The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
YKLNVLLAEIALIGTGNHYHEEANCIAEWLHLKGEEEAVQLIRLSSLMNRGDYASALQQGNKLAYPDLEPWLALCEYRLGLGSALESRLNRLARSQDPRIQTFVNGMREQLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural characterization of the Yersinia pestis type III secretion system needle protein YscF in complex with its heterodimeric chaperone YscE/YscG.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative type III secretion protein YscE
|
| molecule tags |
Transport protein/chaperone
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| source organism |
Yersinia pestis
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| total genus |
46
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF09477 | Type_III_YscG | Bacterial type II secretion system chaperone protein (type_III_yscG) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QWP A; 5G04 C; 4RG6 A; 2UY1 B; 5D0O D; 3TGO A; 1IHG A; 4AM9 A; 1HH8 A; 3NF1 A; 3CKB A; 4B94 A; 1KT1 A; 1NZN A; 3RO2 A; 4BT9 A; 3KAE A; 5JJ7 A; 3SF4 A; 4N3C A; 3RU0 A; 3S7B A; 3CK8 A; 2YHC A; 3OXG A; 4HOU A; 2GW1 A; 5FZR A; 3ZFW A; 4G25 A; 3BEE A; 1NA0 A; 4NRH B; 1P5Q A; 3MV2 B; 1FCH A; 4ABN A; 2VYI A; 4IN3 B; 4NQ0 A; 1ELW A; 4AIF A; 5DBK A; 4RG9 A; 3MKR A; 2Q7F A; 1B89 A; 3S7J A; 2VSY A; 3MV3 B; 4JHR A; 5BT1 A; 3KD7 A; 4YND A; 3E4B A; 4HOS A; 3U4T A; 2DBA A; 5EX0 A; 2UY1 A; 3OXF A; 2P58 C; 3S7D A; 5CCL A; 3GZ1 A; 3QWW A; 2PZI A; 2XCC A; 2XCB A; 2Y4T A; 3SZ7 A; 3RJV A; 3UPV A; 2WQH A; 3LPZ A; 5C1D A; 3U3W A; 4LEU A; 3VTY A; 4GYO A; 2LSV A; 4YVO A; 5DIZ A; 4CGV A; 1WM5 A; 3N71 A; 4G26 A; 1IYG A; 3Q49 B; 4U0S A; 3CVQ A; 4YVQ C; 3CV0 A; 2YQ8 A; 4I2Z A; 3VTX A; 5BNW A; 4AY6 A; 5KJL A; 1OUV A; 1KLX A; 4WND A; 3PE3 A; 3FWV A; 5D0Q D; 1ZBP A; 2J9Q A; 4I2W A; 2FI7 A; 2XGM A; 3O48 A; 5ARG A; 2KCL A; 3PE4 A; 3QWV A; 4WNE A; 4GA1 A; 4GYW A; 5HQ8 A; 3LYA A; 4Y6W A; 4UQY A; 3QDN A; 2V5F A; 4I9C A; 3ZPJ A; 1KT0 A; 2NC9 A; 2PQN A; 3CK7 A; 4G2V A; 5FZS A; 5G05 J; 1WAO 1; 4GZ3 A; 2OOE A; 3AS8 A; 4U07 