The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
135
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structure length |
127
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Chain Sequence |
GFVEPYIRLFEAIPDAETELATFYDADLDTLPPRMFLPSGDLYTPPGPVRLEEIKRKRRVRLVKVSIYRFEHVGLGLAARPYAYAYAWQGDNGILHLYHAPVVLEDEVTYNESYVRLMRAMGHVDAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for promoter specificity switching of RNA polymerase by a phage factor.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase/transcription
|
| source organism |
Thermus phage p23-45
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| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
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| total genus |
25
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| structure length |
127
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| sequence length |
135
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| chains with identical sequence |
H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WOF B; 3WOE B; 3WOD G; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GU1 A; 1KSI A; 1T3B A; 2BIR A; 5EVH A; 4DKI A; 5AYR B; 3DH2 A; 2JDI H; 1TP6 A; 3EJV A; 5KP3 A; 1VQ6 3; 1AR0 A; 2E2T A; 1I2G A; 1MWU A; 2OQE C; 1Z1S A; 2CG0 A; 2ZL8 A; 3WA3 A; 1B21 A; 1DVD A; 1G02 A; 1BSE A; 3G0K A; 2R41 A; 3MG2 A; 1AVK A; 5M18 A; 2HMM B; 1BSC A; 1JV2 B; 1KWI A; 1W5Z A; 3HII A; 3MSO A; 1N5H A; 1PYL A; 1JJ2 2; 3T0U A; 5M19 A; 3GRD A; 4STD A; 3V92 A; 5BXQ A; 1K41 A; 1VZZ A; 2CIU A; 1RCK A; 3CC4 3; 1WMP A; 3IJE B; 1Q40 A; 2J8X B; 3NBR A; 3NV0 A; 1PY3 A; 1FGQ A; 1I2F A; 1LXE A; 2WGQ A; 3K63 A; 3EC9 A; 4EBG A; 2HMK B; 2BU4 A; 3DUK A; 3IPT A; 4XDW A; 1Q86 4; 1FUW A; 1UGI A; 2Q07 A; 4FCJ A; 1VQ4 3; 1BNR A; 1U5O A; 3AHW A; 1K8A 4; 5IW9 A; 3LYG A; 1B2X A; 4HOH A; 3X3X A; 2Z76 A; 1IV7 A; 5GSP A; 4NPB A; 2RNT A; 5CF1 A; 1CEW I; 2XF3 A; 1EA2 A; 1ROA A; 1SIH A; 1QAL A; 2CC3 A; 3WR2 A; 2WOF A; 1E3R A; 4J5G A; 4XBY A; 3H51 A; 3LZA A; 1LQM B; 1W6C A; 5AII A; 3OWY A; 4MJD A; 1JN5 A; 1RGC A; 3O8Y A; 5JPU A; 4LSO A; 3S27 A; 2BT3 A; 3NM2 A; 2F56 A; 1X1U A; 4RZM A; 4WWU C; 4MEI A; 3NQY A; 1R4Y A; 1WTH A; 4JF8 A; 3CCQ 3; 5BIR A; 2W56 B; 1BRH A; 4HM5 B; 4HM2 B; 5G1K A; 4BTW A; 3UNL A; 1BUJ A; 2RFR A; 3WOF B; 5IG5 A; 1IT8 A; 1J2B A; 3CD6 3; 