The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
304
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sequence length |
1121
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structure length |
1028
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Chain Sequence |
TTIKVPPGPLGYVYARACPSEGIELLALLSARSGDSDVAVAPLVVGLTVESGFEANVAVVVGSRTTAVSLKLTPSHYSSSVYVFHGGRHLDPSTQAPNLTRLCERARRHFGFSDYTPRPGDLKHETTGEALCERLGLDPDRALLYLVVTEGFKEAVCINNTFLHLGGSDKVTIGGAEVHRIPVYPLQLFMPDFSRVIAEPFNANHRSIGEKFTYPLPFFNRPLNRLLFEAVVGPAAVALRSRNVDAVARAAAHLAFDENHEGAALPADITFTAFAGGFEQRLASVMAGDAALALESIVSMAVFDEPPTDISAWPLFEGQDTAAARANAVGAYLARAAGLVGAMVFSTNSALHLTEVDDAGPAHSKPSFYRFFLVPGTHVAANPQVDREGHVVPGFEGRPTAPLVGGTQEFAGEHLAMLSGFSPALLAKMLFYLERCDGAVIVMDVFRYVADSNQTDVPCNLCTFDTRHACVHTTLMRLRARHPKFASAARGAIGVFGTMNSMYSDCDVLGNYAETYRAATERVMAELETLQYVDQAVPTAMGRLETIITNREALHTVVNNVRQVVDREVEQLMRNLVEFKFRDGLGEANHAMSLTLDPYACGPCPLLQLLGRRSNLAVYQDLALSQCHGVFAGQSVEGRNFRNQFQPVLRRRVMDMFNNGFLSAKTLTVALSAICAPSLTAGQTAPAESSFEGDVARVTLGFPKELRVKSRVLFSAYQKPDKRVDILLGPLGFLLKQFHAAIFPNGKPPGSNQPNPQWFWTALQRNQLPARLLSREDIETIAFIKKFSLDYGAINFINLAPNNVSELAMYYMANQILRYCDHSTYFINTLTAIIAGSRRPPSVQAAAAWSAQGGAGLEAGARALMDAVDAHPGAWTSMFASCNLLRPVMAARPMVVLGLSISKYVFQAGNWASLMGGKNACPLLIFDRTRKFVLACPRAGFVCAASSLCEQLRGIISEGGAAVASSVFVATVKSLGPRTQQLQIEDWLALLEDEYLSEEMMELTARALERGNGEWSTDAALEVAHEAE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the herpes simplex virus 1 ssDNA-binding protein suggests the structural basis for flexible, cooperative single-stranded DNA binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Human herpesvirus 1
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| molecule keywords |
MAJOR DNA-BINDING PROTEIN
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| total genus |
304
|
| structure length |
1028
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| sequence length |
1121
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-10-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Delta-Endotoxin; domain 1 | Delta-Endotoxin; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1URJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KBB A; 1WCL A; 1CRX A; 5J8Y A; 2YB1 A; 3QU4 A; 4UB3 A; 4MF8 A; 4DS4 A; 3H8W A; 4PHD A; 4UQG A; 3U26 A; 4UBC A; 4EBC A; 1A38 A; 1U9L A; 3M7D A; 2KHV A; 