The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
156
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structure length |
156
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Chain Sequence |
ADVSTFLAFPSPEKLLRLGPKSSVLIAQQTDTSDPEKVVSAFLKVSSVFKDEATVRMAVQDAVDALMQKAFNSSSFNSNTFLTRLLVHMGLLKSEDKVKAIANLYGPLMALNHMVQQDYFPKALAPLLLAFVTKPNSALESCSFARHSLLQTLYKV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Determinants of small ubiquitin-like modifier 1 (SUMO1) protein specificity, E3 ligase, and SUMO-RanGAP1 binding activities of nucleoporin RanBP2.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SUMO-conjugating enzyme UBC9
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| molecule tags |
Ligase/isomerase/protein binding
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
50
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| structure length |
156
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| sequence length |
156
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5D2M C; 3UIP C; 2GRP B; 2GRN B; 3UIN C; 2GRR B; 2IO3 C; 1KPS B; 1Z5S C; 2GRQ B; 2IY0 C; 2GRO B; 3UIO C; 2IO2 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 5JMN D; 3JCK C; 3Q15 A; 3CST A; 2OND A; 3HYM B; 3TWS A; 5FZQ A; 1HG5 A; 3E4B A; 1QYM A; 3CQC B; 3PZ2 A; 3RRU A; 4JVS A; 4MLP A; 1E8Z A; 2RFA A; 4J8E A; 3GW4 A; 4RVB A; 4HOT A; 3ULE G; 3ASF A; 2RFM A; 4CT4 A; 4I1O B; 2P58 C; 4CGV A; 1MX2 A; 5KJM A; 4GPM A; 3DST A; 2E0I A; 4G24 A; 4GTT A; 1UG3 A; 3FEY A; 5FQ6 A; 2XPI A; 2I6H A; 2VGY A; 2RKK A; 3ZHE A; 3DSU A; 1S64 A; 4HQD A; 2VTB B; 2ZGG A; 2FO1 E; 1OCZ E; 4LUN U; 2KZT A; 1UOH A; 4GYW A; 3CLJ A; 3FFL A; 3FUD A; 1H6K A; 2WXI A; 4G1T A; 2FI7 A; 2XRY A; 3SO8 A; 5EID A; 3MKQ A; 3G2V A; 3I4G A; 1TNO A; 5T8I A; 3UT8 A; 4U0Z A; 2E2E A; 1OCR E; 4GZC A; 3AG4 E; 3V30 A; 1N11 A; 4R7L A; 4Q69 A; 3CHM A; 3D9L A; 4LNB A; 4UI9 J; 1JCR A; 3Q73 A; 4HRL A; 4K5B A; 3Q7A A; 3SBS A; 3FUJ A; 3PVL A; 3MA5 A; 1HFA A; 4MS6 A; 3SGH A; 3C5R A; 2ZGD A; 5EYL A; 1OWP A; 1WDY A; 4RG6 A; 4A1G A; 3CVY A; 5E75 