4N6L A; 1A90 A; 4PEJ A; 5KP1 A; 3D79 A; 3CCL 3; 4Q53 A; 3HX8 A; 4KVH A; 1B2S A; 3G6E 3; 1N8R 4; 4OVM A; 4TX4 A; 1IVV A; 3DM8 A; 4IPB A; 3CC2 3; 2CX1 A; 3GZY B; 3H3H A; 1IQY A; 1DVC A; 1FGR A; 3GZR A; 3JUP A; 1D6Y A; 3GZX B; 1W4N A; 1AQZ A; 2KF5 A; 3ALA A; 1I0V A; 1EQK A; 2QEX 3; 2ML6 A; 3UL6 A; 1WMO A; 1BAN A; 1RSN A; 2YFJ B; 3RGA A; 3FGY A; 3JUO A; 3KE7 A; 4G1M B; 3CNM A; 2LYX A; 1VQ7 3; 4HM6 B; 3UJM A; 1N8Q A; 1EG9 B; 1MGR A; 4K90 B; 1UCK A; 1I0X A; 3SLU A; 4J5K A; 3K9M C; 3NUV A; 1O7M B; 1SJW A; 5ELU A; 5CK6 A; 2W9Q A; 5AYS C; 3LTC A; 2FXT A; 4NRE A; 1QJG A; 2XGN A; 4MMX B; 4K1V A; 4BL3 A; 5DRV A; 1TFO A; 1L5G B; 1DMM A; 1W6Y A; 1VQM 3; 1QVF 2; 1OHO A; 1OUN A; 1Q40 B; 1U8C B; 3KZT A; 2K3D A; 2SBL A; 4AKZ A; 1RGG A; 3D9R A; 1DYU A; 6GSP A; 2BO9 B; 4R4K A; 1VQL 3; 3BND A; 3RDE A; 2OOV C; 1RN7 A; 1IU7 A; 3EE1 A; 1N9E A; 1FZU A; 5IG0 A; 5IG3 A; 3ROB A; 4LGQ A; 4O02 B; 2L1S A; 2GU3 A; 5IEO A; 4CJN A; 2F98 A; 2STD A; 8RNT A; 5HOH A; 3Q3F A; 3FG1 A; 1OH0 A; 3OWS A; 3AGO A; 3EBY A; 4JRF A; 2HMN B; 3NQZ A; 1RNT A; 1B20 A; 4H61 A; 1RGE A; 1TU5 A; 1UI8 A; 2O3O A; 1SAR A; 2MC8 A; 1WMN A; 1JN5 B; 4XBT A; 1ZO2 A; 5TGN A; 1BRN L; 5G1L A; 1GOY A; 1GOU A; 3LML A; 3A5E A; 3KN4 A; 5IER A; 3A76 A; 2SAR A; 1A2V A; 1EUI C; 1T2H A; 1X1Y A; 2XEP A; 4HM3 B; 3LT9 A; 2CFW A; 3SOY A; 2F5M A; 3CCJ 3; 1BRI A; 3TDG A; 3UL5 A; 4KT3 B; 3RNT A; 4LZI A; 3AMO B; 1IQX A; 5BVB A; 2I9W A; 5D81 A; 5ELJ A; 2C11 A; 2FNQ A; 3HK4 A; 3LTA A; 1Q82 4; 3N8B A; 1D6Z A; 1W02 A; 2LQV A; 3I0Y A; 3K7C A; 1IK3 A; 3I55 3; 3PGB A; 3WOE B; 2O9U X; 1RMS A; 1OPY A; 2AAD A; 3FSD A; 1ASK A; 2XSH B; 3F8X A; 4CCV A; 3X40 A; 3VGN A; 1M1X B; 2P05 A; 3WDG B; 1Q9E A; 3EQQ B; 5DRE A; 3JUM A; 1BNI A; 4R1K A; 2FGT A; 4XDV A; 4OUQ A; 1HU9 A; 1LNI A; 2HOH A; 2P09 A; 3WHO A; 3WA2 X; 3G71 3; 1BSA A; 2GBX B; 4EXR A; 1VQ8 3; 3DGL A; 3UB1 A; 4CDL A; 4HM0 B; 1UGH I; 1YNV X; 5A0O B; 5AEU B; 1YVS A; 4U13 A; 1FGT A; 4GL6 A; 4O2H A; 1R4C A; 1W2Z A; 2MF7 A; 1LRA A; 3CCE 3; 1FW7 A; 3MG1 A; 2HML B; 2R4I A; 2UX0 A; 1IVW A; 1GMR A; 2CFG A; 1JB2 A; 5LC7 A; 4L7K A; 3Q90 A; 1UDI I; 4L8P A; 1LOX A; 5IG4 A; 2ML5 A; 5D83 A; 1OHS A; 1JKG B; 2KAA A; 2YFI B; 2B1X B; 2XGL A; 1UCJ A; 3EF8 A; 1W6G A; 3Q2P A; 1FGO A; 5AEW B; 1O7P B; 1A67 A; 4HZ9 B; 1O7W B; 2ZA4 A; 3FF2 A; 3L0R A; 3OWU A; 1MWT A; 1TUH A; 1LVN A; 1UUW B; 2Z7A A; 4X2O