The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
135
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structure length |
135
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Chain Sequence |
YDEAITRYFASQYVRAREGFQASEAENNFRLVSLLSSPKEQNRFGKWYAGNNPESPQNIYHNMIATVTIKSISFISKDLIQVRYYKTVRDFNEKENISHWISILNFSYVNAHISTSDRLINPLGFQVSEYRSDPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insight into How Bacteria Prevent Interference between Multiple Divergent Type IV Secretion Systems.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VirB8 protein
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| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Bartonella grahamii
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| total genus |
45
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| structure length |
135
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| sequence length |
135
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BHM A; 4NHF A; 5JBS A; 4MEI A; 4AKZ A; 5I97 A; 2CC3 A; 4JF8 A; 4O3V A; 4LSO A; 4KZ1 A; 4AKY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5AEU B; 2GSP A; 3EN1 B; 3NHX A; 5IEO A; 3CMA 3; 1VQN 3; 1NDO B; 4J5G A; 1FUT A; 4MJD A; 5BVB A; 1LNI A; 4R80 A; 3EX9 A; 7STD A; 3J7Y d; 1TP6 A; 1VQ7 3; 1OH0 A; 4K1U A; 4HM1 B; 3F8H A; 4HVN A; 1RNB A; 1LOX A; 4MMZ B; 4HKV B; 3WDG B; 5AI1 A; 2SAR A; 2HMK B; 1OUN A; 2E2V A; 2Y73 A; 4LSO A; 1RGA A; 2FNQ A; 2H0I A; 3WOD G; 1I2F A; 1VQL 3; 4KVH A; 3KKG A; 3LYG A; 2C11 A; 2CK3 H; 3CC7 3; 1A2K A; 5DRE A; 2J8X B; 1RLS A; 2Z7A A; 2CFK A; 4N6N B; 1N8Q A; 4RZM A; 4LMI A; 1CEW I; 2W56 B; 4XDW A; 1UDI I; 1NNV A; 5CF2 A; 2HMM B; 4I4K A; 5KP1 A; 1S5A A; 1BNE A; 1OF5 A; 2GU3 A; 1VQM 3; 2XSH B; 2CWT A; 2PZV A; 3LTB A; 4ILF A; 4X2H A; 3CC2 3; 1Q82 4; 4HYZ A; 1N5P A; 1QVF 2; 1BNJ A; 1STD A; 1A67 A; 1O7G B; 1WTH A; 1G0T A; 3IPT A; 1O7W B; 1HYF A; 3IJE B; 6GSP A; 2F5M A; 3PCS A; 1EEJ A; 1TU5 A; 3UB1 A; 1JNQ A; 2XGL A; 5AIG A; 4N6U A; 1B20 A; 4J8T A; 3JUO A; 1JZD A; 2BHM A; 3SOY A; 2E2T A; 2RSX A; 1QAK A; 1W6Y A; 1MGW A; 2STD A; 3UNL A; 5ELU A; 1ISK A; 2XEP A; 1D6Y A; 3MWZ A; 1BRG A; 3BIR A; 1YIT 3; 4KFF A; 3BND A; 2WOF A; 3FH1 A; 1AV4 A; 2HOH A; 2OTL 3; 1TFK A; 4XBX A; 3MHE A; 3EBT A; 3WA2 X; 2W2C A; 5D82 A; 1T2H A; 2RBI A; 2CFL A; 2KRT A; 3CCU 3; 