The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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sequence length |
168
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structure length |
157
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Chain Sequence |
SMASNAARVVATAKDFDKVGLGIIGYYLQLYAVELILSEEDRSQEMTALATELLDTIEAFKKEIGLHVMNTLIHDQEKAKIYMLNFTMSLYNEKLKQLKDGPWDVMLKRSLWCCIDLFSCILHLWKENISETSTNSLQKRIKYCKIYLSKLAKGEIG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lipid transport
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| publication title |
Structural basis of vta1 function in the multivesicular body sorting pathway.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1
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| total genus |
67
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| structure length |
157
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| sequence length |
168
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04652 | Vta1 | Vta1 like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Vacuolar protein sorting-associated protein vta1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5H7P A; 2LXL A; 2RKK A; 4TXR A; 4TXP A; 4U7E B; 2LXM A; 4TXQ A; 2LUH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AS8 A; 3G2T A; 4DX6 D; 4JHJ A; 5KJK A; 2GGF A; 4C0E A; 5BNW A; 3UUX A; 5FWQ A; 4M7C A; 4PS7 A; 2P9L G; 2VGX A; 5ENT D; 4HOT A; 3ZHE B; 2VGE A; 2V5Q C; 1SA5 A; 4B8C B; 3Q4A B; 2XEH A; 2M63 A; 1OWM A; 4F1S A; 1Z3Y A; 5T8I A; 3DST A; 3NZS A; 1UW4 B; 3UM1 A; 4GZC A; 4XX5 A; 1N52 A; 5AQ7 A; 1HS6 A; 3ZRH A; 3E34 A; 4UI9 C; 4I9E A; 3BQO A; 5AN8 A; 1XNF A; 3CHM A; 5G04 C; 4I17 A; 4RSY A; 3FUE A; 3FUH A; 4XZ4 A; 1TN6 A; 1N0Q A; 4N5C A; 1ZBP A; 1TN7 A; 2EIN E; 3FHE A; 5EN5 D; 5ENO D; 2UWJ G; 3FU6 A; 3VTX A; 5JHA A; 4AV7 A; 5EYL A; 3CK9 A; 3E32 A; 4O6F A; 1A5E A; 3FWV A; 2ION A; 4J8Y A; 1NZN A; 5LX8 A; 4GU5 A; 2OND A; 2I2O A; 5LOZ A; 3QNK A; 4DPR A; 4IN3 B; 5A23 A; 3MJW A; 4HOR A; 4YDW A; 3ASN E; 3D9J A; 1EF1 C; 3JXJ A; 3D9M A; 4DX2 A; 4FC8 A; 1L5J A; 2IOL A; 2NYJ A; 2X6F A; 4ZFH A; 4I6J A; 4OVV A; 2RKK A; 2OVB A; 4Y6C A; 3B7S A; 3ZNG A; 4KXK B; 4GYO A; 3KD7 A; 1SA4 A; 3CR3 A; 3JUE A; 2RG8 A; 4CEM A; 3Q49 B; 2NSZ A; 3B7R L; 1VDY A; 4FLH A; 5JJ7 A; 4K5C A; 4I2Z A; 4RVB A; 1QNF A; 3PDN A; 1H2V C; 4GTQ A; 1NL4 A; 