The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
188
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sequence length |
580
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structure length |
526
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Chain Sequence |
RDQLNIIVSYPPTKQLTYEEQDLVWKFRYYLTNQEKALTKFLKCVNWDLPQEAKQALELLGKWKPMDVEDSLELLSSHYTNPTVRRYAVARLRQADDEDLLMYLLQLVQALKYENFDDIKNGLELEQDLCTFLISRACKNSTLANYLYWYVIVECEDQDTQQRDPKTHEMYLNVMRRFSQALLKGDKSVRVMRSLLAAQQTFVDRLVHLMKAVQRESGNRKKKNERLQALLGDNEKMNLSDVELIPLPLEPQVKIRGIIPETATLFKSALMPAQLFFKTEDGGKYPVIFKHGDDLRQDQLILQIISLMDKLLRKENLDLKLTPYKVLATSTKHGFMQFIQSVPVAEVLDTEGSIQNFFRKYAPSENGPNGISAEVMDTYVKSCAGYCVITYILGVGDRHLDNLLLTKTGKLFHIDFGYILGRDPKPLPPPMKLNKEMVEGMGGTQSEQYQEFRKQCYTAFLHLRRYSNLILNLFSLMVDANIPDIALEPDKTVKKVQDKFRLDLSDEEAVHYMQSLIDESVHALFA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
|
| publication title |
Potent, selective, and orally bioavailable inhibitors of VPS34 provide chemical tools to modulate autophagy in vivo
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Transferase/transferase inhibitor
|
| total genus |
188
|
| structure length |
526
|
| sequence length |
580
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.137: Phosphatidylinositol 3-kinase. |
| pdb deposition date | 2015-11-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00454 | PI3_PI4_kinase | Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 | Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IHY A; 5JHB A; 5ANL A; 4FJY A; 3S2A A; 3APF A; 4FA6 A; 3APD A; 3PRZ A; 3ML9 A; 4ANV A; 4FLH A; 2RD0 A; 3DBS A; 4ANU A; 2Y3A A; 4EZL A; 5JHA A; 2WXQ A; 4OVV A; 4G11 A; 4UWH A; 2X6H A; 1CJA A; 3QAR A; 2CHZ A; 4ANW A; 2V4L A; 3DPD A; 3PRE A; 4JPS A; 4AJW A; 4UWL A; 4OVU A; 1E8Z A; 2WXR A; 3HIZ A; 1E8Y A; 4GB9 A; 4KZ0 A; 2CHX A; 4F1S A; 4PS8 A; 2WXP A; 4WWO A; 3QJZ A; 4WWN A; 2WXJ A; 2X6K A; 2X38 A; 4EZJ A; 4AOF A; 3L08 A; 5G2N A; 5EDS A; 3L17 A; 4PH4 B; 4WAF A; 1E7U A; 3PS6 A; 3R7Q A; 3QK0 A; 3APC A; 3LJ3 A; 2WXN A; 4XZ4 A; 4EZK A; 2A4Z A; 2WXM A; 4URK A; 2WXO A; 4L2Y A; 2WXK A; 3P2B A; 1E8W A; 4TV3 A; 4L1B A; 4UWG A; 3T8M A; 3LS8 A; 1E8X