The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
129
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sequence length |
318
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structure length |
318
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Chain Sequence |
b'EPLDIEAYAALYKGRTKIMRLLFIANHCGGNHALQFDALRMAYDEIKKGENTQLFREVVNKIGNRLGEKYGMDLAWCEAVDRRAEQKKVKLENELSSYRTNLIKESIRMGYNDFGDFYYACGMLGDAFKNYIRTRDYCTTTKHIIHMCMNAILVSIEMGQFTHVTSYVNKAEQNPETLEPMVNAKLRCASGLAHLELKKYKLAARKFLDVNPELGNSYNEVIAPQDIATYGGLCALASFDRSELKQKVIDNINFRNFLELVPDVRELINDFYSSRYASCLEYLASLKSNLLLDIHLHDHVDTLYDQIRKKALIQYTLP'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure and versatile functional roles of the COP9 signalosome subunit 1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
COP9 signalosome complex subunit 1
|
| source organism |
Arabidopsis thaliana
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
129
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| structure length |
318
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| sequence length |
318
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF10602 | RPN7 | 26S proteasome subunit RPN7 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LCT A; 3TXM A; 3CHM A; 3T5X A; 3JCK C; 3TXN A; 2MRI A; 4D10 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CHX A; 3CHP A; 5D0O D; 3CK9 A; 1QQE A; 3HHM A; 2XS1 A; 2R2L A; 2HM8 A; 3SBS A; 4KXK B; 5LCW J; 1XNF A; 3TWV A; 5BV1 A; 4Y6C A; 2I1K A; 2FUL A; 4EZL A; 3VLD A; 3TXN A; 1ELK A; 4CGV A; 5B3S E; 3CVL A; 5ANL A; 1Y6I A; 3FUE A; 5FT9 A; 1WY6 A; 4F3V A; 2Y3A A; 1WG0 A; 2XRY A; 5EIL A; 1E7V A; 1NL4 A; 4BY6 A; 3MKQ A; 3RAU A; 4EQF A; 2VGX B; 4HRL A; 4D10 C; 2GRN B; 5AQB A; 3BUA A; 4GYY A; 4ILG A; 1U3C A; 4YDO A; 5HS0 A; 5KCM A; 1WM5 A; 3CK8 A; 2LAH A; 4G11 A; 2LSU A; 3DBS A; 3ONK A; 5BW8 C; 2JEK A; 1DNP A; 3C72 A; 3T8K A; 3IHY A; 5BXO A; 2LO6 A; 2OVB A; 3FTV A; 3MZL B; 3JQ0 A; 5T3R A; 4AEZ C; 2KCL A; 4I9C A; 3BU8 A; 3DST A; 3ESL A; 2VSN A; 1N52 A; 2CFU A; 4J8D A; 1KT1 A; 2R03 A; 2KZT B; 3D9J A; 4UI9 C; 3APF A; 4N2S A; 3FUM