1DK2 A; 4J9N A; 3KZX A; 5KFG A; 2F1J A; 1B22 A; 7ICV A; 2NRV A; 1XU4 A; 4F92 B; 5KL8 B; 3M9M B; 3HP6 A; 4ECR A; 1UT5 A; 1JRP A; 3M1Y A; 2OYY A; 4KMO B; 2E8N A; 2NYV A; 4UAR A; 2A1J B; 2BCR A; 1NKB A; 2AJQ A; 1T4G A; 2VIX A; 4NLN A; 4DAU A; 2LMR A; 3ZD9 A; 2H3I A; 5HNK A; 3PMN A; 4IRD A; 1IB1 A; 1Z4N A; 1U49 A; 5KFT A; 4DFD A; 3G6X A; 2I6X A; 3TQ1 A; 4TUP A; 1F5S A; 2WAQ C; 5BY9 A; 3QXG A; 3TI0 A; 4OO1 J; 2KTQ A; 2JEJ A; 5KFU A; 3MFH A; 4CF5 A; 3MR6 A; 4NJ8 A; 4WRQ A; 3H4B A; 1TAM A; 2JZB B; 3RRH A; 5AHX A; 3RB3 A; 5LU1 A; 5AIB A; 2EAP A; 1IG6 A; 2MA1 A; 2F8L A; 3V6J A; 1Y88 A; 4ED2 A; 4QIW F; 5AKE A; 3BS5 B; 1FO4 A; 4J9K A; 7ICN A; 2H5X A; 9ICL A; 4CCH A; 2O02 A; 4F2R A; 4C8N A; 3NS1 A; 5J2C A; 4NWI A; 4F4K A; 2YY6 A; 2ZXH A; 4BWM A; 2IOF A; 5KFO A; 5DBB A; 3SAH A; 2KFZ A; 2PFP A; 2JEG A; 4MEX A; 4J9M A; 4IEA A; 1MC8 A; 1SGG A; 1BPY A; 9ICF A; 2YMP A; 1CI4 A; 4Y32 A; 4DQI A; 5DBA A; 1F44 A; 5J29 A; 5D49 A; 4RPY A; 5AK6 A; 8ICF A; 1NJW A; 7ICH A; 2CRX A; 3PST A; 4I2C A; 1COK A; 1Z1V A; 5J0X A; 3ZHE B; 5ALZ A; 4I2D A; 3IV6 A; 9ICO A; 2KJ8 A; 1KTQ A; 3CU8 A; 4RQ3 A; 5F3X B; 1MA7 A; 4MFF A; 3OSP A; 5T14 A; 1C7Y A; 3IG8 A; 3PO4 A; 4DSJ A; 2VA8 A; 4RQN A; 2XCA A; 5JTI A; 5DLG A; 1XC9 A; 3FYH A; 5EE9 A; 4JDD A; 2AGP A; 9ICI A; 4ACO A; 4B6J A; 1S0O A; 5J2E A; 3N4M B; 4KLJ A; 8ICP A; 4LZD A; 3WK6 A; 2IOH A; 3KFU F; 1LKY A; 1UT8 A; 5DGB A; 4IL6 U; 5J31 A; 2ZIV B; 1JUD A; 4M9G A; 9ICB A; 5CR0 A; 1QCK A; 3V72 A; 4UB8 U; 5KG0 A; 2JV3 A; 3FDS A; 1UQV A; 3UBW A; 4G3I A; 3V7J A; 5KG1 A; 3F2B A; 4P4M A; 4NM1 A; 3SI8 A; 2KEY A; 4OCZ A; 2P35 A; 1L3S A; 3PSF A; 1S2X A; 4IQT A; 3PW4 A; 4RZR A; 3PSP A; 3TAC B; 5ALQ A; 5ALM A; 4I2J A; 3UM9 A; 5LU2 A; 9ICA A; 3NRW A; 3H4D A; 4BGD A; 1T3Q A; 2Q0Z X; 4Q43 A; 3T5L A; 4W8J A; 3QUT A; 4NL9 C; 2W54 A; 2OXO A; 4F5P A; 3H40 A; 4WJ3 B; 2W03 A; 3QE9 Y; 4NXZ A; 1PVQ A; 3KKA C; 4QZE A; 1TK5 A; 2G0A A; 1JXE A; 2HBL A; 2XVT A; 2PMZ C; 5AI4 A; 3SD7 A; 4DFK A; 2HSZ A; 1N61 A; 4BWJ A; 3N7R C; 4PHE A; 2EH9 A; 4DHM A; 1HEK A; 4M47 A; 1SV0 C; 4US8 A; 4N7Y A; 5KFR A; 1Q3U A; 3RH6 A; 4I2A A; 2PFN A; 3EB7 A; 4O5E A; 3AXY C; 2NO4 A; 3BJY A; 3EPI A; 1L7M A; 3Q8M A; 4NLK A; 2FI1 A; 1NZB A; 3TAD C; 1S77 D; 5C5J A; 2W9C A; 1S76 D; 2PFQ A; 4DFP A; 1SV0 A; 2R8G A; 1FIQ A; 5ALW A; 2BCS A; 3SR6 A; 3P1N A; 4Q44 A; 4CE6 A; 5DB6 A; 