The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
83
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sequence length |
213
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structure length |
213
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Chain Sequence |
TLQFQKNPETAAKMSAYMKHQFVFAGIPAPERQALSKQLLKESHTWPKEKLCQEIEAYYQKTEREYQYVAIDLALQNVQRFSLEEVVAFKAYVPQKAWWDSVDAWRKFFGSWVALHLTELPTIFALFYGAENFWNRRVALNLQLMLKEKTNQDLLKKAIIYDRTTEEFFIQKAIGWSLRQYSKTNPQWVEELMKELVLSPLAQREGSKYLAKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Xray structure of predicted DNA alkylation repair enzyme from Enterococcus faecalis.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Enterococcus faecalis
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| molecule keywords |
hypothetical protein EF3068
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| total genus |
83
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| structure length |
213
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| sequence length |
213
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-09-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08713 | DNA_alkylation | DNA alkylation repair enzyme |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | ARM repeat fold | Hypothetical protein (EF3068) | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ARM repeat domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L9T A; 4X8Q A; 2B6C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P9K G; 5LCW C; 4B94 A; 2F0Y A; 2J9Q A; 1SVX A; 3RRN B; 4HOR A; 4Z68 A; 3AAA C; 2C2L A; 1QNF A; 2Y3A A; 5CHE E; 5BXO A; 3DSX A; 3ZYM A; 3LJ3 A; 4A63 B; 1TNU A; 1ELW A; 3G2S A; 1JCS A; 3UI2 A; 2WXK A; 2UY1 B; 4KVO A; 2DYS E; 3RRM B; 4D10 C; 1UJJ A; 4YDO A; 1V55 E; 4GPK A; 3NQP A; 1OCO E; 4J0U A; 5FQ8 A; 3CIA A; 3FUK A; 2FBN A; 2HM8 A; 3R9M A; 3B7R L; 4J8D A; 4TUM A; 3BQO A; 2OCC E; 3UT7 A; 4HVB A; 2FI7 A; 3RU0 A; 5AYW D; 2CFU A; 2LAI A; 3I4G A; 3MKR A; 2NYJ A; 3FTX A; 5DBK A; 3RK6 A; 3HXB A; 3PZ4 A; 1KT1 A; 4FJZ A; 4HBD A; 4ANV A; 4L2L A; 3APC A; 1TN6 A; 3C3O A; 4EPZ A; 4U0S A; 1Z3Y