; 2P09 A; 2AAD A; 1X1W A; 3B4P A; 3MKI A; 4HM2 B; 1VQO 3; 1TUH A; 1BUQ A; 2HML B; 2JDI H; 3V99 A; 1BAN A; 2F86 B; 1G0T A; 1BNJ A; 2GBX B; 1UGH I; 4ILF A; 1OGX A; 3SED A; 2STD A; 3KCH A; 5G2G A; 1JB2 A; 1MNL A; 1UCI A; 2GBW B; 1A2K A; 3EBY A; 5A0O B; 1V57 A; 3D9R A; 5AI1 A; 4AKZ A; 1NNV A; 1ULI B; 2F5W A; 5G1K A; 4BL2 A; 1O7N B; 7STD A; 3EHC A; 1MGR A; 1B2M A; 3NUV A; 1TRQ A; 1N8Q A; 3F7S A; 1BU4 A; 1FGR A; 1EKM A; 4I5Q A; 1AVK A; 3CC4 3; 3UL5 A; 3GWR A; 1FGM A; 1RLS A; 1NJI 4; 3K5T A; 1CQS A; 2JQ5 A; 1STD A; 4LSO A; 1BRS A; 3DGM A; 1WMN A; 3KSE D; 3UL6 A; 4CCV A; 2P0M A; 2W03 A; 3AHS A; 3AMO B; 3QK9 A; 3SLU A; 3NBR A; 1SQW A; 1BNS A; 1YIJ 3; 1DMN A; 2K54 A; 1SPU A; 5AIG A; 1B2S A; 1MWS A; 1FGO A; 3NV0 A; 1EG9 B; 1WNH A; 3LTA A; 1WMO A; 2HMO B; 1EUI C; 2YX9 A; 3FH1 A; 1EA2 A; 1I3I A; 1US1 A; 4LYL B; 4HM3 B; 3SXX A; 1G02 A; 1K9M 4; 3CD6 3; 4HAA A; 1Q9E A; 1M1K 4; 1LQG C; 4HYZ A; 3H3H A; 2WGO A; 5AYR B; 3Q1C A; 5LC7 A; 2KAA A; 2FGT A; 1JBS A; 1JBT A; 1I8V A; 3NQZ A; 1CYV A; 1HU9 A; 2BT3 A; 1W6C A; 3PGB A; 3LOY A; 1W02 A; 3VGN A; 1ASK A; 3LZA A; 3CC2 3; 3K63 A; 3WHO A; 1RGH A; 3FG1 A; 4KFE A; 3CCR 3; 1KQS 2; 2XF3 A; 1OUN A; 1PYL A; 3ZG5 A; 3I55 3; 1RGC A; 5JPU A; 2WGQ A; 1YVB I; 2PNC A; 1OHO A; 2W56 A; 2FXT A; 1VQ5 3; 1ROV A; 3G4S 3; 1DET A; 6GSP A; 1C7H A; 2UX0 A; 3OWY A; 5KP4 A; 1YI2 3; 5I97 A; 1VQN 3; 1LOY A; 3GZY B; 9RNT A; 3BLZ A; 3T8N A; 2HMJ B; 3EJV A; 1NO3 A; 3Q90 A; 1GY7 A; 1AVL A; 4HM0 B; 3G71 3; 5M18 A; 2GEX A; 1Q42 A; 2CW9 A; 4RNY A; 3N8B A; 3F8H A; 3BB9 A; 1X1Y A; 3BU4 A; 3EN8 A; 4N6O B; 2XGN A; 5BIR A; 1B3S A; 1LOV A; 3GZR A; 4RZM A; 3WOE B; 5KP1 A; 3QRD A; 1O7W B; 1T5Y A; 3LT8 A; 5KP3 A; 3T0U A; 3AGO A; 3FGY A; 3HX8 A; 3MSO A; 4GL6 A; 4K1U A; 3DH2 A; 1BNI A; 1N5H A; 1BRJ A; 1LVN A; 4HBR A; 1RN4 A; 1OF5 B; 