1W6C A; 3AGO A; 5EQL A; 4EYC A; 1VQ5 3; 1W6G A; 3AMO A; 2HMO B; 3SOA A; 1LVN A; 1EUI C; 2I9W A; 4N3V A; 4O2H A; 1K8A 4; 1GOU A; 3KSE D; 3DH2 A; 3QK9 A; 4WFO A; 4DKI A; 3CXC 2; 2LQV A; 2XFS A; 7GSP A; 2QEX 3; 2BU4 A; 2F56 A; 1V57 A; 3EC9 A; 3KN4 A; 4WYK B; 1N5H A; 1U5O A; 2ML6 A; 1OHS A; 1AR0 A; 1BSD A; 1X1Y A; 3I0Y A; 1DVC A; 1GMQ A; 1W2Z A; 4BL3 A; 1OHO A; 1N9E A; 2F86 B; 3GAX A; 4AKY A; 3SED A; 2R41 A; 1CYU A; 1BIR A; 1GMR A; 2XSO B; 3MG1 A; 3U97 A; 1RCK A; 1BSE A; 3OX9 A; 1FW7 A; 2W0Q A; 8CHO A; 1QMA A; 5AIH A; 1UUW B; 3IMA B; 1YI2 3; 1E97 A; 3S5C A; 4N6V 0; 4O02 B; 5BIR A; 5TGN A; 1OPY A; 1KC8 4; 1ZS7 A; 1ROA A; 1V58 A; 2BNG A; 4LGQ A; 1B2S A; 5HGR A; 1BRJ A; 1ROV A; 1RDS A; 4FMC A; 2C10 A; 4L7K A; 2GXF A; 1UGH I; 2D1W A; 2WGQ A; 1IVX A; 3FF2 A; 1I0V A; 3HOH A; 3V99 A; 2OOV C; 1I70 A; 4PEJ A; 3DGO A; 3EE1 A; 3B4P A; 3TDG A; 2IMJ A; 4K90 B; 2ZHX B; 3NQY A; 1YJN 3; 2SBL A; 3FG1 A; 1UGI A; 2BT3 A; 3A76 A; 1NJI 4; 1NWW A; 4KT3 B; 3NM7 A; 3F8X A; 3EQQ B; 1RTU A; 1VQK 3; 3MKI A; 1FGQ A; 3BLZ A; 5DRV A; 2K54 A; 2PNC A; 1BOX A; 4Q53 A; 1EG9 B; 1I2G A; 1YGE A; 4MEI A; 3X40 A; 2CFW A; 5LC6 A; 1MWR A; 1SII A; 2GEY A; 5AYS C; 4FCJ A; 4EV2 A; 2OQE C; 3ECF A; 1GY7 A; 5AYR B; 3EN8 A; 2Y74 A; 3O8Y A; 2JDI H; 3WHO A; 4QWT A; 1Q40 B; 3VSY A; 2CX1 A; 3D4A A; 1K41 A; 3H51 A; 3PGB A; 1JB4 A; 4FCZ A; 1X1W A; 2YFL B; 1I0X A; 1IQ8 A; 1LOW A; 4LZI A; 4I5Q A; 1BRI A; 1PY3 A; 3F9S A; 5G1K A; 1LNH A; 3X3Z A; 4XDV A; 1JJ2 2; 3DGL A; 1AQZ A; 2ML5 A; 1O7M B; 1W5Z A; 3WR2 A; 2BMQ B; 2W56 A; 1Q7H A; 1UCL A; 1UI7 A; 3T8U A; 3G4S 3; 3BNB A; 3F40 A; 1VQP 3; 2FXT A; 3CCL 3; 1T5Y A; 2QGU A; 3HIG A; 1OHP A; 1IV7 A; 2KF3 A; 2YFJ B; 3EF8 A; 4STD A; 2ZDJ A; 3Q3F A; 5CXO A; 1GY6 A; 1TIJ A; 3KCH A; 1VQQ A; 1TUH A; 2QA4 3; 1IK3 A; 2YX9 A; 1NB3 I; 2XF3 A; 1D6Z A; 1PYL A; 1WMO A; 5A0O B; 2OQE A; 2OCT A; 4G1M B; 2P0M A; 1FGR A; 1LOY A; 2R4I A; 2RFR A; 3CPO A; 3PYJ A; 1FZU A; 5AII A; 3F7S A; 3MYT A; 3K63 A; 4H61 A; 1AVK A; 1X1X A; 3MG3 A; 2B1X B; 3SYU A; 3UL5 A; 2F5W A; 1B2X A; 1VZZ A; 3CCQ 3; 3NBJ A; 5IEN A; 3VF1 A; 2CWV A; 1W02 A; 1X1U A; 1FGM A; 1Y4K A; 3S29 A; 1BNG A; 4R1K A; 3N9H A; 1T3B A; 2O9U X; 3CCM 3; 1L5G B; 2HMN B; 3DGM A; 1GYB A; 1U8C B; 2RNT A; 1M1K 4; 3A5E A; 1J2B A; 2Z77 A; 3CCE 3; 3JUN A; 4NRE A; 1YIJ 3; 2BIR A; 1G02 A; 3X3X A; 3G8Z A; 4HM3 