The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
86
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sequence length |
240
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structure length |
225
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Chain Sequence |
SKLIGKICKSIRYRDYETAIFLAACLLEYRMLMSIVLYLNGEYTRALFHLHKLNTCTSKYYESLCYKKKKDYKKAIKSLESILEGKVERDPDVDARIQEMFVDPGDEEFFESLLGDLCTLSGYREEGIGHYVRSFGKSFLFSPVENLLLENKVPQKRGIEEEYVSDSIEFHESLSPSLVKKYMEHVPGIGSYFISNAARRYFNLGMNDKSKACFELVRRKDPMFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Possible protein of nuclear scaffold
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| publication title |
Molecular structure of the N-terminal domain of the APC/C subunit Cdc27 reveals a homo-dimeric tetratricopeptide repeat architecture
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Encephalitozoon cuniculi
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| molecule tags |
Protein binding
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| total genus |
86
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| structure length |
225
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| sequence length |
240
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PDN A; 1TJC A; 3QWW A; 4J8F A; 3CKC A; 5FT9 A; 2VYI A; 1HZ4 A; 3CV0 A; 3Q5M A; 5BNW A; 1B89 A; 4N39 A; 2UY1 A; 2OND A; 3URZ A; 4ME2 A; 3RJV A; 3VTX A; 4HOT A; 5ARG A; 3AS8 A; 4CGW A; 1IHG A; 3CK8 A; 4JA9 A; 2JLB A; 5CCM A; 3Q49 B; 1ELR A; 3EDT B; 4WNF A; 1KLX A; 4UI9 C; 2HR2 A; 5FZS A; 3ASD A; 2UY1 B; 5C1D A; 4A1S A; 3ULQ A; 1A17 A; 4YVO A; 4U0U A; 2WQH A; 4N3C A; 3Q47 B; 5HI7 A; 3TGO A; 4N3A A; 4I2Z A; 3TAX A; 4N2Q A; 3S7F A; 4GCN A; 2LNI A; 3ZHE A; 1IYG A; 4CDR A; 4G26 A; 5BW8 C; 4HOQ A; 4IN3 B; 3E4B A; 3FFL A; 3GW4 A; 4GA0 A; 4JL0 A; 3UPV A; 2XGO A; 4U04 A; 4HOU A; 2VSN A; 4I1A A; 2FF4 A; 3AS5 A; 3ZHE B; 4GYO A; 4HOS A; 3MA5 A; 4EQF A; 4BT8 A; 3CEQ A; 3R9A B; 3GYZ A; 3LY7 A; 5LCW C; 3Q4A B; 4O6F A; 3UQ3 A; 4JHR A; 3LYA A; 4Y6C A; 2LSV A; 3PE4 A; 2OOE A; 3IEG A; 2XEV A; 4ABN A; 3S7J A; 2P58 C; 4U0Z