5KFJ A; 5C0Y A; 2XY6 A; 5HHH A; 1J2N A; 2FPK A; 2A1A A; 1FFV A; 2QB1 A; 8ICH A; 4KLH A; 4UAY A; 3T0M A; 4DQP A; 4DX0 A; 2J6S A; 3HWT A; 2F77 X; 5CHG A; 4Y3B A; 1N2X A; 1TAQ A; 4RQM A; 2KZM A; 4C8M A; 5KG2 A; 1ZQW A; 1JMS A; 3UX0 A; 2DFL A; 5ALJ A; 4ECS A; 1MQ2 A; 1Z00 A; 8ICA A; 1W99 A; 2WB1 F; 3PV8 A; 9ICU A; 2ZG6 A; 4TUR A; 1MN8 A; 3E2E A; 3SAG A; 4KLG A; 1PZN A; 1PK3 A; 3RDH A; 3CP8 A; 1NK6 A; 1LKY B; 1N60 A; 1YZ7 A; 2YMQ A; 1PK1 A; 4C8L A; 3THV A; 4DHR A; 4EEY A; 5KG7 A; 4OJP A; 2ZIX A; 3QUC A; 5AM4 A; 5JU5 A; 4RNM A; 2FDR A; 9ICM A; 4DOB A; 5ALR A; 5LVZ A; 1TE2 A; 4PHA A; 4P0Q A; 1OW5 A; 2FLP A; 3RTV A; 3NKX A; 2LM1 A; 8ICL A; 8ICG A; 2HHX A; 7ICL A; 3MR2 A; 4IR9 A; 1QQ6 A; 3Q8R B; 1HIW A; 5EE1 A; 3NTU A; 4QIW C; 2ZTE A; 4Y2T A; 3JPN A; 2DL0 A; 1D8L A; 1UA0 A; 5AM3 A; 2WF8 A; 3GV5 B; 3GV8 B; 2CPR A; 4YMO A; 2CN1 A; 1X9X A; 5KG3 A; 9ICH A; 2G09 A; 2RP5 A; 2AH5 A; 1L7P A; 5AKX A; 1O9E A; 3HKZ F; 4MOA A; 2PXI A; 4J6S A; 4BX9 C; 3IQU A; 2LYB A; 3FC4 A; 4P4P A; 1S0N A; 3NRZ A; 1ZQB A; 5J0O A; 1A0P A; 1P7D A; 5LHO A; 1DRG A; 4B9V A; 5KFW A; 1L3T A; 3ZDB A; 7ICF A; 8ICY A; 3AEV A; 2BTP A; 3E0F A; 3AN1 A; 5K4L A; 2WF7 A; 4CGZ A; 2E5S A; 1BPD A; 3LDA A; 2HVH A; 3WKB A; 2XY5 A; 4YVZ A; 2EQY A; 4YQW A; 4PGX A; 4C8K A; 2W8L A; 2XC9 A; 4R63 A; 4DOA A; 4KLF A; 4FS1 A; 3V7K A; 4RUC A; 2WTF A; 3H0M B; 3N7P D; 3QUB A; 1TK0 A; 3IDW A; 2K4P A; 3WKE A; 4DSF A; 1WWV A; 3IQV A; 4QZC A; 2ZJ8 A; 4KLL A; 5AM1 A; 4DHO A; 2M9N A; 2KJ9 A; 2ZXI A; 2QAR B; 4C8O A; 4NLB A; 3D2S A; 4JV0 A; 3ZDE A; 4C0Z A; 3O0F A; 2BQR A; 3UMG A; 4I2B A; 3N97 B; 1V85 A; 1SV4 A; 2BR0 A; 3P1Q A; 4KMU A; 4CF4 A; 4IR1 A; 4Q45 A; 1SXE A; 2A1J A; 3LK9 A; 1JX4 A; 4QW9 A; 1NK7 A; 5EE0 A; 2KV2 A; 4F5R A; 4DFJ A; 5KFP A; 4O3O A; 2FJ6 A; 4C80 A; 4KX3 A; 4F4Z A; 2ATL A; 1PK1 B; 3MAB A; 4NLZ A; 3LWL A; 5CJ7 A; 3QYP A; 1ZJN A; 1MSW D; 2D3D A; 2ZIX B; 4PZO A; 4QZ8 A; 5AI0 A; 5ALH A; 4F8R A; 4DL7 A; 3F53 A; 4QZG A; 5DG8 A; 4RQ1 A; 2W3R A; 3TKA A; 2HHQ A; 1S0V A; 3TFS A; 1ZQ1 C; 4YG2 A; 4QW8 A; 4DOC A; 4YP3 A; 5ALD A; 2DPI A; 5TIS U; 5DDM A; 2KZ3 A; 4B9S A; 5DB7 A; 2I5H A; 3RJE A; 2DGZ A; 2R8K A; 2IOF K; 3QU5 A; 1D8Y A; 5DQG A; 2YQE A; 5B66 U; 4GXJ A; 4Z6F A; 5TZV A; 3H0L B; 9ICK A; 5IIJ A; 2ZUB A; 2NRT A; 3TAQ A; 4UAW A; 4KLO A; 3F5A A; 3UQ0 A; 7ICO A; 4I29 A; 1ECW A; 2WH0 A; 4Y5I