The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
82
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sequence length |
226
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structure length |
226
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Chain Sequence |
CVSNIMICNLAYSGKLDELKERILADKSLATRTDQDSRTALHWACSAGHTEIVEFLLQLGVPVNDKDDAGWSPLHIAASAGRDEIVKALLVKGAHVNAVNQNGCTPLHYAASKNRHEIAVMLLEGGANPDAKDHYDATAMHRAAAKGNLKMVHILLFYKASTNIQDTEGNTPLHLACDEERVEEAKFLVTQGASIYIENKEEKTPLQVAKGGLGLILKRLAEGEEA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Oncoprotein Gankyrin in Complex with S6 ATPase of the 26S Proteasome
rcsb |
| molecule keywords |
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10
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| molecule tags |
Oncoprotein
|
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
82
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| structure length |
226
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| sequence length |
226
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12796 | Ank_2 | Ankyrin repeats (3 copies) |
| A | PF13637 | Ank_4 | Ankyrin repeats (many copies) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EU9 A; 1YMP A; 4BSZ B; 5AQB A; 1MYO A; 5CEC B; 1K1B A; 2PNN A; 4K5A B; 5AAO A; 1A5E A; 1G3N B; 3J5Q B; 4HNA D; 2ZGG A; 2ETB A; 2XEE A; 1N0R A; 3TWT A; 3TWV A; 1BLX B; 3V2O A; 5ENT D; 1BD8 A; 4U8Y D; 4K5C A; 3TWR A; 4Z68 A; 5EYL A; 4C48 B; 5ENP D; 4U8V D; 2HE0 A; 4G8L A; 5HKP A; 4O1P A; 1K3Z D; 2B0O E; 1QYM A; 4A63 B; 4BEP A; 3DEP A; 2KXP C; 1TR4 A; 2MYO A; 1NFI E; 3V31 A; 2L6B A; 4U95 D; 5AN8 A; 3AAA C; 1MX2 A; 4O1O A; 4HRN A; 2QC9 A; 4U96 D; 2F8X K; 2NYJ A; 5BXU A; 3ZKJ A; 2DWZ A; 4HQD A; 4G8K A; 1AP7 A; 1BI8 B; 4ATZ D; 4BES A; 4TUM A; 4DX5 D; 3AJI A; 3ZNG A; 3IXE A; 4J8Y A; 2JAB A; 4HB5 A; 1MJ0 A; 1MX4 A; 2XEH A; 3J5P A; 4N5Q A; 4DX1 A; 5EYP F; 3HG0 D; 1AWC B; 1N11 A; 3F6Q A; 5KNH D; 4RLY A; 1DC2 A; 1MX6 A; 2ETC A; 5CBN A; 5CBO A; 5CEA A; 4DX2 A; 5AQ9 A; 2FO1 E; 2F37 A; 3W9F A; 4HBD A; 3D9H A; 3V2X A; 5ENO D; 2DVW A; 5ITZ F; 5CED