The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
154
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structure length |
154
|
Chain Sequence |
DLGKKLLEAARAGQDDEVRILMANGADVNASDHVGWTPLHLAAYFGHLEIVEVLLKNGADVNADDSLGVTPLHLAADRGHLEVVEVLLKNGADVNANDHNGFTPLHLAANIGHLEIVEVLLKHGADVNAQDKFGKTAFDISIDNGNEDLAEILQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Designed ankyrin repeat protein binders for the crystallization of AcrB: Plasticity of the dominant interface
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Acriflavine resistance protein B
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| molecule tags |
Transport protein/protein binding
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
32
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| structure length |
154
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| sequence length |
154
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| chains with identical sequence |
E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AWC B; 1K1B A; 4RLY A; 4LG6 A; 4ATZ D; 5ENT D; 5D66 A; 3ZU7 B; 2ETB A; 2DZO A; 3NOG D; 1SW6 A; 2DZN A; 5ENP D; 3T9K A; 3B7B A; 3F6Q A; 4DUI A; 4UUC A; 2XZT G; 5BXU A; 4BEP A; 5AQ9 A; 4U8Y D; 5BXO A; 4HNA D; 4DRX E; 4G8L A; 4DX1 A; 4BER A; 4ZHB A; 5KBA A; 1S70 B; 5EIL A; 4K5B A; 1DC2 A; 2A5E A; 2QYJ A; 4DX2 A; 4Z68 A; 5AQA A; 4U95 D; 5ENQ D; 1IKN D; 1BI8 B; 1MX2 A; 4DX7 D; 4DX5 D; 3V31 A; 3TWX A; 5ENR D; 3Q9N C; 5EIB E; 1N0R A; 5KWD A; 2B0O E; 3AJI A; 2FO1 E; 4HI8 A; 4DX6 D; 2NYJ A; 1TR4 A; 2PNN A; 2QC9 A; 3C5R A; 4F1P A; 1K3Z D; 1QYM A; 2V5Q C; 5AN8 A; 3EU9 A; 1D9S A; 2RFA A; 3KEA A; 4O1O A; 3TWS A; 3NOC D; 1BU9 A; 3Q9U C; 5EN5 D; 3J5Q B; 5KNG A; 3V2X A; 1MYO A; 5CEC B; 1A5E A; 4K5C A; 4J7W A; 5AQB A; 1NFI E; 2VGE A; 1MX6 A; 3TWQ A; 3ZNG A; 4BSZ B; 3V79 K; 2V4H C; 3DEO A; 4NIK A; 3AAA C; 1DCQ A; 5EYL A; 5HS0 A; 4CZ2 D; 1IXV A; 3HRA A; 3TWV A; 4QFV A; 1AP7 A; 3JUE A; 3T8K A; 5HKP A; 1OT8 A; 5FIN A; 2XEH A; 3LJN A; 3TWW A; 4C48 B; 4F6R D; 2XEE A; 5JA4 D; 1SVX A; 2ZGG A; 4ZFH A; 4HLL A; 4N5Q A; 4GMR A; 3ZUV B; 4YDW A; 3TWR A; 4CYM D; 3SO8 A; 2P2C P; 3UI2 A; 4GPM A; 4A63 B; 4BES A; 3B95 A; 4HI9 A; 2AJA A; 3J5P A; 5ITZ F; 5HRY A; 5CEA A; 4LNU D; 2KBX A; 5CED B; 5ENS D; 5AAR A; 1IHB A; 3D9H A; 5KNH D; 2RFM A; 4G8K A; 3NBN B; 