The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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Knots found |
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sequence length |
356
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structure length |
356
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Chain Sequence |
GGILLVANPVIPDVSVLISGPPIKDPEALLRYALPIDNKAIREVQKPLEDITDSLKIAGVKALDSVERNVRQASRTLQQGKSIIVAGFAESKKDHGNEMIEKLEAGMQDMLKIVEDRKRDAVAPKQKEILKYVGGIEEDMVDGFPYEVPEEYRNMPLLKGRASVDMKVKIKDNPNIEDCVFRIVLDGYNAPVTAGNFVDLVERHFYDGMEIQRSDGFVVQTGDPEGPAEGFIDPSTEKTRTVPLEIMVTGEKTPFYGSTLEELGLYKAQVVIPFNAFGTMAMAREEFENDSGSSQVFWLLKESELTPSNSNILDGRYAVFGYVTDNEDFLADLKVGDVIESIQVVSGLENLANPSY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Arabidopsis thaliana
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| publication title |
Crystal structure of Arabidopsis cyclophilin38 reveals a previously uncharacterized immunophilin fold and a possible autoinhibitory mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic
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| total genus |
73
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| structure length |
356
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| sequence length |
356
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| other databases |
 KnotProt 2.0: S +31
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| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2011-04-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00160 | Pro_isomerase | Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Cyclophilin | Cyclophilin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J5D X; 2GW2 A; 3ORE A; 3ZSU A; 5KUV A; 4J58 A; 1CWF A; 3RFY A; 1M63 C; 5CCR A; 1M9X A; 4N1O A; 5KUW A; 1VDN A; 3VA7 A; 5LUD A; 3T1U A; 3PMP A; 2OJU A; 4XNC A; 3ODL A; 1CWB A; 1DYW A; 1M9E A; 2MS4 A; 3MML B; 4FRV A; 4J5A X; 5KV4 A; 3BKP A; 3K2C A; 1CWK A; 3UCH A; 4YUH A; 3RD9 X; 2POY A; 5KV2 A; 3CYS A; 1CWI A; 1AWQ A; 1H0P A; 1Z81 A; 2IGV A; 3S6M A; 4R3E A; 4JCP A; 3LS0 A; 4YUM A; 4YUP A; 4TOT A; 3JB9 d; 4J5B A; 1AWS A; 3OPF A; 4YUK A; 2OK3 A; 1RMH A; 4N1M A; 3R56 A; 2CMT A; 4O8I A; 