The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
42
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
HETDEEFDARWVTYFNKPDIDAWELRKGMNTLVGYDLVPEPKIIDAALRACRRLNDFASAVRILEVVKDKAGPHKEIYPYVIQELRPTLNELGISTPEELGLDKV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Mg2+-containing Water Cluster of Mammalian Cytochrome c Oxidase Collects Four Pumping Proton Equivalents in Each Catalytic Cycle.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cytochrome c oxidase subunit 1
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
42
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| chains with identical sequence |
R
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| E | PF02284 | COX5A | Cytochrome c oxidase subunit Va |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EIJ E; 5B1B E; 3ABL E; 1OCZ E; 2DYS E; 1OCC E; 2EIL E; 3WG7 E; 2ZXW E; 5B3S E; 3AG3 E; 3X2Q E; 3AG1 E; 3ASO E; 3AG2 E; 3ASN E; 5B1A E; 3ABK E; 2OCC E; 1OCO E; 1V55 E; 2EIM E; 2EIN E; 3AG4 E; 1V54 E; 2DYR E; 5IY5 E; 2EIK E; 2Y69 E; 3ABM E; 1OCR E; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CFZ A; 3PNT B; 4K0R A; 5T4Y A; 3E30 A; 4QQI A; 2H6F A; 3PUK A; 1N4P A; 2CHX A; 3EDT B; 1HE8 A; 5M72 A; 1QBQ A; 3L54 A; 3FHE A; 4JHR A; 3IEG A; 1IQU A; 1JCR A; 2AJA A; 4UWH A; 3Q7F A; 5JA4 D; 4U04 A; 3Q75 A; 2GRM A; 2XZT G; 1P5Q A; 3TWT A; 3D9P A; 1D9S A; 2FF4 A; 5HQ8 A; 5JHB A; 4GTT A; 1UOH A; 5JJT A; 1HU3 A; 2XCB A; 3HIZ A; 5FTP A; 1X81 A; 4AOF A; 3SNX A; 5KJN A; 5CRU A; 5B3S E; 2LUH A; 4A55 A; 5T3R A; 3CHR A; 2ZIR A; 2IEJ A; 2Y1L E; 3ASD A; 5EIL A; 2LSU A; 2UWJ G; 3QOU A; 4J8Y A; 4DX5 D; 4UI9 C; 5CCM A; 1SZ9 A; 3S7J A; 3APC A; 2WXI A; 3SBS A; 3ZYK A; 3D9N A; 3C3Q A; 3LS8 A; 3LJN A; 3EIQ C; 1D8E A; 2ILR A; 3FUI A; 3TWW A; 2RKK A; 2OEV A; 4FP7 A; 1V55 E; 3Q9U C; 3OXG A; 2V5F A; 4XKC A; 5JJ6 A; 4K5B A; 4BEP A; 4AV7 A; 1WM5 A; 5BUZ A; 1DCE A; 3ASH A; 1OCR E; 4ILG A; 5G55 A; 3SQV A; 3HYM B; 5FZS A; 2IO3 C; 4N3B A; 3CHO A; 2YQ8 A; 3NOG D; 5FZQ A; 3VLD A; 3TG5 A; 2QYJ A; 4HRN A; 2DVW A; 5G05 C; 3EU5 A; 1DVP A; 4J7W A; 1X5B A; 3Q79 A; 4JW1 A; 3TG4 A; 2I9C A; 4XI9 A; 3PZ2 A; 3HXD A; 4G1T A; 3DSS A; 1AP7 A; 1N4R A; 2GRO B; 3D9K A; 2AVP A; 3ZXP A; 4H7X A; 2ZGG A; 1MX6 A; 4GMR A; 4CT4 A; 2DYR E; 4HLL A; 4N5C A; 