The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
120
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structure length |
120
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Chain Sequence |
MEDFKKIVNNIRLKDTFDFKLAAFPNQNYDQLLPSQIYKNYYQGIEIQQHKYQNELDIKIINFLYPDGDFGSANKNGTLKLSLMLTDKKNNQVYYKLLEVSGFKSNPYGVDENGTIPGLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of the PF04200 domain from Q9PRA0_UREPA protein of Ureaplasma parvum.
rcsb |
| molecule tags |
Lipid binding protein
|
| source organism |
Ureaplasma parvum
|
| molecule keywords |
Conserved hypothetical membrane lipoprotein
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| total genus |
27
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| structure length |
120
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| sequence length |
120
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04200 | Lipoprotein_17 | Lipoprotein associated domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KRT A; 3K63 A; 3JVC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCR 3; 5G1L A; 4Q53 A; 3DGY A; 3NQZ A; 3NX0 A; 4R1K A; 4ZM8 A; 1A90 A; 3GZB A; 3Q1C A; 5CLK A; 1JKG B; 3LOY A; 1PY3 A; 1T2H A; 1JN5 A; 1W4N A; 1L5G B; 1DVC A; 3STD A; 4BIR A; 1BNI A; 2CFG A; 3NHX A; 1UCL A; 3PZW A; 4R80 A; 1MWS A; 2L4V A; 2W04 A; 3CC4 3; 1B2U A; 1D6Y A; 1GY7 A; 1LOV A; 2ML6 A; 1K8A 4; 3CCJ 3; 3AHW A; 1BSE A; 2R4I A; 4H61 A; 3WMD A; 1VQP 3; 3UL6 A; 4O8S A; 1NJI 4; 1QAK A; 2HMO B; 1MWU A; 3CC7 3; 1JB4 A; 3B7C A; 3DGO A; 1VQ4 3; 1U5O A; 3IJE B; 8RNT A; 1BGS A; 1OH0 A; 2MF7 A; 1T5Y A; 1BAN A; 1Q40 A; 2YFL B; 3GAX A; 3LZA A; 2WOH A; 3CNX A; 2BMQ B; 5IEO A; 1MWT A; 2JDI H; 2JQ5 A; 1FZU A; 2J8X B; 3OWU A; 4EXR A; 5JPP A; 1RN4 A; 4FCM A; 2F5W A; 1B3S A; 2P05 A; 1HYF A; 2V1L A; 1RJO A; 4XBT A; 4EV2 A; 2P0M A; 1JNQ A; 3GZY B; 2P0X A; 1N9J A; 3EN1 B; 4FMB A; 3X40 A; 4BTW A; 3K7C A; 4RNT A; 1RDS A; 5IG0 A; 1QAL A; 1IVU A; 3PS8 A; 1IK3 A; 1UGI A; 4HM8 B; 3CXC 2; 1FW7 A; 2CX0 A; 1G96 A; 2ZHX B; 1W6G A; 1KWI A; 2CWU A; 4KT3 