The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
250
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structure length |
250
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Chain Sequence |
MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGTHTPDQSTAYMQGTAQADSAFYLQQMQQSSDDTRINWQLLAIRALVKEGKTGQAVELFNQLPQELNDAQRREKTLLAVEIKLAQKDFAGAQNLLAKITPADLEQNQQARYWQAKIDASQGRPSIDLLRALIAQEPLLGAKEKQQNIDATWQALSSMTQEQANTLVINADENILQGWLDLQRVWFDNRNDPDMMKAGIADWQKRYPNNPGAKMLPTQLVNVKAFKPAST
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Elongated Structure of the Outer-Membrane Activator of Peptidoglycan Synthesis LpoA: Implications for PBP1A Stimulation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Penicillin-binding protein activator LpoA
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| total genus |
68
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| structure length |
250
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| sequence length |
250
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UQX A; 5BW8 C; 4N5C A; 4HOR A; 4BTA A; 5KJL A; 1OUV A; 3LCA A; 1P5Q A; 2XEV A; 4N3B A; 4LEU A; 2XGS A; 3K9I A; 4GPK A; 5FJY A; 3ASD A; 4WNE A; 2R5S A; 2FO7 A; 3QKY A; 1XNF A; 3CVN A; 5JJ7 A; 4G2V A; 4JA7 A; 2C0L A; 3KS2 A; 2YHC A; 2XGO A; 4RG9 A; 5G05 J; 2JLB A; 3WXX A; 2HR2 A; 3R9A B; 5A7D B; 4I1A A; 4I9C A; 1YA0 A; 3QOU A; 3ULQ A; 4GZ5 A; 4JL0 A; 5BT1 A; 1E96 B; 4WND A; 4AY6 A; 2KAT A; 5FZQ A; 5JJT A; 3FP3 A; 4N3C A; 3MV2 B; 3SF4 A; 2IF4 A; 3AS5 A; 1ELR A; 4P29 A; 1ZBP A; 4GYW A; 1ZU2 A; 3AS4 A; 3CVQ A; 2VSN A; 3FWV A; 3VTX A; 3GYZ A; 4HOS A; 3O48 A; 4UI9 K; 3RU0 A; 2VGY A; 4BWR A; 3Q49 B; 3S7F A; 4BT9 A; 5KJM A; 3PE4 A; 4CGV A; 2XGM A; 5BNW A; 2PQN A; 3LY7 A; 3URZ A; 2YQ8 A; 3ZHE B; 2KCL A; 5CCM A; 3CK9 A; 3MEK A; 3MV3 B; 3RJV A; 3ZN3 A; 2KCV A; 4J0U A; 5FT9 A; 4U0U A; 5FZS A; 4G24 A; 4XI0 A; 3CV0 A; 2VSY A; 1KT1 A; 2J9Q A; 3CEQ A; 3LYA A; 3OXF A; 4G23 A; 4J8D A; 5FZR A; 4I17 A; 3U4T A; 3ESK A; 3S7B A; 4H7X A; 2GW1 A; 1KLX A; 5G05 C; 4WUY A; 2AVP A; 4I2W