The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
126
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structure length |
126
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Chain Sequence |
NINKLYSDIDPEMKMDWNKDVSRSLGLRSIKNSLLGIITTRKGSRPFDPEFGCDLSDQLFENMTPLTADTVERNIESAVRNYEPRIDKLAVNVIPVYDDYTLIVEIRFSVIDNPDDIEQIKLQLAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the T4 baseplate and its function in triggering sheath contraction.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage t4
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| molecule keywords |
Baseplate wedge protein gp25
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| total genus |
32
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| structure length |
126
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| sequence length |
126
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04965 | GPW_gp25 | Gene 25-like lysozyme |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OAC A; 1KSI A; 2C10 A; 2CG1 A; 2D1W A; 3HI7 A; 3NBJ A; 1IU7 A; 3WA2 X; 3SXX A; 3NQY A; 1D6Z A; 1A2V A; 3K5T A; 2OOV C; 1W6G A; 4BTW A; 1W2Z A; 2ZL8 A; 2W0Q A; 3HIG A; 1IVW A; 1IVV A; 3X40 A; 3SX1 A; 2K0M A; 4EV5 A; 3PGB A; 2CFL A; 1EKM A; 2WO0 A; 3MPH A; 2BT3 A; 3AMO B; 2CWV A; 3NQZ A; 1W6C A; 1AVL A; 1QAK A; 2PNC A; 2CFW A; 1DYU A; 4BTY A; 3HII A; 1WMO A; 2OOV A; 2CFK A; 4KFD A; 2WOH A; 1TU5 A; 4EXR A; 4EV2 A; 3X3X A; 1W5Z A; 2WGQ A; 1US1 A; 2CG0 A; 2OQE C; 1UI8 A; 2YX9 A; 1PU4 A; 3NBB A; 3WA3 A; 1SPU A; 3ALA A; 1IVX A; 1WMP A; 3KII A; 3AMO A; 2C11 A; 1W4N A; 2CFD A; 5IW9 A; 2E2U A; 1IQX A; 1SIH A; 1N9E A; 1IQY A; 1QAL A; 2CFG A; 1RJO A; 3N9H A; 2E2V A; 2GU3 A; 2IA7 A; 4KFE A; 3X3Y A; 2CWU A; 2Y73 A; 3X41 A; 2WOF A; 1IVU A; 3LOY A; 2CWT A; 1W7C A; 3T0U A; 4KFF A; 1WMN A; 1D6U A; 1UI7 A; 1LVN A; 1QAF A; 2OQE A; 3X42 A; 1SII A; 1AV4 A; 1AVK A; 2Y74 A; 3KN4 A; 4BTX A; 1RKY A; 1D6Y A; 2E2T A; 1JRQ A; 3X3Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OAC A; 1ROA A; 1GY7 A; 1KSI A; 3F8H A; 1UDI I; 