The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
81
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sequence length |
223
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structure length |
223
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Chain Sequence |
CVSNLMVCNLAYSGKLEELKESILADKSLATRTDQDSRTALHWACSAGHTEIVEFLLQLGVPVNDKDDAGWSPLHIAASAGRDEIVKALLGKGAQVNAVNQNGCTPLHYAASKNRHEIAVMLLEGGANPDAKDHYEATAMHRAAAKGNLKMIHILLYYKASTNIQDTEGNTPLHLACDEERVEEAKLLVSQGASIYIENKEEKTPLQVAKGGLGLILKRMVEG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of Gankyrin, an Oncoprotein Found in Complexes with Cyclin-Dependent Kinase 4, a 19 S Proteasomal ATPase Regulator, and the Tumor Suppressors Rb and P53
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oncoprotein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
26S PROTEASOME NON-ATPASE REGULATORY SUBUNIT 10
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| total genus |
81
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| structure length |
223
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| sequence length |
223
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12796 | Ank_2 | Ankyrin repeats (3 copies) |
| A | PF13637 | Ank_4 | Ankyrin repeats (many copies) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K1B A; 2XZT G; 2ZGD A; 3JXJ A; 4YDY A; 3UTM A; 3V2X A; 4CZ2 D; 3J5Q B; 2AJA A; 3B95 A; 4CYM D; 4DUI A; 4Z68 A; 2HE0 A; 2QC9 A; 2XEE A; 2B0O E; 4DRX E; 2L6B A; 4LSZ E; 1YMP A; 3ZNG A; 1WG0 A; 4F6R D; 3ZKJ A; 2F37 A; 2V4H C; 1N11 A; 3Q9U C; 5AN8 A; 3NOG D; 1BI7 B; 2XZD G; 3IXE A; 3UXG A; 2VGE A; 5EIB E; 3JUE A; 3T9K A; 1BD8 A; 5ENR D; 3TWU A; 3W9F A; 4G8L A; 1MX2 A; 4ZHB A; 4BET A; 5HKP A; 1IKN D; 1MX4 A; 3EHR A; 4OAU C; 5AQB A; 3F6Q A; 2XEN A; 2Y1L E; 4HRL A; 4NIK A; 4UUC A; 4GMR A; 4G8K A; 3DEP A; 4OAV B; 4DX1 A; 1S70 B; 5EN5 D; 4HI8 A; 2DWZ A; 4J8Y A; 5FIO A; 5JA4 D; 4LNU D; 1D9S A; 1DC2 A; 2V5Q C; 4HNA D; 3B7B A; 5EYL A; 4ZFH A; 5KBA A; 1OT8 A; 3NOC D; 5CBO A; 4K5B A; 2P2C P; 3V79 K; 3V30 A; 5CER B; 1A5E A; 3Q9N C; 2RFM A; 3TWV A; 4B93 B; 2KXP C; 5ENP D; 5ENS