The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
152
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structure length |
152
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Chain Sequence |
NENLMEQDFKVPYTDAINIFKDKYKDADIVDLSLERDLNKFVYTVEGVDDNNEYKMKIDANTKDVLEDKTEKLDSEDLNGVARKEKLDLNDIMTPQQAMEIALKEQNGIVKEWSLDKDLDVTFYKIRIDKDKNEYDIKVDSKKGTVLKVEKE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a putative lipoprotein (CD1622) from Clostridium difficile 630 at 1.85 A resolution
rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Clostridium difficile
|
| molecule keywords |
Putative lipoprotein
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| total genus |
35
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| structure length |
152
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| sequence length |
152
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03413 | PepSY | Peptidase propeptide and YPEB domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1D6Z A; 3X40 A; 3SX1 A; 3X3Y A; 3NBJ A; 1IVV A; 3LOY A; 1PU4 A; 2CWT A; 2D1W A; 1QAL A; 2OOV A; 4EV2 A; 3PGB A; 4BTW A; 2Y74 A; 3X3X A; 3X3Z A; 1SII A; 4BTX A; 4KFF A; 4BTY A; 2CWU A; 1UI7 A; 1IVX A; 3NBB A; 2OQE A; 1TU5 A; 3NQZ A; 2W0Q A; 1AVK A; 3ALA A; 1SPU A; 4KFE A; 3WA2 X; 3X42 A; 1QAF A; 1LVN A; 2C10 A; 3AMO B; 1UI8 A; 1RKY A; 1W4N A; 1IQY A; 2Y73 A; 1W5Z A; 1IU7 A; 1W7C A; 3N9H A; 2CFG A; 3K5T A; 2WO0 A; 2C11 A; 2BT3 A; 2E2T A; 3HI7 A; 4EV5 A; 1KSI A; 3SXX A; 1A2V A; 5IW9 A; 3HII A; 2YX9 A; 3X41 A; 1IQX A; 3NQY A; 1IVW A; 2PNC A; 3WA3 A; 2ZL8 A; 1W2Z A; 1RJO A; 2WOH A; 3AMO A; 3T0U A; 2CG0 A; 2CFW A; 1DYU A; 2GU3 A; 4EXR A; 2K0M A; 2CFK A; 2IA7 A; 1N9E A; 1D6U A; 2CFD A; 2E2V A; 1AVL A; 3KII A; 1AV4 A; 4KFD A; 1SIH A; 2OOV C; 1QAK A; 1OAC A; 2CWV A; 2WGQ A; 1US1 A; 1W6G A; 1WMO A; 3HIG A; 2E2U A; 3KN4 A; 1IVU A; 2WOF A; 2OQE C; 1JRQ A; 2CG1 A; 1D6Y A; 1W6C A; 2CFL A; 1WMN A; 3MPH A; 1EKM A; 1WMP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 9RNT A; 1FW7 A; 5EVH A; 1N8Q A; 1YIT 3; 3SX1 A; 1RGF A; 3WMD A; 2KF3 A; 1Q9E A; 1DMM A; 1KC8 4; 1BSE A; 3LOY A; 2MC8 A; 1CYU A; 3DGL A; 3G4S 3; 2D1W A; 4NPB A; 1UGH I; 2OOV A; 1JBS A; 3EN8 A; 5IEN A; 1ZO2 A; 2CW9 A; 3NHX A; 1W2B 2; 3EBT A; 1RNT A; 1YGW A; 3UL6 A; 4XM4 A; 3DZL A; 3X3X A; 3MWZ A; 3FCS