A; 3U64 A; 1TN6 A; 1LD7 A; 3FH5 A; 1Z5S C; 2OND A; 5HI7 A; 2VSY A; 3TWU A; 4AY6 A; 1TJF A; 3TL5 A; 3P2B A; 2BUG A; 1ZB1 A; 5CHE E; 3ZHE A; 3FU5 A; 5G05 J; 4BT9 A; 5LOZ A; 3DSS A; 2PL2 A; 3AS8 A; 4G26 A; 3D9N A; 1X5B A; 2V8S E; 3T5X A; 3S7J A; 4JXT A; 4I9E A; 4RG9 A; 4JEU A; 4DUI A; 4JL0 A; 1KZP A; 4K03 A; 4ILH B; 4FC8 A; 2H6G A; 2XPI A; 3B95 A; 3VTY A; 2MOW A; 4G1T A; 3FU0 A; 4YVO A; 4JPS A; 3PZD A; 2DZO A; 3JXJ A; 3E33 A; 4OVV A; 5FJY A; 5T8I A; 4DRX E; 4GZD A; 3MKR A; 2XGM A; 3C98 A; 2GRR B; 2B6C A; 3CHM A; 1H19 A; 4GPK A; 5ARF A; 1BI7 B; 3FUN A; 4LUN U; 1K8K G; 4FA6 A; 5AJD A; 2BF0 X; 3CKB A; 2R17 C; 3OAW A; 4Q94 A; 2FEZ A; 3ZN3 A; 4DX2 A; 4AY5 A; 3F6Q A; 2PM7 A; 3ULY A; 2XPZ A; 1NA0 A; 3LJ3 A; 4GMR A; 5FIN A; 3FEY A; 3L9T A; 4L9P A; 3DSV A; 1NA3 A; 3CVX A; 1D8D A; 3U4T A; 3ZYK A; 3ZW3 A; 3LXU X; 3O4Z A; 5KNG A; 3V30 A; 4HRM B; 2ZIR A; 1NZN A; 4BTA A; 4F1P A; 3CHR A; 4CT0 A; 4QQI A; 2PQN A; 1Q2Z A; 4G8L A; 2IF4 A; 4Q69 A; 2Q7F A; 1MYO A; 1UJK A; 4B94 A; 5CBO A; 2KBX A; 2WVI A; 3BEE A; 4HRN A; 3ABM E; 2GRM A; 4BER A; 2VGX A; 4FAD A; 1TR4 A; 3SNX A; 3KD7 A; 2GRQ B; 1TN8 A; 3EHR A; 1YMP A; 4PDX A; 2XGS A; 2CG2 A; 4GPM A; 3FY4 A; 2XPY A; 5HQ8 A; 5AAR A; 5AN8 A; 1JWG A; 4UQY A; 2L6B A; 2WXN A; 3UTM A; 3LEW A; 4TXP A; 3KEA A; 4HNA D; 4WNG A; 2Y4T A; 3JCK C; 4HXI A; 5ENN A; 4EZJ A; 4FLB A; 2L0I A; 4B93 B; 4ZFH A; 3SHF A; 3HG0 D; 4X8Q A; 1YCS B; 1UN9 A; 2J4B A; 4PS8 A; 1QZ2 A; 2KZT A; 4EEC A; 3FUL A; 5CRU A; 2DVW A; 2IY0 C; 4IN3 B; 3ZGQ A; 5AEN A; 5ENP D; 3CVQ A; 3Q5M A; 3RRM B; 5FWQ A; 4J8E A; 1JCR A; 3J5P A; 2KXP C; 4K5C A; 2IJG X; 4HOR A; 1BPO A; 4XKC A; 1EDU A; 4RSY A; 4Q96 A; 3PNT B; 4IRU A; 3PZ3 A; 3RK6 A; 4L1B A; 4OYS A; 3DWL G; 3L13 A; 4ANW A; 1D8E A; 2GRP B; 3JUE A; 2EIM E; 4F7A A; 1EPU A; 4PH4 B; 4P29 A; 5EKQ D; 2B0O E; 4TUM A; 3PDN A; 4U04 A; 4AVX A; 3DSU A; 3R7R A; 3TJP A; 4EZK A; 1DCE A; 5CED B; 5B1A E; 5EN5 D; 2R05 A; 3AG3 E; 2XEE A; 3Q73 A; 4JD2 G; 1BD8 A; 4F6R D; 3TWS A; 2UWJ G; 3G2T A; 1KLX A; 3QAR A; 3I5P A; 5ENO D; 4GTO A; 2ILR A; 5HRY A; 4RQI A; 4UQZ A; 3T9K A; 3Q7F A; 3GZ2 A; 5C1D A; 2X6I A; 4JW1 A; 