The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
133
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sequence length |
315
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structure length |
305
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Chain Sequence |
AKRLEREQKLKLYQSATQAVFQKRQAGELDESVLELTSQILGANPDFATLWNCRREVLQHLETEKSPEESAALVKAELGFLESCLRVNPKSYGTWHHRCWLLSRLPEPNWARELELCARFLEADERNFHCWDYRRFVAAQAAVAPAEELAFTDSLITRNFSNYSSWHYRSCLLPQLHPQPRLPENVLLKELELVQNAFFTDPNDQSAWFYHRWLLGAGELSVEKSTVLQSELESCKELQELEPENKWCLLTIILLMRALDPLLYEKETLQYFSTLKAVDPMRAAYLDDLRSKFLLENSVLKMEYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha
|
| publication title |
Structure-Guided Development of Selective RabGGTase Inhibitors.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Transferase/transferase inhibitor
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| total genus |
133
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| structure length |
305
|
| sequence length |
315
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| ec nomenclature |
ec
2.5.1.60: Protein geranylgeranyltransferase type II. |
| pdb deposition date | 2010-12-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01239 | PPTA | Protein prenyltransferase alpha subunit repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Protein prenylyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QBQ A; 1FT2 A; 1O1T A; 4LNG A; 1JCQ A; 3Q78 A; 1FPP A; 3DSX A; 1KZP A; 3PZ4 A; 1JCR A; 1O5M A; 3E33 A; 3DSS A; 1X81 A; 3SFY A; 3C72 A; 2H6G A; 3E32 A; 3DPY A; 3E37 A; 4YDO A; 3Q79 A; 3SFX A; 3E34 A; 1TNO A; 4GTP A; 1LTX A; 4LNB A; 1TN7 A; 1SA4 A; 1NI1 A; 2ZIS A; 3Q75 A; 2R2L A; 4GTS A; 1SA5 A; 1D8D A; 1DCE A; 3HXC A; 4GTQ A; 1N95 A; 3DSU A; 2ZIR A; 3Q7A A; 1TNB A; 3PZ3 A; 1N4S A; 1FT1 A; 3DST A; 2BED A; 1TN6 A; 1O1R A; 4GTO A; 3PZ2 A; 3DRA A; 4GTT A; 2H6H A; 4L9P A; 1S64 A; 1TNU A; 3EUV A; 1O1S