The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
259
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sequence length |
654
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structure length |
654
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Chain Sequence |
LRWDLSAQQIEERTRELIEQTKRVYDQVGTQEFEDVSYESTLKALADVEVTYTVQRNILDFPQHVSPSKDIRTASTEADKKLSEFDVEMSMREDVYQRIVWLQEKVQKDSLRPEAARYLERLIKLGRRNGLHLPRETQENIKRIKKKLSLLCIDFNKNLNEDTTFLPFTLQELGGLPEDFLNSLEKMEDGKLKVTLKYPHYFPLLKKCHVPETRRKVEEAFNSRCKEENSAILKELVTLRAQKSRLLGFHTHADYVLEMNMAKTSQTVATFLDELAQKLKPLGEQERAVILELKRAECERRGLPFDGRIRAWDMRYYMNQVEETRYCVDQNLLKEYFPVQVVTHGLLGIYQELLGLAFHHEEGASAWHEDVRLYTARDAASGEVVGKFYLDLYPREGKYGHAACFGLQPGCLRQDGSRQIAIAAMVANFTKPTADAPSLLQHDEVETYFHEFGHVMHQLCSQAEFAMFSGTHVERDFVEAPSQMLENWVWEQEPLLRMSRHYRTGSAVPRELLEKLIESRQANTGLFNLRQIVLAKVDQALHTQTDADPAEEYARLCQEILGVPATPGTNMPATFGHLAGGYDAQYYGYLWSEVYSMDMFHTRFKQEGVLNSKVGMDYRSCILRPGGSEDASAMLRRFLGRDPKQDAFLLSKGL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of human thimet oligopeptidase provides insight into substrate recognition, regulation, and localization
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Thimet oligopeptidase
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| total genus |
259
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| structure length |
654
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| sequence length |
654
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.15: Thimet oligopeptidase. |
| pdb deposition date | 2004-01-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| P | PF01432 | Peptidase_M3 | Peptidase family M3 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neurolysin; domain 3 | Neurolysin, domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Endopeptidase. Chain P; domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SAT A; 1R1J A; 1H71 P; 2ERO A; 1JAP A; 1K7Q A; 4J4M A; 4PKT A; 1HFS A; 1GKC A; 2MZE A; 5CZM A; 4QKZ A; 2ERQ A; 3I7G A; 1D8M A; 2POJ A; 3KMC A; 4XM6 A; 1SMP A; 2J0T A; 1CGE A; 3LQ0 A; 1CIZ A; 2CKI A; 3LIL A; 4WKE A; 4WKI A; 1J7N A; 1XFW A; 2L0R A; 2OI0 A; 1USN A; 3AYU A; 3USN A; 3HBU P; 1ZVX A; 3KME A; 5L7F A; 1MNC A; 2N8R A; 3OHO A; 2HU6 A; 3B92 A; 3UVC A; 2WO8 A; 