A; 5LCW J; 1QQE A; 1TJC A; 4BTA A; 5EKQ D; 3RKV A; 2JLB A; 3IEG A; 4U04 A; 2PL2 A; 4CGW A; 4GA0 A; 3KS2 A; 3PDN A; 3JYS A; 1HXI A; 2XGO A; 4HOQ A; 4H7Y A; 5AYW D; 3TG4 A; 2KCK A; 3ZHE B; 3FFL A; 2VGY A; 4ME2 A; 2C0M A; 5A7D B; 2HR2 A; 4BWR A; 4GZ6 A; 4KYO B; 4UI9 J; 4W9R A; 3QKY A; 4WNG A; 4N2S A; 5KJM A; 5FT9 A; 2IFU A; 3AS4 A; 2OND A; 1HZ4 A; 3CVP A; 4GZ5 A; 3UUX A; 4AY5 A; 3GW4 A; 3LY8 A; 2I6H A; 2LNI A; 4BT8 A; 3CKC A; 3CVN A; 5JJT A; 2L6J A; 2BUG A; 1PC2 A; 4XI0 A; 2XPI A; 5G05 C; 2KCV A; 4N39 A; 5FZQ A; 3ZHE A; 1W3B A; 4XI9 A; 4JA7 A; 3RO3 A; 2C2L A; 3Q4A B; 2VQ2 A; 5LCW C; 3ULQ A; 4HOT A; 4I9E A; 3ZN3 A; 4J0U A; 3S7F A; 1A17 A; 4N2Q A; 4GCN A; 4UQX A; 4G23 A; 2FO7 A; 2FF4 A; 4N5C A; 3CEQ A; 3LY7 A; 2AVP A; 4GPK A; 3MA5 A; 4O6F A; 3ZGQ A; 4BTB A; 2XEV A; 4J8F A; 1ZU2 A; 3R9A B; 3TAX A; 3LY9 A; 4JA9 A; 1E96 B; 3AS5 A; 4GYY A; 4N3B A; 4U0Z A; 2FBN A; 4EQF A; 3ESK A; 5HI7 A; 1Y8M A; 3CVL A; 3QOU A; 4WNF A; 3Q15 A; 3ASH A; 4UI9 C; 3UQ3 A; 5A6C A; 3TG5 A; 4KBQ A; 4U0U A; 2IF4 A; 4N3A A; 5EX3 A; 4GCO A; 2KAT A; 3ASF A; 3Q5M A; 5G04 J; 4I1A A; 2C0L A; 3CK9 A; 3GZ2 A; 5JJ6 A; 2LSU A; 5BW8 C; 3FP3 A; 3MEK A; 5ARF A; 3ASD A; 4A1S A; 2E2E A; 2XGS A; 2HO1 A; 2Y4U A; 3URZ A; 5CCM A; 3GYZ A; 2MHK A; 3HYM B; 3LKU A; 4G1T A; 2VGX B; 2HYZ A; 1XNF A; 2KC7 A; 1QZ2 A; 2R5S A; 3WXX A; 4J8D A; 4Y6C A; 2UWJ G; 5KJK A; 2VSN A; 4UI9 K; 3LCA A; 5FTP A; 5M72 A; 4WUY A; 1YA0 A; 4JL0 A; 4I17 A; 4HOR A; 4KXK B; 4F3V A; 1NA3 A; 4APO A; 3Q47 B; 2FEZ A; 5KJN A; 4CDR A; 4UQZ A; 3OXL A; 4GA2 A; 2PQR A; 4H7X A; 2WPV A; 3RIB A; 4J8E A; 3K9I A; 4G24 A; 4XIF A; 1ELR A; 2QFC A; 3EDT B; 5CHE E; 2VGX A; 3ASG A; 5FJY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1H19 A; 5G04 C; 1N0Q A; 2XZT G; 1V55 E; 1OWL A; 4FJY A; 3TGO A; 1IHG A; 2KZT B; 4MKT A; 1KT1 A; 2XRZ A; 1NZN A; 4BT9 A; 3E37 A; 3KAE A; 5JJ7 A; 3RU0 A; 4FJZ A; 4NUR A; 2A5E A; 3FUL A; 3SFZ A; 2WB2 A; 5KBA A; 4LRZ A; 1FPP A; 3UT7 A; 3ZFW A; 4K5B A; 1MX2 A; 2AXV A; 4JC8 A; 1NA0 A; 3E30 A; 4NRH B; 2F37 A; 