A; 4DUI A; 1W3B A; 3L17 A; 4I2Z A; 5BPP A; 4RLY A; 4BTA A; 3ZYK A; 1IQU A; 3FUH A; 4CDM A; 3ONK A; 4I1A A; 1OWP A; 1SQM A; 2NC9 A; 2OV8 A; 1LF8 A; 4AXH A; 2R05 A; 3Q9N C; 4U96 D; 3LKU A; 3L9T A; 3UUX A; 3OTN A; 2YNQ A; 2KAT A; 3K9I A; 4AY5 A; 4PUC A; 3T5X A; 2J8S D; 4AOF A; 1N11 A; 2AXV A; 5LOZ A; 3B7B A; 1O1T A; 1ZU2 A; 2X3M A; 4GCO A; 3V79 K; 3HIZ A; 4N3B A; 3O48 A; 2GRQ B; 1JCQ A; 5G2N A; 3QWW A; 2WXQ A; 2RKK A; 1DCQ A; 3SNX A; 4E85 A; 4U95 D; 3V2O A; 4JL0 A; 4ANW A; 3UXG A; 1OWM A; 3AS5 A; 1TJC A; 2F8Y A; 2PZI A; 3FUE A; 2JLB A; 3DXM G; 3FUF A; 5KJN A; 3DPY A; 3ULY A; 4CZ2 D; 2YIN A; 1YCS B; 3L82 A; 2XEH A; 5AQ7 A; 4U8H A; 4EZJ A; 4K03 A; 4EEC A; 2P9L G; 4U63 A; 1DCE A; 5EYP F; 3KS2 A; 5BV0 A; 2LUH A; 3WXX A; 2E2E A; 4GTS A; 4IRU A; 2DZN A; 4BEP A; 4E6H A; 3MZL B; 4WNF A; 2VTB A; 1UN8 A; 2L9B A; 5LFA A; 1V54 E; 5KJK A; 4JW1 A; 1N4P A; 4CCA A; 4N5Q A; 1ELK A; 4C0E A; 1SA4 A; 3L08 A; 1NL4 A; 3ABL E; 1X81 A; 3SY2 A; 2R03 A; 4GZC A; 4DI3 A; 2XEV A; 4UWL A; 2WXO A; 5HKP A; 2GRN B; 4GTT A; 2BED A; 2MOW A; 1E8W A; 4U7E B; 3OXL A; 4GML A; 2AVP A; 4Q94 A; 4YVQ C; 5FJY A; 1IHG A; 2CG3 A; 3HRA A; 4N3C A; 2ZIS A; 4URK A; 3LVR E; 3G2U A; 2AWI A; 1D9S A; 1JWF A; 5M72 A; 3Q73 A; 3TWV A; 3QK0 A; 2BF0 X; 2R59 A; 4DX5 D; 4JB8 P; 3RAU A; 2J08 A; 2A5E A; 1TNO A; 5EX3 A; 1BU9 A; 2GRO B; 3CVQ A; 2IU1 A; 3APF A; 1NI1 A; 4HRN A; 3R7R A; 5G05 C; 4AVX A; 4XI0 A; 3ZW3 A; 3S7F A; 4H7Y A; 3FTV A; 1PAQ A; 3TWR A; 4JEU A; 2P9P G; 4W9R A; 4BTB A; 3FEX A; 4GMJ A; 4YDW A; 5ANL A; 3URZ A; 1TN8 A; 2BUG A; 4GA1 A; 5HRY A; 1E90 A; 3AG3 E; 2KM4 A; 2VJ8 A; 4ABN A; 3ASH A; 2VSO E; 3C3Q A; 5JJT A; 1TN7 A; 2WB2 A; 3SBS A; 2AXU A; 2YHC A; 4OAV B; 3OXF A; 3AU4 A; 1Q2Z A; 2VGX B; 3UM2 A; 5A6C A; 5KCM A; 3FTZ A; 3GYZ A; 1HFA A; 3SGH A; 3DEP A; 3KAE A; 3PDN A; 4BX8 A; 3GZ1 A; 4F6R D; 3SF4 A; 1SA5 A; 3MCX A; 4JA7 A; 3UMV A; 5D66 A; 2XGO A; 1BLX B; 2XPI A; 3S7J A; 4MS6 A; 3PRE A; 5AEN A; 2MYO A; 3V2X A; 4HS2 A; 4ILH B; 1Y6I A; 3MJW A; 3HXE A; 3LXU X; 1U3D A; 3UKR G; 2L6J A; 3EDT B; 4GZ3 A; 2UWJ G; 4L2Y A; 3ZFW A; 3TWX A; 5G04 J; 2YHE A; 2EQX A; 2X6F A; 4HI9 A; 2P9U G; 3S7D A; 3EHN A; 3CEQ A; 