966C A; 4GWN A; 3KEJ A; 1JIZ A; 3LJT A; 2OXW A; 1G4K A; 1KUI A; 4H82 A; 3TT4 A; 1JKY A; 2RJQ A; 4I03 A; 5L43 A; 4L6T A; 4PKV A; 3O64 A; 1I1I P; 1BKC I; 2DDF A; 1OMJ A; 1Y93 A; 1UMS A; 1KUG A; 5L44 A; 4FU4 A; 1KUK A; 1OO9 A; 4FVL A; 3ELM A; 3DWB A; 1PWQ A; 2Z2D A; 1XFY A; 1BM6 A; 1EB6 A; 4DV8 A; 1JAQ A; 1SLM A; 3LIK A; 2USN A; 2AYK A; 1CQR A; 2SRT A; 4IN9 A; 1HY7 A; 3P1V A; 3GBO A; 5I12 A; 1GE5 A; 1MMQ A; 4H49 A; 1QJJ A; 3P24 A; 1D7X A; 3ZXH A; 1XUR A; 1AYK A; 5D1U A; 2W13 A; 1IAA A; 1YP1 A; 4L63 A; 4R3V A; 4KA7 A; 3LJG A; 3DSL A; 1QJI A; 4PKU A; 1DMT A; 4GUY A; 2XS4 A; 3LK8 A; 4FXQ A; 2JSD A; 1R54 A; 4CTH A; 4AIG A; 3Q2H A; 4HX3 A; 5BPA A; 3EDG A; 1JAN A; 5JMY A; 1XFX A; 1Y79 1; 1ZXV A; 1AST A; 4DD8 A; 1BUV M; 3DPF A; 3EDZ A; 1MMR A; 1PWV A; 2OW1 A; 1OM6 A; 3HYG A; 1A86 A; 1XFV A; 2JIH A; 1GO7 P; 1EAK A; 2JNP A; 5D1S A; 4A7B A; 1BZS A; 1IAE A; 1XFU A; 3TSK A; 5BOY A; 2D1N A; 4Q1L A; 2W0D A; 3O2X A; 1JAO A; 3F15 A; 1UMT A; 1HFC A; 2OW2 A; 4WZV A; 2TCL A; 3V96 B; 3HB2 P; 4PKQ A; 2DW0 A; 4JQG A; 2E3X A; 3SHI A; 2OVZ A; 1GKD A; 3F19 A; 5CUH A; 1ATL A; 1AKL A; 1O0T A; 2YB9 A; 3RTT A; 1FBL A; 5BOT A; 1WNI A; 4ON1 A; 1ZTQ A; 3EDH A; 4H1Q A; 3U1R A; 3F16 A; 1QUA A; 1IAG A; 3HY9 A; 4GR3 A; 3ZUK A; 2OXZ A; 3WV3 A; 3L0T A; 1CGF A; 1BKC A; 3L0V A; 3HY7 A; 1PWP A; 4EFS A; 1I76 A; 2ERP A; 3N2U A; 1KBC A; 1SLN A; 2WO9 A; 3F1A A; 4JIJ A; 4GWM A; 1BQQ M; 1Y8J A; 4XM7 A; 3LJZ A; 1XFZ A; 1JH1 A; 2MLS A; 3Q2G A; 2W15 A; 1YQY A; 2FV5 A; 3AIG A; 3F17 A; 4IUW A; 2DW2 A; 4PKR A; 4WF6 A; 3CKI A; 5L79 A; 5CXA A; 2K9C A; 2X3A A; 4G9L A; 1CXV A; 1HOV A; 1PWW A; 3LIR A; 1QIB A; 1AF0 A; 4FXY P; 3HDA P; 1GO8 P; 1R1I A; 2O3E A; 2OXU A; 4AXQ A; 4GQL A; 1YCM A; 1JJ9 A; 4GF1 A; 2A8H A; 4AYK A; 2WOA A; 5I0L A; 1Y0V A; 2W14 A; 2MZH A; 3KHI A; 4H84 A; 1B8Y A; 1L6J A; 3G42 A; 1G9K A; 1G05 A; 1FM1 A; 2QPJ A; 3I7I A; 3K7N A; 3AYK A; 3KRY A; 4KA8 A; 3LE9 A; 2W12 A; 2X3C A; 1R55 A; 4H76 A; 5H8X A; 3HBV P; 1HV5 A; 2I47 A; 3DPE A; 1OS9 A; 1SU3 A; 5LAB A; 3KEC A; 2KRJ A; 3MA2 A; 2XS3 A; 1RMZ A; 1GE6 A; 3LEA A; 1I73 A; 4ILW D; 3DNG A; 1OM7 A; 5I4O A; 2D1O A; 4WK7 A; 1ND1 A; 4PKS A; 1UTZ A; 1BSW A; 4XM8 A; 1SRP A; 1HTD A; 1K7I A; 3DL1 A; 3EWJ A; 1BUD A; 1K7G A; 2AIG P; 2DW1 A; 2V4B A; 3NX7 A; 1IAD A; 1YOU A; 4PUT A; 1QIA