2HQJ A; 4ZSC A; 4R3F A; 1AWR A; 2R99 A; 3ICH A; 5JHE A; 2K7N A; 3RCF A; 3MML A; 1ZKC A; 4J5C X; 2RS4 A; 5CBT A; 1MF8 C; 4ZSD A; 5CCS X; 4YUI A; 4EYV A; 5KUR A; 1M9C A; 1V9T A; 5CYH A; 1QNG A; 3O7T A; 4E1Q A; 1M9Y A; 2MVZ A; 4J59 A; 2C3B A; 1QNH A; 3EOV A; 3K0Q A; 5KUS A; 4DGB A; 3RDA X; 3OEP A; 3CYH A; 1CWC A; 2POE A; 3K0P A; 5CCQ A; 4HY7 A; 2HE9 A; 1CLH A; 2RMC A; 3LS1 A; 4YUO A; 1AWV A; 2IGW A; 1XO7 A; 2HQ6 A; 1W8L A; 3R59 A; 4S1J A; 3R54 A; 5DUD A; 2PHC B; 3K0O A; 1QOI A; 2ALF A; 3RCG A; 3RCI X; 2RMA A; 2WLW A; 1W8V A; 2Z6W A; 3R4G A; 5KV1 A; 1C5F A; 2CK1 A; 3RCK X; 4DGA A; 2HAQ A; 5KV7 A; 4IPZ A; 2CYH A; 4J5E X; 1YND A; 5KUU A; 1NMK A; 1FGL A; 1VBS A; 2X2D B; 1ZKF A; 3R49 A; 1LOP A; 4O8H A; 2X2A A; 1M9D A; 4N1R A; 4YUL A; 2A2N A; 2CFE A; 3BT8 A; 3RCL A; 3BO7 A; 5A0E A; 1CWO A; 2MC9 A; 2BIT X; 4JJM A; 3RDB A; 4CYH A; 1E3B A; 1X7F A; 5CBW A; 2X7K A; 1AWU A; 1M9F A; 3K0R A; 3R57 A; 5CCN A; 5KUZ A; 3K0N A; 1MZW A; 1CWH A; 5KUO A; 3ODI A; 5F66 A; 4I9Y A; 4FRU A; 2BIU X; 2ESL A; 4S1E A; 3RDC A; 1AK4 A; 1W74 A; 1OCA A; 5KV5 A; 2X83 B; 2P0O A; 2PLU A; 4N1Q A; 1A33 A; 2MWQ A; 2WFJ A; 1AWT A; 2FU0 A; 2QER A; 4DGC A; 1XWN A; 1VAI A; 1IHG A; 1CWJ A; 5KV6 A; 4DGE A; 1CYN A; 4N1P A; 1ZMF A; 4YUG A; 1MIK A; 1IIP A; 2MZU A; 1CWA A; 2WFI A; 3RDD A; 1A58 A; 4YUN A; 1IST A; 4DGD A; 3QYU A; 4LQW A; 5KUL A; 1VBT A; 1VYK A; 2CPL A; 2X25 B; 3K0M A; 1NZE A; 3ICI A; 5KV0 A; 4N1S A; 1BCK A; 4YUJ A; 1J2A A; 2OSE A; 5CBU A; 2X2C K; 2B71 A; 1CWM A; 1E8K A; 2XGY B; 5CBV A; 5KUN A; 2ZP2 A; 1XYH A; 2NUL A; 2N0T A; 1XQ7 A; 3JCU Q; 1W8M A; 2RMB A; 4N1N A; 5KUQ A; 5KV3 A; 1CWL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3B29 A; 1JAF A; 3EZI A; 3W8I A; 2XLM A; 3U0C A; 4IJJ A; 1OW8 A; 4DBR A; 2QLA A; 4ULW A; 2XLV A; 1TFO B; 2DYS C; 1XWJ A; 3GWL A; 1EQ1 A; 2KK1 A; 4W8P A; 2KNH A; 3SXY A; 3EFO B; 1D1B A; 4E1Q A; 1YVI A; 1GGQ A; 4X0R A; 1XO7 A; 4S1J A; 4RD9 A; 4BG0 A; 2WVN A; 5KV1 A; 4JIO A; 3AQB A; 1J8Y F; 2L9J A; 1M9D A; 3BT8 A; 5BQH A; 2BIT X; 1C02 A; 3M4B A; 2J8W A; 3K0N A; 5KYY B; 5COF A; 1L3P A; 1FFH A; 1ZVZ A; 3ZQY A; 5CI9 A; 4PR9 A; 2MWQ A; 5JVE A; 4JTC B; 1XWN A; 3NKE A; 5A6B D; 4YT2 A; 4U9D A; 4WAB A; 1A58 A; 3L8J A; 4BEJ A; 3QW0 A; 2IXP A; 5F5F A; 