B; 4CJN A; 1TU5 A; 3CCS 3; 1I3F A; 2K3D A; 4HM7 B; 4KVH A; 1JN5 B; 2Y73 A; 1FGM A; 3HII A; 4J9A A; 3LTD A; 5AYS C; 5M19 A; 1W6Y A; 1PYL A; 1ASK A; 4L8O A; 1YJW 3; 1M1X B; 3OX9 A; 3DY5 A; 1Z1S A; 3N8B A; 1HU9 A; 2GBX B; 2SAR A; 1Q82 4; 3CNM A; 2F86 B; 3ER7 A; 3G8Z A; 4R9L A; 2L1S A; 1BRG A; 2CG1 A; 1B27 A; 1NB3 I; 4NPB A; 1BUQ A; 1ULI B; 2ML5 A; 1N8Q A; 3A5E A; 3LML A; 4NRE A; 1X1Y A; 3F40 A; 4ILF A; 1ZS7 A; 4LZI A; 1ISK A; 1Q40 B; 5CF1 A; 1PU4 A; 2E2U A; 1YIJ 3; 5D82 A; 1IDP A; 1MOL A; 5CXO A; 2BMR B; 2YFJ B; 1X1W A; 2ZA4 A; 1BSD A; 1M1K 4; 3GZR A; 3TDG A; 2Z6B A; 4KFF A; 2W9P A; 1W01 A; 3EBT A; 1AR0 A; 3RNT A; 3T8N A; 3MWZ A; 3K5T A; 1LQM B; 2WGO A; 1EG9 B; 1UW1 A; 4XM4 A; 3CCU 3; 1B2S A; 1BVI A; 1KSI A; 2P09 A; 5EVH A; 2QGU A; 4HAA A; 1I2E A; 1X1X A; 4IIA A; 4KFE A; 1YGW A; 2OWP A; 4EW5 A; 1QJG A; 2W9Q A; 1V74 A; 4FMA A; 5ELU A; 4J8T A; 1K9M 4; 1RGA A; 1I2F A; 2WGQ A; 4ORL A; 2F5M A; 1DMN A; 5CK6 A; 1K41 A; 3G0K A; 5KP3 A; 5BVB A; 5RNT A; 3ALA A; 5M1A A; 3CCM 3; 1TJD A; 3DMC A; 3DGL A; 4EC6 A; 4N6L A; 1O7W B; 1I0X A; 1BNS A; 3H3H A; 4HM4 B; 4R9K A; 5A0O B; 4MMX B; 1STF I; 1FGO A; 3D9R A; 4FCJ A; 1I70 A; 2D42 A; 1IVV A; 1ZO2 A; 3QRD A; 3WOD G; 2HMK B; 3DM8 A; 1JZD A; 1LXE A; 1YVS A; 1RLS A; 3FLJ A; 3NUV A; 2BNG A; 1IVX A; 2P38 A; 1N5H A; 1BNF A; 3GZX B; 3L0R A; 1UCK A; 2HML B; 3ECF A; 1BNJ A; 2B24 B; 3PCS A; 1O7H B; 2XFS A; 1EUI C; 1AVK A; 1FUS A; 1NO3 A; 2FGT A; 3NXJ A; 5KP1 A; 1GS3 A; 3DH2 A; 1BIR A; 1ZX2 A; 1YI2 3; 5DRV A; 3CC2 3; 4EV5 A; 1VQO 3; 1BRJ A; 4HM6 B; 4G1M B; 1S72 3; 1HZ1 A; 2ZDJ A; 1RN1 A; 2XSO B; 2IUJ A; 1W2Z A; 3LTC A; 2XGL A; 1VQ9 3; 2UUG C; 4AKY A; 4K61 A; 5BXQ A; 2GU1 A; 1UDI I; 2HMJ B; 3MG3 A; 4LEH A; 9RNT A; 3CCL 3; 5FW5 A; 1DVD A; 3DZL A; 1UUW B; 4KZ1 A; 1MNL A; 3F8X A; 3KN4 A; 3FF0 A; 1SJW A; 1DET A; 2D1W A; 3UJM A; 6STD A; 1BAO A; 3JUN A; 3F7X A; 2BMO B; 3CPW 2; 2BT3 A; 2SBL A; 3SXX A; 3BLZ A; 3VF1 A; 3X3Y A; 1RNB A; 4IPB A; 1OCV A; 2GEX A; 1O7N B; 1EA2 A; 1YGE A; 3Q90 A; 3S27 A; 2E2V A; 1O7G B; 1D6Z A; 4I5Q A; 4TX4 A; 3Q3F A; 4XDV A; 