3LJN A; 3C98 A; 4I9C A; 1BI7 B; 3ML9 A; 4IYP A; 5HQ8 A; 4FLH A; 3Q49 B; 4BFR A; 1E8Z A; 3E37 A; 4EBA G; 2C0L A; 5B3S E; 5EDS A; 2R17 C; 4BWR A; 3CK9 A; 4CEM A; 4UWF A; 5EIB E; 4GA0 A; 2WXL A; 2ETA A; 3B7T A; 4BT9 A; 1N94 A; 1EYH A; 2I1J A; 2DIW A; 4QQI A; 3VTX A; 3MEK A; 3MKQ B; 5G04 C; 1IHB A; 5B1A E; 3C5R A; 4AP2 A; 4CDR A; 3AS4 A; 2H6I A; 4DX1 A; 5ENO D; 2XGM A; 2QYU A; 3CHO A; 1MX6 A; 2YQ8 A; 1NZN A; 3G2T A; 4UI9 K; 2WXN A; 1OWO A; 2WQ6 A; 2KCK A; 1TNY A; 1WAO 1; 3DEO A; 2I2O A; 4OVV A; 2J49 A; 4GYO A; 5CRV A; 3QB2 A; 4I1O B; 4LSZ E; 4KVM A; 5KJM A; 4F3V A; 5T4Y A; 5DIZ A; 2WMN A; 4G11 A; 4B93 B; 4L7T A; 3W9G A; 4C48 B; 4O6F A; 1B89 A; 3Q78 A; 3RO2 A; 3JXJ A; 5T8I A; 4MRU A; 3KEA A; 4GU5 A; 4TXP A; 4MKT A; 2VGX A; 4K5B A; 1Z6T A; 1AP7 A; 1JUQ A; 3FUM A; 1O5M A; 3FHE A; 4CGW A; 1OT8 A; 4ME2 A; 4U04 A; 1D8D A; 4YND A; 1MJ0 A; 2KZT B; 1N52 A; 4XI9 A; 4RG6 A; 2B0O E; 4U0U A; 4N39 A; 3GZS A; 3ZHE B; 3HG0 D; 1AWC B; 3DSW A; 2DBA A; 3SD5 A; 4YVO A; 4MLP A; 2FF4 A; 5FTP A; 2CFZ A; 4M3O A; 5FZS A; 4PS3 A; 3Q4A B; 2IJG X; 4DJA A; 3IHV A; 3X2Q E; 3SQV A; 5CRU A; 4ATG A; 2NXP A; 1NA0 A; 5EKQ D; 1HU3 A; 3UPV A; 2L0I A; 1EDU A; 3FH7 A; 4WWP A; 4AY6 A; 3TGO A; 1INZ A; 3JXI A; 2X6I A; 4DRX E; 2I6H A; 2X6K A; 3PZD A; 1OWN A; 4HOU A; 3BG1 B; 5ARG A; 2FO1 E; 1YYH A; 1QBQ A; 3PZ1 A; 2AXZ A; 3O4Z A; 4CYM D; 5CCM A; 3Q9U C; 4B8A A; 4O1O A; 3UKU G; 3Q7F A; 5ENN A; 2XS8 A; 2IFU A; 4C0M A; 4Y6W A; 3ASN E; 3NB2 A; 4AM9 A; 3PEV B; 2KCV A; 3B13 A; 4G8L A; 1FVH A; 2XZD G; 3Q7A A; 1MX2 A; 4GB9 A; 3ZYQ A; 5ENT D; 3D9M A; 3SBT B; 3MGB A; 5LX8 A; 5J08 A; 3L22 A; 5AQB A; 3ZXP A; 5EX0 A; 3IKO B; 3Q79 A; 2I1K A; 1UJK A; 4BES A; 2XZT G; 5D2M C; 3G2V A; 4EBA A; 2QYJ A; 3I3N A; 1VDY A; 4FHK A; 4CT0 A; 2EIN E; 4UI9 J; 1LTX A; 2B6C A; 2VSX E; 4GZD A; 3NOC D; 3IHY A; 3NOG D; 3J5Q B; 3CVV A; 1S64 A; 2VGY A; 2Y69 E; 1BI8 B; 5ENS D; 3UQ3 A; 4QFV A; 2V0P A; 5KNH D; 4TRQ A; 2XEN A; 3D9J A; 3TL5 A; 5CEA A; 4J8S A; 4L1B A; 1ZBP A; 3ML8 A; 1U2V G; 3ZPJ A; 4J7W A; 5KWD A; 3EHM A; 3UX4 A; 4PS8 A; 5CBO A; 1WM5 A; 5JJ6 A; 4EZL A; 3CVW A; 3CQG B; 3U3W A; 2FO7 A; 2UY1 A; 2VYI A; 3S7B A; 4DK5 A; 2IF4 