1N11 A; 4B93 B; 3V30 A; 3DEP A; 2L6B A; 1MJ0 A; 3V2O A; 5AAO A; 2Y0B G; 2Y1L E; 3EHR A; 1OY3 D; 5ENO D; 3W9G A; 1G3N B; 3JXJ A; 1K1A A; 4HB5 A; 5EYP F; 3EHQ A; 1YYH A; 3TWU A; 4OAV B; 1WG0 A; 4JB8 P; 2DVW A; 3JXI A; 4J8Y A; 3HG0 D; 1YCS B; 4QQI A; 2JAB A; 5EID A; 1N0Q A; 2ETC A; 4HRN A; 1UOH A; 4O60 A; 4HBD A; 5JMN D; 5CBN A; 4K5A B; 1WDY A; 2XZD G; 3IXE A; 5CER B; 2BKG A; 2J8S D; 4BET A; 4U8V D; 4O1P A; 4HQD A; 2ZGD A; 4U96 D; 1BLX B; 4HRM B; 2ETA A; 3W9F A; 2MYO A; 1BD8 A; 2BKK B; 1MX4 A; 2XEN A; 5FIO A; 3UXG A; 2F8X K; 4OAU C; 5CBO A; 1BI7 B; 4HRL A; 3TWT A; 2F37 A; 4LSZ E; 2DWZ A; 5AQ7 A; 3UTM A; 2F8Y A; 2KXP C; 4TUM A; 2HE0 A; 1YMP A; 4YDY A; 3ZKJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DI3 A; 5ENT D; 2LO6 A; 4F7A A; 2UWJ G; 1KZP A; 2XGS A; 1HFA A; 4DUI A; 1WAO 1; 5BXU A; 3ESK A; 4EBA G; 4G8L A; 2WXJ A; 2OVB A; 1HXI A; 2OND A; 2P58 C; 3EHM A; 3UT8 A; 1ELR A; 3SY2 A; 3ZPJ A; 5A23 A; 3LY9 A; 2NYJ A; 3MV3 B; 3ZYL A; 3U66 A; 3CHQ A; 4B8A A; 5HQ8 A; 3C98 A; 3SF4 A; 3E37 A; 1MX6 A; 3DEO A; 2OEV A; 3AAA C; 3PRZ A; 3CHM A; 2GRL A; 2WMN A; 3NF1 A; 4JC8 A; 1KLX A; 4BES A; 3B95 A; 3UX4 A; 3ISM C; 2WXO A; 3OXG A; 3DEP A; 3UKR G; 2PM6 A; 3EHQ A; 3TWU A; 4UWL A; 4IYP A; 1WG0 A; 3GZ2 A; 4DI4 A; 5CER B; 3CVP A; 2L0T B; 2X6F A; 3FUD A; 1OCO E; 4Q96 A; 3B7U X; 2J08 A; 2Y69 E; 3DPY A; 4WWP A; 4IRU A; 4UWH A; 5CBO A; 2L6J A; 4I1A A; 3HXB A; 5FTP A; 3RU0 A; 4MBG A; 3L6A A; 2GGF A; 3E30 A; 4UUC A; 5AQ9 A; 5BXO A; 2XPI A; 4EQF A; 5KCM A; 5KJM A; 3GYZ A; 4HFG A; 4WND A; 3NZU A; 4Q69 A; 3FUI A; 2QFC A; 1UN8 A; 2BTD A; 4I6E A; 1QYM A; 3KAE A; 2MOW A; 5B3S E; 1EDU A; 3KSQ A; 3Q7A A; 3HRA A; 3CKB A; 3CVU A; 3T8K A; 3SFX A; 3FU0 A; 3U4T A; 4GTV A; 3FHE A; 3DSX A; 3CGH A; 4G23 A; 2KCV A; 3FFL A; 3S7J A; 2BED A; 1VDY A; 1H6K A; 1DCE A; 5LX8 A; 4URK A; 2Y4U A; 3FTU A; 4JB8 P; 4J8Y A; 2V4L A; 3CVQ A; 3NB2 A; 1QNF A; 1MQS A; 3R9M A; 5E75 A; 4ABN A; 4KYO B; 2AXV A; 2C0M A; 3CK7 A; 4BET A; 3B7S A; 4V3I A; 4FLH A; 3FDH A; 1UJK A; 1XGW A; 3ZHE B; 3L13 A; 1BI7 B; 5G55 A; 3T5V A; 4M3O A; 3CHO A; 3K9I A; 1K1B A; 2VSY A; 4L2Y A; 2WM9 A; 3UM0 A; 2I6H A; 1B89 A; 2R02 A; 4JA9 A; 3RKV A; 4JZY A; 2J9Q A; 3BUA A; 1IYG A; 3ESL A; 3NZS A; 5LCW C; 3DRA A; 4A1S A; 2L9B A; 3TAX A; 2YHC A; 3AG2 E; 2LSV A; 4PS7 A; 1FT1 A; 4HI8 A; 2WXM A; 3DST A; 2VTB A; 