4J8S A; 3QWV A; 3Q7A A; 4GMJ A; 4HRM B; 3MX3 A; 3TG4 A; 5DIZ A; 4XE0 A; 1DCE A; 1ZU2 A; 3B95 A; 3SFY A; 4I2W A; 3T5V A; 3LCA A; 4HQD A; 3U64 A; 4L2Y A; 1XGW A; 2C0M A; 4F7A A; 3VLF A; 3SQV A; 3SO8 A; 1INZ A; 5E75 A; 4OVU A; 2A5E A; 1D8E A; 2DIW A; 4I1O B; 5D2M C; 3P2B A; 4BWR A; 4HRN A; 4WWO A; 4U96 D; 4ANV A; 4ANU A; 4GCO A; 4XEI G; 4EZK A; 3ENE A; 3C3R A; 4KZC A; 2IY0 C; 5ENP D; 3Q79 A; 2XZT G; 4AJW A; 3CK8 A; 3Q5M A; 2FUL A; 4BSZ B; 1V55 E; 5AJL A; 4X8Q A; 3BU8 A; 4GTR A; 5T3R A; 3CKB A; 3L54 A; 4I1A A; 2CFZ A; 3FTU A; 4I6G A; 3LPZ A; 4GZ5 A; 4Z68 A; 3RJV A; 3PZ3 A; 1EYH A; 3P1U A; 2XS8 A; 1HO8 A; 4AOF A; 2GRO B; 2LO6 A; 2WPV A; 4WWP A; 3AU4 A; 3PZD A; 1Y8M A; 2L0I A; 2DWZ A; 1E8Y A; 3ASF A; 2XPI A; 4IUL A; 3QK0 A; 1QBQ A; 4LNU D; 3CHP A; 3TXM A; 4Q96 A; 2EIJ E; 4G2V A; 1IQU A; 3SI5 A; 5G04 J; 2WMN A; 4HOS A; 3QB2 A; 1JPL A; 2YQ8 A; 3JXI A; 3O4Z A; 3AG2 E; 5FQ7 A; 3EU9 A; 3JQ0 A; 3FH8 A; 3ULE G; 1IQR A; 4QFV A; 2H6G A; 3U3W A; 3FUM A; 3KAE A; 4U7E B; 1HG2 A; 2L9B A; 3EUV A; 3G2W A; 2WQ6 A; 3CKC A; 3DBS A; 2P9I G; 3J5Q B; 3O48 A; 3UXG A; 4F53 A; 4APF A; 4I43 A; 1N4R A; 2ZGG A; 5HI7 A; 3EHM A; 5M72 A; 4UWH A; 4UWG A; 5JMN D; 4WAF A; 3FTV A; 2P2C P; 4WND A; 4MKT A; 2A5U A; 3B7U X; 1FT1 A; 3HXD A; 3LY8 A; 1H0A A; 4JEU A; 2EQX A; 1W3B A; 4J8F A; 3UT7 A; 3MKQ B; 5ENN A; 4IRU A; 3RRU A; 2WM9 A; 2F8Y A; 4EEC A; 3C3O A; 1FVF A; 5FZS A; 4F3V A; 5B3S E; 3FP3 A; 3FDH A; 4GZ3 A; 4O60 A; 3N71 A; 4JEH A; 4KBQ A; 3AS5 A; 5CEC B; 5CHE E; 2XRY A; 3EHN A; 3CGH A; 4OAU C; 4GTO A; 4CDN A; 1TJF A; 4JVS A; 3CHR A; 1Z6T A; 1N4S A; 4BT9 A; 2I1J A; 5T4Y A; 3TWQ A; 3CLJ A; 3MYV A; 5JJ6 A; 2WQ7 A; 1BLX B; 1IHG A; 3FUF A; 3NZU A; 5ANR A; 4N2S A; 3T8M A; 1TJC A; 2FI7 A; 4AM9 A; 4AVX A; 2I6H A; 4U0S A; 3ZUV B; 2R02 A; 1OY3 D; 5D0O D; 1V54 E; 3HXF A; 5FZQ A; 4WNE A; 2WQH A; 4GA1 A; 5BUZ A; 4AIF A; 3I3N A; 2X38 A; 2J8S D; 2PZI A; 4B94 A; 1LTX A; 2KC7 A; 3ZKJ A; 3LJ3 A; 3TJP A; 4EQF A; 1JUQ A; 1N0R A; 4EHM A; 2LXM A; 4KT6 B; 2P9U G; 4G23 A; 3PZ4 A; 3SBT B; 2YHE A; 5AQB A; 2VSO E; 4PDX A; 3D3M A; 3F6Q A; 3WG7 E; 4LSZ E; 4UUC A; 4EBA G; 3VLE A; 4K0R A; 4HVB A; 4PS8 A; 5DBK A; 2QYU A; 5JJT A; 5ANL A; 1DNP A; 2WXQ A; 4AEZ C; 4J7W A; 4A1S A; 2NXP A; 4LCT A; 2OEW A; 1ZB1 A; 4YDY A; 4DJA A; 4Q94 A; 3CHO A; 2PM6 A; 4EBA A; 2E2E A; 3RK6 A; 2R17 C; 3TWS A; 4ILH B; 2JAB A; 3ZXS A; 3V2X A; 2ETB A; 4HOU A; 