2X6H A; 2FO1 E; 2A5E A; 3CKC A; 5KWD A; 4A3T A; 1TN7 A; 2XQ0 A; 4GA0 A; 3KSQ A; 3CQG B; 1IQR A; 4UQX A; 3UXG A; 5AYW D; 2XZD G; 5AJL A; 2GGF A; 3FP3 A; 1H6O A; 3R9M A; 4DX5 D; 1X81 A; 4MS6 A; 2RG8 A; 5EX0 A; 4GYO A; 3C3Q A; 5E75 A; 2P9L G; 1S0P A; 2J07 A; 5ARG A; 3RRN B; 5A6C A; 1N0Q A; 1DC2 A; 2Y69 E; 3EU5 A; 1DVP A; 4I43 A; 2C0M A; 3ZEF A; 4GTP A; 5T4Y A; 3AG4 E; 4R7L A; 4HQD A; 4LER A; 2Y1L E; 4J8S A; 3UIN C; 4O1P A; 3UIP C; 3ULQ A; 3ASH A; 4M3O A; 3UT4 A; 4J6I A; 2OEW A; 4GCO A; 5D2M C; 2P9K G; 2ZIS A; 3UUX A; 3HVE B; 1E8Z A; 3FUF A; 3U3W A; 4MRU A; 2VSO E; 3IEG A; 3DXK G; 5EYL A; 3PRE A; 4CGW A; 2DYS E; 2AJA A; 3LKU A; 4U96 D; 3E30 A; 3MYV A; 1GW6 A; 3Q9U C; 4G23 A; 3EIQ C; 5CBN A; 4V3I A; 3RSE G; 3PE4 A; 1INZ A; 3SY2 A; 3ISM C; 3RRU A; 2FF4 A; 2VGE A; 3PRZ A; 1BU9 A; 3NQP A; 3VLE A; 3QDN A; 3TWQ A; 3ENE A; 3IKO B; 4OAU C; 1TYQ G; 4MBG A; 4WWP A; 3VLF A; 3Q78 A; 3FU6 A; 3Q75 A; 3OXF A; 3CVN A; 3FU3 A; 4PS7 A; 2ETC A; 4HLE A; 4AP2 A; 1O1S A; 2GW1 A; 3QJZ A; 4LNB A; 3B7S A; 1Z6T A; 2BKK B; 3B7R L; 1LF8 A; 4ANX A; 2XGO A; 2F8Y A; 4KBQ A; 5HKP A; 4GMJ A; 1Y8M A; 3CVV A; 5AIJ A; 4LNU D; 4ILI A; 3UM0 A; 3CVY A; 4JVS A; 2IQC A; 3TWW A; 4HOQ A; 5A7D B; 1RW2 A; 1AP7 A; 1KZO A; 2KCV A; 5DBK A; 4M7C A; 3FUI A; 3CQC B; 4L2Y A; 4KZ0 A; 2E2E A; 4N3C A; 1O1R A; 4TUU A; 5LFA A; 1LTX A; 3SD5 A; 3UM2 A; 2V4H C; 3FH7 A; 4UWL A; 3I4R B; 3GYZ A; 4XI0 A; 3C5R A; 1KT0 A; 4U8H A; 3FEX A; 4HVB A; 2AXU A; 3DSW A; 1TJC A; 3Q4A B; 1EYH A; 3HYM B; 1A17 A; 3ONL A; 2DIW A; 5ANR A; 2PM6 A; 1H2V C; 4MLP A; 2C2L A; 2FBN A; 3FTS A; 3PZ4 A; 3PEV B; 3ZRH A; 2P9U G; 4ANU A; 4IYP A; 4U8V D; 4A55 A; 3D9M A; 2IU1 A; 1OWP A; 4UWF A; 3LYA A; 4LEU A; 3R7Q A; 3BQO A; 1MX2 A; 1FCH A; 1S63 A; 4JA7 A; 4XKB A; 4OVU A; 5JJ6 A; 3L17 A; 5EDS A; 3D9P A; 1HS6 A; 3MCX A; 1JUQ A; 4E6H A; 3CVW A; 3TG4 A; 5A23 A; 2RFA A; 5CRV A; 3S7D A; 4O6F A; 5C2Y A; 1NP7 A; 2ZGD A; 1UJJ A; 4N3A A; 2QYJ A; 4TXR A; 1JCS A; 3DEO A; 3HVE A; 4G8K A; 1QBQ A; 2WXK A; 3D9O A; 1SZA A; 3B7B A; 1E8Y A; 3GZS A; 1L5J A; 3Q15 A; 3FTW A; 4TRQ A; 3HXE A; 5EYP F; 1NI1 A; 5ITZ F; 4XIF A; 4RLY A; 1OWN A; 