1ZS7 A; 3CCV 3; 2D1W A; 3UL6 A; 3WA2 X; 4FR9 A; 1IU7 A; 4K1U A; 1NO3 A; 2RNT A; 1IT8 A; 4TX4 A; 3CCE 3; 4L8O A; 8CHO A; 3A5E A; 4FCM A; 3MG3 A; 3LZA A; 1YNV X; 3I0Y A; 4FMB A; 4GHO A; 4IT7 A; 4STD A; 4XBY A; 3RGR A; 2SAR A; 3K5T A; 1V57 A; 2OOV C; 1GD3 A; 3FGY A; 4N6T A; 3WMD A; 1IYY A; 1IDP A; 4GB5 A; 2KRT A; 4FMD A; 1HZ1 A; 3GZR A; 4XDW A; 2W9P A; 1B3S A; 4KT3 B; 1BSD A; 1UUG B; 3KFQ C; 1BIR A; 3BLZ A; 1M9G A; 1NB5 I; 1FGO A; 1TFO A; 3BND A; 1K28 A; 4R1K A; 1K41 A; 1UUW B; 3KSE D; 2QGU A; 3CXC 2; 1VQP 3; 3O8Y A; 4EV5 A; 3PGB A; 2CX0 A; 3DZL A; 3N8B A; 4HM1 B; 5M1A A; 1EKM A; 2CW9 A; 2GEY A; 1Q82 4; 3KE7 A; 3ROB A; 3MPH A; 3DGN A; 2XFS A; 3LT8 A; 3IMA B; 8RNT A; 1JBS A; 1B20 A; 1N5P A; 1TFK A; 1OGX A; 1WQL B; 1RGA A; 2OWP A; 3JUP A; 3OWU A; 3PCR A; 4IPB A; 2ZHX B; 4L7K A; 3OW2 2; 3UNL A; 2H0H A; 1JBR A; 1KQS 2; 5D82 A; 1MWR A; 4H3U A; 2PNC A; 4WFO A; 1EG9 B; 2L1S A; 2CFW A; 2HML B; 1DYU A; 3WHO A; 3G4S 3; 3FCS B; 3HII A; 1JNQ A; 1RGE A; 3FG4 A; 1RGH A; 4O8S A; 1B27 A; 1OHP A; 1BNJ A; 1G0T A; 4FMC A; 3G71 3; 2CK3 H; 3ECF A; 1GMR A; 4EV2 A; 3RGA A; 4G1M B; 4HVN A; 5AYS C; 1US1 A; 3F40 A; 3KKG A; 5IEO A; 3U1W A; 5EQL A; 1I0X A; 1B2M A; 1EQK A; 2HMO B; 3MG2 A; 1AR0 A; 1OF5 B; 2W03 A; 4CJN A; 2GSP A; 2JQ5 A; 2R4I A; 1VQO 3; 1OF5 A; 4O3V A; 5AEW B; 3F7S A; 1WMP A; 3F8X A; 1Q42 A; 1BNE A; 1LNH A; 1X1W A; 3RNT A; 2HMN B; 2BHM A; 2HMM B; 3MG1 A; 4N6O B; 4XM4 A; 4R9K A; 3RDE A; 2IY2 A; 2W56 B; 1Y4K A; 3DGM A; 3OWY A; 1PYL A; 1FA3 A; 1F8N A; 1JN5 A; 2W56 A; 3DGY A; 1K9M 4; 4HM0 B; 3S29 A; 4OUQ A; 3PCS A; 2XSO B; 3HK4 A; 5BIR A; 4KFE A; 2RGQ A; 1KD1 4; 3BNB A; 1G96 A; 3SXX A; 2Y73 A; 1O7N B; 4R4K A; 3X41 A; 2Z76 A; 5CXO A; 1BNR A; 1OUN A; 2B24 B; 3D79 A; 3GWR A; 4IIA A; 5JBS A; 3QK9 A; 1W7C A; 5G2G A; 1R4Y A; 1FZU A; 1VQ8 3; 2XR8 B; 3EF8 A; 4KVH A; 1YIT 3; 1VQK 3; 3AHW A; 1I2F A; 2UX0 A; 4LZI A; 2OQE A; 6RNT A; 3BU4 A; 7RNT A; 5JPU A; 1JB4 A; 5TGN A; 1LRA A; 1Z1S A; 1JB5 A; 1I3I A; 1FW7 A; 3EJV A; 4HBR A; 4AEQ A; 4N6L A; 3MWZ A; 1DET A; 3KN4 A; 3DMC A; 5CF2 A; 1BUQ A; 1N8R 4; 4JF8 