2VSY A; 1YYH A; 4CCA A; 1RW2 A; 2QC9 A; 2UY1 B; 2GW1 A; 2X6I A; 5BT1 A; 2XPZ A; 3V30 A; 1N9A A; 2KCK A; 4HLE A; 3ML8 A; 5C2Y A; 3AAA C; 2HM8 A; 5B1B E; 1N11 A; 1S70 B; 1E8Z A; 3EDT B; 3HIZ A; 5KNH D; 3L17 A; 2LSV A; 3LVR E; 3BG1 B; 1HF8 A; 2R05 A; 5ENQ D; 2E0I A; 4L9P A; 3EHR A; 3EIJ A; 1IKN D; 4GTT A; 1QZ2 A; 3PRE A; 4U95 D; 3SFZ A; 3ZHE A; 2PM7 A; 1LF8 A; 4FUL A; 4U8Y D; 3PVL A; 4B89 A; 5H7P A; 4GAA A; 3SGH A; 2XPY A; 3UKU G; 3UIN C; 4C0M A; 4A3V A; 4BEP A; 4ILI A; 1N95 A; 2BUG A; 2WXM A; 2GRN B; 3Q9U C; 5CCM A; 5EKQ D; 1JCS A; 1U3C A; 2PQN A; 2H6F A; 3DSW A; 4RLY A; 3CV0 A; 4CYM D; 4V3I A; 2NC9 A; 2J4D A; 3FUI A; 3D9K A; 3APF A; 2IO2 C; 4PH4 B; 3QKY A; 5HS0 A; 2Y4T A; 2VGY A; 1FT2 A; 2YNQ A; 2V0P A; 3JUI A; 1EPU A; 3ASG A; 5CRU A; 4FA6 A; 3RSE G; 3MV3 B; 4CT0 A; 1OWN A; 1NFI E; 3Q47 B; 4ILG A; 4WWN A; 3R9A B; 3CIA A; 3CST A; 2XEV A; 1PY1 A; 4GTS A; 4JPS A; 5EDS A; 3DSU A; 3FH7 A; 3NAW A; 4UI9 K; 4GMR A; 1K1B A; 3TWV A; 5FJY A; 3OTN A; 3DEO A; 4BSX A; 5G55 A; 3FEX A; 5EIB E; 2BTD A; 2XEE A; 3W9G A; 1FCH A; 3D9O A; 4ACL A; 2J09 A; 1TNY A; 4GCN A; 3HXC A; 1ELR A; 1P5Q A; 2L6B A; 4RG9 A; 5FZR A; 2VQ2 A; 3EHQ A; 4PUC A; 2R2L A; 4F1P A; 4CRW A; 3K9I A; 4G8K A; 4JB8 P; 4MLP A; 4WUY A; 4BFR A; 5BV1 A; 1FPP A; 2J9Q A; 2P9P G; 4MBG A; 4TUU A; 4APO A; 3FUD A; 4ANW A; 3IV0 A; 1S0P A; 5E76 A; 3R7R A; 5EIL A; 3FTW A; 4AXH A; 3HDX A; 3ML9 A; 5BW8 C; 3DPD A; 1ELK A; 1TNU A; 4JW1 A; 3ESL A; 2FO1 E; 1E7U A; 4NQ0 A; 2MOW A; 4TUM A; 3Q7F A; 2LNI A; 4JHK A; 3S7F A; 3ABL E; 4A1G A; 1WM5 A; 4DX5 D; 2IJG X; 2DCP A; 2F8X K; 4RG6 A; 3V31 A; 3FU0 A; 3QWP A; 1WG0 A; 4ATZ D; 2DYR E; 3GZS A; 3WXX A; 1IHB A; 3IBE A; 4CGV A; 3RKV A; 1DCQ A; 1H2U A; 1OWO A; 4M3O A; 2DYS E; 1A17 A; 2R03 A; 4YDO A; 2AXV A; 2WXL A; 1JWG A; 3SBS A; 4BX9 A; 4YDE A; 2WXP A; 3L13 A; 4G25 A; 1U2V G; 2B0O E; 2PL2 A; 4UQZ A; 3UT4 A; 1HXI A; 4B0Z A; 4BTB A; 3KEZ A; 3ESK A; 4GML A; 1N4P A; 3ZEF A; 4W9R A; 3TGO A; 1S64 A; 1D8D A; 1YCS B; 4LUN U; 3G2U A; 2KAT A; 4DLO A; 3ZW3 A; 1N4Q A; 4I6E A; 2OV8 A; 2Y3A A; 2LAH A; 1BI8 B; 5ENS D; 3S2A A; 2J07 A; 2WB2 A; 1YMP A; 3DSS A; 4I9C A; 3BUA A; 5LCW C; 5AJD A; 4GYW A; 4LNB A; 2VYI A; 3TAX A; 2XCC A; 3TWX A; 3ZYK A; 4D10 C; 3ZVV A; 3L82 A; 1TEZ A; 5CED B; 2VTB B; 4F6R D; 5KJL A; 3ONK A; 3KS2 A; 3G2S A; 2HE0 A; 4HBD A; 3Q75 A; 2KZT B; 2X6K A; 4A63 B; 3ABM E; 2XQ0 A; 4GA2 A; 3PZ2 A; 