3FH5 A; 2VTB B; 1O1R A; 3DXK G; 2LAH A; 2WM9 A; 3MYV A; 3MKR A; 4HB5 A; 3S7J A; 3ML8 A; 3MV3 B; 3FTU A; 3MZL B; 3ZVV A; 2F8X K; 1KZO A; 2V4L A; 1EF1 C; 4DI3 A; 3DEP A; 3MGB A; 4HOS A; 1S64 A; 4NIK A; 1N4Q A; 2MOW A; 4F1S A; 2UY1 A; 3S7D A; 1EYH A; 3SNX A; 1IXV A; 3PVL A; 2CFU A; 1MJ0 A; 3QWW A; 2WVI A; 1N52 A; 2PZI A; 2Y4T A; 4IUL A; 4FHK A; 2JAB A; 5LP0 A; 1OCR E; 4KZC A; 3UKU G; 3ONK A; 4XEI G; 3ZYK A; 3IKO B; 2VSX E; 1X81 A; 3VTX A; 5BNW A; 2B0O E; 2P9K G; 4DLQ A; 5EDS A; 3FHE A; 3ZXS A; 3PNT B; 1TYQ G; 3TWV A; 5ENO D; 3HRA A; 4BX9 A; 2J9Q A; 4I2W A; 3UXG A; 4K0R A; 3C72 A; 4FP7 A; 2KCL A; 3LS8 A; 4C0M A; 4ANV A; 3LYA A; 2P9U G; 2V0P A; 2X6I A; 4Q96 A; 4I9C A; 2RKK A; 3FUN A; 2PM7 A; 1KT0 A; 1U2V G; 4PDX A; 3OAW A; 1E7U A; 4UWF A; 3CR3 A; 3FTV A; 1E8X A; 1A5E A; 4BES A; 2R03 A; 4LER A; 3SD5 A; 3PZ3 A; 3ZYL A; 1H0A A; 2I1K A; 3IEG A; 3HIZ A; 3LVR E; 4CGW A; 2BED A; 3QAQ A; 4AOF A; 3I4G A; 3ASO E; 3DSV A; 3PDN A; 4WWN A; 1DC2 A; 4HOQ A; 1JWG A; 1NFI E; 3FTY A; 3L13 A; 3V2X A; 2GRM A; 2L0T B; 2RFM A; 3PRE A; 3TWS A; 2GRO B; 2H6F A; 3LXU X; 3ZHE B; 4B93 B; 4RSY A; 4YDY A; 2HR2 A; 2WMN A; 4FUL A; 4KZ0 A; 4LCT A; 3T9K A; 4ILG A; 1JCQ A; 3O4Z A; 1TNO A; 2I9C A; 2WXH A; 3DSS A; 5G2N A; 3RAU A; 3ABK E; 5KJM A; 3C5R A; 2L9B A; 2OND A; 3CVP A; 4U96 D; 2JEK A; 3JQ0 A; 1UG3 A; 4HQD A; 4AY5 A; 4I43 A; 1TNB A; 4J8S A; 3APC A; 2X6H A; 1JPL A; 3CVN A; 4Z68 A; 4DUI A; 1H6O A; 4GTV A; 2BTD A; 4BER A; 5A23 A; 4AEZ C; 4N39 A; 4XI9 A; 2VQ2 A; 3B7T A; 4Q94 A; 4HOT A; 2QYJ A; 4A1G A; 3ZN3 A; 4G23 A; 3ABM E; 3CEQ A; 2XS8 A; 3JQ1 A; 2AVP A; 3DRA A; 3MA5 A; 4ILH B; 1BLX B; 1ZU2 A; 3R9A B; 1JWF A; 5EYL A; 3G2W A; 3SQV A; 3LEW A; 3CHQ A; 3QB2 A; 4U0Z A; 3R7Q A; 3ESK A; 5HI7 A; 1Y8M A; 4WNF A; 3UQ3 A; 4KBQ A; 3G2S A; 4N3A A; 4GCO A; 4RVB A; 2KAT A; 2CG3 A; 5J90 A; 3I4R B; 4L23 A; 3CHM A; 2OEV A; 3HXF A; 3GZ2 A; 2IO2 C; 3Q7F A; 4L7T A; 1BU9 A; 5B1B E; 3FP3 A; 2WXO A; 3ASD A; 2EQX A; 2XGS A; 5ENR D; 2FUL A; 5LOZ A; 2Y4U A; 5CCM A; 4OVU A; 5AQ7 A; 1UJJ A; 3Q75 A; 