The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
b'SDFLLGNPFSSPVGQRIEKATDGSLQSEDWALNMEICDIINETEEGPKDALRAVKKRIVGNKNFHEVMLALTVLETCVKNCGHRFHVLVASQDFVESVLVRTILPKNNPPTIVHDKVLNLIQSWADAFRSSPDLTGVVTIYEDLRRKGLEFPM'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the VHS domain of human Tom1 (target of myb 1): insights into interactions with proteins and membranes
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TARGET OF MYB1
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
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| total genus |
57
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-03-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00790 | VHS | VHS domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2L0T B; 1VDY A; 4JXT A; 4Q94 A; 5CMY A; 3G2W A; 1EYH A; 4HFG A; 3D9L A; 3D9O A; 1MHQ A; 1SZ9 A; 1JWF A; 1X5B A; 3D9P A; 3G2V A; 2V8S E; 4Q96 A; 5LOZ A; 3RRU A; 3ZYL A; 1PY1 A; 1UJK A; 1HF8 A; 2DIW A; 4FLB A; 3ZYQ A; 5CMW A; 3D9K A; 3D9N A; 4AVX A; 1INZ A; 1ELK A; 2L0I A; 3G2T A; 2KM4 A; 3LDZ A; 4FU3 A; 5LP0 A; 3ZYK A; 3D9M A; 3CLJ A; 2LO6 A; 1EDU A; 1JUQ A; 4NAC A; 1HX8 A; 1JWG A; 1HG5 A; 1HFA A; 1HG2 A; 2MOW A; 2QY7 A; 1SZA A; 2BF0 X; 5J08 A; 3D9J A; 2DCP A; 4GZC A; 3D9I A; 1UJJ A; 1H0A A; 3ONK A; 1JPL A; 1LF8 A; 4GZD A; 1DVP A; 3G2S A; 3ONL A; 3ZYM A; 3G2U A; 1XGW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FP3 A; 2FF4 A; 2P9P G; 2L6J A; 2VSN A; 2XCC A; 3ZYQ A; 4A55 A; 3FU3 A; 4AXH A; 2Y4T A; 5HKP A; 5EKQ D; 3TXN A; 4HOQ A; 5FQ6 A; 3IBE A; 4ME2 A; 4CDN A; 1N4S A; 3CVX A; 3CQG B; 4WAF A; 3ZVV A; 4DX6 D; 2J4D A; 3FUM A; 3QDN A; 2HR2 A; 4M3O A; 2OEV A; 2X3M A; 2VGX A; 1K1A A; 3R7R A; 4RVB A; 4DRX E; 4I6G A; 2R2L A; 3NOG D; 4YDO A; 4ZHB A; 1OWO A; 3ZN3 A; 1E90 A; 2EIM E; 1HE8 A; 1N9A A; 2L0I A; 2HE0 A; 2C0L A; 3AU5 A; 2WXQ A; 3Q75 A; 5FIN A; 4I43 A; 4H7X A; 4JXT A; 3U9W A; 4HFG A; 2VQ2 A; 5AQA A; 3DST A; 3CHS A; 1IQR A; 3TAX A; 5CHE E; 4N3A A; 3WG7 E; 2Q7F A; 3NZU