4PS8 A; 1TEZ A; 4BTB A; 3VTX A; 4W9R A; 3ZW3 A; 4ME2 A; 3J5Q B; 5BNW A; 4GCN A; 4Y6C A; 2WXK A; 3GW4 A; 3DSW A; 4F6R D; 4AM9 A; 4N5Q A; 3ASH A; 4FJY A; 2AJA A; 4I9E A; 4J6I A; 3FUE A; 5ANR A; 3OAW A; 2XHE A; 1HG2 A; 3PZ1 A; 2KCK A; 5BV0 A; 2DCP A; 2XS8 A; 4WNF A; 2NC9 A; 2ETC A; 1UOH A; 4XE0 A; 2CFZ A; 3AU5 A; 2XZD G; 3Q5M A; 3S7B A; 4OVU A; 4GTP A; 2VGX A; 3UXG A; 2AW6 A; 4U0S A; 3MJW A; 1NA0 A; 4I1M A; 3D3M A; 2QYU A; 2HE0 A; 1Q2Z A; 4L9P A; 3L9T A; 1YA0 A; 1JCS A; 2XZT G; 5ANL A; 3UT4 A; 3UIN C; 2C0L A; 1HU3 A; 4RSY A; 1SZ9 A; 2VJ8 A; 2QYJ A; 2P9U G; 4CGV A; 5ARG A; 4N5C A; 1DVP A; 4XX5 A; 3AJI A; 4KMO A; 4IUL A; 2QC9 A; 1EYH A; 5G2N A; 3Q9U C; 3QKY A; 3G2V A; 3ZIM A; 4TXP A; 3T8M A; 3TWQ A; 3JYS A; 3AS5 A; 4RVB A; 3FU6 A; 3R9A B; 3ZGQ A; 4C48 B; 1OWP A; 4YDW A; 3TJP A; 3B13 A; 4LNB A; 5DIZ A; 1LF8 A; 2WXF A; 1OUV A; 4YVQ C; 1LTX A; 5AAR A; 3KEZ A; 2VGY A; 3FUN A; 4G8K A; 3EHR A; 5D0O D; 4J0U A; 2CHX A; 3PEV B; 3JXJ A; 4HB5 A; 3NAW A; 4AY5 A; 3ML9 A; 3QAR A; 1RW2 A; 2WXH A; 4UI9 C; 5JMN D; 2WVI A; 2EIJ E; 4UWG A; 3PRE A; 3QAQ A; 3ASO E; 2P9N G; 2XRZ A; 1BD8 A; 4GZ6 A; 2GRM A; 3HXE A; 4FP7 A; 1UG3 A; 5ARF A; 3LCA A; 2WXL A; 4ILI A; 2DZO A; 3UMV A; 1O1T A; 1N4P A; 4GU5 A; 2ZU6 B; 1Z3Y A; 4BEP A; 1LD7 A; 3Q78 A; 4FLB A; 1XNF A; 2R03 A; 2BUG A; 4PDX A; 3L22 A; 2P9S G; 1W3B A; 2XRY A; 3CVY A; 3TWX A; 5ENR D; 2OCC E; 5CMY A; 5D2M C; 4GPK A; 2XGO A; 3UQ3 A; 1D8D A; 5C2Y A; 4J8D A; 1Z5S C; 5BUZ A; 1A5E A; 3BQO A; 3DXK G; 1H2V C; 3MZL B; 5B1A E; 5BV1 A; 4YVO A; 5EX3 A; 3TWV A; 5CCM A; 4DPR A; 2WB2 A; 4DJA A; 1FVH A; 3LPZ A; 3FTV A; 3LEW A; 3CHR A; 3UIO C; 3APC A; 3RRM B; 5M72 A; 3MX3 A; 4P29 A; 4MKT A; 1YYH A; 4I43 A; 4JA7 A; 1V55 E; 3CK9 A; 3ONL A; 4QQI A; 4G11 A; 1NP7 A; 2LXM A; 2E0I A; 3I4R B; 4JHR A; 3D9L A; 4AXH A; 1Y6I A; 2LNI A; 2OOE A; 4NRH B; 5FQ4 A; 1MX4 A; 4B0Z A; 2J4D A; 2AVP A; 1OXJ A; 4HS2 A; 5AQ7 A; 4BSX A; 4K0R A; 3Q15 A; 3EHN A; 1S0P A; 2Y4T A; 1TN8 A; 4O6F A; 3BG0 B; 3FUM A; 5JJ6 A; 3GZ1 A; 2MHK A; 4BER A; 1N4Q A; 3FTS A; 1BI8 B; 2M63 A; 2I1J A; 2NXP A; 4KT6 B; 4AOF A; 1U3D A; 1L5J A; 4ANW A; 4I9C A; 2FEZ A; 2JEK A; 3MKQ A; 4G2V A; 3FUF A; 4BSZ B; 4HOR A; 4KBQ A; 5EX0 A; 3FTY A; 1FCH A; 4N39 A; 2J07 A; 4QFV A; 4BFR A; 2R59 A; 4EBA A; 4UQZ A; 3Q75 A; 4TRQ A; 2ZIS A; 3KSL A; 2GW1 A; 2GRQ B; 3J5P A; 3D9J A; 5G04 