The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
168
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sequence length |
468
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structure length |
468
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Chain Sequence |
MTIGSMENVEVFTSEGKGRGLKATKEFWAADVIFAERAYSAVVFDSLINFVCHTCFKRQEKLHRCGQCKFAHYCDRTCQKDAWLNHKNECAAIKKYGKVPNENIRLAARIMWRVEREGTGLTEGCLVSVDDLQNHVEHFGEEEQKELRVDVDTFLQYWPPQSQQFSMQYISHIFGVINCNGFTLSDQRGLQAVGVGIFPNLGLVNHDCWPNCTVIFNNGNHEAVKSMFHTQMRIELRALGKISEGEELTVSYIDFLHLSEERRRQLKKQYYFDCSCEHCQKGLKDDLFLAAKEDPKPSQEVVKEMIQFSKDTLEKIDKARSEGLYHEVVKLCRECLEKQEPVFADTNLYVLRLLSIASEVLSYLQAYEEASHYARRMVDGYMKLYHHNNAQLGMAVMRAGLTNWHAGHIEVGHGMICKAYAILLVTHGPSHPITKDLEAMRMQTEMELRMFRQNEFMYHKMREAALNN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Cardiac-specific Histone Methyltransferase SmyD1 Reveals Unusual Active Site Architecture.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Histone lysine methyltransferase SmyD1
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
168
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| structure length |
468
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| sequence length |
468
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| ec nomenclature |
ec
2.1.1.43: Histone-lysine N-methyltransferase. |
| pdb deposition date | 2010-05-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00856 | SET | SET domain |
| A | PF01753 | zf-MYND | MYND finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
| Mainly Beta | Beta Complex | Beta-clip-like | SET domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OOI A; 2XCC A; 4YPU A; 3CBM A; 4QEO A; 3CKC A; 1H3I A; 3LCA A; 5F6L A; 3RAY A; 5A7D B; 3GZ2 A; 4NVQ A; 1OUV A; 2R5S A; 4RG9 A; 5F6K C; 3K5K A; 4LDG A; 3RQ4 A; 1ELW A; 2VGY A; 5FZQ A; 1QZ2 A; 3QOU A; 4JDS A; 1HXI A; 4XIF A; 5FZR A; 1ZKK A; 2LSV A; 5CCM A; 4CGW A; 2PL2 A; 4JL0 A; 4O6F A; 5KJM A; 2VSY A; 1XNF A; 2KCL A; 5FT9 A; 5C1D A; 5TEG A; 3F9W A; 4I51 A; 3RKV A; 4N3B A; 2L6J A; 4G25 A; 2YHC A; 5T5G A; 3S8P A; 3M55 A; 5BT1 A; 4IN3 B; 2IF4 A; 3GW4 A; 3F9X A; 2OND A; 3SF4 A; 3CK9 A; 1O9S A; 4I9E A; 3URZ A; 1ELR A; 3CVL A; 