A; 4L23 A; 3IBE A; 4TUU A; 3TJP A; 4FUL A; 5T8I A; 2WXH A; 1E90 A; 3CST A; 3ML8 A; 3ZIM A; 4FAD A; 1HE8 A; 3MJW A; 4FHJ A; 2WXL A; 4HVB A; 2X6F A; 3L54 A; 4PS3 A; 4A55 A; 4FHK A; 4KZC A; 5ENN A; 3R7R A; 3L13 A; 4HLE A; 2WXI A; 4DK5 A; 4J6I A; 5G55 A; 3NZU A; 3ENE A; 3ZVV A; 3ZW3 A; 4FJZ A; 4UWK A; 2WXF A; 3CSF A; 2I9C A; 3HHM A; 1E7V A; 3SD5 A; 2CHW A; 3NZS A; 4UWF A; 3QAQ A; 4OYS A; 3L16 A; 3OAW A; 4WWP A; 2X6I A; 4XE0 A; 3TL5 A; 2WXG A; 4PS7 A; 4ANX A; 2A5U A; 2X6J A; 4BFR A; 4XX5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RU0 A; 3AU5 A; 2GRR B; 4U96 D; 3S2A A; 2XZD G; 5HI7 A; 3APD A; 2GRP B; 3AJI A; 4BET A; 5JHA A; 2DBA A; 3HXF A; 3DSW A; 1IQU A; 3PE4 A; 4GZ3 A; 4UQZ A; 3S7F A; 3FH7 A; 2C0M A; 4C0M A; 3B7R L; 3ZGQ A; 4DJA A; 4GTM A; 3FEY A; 1TN6 A; 4B8C B; 3CVW A; 2WVI A; 2X38 A; 5ENO D; 3HXB A; 3D9J A; 5G2N A; 2A5E A; 3QK0 A; 1V55 E; 4Q94 A; 4I2Z A; 4A63 B; 1SW6 A; 2L6B A; 1TR4 A; 4GU5 A; 2DCP A; 2A4Z A; 4A3V A; 4MS6 A; 5J90 A; 5AQ9 A; 4F7A A; 4GZ6 A; 2P9P G; 1O1R A; 4Z68 A; 3R9M A; 2NSZ A; 1FVH A; 1EF1 C; 1UJK A; 3CVL A; 3ZYM A; 5D2M C; 4DUI A; 3LEW A; 3LYA A; 4K5C A; 1IKN D; 2IO2 C; 3PZ4 A; 2J09 A; 1KLX A; 3W9G A; 5ENP D; 3L13 A; 5G55 A; 4U04 A; 4I2W A; 4GAA A; 1HXI A; 1E96 B; 3RKV A; 1OWN A; 1Z3X A; 3FTW A; 4BTB A; 3UM1 A; 1JUQ A; 3L16 A; 2QZA A; 3HDX A; 4FU3 A; 1OWM A; 5JJ6 A; 2P9I G; 5ARF A; 4CT4 A; 5G05 J; 2PM7 A; 5J08 A; 4RSY A; 3CLJ A; 3B7S A; 2LSU A; 1Y8M A; 4OAV B; 3SO8 A; 3RK6 A; 2J8S D; 2LSV A; 3CKC A; 2KCK A; 4DPR A; 1UN9 A; 4G8K A; 3SZ7 A; 3B95 A; 4OVU A; 3EUV A; 4A1G A; 3G2V A; 4GB9 A; 4O1P A; 4EBA A; 4PS8 A; 4IYP A; 4BEP A; 2WXP A; 5FIO A; 1HFA A; 3Q5M A; 3RO3 A; 3MKR A; 2KZT A; 2LUH A; 1N9A A; 4EZJ A; 4G26 A; 1NA0 A; 3CKB A; 3R7Q A; 3AG3 E; 3AG4 E; 4TUU A; 2L6J A; 4B8A A; 3HXD A; 4CYM D; 5CMW A; 4LSZ E; 3E4B A; 4GZC A; 4N2S A; 4BT9 A; 4BER A; 3MZL B; 4APO A; 3V79 K; 2WXL A; 3E30 A; 3D9K A; 5G05 C; 3PH0 C; 2I6H A; 3MKQ B; 4J8Y A; 2GRL A; 1H19 A; 3CVX A; 3PNT B; 3BU8 A; 4UWK A; 3CSF A; 2AW6 A; 3IHV A; 2VJ8 A; 2IJG X; 3CQC B; 5E76 A; 3FH5 A; 2XGS A; 3PZ2 A; 2C0L A; 3N71 A; 1HO8 A; 4GA2 A; 4EQF A; 2J4D A; 1TJC A; 2J9Q A; 1JCS A; 3VLD A; 4GMR A; 1PC2 A; 