A; 1W02 A; 3ZG5 A; 2CC3 A; 3NHX A; 2QA4 3; 4XBT A; 2GU1 A; 4HOH A; 2V1L A; 4LYL B; 3SOA A; 1RNT A; 3D5I A; 3FSD A; 3GZX B; 2C10 A; 1BAO A; 4J5G A; 1N5H A; 2C4B A; 5FGO A; 3WOF B; 3D4A A; 3MHE A; 1E3V A; 5CLK A; 3DH2 A; 2F98 A; 3NBJ A; 2P38 A; 3JUO A; 5HGR A; 3NUV A; 3NQY A; 3M8C A; 1D6Z A; 2BMO B; 2W9Q A; 1A2V A; 1RGC A; 3DGO A; 1RLS A; 4RZM A; 5A0O B; 1Q81 4; 3OX9 A; 1GMP A; 4EYC A; 4BTW A; 1W2Z A; 1RTU A; 5IF6 A; 2BNG A; 2W0Q A; 1STD A; 3G8Z A; 2HOH A; 4HAA A; 5D81 A; 1QJG A; 5AI1 A; 1JZO A; 2KF4 A; 3BNE A; 1IVW A; 4HKV B; 1FGR A; 2CIU A; 4NHF A; 3CME 3; 1EEJ A; 1KWI A; 3X40 A; 3SX1 A; 3EHC A; 1JKG B; 2K0M A; 3JUN A; 2K3D A; 1I3F A; 3D3L A; 1C54 A; 5LC7 A; 1WNH A; 1JKG A; 3PXM A; 1W2B 2; 2P0X A; 2H0I A; 2CX1 A; 1CYV A; 5BU4 A; 2KF6 A; 3HX8 A; 3NM2 A; 4HM2 B; 1LOY A; 3AMO B; 2CWV A; 3WDG B; 1FUS A; 2JDI H; 3BNC A; 2IUJ A; 5IG3 A; 4N6M A; 5KP1 A; 2ML6 A; 5IEN A; 2BIR A; 1O7P B; 4AKY A; 1DMQ A; 3DY5 A; 3Q3F A; 2P09 A; 1AVL A; 4HZ9 B; 2ZDJ A; 2WGO A; 3MKI A; 3DUK A; 4I4K A; 3VGN A; 1RGF A; 2CH9 A; 4HM7 B; 4K90 B; 3AGO A; 2CHC A; 2KCD A; 1T2H A; 2ZA4 A; 3GZY B; 1BRS A; 1RGG A; 3F9S A; 3NBR A; 4LMI A; 3ZG0 A; 1WMO A; 5AII A; 3B7C A; 4O02 B; 5AYR B; 1Q86 4; 4X2H A; 3S67 A; 1TU5 A; 4EXR A; 1TTO A; 4LSO A; 2WGQ A; 3I55 3; 3CPO A; 1DMN A; 1IK3 A; 4Q53 A; 2Z7A A; 2OQE C; 2XH9 A; 3K63 A; 2YX9 A; 1OHO A; 1PU4 A; 1UCI A; 1VZZ A; 3WA3 A; 3FF2 A; 3JUM A; 1QVG 2; 2RCD A; 3CU3 A; 3IPT A; 1HYF A; 1RMS A; 4WHA A; 9RNT A; 1FUW A; 2XSH B; 3K9M C; 3JVC A; 1BSB A; 1BAN A; 3U97 A; 2C11 A; 1T5Y A; 2A15 A; 5STD A; 4GSP A; 2CFD A; 1IQ8 A; 4CPK A; 5M19 A; 1MOL A; 4RNY A; 3F14 A; 4QWT A; 4WYK B; 1OCV A; 1IQX A; 1NB3 I; 1U5O A; 3T8N A; 4AKZ A; 1N9E A; 2Q07 A; 1IQY A; 4WYK A; 3FKA A; 5IEP A; 1A2P A; 5CF1 A; 2P0M A; 4L8P A; 4BL3 A; 1ISK A; 3Q1C A; 5AIH A; 1L5G B; 1YJ9 3; 1FGT A; 1FGM A; 2PZV A; 1UCJ A; 1G02 A; 2F99 A; 2WOF A; 4WP5 A; 1TP6 A; 2INX A; 3QRD A; 2CWT A; 1BNF A; 4JRF A; 1U8C B; 2BU4 A; 1GYB A; 1O7M B; 1V58 A; 1YVS A; 1IV9 A; 1WMN A; 1RGL A; 1UI7 A; 4CCV A; 2W2C A; 4XBX A; 5KP4 A; 1LVN A; 