A; 3HXD A; 3HXB A; 3E30 A; 1NL4 A; 3HXF A; 3KSQ A; 3EU5 A; 1S63 A; 1N4Q A; 4EHM A; 1N9A A; 3PZ1 A; 1TNZ A; 4GTM A; 2H6I A; 1JCS A; 4MBG A; 1MZC A; 3DSW A; 1N4R A; 3Q7F A; 1KZO A; 2F0Y A; 3Q73 A; 4GTR A; 3KSL A; 4GTV A; 3DSV A; 2IEJ A; 1LD7 A; 4YDE A; 1LD8 A; 1N4P A; 1TN8 A; 2H6F A; 3HXE A; 1N94 A; 1D8E A; 1TNY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JA9 A; 4PS3 A; 1SVX A; 4LNG A; 3AG4 E; 3HIZ A; 5CMY A; 1HG5 A; 1QNF A; 3FTS A; 3KD7 A; 4UQY A; 3D9J A; 3TWT A; 4X8Q A; 1YMP A; 4CDN A; 2IY0 C; 3LY9 A; 3FH7 A; 4KXK B; 5LP0 A; 3LJ3 A; 3I3N A; 4DX5 D; 4OAU C; 3MYV A; 3MKQ A; 4HLE A; 2F8Y A; 4F6R D; 3CKC A; 4N3C A; 1HS6 A; 4FHK A; 4J8F A; 2QYU A; 1YCS B; 2GRR B; 1OWL A; 4G24 A; 1LF8 A; 4FJZ A; 4CDR A; 4GB9 A; 3LY7 A; 4KMO A; 5KJL A; 4NAC A; 4N3B A; 4U04 A; 1D8D A; 1PY1 A; 4UI9 C; 2CHZ A; 3S7B A; 3ASD A; 4ABN A; 5HQ8 A; 4DPR A; 3D9P A; 4LEU A; 5HI7 A; 4KT6 B; 4I1O B; 3CVP A; 2KC7 A; 3EUV A; 2WQ6 A; 4YDY A; 4TRQ A; 1Q2Z A; 2J49 A; 1MX4 A; 3TXM A; 4DRX E; 4URK A; 4EHM A; 3HHM A; 4N39 A; 1ELR A; 5IY5 E; 2I9C A; 2WXN A; 4I1M A; 5AQB A; 3QOU A; 1NZN A; 2A4Z A; 4UWH A; 2XGS A; 3AJI A; 2ZGG A; 2H6F A; 3CVN A; 3HXE A; 3LEW A; 4NQ0 A; 1D8E A; 3UKU G; 1BI7 B; 5KCM A; 5JHB A; 2HE0 A; 3LDZ A; 3ZU7 B; 2KM4 A; 2WVI A; 4OVV A; 2OVB A; 2WQ7 A; 1IHB A; 1FVF A; 3D3M A; 4MLP A; 2XPZ A; 4EPZ A; 1H2V C; 3FUE A; 4Z68 A; 2IO2 C; 4JA7 A; 4GZD A; 5G05 J; 2X6H A; 3S2A A; 2XS1 A; 2IF4 A; 2E2E A; 5AAR A; 3I5P A; 4ILG A; 3F6Q A; 3QAQ A; 4U0U A; 1B89 A; 3CK7 A; 3MKQ B; 4I6E A; 3TWV A; 2XS8 A; 4B94 A; 3CVV A; 1S64 A; 4GZ3 A; 5G04 J; 4TUM A; 3L9T A; 3ZUV B; 4N2Q A; 1WAO 1; 4HS2 A; 3QB2 A; 3NAW A; 2L6J A; 3ZYQ A; 3Q5M A; 5KNG A; 4BY6 A; 3PZ1 A; 2ILR A; 3JUI A; 3DBS A; 1JCS A; 4GZ5 A; 3Q73 A; 4DUI A; 2EIM E; 2VGY A; 2YHE A; 2P2C P; 5CRU A; 3MGB A; 3SHF A; 3CHQ A; 3CKB A; 3VLF A; 1E8X A; 5C1D A; 3G2T A; 3B7B A; 4ANU A; 2X6I A; 3APF A; 1OUV A; 1HH8 A; 2MRI A; 4LSZ E; 3TWS A; 3CV0 A; 3QDN