The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
99
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sequence length |
309
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structure length |
301
|
Chain Sequence |
TIDSARGIFPNTLAADVVPATIARFSQLNAEDQLALIWFASLEMGKTLTIAAPGAASMQLAENALKEIQAMGPLQQTQAMCDLANRADTPLCRTYASWSPNIKLGFWYRLGELMEQGFVAPIPAGYQLSANANAVLATIQGLESGQQITVLRNAVVDMGFIAEPVVPPQDTASRTKVSIEGVTNATVLNYMDNLNANDFDTLIELFTSDGALQPPFQRPIVGKENVLRFFREECQNLKLIPERGVTEPAEDGFTQIKVTGKVQTPWFGGNVGMNIAWRFLLNPEGKIFFVAIDLLASPKEL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural determinants underlying photoprotection in the photoactive orange carotenoid protein of cyanobacteria.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Carotenoid binding protein
|
| source organism |
Synechocystis sp.
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| molecule keywords |
Orange carotenoid protein
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| total genus |
99
|
| structure length |
301
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| sequence length |
309
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02136 | NTF2 | Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain |
| A | PF09150 | Carot_N | Orange carotenoid protein, N-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | orange carotenoid protein, domain 2 | Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HKX A; 5KP1 A; 5FW5 A; 1CQS A; 3RGR A; 1ASK A; 3MG2 A; 4XBY A; 4HM2 B; 4XB4 A; 2GEY A; 3HX8 A; 1BUQ A; 1OPY A; 5HGR A; 3GZX B; 4GB5 A; 4RZM A; 5STD A; 2BNG A; 5KP4 A; 5CK6 A; 1OHP A; 2GXF A; 3E99 A; 4LEH A; 5CXO A; 1OHS A; 4XDW A; 1OUN A; 4Q53 A; 1JB2 A; 2F99 A; 3OX9 A; 1JB5 A; 5IG5 A; 1ISK A; 3OWS A; 4J8T A; 1QMA A; 1JN5 A; 1UUV B; 2I9W A; 3ROB A; 4XBT A; 3Q90 A; 3FLJ A; 3JUO A; 2RFR A; 2IMJ A; 1JKG A; 3F40 A; 4R9K A; 5BVB A; 3S5C A; 2PZV A; 2GBX B; 3JUQ A; 4IIA A; 4KVH A; 5DRV A; 2QIY A; 3EJV A; 2QGU A; 3KZT A; 5AIG A; 1Z1S A; 2HML B; 6STD A; 4WYK A; 1DMM A; 5AEU B; 4WP5 A; 5G2G A; 4K1U A; 5JPU A; 5DRE A; 1OCV A; 4HZB B; 1O7H B; 2YFL B; 3GZR A; 3GZY B; 4N3V A; 5CLK A; 2INX A; 