2VYI A; 1PEG A; 1HH8 A; 3KAE A; 5JJ7 A; 3E4B A; 4GA1 A; 3MO2 A; 3ZN3 A; 4HOU A; 4UQY A; 5A6C A; 4UQX A; 4Z4P A; 3EDT B; 3QWP A; 3O48 A; 2XGS A; 1Y8M A; 4GCN A; 5EX3 A; 4GPK A; 4GYY A; 4J0U A; 4RG6 A; 4H7Y A; 5D0O D; 4WNF A; 4BT9 A; 4N2S A; 2C0L A; 3FWV A; 5JIY A; 4GA0 A; 4IJD A; 4G1T A; 4UI9 K; 5JJT A; 4FMU A; 2E2E A; 3S7F A; 3MV2 B; 1KLX A; 4YND A; 3K9I A; 3MEK A; 2XEV A; 1N6C A; 3CEQ A; 3ASH A; 4APO A; 2O8J A; 3Q4A B; 5KJK A; 4U07 A; 3CVQ A; 4JA9 A; 1ZBP A; 3Q47 B; 4H7X A; 5BNW A; 1XQH A; 4CDR A; 4AY5 A; 3CBO A; 2C0M A; 2FO7 A; 2LSU A; 4Y6W A; 5AYF A; 4BT8 A; 2KCV A; 2XCB A; 3OPE A; 2QPW A; 3MO5 A; 4BTA A; 3EP0 A; 1TJC A; 3ZGQ A; 4LEU A; 2J9Q A; 2HR2 A; 3F9Z A; 3CK8 A; 5TTF A; 1KT1 A; 4H12 A; 3CVN A; 2VQ2 A; 1QQE A; 2AVP A; 3QWW A; 1ZU2 A; 3Q5M A; 1IYG A; 4I2Z A; 3IEG A; 4N3C A; 3MKR A; 2YQ8 A; 2UY1 B; 4HOR A; 4YNP A; 4I2W A; 3ZHE A; 3WXX A; 2NC9 A; 3LY7 A; 4BWR A; 3FFL A; 5D0Q D; 4RZ0 A; 3VUZ A; 2G46 A; 3AS5 A; 3R9A B; 2Y4U A; 3F9Y A; 2F69 A; 3KMT A; 3S7D A; 5ARF A; 3NF1 A; 2GW1 A; 4EQF A; 2KC7 A; 3OXL A; 3PE4 A; 1E96 B; 4QEP A; 1KT0 A; 4N2Q A; 4U0S A; 4WUY A; 5F5E A; 5LSX A; 5HQ8 A; 2PQN A; 3RJV A; 3ASD A; 2HO1 A; 5G04 J; 1NZN A; 3GYZ A; 4N3A A; 4E47 A; 4JA7 A; 5G04 C; 4HOQ A; 4WNE A; 4ABN A; 5LCW J; 2Y4T A; 1IHG A; 3FPD A; 5F59 A; 3LKU A; 2VGX B; 1HZ4 A; 4JLG A; 4J7I A; 3FP3 A; 3AS8 A; 3OXF A; 3GZ1 A; 4GYW A; 4F3V A; 3KD7 A; 3TG5 A; 2FEZ A; 5T0M A; 2QFC A; 3N71 A; 3RO2 A; 3KMA A; 3CV0 A; 3UUX A; 1ML9 A; 3BEE A; 3CBP A; 3OS5 A; 5EKQ D; 3U3W A; 4A1S A; 4YNM A; 2FF4 A; 3ESK A; 2BUG A; 4G23 A; 1WM5 A; 5KJN A; 3TGO A; 5KJL A; 3MO0 A; 3S7J A; 1NA3 A; 1PC2 A; 5FJY A; 5JHN A; 4KYO B; 3VTX A; 4NRH B; 3U4T A; 3ULQ A; 1N6A A; 5G05 J; 3VTY A; 4IJ8 A; 2OOE A; 5JJ6 A; 4GZ6 A; 4GZ5 A; 2JV0 A; 4QEN A; 5TH7 A; 2JLB A; 4YVQ C; 2V5F A; 5CHE E; 4UQZ A; 4BTB A; 4HOT A; 3ASG A; 2FBN A; 4J8F A; 5HI7 A; 4XI0 A; 3HYM B; 4JHR A; 4I9C A; 4O30 A; 5M72 A; 4GA2 A; 4YVO A; 4YPA A; 4AU7 A; 4NJ5 A; 1B89 A; 3M57 A; 5JIN A; 2WQH A; 3QWV A; 3CVP A; 1FCH A; 1MT6 A; 2I6H A; 2UWJ G; 5CCL A; 3ASF A; 2Q7F A; 5BW8 C; 3TAX A; 4I17 A; 1N3J A; 3ZFW A; 4AY6 A; 4AIF A; 3DB5 A; 5ARG A; 1WAO 1; 4GCO A; 4GZ3 A; 5EG2 A; 2RFI A; 3Q49 B; 4G26 A; 2W5Z A; 5FTP A; 4WNG