A; 1C7K A; 1D5J A; 1XUC A; 3WV2 A; 1S4B P; 1BKC E; 2Y6D A; 1B3D A; 3LKA A; 1GE7 A; 2CLT A; 5D2B A; 1PWU A; 3B8Z A; 4GR8 A; 4H3X A; 4A3W A; 2OY2 A; 1Z3J A; 1D8F A; 2O36 A; 3KWV C; 3LMC A; 4JA1 A; 2OW0 A; 1C8T A; 1CAQ A; 1O0Q A; 2JT5 A; 1IAC A; 4H30 A; 4I35 A; 2X7M A; 1OM8 A; 1C3I A; 830C A; 4PKW A; 2J83 A; 1DTH A; 1KAP P; 1KUF A; 3BA0 A; 1G49 A; 3N2V A; 3B2Z A; 1R1H A; 2DDY A; 3LGP A; 2Y6C A; 1UTT A; 2OW9 A; 2RJP A; 1OS2 A; 3LQB A; 3K7L A; 4GR0 A; 3EDI A; 1MMB A; 2OZR A; 3G5C A; 1RM8 A; 1IAB A; 4XCT A; 3TS4 A; 1FLS A; 3ZVS A; 5B5P A; 1BQO A; 5B5O A; 1ROS A; 4AUO A; 3LUN A; 3F18 A; 3RTS A; 1A85 A; 3VI1 A; 1XUD A; 1Q3A A; 2JT6 A; 5D7W A; 2X3B A; 4H2E A; 3TVC A; 4DF9 A; 1ZP5 A; 1BIW A; 1QIC A; 4XBH A; 2MLR A; 2OY4 A; 5D1T A; 5I2Z A; 3EHX A; 1JK3 A; 1ZS0 A; 1UEA A; 4HMA A; 5I3M A; 2OVX A; 4IJO A; 5D3C A; 4JP4 A; 2E2D A; 2K2G A; 3E8R A; 1CGL A; 2YIG A; 3KEK A; 3OHL A; 3EHY A; 2FV9 A; 4DPE A; 1CK7 A; 2PJT A; 1JIW P; 456C A; 1EUB A; 1KUH A; 4JPA A; 4G0D A; 5I43 A; 3LUM A; 3HDB A; 1GXD A; 1MMP A; 2MZI A; 1G12 A; 3WV1 A; 4ZR5 A; 1ZXC A; 4L19 A; 3VTG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SAT A; 1R1J A; 4GF0 A; 1H71 P; 2IMI A; 2ERO A; 2GTU A; 6GSV A; 1JAP A; 1K7Q A; 4J4M A; 1IYI A; 4PKT A; 4PHZ C; 1HFS A; 2YV9 A; 4G01 A; 1VF4 A; 2PER A; 4JBB A; 1GKC A; 2MZE A; 2ERQ A; 3P8W A; 4PGT A; 4QKZ A; 5CZM A; 3SWL A; 1EOG A; 1N25 A; 8GSS A; 3CSJ A; 3FRC A; 2WVY A; 3I7G A; 2WVX B; 1D8M A; 4PI0 C; 4IQ1 A; 5JCW A; 2POJ A; 2EFE A; 3CHX C; 3H1N A; 4IKH A; 3KMC A; 4Q5R A; 1K0N A; 2YUF A; 2WS2 A; 3VTG A; 1KA4 A; 2F3M A; 4XM6 A; 1GSF A; 1SMP A; 3KJY A; 3MDK A; 2DC5 A; 2J0T A; 1CGE A; 4PNF A; 1C72 A; 2JL4 A; 5J4V A; 1CIZ A; 2CKI A; 3LQ0 A; 2EFD A; 4KDY A; 3LIL A; 4WKE A; 4WKI A; 1J7N A; 1XFW A; 2EFH A; 4ZBB A; 2L0R A; 3UAR A; 1K9X A; 4PUA A; 4GSN A; 4YQV A; 1USN A; 2OI0 A; 5J40 A; 2OA7 A; 5LD0 A; 3VI5 A; 5BMU A; 5GZZ B; 1ZVX A; 3VWX A; 3HBU P; 3KME A; 3GH6 A; 2CZ2 A; 5D9W A; 5L7F A; 1MNC A; 2N8R A; 3TU3 B; 3DGQ A; 4HZ4 A; 3OHO A; 2HU6 A; 1GNE A; 1AQV A; 3B92 A; 4L7A A; 3UVC A; 5ELA A; 4KAE A; 3D0Z A; 3CBU A; 3GUS A; 1TU8 A; 2C3Q A; 1GUL A; 3G7I A; 1BAY A; 1YEW C; 2WO8 A; 4GWN A; 3KEJ A; 966C A; 1JIZ A; 3LJT A; 2OXW A; 1G4K A; 1IYH A; 4E8E A; 1KUI A; 3MAK A; 5DJM A; 3LSZ A; 2GSQ A; 4NHW