5AII A; 1JB4 A; 5D81 A; 3EQQ B; 1BOX A; 3DY5 A; 5TGN A; 3FZW A; 2XGL A; 1IT7 A; 6STD A; 1UUG B; 2ZA4 A; 4HKV B; 5IER A; 2J8X B; 3UNL A; 1S72 3; 1IVW A; 2OQE C; 3BIR A; 3PCS A; 1NU3 A; 3CXC 2; 3Q2P A; 1YIT 3; 1IV7 A; 2V1L A; 2E2U A; 3NBJ A; 3F8X A; 4H61 A; 3DZL A; 5CF1 A; 3LML A; 5BVB A; 2IUK A; 2XRX B; 1W6Y A; 4HM4 B; 4CDL A; 4WYK B; 3A5E A; 4WWU C; 3F7X A; 3X3X A; 1M90 4; 4HM1 B; 2BIR A; 2HMK B; 1UDI I; 3TDG A; 4K61 A; 2OTJ 3; 1K41 A; 2GEY A; 1Q40 A; 4XDV A; 1YJ9 3; 3EC9 A; 1IVX A; 3D5G A; 1GD3 A; 2OWP A; 4EXR A; 3CCU 3; 1FA3 A; 1IQX A; 1UUV B; 5EVH A; 1OH0 A; 2MF7 A; 2F5M A; 1OHP A; 3FSD A; 4N6L A; 3FG4 A; 4OUQ A; 1D6Z A; 5FGO A; 1JKG A; 2SAR A; 2Y73 A; 3CCS 3; 4KT3 B; 2IYJ A; 1Q7H A; 1TFK A; 4TX4 A; 4WP5 A; 4NPB A; 2H0G A; 1WQL B; 3S67 A; 4AKY A; 1RMS A; 3WOF B; 5HGR A; 1IYY A; 3K0Z A; 1VQ4 3; 2WOF A; 1UCJ A; 2UUG C; 4HOH A; 1VQQ A; 5CXO A; 1KD1 4; 1YVS A; 1DMQ A; 4O2H A; 1W4N A; 3CCM 3; 4N6U A; 2QEX 3; 1IV9 A; 1TIJ A; 2CWU A; 1D6Y A; 2BMR B; 1F8N A; 5JBS A; 4MMZ B; 2KF6 A; 2W9Q A; 1A67 A; 1IVV A; 4J5G A; 2YFI B; 3DGN A; 1UW1 A; 2CKF B; 2CFW A; 2UGI A; 1UGI A; 3WMD A; 4R4K A; 1RGG A; 2SBL A; 3NX0 A; 4O02 B; 1I2E A; 2ZHX B; 4G1M B; 1Q86 4; 2K0M A; 2F56 A; 1VZZ A; 3U1W A; 4HZB B; 3CCV 3; 4HM7 B; 4KFF A; 1YGE A; 4XBY A; 1HKX A; 1T2H A; 5AIF A; 2P0X A; 1BUJ A; 3LTB A; 2XFS A; 1Y4K A; 1VQP 3; 3IMA B; 4K1V A; 2HMM B; 1BNR A; 3ALA A; 1RCL A; 3WA2 X; 3FG3 A; 1B20 A; 1VQK 3; 1JJ2 2; 1M1X B; 1W00 A; 3Q3F A; 1M9G A; 2CWV A; 2P05 A; 3G0K A; 3V98 A; 2RNT A; 4EW5 A; 1W6G A; 3RDE A; 3ROB A; 1JV2 B; 2L4V A; 3JUN A; 1KC8 4; 3CCJ 3; 3EBT A; 4FCJ A; 3SOY A; 1JKG B; 4IIA A; 3VF1 A; 5M19 A; 1J2B A; 2D1W A; 3S29 A; 4KZ1 A; 1PU4 A; 3CMA 3; 1GOY A; 1FZU A; 2W9P A; 1EQK A; 3S28 A; 3HIG A; 3JUP A; 2IA7 A; 1W2Z A; 2CC3 A; 3HOH A; 4OVM A; 