3ER7 A; 1OHO A; 4X2O A; 1JB4 A; 3FKA A; 4H3U A; 1O7W B; 4XB5 A; 2UX0 A; 5IG3 A; 3K7C A; 4J9A A; 3NBR A; 5IEN A; 3CNM A; 3G0K A; 5KP3 A; 3LYG A; 2GEX A; 3OXA A; 4X2H A; 3FZW A; 4CDL A; 3DM8 A; 3NM2 A; 1Q40 A; 2HMM B; 1O7P B; 1C7H A; 3SED A; 3EN8 A; 1ZO2 A; 5FCY A; 1STD A; 1TP6 A; 3WMD A; 1QJG A; 5AEW B; 3EHC A; 3NHX A; 3B4O A; 3EF8 A; 1W02 A; 1UUW B; 3G16 A; 2RCD A; 4LGQ A; 3STD A; 4HZ9 B; 3FSD A; 1IDP A; 3EBY A; 1VZZ A; 5CF2 A; 4XM4 A; 3VGN A; 5EVH A; 5AII A; 2Z7A A; 4HM6 B; 4LMI A; 1GY5 A; 3B7C A; 1GYB A; 3T8U A; 5AIH A; 1W6Y A; 2F86 B; 3D9R A; 3G8Z A; 4R1K A; 2F98 A; 4XBX A; 3F8H A; 3I0Y A; 4WWU C; 1S5A A; 3GRD A; 1OH0 A; 3MKI A; 4MJD A; 3UJM A; 2CHC A; 5IEP A; 2K54 A; 4R9L A; 1OF5 B; 4K1V A; 1WQL B; 2CKF B; 2B24 B; 1E3R A; 1TUH A; 3CNX A; 4HM5 B; 1Q42 A; 3A76 A; 4HVN A; 2HMN B; 4OVM A; 4OUQ A; 3LZA A; 3NV0 B; 1ULJ B; 2XR8 B; 3B4P A; 3T8N A; 4FCM A; 3RGA A; 3FF2 A; 2Z77 A; 3MSO A; 3HZP A; 2W2C A; 1EG9 B; 2XSO B; 4HM1 B; 4XDV A; 3OV4 A; 3F14 A; 5IEO A; 3MHE A; 3JUM A; 4HM8 B; 3OWY A; 3DMC A; 3BLZ A; 1O7G B; 1GS3 A; 3F7X A; 5IG0 A; 1NWW A; 2RGQ A; 2YFJ B; 3SOA A; 3CPO A; 4FCJ A; 2OWP A; 1E97 A; 4HJL B; 1GY6 A; 4HM0 B; 5AIF A; 3KKG A; 3CU3 A; 1U5O A; 3VSY A; 2B1X B; 5AI1 A; 3NXJ A; 8CHO A; 3EBT A; 4L8P A; 5IF6 A; 2Z76 A; 4HM4 B; 4ORL A; 1JN5 B; 3KE7 A; 1AR0 A; 3DUK A; 2STD A; 3GZB A; 1JKG B; 2XRX B; 7STD A; 1SJW A; 3GWR A; 5D82 A; 1A2K A; 5FCX A; 3H3H A; 3M8C A; 1E3V A; 4L8O A; 1ULI B; 4WYK B; 1DMN A; 5TGN A; 5BXQ A; 3MG1 A; 3JUP A; 4HM7 B; 3OWU A; 3NUV A; 2GBW B; 2BMQ B; 5D81 A; 3ECF A; 3FH1 A; 1OGX A; 2BMO B; 3DXO A; 3FF0 A; 2BMR B; 1NDO B; 1GY7 A; 4I4K A; 3F9S A; 1EA2 A; 3H51 A; 5JPP A; 2JQ5 A; 1OGZ A; 3JUN A; 5CF1 A; 3SOY A; 3UNL A; 2HMK B; 3EN1 B; 1OF5 A; 3EC9 A; 1DMQ A; 3DZL A; 1NU3 A; 4STD A; 2XSH B; 2YFI B; 3FGY A; 1Q40 B; 1ZX2 A; 2HMJ B; 3NV0 A; 3EQQ B; 3B8L A; 4HM3 B; 5IG4 A; 2A15 A; 4L7K A; 1O7M B; 4U13 A; 3MG3 A; 4HKV B; 2HMO B; 3MYT A; 4PEJ A; 1O7N B; 2R4I A; 3EX9 A; 1W00 A; 3BB9 A; 3F7S A; 5IER A; 3HK4 A; 1W01 A; 3KSP A; 1K41 A; 5D83 A; 3IPT A; 3K0Z A; 3F8X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HKX A; 5KP1 A; 1A2V A; 3LXU X; 4KZ1 A; 5FW5 A; 