1RCK A; 2O3O A; 1NWW A; 3DGM A; 3NV0 A; 5JBS A; 3K9M C; 3UNL A; 1VQL 3; 1GOY A; 3X3Z A; 1TFK A; 5AEU B; 2K54 A; 1UI7 A; 3LTB A; 2OQE C; 1RGC A; 2H0G A; 4N6U A; 3PXM A; 4HZB B; 1C7H A; 3ZFZ A; 3D3L A; 1YJ9 3; 3UL5 A; 5STD A; 3G16 A; 1O7M B; 3JUP A; 4RNZ A; 1GY6 A; 1G02 A; 2KF4 A; 5IER A; 1GMP A; 1I0V A; 4GSP A; 3S29 A; 1G0T A; 2BHM A; 3BND A; 2XH9 A; 1TP6 A; 3LH4 A; 1OGZ A; 3KSE D; 1KC8 4; 1AV4 A; 3EB8 A; 1JV2 B; 3I0Y A; 1WQL B; 3KZT A; 3I56 3; 4LMI A; 2PZV A; 1QVG 2; 3SYU A; 5I97 A; 3BIR A; 1LNH A; 2BU4 A; 1IVW A; 5IEN A; 1WNH A; 1OF5 A; 3FG4 A; 4MEI A; 1Q7H A; 3FG1 A; 1SPU A; 1TUH A; 2KF6 A; 2Z77 A; 3EC9 A; 4HBR A; 1UUV B; 2Z7A A; 1NB5 I; 2XF3 A; 2XEP A; 4MMZ B; 3EHC A; 3KE7 A; 2AAE A; 2GXF A; 2F56 A; 4QWT A; 4U13 A; 3GRD A; 3B4P A; 4MMY B; 5D83 A; 2CIU A; 1YHQ 3; 2QA4 3; 2W56 A; 3OXA A; 1BRN L; 1VQ5 3; 1LQG C; 1K28 A; 5CF2 A; 3FZW A; 1US1 A; 1GD4 A; 1VQQ A; 4HZ9 B; 4XBX A; 3S28 A; 3SLU A; 4AEQ A; 3FG3 A; 1RMS A; 1D6U A; 3Q2P A; 4CCV A; 2BO9 B; 2LQV A; 2XRX B; 3KKG A; 4WWU C; 4LYL B; 2KF3 A; 1FGT A; 1IV7 A; 1MGW A; 4N3V A; 1K73 4; 2M7O A; 1N8R 4; 3EE1 A; 4LGQ A; 3CPO A; 2KAA A; 4CDL A; 3WOF B; 1JBT A; 3DXO A; 2OQE A; 3S5C A; 3V92 A; 5IEP A; 5ELJ A; 5TGN A; 1MWR A; 4FCZ A; 3BNE A; 2F4Y A; 3IPT A; 1OF5 B; 1B21 A; 1GOU A; 3HX8 A; 1WMN A; 5G2G A; 5IF6 A; 1CYV A; 1EKM A; 2CKF B; 2IA7 A; 1GYB A; 3HOH A; 1R4Y A; 1Q9E A; 3A76 A; 2XSH B; 4KFD A; 1N9E A; 2C4B A; 3MG1 A; 3CCV 3; 1R4C A; 1RCL A; 2CFK A; 3PGB A; 4N6M A; 3UB1 A; 3HI7 A; 4EYC A; 2WO0 A; 4K1V A; 3T0U A; 2OTL 3; 2STD A; 2H0H A; 3KCH A; 1DYU A; 3LT8 A; 4O3V A; 1W00 A; 4JRF A; 1FYS A; 1VQ8 3; 3G4S 3; 4XB5 A; 4WHA A; 1A2V A; 2HMM B; 2I9W A; 2FXT A; 3ROB A; 2XFT A; 1Q42 A; 1FUT A; 3N54 B; 1PFP A; 2IUK A; 2CC3 A; 2KRT A; 2KXG A; 2LYX A; 3ZG0 A; 2IY2 A; 3EBY A; 4GL6 A; 4FMC A; 1LVN A; 1YVB I; 3HK4 A; 4GB5 A; 5LC7 A; 4AKZ A; 3IMA B; 1IQ8 A; 4OUQ A; 4XBY A; 7RNT A; 3M8C A; 1RN7 A; 3KSP A; 1DE3 A; 1TIJ A; 1OGX A; 2W6J H; 3MSO A; 3ZG5 A; 5IG4 A; 6RNT A; 5G1K A; 1GMR A; 1AY7 A; 1OHO A; 2Z76 A; 1TRQ A; 1B2M A; 3DUK A; 3FF2 