5AIH A; 4R9K A; 2CIU A; 1FW7 A; 3CU3 A; 1TRP A; 1RHL A; 4HVN A; 4N6T A; 4LGQ A; 1JN5 A; 1UUW B; 2CFD A; 1LQM B; 2RCD A; 4KVH A; 5D83 A; 3RNT A; 1FUT A; 4MMY B; 1RCK A; 1RGL A; 2QA4 3; 3CNM A; 2ZDJ A; 1B2Z A; 2R41 A; 4Q53 A; 3IPT A; 3SYU A; 1JBR A; 1N9J A; 5M1A A; 4XBX A; 4JRF A; 4XBT A; 2CH9 A; 4EV5 A; 1R4Y A; 1IU7 A; 4RBN A; 4EYC A; 1I3F A; 1T3B A; 3MPH A; 4NHF A; 1IQ8 A; 1ZO2 A; 1LOX A; 2R4I A; 2WOH A; 5EEO A; 1STF I; 1T2I A; 3HII A; 3M8C A; 1NDO B; 5IW9 A; 3MG3 A; 2OOV C; 2B1X B; 3LTC A; 3X42 A; 1NB5 I; 3G8Z A; 3T8U A; 4CJN A; 2LQV A; 1BRH A; 4JF8 A; 2GSP A; 1NWW A; 4MEI A; 1UCK A; 3GRD A; 3KFQ C; 4K90 B; 2XH9 A; 3PYJ A; 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3KSP A; 3NM7 A; 2W6J H; 1YNV X; 2KXG A; 3DMC A; 3KKG A; 3HZP A; 3ECF A; 1PFP A; 3LH4 A; 4RNZ A; 1GYB A; 1ZGX A; 3URP A; 1DMM A; 1EEJ A; 1JZO A; 4EV2 A; 1JRQ A; 1O7P B; 4BTY A; 3B4O A; 4XDW A; 1X1X A; 1LOW A; 2KRT A; 2OTL 3; #chains in the Genus database with same CATH homology 1AR0 A; 1AV4 A; 5IF6 A; 4U13 A; 4PEJ A; 1IK3 A; 1K73 4; 1VQ6 3; 4L8O A; 1WTH A; 1QVG 2; 4EC6 A; 2XR8 B; 4J8T A; 5EQL A; 4LMI A; 5IG3 A; 2QIY A; 3X40 A; 2Z77 A; 1E3R A; 5LC6 A; 3PZW A; 2O9U X; 4ORL A; 4O3V A; 1GY5 A; 1VQ8 3; 2BO9 B; 4IT7 A; 1RKY A; 2CWT A; 2QGU A; 1O7G B; 1Q40 B; 1S5A A; 3UJM A; 4HM5 B; 1YJN 3; 1OHS A; 4O8S A; 3X3Z A; 1QAK A; 4L8P A; 5ELJ A; 1SII A; 2HMN B; 3DM8 A; 4N6M A; 2W04 A; 3LXU X; 1JB5 A; 1MOL A; 1ULJ B; 2OQE A; 1LNH A; 3FF0 A; 2CFK A; 3HK4 A; 2F99 A; 1RN7 A; 2BHM A; 3S5C A; 3CME 3; 4OK0 A; 1JNQ A; 4FMC A; 4LEH A; 2I9W A; 3CC7 3; 1TU5 A; 3NBB A; 3DXO A; 3WOD G; 2BMQ B; 3EN1 B; 3PXM A; 1W5Z A; 3K9M C; 1OF5 A; 3NXJ A; 3G6E 3; 1VQ9 3; 2C10 A; 3JUO A; 2Z7A A; 1TP6 A; 4J9A A; 5IEP A; 2XFT A; 2WO0 A; 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