A; 3LPZ A; 4HQD A; 4N2S A; 3DSU A; 3UPV A; 2VTB A; 4HOT A; 2VGY A; 3OXF A; 4ILH B; 1BI8 B; 1NFI E; 3MKQ B; 3EIQ C; 4GTT A; 3SFY A; 1S0P A; 3TWW A; 4B8A A; 5JHB A; 4N3B A; 2GW1 A; 4CRW A; 4EZK A; 3ONL A; 4AY6 A; 4L7T A; 4PS7 A; 3RSE G; 3HXB A; 5CBO A; 2V8S E; 4MKT A; 2JEK A; 4LNU D; 3C3Q A; 3NBN B; 4G25 A; 4CGV A; 2X6K A; 4F3V A; 1MYO A; 3GW4 A; 4KVM A; 4UQY A; 4TV3 A; 2LSU A; 4APF A; 5EX0 A; 3KAE A; 4O1P A; 3UM3 A; 4HXI A; 5G04 C; 3FUI A; 3ZEF A; 2XS8 A; 3FEX A; 2WXJ A; 2DBA A; 3RRN B; 3RJV A; 3AG3 E; 3F6Q A; 5FT9 A; 5AAO A; 1JCS A; 2GRN B; 2R03 A; 1ELK A; 3SF4 A; 2C2L A; 1E8Z A; 5ANL A; 2AVP A; 2DYS E; 1PC2 A; 1FPP A; 5T4Y A; 4DJA A; 5IY5 E; 4AV7 A; 2CHZ A; 1EPU A; 3ZHE B; 4FAD A; 2P2C P; 2KXP C; 3RRU A; 3RU0 A; 2WXG A; 4LSZ E; 3PS6 A; 4I9C A; 3APC A; 2P9K G; 4N2Q A; 2FI7 A; 3WXX A; 3LJN A; 3D9I A; 1H2U A; 2OOE A; 1FT1 A; 5EIL A; 4WNF A; 3EU5 A; 4G1T A; 4OYS A; 1TN6 A; 2J4B A; 1PY1 A; 3ZGQ A; 2V4L A; 3ABK E; 2E0I A; 3T5V A; 1H19 A; 4CYM D; 1NA3 A; 1U3C A; 5BPP A; 2MOW A; 1FVF A; 1RZ4 A; 3UI2 A; 1O1T A; 3TWX A; 2J07 A; 2Y3A A; 5A7D B; 5CEA A; 4FUL A; 4I9E A; 5CCM A; 1WG0 A; 4K03 A; 4I6J A; 4WWN A; 3UTM A; 3W9G A; 4U7E B; 1N4Q A; 3RO2 A; 1L5J A; 2WXN A; 3QC1 A; 4RG6 A; 1P5Q A; 2UY1 A; 3UT4 A; 4U0S A; 3G2S A; 5JMN D; 5ARG A; 4F7A A; 2GRL A; 2R59 A; 3TJP A; 3AG2 E; 4I2W A; 3MKR A; 3TGO A; 2XEV A; 2PZI A; 2YNQ A; 5G05 C; 1KT0 A; 1WY6 A; 1QZ2 A; 4WWP A; 5KCM A; 1O1S A; 4J8S A; 4EPZ A; 4Q94 A; 4KVO A; 4PS3 A; 4WUY A; 4YDW A; 1MHQ A; 1SZ9 A; 1S63 A; 2ZGG A; 3L6A A; 4XEI G; 2IOS A; 5DIZ A; 1ELW A; 4GTR A; 2P9U G; 3V79 K; 3FU6 A; 1MQS A; 4XZ4 A; 4XKB A; 4TUU A; 1B89 A; 3ABM E; 1DCE A; 1X5B A; 1JWF A; 2IEJ A; 3E4B A; 3TWS A; 2XPY A; 4ATZ D; 2PM7 A; 1BPO A; 5FIO A; 1TNO A; 2WXI A; 1V54 E; 3O4Z A; 2PL2 A; 1A17 A; 4EBA G; 3ZNG A; 2ETA A; 4DPR A; 3SHF A; 2YQ8 A; 3QJZ A; 5ENS D; 3SBT B; 4DLQ A; 1VDY A; 3HXD A; 5D0O D; 2WXO A; 3NB2 A; 4OAV B; 1KPS B; 4AJW A; 4GPM A; 4Q69 A; 3CKC A; 4UQX A; 2OND A; 4RSY A; 3JXI A; 4XKC