B; 3S28 A; 2OTJ 3; 2L1S A; 1E3R A; 1VQO 3; 3K5T A; 3KE7 A; 3ZG5 A; 1VQ6 3; 4JF8 A; 4WYK A; 3VGN A; 1DMM A; 1NU3 A; 5KP3 A; 3WMD A; 5FGO A; 3K9M C; 1YVS A; 3D9R A; 5ELJ A; 1RSN A; 3ZFZ A; 2AAD A; 3CU3 A; 4HM6 B; 4BIR A; 4FMB A; 3RGR A; 1IV9 A; 1AY7 A; 3H3H A; 2P38 A; 4WWU C; 1C7H A; 4HZ9 B; 1BRN L; 3UJM A; 3LTC A; 3PS8 A; 1NO3 A; 4OUQ A; 1DYU A; 1RGC A; 3D5I A; 1YNV X; 3CCJ 3; 1VQ9 3; 3CC4 3; 5FW5 A; 4ZM8 A; 1LQG C; 3L0R A; 1W2B 2; 1CYV A; 3X42 A; 2O3O A; 1RCL A; 1K9M 4; 1DE3 A; 4HM4 B; 1DMQ A; 1MWS A; 3RDE A; 1HKX A; 1WMN A; 1BGS A; 3LML A; 4MMX B; 5IEP A; 4TX4 A; 3Q1C A; 3SXX A; 1TFO A; 1DMN A; 1D6U A; 3HZP A; 5EVH A; 5CF1 A; 1N8R 4; 4J9A A; 2CG0 A; 2XH9 A; 2Z6B A; 1UCI A; 4R9L A; 2QIY A; 3N8B A; 1Z1S A; 4IPB A; 4R9K A; 2CW9 A; 1LQM B; 4BL2 A; 2CH9 A; 1RHL A; 3Q90 A; 1RNT A; 5JPP A; 1VQ4 3; 2WGO A; 4EW5 A; 5CK6 A; 3FG3 A; 4HM7 B; 4FCM A; 1AVL A; 1BNS A; 4XB5 A; 1UI8 A; 3GZR A; 3OV4 A; 1YJ9 3; 3NM2 A; 2A15 A; 1KWI A; 5D83 A; 1CH0 A; 1IYY A; 4O8S A; 3ER7 A; 3JUQ A; 1JBR A; 1BRK A; 1HZ1 A; 1RGL A; 1NB5 I; 1IQY A; 1M9G A; 4CCV A; 6STD A; 1RJO A; 2C4B A; 3QRD A; 3CME 3; 1Q7Y 4; 3BNC A; 1BU4 A; 1R4Y A; 1RN7 A; 1UUV B; 4HM5 B; 5M1A A; 3RNT A; 3X3Y A; 4RNY A; 1Q40 A; 3GRD A; 3S67 A; 1BNR A; 3GZB A; 1FA3 A; 4HM0 B; 4N6M A; 2UX0 A; 1C54 A; 2F4Y A; 4XBY A; 1A2V A; 4XM4 A; 1QJG A; 1SQW A; 1K73 4; 1B2Z A; 2XGN A; 1IDP A; 3CCV 3; 4L8O A; 3PCR A; 1MWU A; 3DMC A; 3NV0 B; 2JQ5 A; 3GZY B; 1JBT A; 1IVV A; 6RNT A; 1O7P B; 1EA2 A; 2IY2 A; 4GL6 A; 3NXJ A; 4IIA A; 3B4O A; 1QAF A; 1E3V A; 3K0Z A; 1GY5 A; 1BAN A; 2W03 A; 3DXO A; 3FCS B; 4CPK A; 3X41 A; 1S72 3; 3ALA A; 1UUG B; 3FGY A; 3N54 B; 3LXU X; 1RRH A; 4HM2 B; 5RNT A; 1ZGX A; 1TRQ A; 3JVC A; 3B8L A; 1K28 A; 2OOV A; 4NPB A; 2IA7 A; 4KFE A; 5IG3 A; 3CCS 3; 3CCR 3; 1BSA A; 1JRQ A; 3FKA A; 3FZW A; 1IQX A; 1OAC A; 1MGR A; 3B7C A; 5I97 A; 3CD6 3; 2XR8 B; 1KD1 4; 1PU4 A; 3SX1 A; 2OWP A; 1WQL B; 1LRA A; 1B2U A; 1W4N A; 3HII A; 3HI7 A; 2W9Q A; 3CNM A; 2KF6 A; 3U1W A; 5M18 A; 3G6E 3; 3NUV A; 1BNI A; 1O7N B; 2F99 A; 2KXG A; 1EKM A; 2H0H A; 4EBG A; 4KZ1 A; 3D3L A; 2K3D A; 1JKG B; 1A2P A; 1WMP A; 2B24 B; 2KF4 A; 3D79 A; 1B3S A; 1DET A; 2F98 A; 4O3V A; 5G1L A; 4FMA A; 3KII A; 3FG4 A; 4U13 A; 3G16 A; 3SVA A; 1B2M A; 3I56 3; 3BU4 A; 4MMY B; 1JBS A; 1IT7 A; 1ULI B; 1M1X B; 1ULJ B; 2CKF B; 1JN5 B; 3GSP