A; 4HM1 B; 4N6N B; 3SVA A; 2CX1 A; 5AEW B; 2CK3 H; 3G71 3; 5LC6 A; 2GSP A; 2INX A; 2QIY A; 4OK0 A; 4RNY A; 3WR2 A; 1BUJ A; 1JRQ A; 1FGR A; 3U97 A; 3OV4 A; 3URP A; 2RFR A; 3VGN A; 1JJ2 2; 2CW9 A; 1IQY A; 3F7S A; 1VQ6 3; 4N6O B; 1I8V A; 3B4O A; 1E3R A; 1JB2 A; 3CD6 3; 2W0Q A; 1BSA A; 2IMJ A; 4O2H A; 3D79 A; 3BU4 A; 2PNC A; 3EF8 A; 4HM0 B; 4X2O A; 4O02 B; 1BNG A; 1Q86 4; 4DKI A; 3I55 3; 3CCE 3; 3AMO A; 4IT7 A; 5AIF A; 1VQK 3; 4BTX A; 1A67 A; 1JB5 A; 1FA3 A; 3B8L A; 1GMQ A; 8CHO A; 1T3B A; 1W02 A; 2C11 A; 3BB9 A; 3OWS A; 3DGN A; 1LOX A; 4BU4 A; 1Y4K A; 3T8U A; 1WMP A; 1RNT A; 3SOY A; 3WA3 A; 1EQK A; 3EN8 A; 3F8H A; 6GSP A; 3V99 A; 1BNR A; 2W2C A; 2GBW B; 3OWY A; 1WMO A; 3JVC A; 4H3U A; 4K90 B; 1B2X A; 3BNB A; 1RGF A; 1NU3 A; 3KII A; 3O8Y A; 1CH0 A; 3NBJ A; 1RSN A; 1NDO B; 1W2B 2; 1N5P A; 4WYK A; 1RGG A; 5IG5 A; 2RGQ A; 1MGR A; 2OTJ 3; 1GSP A; 1OPY A; 1SAR A; 1VQ7 3; 1GOV A; 1RGK A; 3JUO A; 3CCQ 3; 1RGE A; 3NM2 A; 4OVM A; 1M9G A; 3F9S A; 2GU3 A; 5DRE A; 5AI1 A; 2H0I A; 3PYJ A; 1BSB A; 3MHE A; 1RGH A; 1TFO A; 3EJV A; 3X41 A; 1C54 A; 1M90 4; 1TTO A; 1RRL A; 1SII A; 2CFD A; 2CHC A; 5GSP A; 3JUQ A; 3D5I A; 2IYJ A; 2UX0 A; 3AMO B; 3CME 3; 4CPK A; 1B2Z A; 5AII A; 3SOA A; 1BNE A; 4L7K A; 2CG0 A; 3AGO A; 4HM5 B; 1VZZ A; 2HMN B; 1O7P B; 4HM2 B; 2HOH A; 1EEJ A; 1I2G A; 3FSD A; 3NV0 B; 2CFL A; 1RRH A; 4FMD A; 4N6T A; 4PEJ A; 4X2H A; 3QK9 A; 1W7C A; 1QMA A; 3AHS A; 2RBI A; 3H51 A; 1W5Z A; 3PCR A; 2A15 A; 1OHP A; 1SQW A; 4HM3 B; 5KP4 A; 1A2P A; 2XGN A; 3NBB A; 1E3V A; 3EX9 A; 1IU7 A; 2C10 A; 3JUM A; 3WA2 X; 3X3X A; 1JBS A; 1JBR A; 3J7Y d; 4EBG A; 2W03 A; 4HVN A; 4WYK B; 4BTY A; 4RZM A; 4HYZ A; 2B1X B; 1UCI A; 4HJL B; 3V98 A; 2KF5 A; 1IV9 A; 5AIG A; 5HGR A; 2KCD A; 1BRI A; 1RGL A; 2CH9 A; 2GEY A; 2XR8 B; 5BU4 A; 1FGQ A; 3FCS B; 3KFQ C; 5D81 A; 5BIR A; 1TRP A; 1YJN 3; 1GY5 A; 1BSC A; 2K0M A; 5FGO A; 1S5A A; 2RSX A; 2MC8 A; 5M18 A; 1CYU A; 4HOH A; 3LXU X; 1DMM A; 2O9U X; 3FGY A; 1RKY A; 1CQS A; 5JPU A; 2WOF A; 3NQY A; 5EQL A; 3S67 A; 1LOW A; 2E2T A; 3WDG B; 1BRH A; 3MPH A; 2OOV C; 4GHO