A; 3GZ2 A; 5CHE E; 4KXK B; 2WPV A; 3TG5 A; 4YVQ C; 4JHR A; 3QWW A; 3MKR A; 5G04 J; 4IN3 B; 1WAO 1; 2PL2 A; 1PC2 A; 4B94 A; 2UWJ G; 4I2Z A; 2E2E A; 2VQ2 A; 3CK7 A; 2Q7F A; 3ZFW A; 1FCH A; 4YND A; 2L6J A; 5KJN A; 3JYS A; 3RIB A; 1Y8M A; 4A1S A; 1KT0 A; 3U3W A; 2UY1 A; 5FTP A; 5HQ8 A; 2VYI A; 3PDN A; 3GW4 A; 5ARF A; 3EDT B; 3TG4 A; 1TJC A; 3CKB A; 2FI7 A; 3LPZ A; 4G26 A; 3UPV A; 2UY1 B; 1B89 A; 3OXL A; 3BEE A; 2PQR A; 1IYG A; 2DBA A; 2C2L A; 1NA0 A; 3ZPJ A; 3QWV A; 4UQZ A; 5D0Q D; 2Y4T A; 5ARG A; 5EX3 A; 4N3A A; 3KAE A; 4U0S A; 4XIF A; 2FBN A; 5C1D A; 4Y6W A; 3RO2 A; 4HOQ A; 4NRH B; 3RO3 A; 4BTB A; 2VGX A; 2LSV A; 2LNI A; 2FEZ A; 3AS8 A; 3OXG A; 4I9E A; 4GA1 A; 3LY8 A; 4NQ0 A; 3SZ7 A; 3TGO A; 3ASG A; 4WNF A; 5M72 A; 3CK8 A; 5AYW D; 2IFU A; 2BUG A; 4WNG A; 5HI7 A; 5G04 C; 2XPI A; 3NF1 A; 3LY9 A; 2QFC A; 4UI9 J; 4H7Y A; 4U07 A; 3TAX A; 5LCW J; 3CVP A; 2XCC A; 4O6F A; 2XCB A; 2PZI A; 3ZGQ A; 4GCO A; 3Q5M A; 4G1T A; 3PE3 A; 4N2Q A; 2V5F A; 1QQE A; 2WQH A; 4XI9 A; 1WM5 A; 3S7D A; 1HH8 A; 1HXI A; 3UUX A; 4CDR A; 3Q15 A; 3QDN A; 4U04 A; 4F3V A; 4Y6C A; 5DIZ A; 3IEG A; 4U0Z A; 3HYM B; 4KBQ A; 4AIF A; 4HOT A; 3ASH A; 4N39 A; 4J8F A; 4GZ6 A; 4AM9 A; 5EX0 A; 1NA3 A; 3CKC A; 3UQ3 A; 4UQY A; 2MHK A; 3LKU A; 5A6C A; 1NZN A; 1ELW A; 3ASF A; 4AY5 A; 1A17 A; 3CVL A; 3S7J A; 5KJK A; 3N71 A; 4GA2 A; 4HOU A; 2I6H A; 4RG6 A; 4GCN A; 3KD7 A; 5D0O D; 3Q47 B; 2P58 C; 5EKQ D; 4EQF A; 4GZ3 A; 3VTY A; 4GA0 A; 4KYO B; 2Y4U A; 4CGW A; 2KC7 A; 2HYZ A; 3Q4A B; 2C0M A; 4UI9 C; 2OOE A; 3MA5 A; 4ME2 A; 4GYY A; 2FF4 A; 4JA9 A; 5LCW C; 4ABN A; 2HO1 A; 4APO A; 5CCL A; 2LSU A; 3E4B A; 2VGX B; 1IHG A; 5JJ6 A; 2KCK A; 2OND A; 3FFL A; 4GYO A; 2NC9 A; 3GZ1 A; 3ZHE A; 4N2S A; 3QWP A; 4YVO A; 4G25 A; 3RKV A; 1HZ4 A; 4BT8 A; 1W3B A; 4W9R A; 4J8E A; 5DBK A; 1QZ2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FO1 E; 2CFZ A; 4ILI A; 2I9C A; 1TJF A; 3NZU A; 3HXE A; 3FEY A; 5CMY A; 5KJL A; 4M7C A; 3LVQ E; 4FJY A; 3RRU A; 3LCA A; 1IXV A; 3DSW A; 4Q69 A; 2XGS A; 4GML A; 2CHX A; 2B6C A; 2WQ7 A; 1S70 B; 1N0R A; 4LCT A; 4F53 