A; 4G23 A; 3EU5 A; 4GZ6 A; 4JHK A; 4XKB A; 3UKU G; 5G2N A; 3LVQ E; 3UUX A; 3RO3 A; 3FH5 A; 5HQ8 A; 4ANW A; 3FTV A; 3AS4 A; 4EHM A; 4G8L A; 3APD A; 4I9E A; 2J09 A; 3C3Q A; 2XGM A; 2ZIS A; 1RW2 A; 2HR2 A; 3CHP A; 1UJJ A; 3CK7 A; 1LD8 A; 2MRI A; 1HS6 A; 2A5E A; 1NA3 A; 3VTY A; 2XZT G; 3K9I A; 1FCH A; 2P9L G; 3TAX A; 3CK8 A; 3GYZ A; 3DPY A; 4U07 A; 3PDN A; 3PNL B; 3SF4 A; 2GRP B; 3L16 A; 5CCM A; 3OXG A; 3D9N A; 3VLF A; 5EN5 D; 3L13 A; 3TWR A; 2EQX A; 2ZU6 B; 1EYH A; 4Y6W A; 4PS3 A; 1K3Z D; 2OEW A; 5D2M C; 1GW6 A; 3ZRH A; 4KBQ A; 3CSF A; 3NOC D; 2L9B A; 1TNY A; 3CR3 A; 3E33 A; 4GB9 A; 3Q75 A; 5LCW J; 4FU3 A; 3D9O A; 3RJV A; 3MV2 B; 2WXL A; 4ILH B; 3SFZ A; 2DWZ A; 1HO8 A; 4C9B B; 3S2A A; 4UQY A; 1EDU A; 4LEU A; 4BSZ B; 4FJY A; 2X6F A; 3FTX A; 1X81 A; 4HI8 A; 1Z6T A; 3AAA C; 3SI5 A; 2Y0B G; 4JA7 A; 3I3N A; 1A17 A; 5CMY A; 2WM9 A; 2LXL A; 2P9U G; 2XGS A; 4XI0 A; 1JWG A; 3PE4 A; 4PUC A; 2OCC E; 2R2L A; 1TN7 A; 1O1R A; 3S7B A; 3FUM A; 2X6I A; 2M63 A; 5CMW A; 3MCX A; 3G2W A; 4AP2 A; 4HB5 A; 2X6K A; 2WXN A; 2VGX B; 4EZL A; 4CYM D; 4F7A A; 3ZYQ A; 5CBN A; 5AQ7 A; 4HVB A; 1IHG A; 4CCA A; 5G55 A; 4QQI A; 1YMP A; 4ATZ D; 1OXJ A; 4LNU D; 1U3C A; 2XGO A; 2WXH A; 4YDW A; 2KAT A; 3ASG A; 4A63 B; 3IHV A; 2H6F A; 1H0A A; 2XCC A; 3DSX A; 2MOW A; 3LEW A; 3U66 A; 3JQ1 A; 5C2Y A; 4JB8 P; 2WPV A; 3ZYM A; 3PE3 A; 2AW6 A; 5FIO A; 4UI9 K; 5CCL A; 4EPZ A; 5EYP F; 2IO2 C; 1PAQ A; 3B7T A; 3FU3 A; 4GZ5 A; 3ZUV B; 3UPV A; 4H7X A; 4BFR A; 1MJ0 A; 4LER A; 3ISM C; 1FT1 A; 3RKV A; 3L22 A; 4WAF A; 3KEZ A; 2VTB A; 3R7Q A; 2RG8 A; 1SZA A; 2XEV A; 3ZHE B; 5HRY A; 4GTQ A; 1NI1 A; 4CZ2 D; 1Y8M A; 3KEA A; 4APO A; 5IY5 E; 2PM7 A; 3AS5 A; 3FTZ A; 3APF A; 4GZD A; 3UQ3 A; 3ZKJ A; 3MKR A; 4O1O A; 4L1B A; 3UT4 A; 2KZT B; 3IBE A; 2C0L A; 4EBA G; 3TXN A; 3RIB A; 1D8D A; 2WXR A; 3EHM A; 2YHE A; 2NXP A; 3MKQ B; 3O4Z A; 3OXF A; 3ABK E; 2X6J A; 4F53 A; 3TWW A; 4V3I A; 4JHR A; 4Q96 A; 1JUQ A; 2ETB A; 5BUZ A; 3AU4 A; 4XE0 A; 2R17 C; 3DXM G; 4GCN A; 5ANL A; 5ANR A; 1IQU A; 3OXL A; 3IHY A; 1OT8 A; 2KC7 A; 5CRU A; 4ZHB A; 3D9J A; 4GMJ A; 