A; 4H82 A; 3TT4 A; 3CE2 A; 1JKY A; 2RJQ A; 4I03 A; 5L43 A; 5J47 A; 4BVY B; 4L6T A; 3W8S A; 4PKV A; 3O64 A; 1I1I P; 2C4J A; 2VO4 A; 1BKC I; 3HMJ G; 4EE0 A; 2DDF A; 1OMJ A; 2UZ8 A; 1Y93 A; 1UMS A; 5A1N A; 1KUG A; 3P90 A; 5L44 A; 1OYJ A; 2WVX A; 4FU4 A; 4Q5Q A; 1KUK A; 1OO9 A; 1U3I A; 4FVL A; 2NTO A; 3ELM A; 3DWB A; 4GST A; 5FHI A; 3VPQ A; 1PWQ A; 4K0G A; 2C3N A; 5DAK B; 20GS A; 2Z2D A; 3CSI A; 1GUK A; 3N9J A; 2IMK A; 1SVO A; 1XFY A; 1BM6 A; 1EB6 A; 4DV8 A; 1JAQ A; 1SLM A; 3UAP A; 3LIK A; 2USN A; 2AYK A; 3R3E A; 1ZGN A; 1HNC A; 1CQR A; 3HJO A; 2SRT A; 4IN9 A; 5F8B A; 1E6B A; 3ZMK A; 1HY7 A; 3P1V A; 4JED A; 6GST A; 3GSS A; 1JZR A; 3QR6 A; 4DEJ A; 3AHN A; 3GBO A; 3DTI A; 5AN1 A; 5ECM B; 4WR5 A; 3WYW A; 5I12 A; 1GE5 A; 3CRT A; 1MMQ A; 4H49 A; 3FY7 A; 1QJJ A; 4AKH A; 4OMV A; 5D9V A; 3P24 A; 1D7X A; 3ZXH A; 1XUR A; 1AYK A; 5D1U A; 5DAL B; 1IAA A; 2OAD A; 4PI2 C; 2W13 A; 1YP1 A; 4L63 A; 3UBL A; 3F63 A; 4R3V A; 1GLP A; 4G0K A; 4KA7 A; 3LJG A; 3DSL A; 4BVY A; 3EE2 A; 1F3B A; 2H1L A; 3GTU B; 1QJI A; 1XW5 A; 2V6K A; 5JCU A; 3HJM A; 1YVL A; 4PKU A; 1DMT A; 4HJ2 A; 1V40 A; 2R4V A; 3I69 A; 1LJR A; 1RK4 A; 6GSY A; 4GUY A; 4ZBA A; 3ISO A; 2XS4 A; 3LK8 A; 4FXQ A; 2X64 A; 5J4U A; 1MTC A; 5ECP B; 3KM6 A; 2JSD A; 1TW9 A; 2FHE A; 1K0O A; 1OKT A; 3LQ7 A; 1R54 A; 4AIG A; 4CTH A; 3Q2H A; 4HX3 A; 5BPA A; 3EDG A; 1JAN A; 5JMY A; 4MPF A; 1GTA A; 3LXZ A; 1XFX A; 1Y79 1; 1ZXV A; 2R5G A; 4LMV A; 1N2A A; 2HNL A; 3ERF A; 5J5N A; 1AST A; 1BG1 A; 1BUV M; 4DD8 A; 5ECR B; 1B48 A; 3DPF A; 3EDZ A; 2ON7 A; 1AXD A; 1MMR A; 1PWV A; 4HZ2 A; 6GSW A; 2VCX A; 12GS A; 5A34 A; 2OW1 A; 1NHY A; 1OM6 A; 4G19 A; 3DTE A; 1XWG A; 2WW3 A; 3HYG A; 4G0I A; 1A86 A; 3LJR A; 1XFV A; 3ZFB A; 2JIH A; 4O7H A; 5G5E A; 1GO7 P; 1YKC A; 2HSN A; 1EAK A; 2HRK A; 2JNP A; 5D1S A; 5B7C A; 3Q74 A; 4A7B A; 2VCZ A; 1EOH A; 5DDL A; 5DAL A; 1BZS A; 1IAE A; 1XFU A; 3TSK A; 4OFN A; 4GDF A; 5BOY A; 2D1N A; 4Q1L A; 1K3Y A; 3RGB C; 2WJU A; 4KH7 A; 2W0D A; 3O2X A; 1EV4 A; 3KTL A; 4L5O A; 1OZ9 A; 3AYU A; 2R6K A; 3EIN A; 1JAO A; 3F15 A; 1UMT A; 1U87 A; 3IR4 A; 9GSS A; 1HFC A; 2OW2 A; 4WZV A; 2TCL A; 3V96 B; 1MD3 A; 3HB2 P; 1YJ6 A; 4PKQ A; 2O5V A; 2DW0 A; 4KDU A; 4QMK A; 4JQG A; 1G6W A; 4IJI A; 2PMT A; 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