2MOW A; 3ONL A; 4GTP A; 4E85 A; 3VLF A; 3DEO A; 4LNB A; 4N2Q A; 5CEC B; 5AJL A; 1KT0 A; 3MCX A; 1Y8M A; 3ZPJ A; 3GZ1 A; 3QC1 A; 1PAQ A; 3NZU A; 4FLB A; 4I2Z A; 4L9P A; 3GYZ A; 3BG0 B; 4B8C B; 3RRM B; 4KYO B; 1JPL A; 3Q15 A; 1S0P A; 4EQF A; 4B89 A; 1LTX A; 3MKQ B; 3B7B A; 3TL5 A; 4DI3 A; 4FLH A; 2FO1 E; 3HVE B; 1EYH A; 2VJ8 A; 4G25 A; 5ARF A; 4I9E A; 3CVX A; 5C1D A; 4L2Y A; 3ESL A; 3NOC D; 1LD8 A; 4ANX A; 2HO1 A; 3ZXS A; 2FBN A; 3UUX A; 3EJN A; 4CRW A; 3JQ1 A; 1HX8 A; 3KSL A; 3JYS A; 4JZY A; 3CHP A; 2MRI A; 4CYM D; 5FIN A; 1Z3X A; 3RKV A; 1H6O A; 2V8S E; 4H7Y A; 2Q7F A; 4JHJ A; 4L23 A; 5FZR A; 2J9Q A; 2EIL E; 3FH7 A; 2ZXW E; 5KJL A; 2WXP A; 3AG1 E; 3E32 A; 2WQ6 A; 2JAB A; 2XZD G; 3FUJ A; 4I1A A; 3ZEF A; 2UY1 A; 2KM4 A; 2C0M A; 4WNE A; 1E8W A; 2X6F A; 1RZ4 A; 4N3C A; 3RIB A; 5KNH D; 4FUL A; 4NUR A; 2YHE A; 3RO3 A; 2HR2 A; 3NF1 A; 3ZVV A; 4GZC A; 4AP2 A; 4KZC A; 5LCW J; 3LJ3 A; 4EPZ A; 2XEE A; 3KEA A; 4PDX A; 4C0M A; 3EHR A; 5D0O D; 5FWQ A; 4GTS A; 2OEW A; 3G2V A; 3ONK A; 3U64 A; 5ENR D; 1IHB A; 2OOE A; 2J49 A; 4AM9 A; 5EN5 D; 1K8K G; 3MJW A; 3DBS A; 5JJ7 A; 5FIO A; 1N0R A; 5H7P A; 5CMW A; 3CVN A; 3UM2 A; 4Z68 A; 3UX4 A; 2R2L A; 1SA4 A; 3MX3 A; 3L82 A; 4BSX A; 4G23 A; 4WUY A; 3D9I A; 3MV3 B; 4F1P A; 3UT7 A; 4PUC A; 4HBD A; 4NIK A; 3B7S A; 3ZYM A; 3PEV B; 2IO2 C; 3O48 A; 2H6H A; 1OY3 D; 4FC8 A; 4N39 A; 3TGO A; 3UIP C; 3FUN A; 2IU1 A; 2R17 C; 4WND A; 1NL4 A; 3ASG A; 4GB9 A; 5E75 A; 3U4T A; 2GW1 A; 2P9L G; 3PZ1 A; 2V0P A; 1SW6 A; 2RG8 A; 2EIM E; 2XGS A; 1ELK A; 1TN7 A; 5ENT D; 3ZYL A; 2KCK A; 2YIN A; 2Y69 E; 4AY5 A; 1O1S A; 4WNF A; 1YYH A; 4JXT A; 2BTD A; 3I4G A; 1BU9 A; 4F7A A; 3K9I A; 2FI7 A; 4L1B A; 4TXP A; 4MRU A; 4XIF A; 4GPM A; 3RRN B; 4G26 A; 4GYO A; 4NAC A; 2WQH A; 3ABM E; 3URZ A; 5ANR A; 1HXI A; 3HXF A; 3QB2 A; 4GYW A; 2VGX A; 4FA6 A; 3T8K A; 3CQC B; 3ZN3 A; 5FQ7 A; 3FTV A; 3ML9 A; 2P9P G; 1NI1 A; 2HE0 A; 4RLY A; 2XGM A; 4GCO A; 4GMJ A; 3WXX A; 5B1B E; 1BPO A; 2WXK A; 3ASO E; 4I6J A; 3MV2 B; 1N94 A; 4ABN A; 4O60 A; 4I43 A; 1VDY A; 3AS8 A; 3BEE A; 3CST A; 2LAI A; 3NAW A; 3L08 A; 3ZNG A; 3C5R A; 3UM0 A; 2PM6 A; 4HRL A; 2ZU6 B; 4I6G A; 2WQ7 A; 4U95 D; 5LP0 A; 3Q78 A; 3E34 A; 1OWO A; 5J90 A; 3ENE A; 2J4D A; 3S2A A; 3CR3 A; 3DSW A; 3UIN C; 1E8Y A; 3B7T A; 4BTA A; 4UWF A; 