A; 1VQO 3; 7STD A; 5BU4 A; 4BU4 A; 3D3L A; 5LC6 A; 1B3S A; 3G4S 3; 2P38 A; 5G2G A; 9RNT A; 3T8N A; 2XSO B; 1IVU A; 3SVA A; 1RN1 A; 2CWU A; 1GY6 A; 3D5G A; 1RNB A; 3F9S A; 3M8C A; 4ORL A; 3BIR A; 3MYT A; 1ISK A; 3B8L A; 3KSE D; 4FMD A; 1OGX A; 1NJI 4; 1M9G A; 1I3I A; 1GMQ A; 3BU4 A; 4AEQ A; 4FMB A; 4H3U A; 3V98 A; 3DGM A; 1W00 A; 1FGM A; 3VSY A; 1RHL A; 2C4B A; 1I8V A; 3AMO A; 4N3V A; 1RRL A; 4R9K A; 4WFO A; 1KD1 4; 1Q7Y 4; 1RJO A; 3N54 B; 3CCR 3; 2KF4 A; 4HM8 B; 4RBN A; 1JZO A; 3GAX A; 1UUG B; 1M1K 4; 1HKX A; 1ZX2 A; 4R9L A; 4R80 A; 4EW5 A; 1BRG A; 1STD A; 1T2I A; 3ZG0 A; 1PFP A; 2ZHX B; 3EN8 A; 1OGZ A; 3ECF A; 3CCV 3; 1I70 A; 2KF3 A; 3FKA A; 3URP A; 1TRP A; 4NHF A; 1TJD A; 1RRH A; 1DMQ A; 4HAA A; 3BLZ A; 3MKI A; 2W04 A; 1IVX A; 3FF0 A; 3PCS A; 3SYU A; 1GSP A; 1Y4K A; 1JZD A; 2W9P A; 1MWS A; 1BNE A; 1JNQ A; 2HMO B; 3PXM A; 5JBS A; 1JBT A; 1VQN 3; 1MWR A; 1BSB A; 4KFE A; 3K0Z A; 3EX9 A; 3CPW 2; 2L4V A; 4K1U A; 3NBJ A; 1UI7 A; 1X1X A; 3E99 A; 3S29 A; 5M1A A; 3SX1 A; 2XRX B; 1JKG A; 2IUK A; 4EYC A; 3J7Y d; 3KKG A; 1BIR A; 3FCS B; 3F40 A; 3LH4 A; 2OQE A; 1MGW A; 4LYL B; 1VQP 3; 1NWW A; 2HMJ B; 3STD A; 4O8S A; 3S28 A; 1JBR A; 2BNG A; 3FLJ A; 2P0M A; 4GHO A; 2F99 A; 2M7O A; 3DY5 A; 3NXJ A; 1WNH A; 1YVB I; 1C54 A; 2BHM A; 3G8Z A; 1YGW A; 2H0I A; 1JB4 A; 4N6M A; 4IIA A; 3B4O A; 4J8T A; 1NB5 I; 1KC8 4; 2E2V A; 3PCR A; 4QWT A; 2P0X A; 2WGO A; 3NBB A; 3LT8 A; 1YJN 3; 2YX9 A; 1YJ9 3; 2PNC A; 3GWR A; 1SPU A; 1QAF A; 5AIG A; 2F86 B; 2XFT A; 1CQS A; 4FMC A; 1YHQ 3; 3S5C A; 2GSP A; 1K9M 4; 1GYB A; 1NDO B; 1V74 A; 2BMQ B; 3FG3 A; 2CFK A; 3CC7 3; 2GEX A; 3CMA 3; 1V57 A; 3EBT A; 1BAO A; 1JB5 A; 1YI2 3; 2CW9 A; 1FA3 A; 3OXA A; 1C7H A; 2GBW B; 1CH0 A; 4RNZ A; 4BIR A; 5I97 A; 1GD3 A; 5D82 A; 4I5Q A; 1S72 3; 4I4K A; 2Z6B A; 3DXO A; 1UW1 A; 5HGR A; 1NO3 A; 3LOY A; 1FUT A; 2CFD A; 1TTO A; 4FCZ A; 3X3Z A; 2A15 A; 3MG3 A; 1BVI A; 2RGQ A; 1EEJ A; 1NB3 I; 1I3F A; 2CX0 A; 1TIJ A; 1NU3 A; 3KFQ C; 3PZW A; 1DMN A; 4N6T A; 2QIY A; 1BRS A; 1O7H B; 2B24 B; 3HOH A; 3U1W A; 2H0G A; 2XR8 B; 4GSP A; 1RKY A; 2K54 A; 1Q81 4; 2PZV A; 1V58 A; 1GOV A; 4GB5 A; 1BNJ A; 1VQ9 3; 4HKV B; 4LEH A; 1Q7H A; 4N6U A; 3V99 A; 1F8N A; 3FG4 A; 2CKF B; 2OTJ 3; 1EKM A; 1LQG C; 2Y74 A; 1MNL A; 4AKY A; 1UCI A; 3SXX A; 1TRQ A; 2OTL 3; 3OV4 A; 1LOW A; 1YIT 3; 1AVL A; 1A2P A; 2V1L A; 5KP4 A; 3NHX A; 