A; 4GA2 A; 3OXL A; 3KAE A; 3AS4 A; 4H7X A; 3Q15 A; 3RIB A; 2E2E A; 4WUY A; 2Q7F A; 4HOR A; 3WXX A; 3LKU A; 4J8D A; 4H7Y A; 3ZGQ A; 4GPK A; 3S7B A; 4WNG A; 4GZ3 A; 3U4T A; 1ZBP A; 5M72 A; 5FTP A; 4GA1 A; 3K9I A; 2J9Q A; 5DIZ A; 5G05 J; 1HXI A; 3ZN3 A; 3GZ1 A; 4B94 A; 4CGV A; 3SF4 A; 4I17 A; 2YHC A; 1NA0 A; 3QKY A; 4F3V A; 2AVP A; 4GCO A; 4G24 A; 1HH8 A; 4Y6W A; 4KYO B; 2V5F A; 4J0U A; 5FZR A; 2FI7 A; 2XCC A; 3QWP A; 5D0O D; 3LY8 A; 2XGM A; 3N71 A; 4KBQ A; 1Y8M A; 1FCH A; 2PZI A; 3MKR A; 4U0S A; 2Y4T A; 5CCL A; 2KCL A; 3MV3 B; 3CK9 A; 4I9C A; 4N2S A; 4NQ0 A; 1W3B A; 2HO1 A; 4XI0 A; 5KJN A; 4AIF A; 2VQ2 A; 5EKQ D; 1PC2 A; 4J8E A; 2XCB A; 4UQZ A; 2NC9 A; 4BTB A; 3KD7 A; 5HQ8 A; 1XNF A; 1KT1 A; 3QDN A; 2VGX A; 4XIF A; 5G05 C; 5ARF A; 3RO3 A; 2PQN A; 5EX3 A; 3FP3 A; 2IF4 A; 4NRH B; 3OXF A; 4UI9 K; 4WND A; 4YVQ C; 1P5Q A; 5FZQ A; 4WNE A; 2VGX B; 5D0Q D; 5G04 J; 4AY5 A; 3QOU A; 3MV2 B; 4AY6 A; 3GZ2 A; 4RG9 A; 3S7D A; 5JJT A; 5CHE E; 3ASF A; 3UUX A; 4GYW A; 4I9E A; 3ASH A; 2PQR A; 2FEZ A; 2I6H A; 2WPV A; 2XGS A; 3U3W A; 3LY9 A; 2LSU A; 3CVP A; 4G2V A; 3FWV A; 1E96 B; 3RU0 A; 2MHK A; 1ZU2 A; 4BTA A; 4U07 A; 1YA0 A; 1OUV A; 4UQY A; 3CK7 A; 2DBA A; 1NZN A; 5A6C A; 4GZ5 A; 4RG6 A; 4GYY A; 2XPI A; 5LCW J; 3RKV A; 4UQX A; 3TG5 A; 3ZPJ A; 2KCK A; 5DBK A; 5KJL A; 1NA3 A; 3TG4 A; 3ZFW A; 3MEK A; 3ASG A; 2L6J A; 4XI9 A; 4N3B A; 2UWJ G; 5BT1 A; 5JJ7 A; 5G04 C; 3O48 A; 2HYZ A; 3PE3 A; 4GZ6 A; 4YND A; 2KCV A; 3CVN A; 3CKB A; 4W9R A; 1QQE A; 2IFU A; 2KC7 A; 3CVL A; 4AM9 A; 2C0L A; 3VTY A; 5EX0 A; 2BUG A; 2FO7 A; 3OXG A; 3SZ7 A; 4N5C A; 2FBN A; 4BWR A; 3LPZ A; 4JA7 A; 2QFC A; 2R5S A; 3ESK A; 2VSY A; 2YQ8 A; 5A7D B; 2Y4U A; 2C2L A; 5FJY A; 3HYM B; 2C0M A; 4UI9 J; 3RO2 A; 3BEE A; 1KT0 A; 5KJK A; 5JJ6 A; 4G25 A; 4KXK B; 3JYS A; 1ELW A; 3QWV A; 1WM5 A; 3CVQ A; 4G23 A; 3NF1 A; 4LEU A; 5AYW D; 1WAO 1; 4APO A; 2GW1 A; 4I2W A; 5KJM A; 4BT9 A; 2VGY A; 1QZ2 A; 2KAT A; 3LCA A; 4G1T A; 3KS2 A; 2PL2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CHZ A; 4LG6 A; 4J8F A; 3KEZ A; 3IXE A; 3Q5M A; 2VYI A; 3TWW A; 2UY1 A; 2OND A; 5E76 A; 5BXU A; 4ME2 A; 1OCR E; 4J8Y