A; 3DSU A; 3ML9 A; 2ZIS A; 1HX8 A; 1SQM A; 2FO7 A; 4TUM A; 3CVN A; 1TR4 A; 4FA6 A; 1UJJ A; 3JUE A; 3KS2 A; 2JLB A; 1OWP A; 4XE0 A; 3WXX A; 3E37 A; 3PH0 C; 2HR2 A; 3UI2 A; 3CQG B; 4I9C A; 2QYJ A; 3CQC B; 2DYS E; 4CCA A; 3KEZ A; 3L17 A; 4AJW A; 1EPU A; 4DK5 A; 1EYH A; 3ULE G; 1BD8 A; 3CHO A; 5FZQ A; 2PM7 A; 3UM1 A; 1Q2Z A; 2KZT A; 2IF4 A; 4J6I A; 1JPL A; 3UM3 A; 3UT4 A; 3CVQ A; 2AW6 A; 3KEA A; 4EZK A; 2VSN A; 3RAU A; 3FWV A; 1EDU A; 4CYM D; 3DXK G; 4ZHB A; 1MHQ A; 2VGY A; 3Q78 A; 3Q49 B; 3DWL G; 4ANV A; 2ETA A; 5E75 A; 5BNW A; 2XEN A; 2H6I A; 3S2A A; 3CK9 A; 3SNX A; 3ZN3 A; 2OVB A; 3E33 A; 4G24 A; 1YCS B; 4XI0 A; 5C2Y A; 3FUI A; 1TNO A; 2VSY A; 2VSX E; 1H2U A; 4L9P A; 4M3O A; 5FZR A; 1E8Y A; 4I17 A; 1TNB A; 3NZS A; 4HBD A; 4EBA G; 1SZ9 A; 4C9B B; 4DX1 A; 5ENR D; 1HFA A; 4GTM A; 4PH4 B; 3AU5 A; 5CHE E; 1INZ A; 4JHR A; 3MKR A; 1JCQ A; 3E32 A; 2A4Z A; 2YHE A; 4LNB A; 5ENQ D; 2PL2 A; 4F6R D; 2UWJ G; 3IHV A; 4I2Z A; 2F8X K; 3NOG D; 1IKN D; 1FCH A; 1AP7 A; 5KJN A; 3JYS A; 2WVI A; 2RFM A; 1TN7 A; 3U3W A; 2P9P G; 2VYI A; 3ONL A; 3MZL B; 4JD2 G; 4IUL A; 1U2V G; 1E8W A; 1N4R A; 2UY1 B; 2CHZ A; 1B89 A; 2DCP A; 3QAQ A; 3BEE A; 4KMO A; 2AXU A; 4A3V A; 1NA0 A; 2XS1 A; 2WXK A; 3G2W A; 4EZJ A; 5D0Q D; 4PUC A; 5EX3 A; 4UWL A; 2BED A; 3D9P A; 1NP7 A; 4U0S A; 3JQ1 A; 4HXI A; 2CG3 A; 2VGE A; 2Y1L E; 3RO3 A; 2LNI A; 2GRP B; 4EHM A; 5BV1 A; 2KZT B; 3PRZ A; 4G8L A; 3U64 A; 4DLQ A; 3SZ7 A; 5ENO D; 1UG3 A; 3ASG A; 2WXH A; 4WNF A; 3AAA C; 3CVY A; 3NBN B; 1MJ0 A; 4FU3 A; 5M72 A; 4YDO A; 3Q73 A; 2BUG A; 4WWO A; 1ZB1 A; 4WNG A; 3DRA A; 1IQU A; 3QNK A; 1N9A A; 3EJN A; 3NF1 A; 4UI9 J; 3B7U X; 1SA5 A; 1X5B A; 1OT8 A; 2A5E A; 4TXR A; 1S63 A; 3FTY A; 3LS8 A; 5CMW A; 4BSZ B; 1BI7 B; 3JCK C; 4DX5 D; 4G11 A; 2X6K A; 2EIM E; 2WQH A; 3RSE G; 1O1S A; 3BG1 B; 4WWP A; 3R7R A; 3S7D A; 3C98 A; 4ACL A; 1HH8 A; 2H6F A; 4CZ2 D; 2KM4 A; 3VLE A; 2ETC A; 5AJL A; 1BU9 A; 2MYO A; 2X6H A; 3J5P A; 3IEG A; 5DIZ A; 3HYM B; 4AIF A; 4HOT A; 3ASH A; 3MGB A; 3QK0 A; 4GZ6 A; 3ZVV A; 5EX0 A; 1JCR A; 4APF A; 1FVF A; 3UQ3 A; 4WWN A; 5A6C