A; 2L6B A; 3B13 A; 3UIN C; 2WMN A; 1KZP A; 4GA0 A; 4DX1 A; 5HS0 A; 2XPY A; 2V0P A; 2WB2 A; 3CVY A; 5AN8 A; 4HRL A; 4JPS A; 2WXG A; 4A55 A; 3Q9N C; 4JB8 P; 3E37 A; 3CGH A; 1H19 A; 2J08 A; 1MYO A; 2FBN A; 3ASG A; 2GW1 A; 5ENS D; 3AS5 A; 4W9R A; 1NP7 A; 2ZIR A; 4GPM A; 1H2T C; 4XEI G; 5CMW A; 2R02 A; 3FTZ A; 4HFG A; 3JCK C; 2YHC A; 4GYY A; 4LUN U; 2A5U A; 3GZ2 A; 4HLL A; 2XZD G; 1S63 A; 4U0S A; 3U9W A; 4AIF A; 3B7U X; 1UN9 A; 2XGM A; 5KJM A; 3PDN A; 4Q69 A; 3CHR A; 2XZT G; 2WXK A; 1LD7 A; 3AG1 E; 3JQ0 A; 4HB5 A; 5ENQ D; 4N2S A; 5FIN A; 2AVP A; 4HBD A; 3ASO E; 2PQN A; 3ZRH A; 4O1O A; 5ENT D; 1H0A A; 2EIJ E; 2HO1 A; 5JA4 D; 3PZD A; 3TXN A; 3VLD A; 2VGX A; 5C2Y A; 2BTD A; 1O5M A; 3CVU A; 4HOU A; 5LFA A; 3ZVV A; 5AIJ A; 5EIB E; 4B0Z A; 4LCT A; 3IKO B; 3GZS A; 1OWN A; 1EPU A; 4DX6 D; 1K3Z D; 1TNO A; 3ZYL A; 2XRY A; 3ZXP A; 1HF8 A; 2NC9 A; 2NYJ A; 2IU1 A; 3AAA C; 4JW1 A; 3DXM G; 1H6P A; 3UKR G; 1TYQ G; 3QJZ A; 5ANR A; 5EKQ D; 4J8S A; 4F1P A; 3PZ3 A; 3VLE A; 4HRN A; 2X6F A; 3PZ2 A; 5A23 A; 3DEP A; 5A7D B; 3ZXS A; 3J5Q B; 4B89 A; 4DX2 A; 5AYW D; 3JXJ A; 4I2Z A; 2L0I A; 3K9I A; 2EIN E; 5ENR D; 1OWP A; 1OWM A; 4JEH A; 2H6I A; 3DSW A; 4RLY A; 3ESL A; 4R7L A; 1E8Z A; 2LAI A; 5BW8 C; 3FUN A; 3GW4 A; 4JHK A; 4ACL A; 2GRM A; 4YDE A; 1LD8 A; 1AP7 A; 2WXJ A; 4ATG A; 5CBN A; 2LXM A; 5CCM A; 3IBE A; 3QC1 A; 1HZ4 A; 2WMO A; 1MHQ A; 3C3Q A; 3S7J A; 3PNL B; 3Q78 A; 1EDU A; 4G2V A; 1TR4 A; 1WM5 A; 2KBX A; 2XQ0 A; 2ION A; 4ILI A; 3SFY A; 5EN5 D; 1MQS A; 1FCH A; 3FUH A; 2YNQ A; 2LUH A; 4A1G A; 4WUY A; 2GRN B; 4C9B B; 3R9M A; 2X6J A; 4YDO A; 3S7F A; 3RO2 A; 3RRU A; 5H7P A; 3SNX A; 1BI8 B; 3FEX A; 3QAR A; 2AWI A; 2ZIS A; 2F8X K; 3EHN A; 1U3C A; 3WXX A; 2VGX B; 4AVX A; 4ANX A; 4YDW A; 1PAQ A; 3MCX A; 2F37 A; 5M72 A; 2C0L A; 4CYM D; 5CHE E; 1SW6 A; 2KAT A; 2E0I A; 4ILH B; 1HFA A; 1A5E A; 2V8S E; 1YA0 A; 2PL2 A; 4FU3 A; 4G8K A; 1W3B A; 4WNF A; 4IN3 B; 3NF1 A; 3DPD A; 3E30 A; 1H2U A; 2ETA