B; 2A5E A; 2DZN A; 5ENS D; 3EHR A; 3LJN A; 1YCS B; 4BER A; 4GMR A; 5CER B; 4QFV A; 3KEA A; 3Q9N C; 4YDY A; 2BKG A; 3HRA A; 3C5R A; 3DEO A; 5AQ7 A; 2Y0B G; 3TWU A; 3UTM A; 5ENR D; 4CYM D; 5BXO A; 4O60 A; 3TWQ A; 5KNG A; 2AJA A; 2QYJ A; 2ETA A; 3NOG D; 4GPM A; 4QQI A; 3UI2 A; 3B7B A; 5KBA A; 2P2C P; 4ZFH A; 1N0Q A; 5FIO A; 1DCQ A; 2V5Q C; 3JUE A; 4LNU D; 4OAU C; 4DRX E; 5EID A; 1YYH A; 5HRY A; 4BET A; 3B95 A; 5D66 A; 3ZUV B; 3NOC D; 3T9K A; 3UXG A; 3W9G A; 4YDW A; 3ZU7 B; 4B93 B; 1UOH A; 4F1P A; 4K5B A; 3V30 A; 5EIL A; 4OAV B; 2XZT G; 1SW6 A; 2Y1L E; 4JB8 P; 1S70 B; 5ENQ D; 1OY3 D; 3TWS A; 4F6R D; 5JMN D; 2F8Y A; 1BI7 B; 3JXI A; 4HI8 A; 3TWX A; 4UUC A; 4DUI A; 2XEN A; 4LG6 A; 5EIB E; 3JXJ A; 1IXV A; 3TWW A; 5AQA A; 1K1A A; 1WDY A; 2BKK B; 3Q9U C; 1D9S A; 2XZD G; 1BU9 A; 4CZ2 D; 4DX7 D; 3NBN B; 5EN5 D; 1WG0 A; 2DZO A; 2V4H C; 4HRL A; 4DX6 D; 5FIN A; 4ZHB A; 4HRM B; 5HS0 A; 2ZGD A; 1SVX A; 2VGE A; 3EHQ A; 4HI9 A; 3T8K A; 1OT8 A; 2RFM A; 2J8S D; 1IHB A; 5AAR A; 2RFA A; 5JA4 D; 4LSZ E; 4NIK A; 3SO8 A; 1IKN D; 2KBX A; 4J7W A; 5KWD A; 3V79 K; 4HLL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MYO A; 4J6I A; 3ASF A; 4DPR A; 4AP2 A; 2LSV A; 3TWV A; 3SBS A; 4N2S A; 4XKB A; 3NQP A; 1PC2 A; 5FTP A; 2XCC A; 2VGX B; 1SQM A; 1SA4 A; 4XKC A; 2NYJ A; 4OVV A; 1UJK A; 2IFU A; 3E34 A; 5FQ4 A; 3CLJ A; 3IXE A; 2DYS E; 2PQR A; 3HG0 D; 2KAT A; 2Y4T A; 3UIN C; 2DBA A; 3LY8 A; 3CHP A; 1DC2 A; 4YVO A; 5T3R A; 3SD5 A; 3ZYM A; 1E8Z A; 4BER A; 3MKQ B; 3VLF A; 5CER B; 2HM8 A; 5ENR D; 1HO8 A; 3ABL E; 4DLO A; 5D2M C; 3AS8 A; 3Q75 A; 4KZ0 A; 2V5Q C; 1YYH A; 3QAR A; 4KXK B; 4DK5 A; 5KCM A; 4CT4 A; 1SW6 A; 1TEZ A; 3CVN A; 1KT1 A; 1U3C A; 3JXI A; 3TWX A; 2H6G A; 4WWN A; 2XEN A; 3CHS A; 3KS2 A; 2I2O A; 2PL2 A; 3BQO A; 1IQR A; 4GZC A; 4B8C B; 1VDY A; 5T8I A; 3UIO C; 1E90 A; 4WUY A; 3BEE A; 3EUV A; 3PH0 C; 5BUZ A; 2VGY A; 4DLQ A; 3FUL A; 2X3M A; 2KCL A; 3RU0 A; 3S7F A; 1BLX B; 4L7T A; 5B1B E; 3KD7 A; 3L6A A; 2GRQ B; 3UKR G; 3ONK A; 5EDS A; 2L6B A; 3MKR A; 3ZYQ A; 2UY1 B; 3QDN A; 2R03 A; 5LFA A; 4KYO B; 1GW6 A; 4A3V A; 3LJ3 A; 4TUM A; 4D10 C; 3QOU A; 4NAC