4JZY A; 2VSY A; 5LFA A; 4G2V A; 3B7R L; 3ZYL A; 3GZ2 A; 1IQR A; 3Q78 A; 5M72 A; 3SNX A; 3SQV A; 1UJK A; 3DEO A; 2J9Q A; 2ZXW E; 4IN3 B; 1HZ4 A; 4U96 D; 2DBA A; 3CVV A; 3W9F A; 4KMO A; 4K0R A; 4IRU A; 1E7V A; 2LAI A; 3QKY A; 3S7D A; 5CHE E; 4BT9 A; 4OVV A; 5HS0 A; 2L0I A; 2ETA A; 4XZ4 A; 3SY2 A; 2L6B A; 5FZS A; 5ARF A; 4URK A; 5KNH D; 3Q79 A; 4DLQ A; 3B7U X; 4JC8 A; 1O1T A; 3R9A B; 4C48 B; 2PZI A; 4M7C A; 1E96 B; 3LYA A; 3QWV A; 3WG7 E; 2WXO A; 4OVU A; 4HI9 A; 2YQ8 A; 1TNU A; 4DI4 A; 2XEN A; 1TJF A; 3PUK A; 3U9W A; 3CVN A; 2DIW A; 5JA4 D; 5G04 C; 3UIP C; 1MX4 A; 2BKK B; 2R03 A; 3LDZ A; 5BV1 A; 2AWI A; 1H2T C; 4JL0 A; 2GRL A; 3EHR A; 4PDX A; 2H6I A; 3DSW A; 4FHK A; 3UM3 A; 3ABM E; 2QYU A; 3W9G A; 3HG0 D; 4B93 B; 1HXI A; 3E32 A; 3JQ0 A; 3ML8 A; 5JJ6 A; 2LXM A; 2AJA A; 3PZD A; 4TRQ A; 4A1S A; 4O1P A; 4GZ3 A; 4A3T A; 5T3R A; 3E30 A; 4IUL A; 5KJK A; 4C0E A; 3CV0 A; 3RU0 A; 1INZ A; 3EDT B; 3UX4 A; 4OAV B; 3BG0 B; 1W3B A; 3QOU A; 2VYI A; 4J8S A; 3CQG B; 3TWV A; 3D9M A; 4N2S A; 5T4Y A; 3FUL A; 3ZVV A; 2P2C P; 4U04 A; 3ASO E; 4ME2 A; 3ZXP A; 5J90 A; 3EHN A; 1ELK A; 1NZN A; 4DX2 A; 2WMO A; 3NB2 A; 2F8X K; 5JJT A; 3JUE A; 2F8Y A; 3V31 A; 2FO7 A; 3X2Q E; 3FTU A; 3P2B A; 1U2V G; 5A6C A; 5C1D A; 1PC2 A; 3S7F A; 3SHF A; 3B7S A; 4YDE A; 4Z68 A; 1G3N B; 1WM5 A; 3G2U A; 2C2L A; 1U3D A; 3B95 A; 5ENO D; 2DVW A; 3VLE A; 4CT0 A; 4FLB A; 4DX5 D; 3MYV A; 2CHW A; 4G25 A; 3I4R B; 4N3B A; 2PQR A; 2X3M A; 4AV7 A; 4DJA A; 4HOR A; 3UM0 A; 4Y6C A; 3U4T A; 2QFC A; 4MRU A; 1BI7 B; 4FAD A; 4CEM A; 1LD7 A; 2EIK E; 2KBX A; 1KLX A; 4DX6 D; 2KCL A; 2AVP A; 2PNN A; 1DC2 A; 4JD2 G; 3UM2 A; 1WY6 A; 1SQM A; 4TUM A; 3VLD A; 2AXZ A; 3KSQ A; 2JLB A; 3LPZ A; 4ABN A; 1N4S A; 3ZEF A; 3HXF A; 2WQ6 A; 1P5Q A; 3GZ1 A; 1YA0 A; 3RRN B; 2PL2 A; 2XS1 A; 2HO1 A; 2WVI A; 3SD5 A; 1E8W A; 1TNB A; 2MHK A; 3FH8 A; 2BUG A; 1OUV A; 2KXP C; 2GRN B; 1IXV A; 3ESL A; 1N0Q A; 2OV8 A; 3AU5 A; 5EIL A; 1DNP A; 5BPP A; 2R5S A; 2OOE A; 5G05 J; 4AIF A; 3UXG A; 1K1A A; 2HM8 A; 3JYS A; 2VGE A; 4F3V A; 2GRQ B; 3ASH A; 4ILI A; 2LNI A; 3PZ4 A; 1MX6 A; 1PY1 A; 