A; 4BFR A; 1IHG A; 3P1U A; 1TJF A; 3Q79 A; 1OWP A; 1ELR A; 2JAB A; 1BD8 A; 3BQO A; 3SFX A; 3DEO A; 5D0Q D; 3OXG A; 2GRR B; 2KAT A; 3HRA A; 1O5M A; 4NRH B; 4U04 A; 3PRE A; 4YND A; 4LNB A; 1FVH A; 4HI8 A; 1Y6I A; 5FWQ A; 5ENQ D; 4A3T A; 2RKK A; 3D9H A; 3CK8 A; 3HXE A; 1SQM A; 4GA1 A; 5HS0 A; 5BV0 A; 3DBS A; 4CT4 A; 3FTS A; 3ULY A; 1NZN A; 1ZB1 A; 4JHR A; 3AS5 A; 4V3I A; 1WDY A; 2GRM A; 5AIJ A; 3PDN A; 1TNB A; 4GCO A; 4C48 B; 3PZ1 A; 5LCW C; 1K8K G; 4UI9 J; 4XI0 A; 2YHE A; 4GTQ A; 3MYV A; 5JA4 D; 3PE4 A; 2DVW A; 2H6F A; 3MV2 B; 2PNN A; 3ENE A; 3CVN A; 4HS2 A; 5FQ8 A; 2E2E A; 5BW8 C; 1TN8 A; 1OCZ E; 4JL0 A; 4GTS A; 3DSS A; 4BWR A; 4GMJ A; 3FH5 A; 1RW2 A; 4N5Q A; 2LO6 A; 3ZFW A; 2DWZ A; 3VTX A; 4EHM A; 4PH4 B; 3TWV A; 1TN7 A; 5JJ6 A; 3QWV A; 3E37 A; 2BUG A; 4X8Q A; 1AWC B; 4GZ5 A; 2B6C A; 4L23 A; 4J8F A; 1EDU A; 5FQ4 A; 4FC8 A; 2AXV A; 3CHQ A; 3QK0 A; 4O1O A; 3C72 A; 2FBN A; 2QYJ A; 3CHO A; 3MKQ A; 4AOF A; 1UJK A; 2MHK A; 1N11 A; 2DZN A; 5HRY A; 3OXL A; 5AQ7 A; 4U8V D; 4MLP A; 4ANV A; 3BEE A; 1A5E A; 3S7F A; 3JYS A; 1K3Z D; 2WXM A; 2V4H C; 4GPK A; 2XEN A; 2VJ8 A; 2LXM A; 5FZQ A; 4LRZ A; 2R05 A; 1HXI A; 1KT1 A; 2ZIS A; 1JCQ A; 1N0R A; 4GZ6 A; 2WXH A; 4N39 A; 2Y69 E; 2KCV A; 3D9J A; 4ABN A; 2LSV A; 1E8X A; 3IXE A; 1LD7 A; 2OVB A; 2RG8 A; 4J7W A; 4K5A B; 4U8Y D; 3EHM A; 4EBA A; 2A5E A; 4Q96 A; 3QOU A; 4RLY A; 3U3W A; 4BET A; 3UX4 A; 3L08 A; 3QNK A; 3UM2 A; 2XPI A; 3ZPJ A; 4AIF A; 4DX1 A; 4GCN A; 3C3O A; 3L82 A; 3LY7 A; 5AAR A; 4GTV A; 3N71 A; 3PEU B; 4J0U A; 3FUL A; 3FTY A; 2ION A; 4GYW A; 3LY9 A; 4LEU A; 5ITZ F; 1Y8M A; 5HI7 A; 4QFV A; 1HG5 A; 2QY7 A; 2LNI A; 3ZHE A; 1WAO 1; 1H0A A; 2XCB A; 3QWP A; 5KJK A; 1Z5S C; 4B89 A; 2XPZ A; 2YHC A; 3PZ3 A; 5C1D A; 1QYM A; 5HQ8 A; 3L22 A; 2KBX A; 3D9K A; 1NP7 A; 3DPD A; 3QKY A; 3FTV A; 4F53 A; 2IOL A; 4NAC A; 5EYL A; 2HYZ A; 4JC8 A; 3UKR G; 4CDM A; 3CVV A; 3JCK C; 3PUK A; 4J8Y A; 5E76 A; 1G3N B; 4JPS A; 5DBK A; 1U2V G; 3Q9N C; 3FUN A; 2NXP A; 1D8D A; 2BKK B; 2M63 A; 2GRO