2GRM A; 4U8V D; 1JCQ A; 1QZ2 A; 2LAH A; 2CHZ A; 3TAX A; 1S64 A; 5AQB A; 2WMO A; 5H7P A; 4DI3 A; 3RAU A; 3FTX A; 4GCO A; 2VSN A; 3ASF A; 4LRZ A; 3CVQ A; 3Q9U C; 3FUM A; 3URZ A; 2VYI A; 5M72 A; 1SA4 A; 4RVB A; 5AN8 A; 4JXT A; 3TGO A; 2XGO A; 4GTS A; 1D8D A; 1HF8 A; 2WXM A; 2F37 A; 2Y4U A; 5AJD A; 3EHN A; 1HG5 A; 4NAC A; 3AKK A; 4GZ5 A; 2P9L G; 4B94 A; 3D9H A; 2KM4 A; 4U8Y D; 2ZIS A; 3ZYQ A; 1IHG A; 3ZPJ A; 3ZUV B; 4WNF A; 4N5Q A; 2P9K G; 4MRU A; 1OWL A; 3DXM G; 2WXF A; 5ENT D; 2AWI A; 4UWF A; 1SA5 A; 5EN5 D; 3OAW A; 3NBN B; 1N4P A; 3FUL A; 3FTU A; 4HI9 A; 5KJK A; 3C3O A; 3F6Q A; 3LKU A; 5BPP A; 3TXN A; 4ATZ D; 1O1S A; 5JMN D; 3APF A; 4ANV A; 4I6G A; 5HRY A; 4FLH A; 2EIL E; 4BSX A; 4U0S A; 4MKT A; 3GZS A; 1MYO A; 1HU3 A; 1NFI E; 2WQ6 A; 2R05 A; 4DX2 A; 4AY6 A; 1U2V G; 5LCW J; 3C98 A; 1BI8 B; 3D9I A; 3UUX A; 1TN7 A; 3HIZ A; 4JHK A; 2XQ0 A; 4IN3 B; 4CDR A; 1H2V C; 3SQV A; 3E32 A; 1JWG A; 5EX3 A; 1BU9 A; 4G1T A; 2WM9 A; 5CCM A; 3SFY A; 4G23 A; 1OWO A; 4I1O B; 4CT0 A; 3UIN C; 5LFA A; 4UUC A; 3Q15 A; 4B89 A; 4CEM A; 5FQ6 A; 1HE8 A; 4FHJ A; 2X6F A; 5BV1 A; 2ETC A; 2GW1 A; 2KCL A; 3K9I A; 5EYP F; 4J8F A; 5ENQ D; 3ZNG A; 4GTP A; 4GTR A; 3UKU G; 3ABL E; 2X6I A; 2ION A; 2OVF A; 3TL5 A; 5B1A E; 4CDM A; 3CVV A; 3KSL A; 3L22 A; 4XX5 A; 2QYU A; 3FUF A; 1X81 A; 1LTX A; 4ILI A; 5JJT A; 5JJ7 A; 3NAW A; 2R17 C; 4F3V A; 1LD8 A; 4G11 A; 4BX8 A; 4I6J A; 5FJY A; 4ILH B; 1MX6 A; 1MHQ A; 3FUN A; 5BXO A; 2CHX A; 4XI9 A; 1HG2 A; 3J5Q B; 2DWZ A; 3S7B A; 3FWV A; 4OAU C; 4HOR A; 3BQO A; 2V5Q C; 4LNU D; 4U95 D; 3E34 A; 2QY7 A; 4EZK A; 1D9S A; 1S63 A; 2ZU6 B; 3MKQ A; 3KD7 A; 4URK A; 4KXK B; 1XGW A; 4DI4 A; 3ABK E; 4H7Y A; 5T8I A; 5HS0 A; 3MV2 B; 3CHQ A; 3UMV A; 3U4T A; 2FF4 A; 2JEK A; 2XRZ A; 4FHK A; 3T9K A; 2YHE A; 4U0Z A; 4CGW A; 3JCK C; 1MX4 A; 4HOQ A; 2YQ8 A; 1YA0 A; 4B93 B; 1BPO A; 3UX4 A; 1OCO E; 4J8D A; 1SZ9 A; 2ETB A; 4OYS A; 3UXG A; 2R59 A; 2XZT G; 4G2V A; 2A5U A; 2X6J A; 3SF4 A; 5CER B; 4HS2 A; 3CK8 A; 3CHS A; 4YDW A; 2DYS E; 2JLB A; 4JHR A; 1OCR E; 4AV7 A; 1SQM A; 4XI0 A; 4GML A; 3JUI A; 5CEA A; 4L9P A; 4CGV A; 2ZGG A; 5A7D B; 3U3W A; 1BLX B; 3RRM B; 3SGH A; 3SFZ A; 4QFV A; 2VGX B; 3E37 A; 1N52 A; 5BW8 C; 