A; 4J83 A; 2P58 C; 4BUP A; 1MVH A; 4NQ0 A; 3VV0 A; 3LY9 A; 4U0Z A; 3Q15 A; 4I1A A; 4HOS A; 2XGM A; 4Y6C A; 5AYW D; 3CK7 A; 1NA0 A; 2DBA A; 3LY8 A; 4MI5 A; 4J8E A; 3KMJ A; 2XPI A; 2PQR A; 1P5Q A; 1MUF A; 2HYZ A; 3M56 A; 3M54 A; 2C2L A; 4ME2 A; 4UI9 J; 2R3A A; 5LCW C; 2LNI A; 4UI9 C; 2KCK A; 4N39 A; 3S7B A; 2WPV A; 2W5Y A; 3RO3 A; 4B94 A; 4KBQ A; 3KS2 A; 4GYO A; 4MI0 A; 3UPV A; 3JYS A; 3LYA A; 4J8O A; 5T0K A; 3BO5 A; 3M5A A; 3RJW A; 4G2V A; 2UY1 A; 3ZHE B; 3RIB A; 3M53 A; 4KXK B; 4YPE A; 3PDN A; 3PE3 A; 2VSN A; 3HNA A; 4J8D A; 2BQZ A; 3CKB A; 3SW9 A; 3ZPJ A; 1A17 A; 4N5C A; 3DAL A; 3SZ7 A; 4C1Q A; 3SWC A; 2KAT A; 3OXG A; 4WND A; 4U0U A; 5DBK A; 5G05 C; 5DIZ A; 3AS4 A; 3LPZ A; 5JJ0 A; 3M59 A; 4U04 A; 4XI9 A; 3TG4 A; 3M58 A; 2XGO A; 3UQ3 A; 2IGQ A; 3RU0 A; 4CGV A; 4AM9 A; 4G24 A; 3MA5 A; 2IFU A; 5CPR B; 3MV3 B; 2VGX A; 5FZS A; 3QDN A; 3IHX A; 2FI7 A; 1MVX A; 1W3B A; 2MHK A; 1YA0 A; 5EX0 A; 4W9R A; 3QKY A; 4J7F A; 5LSZ A; 2PZI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UG3 A; 4YPU A; 4PS3 A; 3CBM A; 4DLO A; 4QEO A; 4DX1 A; 3V30 A; 1H3I A; 2ZU6 B; 1IHB A; 3DST A; 4I6G A; 2CFU A; 2PM6 A; 3SFY A; 2I1J A; 4Q96 A; 2R5S A; 4RG9 A; 1TR4 A; 1S0P A; 4LDG A; 5FZQ A; 1QZ2 A; 3SQV A; 2LSV A; 4JL0 A; 1Z6T A; 2NSZ A; 1JUQ A; 3PNT B; 3C3R A; 4KT6 B; 4OVV A; 3I3N A; 5TEG A; 4O60 A; 3QC1 A; 3F9W A; 4P29 A; 1MJ0 A; 3IV0 A; 4FUL A; 2QYJ A; 2L6J A; 1NFI E; 3ZEF A; 5T5G A; 2XEN A; 3S8P A; 3M55 A; 3E32 A; 4GTT A; 2GRQ B; 1N54 A; 2OND A; 3SF4 A; 4DPR A; 1O9S A; 2BED A; 5H7P A; 2WVI A; 2HM8 A; 4JZY A; 3MO2 A; 4HLE A; 3ZYL A; 3TWX A; 4JEU A; 4C0M A; 4EBA G; 2KBX A; 5AQ9 A; 4J7W A; 4Z4P A; 1H2T C; 3ABK E; 1KZP A; 4ILG A; 1E7V A; 3D9K A; 3HXB A; 3EIQ C; 4DX5 D; 4RQI A; 5D0O D; 2RG8 A; 4F6R D; 5JHA A; 2C0L A; 3JUI A; 4WWP A; 4BY6 A; 2E2E A; 3MV2 B; 1KLX A; 1D8D A; 3VLF A; 2O8J A; 5KJK A; 5B1A E; 3I4G A; 3UM3 A; 3CVQ A; 4JA9 A; 3T9K A; 5BV1 A; 4CDR A; 3C72 A; 4AVX A; 2LSU A; 5AYF A; 2IO3 C; 3EHR A; 4RLY A; 3MGB A; 3RRM B; 3DXM G; 3T5V A; 2X6F A; 2ETC A; 3MO5 A; 1NI1 A; 3IKO B; 1TJC A; 3PUK A; 2WXI A; 2V0P A; 1QNF A; 3C3O A; 1KPS B; 3LJN A; 1MZC A; 3V2X A; 3MKR A; 2VTB B; 4K5A B; 4Z68 A; 3HVE B; 5JMN D; 3KSQ A; 5CMY A; 3WXX A; 3L82 A; 4M3O A; 