A; 2P9L G; 3NF1 A; 1MJ0 A; 1MX4 A; 4YDO A; 4FHK A; 1UJJ A; 3CR3 A; 3L13 A; 3AU5 A; 4M7C A; 4HBD A; 3RO3 A; 4FLH A; 4ACK A; 2XGO A; 2WXP A; 5B1A E; 5AQ7 A; 1H6P A; 2WXK A; 4J8S A; 3IV0 A; 1KLX A; 1QBQ A; 4MBG A; 2PM7 A; 3O4Z A; 4W9R A; 3SQV A; 3E32 A; 2CG3 A; 3QC1 A; 5A7D B; 3UUX A; 2GRP B; 3Q49 B; 3ZU7 B; 1UOH A; 3C3R A; 3LVR E; 3UMV A; 1SZ9 A; 3LY9 A; 5ARF A; 4EZL A; 4K03 A; 4F1S A; 5CHE E; 4CZ2 D; 2AVP A; 4FA6 A; 4HOU A; 4I43 A; 1K8K G; 3SFX A; 1HFA A; 5KWD A; 2GRM A; 1H2U A; 2NC9 A; 4PUC A; 1A5E A; 3J5Q B; 3G2W A; 2XEE A; 4G26 A; 2J4B A; 1H6K A; 3MKQ A; 3CST A; 4GTV A; 1DNP A; 3R7Q A; 3ABK E; 4CCA A; 2CHW A; 2FO7 A; 4GB9 A; 4X8Q A; 2P9N G; 3VTX A; 2L9B A; 3FUN A; 3KSL A; 1N52 A; 2WXM A; 1D8E A; 3TAX A; 1TYQ G; 2HO1 A; 3D9N A; 4XZ4 A; 5B3S E; 3CVW A; 3PZD A; 1SA5 A; 2WXI A; 1OWP A; 3RAU A; 3FUJ A; 4DX1 A; 2OEV A; 3CIA A; 4N3C A; 2FUL A; 4GTO A; 3ZYL A; 2F37 A; 2DVW A; 3R9A B; 4AVX A; 3RSE G; 2EIK E; 3AG3 E; 4EBA A; 5BV1 A; 4PS8 A; 3EU5 A; 4MRU A; 2CG2 A; 2LXM A; 4BY6 A; 5KJK A; 3LKU A; 4I9E A; 3JUE A; 5FWQ A; 4CDR A; 2X6K A; 3NOC D; 3W9G A; 3PE4 A; 3V30 A; 2GRL A; 4TV3 A; 5C2Y A; 1N4S A; 3FTS A; 3NBN B; 5AEN A; 2DZO A; 3DSV A; 4TXQ A; 3EJN A; 3MA5 A; 4YDE A; 5HS0 A; 5AAR A; 1FPP A; 4MKT A; 4L2L A; 3V79 K; 4I2Z A; 4JVS A; 2IY0 C; 5FZR A; 4AOF A; 2CFU A; 1N54 A; 4O1P A; 3D9M A; 3GZ2 A; 5DBK A; 3ULE G; 4I1O B; 4RG6 A; 4GTT A; 2GRR B; 2ZU6 B; 2XGS A; 4O1O A; 3AG2 E; 1O1R A; 3ZKJ A; 3B13 A; 3SNX A; 1OCC E; 3AJI A; 4BWR A; 3PNL B; 2KCV A; 4N5C A; 4RVB A; 4K0R A; 4N39 A; 5IY5 E; 4J8Y A; 1UG3 A; 4GU5 A; 4GAA A; 4GTM A; 1MX6 A; 2X6H A; 4EZJ A; 2GRN B; 4AJW A; 2VYI A; 3O48 A; 2DZN A; 5BNW A; 1WY6 A; 1TNY A; 3DXK G; 1FT1 A; 4YDY A; 3DEO A; 5CCM A; 3L22 A; 5KNG A; 3PUK A; 4M3O A; 3ASN E; 3B7B A; 4ZFH A; 4GMJ A; 5EKQ D; 4YDW A; 1N9A A; 2J09 A; 3FHE A; 3RKV A; 4APF A; 3SI5 A; 5CCL A; 1BU9 A; 3VTY A; 2V4H C; 3B7T A; 3CQC B; 4XIF A; 1IHB A; 1OWM A; 1S63 A; 2KZT A; 1IYG A; 3PZ3 A; 3CKB A; 2XPI A; 3VLE A; 2L6J A; 4MS6 A; 4JHR A; 3SGH A; 3SZ7 A; 4JW1 A; 1ELW A; 1E8W A; 2E2E A; 3L08 A; 4U07 A; 4LNB A; 3GYZ A; 3ZHE B; 3ZN3 A; 2R5S A; 4AIF