2IA7 A; 4MMY B; 1ROV A; 6RNT A; 3GSP A; 2BMR B; 1PU4 A; 2CWT A; 1IT7 A; 3CXC 2; 1MOL A; 2XH9 A; 3ZFZ A; 3BNE A; 4ILF A; 1ZGX A; 2GXF A; 1TFK A; 1BRK A; 3KCH A; 1RGF A; 3GZB A; 1AY7 A; 1B2Z A; 3BNC A; 1IQ8 A; 3JUN A; 1AV4 A; 2YFL B; 3D5I A; 3LTB A; 4HZB B; 4N6O B; 4WYK B; 2KCD A; 1LOY A; 3BB9 A; 3CCS 3; 1LNH A; 4BTY A; 1OAC A; 7GSP A; 2D1W A; 1OCV A; 4LMI A; 4WHA A; 4N6N B; 4O3V A; 5CLK A; 4OK0 A; 4RNY A; 2KRT A; 3JUQ A; 1OHP A; 2WO0 A; 1FYS A; 1RCL A; 2OOV A; 2BMO B; 2GEY A; 1RGA A; 4RNT A; 3MWZ A; 3RGR A; 3AGN A; 2UUG C; 3HIG A; 4KFD A; 4EV2 A; 3CPO A; 3X3Y A; 1BGS A; 1YGE A; 2WOH A; 3N9H A; 5AI1 A; 1W7C A; 1GY5 A; 1QAK A; 3MPH A; 3CCU 3; 1JRQ A; 1SII A; 5AIH A; 4EV5 A; 1CYV A; 1HZ1 A; 3CU3 A; 5IEP A; 1I2E A; 2IMJ A; 3S67 A; 4IT7 A; 2W03 A; 1W2B 2; 4HYZ A; 4FMA A; 4ZM8 A; 4HVN A; 3Q1C A; 4X2H A; 3SOA A; 2IY2 A; 2IUJ A; 5CXO A; 3X42 A; 2Z77 A; 5RNT A; 1ULI B; 1IDP A; 3EB8 A; 3PS8 A; 1DE3 A; 1G0T A; 1ZS7 A; 3G16 A; 3PYJ A; 2W6J H; 2XFS A; 3HI7 A; 5JPP A; 1Q42 A; 1RTU A; 4WP5 A; 5FW5 A; 1DET A; 3I56 3; 1GD4 A; 3B7C A; 4KFF A; 2IYJ A; 1RN4 A; 3LXU X; 1E3V A; 1BRJ A; 2OWP A; 2RBI A; 5AIF A; 3CCM 3; 3QRD A; 4FCM A; 1E97 A; 2K0M A; 2CK3 H; 1WQL B; 1X1W A; 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1YJW 3; 1T5Y A; 2F4Y A; 2H0H A; 2W2C A; 3OX9 A; 2D42 A; 4HM1 B; 3CME 3; 1BU4 A; 4HJL B; 5EEO A; 1O7G B; 5IF6 A; 3WMD A; 3KSP A; 1RGK A; 1BSD A; 2CWV A; 1B2M A; 3K5T A; 3DMC A; 3VF1 A; 1O7N B; 1OF5 A; 2C10 A; 2Y73 A; 2KF6 A; 1N9J A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2GU1 A; 1KSI A; 5EVH A; 5AYR B; 2JDI H; 1TP6 A; 3EJV A; 5KP3 A; 1VQ6 3; 1AR0 A; 2E2T A; 2OQE C; 2ZL8 A; 1Z1S A; 2CG0 A; 3WA3 A; 1DVD A; 3G0K A; 3MG2 A; 1AVK A; 2HMM B; 3HII A; 1JV2 B; 1KWI A; 1W5Z A; 3MSO A; 1N5H A; 1JJ2 2; 3T0U A; 3GRD A; 4STD A; 3V92 A; 5BXQ A; 1K41 A; 1VZZ A; 2CIU A; 3CC4 3; 1WMP A; 3IJE B; 1Q40 A; 3NBR A; 3NV0 A; 1FGQ A; 2WGQ A; 1LXE A; 3K63 A; 4EBG A; 3EC9 A; 1FUW A; 2HMK B; 3DUK A; 3IPT A; 4XDW A; 1Q86 4; 2Q07 A; 4FCJ A; 1VQ4 3; 1U5O A; 1K8A 4; 5IW9 A; 3LYG A; 3X3X A; 2Z76 A; 1IV7 A; 5CF1 A; 1CEW I; 2XF3 A; 1EA2 A; 1ROA A; 1SIH A; 1QAL A; 2CC3 A; 2WOF A; 1E3R A; 4XBY A; 3H51 A; 3LZA A; 1W6C A; 5AII A; 3OWY A; 4MJD A; 1JN5 A; 3O8Y A; 5JPU A; 4LSO A; 3S27 A; 2BT3 A; 3NM2 A; 4WWU C; 4RZM A; 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