3PE3 A; 3QAR A; 2IU1 A; 3UPV A; 2P9K G; 4K5A B; 3D9L A; 4N39 A; 2WXJ A; 2V4L A; 3ABK E; 3FUL A; 3GW4 A; 4HOQ A; 4XKB A; 2EIK E; 2KM4 A; 4GZ6 A; 2OCC E; 3FTX A; 1OXJ A; 4L1B A; 3PNT B; 3U66 A; 2VSN A; 4RQI A; 1MJ0 A; 1TNZ A; 4DLQ A; 3ONL A; 2WMO A; 4R7L A; 4UQY A; 1H6O A; 1Z3X A; 3Q73 A; 1HX8 A; 1OT8 A; 3V79 K; 2FO7 A; 3MCX A; 3GZ2 A; 3UT8 A; 1TYQ G; 2X6J A; 2XGO A; 2YIN A; 1HZ4 A; 4O1O A; 3E33 A; 2OVF A; 4GPM A; 3DXK G; 1H19 A; 3FTS A; 2H6H A; 1TNO A; 5BPP A; 2DZN A; 4LG6 A; 2A4Z A; 3CHQ A; 5B1A E; 5LFA A; 2VSX E; 3Q15 A; 4OYS A; 3HVE B; 3JYS A; 2X6H A; 3R9M A; 3D9H A; 1MX2 A; 3TWT A; 1JCQ A; 3ISM C; 2QFC A; 2R59 A; 1U3D A; 1X5B A; 1UN9 A; 5FT9 A; 4FLB A; 5AQ9 A; 5CMY A; 4H7X A; 3PNL B; 1TR4 A; 4BTA A; 1HFA A; 4FJZ A; 5CBO A; 4U8H A; 3LYA A; 4JA7 A; 2V4H C; 3R7Q A; 3CVQ A; 5CRV A; 1LD8 A; 3UQ3 A; 3D9N A; 3HXB A; 5EYP F; 3MA5 A; 4UWL A; 3Q78 A; 2EIL E; 3QWW A; 1UJK A; 5BV0 A; 1SZA A; 3TL5 A; 2P9N G; 2DZO A; 3FEY A; 3KSQ A; 1KZP A; 2R5S A; 4GZD A; 1H2T C; 5LCW J; 1KT0 A; 2RD0 A; 3HXE A; 3ZXP A; 3APC A; 3B13 A; 2WXG A; 1B89 A; 2GRR B; 4DUI A; 3ZFW A; 3RO2 A; 4ACK A; 3UIP C; 3NQP A; 3Q9N C; 2H6I A; 3PEU B; 4G1T A; 4UWF A; 2I1K A; 1KPS B; 3APD A; 2JLB A; 3UKR G; 5JA4 D; 4G11 A; 3B7T A; 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2CHX A; 4TV3 A; 4GTM A; 5CBN A; 2XGS A; 4HI9 A; 4E85 A; 3C98 A; 3C3Q A; 3IHY A; 4E6H A; 2KBX A; 2ZGD A; 2VGX B; 2LXL A; 3AG4 E; 2AWI A; 4B8A A; 2KCL A; 2MYO A; 4O1P A; 1MQS A; 2X3M A; 1EDU A; 3MKR A; 2XEN A; 3S7J A; 1D9S A; 4HLL A; 1TN8 A; 1MHQ A; 3LVQ E; 3TG5 A; 4YVQ C; 2J08 A; 3ZYM A; 2WXN A; 2IQC A; 2AW6 A; 3D9I A; 3SFX A; 1NP7 A; 3UMV A; 3S7B A; 5D0Q D; 2CFU A; 2Q7F A; 3DEP A; 2OEV A; 1UOH A; 1O1S A; 2GRP B; 3TWW A; 2CHZ A; 3ZPJ A; 5HRY A; 1E90 A; 5AQA A; 4PS3 A; 5G2N A; 5AYW D; 4BES A; 5HQ8 A; 5ARG A; 1AP7 A; 3PE4 A; 3RRM B; 4P29 A; 1HU3 A; 3UM3 A; 4JZY A; 3IXE A; 4KVO A; 3OXF A; 2WXO A; 4KZ0 A; 3ULQ A; 1MX4 A; 2HYZ A; 5CCL A; 3CEQ A; 3TXN A; 3GZ1 A; 3QOU A; 4BER A; 1K1A A; 3W9F A; 4JL0 A; 3HHM A; 4HRL A; 1BD8 A; 3VLD A; 3OAW A; 4Y6W A; 3FU3 A; 3U9W A; 3UX4 A; 3PH0 C; 3PEV B; 2J49 A; 2IFU A; 4KVM A; 3FUK A; 4CDR A; 2I9C A; 2KCV A; 3TWU A; 1HE8 A; 3ZYQ A; 3L22 A; 3NB2 A; 4FAD A; 4UWK A; 2XZD G; 3T8K A; 2VTB A; 4CGW A; 1OCO E; 2MRI A; 4U04 A; 2KZT A; 4AY5 A; 2ETA A; 3I4R B; 4GYY A; 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