1CQS A; 1FGR A; 3CCQ 3; 3RGR A; 2CH9 A; 2P09 A; 3I55 3; 1ASK A; 1CEW I; 4PEJ A; 3MG2 A; 2AAE A; 4XBY A; 2CW9 A; 2F5M A; 1GMQ A; 1QAL A; 5FGO A; 3OW2 2; 1BOX A; 1IYY A; 2W9Q A; 2OOV A; 4KFE A; 2ZL8 A; 3D4A A; 1DET A; 2CK3 H; 3NBJ A; 4HM2 B; 4XB4 A; 1SPU A; 2AAD A; 1CH0 A; 1I2E A; 1RMS A; 2GEY A; 2UUG C; 3PS8 A; 1L5G B; 3HX8 A; 2H0I A; 3CCM 3; 1BUQ A; 1US1 A; 5BIR A; 1JNQ A; 3TDG A; 1OPY A; 2H0H A; 3L0R A; 5HGR A; 1BAN A; 1UCK A; 1SAR A; 1X1U A; 1N5P A; 1AV4 A; 1Y4K A; 3GZX B; 2W56 A; 4GB5 A; 4NHF A; 4RZM A; 5STD A; 2BNG A; 3SXX A; 3CPW 2; 1DYU A; 1UI7 A; 1C54 A; 5KP4 A; 3Q3F A; 5EQL A; 5CK6 A; 1OHP A; 1BRS A; 4N6T A; 2GXF A; 3ZG5 A; 3E99 A; 2D1W A; 4LEH A; 1KWI A; 1OHS A; 5CXO A; 1KC8 4; 3URP A; 3CCL 3; 4N6V 0; 4XDW A; 2KAA A; 1OUN A; 2CFD A; 4Q53 A; 1JB2 A; 1IT8 A; 2F99 A; 3OX9 A; 1JB5 A; 1VQK 3; 5IG5 A; 1ISK A; 3OWS A; 4J8T A; 3GAX A; 1QMA A; 2GSP A; 4AKZ A; 3Q1C A; 1NO3 A; 1JN5 A; 1B20 A; 2CX0 A; 1UUV B; 1VQ6 3; 1VQP 3; 2I9W A; 3ROB A; 4XBT A; 3CC2 3; 3Q90 A; 3FLJ A; 3JUO A; 2RFR A; 2IMJ A; 3O8Y A; 2W04 A; 1X1W A; 4N6N B; 1TU5 A; 1B2U A; 1JKG A; 1MWS A; 2QA4 3; 3F40 A; 3LH4 A; 4R9K A; 1V58 A; 5BVB A; 1EQK A; 1T5Y A; 3S5C A; 4FR9 A; 1AVL A; 2PZV A; 1LXE A; 2GBX B; 1D6Z A; 1B3S A; 1RGE A; 3JUQ A; 4J5K A; 1LNH A; 4IIA A; 4KVH A; 5DRV A; 1N9J A; 3MPH A; 2QIY A; 3BNB A; 2MF7 A; 3EJV A; 2ML6 A; 2QGU A; 1LNI A; 2CG0 A; 3KZT A; 1A90 A; 5AIG A; 1BVI A; 1GOY A; 1BNR A; 1TRP A; 4RNY A; 1Z1S A; 2WGO A; 1N5H A; 2HML B; 1VQ5 3; 4HOH A; 6STD A; 1KQS 2; 1PY3 A; 2UGI A; 1DMM A; 4WYK A; 5AEU B; 4WP5 A; 3AHS A; 1I8V A; 1RGC A; 5G2G A; 1IT7 A; 3KSE D; 4K1U A; 3UL6 A; 5JPU A; 1BRK A; 1BSA A; 5DRE A; 1VQN 3; 1GMR A; 1OCV A; 1VQ8 3; 3CC4 3; 4HZB B; 3FCS B; 1W5Z A; 2F4Y A; 1R4Y A; 4WHA A; 1J2B A; 3AHW A; 1QAF A; 5M18 A; 1O7H B; 4EV2 A; 3CMA 3; 4IPB A; 1BNI A; 1JBS A; 2WGQ A; 2YFL B; 1WMP A; 2L1S A; 3PCR A; 2XH9 A; 1RNT A; 3GZR A; 4R4K A; 4TX4 A; 1BU4 A; 1YGW A; 3GZY B; 2GU1 A; 4N3V A; 5CLK A; 1Q81 4; 2INX A; 3SVA A; 3ER7 A; 1K9M 4; 1A67 A; 3HII A; 4EXR A; 1OHO A; 4X2O A; 1MGW A; 1JB4 A; 2CFK A; 3FKA A; 4H3U A; 1O7W B; 3BND A; 4XB5 A; 2UX0 A; 3WA3 A; 3DGN A; 4K90 B; 2Y73 A; 3LML A; 1RGG