D; 3J5P A; 1MYO A; 4O60 A; 3AAA C; 4BEP A; 3HG0 D; 5HS0 A; 3ZUV B; 1IXV A; 4HI9 A; 3TWR A; 5BXU A; 2F8X K; 5AAR A; 4GPM A; 1DCQ A; 1MX6 A; 1K1A A; 4K5A B; 3D9H A; 4O1O A; 4HRN A; 5ENQ D; 3T8K A; 5EIL A; 1OY3 D; 5KNH D; 5AAO A; 1WDY A; 2DVW A; 3TWW A; 2PNN A; 3KEA A; 4HBD A; 4HRM B; 4LG6 A; 2JAB A; 2DZN A; 4K5C A; 3TWX A; 3V31 A; 3HRA A; 5BXO A; 1MJ0 A; 4U8Y D; 1BI8 B; 4HLL A; 5EID A; 4U95 D; 5KNG A; 4O1P A; 1YCS B; 5CEA A; 4U96 D; 2J8S D; 5AQ7 A; 2RFA A; 5JMN D; 3NBN B; 4BER A; 5CEC B; 4U8V D; 4BSZ B; 2FO1 E; 4HB5 A; 4QFV A; 5HRY A; 4BES A; 1YYH A; 4RLY A; 3EU9 A; 1SW6 A; 1BLX B; 4DX6 D; 2NYJ A; 3AJI A; 3UI2 A; 5KWD A; 2A5E A; 1N0Q A; 2ETA A; 5D66 A; 4N5Q A; 3W9G A; 1AP7 A; 2Y0B G; 2XEH A; 2KBX A; 3DEO A; 4QQI A; 4F1P A; 3TWT A; 4A63 B; 4C48 B; 5ENO D; 5EYP F; 5ITZ F; 2ETB A; 4TUM A; 2ETC A; 1G3N B; 5CED B; 2DZO A; 2ZGG A; 4J7W A; 1NFI E; 3JXI A; 2F8Y A; 1N0R A; 2BKG A; 1QYM A; 5CBN A; 1BU9 A; 1K3Z D; 1TR4 A; 3TWQ A; 3EHQ A; 3TWS A; 2BKK B; 5AQ9 A; 4DX7 D; 4DX5 D; 4YDW A; 3C5R A; 5ENT D; 1IHB A; 4JB8 P; 3V2O A; 1UOH A; 2QYJ A; 3ZU7 B; 1SVX A; 1AWC B; 5AQA A; 2MYO A; 4HQD A; 5FIN A; 4ATZ D; 3LJN A; 4DX2 A; 3SO8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FP3 A; 5J90 A; 2B6C A; 4WUY A; 3SBT B; 2B0O E; 3DXM G; 3RIB A; 2DBA A; 3Q9U C; 4G11 A; 4UI9 J; 3ML8 A; 4ATG A; 5A7D B; 2KC7 A; 3T9K A; 4A3T A; 4EZJ A; 2IEJ A; 2FBN A; 2AXU A; 2BUG A; 3RU0 A; 3EU5 A; 4HRL A; 2GRN B; 1OXJ A; 5AIJ A; 3CVX A; 4HOQ A; 3L9T A; 3PNT B; 3LYA A; 3ZPJ A; 2RFM A; 3CVN A; 3CVY A; 4G24 A; 2CHW A; 3UT8 A; 3GW4 A; 3SFZ A; 1OCO E; 4RG9 A; 1X5B A; 3FH7 A; 3G2V A; 5D0Q D; 4HBD A; 4HRM B; 2X3M A; 3V31 A; 2EIJ E; 1MJ0 A; 2H6G A; 3EDT B; 2H6I A; 4O1P A; 3DWL G; 5CMY A; 4KXK B; 2A5U A; 4D10 C; 5KCM A; 4XE0 A; 4JHJ A; 2WPV A; 3DBS A; 1N0Q A; 5D66 A; 3FUI A; 2ETC A; 4OYS A; 3OAW A; 3LPZ A; 1H2T C; 3CQC B; 1TR4 A; 3TXN A; 1NP7 A; 2M63 A; 2XCB A; 4JB8 P; 1UOH A; 3MV2 B; 3UUX A; 1H2V C; 3HXD A; 2XGS A; 3B95 A; 4BX9 A; 2WQ7 A; 5ANL A; 2DCP A; 3NOG D; 4DK5 A; 2WXO A; 3APF A; 2NC9 A; 3FUE A; 4I2W A; 3L22 A; 3TWU A; 3W9F A; 4BET A; 1MX4 A; 3F6Q A; 3KSL A; 2VSY A; 1HO8 A; 3UQ3 A; 1TNY