4YUJ A; 1DOW A; 4I1M A; 1V4A A; 4G7O F; 1C5F A; 3GM1 A; 4J58 A; 1M2V B; 3CZ6 A; 3DJN B; 3M79 A; 3JSZ A; 1E84 A; 1LS1 A; 1JPN A; 3ATP A; 2IXN A; 3V7O A; 4FRV A; 3ABL C; 4A4A A; 1Z63 A; 1Z81 A; 3MBG A; 4OIP F; 1RJ9 A; 5COG A; 4CBE A; 3OPF A; 1BR1 A; 2H7V C; 2XL6 A; 3WG7 C; 3B0U X; 2R99 A; 1WWP A; 4MQ9 F; 2OEX A; 2XLE A; 3HKK A; 1Y4C A; 1M9C A; 1OW6 A; 2KGO A; 1JOG A; 1OKK A; 4J59 A; 4G78 A; 2M64 A; 5KYW B; 3RCG A; 3KYI A; 3ZVR A; 2F22 A; 3WOD F; 2RD9 A; 3VM6 A; 3HTK C; 3LEO A; 3I5P A; 3SNH A; 1ORS C; 1X7F A; 1HMD A; 3RVY A; 1YZA A; 3U8V A; 4U5D E; 4A2N B; 4U5E E; 4MTO A; 2UUI A; 1WN0 A; 3AG4 C; 2KC3 A; 2KQ9 A; 5GPG B; 3O6X A; 4BJ5 A; 3C8G D; 3QYU A; 5KYN A; 2X25 B; 1RXQ A; 3PDM P; 3EH1 A; 3ECS A; 1J2A A; 1JPJ A; 3U9M A; 2NUT A; 4R32 A; 3B9Q A; 4G7Z F; 1F1M A; 3S27 A; 2OCC C; 1S7Z A; 3Q6N A; 2A1D D; 2OKU A; 3LNM B; 4JTD B; 1YYX A; 2EPO A; 1BR2 A; 2YVK A; 4F4B A; 3S6M A; 4YUM A; 3ZIB A; 1WTY A; 1OCC C; 4N1M A; 3R56 A; 3FMS A; 2CNW A; 3U8P A; 2ZXO A; 3K1H A; 4RDA A; 1DOV A; 1QNG A; 3H2V A; 1SR2 A; 3TD7 A; 3K0Q A; 1QVX A; 3M1C B; 3DE9 A; 3UGO A; 3NMI A; 3GOR A; 2IGW A; 2CK1 A; 5TJ5 E; 5KV7 A; 4DOZ A; 2XM0 A; 1GS9 A; 3G4X A; 5AGF A; 4YUL A; 3VF0 A; 1CWO A; 3FOP A; 2J45 A; 2XXA A; 5A69 A; 3DI5 A; 2L6H A; 3UR3 C; 1AK4 A; 2WFJ A; 4EKW A; 2QER A; 5KV6 A; 3T4R A; 4CSA C; 3EPV A; 4MVR A; 4JCZ A; 2WVO A; 2YEV A; 2B0H A; 4CS9 C; 1SZI A; 2I15 A; 1XYH A; 4YN0 B; 2QTV A; 1Q0D A; 3JCU Q; 5EHH A; 4CX9 A; 2RMB A; 3DM5 A; 2KA0 A; 2X2A A; 4CJO A; 4N6C A; 3UMH A; 1E2X A; 1RKE B; 5A6B A; 3PMP A; 1ZZP A; 2DB4 A; 3POV A; 4J5A X; 4YUH A; 1CWK A; 3FXH A; 2J0W A; 1LE2 A; 3RQE A; 4E17 A; 4OIQ F; 4JZA A; 4MVS A; 2OG2 A; 2YHS A; 3ASO C; 1V9T A; 5A6J A; 2J9U A; 3SZR A; 3EGX A; 3LJB A; 4YUO A; 5DUD A; 2R7R A; 1HW1 A; 1FTS A; 2VB6 A; 4MVU A; 3GEI A; 5T3T A; 4IPZ A; 2R7T A; 1Z7Q c; 4E0H A; 2C04 A; 4WGY A; 5D91 A; 4G0H A; 2CW0 F; 1TFK B; 4JJM A; 3SP1 A; 2CGE A; 1Z23 A; 3NDB B; 4Q5S F; 1MZW A; 3HLZ A; 1D1C A; 1K04 A; 3U3B A; 5JT4 A; 2GAQ A; 2TMV P; 3RDC A; 5HSW A; 3SXK A; 2EIK C; 2X83 B; 2P0N A; 3K7D A; 1D0Z A; 2Q9A A; 1G5Z A; 2HKV A; 3OWT A; 2IM8 A; 1TWH A; 4XQ1 A; 2HJM A; 1T6Q A; 2YLI A; 4ANJ A; 1BCK A; 3GAN A; 3RF3 A; 1VLS A; 4XEV A; 2ZP2 A; 1XQ7 A; 3DAG A; 4XTK A; 1WGW