A; 3DXM G; 4F1S A; 4JVS A; 3PUK A; 2X6F A; 4AOF A; 3EUV A; 1A17 A; 2WXL A; 5KJK A; 4TV3 A; 3FUF A; 4TXP A; 2IO3 C; 5BV0 A; 4GCN A; 4F7A A; 4GPM A; 1MX2 A; 3DEP A; 3VTY A; 3JXI A; 4GA0 A; 2Y4U A; 4CGW A; 2KC7 A; 2IOS A; 2C0M A; 4UI9 C; 3MYV A; 3FUE A; 4DPR A; 1OWN A; 5ENS D; 3AG1 E; 4GYY A; 2FF4 A; 3IXE A; 3CSF A; 3PNL B; 5JA4 D; 3PEV B; 5LFA A; 2NC9 A; 2XPY A; 3DST A; 1E7U A; 3L22 A; 2XRZ A; 1WDY A; 3ZHE A; 4BX9 A; 2LO6 A; 1H6O A; 4I1M A; 4DLO A; 5EDS A; 1O1T A; 4BEP A; 4RSY A; 4GTO A; 4BT8 A; 1XGW A; 1UW4 B; 4W9R A; 4J8E A; 1QZ2 A; 4U8V D; 3RRN B; 5CEC B; 4E85 A; 2J8S D; 2R05 A; 1DC2 A; 1MYO A; 2ZIR A; 4N5C A; 3TWR A; 3ASN E; 3G2T A; 3FTW A; 1IQR A; 3ABL E; 1U3D A; 5EIL A; 1D8D A; 4AEZ C; 1GW6 A; 2GRN B; 4BET A; 4LEU A; 3VLF A; 3PZ3 A; 3K9I A; 2GRO B; 1H2T C; 2XZD G; 3UM0 A; 4WNE A; 4OVU A; 3C3R A; 4J8S A; 4ILH B; 4Q96 A; 2J09 A; 4YDE A; 2YHC A; 5E76 A; 4DUI A; 3HIZ A; 1SA4 A; 3IKO B; 2L0I A; 3TWQ A; 3B7S A; 3R9A B; 5FIO A; 4ANW A; 4JW1 A; 4XX5 A; 4DI3 A; 3BG0 B; 5AJD A; 5EN5 D; 4AY6 A; 5G55 A; 1N4P A; 1UJK A; 2EQX A; 3FUD A; 3SF4 A; 3AG3 E; 3FTS A; 2GRL A; 4FAD A; 3AS5 A; 1ELR A; 3FH5 A; 2DZN A; 4HVB A; 1ZU2 A; 2XRY A; 2R02 A; 3VTX A; 3Q9N C; 4GU5 A; 5B3S E; 3O48 A; 1LD8 A; 3C72 A; 4UI9 K; 3RU0 A; 4BWR A; 4URK A; 5KJM A; 2XGM A; 3URZ A; 2YQ8 A; 5FQ6 A; 3ZHE B; 2KCL A; 2CHW A; 3RJV A; 3FUJ A; 3D9J A; 4U0U A; 2ZGD A; 4BES A; 5FZS A; 1EF1 C; 2XQ0 A; 5CRU A; 4KT6 B; 4G23 A; 4J8D A; 3R9M A; 4C0M A; 5H7P A; 2J4B A; 5ITZ F; 4H7X A; 3AG4 E; 4GTP A; 4HNA D; 5FQ7 A; 3FY4 A; 5HS0 A; 4WUY A; 4I2W A; 4KXK B; 1OWO A; 2WPV A; 4YVQ C; 3EU5 A; 4IYP A; 3T8K A; 5CED B; 3ZKJ A; 4IN3 B; 1WAO 1; 5HKP A; 1PC2 A; 1D9S A; 5HRY A; 3CK7 A; 2Q7F A; 1WG0 A; 1Y8M A; 4G8K A; 1N11 A; 4JEU A; 1FVH A; 2UY1 A; 1TN6 A; 5FTP A; 3IBE A; 4AV7 A; 3PDN A; 5HQ8 A; 4FC8 A; 3PVL A; 3ZW3 A; 3RK6 A; 5ARF A; 2FI7 A; 5FIN A; 3LPZ A; 1OY3 D; 5T3R A; 4FHJ A; 4G26 A; 3UPV A; 4GTQ A; 3L13 A; 2PQR A; 3U9W A; 1SVX A; 3WG7 E; 3ZPJ A; 5JHA A; 4HS2 A; 1L5J A; 2GRM A; 4BSX A; 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