B; 5KJL A; 4KZC A; 3CVU A; 1Z3X A; 3DRA A; 2WQ6 A; 4XX5 A; 5AJD A; 2ZU6 B; 4ILG A; 5KJN A; 5CRU A; 4I1M A; 5BNW A; 5KBA A; 1N4P A; 4G8K A; 4BTA A; 4AVX A; 3LEW A; 4HLL A; 3X2Q E; 3D9M A; 2V0P A; 3E34 A; 1E96 B; 1QNF A; 3GZS A; 1V55 E; 5ENR D; 3E32 A; 3TWR A; 3HVE B; 4CEM A; 1HZ4 A; 3ISM C; 5AJL A; 4GTM A; 3UIN C; 3RO3 A; 1YYH A; 2P9N G; 2XRY A; 2HM8 A; 4U96 D; 2GRP B; 4NIK A; 3LJ3 A; 3DEP A; 4TXP A; 3S7B A; 3RKV A; 3D9O A; 2B0O E; 4BSX A; 3DPY A; 3IEG A; 5LP0 A; 3E33 A; 4IYP A; 1IKN D; 1TNU A; 2PQR A; 4TUM A; 4CCA A; 4DLO A; 3CV0 A; 4ILI A; 4XE0 A; 5J90 A; 3AS8 A; 2C0M A; 3L16 A; 4OVV A; 1OCR E; 3NZS A; 3ASF A; 1LD8 A; 3CVL A; 5BT1 A; 4J6I A; 3URZ A; 4N5C A; 4U8H A; 1HFA A; 4LNG A; 3FUD A; 2BTD A; 2WQ7 A; 3FUJ A; 1MJ0 A; 3VTY A; 4GTO A; 4AY5 A; 2NYJ A; 1W3B A; 1D9S A; 2YIN A; 1YMP A; 1S70 B; 4RG9 A; 2Y0B G; 3GYZ A; 4Y6C A; 4G2V A; 4XIF A; 1E7V A; 3NQP A; 2XRZ A; 2VSX E; 2KCK A; 4JHK A; 1OWL A; 5G55 A; 4KXK B; 3Q47 B; 3UKU G; 1XGW A; 4XI9 A; 3HDX A; 4EZJ A; 4JHJ A; 1Q2Z A; 3AAA C; 2BED A; 2WM9 A; 4DUI A; 4WND A; 4GTP A; 1H2T C; 4DI4 A; 2FUL A; 1JPL A; 1H6O A; 3PEV B; 2A4Z A; 2DZO A; 3HYM B; 2IFU A; 4B8C B; 5D66 A; 2IJG X; 3OTN A; 4YDE A; 1KZP A; 3ZRH A; 4I17 A; 2GRQ B; 4UWH A; 1SZA A; 3EDT B; 3CVW A; 2IO2 C; 3FTW A; 4HRN A; 4B94 A; 4OAU C; 4GMR A; 4HRM B; 2J09 A; 3MA5 A; 4ACK A; 3G2V A; 3JUI A; 3UQ3 A; 3C3R A; 3ZUV B; 2X6J A; 5CEC B; 1DNP A; 3R9M A; 3ASG A; 5ARF A; 1X81 A; 2QYU A; 3T8M A; 3GZ2 A; 3SGH A; 3EHR A; 3UIP C; 4JD2 G; 3R7Q A; 1UW4 B; 2F8Y A; 3Q49 B; 2EIJ E; 1HF8 A; 1IQU A; 3AJI A; 2GGF A; 4N3C A; 3MGB A; 1JUQ A; 4I1A A; 1HG2 A; 3FFL A; 5KJM A; 2BF0 X; 3HXF A; 4FP7 A; 4DX2 A; 2KZT B; 3CEQ A; 3V2O A; 3FU5 A; 2VSY A; 5AYW D; 3SY2 A; 3QAQ A; 2FEZ A; 1N0Q A; 4CDR A; 5BXU A; 3MEK A; 1N52 A; 2F0Y A; 5B1A E; 1TYQ G; 3TXM A; 3CKB A; 4D10 C; 3FH7 A; 2IO3 C; 4UQZ A; 5AQB A; 2L0T B; 3PRZ A; 2AW6 A; 1SA5 A; 2CG2 A; 2XHE A; 4KZ0 A; 1ZBP A; 4IUL A; 4TXQ A; 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