A; 3PZD A; 3JYS A; 3PE4 A; 1ZB1 A; 4ANV A; 2EIK E; 4FHK A; 3CEQ A; 3PH0 C; 2VTB A; 4U04 A; 3URZ A; 2GW1 A; 2J49 A; 1MX6 A; 4GTR A; 1UN9 A; 4LG6 A; 1OCC E; 3BEE A; 3ULQ A; 4I43 A; 3NBN B; 4BER A; 3DPD A; 2WXR A; 2XEV A; 5T4Y A; 4AEZ C; 3ZHE B; 2X6H A; 3IHV A; 3ONK A; 1N4R A; 4LER A; 4N5C A; 4QQI A; 4W9R A; 2NSZ A; 2H6H A; 3PZ2 A; 3EHM A; 3PUK A; 2Y4U A; 4L2L A; 1TNO A; 3B7S A; 5LCW J; 4O6F A; 3HXF A; 3ZVV A; 4YDW A; 1UW4 B; 3V2O A; 4BX8 A; 2EIN E; 2IOL A; 3LDZ A; 2DYR E; 3CK7 A; 1K1B A; 4I9E A; 4CZ2 D; 2MHK A; 4I1O B; 1DNP A; 3CKC A; 5DIZ A; 5C2Y A; 2I1J A; 5AN8 A; 1FT1 A; 5G04 J; 1QZ2 A; 3Q7A A; 5ENR D; 3LVR E; 3AG3 E; 4OAU C; 4L23 A; 2Y1L E; 1JWG A; 3ASN E; 2CG3 A; 1OWM A; 1YA0 A; 5EX3 A; 4TXR A; 4BTA A; 1ELK A; 3SD5 A; 4E85 A; 4M3O A; 1H6P A; 4YVO A; 5HS0 A; 2CFZ A; 3ZIM A; 1H0A A; 2UWJ G; 5EKQ D; 2XQ0 A; 3APD A; 4JEH A; 3PS6 A; 3MA5 A; 3CHO A; 2WM9 A; 3FTU A; 3DSV A; 4WNE A; 3VLD A; 4BSZ B; 1E90 A; 3CHP A; 2KZT B; 4OVV A; 4B8C B; 4A1S A; 2I9C A; 2KBX A; 3FUM A; 1Z3X A; 4KZ0 A; 5ENO D; 2IO2 C; 3UT4 A; 4RSY A; 5BNW A; 1QYM A; 3EHQ A; 2LUH A; 1SZ9 A; 3CVU A; 4LEU A; 1V55 E; 4DI3 A; 5FZS A; 1SVX A; 4XKC A; 4DX2 A; 3D9I A; 4LCT A; 5CCL A; 5FTP A; 1Q2Z A; 3HYM B; 3PRZ A; 3ZNG A; 1JCR A; 4LNB A; 3BU8 A; 3LEW A; 3S7J A; 1H19 A; 3JUE A; 2AWI A; 1BD8 A; 1O1T A; 4BT8 A; 2KCK A; 4Q94 A; 4G8K A; 4A3V A; 1P5Q A; 1HG2 A; 2HO1 A; 2DWZ A; 2MOW A; 3CST A; 4NQ0 A; 1D9S A; 3BQO A; 2V5Q C; 4KVM A; 3DSW A; 3O48 A; 4YDE A; 2P2C P; 4N2Q A; 3L08 A; 1E7U A; 1A5E A; 4ILG A; 4TXQ A; 1H6K A; 2IU1 A; 3U64 A; 3VLF A; 3LKU A; 2OV8 A; 2Y3A A; 4C9B B; 5ANR A; 2IFU A; 4PS7 A; 5KNH D; 1E7V A; 4BTB A; 4K5C A; 2VYI A; 4GZ3 A; 4U8Y D; 3ZGQ A; 1N95 A; 3IHY A; 3KAE A; 2WXG A; 2YNQ A; 3Q75 A; 4QFV A; 4GU5 A; 3TG5 A; 5ITZ F; 3HDX A; 3RAU A; 3ZHE A; 4ACL A; 4GYO A; 2J9Q A; 1PAQ A; 2XGO A; 1OWL A; 3NZS A; 1MQS A; 3C5R A; 1O5M A; 4TV3 A; 2AXZ A; 4IUL A; 1JWF A; 4C0M A; 1NI1 A; 1IQU A; 5CCM A; 4G2V A; 5LX8 A; 3J5Q B; 4YND A; 3ENE A; 4DUI A; 1HFA A; 1U3C A; 1E8X A; 1O1S A; 4X8Q A; 3IXE A; 3CVL A; 3UXG A; 3HXC A; 5AQB A; 4AV7 A; 4Q69 A; 3C72 A; 4OAV B; 3TAX A; 3E30 A; 3BG0 B; 2WB2 A; 3Q5M