C; 3LY7 A; 5BPP A; 5DBK A; 4GA1 A; 2OVF A; 3IBE A; 4OVV A; 4XKB A; 2GRR B; 2XPY A; 1N0Q A; 1EPU A; 3MGB A; 3TG5 A; 2J8S D; 4HOU A; 1NZN A; 1IQU A; 1BLX B; 4L23 A; 5LOZ A; 2IO3 C; 3SBT B; 2DWZ A; 4YND A; 5JJT A; 4GYW A; 3UM1 A; 4I6J A; 4U0Z A; 3CVW A; 3ENE A; 3NOG D; 1E90 A; 1KT1 A; 3ZXP A; 4B8C B; 2R2L A; 3TXN A; 3SFZ A; 3DSU A; 5CRU A; 3QC1 A; 3PZD A; 4AVX A; 3D9I A; 3CLJ A; 2GRO B; 2LXL A; 3DWL G; 1OCC E; 4U07 A; 4AIF A; 3RJV A; 5AYW D; 2IJG X; 2FF4 A; 2FO7 A; 1TR4 A; 3TXM A; 1D9S A; 3FWV A; 3AU4 A; 4A3T A; 1MYO A; 1V54 E; 2XCC A; 2CHZ A; 1PC2 A; 1O5M A; 5AQB A; 3ZNG A; 2YQ8 A; 4G1T A; 4CZ2 D; 2B6C A; 2WPV A; 5FIN A; 2XEH A; 4I1O B; 2DYR E; 3PS6 A; 1S63 A; 4GMR A; 2FBN A; 1SZA A; 3TWR A; 2XEV A; 2FUL A; 1H6P A; 5ITZ F; 2ZIR A; 1UN9 A; 3FTZ A; 1H2T C; 4TUU A; 5CCL A; 1HF8 A; 3V30 A; 1OWN A; 4RG6 A; 4EZL A; 5LCW J; 3HXD A; 1S64 A; 4AJW A; 4CEM A; 3G2W A; 1JPL A; 1WDY A; 1N9A A; 1H2U A; 1D8E A; 4I6G A; 3LJ3 A; 3NQP A; 3FUH A; 1N4R A; 5CHE E; 3EU5 A; 1E8Z A; 4TXR A; 5G05 C; 2X38 A; 1KT0 A; 5FIO A; 1GW6 A; 4C0E A; 3SZ7 A; 4TUM A; 2KM4 A; 4YDY A; 3ULQ A; 3SD5 A; 1TNO A; 3SQV A; 1E8X A; 5EKQ D; 1K8K G; 1Z3X A; 2RKK A; 2J4B A; 3B7R L; 3ZYM A; 5EDS A; 4DX1 A; 2XGM A; 5HI7 A; 3JQ0 A; 1QZ2 A; 5JHB A; 1DC2 A; 4AV7 A; 3SFY A; 4LNG A; 2B0O E; 5D0Q D; 3O4Z A; 2WXR A; 4JXT A; 4DX6 D; 3JUI A; 2A4Z A; 2A5U A; 4B94 A; 1OCZ E; 4X8Q A; 4D10 C; 4TXQ A; 1PAQ A; 3TG4 A; 4GA0 A; 2VTB B; 2Q7F A; 3TWW A; 4HLE A; 5JA4 D; 2ZGG A; 4GCO A; 3MA5 A; 3SO8 A; 1NL4 A; 3AG1 E; 3LY8 A; 5HRY A; 4LRZ A; 3UT7 A; 3CVX A; 4ILG A; 4U63 A; 5ENO D; 3ML8 A; 3ABM E; 3L54 A; 3AS8 A; 4JW1 A; 2XPZ A; 1YCS B; 3PEU B; 4FHJ A; 3QWV A; 1Z6T A; 3HVE A; 2H6F A; 4O60 A; 4L1B A; 3LYA A; 4HQD A; 2EIN E; 2ZXW E; 4B89 A; 3Q49 B; 3EDT B; 3W9F A; 4FUL A; 2WXI A; 2F8X K; 3Q47 B; 4HRL A; 1RZ4 A; 3G2S A; 3ABL E; 3C3Q A; 4GYO A; 1QQE A; 3ZU7 B; 2VGX B; 3T9K A; 1OCR E; 4GB9 A; 3CKC A; 4JL0 A; 5KBA A; 2L0I A; 4K5B A; 2KZT A; 2I1K A; 4Z68 A; 3EIQ C; 1IKN D; 2PQN A; 2EQX A; 4KZC A; 1N0R A; 3G2U A; 4UI9 J; 2J09 A; 2PNN A; 4I2W A; 1K3Z D; 2E2E A; 3EIJ A; 3FUK A; 3KEA A; 2VQ2 A; 3RRN B; 4LER A; 4APO A; 4J7W A; 3ONK A; 1HX8 A; 2V4H C; 4G24 A; 3CK8 A; 3PNL B; 4J8E A; 1X81 A; 3LDZ A; 4BWR A; 3PZ3 A; 3TL5 A; 3ZFW A; 4FA6 A; 2P2C P; 4CDM A; 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