B; 4IT7 A; 3X3Z A; 3LT9 A; 5AIG A; 2UGI A; 1SII A; 3DUK A; 4KFF A; 8CHO A; 1O7H B; 4K61 A; 2KF5 A; 1TFO A; 1JB2 A; 2CWU A; 1RGC A; 1IVX A; 2KF6 A; 4U13 A; 1YVB I; 2W6J H; 1QVG 2; 1SQW A; 4WFO A; 1J2B A; 3JUO A; 1FUW A; 4WP5 A; 1T2H A; 2P0M A; 1MGR A; 3ALA A; 5CK6 A; 3NV0 A; 1JB5 A; 4KFE A; 3LZA A; 3LH4 A; 1QAF A; 2RSX A; 3EF8 A; 1CH0 A; 2YFJ B; 4FCZ A; 4CJN A; 1EA2 A; 1IQ8 A; 1JV2 B; 2Q07 A; 1X1Y A; 1LVN A; 2GBW B; 2XEP A; 3EHC A; 1UI8 A; 2CC3 A; 2GEX A; 1N5H A; 1W4N A; 2P09 A; 2W9P A; 1W5Z A; 1QMA A; 5JPU A; 3CC7 3; 5KP1 A; 1MWU A; 3N9H A; 2O3O A; 2WO0 A; 3LYG A; 1CYV A; 3SOA A; 2Z77 A; 1RCK A; 3CNM A; 1BRG A; 2BT3 A; 2GXF A; 3HI7 A; 4HM0 B; 3SXX A; 3VSY A; 6GSP A; 1A2V A; 4TX4 A; 3CCQ 3; 1RRH A; 4OK0 A; 5IW9 A; 3X41 A; 3RNT A; 3T8U A; 3CXC 2; 1VZZ A; 2A15 A; 4J5G A; 1QVF 2; 4GL6 A; 1VQ8 3; 3NQY A; 1I70 A; 2RFR A; 2PNC A; 3MG3 A; 3NM2 A; 1RGG A; 2PZV A; 3WA3 A; 2BMQ B; 2CKF B; 2ZL8 A; 1W2Z A; 3EQQ B; 3ROB A; 1GY6 A; 5D81 A; 2WOH A; 3PCS A; 4HZ9 B; 3CCM 3; 1TRP A; 1C7H A; 2H0G A; 1RN1 A; 3SOY A; 1KD1 4; 4HJL B; 3FG3 A; 1LNI A; 2XRX B; 1JBR A; 2J8X B; 4HKV B; 3OWY A; 4GB5 A; 4LZI A; 1B2X A; 1JB4 A; 1ULJ B; 4AEQ A; 1IK3 A; 3J7Y d; 1BSC A; 1I2E A; 1PFP A; 1BAN A; 2KAA A; 3EC9 A; 3MHE A; 2BMR B; 3BU4 A; 5AEW B; 1I2G A; 1VQ5 3; 5RNT A; 4HM3 B; 2ZHX B; 4EW5 A; 1SIH A; 3IJE B; 2OOV C; 2HMK B; 4XB5 A; 5G1L A; 5HOH A; 1E3R A; 3GZX B; 5LC7 A; 1TJD A; 2M7O A; 1FUS A; 3G0K A; 4N6L A; 3NXJ A; 5JPP A; 4K1V A; 2HMM B; 3K0Z A; 3WOD G; 3OWU A; 1HU9 A; 4R9K A; 2KRT A; 1PY3 A; 3OXA A; 1GSP A; 1IVU A; 3S67 A; 4LGQ A; 3IPT A; 4BU4 A; 3CCJ 3; 3CCV 3; 1BNG A; 1GOY A; 1K41 A; 1Q40 B; 1OPY A; 2CIU A; 2QEX 3; 1U5O A; 1UCJ A; 5AEU B; 3GRD A; 3WOE B; 1EG9 B; 1VQ4 3; 4HYZ A; 2P0X A; 2I9W A; 2W9Q A; 3X40 A; 5G2G A; 4FMD A; 4L8P A; 3X3Y A; 2FGT A; 2GSP A; 3BNB A; 3HX8 A; 1IVV A; 5AIH A; 5BVB A; 1WTH A; 1YJW 3; 1RGK A; 1UCI A; 3A76 A; 3B7C A; 1I0X A; 2L4V A; 1BNR A; 1B3S A; 2CWT A; 1GS3 A; 1QAL A; 1T5Y A; 3KKG A; 3LTA A; 1N8R 4; 3PGB A; 4BTW A; 1YI2 3; 1VQ9 3; 1W02 A; 2JQ5 A; 4FCJ A; 1DMQ A; 3KSE D; 3MG2 A; 3CCE 3; 3DGY A; 1R4C A; 1A90 A; 2XSH B; 1YJN 3; 3MYT A; 2XH9 A; 1DMN A; 1UI7 A; 4KT3 B; 4MEI A; 3DGN A; 2OQE A; 1R4Y A; 4RNY A; 1YHQ 3; 3NQZ A; 4RNZ A; 3S29 A; 3I56 3; 1RHL A; 4HAA A; 2W04 A; 2IUK A; 1GD3 A; 2GEY A; 3JUP A; 4R4K A; 2BHM A; 3BNE A; 5DRV A; 3NV0 