A; 5FQ8 A; 1DC2 A; 4H7X A; 3NF1 A; 1L5J A; 1DCE A; 2OND A; 4N3B A; 2VSO E; 2P9L G; 5CER B; 4JA7 A; 3AAA C; 4FA6 A; 3D9J A; 2RD0 A; 4J8D A; 4I6E A; 4Q96 A; 5T3R A; 3EIQ C; 3IEG A; 2J09 A; 3Q4A B; 4WNF A; 5KJL A; 4U0S A; 1GW6 A; 3FU3 A; 1S63 A; 4AJW A; 4HB5 A; 1Y6I A; 4FUL A; 2LO6 A; 5KWD A; 3AJI A; 2XRY A; 2P9P G; 2KZT A; 5HQ8 A; 5AEN A; 4E6H A; 1ZU2 A; 2F8Y A; 5LOZ A; 1HG5 A; 2BKG A; 3KS2 A; 3FUL A; 3D9K A; 2YHC A; 4DX5 D; 3T5V A; 5FT9 A; 3KEZ A; 4YDY A; 3B7R L; 3ULE G; 4V3I A; 5J08 A; 3ASH A; 4BWR A; 3I4R B; 3PNL B; 1ZBP A; 1OWO A; 5HKP A; 3TG4 A; 4JVS A; 1H2U A; 2XEN A; 1LTX A; 2KCV A; 5EN5 D; 1N9A A; 4LNG A; 4XI9 A; 1KT1 A; 1MZC A; 2R05 A; 3LY9 A; 2YIN A; 3FUK A; 1UN8 A; 3FUH A; 4J0U A; 3HXB A; 3U4T A; 3HG0 D; 3CV0 A; 4P29 A; 3ASD A; 3FH5 A; 4A1G A; 2X38 A; 4CDR A; 3TWW A; 1V54 E; 5BW8 C; 2XCC A; 3S7F A; 3CIA A; 2XS1 A; 2C0M A; 2EIL E; 4U96 D; 5CEA A; 1S0P A; 4GML A; 3R7Q A; 2NXP A; 3JQ1 A; 3BG1 B; 3DRA A; 3RRM B; 1QQE A; 3X2Q E; 4GTQ A; 1AP7 A; 2XEH A; 1Y8M A; 4PH4 B; 2WXN A; 2ETB A; 1NFI E; 3CVW A; 4BFR A; 1X81 A; 4F53 A; 3HHM A; 4APF A; 1NA0 A; 5ENT D; 3MZL B; 4UI9 K; 4APO A; 4U0U A; 4IYP A; 4EPZ A; 4KZC A; 4ILI A; 4K0R A; 2PQR A; 3ZYL A; 2ZGD A; 4HVB A; 1Z3Y A; 3QNK A; 3E32 A; 1WG0 A; 3QK0 A; 4I9C A; 1N52 A; 2WQ6 A; 4AVX A; 4EZK A; 3B13 A; 2CHZ A; 1FVF A; 4GMR A; 4M7C A; 4XKB A; 2XRZ A; 1SA4 A; 2YQ8 A; 4J8F A; 5BT1 A; 5EDS A; 3QKY A; 3ZEF A; 3GZS A; 3NOC D; 4WWN A; 5ARG A; 1OCR E; 2V0P A; 2WXF A; 2R59 A; 4TRQ A; 5ENP D; 4AIF A; 3J5P A; 4O60 A; 3ESK A; 4KBQ A; 4MS6 A; 3ZUV B; 3TWR A; 4GPK A; 3L6A A; 1WY6 A; 3CHM A; 4GTV A; 3MYV A; 4GCN A; 1YCS B; 2R5S A; 3VLE A; 1A17 A; 3LJ3 A; 3L13 A; 4U8V D; 1OCZ E; 2WXM A; 2WXL A; 4WNG A; 3PZ3 A; 1TYQ G; 2VGY A; 2ETA A; 2I2O A; 4MLP A; 3TWT A; 3T8M A; 3UM1 A; 5CRU A; 1RZ4 A; 5E75 A; 4KVO A; 3QWV A; 4CDN A; 5CBN A; 3UM0 A; 4DX7 D; 4N39 A; 1XGW A; 2RKK A; 2IO3 C; 4KMO A; 4EZL A; 4CCA A; 4XX5 A; 3LJN A; 3RSE G; 3SBS A; 1N4S A; 3ABK E; 4YDO A; 3QAR A; 4J6I A; 3PDN A; 2WMN A; 3UIO C; 2HR2 A; 5BPP A; 2L6J A; 1BI7 B; 3FDH A; 1HX8 A; 3PUJ A; 4NRH B; 3CHQ A; 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