1KZP A; 4BFR A; 3C3O A; 3LKU A; 4HS2 A; 1UN9 A; 1HS6 A; 1IQU A; 4M7C A; 4TUU A; 1XNF A; 1NP7 A; 2R5S A; 5CRV A; 4EZJ A; 4UWH A; 2HM8 A; 1HFA A; 2UWJ G; 5KJK A; 1EPU A; 2XEH A; 4ZFH A; 2VSN A; 4BX8 A; 4ANU A; 4I1M A; 4HI8 A; 3D9J A; 1TN6 A; 3LCA A; 1Q2Z A; 4WUY A; 1YA0 A; 4JL0 A; 3CHS A; 4I17 A; 4FU3 A; 4F3V A; 3PEV B; 1N95 A; 3NOG D; 5FQ4 A; 1H2V C; 4GA2 A; 2PQR A; 3AG1 E; 3PUK A; 4G24 A; 4FLH A; 3EU5 A; 1YYH A; 2XHE A; 1BPO A; 2VGX A; 3ASG A; 5FJY A; 2DCP A; 3QWP A; 3FTZ A; 3WG7 E; 3EHN A; 1HG2 A; 5D0O D; 2WXG A; 4AM9 A; 1HH8 A; 3NF1 A; 3Q73 A; 2R17 C; 3IHY A; 3JCK C; 5EID A; 3FU3 A; 4N3C A; 2ZGD A; 1N4R A; 4CT0 A; 3S7B A; 3CK8 A; 4CRW A; 3OXG A; 2GW1 A; 3HXC A; 5FZR A; 3FU5 A; 5BPP A; 3BEE A; 4OVV A; 2EIL E; 3NZS A; 1P5Q A; 3D9K A; 1FCH A; 4G8L A; 4IN3 B; 1QBQ A; 2I1J A; 3PNL B; 2AWI A; 3ZKJ A; 1MHQ A; 1IQR A; 4LG6 A; 4AJW A; 4HI9 A; 2VSY A; 5BT1 A; 2CHZ A; 3TJP A; 1XGW A; 3FTW A; 3BUA A; 4PS3 A; 3OXF A; 1OWM A; 2YHE A; 3ISM C; 3SY2 A; 5AIJ A; 4JHJ A; 5CCL A; 5AAO A; 3GZ1 A; 3DXM G; 4RLY A; 3SZ7 A; 3KEZ A; 3UT4 A; 1K8K G; 1MX4 A; 3B13 A; 2J4D A; 3R7R A; 3JUI A; 3SFX A; 2WXI A; 5C1D A; 4X8Q A; 4LEU A; 3JXI A; 3VTY A; 2AW6 A; 4GTT A; 2LSV A; 3BG0 B; 5DIZ A; 2GRQ B; 3UIP C; 1WM5 A; 3I5P A; 1E7V A; 2WXM A; 3Q49 B; 3EU9 A; 1K1B A; 2LUH A; 2QYU A; 3DBS A; 5FIN A; 3HVE A; 4URK A; 3ZUV B; 3D9O A; 3ZW3 A; 1Z3Y A; 3CQC B; 2RFA A; 5KJL A; 1OUV A; 1KLX A; 3PE3 A; 3FWV A; 3L54 A; 5FQ6 A; 1ZBP A; 3RRN B; 3UIO C; 2GRN B; 3FUK A; 3L9T A; 1Y6I A; 3O48 A; 3L16 A; 4HXI A; 3QWV A; 2ZIS A; 2NYJ A; 2X38 A; 3RRM B; 3DPY A; 4YDO A; 3ULE G; 1IHB A; 1QYM A; 4UQY A; 2V5F A; 3EJN A; 4F53 A; 4C48 B; 4AP2 A; 3CK7 A; 4U63 A; 3CVY A; 4G2V A; 5FZS A; 4RQI A; 4OAV B; 1WAO 1; 2H6G A; 4U8Y D; 4GZ3 A; 5AEN A; 1DCQ A; 3AS8 A; 4U07 A; 4CCA A; 4F1P A; 4G8K A; 3PRZ A; 5AAR A; 2GRR B; 4OAU C; 1TJC A; 3ZEF A; 4BTA A; 2VSO E; 3ZU7 B; 3RKV A; 2CG2 A; 3OTN A; 1HG5 A; 3JUE A; 3FY4 A; 1MYO A; 3G2V A; 5FQ7 A; 4MRU A; 1Z3X A; 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