5FT9 A; 2VQ2 A; 1Y6I A; 2A4Z A; 5ENQ D; 4FP7 A; 4J6I A; 3Q9N C; 3DSS A; 3L17 A; 2V5F A; 1YCS B; 3L6A A; 4KXK B; 5DBK A; 3HIZ A; 4I9C A; 2NC9 A; 3BG1 B; 4U8Y D; 4DI3 A; 3Q5M A; 3DSV A; 1NA0 A; 1DVP A; 2IO3 C; 3MJW A; 4DRX E; 2WB2 A; 1O1S A; 3SZ7 A; 4QFV A; 1SVX A; 4HLL A; 4JPS A; 3CIA A; 2VSX E; 3MEK A; 3QAQ A; 3PH0 C; 4NQ0 A; 3QB2 A; 4AJW A; 3C3R A; 4PS8 A; 2P9I G; 2VSO E; 2BED A; 5EX0 A; 5AQ9 A; 3UIN C; 3AG3 E; 3QK0 A; 4GTV A; 4XEI G; 4EBA A; 3CK9 A; 3OTN A; 5FZR A; 2B0O E; 3AG2 E; 4I17 A; 3HRA A; 4JEU A; 4AY5 A; 4ACK A; 4GAA A; 2X6H A; 4U0U A; 2XZD G; 3ZPJ A; 4CDM A; 1QNF A; 1K1B A; 4GA0 A; 1S63 A; 2R05 A; 4NUR A; 4BEP A; 5ARG A; 2Y4T A; 5BXU A; 3T9K A; 2I1K A; 3NF1 A; 1XGW A; 2HE0 A; 4I43 A; 3L54 A; 3PZ1 A; 3UI2 A; 3TG5 A; 4HLE A; 5EIB E; 3Q49 B; 4P29 A; 3IKO B; 4AY6 A; 2BKG A; 3LCA A; 5LOZ A; 1H19 A; 3EIJ A; 2DZN A; 3OAW A; 3ZIM A; 2H6H A; 3C3O A; 1OWN A; 2CG3 A; 2IU1 A; 5EDS A; 4GA1 A; 2YIN A; 4IYP A; 4G11 A; 5AAO A; 3GZS A; 3L9T A; 4UI9 C; 4APF A; 1H2U A; 2IEJ A; 4AOF A; 4BY6 A; 2FEZ A; 3EU9 A; 4YDO A; 3IEG A; 4GCO A; 3DEP A; 4TUU A; 1O5M A; 4FA6 A; 2FUL A; 1QBQ A; 2X38 A; 3QWW A; 5B1B E; 3QNK A; 4LG6 A; 5D0Q D; 4TXP A; 3ASN E; 4X8Q A; 3Q4A B; 5BT1 A; 3T5X A; 1N9A A; 1BLX B; 2V4L A; 4B89 A; 1ELW A; 1OCO E; 2UY1 A; 2ILR A; 4U63 A; 1TNZ A; 2YHC A; 4GMR A; 3LS8 A; 4GTO A; 1RZ4 A; 1S0P A; 4WNF A; 4I6J A; 1MHQ A; 5KJL A; 4GPK A; 1HE8 A; 1UN9 A; 4GTR A; 4N2Q A; 4BTB A; 4ACL A; 4A55 A; 4Q94 A; 4O60 A; 4DUI A; 1Z3X A; 3MGB A; 2GRO B; 4AM9 A; 1NP7 A; 1N94 A; 3U3W A; 4G8K A; 3ZW3 A; 2I9C A; 2ZIR A; 1KZP A; 2OVF A; 3AG1 E; 3FEX A; 4LNG A; 2EIJ E; 3KS2 A; 1JWF A; 2JAB A; 1V54 E; 1HG2 A; 5HI7 A; 2GRR B; 2V0P A; 4U95 D; 3JXI A; 1N4Q A; 2WXF A; 1QZ2 A; 1E8Y A; 4ATG A; 1BD8 A; 2DCP A; 5LCW C; 3HXB A; 4LSZ E; 4I6E A; 2H6G A; 5E76 A; 3J5Q B; 3PZ3 A; 5FQ8 A; 2Y69 E; 4U8H A; 1NL4 A; 3UT7 A; 4C0M A; 4N3C A; 3KAE A; 3R7R A; 4HNA D; 3PRZ A; 3LJN A; 4GTM A; 1TEZ A; 3AS8 A; 3CKB A; 2XHE A; 3FUH A; 2IF4 A; 4OYS A; 5AJD A; 2P9S G; 4CDN A; 4M3O A; 3ABL E; 2V5Q C; 4TXR A; 5CED B; 5FQ7 A; 4DX1 A; 4WUY