A; 4CGW A; 4JA9 A; 1OWP A; 3DSV A; 2JLB A; 4GMR A; 2P9L G; 4LNU D; 1ELR A; 5BUZ A; 4I6E A; 4G8L A; 4FLB A; 4GML A; 3APD A; 5FZS A; 3PRZ A; 2R2L A; 3SD5 A; 3UIO C; 3LVR E; 3B7U X; 4ATG A; 2Y1L E; 3CQC B; 3TAX A; 2J4D A; 1H2V C; 4HNA D; 4GCN A; 1OY3 D; 2A4Z A; 2DZN A; 2LNI A; 1IYG A; 3Q9N C; 4CDR A; 4A1G A; 2EIM E; 3SFZ A; 4IN3 B; 1VDY A; 3FFL A; 3CHM A; 3HXF A; 4JL0 A; 1TNU A; 2XGO A; 5A23 A; 4U04 A; 2IY0 C; 1HG2 A; 3W9G A; 3ZHE B; 5KWD A; 1SZ9 A; 4F7A A; 2QZA A; 3MKQ B; 3FUF A; 3LY7 A; 3UX4 A; 5LCW C; 3V30 A; 4BER A; 3L13 A; 2NSZ A; 4O6F A; 5HRY A; 3UQ3 A; 4IYP A; 1O5M A; 4O1P A; 4GTQ A; 5AJL A; 4MS6 A; 1D8D A; 3PE4 A; 3G2S A; 3FTS A; 1K1A A; 4PDX A; 2P58 C; 1UJJ A; 3FTV A; 4K03 A; 4GA2 A; 3MYV A; 2E2E A; 2AJA A; 2Q7F A; 3IBE A; 2EQX A; 3MX3 A; 2YNQ A; 3S7B A; 4BES A; 5JHA A; 3U4T A; 2RFM A; 3T9K A; 5FTP A; 4E6H A; 4RSY A; 2WXL A; 4TUU A; 2J9Q A; 5DIZ A; 3C5R A; 3NBN B; 2R17 C; 3T8K A; 3F6Q A; 3KSQ A; 1HS6 A; 1K3Z D; 3ZIM A; 4B94 A; 5AEN A; 4F3V A; 3HIZ A; 4GCO A; 4Y6W A; 5KCM A; 3AG1 E; 5FZR A; 4ILH B; 4DK5 A; 3Q79 A; 2FI7 A; 2IJG X; 1H6O A; 3BU8 A; 3O4Z A; 3QWP A; 3T8M A; 3LY8 A; 4L9P A; 1FCH A; 3Q78 A; 4GTR A; 4I9C A; 2I1K A; 4GTS A; 4XI0 A; 3J5P A; 5LX8 A; 3ABK E; 4FA6 A; 3ZYL A; 3E37 A; 3EU9 A; 4JC8 A; 4AIF A; 3Q73 A; 1PC2 A; 1K1B A; 3I4G A; 5AQB A; 3CLJ A; 4DI3 A; 3LJ3 A; 4FJY A; 4JPS A; 3D9M A; 4EZL A; 2ETA A; 1TN8 A; 2CHW A; 3HVE B; 3SBS A; 2ETB A; 2ZU6 B; 5G05 C; 3TWV A; 2Y3A A; 5ARF A; 1TNO A; 2WQ7 A; 3FP3 A; 4B8A A; 5CRV A; 3CHR A; 3LXU X; 4YVQ C; 2VGX B; 4AY5 A; 3EIJ A; 1AP7 A; 1TJF A; 3VLD A; 3MV2 B; 1BU9 A; 1E90 A; 4AOF A; 4P29 A; 3S7D A; 3FTX A; 4GZD A; 3UUX A; 3FTU A; 4DX6 D; 3B7T A; 3DSW A; 4JEH A; 4DX7 D; 2PM6 A; 3ASH A; 1YMP A; 3TWR A; 3EUV A; 2P9P G; 2AWI A; 1HO8 A; 2LSU A; 3CVP A; 3FU6 A; 1H2U A; 2R05 A; 4A55 A; 1E96 B; 1TEZ A; 3CVW A; 2GRQ B; 2MHK A; 1ZU2 A; 4U07 A; 1OUV A; 3CK7 A; 5HS0 A; 1S0P A; 1NZN A; 2P9N G; 3DWL G; 5LCW J; 3RKV A; 3TG5 A; 3MJW A; 2KBX A; 2WXO A; 4XI9 A; 1GW6 A; 5EDS A; 3FTW A; 3CHQ A; 5BT1 A; 5G04 C; 2CHX A; 4FHK A; 4ILG A; 4GZ6 A; 3CVN A; 3DEO A; 2IOS A; 4FHJ A; 4W9R A; 1QYM A; 