4F6R D; 3AAA C; 5G05 J; 3FH8 A; 3PNL B; 4JA9 A; 2I2O A; 3AU4 A; 4CT0 A; 1U3D A; 3GZ2 A; 2KZT B; 3SZ7 A; 2OVF A; 2WXR A; 2JEK A; 3EUV A; 5A6C A; 1KLX A; 1DCQ A; 3FY4 A; 1OCC E; 2ETB A; 2WXF A; 5BW8 C; 5BPP A; 3TJP A; 4WWO A; 2PQR A; 4UI9 K; 4FHJ A; 3IBE A; 2KC7 A; 5AIJ A; 1K1A A; 3HDX A; 2JLB A; 2UY1 B; 4MKT A; 1UG3 A; 4ANU A; 2X6H A; 1OCZ E; 1L5J A; 2FEZ A; 1GW6 A; 4TXQ A; 1UN8 A; 4GYY A; 3FTW A; 4ACL A; 5KBA A; 1JWG A; 2VSY A; 5AYW D; 2P9K G; 3R7Q A; 3DPD A; 2Y4U A; 1OWN A; 4DI4 A; 4Y6W A; 4WWP A; 3PRZ A; 1NA3 A; 3PEU B; 5HS0 A; 4UWK A; 4CDR A; 1ELW A; 4DLO A; 3U9W A; 1TNB A; 3CSF A; 3OAW A; 3FUF A; 4J6I A; 5BXU A; 1O1R A; 2F8X K; 2WMN A; 3LCA A; 3JCK C; 4LNG A; 4QFV A; 4UQX A; 2GRN B; 2VSN A; 5J08 A; 4URK A; 3JUE A; 1E7V A; 1W3B A; 3SI5 A; 3UM1 A; 1HG2 A; 4I6E A; 1SA5 A; 2XRZ A; 3L9T A; 4GU5 A; 2RFM A; 3R9M A; 1QYM A; 3CVL A; 3ABL E; 1SZA A; 3SY2 A; 3AG3 E; 3UTM A; 1OXJ A; 3RSE G; 5ENS D; 3AG2 E; 2GGF A; 2BKK B; 1B89 A; 3FEY A; 1BI8 B; 3FTS A; 4J8S A; 2VTB B; 3IHV A; 2E2E A; 4X8Q A; 4AIF A; 2VSX E; 4GML A; 3FDH A; 2DBA A; 3FFL A; 5EYL A; 2YHC A; 3SF4 A; 3MA5 A; 4UUC A; 3CKB A; 1KZO A; 3QWW A; 3PUJ A; 3QAR A; 3AG4 E; 3PZ3 A; 2XPI A; 2P9S G; 3IV0 A; 3ZGQ A; 3UXG A; 2DZN A; 2IOL A; 4A63 B; 3QWP A; 4B8A A; 1O5M A; 2R05 A; 2B0O E; 3SFY A; 3BQO A; 4ANV A; 3NQP A; 2VGX B; 1N9A A; 4O1O A; 4RVB A; 4HLE A; 5G04 J; 2VSO E; 4B93 B; 4AVX A; 3GZS A; 1N4Q A; 3EIJ A; 1QQE A; 5FQ6 A; 1YMP A; 3W9G A; 4HI9 A; 3T8M A; 4IYP A; 3LXU X; 3DRA A; 4RQI A; 3KS2 A; 4Y6C A; 4N2S A; 3D9H A; 3V31 A; 4DJA A; 1JUQ A; 1MX2 A; 2KXP C; 3CKC A; 2FO7 A; 4IRU A; 5LX8 A; 5FQ8 A; 3FUK A; 3LY7 A; 3PZ4 A; 2HM8 A; 1HG5 A; 3T5V A; 4OAU C; 4JPS A; 2F37 A; 3FUE A; 3OXF A; 4EHM A; 4U8Y D; 2ZGD A; 3D9J A; 4BET A; 1G3N B; 5ITZ F; 3C3R A; 1FVH A; 5BV1 A; 2GRL A; 2ZIS A; 4RG9 A; 1MYO A; 5AN8 A; 2WXJ A; 4BES A; 1BLX B; 3CVY A; 4DX7 D; 2ETC A; 2X6K A; 5LFA A; 4LRZ A; 4HOU A; 3TWX A; 3UMV A; 3BUA A; 3HXC A; 2A5E A; 4I9C A; 3UI2 A; 2IQC A; 4I17 A; 3L17 A; 2KZT A; 4GCN A; 5CEA A; 3S7F A; 3PDN A; 3RAU A; 4B0Z A; 4JA7 A; 3TAX A; 4KBQ A; 3ZYQ A; 2AW6 A; 5AQ9 A; 3DXK G; 1H2V C; 5ENO D; 5BXO A; 1BD8 A; 1SQM A; 3RJV A; 3HG0 D; 2XRY A; 2L0I A; 2VQ2 A; 3V2X A; 1KT1 A; 1TNU A; 3O4Z A; 4N5Q A; 3TWU A; 3GW4 A; 3CVP A; 4PS3 A; 4XX5 A; 3BU8 