A; 5D3F A; 2F2A B; 5JRT A; 4FO6 A; 4F5O A; 1U47 A; 2RDI A; 2A19 A; 3R9K A; 7ICJ A; 2O6K A; 3SYZ A; 3O8I A; 4RPZ A; 4DHP A; 1T7P A; 2QKQ A; 4O3P A; 4F5Q A; 4QWE A; 1XSP A; 1TKD A; 4GLX A; 7ICT A; 1PUZ A; 3SMV A; 1NJY A; 5EWG A; 4FE3 A; 1ZQC A; 4QJF B; 9ICP A; 2HI0 A; 4NLG A; 4YD1 A; 3IG5 A; 3RJG A; 2FLL A; 9ICR A; 1ZQI A; 4CNQ A; 5FP0 A; 1V38 A; 3ZI4 A; 3BDP A; 2NRX A; 4EBD A; 1KN5 A; 1U45 A; 4QZF A; 1X9S A; 4N84 A; 1NOM A; 1Z19 A; 5HP4 A; 2JXJ A; 3B9J A; 5J2A A; 1ZD5 A; 2RHF A; 2C2E A; 2Y0S F; 1KW4 A; 5G5G A; 3M8S A; 2WB1 C; 8ICO A; 3QU2 A; 1ZQM A; 1A6S A; 1XSL A; 1QSS A; 2HHW A; 1DOQ A; 4ZQ0 A; 2JR5 A; 3GIL A; 2V9W A; 2GOL A; 5IIO A; 5B5E U; 3KHR A; 3SMO A; 2ZIV A; 4EEL A; 1BPE A; 3HIL A; 1DXS A; 4DWI A; 1KEJ A; 3ZDC A; 3MDC A; 1Q3V A; 1X6I A; 4P2H A; 3GDX A; 4AYB C; 5AKK A; 1X42 A; 4DHU A; 1HJP A; 2C63 A; 3RB4 A; 2EAM A; 4DL4 A; 5J2G A; 1KFD A; 2UVW A; 5L1K A; 3ORY A; 1BGX T; 2XCP A; 3D6J A; 1SWV A; 3BQ1 A; 5KAI U; 5DQI A; 1ZQP A; 3H7I A; 3H8M A; 1X9W A; 1M6Y A; 4ZDR A; 3NVV A; 2ZJ5 A; 3GZF A; 1D9D A; 8ICJ A; 1JRO A; 1SZH A; 1WG8 A; 4ECX A; 9ICW A; 5G5H A; 1BNP A; 2LYH A; 4DHT A; 2GLE A; 4DAT A; 4I27 A; 1XS9 D; 4KN4 A; 3UXN A; 2UVR A; 4ELV A; 4J9O A; 2NPM A; 4UW9 A; 9ICT A; 3OHA A; 2LPE A; 2ZJA A; 1SKS A; 2C2D A; 3PX6 A; 2HOI A; 2E3T A; 2C74 A; 1MQ3 A; 1ZQU A; 5L1M A; 3RB0 A; 4ARY A; 2KFN A; 3RJI A; 4YXJ A; 5DG7 A; 5F74 A; 1OUQ A; 3SP5 A; 3DDH A; 4QWD A; 1SKW A; 2ALZ A; 3AQE A; 5HR6 A; 3SV3 A; 4KLD A; 4GXI A; 2BPF A; 4YR0 A; 1JXL A; 2JH7 A; 4RT2 A; 2O8P A; 5J0Y A; 4Q8E A; 2HBJ A; 4B9L A; 4KLI A; 1QQ7 A; 1TK8 A; 2Y9U A; 1ZQK A; 5AKH A; 4ECY A; 4PJ0 U; 5D46 A; 3UMC A; 5J0S A; 2OH2 A; 4CRX A; 1OXJ A; 1RXW A; 2E1E A; 3RR8 A; 5J0W A; 4QZB A; 4O0I A; 2DPJ A; 1ZQF A; 4CDG A; 2G08 A; 1IM4 A; 4ED3 A; 7ICI A; 1K5O A; 5D4B A; 3PR5 B; 2E8O A; 5DG9 A; 2F3N A; 4DL2 A; 5A0L A; 5J2B A; 4OJL A; 1ZQH A; 3SEI A; 3EPG A; 4I2G A; 1T94 A; 3PO5 A; 3T79 A; 4IRC A; 2V4R A; 4E2E A; 5DBC A; 2KOB A; 1XSN A; 4I2E A; 2Y1I A; 1ZET A; 1JI7 A; 1V97 A; 4Y2U A; 5GTI U; 3LWM A; 5EWF A; 2FPM A; 4JMU A; 4RQ4 A; 1L3V A; 2YML A; 5KFN A; 2XO7 A; 4EEK A; 1GO3 F; 2EZY A; 1TV9 A; 5AK4 A; 2J6U A; 4ELT A; 8ICX A; 1NZP A; 4F93 B; 3ISD A; 3P1P A; 3MC1 A; 2W04 A; 3ZDA A; 2N1R A; 4MFA A; 3RJF A; 4Y2V A; 1C20 A; 4I28 A; 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