4WNF A; 4U95 D; 3ZXP A; 3IV0 A; 4GAA A; 4HLL A; 3UKR G; 3FTX A; 3UI2 A; 1IHB A; 3DXM G; 5CEA A; 4I6J A; 3ZNG A; 2YQ8 A; 4KVM A; 3AJI A; 3KEZ A; 3PVL A; 5J90 A; 3D9H A; 4KMO A; 4N5C A; 1ZU2 A; 1OXJ A; 2GRO B; 4U0U A; 2WXM A; 3B7U X; 5B1B E; 2V5F A; 3PS6 A; 3MA5 A; 2ION A; 2CFZ A; 1U3D A; 4NQ0 A; 1AWC B; 2WXI A; 1HZ4 A; 1DCQ A; 4G25 A; 3TG5 A; 4WNE A; 3B13 A; 2YNQ A; 4AM9 A; 3CHQ A; 5FQ4 A; 2P9I G; 5KNH D; 3D3M A; 1EF1 C; 1P5Q A; 4YVQ C; 3IXE A; 4N5Q A; 4ACK A; 4I1O B; 5JJ7 A; 2PQR A; 3FFL A; 3L08 A; 2WQ7 A; 1HE8 A; 4W9R A; 3IBE A; 4B8C B; 2AXZ A; 1HFA A; 4FP7 A; 4N2Q A; 5J08 A; 3D9K A; 3ESK A; 2J09 A; 3RU0 A; 2EIN E; 2V4L A; 5LCW C; 3R9A B; 3Q7A A; 5EIB E; 3ZYM A; 3JUI A; 2L9B A; 3G2V A; 1UN8 A; 4GTT A; 5JHA A; 4K5B A; 2E0I A; 3FDH A; 3SFX A; 2NYJ A; 3HIZ A; 2RD0 A; 5FQ7 A; 4J8Y A; 3RIB A; 3CLJ A; 3CIA A; 4AIF A; 5AQ7 A; 1HO8 A; 3T8M A; 4MKT A; 2WXR A; 1HU3 A; 2NSZ A; 3SI5 A; 2WB2 A; 3FUH A; 2PZI A; 1H6P A; 2P58 C; 2DWZ A; 4CYM D; 5BUZ A; 4GZ3 A; 3SO8 A; 2KM4 A; 3G2S A; 3W9F A; 4AXH A; 5CCM A; 2F0Y A; 2CG3 A; 4JA9 A; 4HI9 A; 4BET A; 4TV3 A; 2IOL A; 4BFR A; 2XEH A; 4JHR A; 2V0P A; 1TNB A; 5JA4 D; 4YDW A; 1V54 E; 2I9C A; 5G55 A; 3ZXS A; 2WXP A; 2XCC A; 3RKV A; 2X6F A; 5JHB A; 4UUC A; 4GCN A; 3PNL B; 1OWO A; 3MGB A; 1OCR E; 1V55 E; 3LJN A; 5BV0 A; 1FVF A; 5G05 C; 2R02 A; 1MJ0 A; 2MHK A; 3MJW A; 4YDY A; 3ZYQ A; 4WUY A; 3APD A; 1N95 A; 3QK0 A; 5CEC B; 2BKG A; 4EHM A; 2OVF A; 2XRZ A; 1MHQ A; 4KYO B; 3FUK A; 4DPR A; 3EUV A; 1TNU A; 4KT6 B; 4BSZ B; 3CVP A; 3LS8 A; 2CHZ A; 3NZU A; 3KAE A; 4B0Z A; 3CR3 A; 4GZ6 A; 4UI9 J; 3VTX A; 3PUK A; 2OEV A; 1IXV A; 3ZU7 B; 2AWI A; 1QNF A; 2RFM A; 2WXF A; 3QWW A; 2HO1 A; 1H6K A; 3P1U A; 3OTN A; 4AJW A; 3LDZ A; 1JWF A; 3CEQ A; 4ZHB A; 3U66 A; 1N4Q A; 4L2L A; 3ASF A; 3AG2 E; 2ETB A; 3TWT A; 5FZQ A; 2LXL A; 2V5Q C; 3AG1 E; 2F37 A; 3UPV A; 3S7F A; 3AS4 A; 4WND A; 3OXG A; 4CT4 A; 4B89 A; 2OV8 A; 2WMN A; 3ASN E; 2L6J A; 3Q9N C; 4I6G A; 1SVX A; 1UG3 A; 2XEV A; 4BX8 A; 1SA5 A; 3EHM A; 3DEP A; 3U9W A; 2VYI A; 3HXC A; 2QYU A; 2NC9 A; 1W3B A; 2UY1 B; 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