A; 4CRW A; 3RJV A; 3ZU7 B; 4K5C A; 3HXC A; 1OCR E; 4G1T A; 2NSZ A; 2F8X K; 3ZHE A; 2EIJ E; 1A17 A; 3PH0 C; 4G24 A; 4G26 A; 4FP7 A; 4KZC A; 2JAB A; 4ATZ D; 3JCK C; 2ION A; 3EIQ C; 4G8K A; 3B7S A; 1DVP A; 3VLE A; 5AQ9 A; 2A5U A; 3CKC A; 4WND A; 3TWT A; 4JA9 A; 4WWN A; 3KD7 A; 4JXT A; 5ARF A; 3FTW A; 4AEZ C; 1NFI E; 4FA6 A; 4HNA D; 5JA4 D; 4BX9 A; 4NUR A; 5AAO A; 2L0T B; 4XEI G; 2V5Q C; 3TXN A; 2HO1 A; 4I17 A; 1HG2 A; 1PC2 A; 1XGW A; 2V5F A; 5ENP D; 4ACK A; 4AIF A; 4JHJ A; 3ZUV B; 4LNB A; 3U64 A; 1HX8 A; 4OYS A; 3MYV A; 3HVE B; 2ETB A; 3FUL A; 2R2L A; 3Q47 B; 1DC2 A; 2ZGG A; 1XNF A; 3VLD A; 2C0M A; 1TR4 A; 2XPY A; 3LS8 A; 1K8K G; 1X5B A; 4FUL A; 4CDN A; 4G2V A; 2P9S G; 5HI7 A; 3BEE A; 3PZ3 A; 4AJW A; 1BD8 A; 4KMO A; 3ASO E; 1H6P A; 1IYG A; 3NAW A; 3FU0 A; 2BKK B; 4NRH B; 5CER B; 2ZU6 B; 1H2U A; 3SFY A; 2WXP A; 3CK8 A; 5ENQ D; 1OY3 D; 4F1S A; 1DNP A; 5ANR A; 4NQ0 A; 4I2W A; 1YMP A; 3C3R A; 3ZNG A; 2WPV A; 3TG4 A; 3W9F A; 2WXM A; 3ZKJ A; 4OVU A; 5D0O D; 4A1G A; 2KCL A; 3ZVV A; 2V4L A; 3U9W A; 4PS7 A; 4WNG A; 3LCA A; 3AS8 A; 1JWG A; 4F1P A; 3OXG A; 4XX5 A; 1MQS A; 1N95 A; 1FCH A; 3BU8 A; 3ONL A; 4O1P A; 1E8Y A; 2GGF A; 3QDN A; 1S0P A; 4WUY A; 1E7V A; 4HQD A; 4J8E A; 5BNW A; 3L16 A; 3ISM C; 2Y4T A; 4IUL A; 3E30 A; 3ASD A; 2MHK A; 3AU5 A; 2H6F A; 2XRY A; 2QC9 A; 1FT2 A; 1N4R A; 3ULE G; 4UQX A; 4N3A A; 3BUA A; 4JPS A; 2WXJ A; 1TJF A; 2HE0 A; 4DX6 D; 4LRZ A; 1Y8M A; 3N71 A; 2XGS A; 4J6I A; 2H6G A; 4EHM A; 3Q15 A; 4BY6 A; 1NA3 A; 2BKG A; 5AIJ A; 3CK7 A; 4U8V D; 2XPZ A; 3ENE A; 1K1A A; 1UG3 A; 2KXP C; 2P9I G; 2X6H A; 4RSY A; 3E34 A; 4LEU A; 2BTD A; 3VLF A; 3R7Q A; 4DX2 A; 1KLX A; 3ABM E; 4HXI A; 2F37 A; 3V30 A; 2H6H A; 3B95 A; 1FPP A; 4MBG A; 3QAQ A; 2V4H C; 3J5P A; 1N9A A; 3D9I A; 3SI5 A; 1WY6 A; 3APD A; 4XKB A; 3I5P A; 1FVF A; 4O60 A; 3FWV A; 2VQ2 A; 3QWP A; 4N2Q A; 3FEY A; 3UT4 A; 2WXF A; 3LY9 A; 1OXJ A; 3LPZ A; 2DVW A; 3FFL A; 4N5C A; 4ACL A; 4ILI A; 3ASF A; 1OUV A; 3CGH A; 4KXK B; 3JYS A; 2WXH A; 1N54 A; 4Q96 A; 5LP0 A; 2RFM A; 5FZR A; 4U07 A; 4BSZ B; 2LNI A; 3ZYL A; 3D3M A; 4LG6 A; 5CCL A; 2AW6 A; 4J8Y A; 5C2Y A; 3WG7 E; 5LCW J; 3ZXS A; 4HLE A; 1HE8 A; 