B; 1SPU A; 1L5G B; 1VQP 3; 3U1W A; 1GOU A; 3UNL A; 4PEJ A; 1JN5 A; 2CK3 H; 3F14 A; 1ZGX A; 1VQ6 3; 4CPK A; 4AKY A; 2RBI A; 1X1W A; 3AMO B; 3QRD A; 4R1K A; 5ELU A; 3G6E 3; 1BRS A; 2ML6 A; 1FA3 A; 3BB9 A; 1BOX A; 1DE3 A; 3EN1 B; 2O9U X; 3KSP A; 1K28 A; 2Z6B A; 3F9S A; 5GSP A; 3CU3 A; 3ECF A; 3V99 A; 1VQN 3; 1GD4 A; 3AGN A; 1I0V A; 3LT8 A; 4GHO A; 3G16 A; 5FGO A; 1BRH A; 3K5T A; 1QJG A; 1MGW A; 2B1X B; 2CHC A; 2F5W A; 2OWP A; 3K9M C; 1B2M A; 3WR2 A; 1T2I A; 1MOL A; 1TTO A; 4EV5 A; 3CPO A; 3DGM A; 1KSI A; 5KP3 A; 1LRA A; 1FGT A; 1RCL A; 4O02 B; 1Q7Y 4; 1TIJ A; 2WGO A; 3F40 A; 3HII A; 1GMP A; 1NU3 A; 1BSB A; 3HZP A; 4BL2 A; 2H0H A; 3NM7 A; 5D83 A; 1STF I; 4O8S A; 1Y4K A; 4EC6 A; 2STD A; 1JJ2 2; 1JKG B; 1UW1 A; 4MJD A; 1OHO A; 2HML B; 2XFS A; 4HBR A; 4N3V A; 1SAR A; 4I5Q A; 2AAD A; 3BIR A; 1NJI 4; 3LML A; 1CEW I; 1B2U A; 3AMO A; 1K9M 4; 3FZW A; 3T0U A; 2OTL 3; 1UUG B; 4HOH A; 3FH1 A; 4EXR A; 2K0M A; 1CQS A; 4STD A; 3WDG B; 4NRE A; 3CCR 3; 7GSP A; 1YJ9 3; 2FXT A; 1D6U A; 1OHP A; 2CFD A; 3OWS A; 1K8A 4; 2E2V A; 4QWT A; 5IG5 A; 3V92 A; 1AV4 A; 4HM4 B; 2IUJ A; 5KP4 A; 3CPW 2; 2Z7A A; 1K73 4; 3I55 3; 2CX1 A; 1FGR A; 2HMN B; 5CXO A; 5EEO A; 2SAR A; 1VQO 3; 4OUQ A; 2UUG C; 3CNX A; 3RGR A; 3LXU X; 4X2H A; 3UB1 A; 1M1X B; 2CWV A; 1BAO A; 1JKG A; 1RGA A; 2P05 A; 3AGO A; 2OCT A; 4HM7 B; 1US1 A; 4FMC A; 4LMI A; 4RBN A; 1Q81 4; 3GZB A; 1LOX A; 1OGZ A; 1GYB A; 2F99 A; 3HIG A; 2E2U A; 3KN4 A; 4L8O A; 3ZG5 A; 3PZW A; 4R9L A; 2W56 A; 2OQE C; 4FR9 A; 2ZA4 A; 1E97 A; 1JNQ A; 4O3V A; 5IG3 A; 5D82 A; 3BNC A; 1HKX A; 1S5A A; 3K63 A; 3FLJ A; 4N6V 0; 6RNT A; 3DY5 A; 3S27 A; 1LQM B; 1ROV A; 1EKM A; 4CCV A; 1GY5 A; 1LOV A; 3LTC A; 1V58 A; 1DVD A; 1BSA A; 1STD A; 1D6Z A; 2UX0 A; 3DXO A; 1Q7H A; 2HOH A; 1NWW A; 1O7P B; 1Q82 4; 1GOV A; 2OTJ 3; 2BIR A; 3PS8 A; 2GBX B; 3EB8 A; 3ER7 A; 4N6M A; 1S72 3; 1O7W B; 1YNV X; 3DM8 A; 3PYJ A; 4OVM A; 4IIA A; 2Y74 A; 3T8N A; 3ZFZ A; 1DET A; 1BUQ A; 5AIF A; 3OX9 A; 3D3L A; 2CX0 A; 5IG0 A; 1ROA A; 1U8C B; 3CCU 3; 5BU4 A; 1N9J A; 4FMA A; 3I0Y A; 3CMA 3; 2LYX A; 4GSP A; 1YIJ 3; 4FMB A; 3NBB A; 1VQK 3; 1TU5 A; 1OH0 A; 4KZ1 A; 1A2K A; 1KWI A; 2LQV A; 1RRL A; 2C4B A; 2KF4 A; 1RGL A; 2QIY A; 4XBT A; 1UGI A; 5IER A; 2W03 A; 3E99 A; 3HK4 A; 3WA2 X; 3X42 A; 2FNQ A; 5LC6 A; 1JN5 B; 5AII A; 1O7G B; 1RN4 A; 3RDE A; 4WHA A; 1YGE A; 4HM5 B; 1RKY