3IJE B; 1BRG A; 1CYU A; 1QAF A; 5FW5 A; 1UGI A; 1TRP A; 1YVB I; 3LYG A; 1SII A; 1AV4 A; 3K7C A; 2IYJ A; 3L0R A; 1NNV A; 3WOD G; 1UUV B; 1T2I A; 2Y74 A; 1VQM 3; 3CCQ 3; 3CCS 3; 3ER7 A; 2KF5 A; 3B8L A; 1E3R A; 3FZW A; 1YI2 3; 1ULI B; 1A90 A; 1GS3 A; 1RCL A; 5G1K A; 1BRJ A; 1GOY A; 3DGL A; 1VQ7 3; 3LTA A; 1MGR A; 1BU4 A; 3SYU A; 2SBL A; 2CG1 A; 1W6Y A; 1LQM B; 3FG3 A; 3HI7 A; 4BIR A; 1RCK A; 3I56 3; 1BOX A; 4WWU C; 1ZGX A; 1PFP A; 4RBN A; 1SJW A; 1MWS A; 3B4O A; 3VSY A; 2F86 B; 4ORL A; 3DM8 A; 1TUH A; 1W6G A; 1LOW A; 3H3H A; 2IMJ A; 3PYJ A; 4HM8 B; 1GD4 A; 1O7W B; 3UJM A; 3HIG A; 1V74 A; 1Q40 B; 1J2B A; 1VQ6 3; 6STD A; 1NJI 4; 5DRV A; 1Q40 A; 1VQN 3; 2MF7 A; 1IV7 A; 1NWW A; 1S5A A; 3STD A; 3V92 A; 1DE3 A; 5IG0 A; 1BNS A; 2F5M A; 1BRH A; 3NV0 B; 2M7O A; 1WTH A; 2CFL A; 3G16 A; 1JBT A; 2GXF A; 1FUT A; 1BGS A; 4LGQ A; 3NQZ A; 4RNZ A; 3SLU A; 2RBI A; 1BSC A; 3H51 A; 1I2G A; 3TDG A; 2K54 A; 1YGW A; 4OK0 A; 3HZP A; 1W6C A; 1VQQ A; 3VF1 A; 1A67 A; 1OHS A; 5CK6 A; 4EW5 A; 4BTY A; 4RNT A; 3CCR 3; 2XFT A; 3LTC A; 3NM7 A; 1ROV A; 1B21 A; 3LTB A; 3FG1 A; 1ULJ B; 2RFR A; 2W04 A; 3N54 B; 3OWS A; 5EVH A; 4DKI A; 1VQ9 3; 5HOH A; 2WOH A; 3GRD A; 3E99 A; 4MMX B; 4HM5 B; 1RN1 A; 2CG0 A; 3EN8 A; 1UI8 A; 3EB8 A; 5IER A; 3LH4 A; 5ELU A; 1BVI A; 3D5G A; 3EBY A; 3CC7 3; 3HOH A; 4NRE A; 1YGE A; 5RNT A; 1SPU A; 3LXU X; 1I2E A; 1RN4 A; 4R80 A; 1W00 A; 3B4P A; 3Q90 A; 1DVC A; 3CC2 3; 1VQ4 3; 1IVX A; 2GBW B; 1RSN A; 2Z6B A; 4N3V A; 3EE1 A; 1YHQ 3; 2Z77 A; 1MWT A; 1JB2 A; 1EA2 A; 3AMO A; 2CKF B; 1W4N A; 4HM6 B; 2HMK B; 2FXT A; 3K0Z A; 2GEX A; 1RDS A; 5D83 A; 4ZM8 A; 1K73 4; 1B2X A; 3KZT A; 4U13 A; 2E2U A; 3LTD A; 3NX0 A; 4I5Q A; 4OVM A; 5G1L A; 3S5C A; 1AY7 A; 2FGT A; 1SIH A; 1QAL A; 1GY6 A; 1BNI A; 2CFG A; 1LOV A; 1RJO A; 1STF I; 2GBX B; 3EX9 A; 3N9H A; 2AAD A; 3G0K A; 3S28 A; 2IA7 A; 3X3Y A; 2BMR B; 5AEU B; 1QVF 2; 2CWU A; 3GSP A; 3FF0 A; 1MNL A; 1GY5 A; 1MGW A; 2QEX 3; 1GOV A; 3LOY A; 1GOU A; 3SED A; 3CCM 3; 1D6U A; 5EEO A; 3FLJ A; 2L4V A; 3F7X A; 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