3T5V A; 3FTU A; 3R9A B; 2LAH A; 2CHX A; 3EIJ A; 4ANX A; 3T8M A; 3FUJ A; 3PNT B; 2X38 A; 4FU3 A; 3FTS A; 4BSX A; 3I4R B; 3JUI A; 3TWS A; 3B7U X; 3D9L A; 4B89 A; 1WG0 A; 1O1S A; 3IV0 A; 3IXE A; 3NBN B; 4KYO B; 2XQ0 A; 4YDE A; 5HS0 A; 3DSV A; 1HS6 A; 2VGE A; 3SZ7 A; 3UIP C; 3L13 A; 2DWZ A; 3ABK E; 3UIO C; 3GZ2 A; 4APO A; 4TV3 A; 5BUZ A; 3DSU A; 5AJL A; 4UWG A; 1UN9 A; 2FEZ A; 5EIL A; 2OVF A; 3IBE A; 3HYM B; 4RG9 A; 1P5Q A; 1MYO A; 2R02 A; 3UT8 A; 5JJ7 A; 4HRM B; 1FT1 A; 3FY4 A; 3SFX A; 4GTV A; 5JHB A; 1H19 A; 2IOS A; 4KBQ A; 4HOQ A; 3OAW A; 5G55 A; 3V31 A; 2WVI A; 3UM1 A; 2WM9 A; 3DST A; 1H6O A; 4A55 A; 2PQR A; 2WMO A; 3CST A; 2AJA A; 3PUJ A; 3AG4 E; 2WQ7 A; 2RD0 A; 2A4Z A; 2MRI A; 3TAX A; 4DPR A; 2V8S E; 1QZ2 A; 4Q69 A; 3P1U A; 5FIO A; 2VTB B; 1OCZ E; 3ESL A; 1O1R A; 4GYY A; 2GRM A; 2XHE A; 5CBN A; 2KBX A; 3TWQ A; 4K0R A; 3QOU A; 4GCN A; 5KNG A; 3HXF A; 3SO8 A; 2IOL A; 4A1S A; 3CHQ A; 2J4B A; 4F53 A; 3FUI A; 1TYQ G; 3G2W A; 4HI8 A; 2OEV A; 1SW6 A; 3PE4 A; 3PE3 A; 4JEH A; 1SZA A; 2PL2 A; 4GTM A; 1H6K A; 2EIK E; 5FIN A; 2IQC A; 2PQN A; 2J09 A; 4HOS A; 3MKQ A; 4K5A B; 3CHS A; 3Q75 A; 3EU5 A; 2J07 A; 3T9K A; 1JCR A; 4I6G A; 1PY1 A; 4X8Q A; 1EPU A; 4XKC A; 3UM3 A; 1HH8 A; 4GAA A; 5EID A; 5AN8 A; 1G3N B; 4I6J A; 1H0A A; 5C1D A; 3DSS A; 3LVQ E; 1Z3X A; 1RW2 A; 2WXI A; 4WWO A; 4UQZ A; 2R5S A; 3F6Q A; 4LNG A; 5FQ6 A; 2LO6 A; 4NAC A; 3ZN3 A; 2CG2 A; 4DLQ A; 4LCT A; 3D9K A; 3FU3 A; 3CHR A; 2VSN A; 2RFA A; 5CED B; 1ELR A; 3AG1 E; 4JHR A; 1N4Q A; 1IQR A; 2VSY A; 2DYR E; 3HXD A; 3D9O A; 3CSF A; 3KSL A; 3ZIM A; 1D8E A; 3FU5 A; 5AQA A; 2OVB A; 4JVS A; 2HR2 A; 5IY5 E; 4HB5 A; 5D0Q D; 3FH5 A; 3RO3 A; 1TNB A; 3CKB A; 3CHP A; 1HZ4 A; 1YA0 A; 2KZT A; 3ZGQ A; 1MHQ A; 2CHZ A; 2Q7F A; 5EYL A; 2PM6 A; 4U8Y D; 4UI9 C; 4PH4 B; 3KEZ A; 5H7P A; 3RIB A; 5J90 A; 5FQ7 A; 5FWQ A; 5FQ4 A; 3LDZ A; 3SHF A; 4FC8 A; 3C72 A; 4I1M A; 1L5J A; 5BV1 A; 1TNZ A; 5EN5 D; 3E4B A; 1KPS B; 3FUD A; 5B1B E; 2Y4U A; 4P29 A; 4GPM A; 1KZP A; 3QC1 A; 1E96 B; 4LUN U; 3TJP A; 3E32 A; 5FT9 A; 4HRL A; 4JC8 A; 3EU9 A; 3TWW A; 2RG8 A; 3QAR A; 5JHA A; 4UQY A; 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