3CHP A; 1JWF A; 3GZS A; 3ABL E; 1KZO A; 4AM9 A; 5EX0 A; 1MX2 A; 2BUG A; 2FO7 A; 3SZ7 A; 2FBN A; 3JUE A; 3L08 A; 5LOZ A; 3CGH A; 4ANU A; 4JA7 A; 3PZ1 A; 3FH8 A; 2WXP A; 3HXC A; 2VSY A; 1BPO A; 2Y4U A; 3DPY A; 2ZIS A; 3HYM B; 2IO3 C; 3PH0 C; 2C0M A; 1JCQ A; 3C72 A; 4UI9 J; 3RO2 A; 3BEE A; 4U8V D; 1KT0 A; 2IU1 A; 4BSX A; 2MYO A; 5EIB E; 2DYS E; 3TL5 A; 3ML9 A; 2QYU A; 4F6R D; 3EIQ C; 2PM7 A; 3TWQ A; 3JYS A; 4AXH A; 1ELW A; 2VTB B; 3QWV A; 5FQ6 A; 4DLO A; 2GRN B; 3CVQ A; 4DX1 A; 1OT8 A; 3UM2 A; 2L0T B; 4APO A; 4I2W A; 4XEI G; 1EF1 C; 3CSF A; 1ZB1 A; 3NZS A; 3V2X A; 2YIN A; 2XEN A; 2WXJ A; 3G2U A; 3SGH A; 3AAA C; 2XZD G; 3QWW A; 3ZU7 B; 3CVY A; 3CV0 A; 5FT9 A; 1HZ4 A; 1YCS B; 5BNW A; 4U96 D; 3ZXS A; 1U3D A; 1N94 A; 4V3I A; 2BTD A; 4UWL A; 5BPP A; 1IHG A; 3CK8 A; 5ANR A; 2LAI A; 4RLY A; 5CCM A; 1FVF A; 4TXQ A; 1FT2 A; 4B89 A; 3X2Q E; 2H6H A; 3ZVV A; 4FU3 A; 2HR2 A; 2UY1 B; 2OEW A; 4A1S A; 4KVM A; 4U0U A; 3FEY A; 3UKR G; 2I9C A; 5B3S E; 4LRZ A; 3EU5 A; 4I2Z A; 3S7F A; 3SHF A; 4JB8 P; 4J8S A; 1XGW A; 3V31 A; 3Q7F A; 2WQ6 A; 1NL4 A; 3HXD A; 4LNB A; 4BX9 A; 5BV1 A; 3PZ2 A; 5B1B E; 3LJN A; 5LFA A; 4FUL A; 2M63 A; 1H6K A; 3GW4 A; 5CRU A; 2PNN A; 4E85 A; 1UN9 A; 1TYQ G; 5KBA A; 2XEH A; 4EPZ A; 1TR4 A; 2FF4 A; 2WXR A; 4GPM A; 1SW6 A; 3FHE A; 4HOS A; 4EZJ A; 2XQ0 A; 4BT8 A; 3UM3 A; 3ZNG A; 5AQ7 A; 2AXZ A; 4Q94 A; 4HQD A; 3Q4A B; 3FU3 A; 3TWU A; 3JCK C; 1MX4 A; 3PUK A; 4HRM B; 4TXR A; 2R02 A; 3IEG A; 4ZFH A; 4FLH A; 4K5C A; 1BI8 B; 3KAE A; 3AS4 A; 4A3T A; 3Q15 A; 4F1S A; 2XHE A; 3CST A; 4I6J A; 3FY4 A; 4WUY A; 4HOR A; 2X6F A; 2OCC E; 3VLE A; 3LKU A; 4J8D A; 5EYL A; 1KPS B; 2V8S E; 2XZT G; 2GRR B; 2GRM A; 4WWP A; 5J08 A; 5M72 A; 3LVQ E; 4YDE A; 4Q96 A; 2F8Y A; 3ZN3 A; 3J5Q B; 2RG8 A; 4CGV A; 3ZRH A; 4I17 A; 2GRL A; 1NA0 A; 2X38 A; 4AEZ C; 2ZGG A; 1EYH A; 4D10 C; 4XE0 A; 3L82 A; 4G24 A; 4U7E B; 1NFI E; 1DCQ A; 4I1M A; 3BG1 B; 2EIK E; 2V5F A; 4NAC A; 4LER A; 4R7L A; 2V4H C; 5FQ8 A; 3APF A; 4U8Y D; 4LNG A; 3N71 A; 4KBQ A; 3MKR A; 4CZ2 D; 3UT8 A; 4K5B A; 5CBO A; 4N2S A; 2HO1 A; 1Z6T A; 3FTY A; 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