A; 3IKO B; 4I2W A; 4U0U A; 3C3Q A; 4FUL A; 2NXP A; 3DWL G; 2A4Z A; 1MZC A; 2XEV A; 3ULQ A; 4GCO A; 2ZIR A; 3KAE A; 2FO1 E; 3EDT B; 1HX8 A; 4JZY A; 3L16 A; 3CHR A; 3HXD A; 2HR2 A; 3FU3 A; 1O5M A; 1EF1 C; 3TWQ A; 4A63 B; 3L82 A; 2ZXW E; 3MX3 A; 3BG1 B; 3APF A; 3TGO A; 3I4R B; 4ABN A; 4LNG A; 3WXX A; 3LDZ A; 3U3W A; 3ZXS A; 2WM9 A; 2FBN A; 2LO6 A; 5HRY A; 3ZFW A; 3UXG A; 4HXI A; 3EIQ C; 2XZT G; 4DJA A; 5KJL A; 4U0Z A; 2HYZ A; 1B89 A; 4DUI A; 5H7P A; 5CMY A; 4KVM A; 4DX7 D; 2X6J A; 5FIN A; 2WQ7 A; 2L0I A; 2ZGD A; 4FLB A; 5C1D A; 2RFA A; 2J07 A; 4NIK A; 4U8H A; 3B7U X; 3I5P A; 4GA2 A; 3CKC A; 4HLL A; 4BSZ B; 2Y69 E; 5AAO A; 2VSN A; 1NA3 A; 3FUI A; 1QQE A; 3FUE A; 2J9Q A; 4WNF A; 1OCZ E; 2KXP C; 2P58 C; 3U64 A; 3DSS A; 4ANX A; 3Q79 A; 4G2V A; 1OCR E; 4KZC A; 3IHY A; 4JHK A; 2H6H A; 3PZ1 A; 3DPY A; 4KT6 B; 2V0P A; 4ME2 A; 4YVQ C; 1OWO A; 2P9K G; 3JUI A; 4I6J A; 5KNH D; 1YA0 A; 2WXN A; 3Q78 A; 4G23 A; 1OWL A; 3B7S A; 4P29 A; 3TJP A; 2V8S E; 1OCO E; 4O60 A; 4F53 A; 1LTX A; 4FJZ A; 2OVB A; 1TNZ A; 4QQI A; 4HLE A; 1N4Q A; 3FTV A; 4CEM A; 4BX8 A; 3ZHE A; 1RZ4 A; 1OWN A; 5EID A; 3B95 A; 3LS8 A; 5D66 A; 1EYH A; 1TJF A; 3SY2 A; 4ILI A; 4F6R D; 3LXU X; 1ZB1 A; 3JXJ A; 1WDY A; 1Z3Y A; 2XZD G; 4DX6 D; 4AV7 A; 1PY1 A; 4BTA A; 4XX5 A; 3NAW A; 1V55 E; 3EU9 A; 4JA9 A; 4BTB A; 1NP7 A; 4Y6C A; 4KVO A; 5ENT D; 4U8Y D; 3HYM B; 5EYL A; 3LVQ E; 3PEV B; 4FP7 A; 3T8M A; 1K3Z D; 1HU3 A; 3QNK A; 1O1S A; 3HXF A; 4Q96 A; 1TN8 A; 2QY7 A; 4I1M A; 4WWP A; 2WVI A; 1U3D A; 2EQX A; 5D0O D; 2WMO A; 2QZA A; 3J5P A; 4GZ5 A; 4CGW A; 3FH8 A; 1AWC B; 3IEG A; 3QJZ A; 1U2V G; 3QWP A; 1EDU A; 4HOR A; 2XS1 A; 3D9H A; 4UWK A; 5CED B; 2FF4 A; 3LJN A; 1SZA A; 4ILH B; 4C9B B; 1E8X A; 1TNO A; 5BXO A; 2RG8 A; 4JEH A; 2R2L A; 2CHX A; 4BSX A; 3HVE A; 2VSY A; 3ML9 A; 2WXH A; 4B0Z A; 2CHZ A; 3ULY A; 3UM3 A; 4J8F A; 4F1P A; 3TG4 A; 4GA1 A; 2LAH A; 1S64 A; 1WAO 1; 4ACL A; 4I17 A; 3LPZ A; 2VGX A; 3FTZ A; 3UT4 A; 4B8A A; 5FQ7 A; 1INZ A; 1DCE A; 3BU8 A; 2J8S D; 4OYS A; 1JCS A; 3QWV A; 2AXU A; 4I6G A; 5CEC B; 4HNA D; 5FJY A; 3DSU A; 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