A; 5IW9 A; 7STD A; 4I4K A; 3U1W A; 1CEW I; 3WHO A; 1I3I A; 3FKA A; 1U8C B; 1V57 A; 4JF8 A; 2W56 B; 4NHF A; 2R41 A; 1IYY A; 3SED A; 2AAD A; 4WP5 A; 1BRS A; 1QAF A; 4BL3 A; 3G6E 3; 2BIR A; 1T2I A; 1IT8 A; 3LTA A; 4MJD A; 1A2K A; 2ZL8 A; 1OUN A; 7GSP A; 2Q07 A; 1BOX A; 3FH1 A; 1DMQ A; 2RNT A; 3VSY A; 1NNV A; 1JZO A; 1LOY A; 4L8P A; 2QEX 3; 4BL2 A; 2YX9 A; 4FR9 A; 1UUG B; 2Y74 A; 1OHS A; 1ULJ B; 2FNQ A; 1F8N A; 2OCT A; 2CFW A; 1ROA A; 4N6V 0; 1FUW A; 1STD A; 1Q7Y 4; 1YNV X; 3EQQ B; 3GWR A; 1JKG A; 1UCJ A; 3MYT A; 1UI8 A; 1SIH A; 2YFI B; 3AGN A; 4XDW A; 4WFO A; 3D4A A; 3X42 A; 1YIT 3; 5AIH A; 1AQZ A; 3CU3 A; 1KQS 2; 1OAC A; 2F98 A; 4J5G A; 3RGR A; 4K1U A; 3CMA 3; 5EEO A; 1ZGX A; 1WTH A; 3K63 A; 3N9H A; 4RBN A; 3SX1 A; 3E99 A; 1VQM 3; 3RDE A; 1VQN 3; 3HZP A; 1AVL A; 3K0Z A; 1X1U A; 1IT7 A; 1ROV A; 1GD3 A; 2UGI A; 1W6C A; 4J5K A; 3LT9 A; 1LRA A; 4LSO A; 5HOH A; 1QVF 2; 3LYG A; 5AYR B; 1BRK A; 2F99 A; 1B20 A; 3NM7 A; 1J2B A; 2RCD A; 1HKX A; 3NBR A; 2CWV A; 4HKV B; 3WOE B; 2OOV A; 1Q81 4; 1RHL A; 1BU4 A; 3F14 A; 1UGH I; 1RTU A; 3D5G A; 3HIG A; 4R4K A; 3BNC A; 1E97 A; 3GSP A; 1LNI A; 5IG3 A; 3RGA A; 3MKI A; 4STD A; 1KD1 4; 3OW2 2; 1V58 A; 1IQX A; 3MG2 A; 2CWT A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3CCR 3; 4Q53 A; 3NQZ A; 3NX0 A; 4R1K A; 4ZM8 A; 1A90 A; 3GZB A; 3Q1C A; 5CLK A; 1JKG B; 3LOY A; 1JN5 A; 1W4N A; 1L5G B; 1DVC A; 3STD A; 2CFG A; 3NHX A; 3PZW A; 4R80 A; 2L4V A; 2W04 A; 3CC4 3; 1D6Y A; 1GY7 A; 2ML6 A; 1K8A 4; 3CCJ 3; 4H61 A; 2R4I A; 3WMD A; 1VQP 3; 3UL6 A; 4O8S A; 1NJI 4; 1QAK A; 2HMO B; 3CC7 3; 1JB4 A; 3B7C A; 3DGO A; 1VQ4 3; 1U5O A; 3IJE B; 1OH0 A; 2MF7 A; 1T5Y A; 1Q40 A; 2YFL B; 3GAX A; 3LZA A; 2WOH A; 3CNX A; 2BMQ B; 5IEO A; 2JQ5 A; 2JDI H; 3OWU A; 5JPP A; 4EXR A; 4FCM A; 2P05 A; 2V1L A; 1RJO A; 4XBT A; 4EV2 A; 2P0M A; 1JNQ A; 3GZY B; 2P0X A; 1N9J A; 3EN1 B; 4FMB A; 3X40 A; 4BTW A; 3K7C A; 5IG0 A; 1QAL A; 1IVU A; 3PS8 A; 1IK3 A; 4HM8 B; 3CXC 2; 1G96 A; 1W6G A; 1KWI A; 2CWU A; 1TU5 A; 3CCS 3; 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