A; 1E96 B; 2LNI A; 3CK9 A; 5ENP D; 4M7C A; 2DZO A; 4O6F A; 5D2M C; 2P58 C; 3CVV A; 1S63 A; 1AWC B; 4CDN A; 2XEN A; 3G2U A; 2PNN A; 4PS7 A; 4KXK B; 4UQZ A; 5CBO A; 2R59 A; 4GZ3 A; 2E0I A; 1WG0 A; 5IY5 E; 5HI7 A; 3JXJ A; 2J07 A; 1E7U A; 3MKR A; 4DUI A; 3DPY A; 3CVU A; 3SHF A; 1IYG A; 5BV0 A; 4FHK A; 1UJK A; 3C98 A; 3B95 A; 4LSZ E; 3S7B A; 1WY6 A; 2OCC E; 4A3T A; 3KSQ A; 1UJJ A; 1ZU2 A; 4I1O B; 3CHS A; 3DEP A; 2WXG A; 2MYO A; 1OUV A; 2CHZ A; 2PL2 A; 4BFR A; 3MGB A; 4ACK A; 3G2S A; 2XEH A; 2GRQ B; 2Y3A A; 3CVQ A; 4UWL A; 5ANL A; 4PH4 B; 3I5P A; 3FEX A; 4HRM B; 4MS6 A; 3FU3 A; 1EF1 C; 5ENN A; 4G24 A; 1N4S A; 1Z6T A; 3J5Q B; 4CDM A; 5G04 C; 4I1M A; 4HI8 A; 1IKN D; 4YVO A; 2IF4 A; 3DSU A; 4NRH B; 5LOZ A; 4R7L A; 2EIJ E; 4EEC A; 4O1P A; 4F3V A; 4MBG A; 4U0U A; 4EZJ A; 4JEH A; 3BG1 B; 2A4Z A; 3UIO C; 4KMO A; 3FTZ A; 1YCS B; 3Q73 A; 4MLP A; 2LO6 A; 2VTB A; 1A17 A; 4GTO A; 2WMO A; 4ME2 A; 2QY7 A; 3EHN A; 1OWM A; 4GAA A; 3QJZ A; 2P9N G; 3APD A; 4FJY A; 4K5A B; 3Q49 B; 3NB2 A; 2AWI A; 5CCL A; 1HFA A; 3LY8 A; 3LYA A; 3Q4A B; 2NC9 A; 1INZ A; 4HOT A; 4WAF A; 3EU9 A; 4J8E A; 2CG3 A; 4YDE A; 1XNF A; 4HB5 A; 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1OWL A; 1DC2 A; 1LD7 A; 3FUM A; 4IN3 B; 5C2Y A; 4DK5 A; 4YDW A; 3SBT B; 1KPS B; 3L6A A; 3LKU A; 3ESK A; 5AQA A; 4C48 B; 4AXH A; 4ILH B; 1PC2 A; 4GTR A; 2BF0 X; 2OV8 A; 3PE4 A; 4KT6 B; 3HHM A; 2J4B A; 3ULE G; 2RD0 A; 1ELR A; 3ZKJ A; 3L13 A; 2X38 A; 1WAO 1; 3EHM A; 1TYQ G; 3QK0 A; 1U3C A; 3AS4 A; 3FP3 A; 4OAV B; 2C0L A; 1H0A A; 4U8H A; 2CG2 A; 4B94 A; 2XS8 A; 2J08 A; 3X2Q E; 1MJ0 A; 1HH8 A; 4U7E B; 1ZBP A; 4DPR A; 2WVI A; 3QNK A; 3DWL G; 4U07 A; 2QZA A; 1E90 A; 2P9I G; 1ZB1 A; 5EIB E; 4JD2 G; 3Q5M A; 2A5U A; 1RW2 A; 3JQ0 A; 1EPU A; 3QKY A; 1MZC A; 1OWP A; 1FT2 A; 1IHG A; 2NXP A; 1S64 A; 4K03 A; 3OTN A; 5JHA A; 4GTM A; 3UQ3 A; 2B6C A; 3ULY A; 2F8Y A; 3HXE A; 4APF A; 2DWZ A; 1IXV A; 3ZU7 B; 4KVM A; 4EZK A; 3VTY A; 5EX0 A; 3CK8 A; 3B7U X; 4ZFH A; 3PH0 C; 1OT8 A; 3B13 A; 4W9R A; 1O1T A; 5CBN A; 1K1B A; 4GZ6 A; 2VGE A; 1TEZ A; 5CER B; 5BT1 A; 3CVW A; 4XEI G; 3CHQ A; 1MQS A; 3KAE A; 2WXH A; 3JUI A; 5A7D B; 1H2T C; 1HS6 A; 2FUL A; 3ZHE A; 5CRV A; 1Y6I A; 3D3M A; 2BED A; 4PS8 A; 2R02 A; 2X3M A; 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