The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
142
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structure length |
139
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Chain Sequence |
SYDTVRDKYWLSQYVIARETYDWYTLQKDYETVGMLSSPSEGQSYASQFQGDKALDKQYGSNVRTSVTIVSIVPNGKGIGTVRFAKTTKRTGDGETTHWIATIGYQYVNPSLMSESARLTNPLGFNVTSYRVDPEMGVV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR analyses, X-ray crystallography and small-molecule probing reveal conformational shifts during monomer-to-dimer transition of Brucella suis VirB8
rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Brucella suis biovar 1 (strain 1330)
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| molecule keywords |
Type IV secretion system protein virB8
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| total genus |
39
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| structure length |
139
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| sequence length |
142
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-04-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KZ1 A; 4AKY A; 5JBS A; 4JF8 A; 4O3V A; 4AKZ A; 2CC3 A; 4NHF A; 2BHM A; 4LSO A; 4MEI A; 5I97 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SPU A; 1BNG A; 2PNC A; 2KF4 A; 1Q7H A; 3J7Y d; 4O2H A; 3T8U A; 2UX0 A; 3EN1 B; 1EEJ A; 2F56 A; 6GSP A; 3GZX B; 4XB5 A; 3OW2 2; 2XR8 B; 1RGE A; 3WR2 A; 3D3L A; 3WA3 A; 3CCJ 3; 3RDE A; 1VQK 3; 3NXJ A; 1RRL A; 5LC6 A; 4EV2 A; 4GHO A; 1W00 A; 1G02 A; 2W9Q A; 5DRV A; 3UNL A; 1Q7Y 4; 2Z76 A; 5IEO A; 1BAN A; 2W2C A; 1TIJ A; 1A2K A; 1B20 A; 1ZS7 A; 4X2O A; 1T2I A; 3EQQ B; 5M1A A; 2CX1 A; 5IF6 A; 4O3V A; 4J5K A; 5HGR A; 2CWU A; 1DMN A; 2XFT A; 3HIG A; 3UL5 A; 5IW9 A; 4LGQ A; 1LOY A; 4WHA A; 3NV0 B; 1TRP A; 4R80 A; 2FXT A; 3S29 A; 2CWV A; 3AHS A; 3X40 A; 4GL6 A; 1C7H A; 3CPO A; 2KCD A; 1RGH A; 1QVG 2; 2D1W A; 4KFD A; 1VQ6 3; 2P0M A; 3FF0 A; 5BXQ A; 2C10 A; 4HM1 B; 5CF2 A; 5M19 A; 1Y4K A; 1DVD A; 2E2U A; 2OQE C; 2BNG A; 3G6E 3; 1NWW A; 2Z77 A; 3H3H A; 1N5H A; 5GSP A; 3HX8 A; 1W5Z A; 4HM0 B; 2CIU A; 3Q2P A; 2RSX A; 3V92 A; 1VQP 3; 3EC9 A; 5IEN A; 1U8C B; 1AV4 A; 4FMD A; 3D5G A; 1K73 4; 1BNS A; 1HKX A; 1FGM A; 3B7C A; 3F14 A; 4WYK B; 1LOW A; 1STF I; 2SAR A; 3N8B A; 3K7C A; 3LTD A; 1HYF A; 5AIG A; 2JDI H; 3MG1 A; 1VQ4 3; 3KCH A; 3DGO A; 1MWS A; 1ULJ B; 2XGN A; 3NBB A; 4OUQ A; 1BNE A; 5IG0 A; 1X1Y A; 4MMY B; 3K9M C; 3UB1 A; 1IU7 A; 3IJE B; 3PZW A; 1YHQ 3; 1MWT A; 4N6L A; 3CMA 3; 3HK4 A; 3QK9 A; 1BNJ A; 4HZB B; 4J8T A; 4FMA A; 4HKV B; 2HMN B; 1ZO2 A; 2H0I A; 3STD A; 1RMS A; 3ROB A; 2CFL A; 1W6G A; 2KF5 A; 3KSP A; 1PFP A; 1X1U A; 1IT8 A; 1RRH A; 4RBN A; 1IVX A; 3AGN A; 1Q86 4; 2GEY A; 3BNC A; 2K0M A; 1NO3 A; 2W56 B; 4EBG A; 1W2B 2; 5I97 A; 1O7G B; 3AMO A; 2AAD A; 2OTL 3; 3OX9 A; 2W9P A; 1KSI A; 2H0G A; 4GSP A; 5ELJ A; 3WHO A; 4H3U A; 3ZG0 A; 1B2M A; 3MG2 A; 3FG1 A; 4HM4 B; 1O7W B; 4LMI A; 3OWS A; 4EV5 A; 3G16 A; 1JKG B; 9RNT A; 3EE1 A; 2F5M A; 1W7C A; 1VQL 3; 4NPB A; 3D4A A; 2FNQ A; 3PGB A; 1BSE A; 1RKY A; 1VQ9 3; 5BVB A; 3NX0 A; 4WP5 A; 1U5O A; 2MF7 A; 3PCR A; 2CFK A; 3X42 A; 1Q9E A; 3FF2 A; 1Q40 A; 4JF8 A; 2GSP A; 1GOU A; 1OGZ A; 3NUV A; 2OQE A; 3NQZ A; 4XDV A; 4I5Q A; 2HOH A; 2XH9 A; 4HOH A; 4AKY A; 2GU1 A; 4U13 A; 5JBS A; 1KC8 4; 2PZV A; 3G0K A; 3LOY A; 1S72 3; 1I2G A; 1I70 A; 3DY5 A; 4OK0 A; 1OF5 B; 2CG1 A; 1VQO 3; 3CC4 3; 1ISK A; 3UJM A; 1VZZ A; 2W04 A; 3KII A; 3PYJ A; 4LEH A; 5AEU B; 1BVI A; 4R4K A; 3MHE A; 1CEW I; 1I0X A; 1I8V A; 1RGA A; 1ULI B; 2IYJ A; 4N6N B; 1C54 A; 2K3D A; 1RNB A; 2BMO B; 1DVC A; 2HMK B; 5AIF A; 4WWU C; 4KFF A; 1KD1 4; 3T8N A; 3SYU A; 3CME 3; 3CU3 A; 2C11 A; 2CFD A; 1V58 A; 3GWR A; 1RGC A; 4MMZ B; 4TX4 A; 4HAA A; 3S67 A; 1GD4 A; 1W6Y A; 1WMO A; 2GEX A; 5IER A; 1G96 A; 3CCV 3; 2Q07 A; 2CG0 A; 3DZL A; 2UUG C; 4HZ9 B; 1RSN A; 2LYX A; 3AHW A; 1BRJ A; 3BIR A; 4H61 A; 1YJ9 3; 2ML6 A; 1YIT 3; 1BRS A; 3F7S A; 1I3I A; 1GSP A; 3T0U A; 4STD A; 2CH9 A; 1OHS A; 1JB2 A; 2BMR B; 3HZP A; 3FG4 A; 1RGF A; 5IG5 A; 1BRG A; 3CNM A; 1D6U A; 1DE3 A; 1LNI A; 1RN7 A; 1JBT A; 4BL2 A; 1W02 A; 2IA7 A; 3RNT A; 3VSY A; 3WOF B; 1B2S A; 3BU4 A; 3FSD A; 1L5G B; 4BL3 A; 1BRN L; 1FGQ A; 1FUW A; 1FZU A; 3N9H A; 1N9E A; 5D81 A; 1B21 A; 3X41 A; 1LQM B; 5EVH A; 1BSA A; 3DM8 A; 2E2T A; 2RNT A; 2GU3 A; 1TFK A; 2AAE A; 4LZI A; 1N5P A; 2E2V A; 4AEQ A; 4N6M A; 4L8O A; 4RNZ A; 3DGL A; 4BTX A; 1JN5 A; 4X2H A; 1AQZ A; 1CYU A; 3LZA A; 1D6Y A; 3NHX A; 2QGU A; 5ELU A; 1N8Q A; 1ASK A; 1AVL A; 4K1U A; 2CW9 A; 4K90 B; 3I0Y A; 2QEX 3; 3ZG5 A; 4KFE A; 2MC8 A; 5G2G A; 1E3R A; 3PCS A; 3D79 A; 1K28 A; 1LNH A; 5M18 A; 1A90 A; 1T5Y A; 1NNV A; 3H51 A; 3SOA A; 1YJN 3; 3A5E A; 2CWT A; 1MWU A; 1OCV A; 2HML B; 3EHC A; 4J9A A; 