A; 1UN8 A; 4FUL A; 1E90 A; 2VJ8 A; 4JXT A; 3NBN B; 1K8K G; 2WXK A; 4KT6 B; 4BER A; 2RD0 A; 3FTY A; 2LSV A; 2ETC A; 2Y3A A; 2LO6 A; 5B1A E; 3CVQ A; 4DLO A; 3T8M A; 4I2W A; 5ENS D; 4BSX A; 4JA9 A; 3RRM B; 1AP7 A; 5D0O D; 1N4P A; 4UUC A; 1UW4 B; 2J8S D; 4NRH B; 2XEH A; 3V2O A; 1H6O A; 3CKC A; 3DBS A; 3G2S A; 5LP0 A; 3L08 A; 4HOQ A; 3DRA A; 4BWR A; 3FUK A; 3URZ A; 3ULQ A; 4U7E B; 2P9P G; 3QAR A; 2MYO A; 4UQZ A; 3PEV B; 4UWK A; 4ANX A; 1AWC B; 2EIN E; 3RAU A; 4UWL A; 4YVQ C; 5EKQ D; 3KSL A; 4B8C B; 1N95 A; 4N39 A; 1EPU A; 5BXO A; 5CEC B; 2GGF A; 3CVP A; 2KCV A; 3PEU B; 4WNG A; 3LY7 A; 4HOS A; 1WAO 1; 2PQN A; 2QYJ A; 4A3V A; 1HH8 A; 3FUI A; 1SA4 A; 5CEA A; 3LJ3 A; 3TGO A; 4FHJ A; 3D9H A; 4ILG A; 5AQA A; 2NSZ A; 4WWP A; 4EEC A; 2WXM A; 1H2V C; 2LAH A; 3TL5 A; 2HYZ A; 4B8A A; 4BTA A; 2XQ0 A; 2OVB A; 3HXC A; 3G2T A; 3LY9 A; 1QQE A; 3TJP A; 2EIM E; 2WXG A; 5EX3 A; 4MBG A; 3CHQ A; 1Z5S C; 2BF0 X; 1E8X A; 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3PRE A; 4BET A; 2YNQ A; 4L9P A; 1ZU2 A; 4KZ0 A; 1ELR A; 2C0M A; 4XKC A; 4BX8 A; 1N54 A; 4JHJ A; 5ENN A; 2IJG X; 4GYO A; 1TN6 A; 3HXE A; 1KZO A; 2CFZ A; 4TXQ A; 1KT1 A; 2XS8 A; 1KT0 A; 4K5C A; 3CVX A; 2GRM A; 2J4B A; 3FUE A; 1OWL A; 3QDN A; 4YVO A; 4PH4 B; 4L7T A; 4ANV A; 1MQS A; 1IHB A; 2L0T B; 2IY0 C; 3MV3 B; 5FTP A; 3EJN A; 5G04 J; 3ULY A; 4J0U A; 5AYW D; 4E6H A; 3Q7F A; 3EHQ A; 2DYS E; 2UWJ G; 4PS7 A; 3FY4 A; 3HVE A; 3FHE A; 2AXV A; 2XRZ A; 4OAU C; 4DX7 D; 5DIZ A; 4XI9 A; 3CHO A; 5KJN A; 5AQB A; 3DPD A; 3ZNG A; 4HOU A; 3V2X A; 4RSY A; 5ENR D; 4CGW A; 1MYO A; 4B94 A; 4YDY A; 1OWM A; 2DYR E; 2Y1L E; 2EIL E; 3ONK A; 4KZC A; 2IFU A; 1SW6 A; 3WXX A; 4H7Y A; 4AEZ C; 2DZO A; 1WG0 A; 2QZA A; 5KCM A; 2NYJ A; 4HBD A; 3MZL B; 4O6F A; 2KCK A; 4TV3 A; 4HRM B; 3J5P A; 3VTX A; 1HU3 A; 5LX8 A; 3NZS A; 5CER B; 5H7P A; 4D10 C; 3RK6 A; 2QC9 A; 4EQF A; 5A23 A; 3O48 A; 3ESK A; 4KVM A; 5KBA A; 3BUA A; 4UWF A; 5FQ4 A; 1ZB1 A; 4LRZ A; 2XEE A; 3ZGQ A; 4U8V D; 5G05 C; 2BTD A; 4J8F A; 5AJL A; 4AVX A; 3ZFW A; 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