A; 3ULY A; 3JUE A; 2FI7 A; 4YVQ C; 1U2V G; 3LCA A; 3NBN B; 4GTR A; 4J8D A; 3CEQ A; 4CGV A; 3ASF A; 2IEJ A; 3CK9 A; 4FA6 A; 4EZL A; 3TWQ A; 2I1J A; 3PRZ A; 2X6K A; 5EX0 A; 3NB2 A; 3O4Z A; 2WXI A; 2FEZ A; 2DIW A; 2X3M A; 2P58 C; 3KAE A; 2QY7 A; 1SZ9 A; 4IUL A; 1DC2 A; 1X81 A; 3FHE A; 1YYH A; 2QFC A; 4U8Y D; 4OYS A; 4E85 A; 3Q9U C; 2LNI A; 3B7S A; 2V5Q C; 4J0U A; 4ANV A; 2V4L A; 3UXG A; 3V31 A; 4K0R A; 4GTQ A; 1OCC E; 5T4Y A; 4ZHB A; 2OEW A; 2VGE A; 3IHV A; 3TAX A; 3TG5 A; 4D10 C; 2H6H A; 4UWF A; 1MX6 A; 3V2X A; 3Q47 B; 3L6A A; 3OXL A; 3SQV A; 4P29 A; 4M3O A; 4WWP A; 5BT1 A; 2J9Q A; 4HRM B; 3TL5 A; 2XGO A; 3UM2 A; 2AXZ A; 3QKY A; 4F1S A; 3ZW3 A; 3G2S A; 5LCW J; 5FIO A; 4AY6 A; 4DI4 A; 3ML8 A; 3NZU A; 2R59 A; 4AEZ C; 2I1K A; 3AS8 A; 2PZI A; 1JUQ A; 1N4P A; 5CEC B; 3CIA A; 3MZL B; 1QBQ A; 2P9N G; 1JCQ A; 1H6K A; 3MV3 B; 2P9K G; 4TXP A; 4JXT A; 1VDY A; 4I6J A; 4AM9 A; 5AQA A; 3PNT B; 2AJA A; 2AXU A; 4K5A B; 3RJV A; 4CRW A; 2WPV A; 4C0M A; 3C72 A; 5CED B; 3CQG B; 5CER B; 1HXI A; 3E32 A; 3EHQ A; 2OEV A; 4Y6C A; 4JEU A; 2L0T B; 1NA3 A; 3PE3 A; 1Y6I A; 2XEN A; 1V55 E; 4BET A; 1HO8 A; 3SFX A; 3RRN B; 3CK8 A; 4BX8 A; 1NA0 A; 1G3N B; 3RO3 A; 3EIQ C; 4HI8 A; 2Y1L E; 3CLJ A; 4XI0 A; 3Q4A B; 3KEA A; 2OOE A; 1N95 A; 2PM6 A; 1N4S A; 3Q49 B; 4Q94 A; 2RD0 A; 2FO1 E; 4C0E A; 3QWV A; 4CDM A; 4HQD A; 5JJ7 A; 4RVB A; 3FFL A; 4JVS A; 4I2W A; 4BT9 A; 3L08 A; 3EU5 A; 3B7R L; 4PS7 A; 2Y4U A; 4B8C B; 4A3T A; 4Y6W A; 3UPV A; 1FVH A; 2HYZ A; 2VSY A; 3ABK E; 2DZO A; 3CST A; 3TGO A; 3SBT B; 4FJY A; 2EQX A; 2J07 A; 4FAD A; 2AW6 A; 5D0O D; 3SO8 A; 3URZ A; 2VJ8 A; 4DX7 D; 2VSN A; 4KYO B; 4XKC A; 1FT2 A; 3CHS A; 3FP3 A; 3PZ4 A; 1JCR A; 2DYR E; 2MOW A; 3R9A B; 3R7Q A; 2YIN A; 4WND A; 4I6G A; 4I1A A; 3T5V A; 5LX8 A; 1MX2 A; 4WWO A; 3SBS A; 4UWG A; 1BLX B; 1BU9 A; 2VSX E; 1KPS B; 2VSO E; 1E8W A; 4GA2 A; 3CR3 A; 4UWL A; 5ARF A; 2HR2 A; 3DWL G; 4FC8 A; 3DSU A; 1K8K G; 4U07 A; 3SI5 A; 1JWG A; 4KZC