3ASN E; 3L08 A; 1KT0 A; 4N3A A; 4XZ4 A; 3EHQ A; 2VSX E; 3ASH A; 3SY2 A; 3P2B A; 4DX7 D; 2V5F A; 4L23 A; 5JA4 D; 5ENS D; 3ZHE A; 2DYR E; 4EHM A; 1E90 A; 2P9S G; 4FAD A; 2BTD A; 4GYO A; 3DSV A; 3E33 A; 2BKG A; 5FIN A; 3L54 A; 3KEZ A; 1FT2 A; 3AU4 A; 3ASG A; 4LCT A; 1HH8 A; 3DSS A; 3PZ3 A; 3LY7 A; 3PNL B; 3NF1 A; 4ILG A; 1NI1 A; 3UIO C; 3NZS A; 1DC2 A; 4O1O A; 1INZ A; 4WNG A; 1BI7 B; 4WWP A; 3JQ0 A; 3HG0 D; 2M63 A; 2XEV A; 4PDX A; 1WY6 A; 4BFR A; 2R2L A; 3CVN A; 4DRX E; 2UWJ G; 4ANU A; 3O48 A; 1DNP A; 3Q75 A; 5A6C A; 3B7T A; 3FUD A; 3UKR G; 1Z3Y A; 4WNE A; 2AXU A; 5C1D A; 3SI5 A; 4KVM A; 3CGH A; 4BSZ B; 2NXP A; 4XKC A; 3VTX A; 3L17 A; 1FCH A; 4TXQ A; 3APC A; 1K1A A; 1PAQ A; 1ELK A; 3CVY A; 2WXK A; 1YYH A; 4NIK A; 2XHE A; 2XCB A; 3KAE A; 4MLP A; 2GRN B; 2H6I A; 2R5S A; 3V2O A; 1W3B A; 3FTZ A; 3JYS A; 1H2U A; 1U3D A; 3DSU A; 5DIZ A; 3ZXP A; 4PS3 A; 1OUV A; 4RQI A; 4HLE A; 4FP7 A; 4HI8 A; 1LD7 A; 2EIK E; 3LY9 A; 2PZI A; 4QQI A; 3LXU X; 1N0Q A; 3HVE B; 3SBS A; 4HXI A; 5KJL A; 4XE0 A; 1UN8 A; 3AAA C; 4HOU A; 3FHE A; 1DCQ A; 4HNA D; 1JPL A; 1TYQ G; 1XNF A; 3EHR A; 3UT4 A; 3PRZ A; 1EDU A; 3UT8 A; 3DBS A; 4EZL A; 5FZQ A; 4I6E A; 2Y69 E; 1NA3 A; 5AAO A; 1JCR A; 4JPS A; 2XGM A; 3L6A A; 3TWV A; 2LNI A; 4JC8 A; 3TXM A; 5FQ8 A; 3I4G A; 4N3C A; 5FZR A; 4UQX A; 3FUH A; 5EKQ D; 4DX6 D; 3PUJ A; 2VTB B; 1IYG A; 3TWR A; 3AG2 E; 2F0Y A; 1N0R A; 5CBO A; 3MX3 A; 2GRO B; 3JXI A; 4GYW A; 2BUG A; 3G2T A; 3NOC D; 2P2C P; 5KNG A; 3G2W A; 2NYJ A; 3PZD A; 4DK5 A; 2HR2 A; 3ZU7 B; 1N95 A; 2JAB A; 3NQP A; 3TWW A; 3KSQ A; 3ISM C; 2OV8 A; 5KWD A; 4B0Z A; 2Y4T A; 4L2L A; 4I1A A; 3I5P A; 3NB2 A; 4UQY A; 2ZXW E; 2P9N G; 4Q69 A; 3W9F A; 1O1T A; 2VGX A; 3IHY A; 3Q4A B; 3DWL G; 4FJY A; 3TWS A; 3ASD A; 4AP2 A; 3ML9 A; 2AJA A; 4JEU A; 4ANW A; 3ZN3 A; 4J0U A; 2RFA A; 1TNU A; 4K0R A; 3FDH A; 3FU0 A; 3VTY A; 4YND A; 4GMJ A; 3TG5 A; 2DZN A; 3L82 A; 5AIJ A; 1A17 A; 4WWO A; 4Y6W A; 4RLY A; 1PY1 A; 4R7L A; 2FO1 E; 1H2T C; 3FTY A; 4PH4 B; 2YNQ A; 3C72 A; 4WND A; 4J8S A; 3ZEF A; 5G04 J; 1BD8 A; 3DEP A; 3DSX A; 4BWR A; 3C5R A; 3PZ1 A; 4HRL A; 4IUL A; 1MX2 A; 5AAR A; 4JVS A; 3ESL A; 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