3ULE G; 2MRI A; 4RZ0 A; 5ANR A; 2A5E A; 3ML8 A; 2G46 A; 3ZYM A; 3TWU A; 3Q7A A; 4UUC A; 5FQ7 A; 3FUJ A; 4HXI A; 2CG2 A; 4EQF A; 3OXL A; 4K5B A; 3W9F A; 4GTV A; 2V4H C; 4EHM A; 4U0S A; 3ONL A; 5FIN A; 3RJV A; 3ASD A; 5LOZ A; 4BX9 A; 1EF1 C; 5G04 C; 2I1K A; 4ZHB A; 3W9G A; 4JB8 P; 5F59 A; 5E75 A; 3RRN B; 3AS8 A; 4A3V A; 3PZD A; 1N4R A; 3OXF A; 3PUJ A; 4GYW A; 3B7S A; 5CED B; 3TG5 A; 2L9B A; 1A5E A; 2WXG A; 2IY0 C; 3CV0 A; 3OS5 A; 4EEC A; 1N95 A; 2DZO A; 2P9I G; 3C98 A; 2P9S G; 4YNM A; 3ESK A; 4EZK A; 4AP2 A; 2J4B A; 1LD8 A; 2IOL A; 2WXF A; 4RVB A; 1FPP A; 3CHR A; 3S7J A; 1IQR A; 2J09 A; 5FJY A; 4KYO B; 3VTX A; 4EZJ A; 5JJ6 A; 3MX3 A; 3CGH A; 4GZ5 A; 2JV0 A; 4LUN U; 4JHK A; 4EPZ A; 3DEO A; 2WQ7 A; 4CT0 A; 5LP0 A; 2DVW A; 2VSX E; 3EUV A; 3ASG A; 4LSZ E; 2XEE A; 4U8V D; 1TNB A; 4O30 A; 3AU5 A; 3R9M A; 4GTS A; 3CVY A; 3MZL B; 3TJP A; 2BTD A; 5HS0 A; 3EU9 A; 4PS8 A; 3FHE A; 3M57 A; 3L54 A; 2B6C A; 2V4L A; 1EYH A; 4Q94 A; 5CCL A; 3ASF A; 5BW8 C; 2AW6 A; 1OCZ E; 1WAO 1; 4GZ3 A; 3TWR A; 5EG2 A; 4DI4 A; 2RFI A; 2QC9 A; 4Q69 A; 2W5Z A; 5FTP A; 3FUK A; 3V31 A; 4KZ0 A; 4I1A A; 3TWQ A; 4HOS A; 3SBS A; 1H0A A; 2AWI A; 2YHE A; 3PZ4 A; 1SZA A; 2KM4 A; 3APC A; 4ANX A; 1P5Q A; 4U8H A; 4UI9 C; 4TUU A; 3HXF A; 3S7B A; 3KS2 A; 2R2L A; 4A55 A; 5BPP A; 1H19 A; 1QYM A; 4IUL A; 4XZ4 A; 1H2U A; 4KVO A; 2VTB A; 3BO5 A; 3CQG B; 3CVV A; 3HVE A; 3M53 A; 3FUN A; 4KXK B; 4YPE A; 1HF8 A; 1EPU A; 3PE3 A; 2VSN A; 4J8D A; 5JHB A; 3DBS A; 4N5C A; 2LXL A; 3DAL A; 2A4Z A; 3NZS A; 1TYQ G; 2IEJ A; 3U64 A; 4MBG A; 4GMR A; 1TN6 A; 4OYS A; 2I2O A; 1BU9 A; 3PEU B; 2IGQ A; 4E6H A; 3CR3 A; 1YYH A; 3HXE A; 3NB2 A; 4G24 A; 3UT4 A; 4WAF A; 4LNU D; 5CPR B; 3MV3 B; 5FZS A; 3JUE A; 5B3S E; 4JD2 G; 5BV0 A; 3QDN A; 3DSS A; 3G2V A; 2VJ8 A; 2MHK A; 5EX0 A; 5ANL A; 3ZXS A; 5LSZ A; 3OOI A; 4DK5 A; 1X81 A; 3NOG D; 4CRW A; 3CKC A; 1U2V G; 1DCE A; 4ATG A; 1TN7 A; 3DSV A; 3FEX A; 3GZ2 A; 4NVQ A; 2DZN A; 3D9P A; 5AQB A; 3RQ4 A; 3QOU A; 4JDS A; 2X38 A; 4XIF A; 2XRY A; 3PNL B; 3HG0 D; 3ONK A; 4B0Z A; 2VSY A; 1XNF A; 1OY3 D; 2WXR A; 5FT9 A; 3PZ1 A; 3Q9N C; 1FVF A; 3V2O A; 4I51 A; 2WXL A; 4G25 A; 2ETB A; 4ANW A; 5BT1 A; 5D66 A; 4BES A; 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