A; 3TQO A; 4L6R A; 1CGM E; 2OJU A; 2ICW G; 3S28 A; 2RSE B; 3U2L A; 2J9V A; 1LM3 B; 5AC5 A; 2AWY A; 3W2V A; 5HV9 A; 4R3E A; 4JCP A; 5FZT A; 3US6 A; 4U5G A; 4J5B A; 1HE1 A; 1RMH A; 3ZTZ A; 4O8I A; 3GEE A; 3G4Z A; 1FFT C; 1T5O A; 2BL2 A; 3MML A; 1H9G A; 5JS5 A; 4OD5 A; 4EYV A; 4ZLC A; 4YL3 A; 2R7Q A; 3KMI A; 5CIV A; 1FMV A; 3O39 A; 3WAQ A; 4KI2 A; 1VOM A; 1V74 B; 1MQV A; 2O9X A; 3DKA A; 1NMK A; 5EGY A; 1YJG A; 3X2Q C; 1LI5 A; 2YZS A; 2H8A A; 3ASN C; 1E3B A; 2R7W A; 3R57 A; 2W4M A; 2L6F A; 3TK0 A; 4E18 A; 3JRM O; 5B3I A; 5KV5 A; 3RYL A; 4EHP A; 3E70 C; 4C3B A; 1NU9 C; 4NTA A; 1OW7 A; 2LIG A; 4C7O B; 1PV3 A; 2LCH A; 3RH3 A; 4N1S A; 5B1B C; 1JR8 A; 3IQ5 A; 4IGG A; 2ETS A; 2GFH A; 4JUR I; 3EGX B; 5KUN A; 4P9F A; 2CYD A; 1TWA A; 1D0Y A; 3NYM A; 3K33 A; 4AE4 A; 2N0T A; 2A68 F; 1OCO C; 1VK5 A; 1M9X A; 3VA7 A; 1VDN A; 3AG2 C; 3KKB A; 3K1I A; 5LUD A; 2B0J A; 1SF8 A; 3LNR A; 2WZL A; 3BKP A; 1NSG B; 2X51 A; 1CWI A; 2E87 A; 3Q7L A; 1OCZ C; 3V5X A; 3JB9 d; 4E7Z A; 4O6N A; 1ZU4 A; 1ORY A; 2EPM X; 1AVO B; 3UNG C; 3ZG1 A; 2CNW D; 5CI8 A; 3QTH A; 4D4N A; 1U6H A; 1NFN A; 1FR0 A; 5T1D B; 4JVS A; 3IQC A; 1M56 C; 2BC5 A; 3OEP A; 1G4W R; 2P1A A; 1W8L A; 4EIY A; 3HNJ A; 3RCI X; 4YJW A; 5E3C A; 5AC4 A; 1H7I A; 3W4Y A; 1JRA A; 2XLW A; 1YAU O; 1Z6A A; 2XSE A; 4JEB A; 3FVY A; 3C8G B; 5KUZ A; 4GYT A; 2WVQ A; 3FAJ A; 3TOL A; 2QUP A; 4XPX A; 1YA9 A; 5L0H A; 4CDA A; 1CWJ A; 4FWV A; 4XEK A; 1ZMF A; 1APC A; 3LEV A; 3S84 A; 2CPL A; 1HY5 A; 5KV0 A; 3KYJ A; 2XLD A; 5EK0 A; 4PAC A; 4AK9 A; 3EH2 A; 1CWM A; 3QVZ A; 5KUQ A; 2LK4 A; 1CWL A; 4J5D X; 5IY5 C; 4ZLD A; 4EWC A; 5KV2 A; 4G7H F; 1AWQ A; 2W45 A; 4H54 A; 3EHN A; 4IB4 A; 2CDQ A; 1LI7 A; 1MMA A; 2HQJ A; 4CS8 C; 4WGZ A; 3OA1 A; 1G8X A; 5JRA A; 4NC3 A; 2L7A A; 3S0X A; 2YLD A; 3V5Z A; 4NCQ A; 3DAF A; 1AUE A; 2HSQ A; 2JPU A; 2AU5 A; 2HQ6 A; 1TKN A; 3PCV A; 2Q4F A; 4ULV A; 4DVY P; 1W8V A; 3RCK X; 3VAY A; 1RMV A; 3CSK A; 2WZG A; 4PK4 A; 4CYH A; 3JT1 A; 3K0R A; 1RKC A; 3JRT A; 4DXW A; 3EZH A; 3RVZ A; 3EGD B; 2PX0 A; 4DBQ A; 4DGC A; 3B0P A; 3B0V C; 4U5C E; 1CWA A; 3O55 A; 1ZHX A; 1OQC A; 1Q0K A; 4BJ1 A; 4IRU A; 2HFI A; 1QKR A; 2OSE A; 3JYY A; 2ZXP A; 2Q9B A; 5COM A; 3ITF A; 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