5KP4 A; 1Q82 4; 3CC7 3; 1LXE A; 2R41 A; 1YVB I; 3HOH A; 1O7M B; 3S5C A; 8CHO A; 3CCS 3; 5IG4 A; 2GXF A; 2A15 A; 4KVH A; 1RGL A; 4QWT A; 5D82 A; 2OCT A; 1NU3 A; 3CCU 3; 3SXX A; 1US1 A; 1WMN A; 2IY2 A; 1A67 A; 2WGQ A; 1BGS A; 3LTB A; 4BTW A; 1RN4 A; 2BT3 A; 1W4N A; 5TGN A; 3BLZ A; 2Y74 A; 2HMM B; 3SED A; 3G71 3; 3Q3F A; 1R4Y A; 5BU4 A; 1AR0 A; 1BU4 A; 1DET A; 2BHM A; 1VQQ A; 2XF3 A; 3B8L A; 3G4S 3; 3S28 A; 3L0R A; 1CYV A; 2GBW B; 3RGR A; 1ROV A; 4ORL A; 1BUJ A; 1RGK A; 1W01 A; 2CC3 A; 3NM7 A; 1UI7 A; 3LYG A; 4HM2 B; 3F40 A; 1QMA A; 3Q90 A; 3BND A; 1FA3 A; 1RCK A; 3CPW 2; 4N6U A; 4GB5 A; 1JBR A; 3JVC A; 1N9J A; 1FYS A; 1TP6 A; 1K41 A; 1UCK A; 2J8X B; 1YJW 3; 3WOD G; 5AYR B; 4AKZ A; 1YGW A; 1IT7 A; 2HMJ B; 3K63 A; 3KN4 A; 4IPB A; 1GOY A; 1JB5 A; 2F5W A; 3WDG B; 4CDL A; 1A2P A; 2IUJ A; 1YIJ 3; 1WMP A; 5KP1 A; 3A76 A; 3LH4 A; 2L1S A; 3LTA A; 5AI1 A; 1X1W A; 1O7H B; 2SBL A; 2Z6B A; 1JV2 B; 1JRQ A; 4MJD A; 1AVK A; 5A0O B; 7RNT A; 1QAF A; 4LSO A; 1IK3 A; 1OPY A; 1EG9 B; 4FMC A; 2Y73 A; 1UUW B; 2I9W A; 3ER7 A; 2P38 A; 4N3V A; 1J2B A; 1OHP A; 2UGI A; 1B3S A; 4EC6 A; 4NRE A; 2YFI B; 4FCZ A; 1TFO A; 2CX0 A; 3N54 B; 1PYL A; 2Z7A A; 4HBR A; 3OWY A; 5AII A; 3F8H A; 4OVM A; 1NB5 I; 1ZX2 A; 5DRE A; 1W6C A; 2C4B A; 3QRD A; 3WMD A; 3BNE A; 3D5I A; 1W2Z A; 1YVS A; 1IVU A; 4XM4 A; 2F99 A; 4HJL B; 3MWZ A; 1RTU A; 3URP A; 3MG3 A; 4Q53 A; 3K0Z A; 1SJW A; 3CCQ 3; 1TUH A; 2LQV A; 3AMO B; 1JZO A; 4N6T A; 4R9L A; 1BAO A; 4FCJ A; 4MEI A; 5FW5 A; 1IQX A; 1RNT A; 4IIA A; 3X3X A; 3FLJ A; 8RNT A; 5JPP A; 1BRH A; 2QIY A; 1GY6 A; 3K5T A; 4IT7 A; 4L8P A; 2WO0 A; 3EB8 A; 2XFS A; 4XBX A; 4EW5 A; 1E3V A; 1EQK A; 3F9S A; 2QA4 3; 4KT3 B; 5BIR A; 1GYB A; 4CPK A; 3O8Y A; 4K61 A; 3DXO A; 3FH1 A; 3GRD A; 3NQY A; 4N6O B; 1MOL A; 1S5A A; 1QAL A; 1I2F A; 1BNF A; 1GMQ A; 2K54 A; 1WTH A; 1HZ1 A; 1UCI A; 1SAR A; 1BSB A; 1IQY A; 3FKA A; 3LT8 A; 5IG3 A; 3NBR A; 2CFG A; 2F86 B; 3IPT A; 3LTC A; 1JB4 A; 1UUV B; 2IMJ A; 4RNT A; 1Q40 B; 3NV0 A; 1D6Z A; 1GD3 A; 3CCL 3; 1MWR A; 5CXO A; 3EBT A; 1RCL A; 4BU4 A; 1TTO A; 3MKI A; 3Q1C A; 2CFW A; 3EBY A; 1TU5 A; 4LYL B; 1CH0 A; 2B24 B; 2CHC A; 3GZB A; 1QVF 2; 1IV9 A; 4R9K A; 4HVN A; 3DGN A; 3VGN A; 5AIH A; 3CNX A; 3SVA A; 1B2X A; 1O7N B; 4HM8 B; 3SOY A; 4ILF A; 1GOV A; 3KSE D; 3PS8 A; 7STD A; 2ZA4 A; 1UI8 A; 1GS3 A; 3E99 A; 1ROA A; 3DUK A; 5STD A; 3NM2 A; 1GY7 A; 