A; 1SZA A; 4XIF A; 2P9P G; 3PS6 A; 3EU9 A; 1S70 B; 3NZS A; 3KSQ A; 4BEP A; 5G05 C; 5FZS A; 5JJ6 A; 3ZKJ A; 4BTA A; 3FTU A; 2PNN A; 5FQ6 A; 3D9L A; 3BQO A; 1PC2 A; 5G04 C; 4OVU A; 3FU0 A; 3UT8 A; 2XEV A; 4H7Y A; 5KJK A; 1OY3 D; 3DSX A; 1EYH A; 3SZ7 A; 3NQP A; 2UY1 A; 5EX3 A; 3U64 A; 2R5S A; 3FU6 A; 4G8L A; 3TJP A; 2IJG X; 2WXO A; 1Z5S C; 2XEE A; 1IQU A; 1OCZ E; 2OV8 A; 3OXF A; 5FWQ A; 3RSE G; 2JAB A; 5CEA A; 3FUF A; 2WXF A; 3RK6 A; 5B3S E; 2Y0B G; 1SA4 A; 4J8Y A; 3SGH A; 2GGF A; 5CRV A; 3L54 A; 1L5J A; 1WDY A; 3ASN E; 3MV2 B; 4PUC A; 1Z3X A; 3MJW A; 3ZIM A; 4G25 A; 1UOH A; 3PRE A; 2JEK A; 3EHR A; 4WNE A; 2M63 A; 1HX8 A; 2V4H C; 3ZPJ A; 4A1S A; 3HXF A; 1N54 A; 5HRY A; 3LYA A; 3PE4 A; 3UT7 A; 3KEZ A; 1TNZ A; 5FZQ A; 3Q7F A; 4BWR A; 3ZHE A; 2J4D A; 4TV3 A; 3DSV A; 3B7T A; 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4K5B A; 4HNA D; 1OWO A; 2B0O E; 4ANW A; 3ONK A; 4G1T A; 2DVW A; 4YND A; 3LPZ A; 1UN8 A; 1TN7 A; 4DJA A; 2ZU6 B; 3IXE A; 3JYS A; 2KCL A; 1Y8M A; 2XCC A; 2IO3 C; 3C5R A; 4I9E A; 5FZR A; 3ULQ A; 2P9S G; 4K03 A; 3PUK A; 1K1B A; 4QQI A; 3HVE B; 2A5E A; 5BV1 A; 3PEU B; 4G11 A; 5J08 A; 4U95 D; 4RSY A; 1TN6 A; 1O1R A; 2BUG A; 3FTV A; 2WXQ A; 3D9O A; 2Y4T A; 5A6C A; 1TNU A; 1O1S A; 2MHK A; 1N0Q A; 2VTB A; 3W9G A; 3MKR A; 1OCR E; 2J09 A; 4GCO A; 4XZ4 A; 4CGW A; 3FUD A; 3UI2 A; 4J6I A; 5ENN A; 4U63 A; 4WWN A; 2V5F A; 2I6H A; 2P9U G; 5AAO A; 3C3R A; 2VYI A; 3W9F A; 2R17 C; 4I43 A; 5DBK A; 4GAA A; 4GML A; 1DCQ A; 3X2Q E; 4QFV A; 3LJN A; 4TXR A; 1E7V A; 3ZYM A; 3UM3 A; 3CVW A; 2RFA A; 4CEM A; 1O1T A; 4JL0 A; 2IOL A; 3MEK A; 4KVM A; 3CHP A; 4XI9 A; 2CG2 A; 3B95 A; 2KZT A; 3BEE A; 2WXL A; 3P2B A; 4NUR A; 1KT0 A; 1BD8 A; 5FQ8 A; 3PEV B; 4ZFH A; 2IOS A; 1E8Y A; 3L16 A; 4O60 A; 4LNB A; 3ZGQ A; 2PQR A; 2ZXW E; 3OTN A; 3ML9 A; 2PM7 A; 3UIO C; 3SFZ A; 4WAF A; 4N5C A; 2OND A; 3I4R B; 1N0R A; 5EYP F; 1KLX A; 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