A; 3KZT A; 3BNE A; 3F7X A; 1BVI A; 4LYL B; 1IVW A; 1GSP A; 3LTA A; 4WP5 A; 2E2U A; 1B27 A; 1GOY A; 1RN4 A; 3KFQ C; 1FUS A; 4NHF A; 2CFG A; 3AHS A; 3MSO A; 7RNT A; 3OWS A; 1LOV A; 3EB8 A; 1CQS A; 1OGX A; 1GD3 A; 1JB2 A; 1MWT A; 1STF I; 2ZL8 A; 2IUK A; 3DGN A; 3Q2P A; 4L8P A; 5AEW B; 3UL6 A; 1GD4 A; 1FGT A; 2P05 A; 1O7H B; 2IUJ A; 2UUG C; 4EXR A; 1GS3 A; 1RN1 A; 4JRF A; 2CIU A; 4N6O B; 4AEQ A; 1R4C A; 3WOF B; 1BRH A; 5STD A; 2XRX B; 3E99 A; 4IT7 A; 2W04 A; 1BNF A; 4GB5 A; 1RGF A; 3KSP A; 2HML B; 1BRS A; 5AIF A; 4GSP A; 4OK0 A; 1MOL A; 1KQS 2; 2LYX A; 3DGY A; 2GBW B; 1RGK A; 2BMR B; 3MPH A; 2W9P A; 2UGI A; 2KAA A; 5CLK A; 3NX0 A; 3F14 A; 1TRP A; 2CHC A; 2WO0 A; 3STD A; 4CDL A; 3MG2 A; 4EC6 A; 3DY5 A; 4X2O A; 5KP4 A; 1JZO A; 5D81 A; 5BU4 A; 2V1L A; 1OCV A; 1BUJ A; 4BU4 A; 2H0G A; 1I8V A; 3JUM A; 1YHQ 3; 3I55 3; 1JB5 A; 2INX A; 4RNZ A; 1OF5 B; 1YGW A; 3GWR A; 1BSC A; 1HU9 A; 4K1V A; 3FF0 A; 3G71 3; 4J5K A; 3NBB A; 4N6T A; 4BTX A; 5HOH A; 5IER A; 4BTY A; 3JUP A; 5JBS A; 1SJW A; 3DUK A; 1UCJ A; 2RGQ A; 8RNT A; 1W00 A; 1RKY A; 3V98 A; 2CFD A; 5M19 A; 4FR9 A; 2M7O A; 4HOH A; 4AKZ A; 3NBR A; 4WHA A; 3S27 A; 3FLJ A; 4RNT A; 4HBR A; 1Q9E A; 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3EJV A; 2KCD A; 3AHW A; 5EEO A; 5G2G A; 5IF6 A; 1FYS A; 1BSB A; 5IG5 A; 1JN5 A; 3RGA A; 1LXE A; 1WNH A; 1RMS A; 1JV2 B; 5IW9 A; 3LT9 A; 3CPW 2; 4EV5 A; 3CNX A; 1QVG 2; 1QAL A; 3GZX B; 1BAO A; 1FGO A; 1T2I A; 1TJD A; 1SAR A; 2MC8 A; 3V92 A; 4HJL B; 3WA3 A; 3OW2 2; 5GSP A; 2YFI B; 2L4V A; 2P0X A; 5BXQ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5AEU B; 3EN1 B; 3NHX A; 5IEO A; 3CMA 3; 1VQN 3; 1NDO B; 4MJD A; 5BVB A; 4R80 A; 7STD A; 3EX9 A; 3J7Y d; 1VQ7 3; 1TP6 A; 1OH0 A; 4K1U A; 4HM1 B; 3F8H A; 4HVN A; 1LOX A; 4MMZ B; 4HKV B; 3WDG B; 5AI1 A; 2HMK B; 1OUN A; 2E2V A; 2Y73 A; 4LSO A; 2FNQ A; 3WOD G; 1VQL 3; 4KVH A; 3KKG A; 3LYG A; 2C11 A; 2CK3 H; 3CC7 3; 1A2K A; 5DRE A; 2Z7A A; 2CFK A; 4N6N B; 1N8Q A; 4RZM A; 4LMI A; 1CEW I; 2W56 B; 4XDW A; 5CF2 A; 2HMM B; 4I4K A; 5KP1 A; 1S5A A; 1OF5 A; 2GU3 A; 1VQM 3; 2XSH B; 2CWT A; 2PZV A; 3LTB A; 4X2H A; 3CC2 3; 1Q82 4; 4HYZ A; 1N5P A; 1QVF 2; 1STD A; 1A67 A; 1O7G B; 1WTH A; 3IPT A; 1O7W B; 3IJE B; 1TU5 A; 3PCS A; 3UB1 A; 1JNQ A; 2XGL A; 5AIG A; 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