4WYK A; 1K8A 4; 1RN1 A; 3KFQ C; 4I4K A; 4BTY A; 5G1L A; 1YGE A; 1WQL B; 2IUK A; 3WA2 X; 2F98 A; 3G8Z A; 4BIR A; 1OAC A; 1STD A; 1I3F A; 3MSO A; 5CK6 A; 1VQ5 3; 4R1K A; 1EUI C; 5G1K A; 1FGO A; 3AGO A; 4JRF A; 1VQ7 3; 1R4C A; 2D42 A; 4XBY A; 1PU4 A; 1BIR A; 1M90 4; 1IYY A; 4O02 B; 2OOV A; 2P09 A; 3FZW A; 1E97 A; 2BMQ B; 1ZGX A; 3ECF A; 1LVN A; 4HYZ A; 3DH2 A; 2KAA A; 1GY5 A; 5EQL A; 3I56 3; 3CCM 3; 5AEW B; 3EF8 A; 1BNI A; 1SII A; 3GAX A; 3JUN A; 4G1M B; 1QAK A; 1O7P B; 1MGW A; 1OGX A; 2ZL8 A; 3HI7 A; 4RZM A; 2W56 A; 1T3B A; 3EX9 A; 3LT9 A; 1VQM 3; 3JUM A; 1UCL A; 3DMC A; 1RGG A; 3FCS B; 3GSP A; 2HMO B; 1BSC A; 1X1X A; 1TRQ A; 2R4I A; 2BU4 A; 3S27 A; 3MPH A; 3UL6 A; 3CCE 3; 2KXG A; 4HM7 B; 4J5G A; 2YFL B; 3LXU X; 3F8X A; 1Q81 4; 2M7O A; 3X3Y A; 1JKG A; 3CXC 2; 1JJ2 2; 3D9R A; 2H0H A; 1JN5 B; 4FR9 A; 1VQ8 3; 2P0X A; 2W6J H; 2CKF B; 3JUQ A; 4DKI A; 4N6V 0; 1V57 A; 5KP3 A; 1QJG A; 1V74 A; 1IQ8 A; 4EXR A; 1YI2 3; 2W03 A; 5D83 A; 1UGI A; 2CK3 H; 1BSD A; 1IVV A; 3B4P A; 4CJN A; 1B2Z A; 2P05 A; 1LRA A; 1RDS A; 2BIR A; 3ZFZ A; 5EEO A; 3X3Z A; 3GZR A; 2RFR A; 1OH0 A; 1FGT A; 3U97 A; 1OF5 A; 2WGO A; 2XGL A; 2OOV C; 3FG3 A; 2KF6 A; 5LC7 A; 2ML5 A; 4XBT A; 1OUN A; 3M8C A; 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3NBJ A; 3CC2 3; 2L4V A; 3KKG A; 1MNL A; 2V1L A; 1UDI I; 1B27 A; 1Z1S A; 3CD6 3; 1IVW A; 4FMB A; 3V98 A; 2OTJ 3; 1VQN 3; 1EA2 A; 3WOE B; 1B2U A; 2STD A; 3GZY B; 4RNY A; 3I55 3; 3BB9 A; 1M9G A; 3B4O A; 1MGR A; 3DGY A; 2RBI A; 3VF1 A; 1IDP A; 1FW7 A; 1G0T A; 6STD A; 3U1W A; 3BNB A; 4ZM8 A; 1F8N A; 5FGO A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1SPU A; 2PNC A; 3J7Y d; 4O2H A; 3T8U A; 2UX0 A; 3EN1 B; 3GZX B; 4XB5 A; 3OW2 2; 2XR8 B; 3D3L A; 3WA3 A; 3CCJ 3; 3RDE A; 1VQK 3; 3NXJ A; 1RRL A; 5LC6 A; 4EV2 A; 1W00 A; 2W9Q A; 5DRV A; 3UNL A; 1Q7Y 4; 2Z76 A; 5IEO A; 2W2C A; 1TIJ A; 1A2K A; 4X2O A; 3EQQ B; 5IF6 A; 4O3V A; 5HGR A; 2CWU A; 1DMN A; 2XFT A; 3HIG A; 3UL5 A; 5IW9 A; 4LGQ A; 4WHA A; 3NV0 B; 4R80 A; 2FXT A; 3S29 A; 2CWV A; 3X40 A; 4GL6 A; 1C7H A; 3CPO A; 2KCD A; 1VQ6 3; 1QVG 2; 2D1W A; 4KFD A; 2P0M A; 3FF0 A; 5BXQ A; 2C10 A; 4HM1 B; 5CF2 A; 1Y4K A; 1DVD A; 2E2U A; 2OQE C; 2BNG A; 3G6E 3; 1NWW A; 2Z77 A; 3H3H A; 1N5H A; 3HX8 A; 1W5Z A; 4HM0 B; 2CIU A; 3Q2P A; 2RSX A; 3V92 A; 1VQP 3; 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