A; 1GY7 A; 1M1K 4; 4DKI A; 3DMC A; 1IQY A; 2Y73 A; 3F8H A; 2GU1 A; 1TP6 A; 1UUW B; 4CDL A; 1JZD A; 1OCV A; 4FCM A; 1BRK A; 1NDO B; 1IU7 A; 3Q2P A; 3M8C A; 1BSD A; 3MKI A; 6STD A; 2P38 A; 3S28 A; 3H3H A; 2B24 B; 1BUJ A; 1MWR A; 2C11 A; 2XF3 A; 4I4K A; 1AY7 A; 1LXE A; 1NB3 I; 1RLS A; 1ULI B; 1UDI I; 1V74 A; 2XSO B; 4O2H A; 5HGR A; 1NO3 A; 1IT7 A; 1A67 A; 5TGN A; 1VQM 3; 1BNI A; 1RSN A; 1TUH A; 3Q90 A; 1IQX A; 3GWR A; 4EYC A; 3A5E A; 1FGO A; 2BU4 A; 3N8B A; 4AKZ A; 3ZG0 A; 4ORL A; 2RGQ A; 5EQL A; 3D4A A; 4IPB A; 1BGS A; 2IYJ A; 3F8X A; 1RJO A; 2F56 A; 2IMJ A; 1WNH A; 4KVH A; 1V57 A; 5M1A A; 2GU3 A; 1TFK A; 2R41 A; 1UCK A; 3S5C A; 1GMQ A; 3G8Z A; 4RZM A; 5IF6 A; 1X1X A; 2SBL A; 2INX A; 3B4O A; 4WYK A; 3FSD A; 1AR0 A; 2K54 A; 3IMA B; 1FGQ A; 3KII A; 3OV4 A; 5IEO A; 3Q1C A; 3B8L A; 3TDG A; 4G1M B; 4KFD A; 1HZ1 A; 4JRF A; 4LYL B; 1QAK A; 1Z1S A; 1IT8 A; 1OAC A; 1OGX A; 2F98 A; 1F8N A; 1JZO A; 2RNT A; 2WGQ A; 3FG4 A; 4HZB B; 4LSO A; 3MSO A; 4WWU C; 5STD A; 1W6G A; 1RDS A; 1ASK A; 3FGY A; 5AI1 A; 5M18 A; 4HM8 B; 1IV9 A; 2W56 B; 2WOF A; 5JBS A; 5ELJ A; 1OF5 A; 2ZDJ A; 1GMR A; 4H61 A; 3KE7 A; 4R80 A; 3QK9 A; 1O7N B; 2YFL B; 1E3V A; 5CF2 A; 4XDV A; 1W6C A; 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3JVC A; 1SJW A; 2JDI H; 3GZR A; 1MWS A; 4N6U A; 1IVW A; 1MNL A; 3D9R A; 1YVS A; 3NX0 A; 3SLU A; 3DGO A; 3AHS A; 2F5M A; 1B2S A; 1RGH A; 1X1U A; 3FF2 A; 3EE1 A; 1M90 4; 4K1U A; 1LOW A; 2CG0 A; 2CFW A; 1DYU A; 5G1K A; 3SED A; 3WOF B; 1Q86 4; 3JUN A; 1BNF A; 3HOH A; 3URP A; 3B4P A; 5AYS C; 3Q3F A; 4HM1 B; 4N6O B; 5BXQ A; 2CFK A; 5M19 A; 2IA7 A; 1BNJ A; 1N9E A; 1BRI A; 4L7K A; 4WYK B; 4ZM8 A; 2W2C A; 3LTD A; 5IG4 A; 4K90 B; 1AVL A; 4HVN A; 1ISK A; 2Z76 A; 1Q42 A; 3DH2 A; 2BMO B; 1G0T A; 7STD A; 3EBY A; 3FKA A; 1EEJ A; 1BVI A; 3WHO A; 3CC2 3; 3JUM A; 3F7X A; 1JBT A; 1HYF A; 3MG1 A; 1UUV B; 3D5I A; 5DRE A; 1RGE A; 4J8T A; 4BIR A; 1O7M B; 3KZT A; 1EUI C; 1LQG C; 2AAE A; 1WQL B; 1WMO A; 2ML5 A; 3NBR A; 4NHF A; 3U97 A; 1VQL 3; 1LNH A; 1FUT A; 2MF7 A; 3L0R A; 3LTB A; 1RTU A; 2XGL A; 1PYL A; 2HMJ B; 3BND A; 3FF0 A; 2QGU A; 1BRJ A; 4MMX B; 1OUN A; 3GZY B; 5FW5 A; 3SVA A; 1OF5 B; 1BIR A; 1JRQ A; 4HM2 B; 4MMY B; 2CG1 A; 1UCL A; 1D6Y A; 3O8Y A; 1Q40 A; 1T3B A; 2HMO B; 1FZU A; 3AHW A; 1WMN A; 1AQZ A; 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