A; 4KFD A; 1BUJ A; 3HI7 A; 5IG3 A; 3K7C A; 3V98 A; 5AYS C; 2K3D A; 3EB8 A; 1BRG A; 4HAA A; 3DGO A; 2J8X B; 3N8B A; 1DVD A; 4J9A A; 1IV9 A; 3JVC A; 1QVF 2; 2FGT A; 1N8Q A; 2O3O A; 3AMO B; 3HOH A; 1NNV A; 3NBR A; 1AQZ A; 2C11 A; 5IEN A; 4FMB A; 1BRN L; 1R4C A; 1GD4 A; 3CNM A; 1BRJ A; 1B2X A; 3G0K A; 4WFO A; 5M19 A; 1T3B A; 2KF5 A; 5KP3 A; 3PGB A; 1G0T A; 1RCL A; 3K63 A; 4O3V A; 3LYG A; 2GEX A; 1I3F A; 3OXA A; 4X2H A; 1BNS A; 1B2S A; 1TJD A; 3FZW A; 1I2F A; 2XGL A; 4QWT A; 2OTL 3; 4MMX B; 4CDL A; 3DM8 A; 3KFQ C; 3WA2 X; 2CIU A; 1VQO 3; 1BSC A; 1BSB A; 2E2T A; 4LSO A; 4BL3 A; 3NM2 A; 1Q40 A; 2CWV A; 2HMM B; 3DGM A; 3K5T A; 1M90 4; 1O7P B; 1HZ1 A; 2RSX A; 1C7H A; 3SED A; 4BTY A; 2XGN A; 9RNT A; 3EN8 A; 1RKY A; 1RN4 A; 2CWU A; 1ZO2 A; 1MNL A; 1SQW A; 5FCY A; 1ZS7 A; 1STD A; 1TP6 A; 1JZO A; 3DH2 A; 4AEQ A; 3WMD A; 1QJG A; 3PYJ A; 5AEW B; 3PZW A; 1YVS A; 2KCD A; 3BU4 A; 1RGL A; 1A2P A; 3EHC A; 4FMC A; 1Q86 4; 4J5G A; 1M1X B; 1WTH A; 1FYS A; 1B27 A; 5ELJ A; 3NHX A; 1VQQ A; 1MWT A; 2D42 A; 3B4O A; 3Q2P A; 1EUI C; 4EBG A; 2QEX 3; 3D5G A; 3EF8 A; 2OQE A; 1LRA A; 1VQ9 3; 1UCJ A; 1W02 A; 2OCT A; 3N9H A; 1UUW B; 3G16 A; 4N6M A; 2RCD A; 4LGQ A; 3STD A; 4HZ9 B; 3FSD A; 1IDP A; 3EBY A; 1VZZ A; 3RNT A; 5CF2 A; 1N8R 4; 3X41 A; 1UGI A; 4XM4 A; 3U1W A; 4G1M B; 3VGN A; 4AKY A; 2W9P A; 4NPB A; 3WOD G; 5EVH A; 1VQ4 3; 1BGS A; 2WO0 A; 5AII A; 1IVV A; 2Z7A A; 4HM6 B; 2IUJ A; 4LMI A; 4MEI A; 1YI2 3; 1GY5 A; 3LTA A; 5BU4 A; 1VQL 3; 1LOX A; 1NB5 I; 2O9U X; 3LTC A; 3B7C A; 1FUT A; 1JZD A; 1RN1 A; 2BIR A; 3LT9 A; 4GSP A; 1GYB A; 3T8U A; 3X40 A; 5AIH A; 1W6Y A; 1W2Z A; 5A0O B; 2F86 B; 3D9R A; 2CWT A; 1BIR A; 3G8Z A; 4R1K A; 2ZHX B; 3CCV 3; 2BU4 A; 1FGM A; 2F98 A; 3F8H A; 4XBX A; 3I0Y A; 1YGE A; 1YJW 3; 1B2M A; 3FG1 A; 1MOL A; 1LOW A; 2IY2 A; 4WWU C; 1JBR A; 1S5A A; 1BAO A; 3GRD A; 5G1K A; 2KRT A; 1OH0 A; 3V99 A; 2OTJ 3; 1RGH A; 1PYL A; 3MKI A; 3ZFZ A; 4MJD A; 3UJM A; 2GU3 A; 1LQG C; 7RNT A; 4BTX A; 5IW9 A; 2CHC A; 3GSP A; 1YJN 3; 5EEO A; 1K8A 4; 4HYZ A; 5IEP A; 1RGA A; 2K54 A; 1OF5 B; 4R9L A; 1PFP A; 4K1V A; 3U97 A; 1WQL B; 2CKF B; 2M7O A; 2B24 B; 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