The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
105
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structure length |
105
|
Chain Sequence |
HETDEEFDARWVTYFNKPDIDAWELRKGMNTLVGYDLVPEPKIIDAALRACRRLNDFASAVRILEVVKDKAGPHKEIYPYVIQELRPTLNELGISTPEELGLDKV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Bovine cytochrome c oxidase structures enable O2 reduction with minimization of reactive oxygens and provide a proton-pumping gate
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
Cytochrome c oxidase subunit 1
|
| total genus |
41
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| chains with identical sequence |
R
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| E | PF02284 | COX5A | Cytochrome c oxidase subunit Va |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AG2 E; 1V54 E; 2EIL E; 3ASO E; 3X2Q E; 2Y69 E; 3WG7 E; 2ZXW E; 2OCC E; 2EIM E; 2EIN E; 3ABK E; 1OCR E; 2DYR E; 3ABL E; 1OCO E; 3ABM E; 5B1A E; 1OCZ E; 5B3S E; 1V55 E; 3AG3 E; 1OCC E; 3AG1 E; 3ASN E; 2EIK E; 5B1B E; 5IY5 E; 2EIJ E; 3AG4 E; 2DYS E; #chains in the Genus database with same CATH topology 4J8F A; 2WQ6 A; 3QK0 A; 5CEA A; 5M72 A; 1OWL A; 4MLP A; 1NFI E; 4J8Y A; 3I4R B; 3FTX A; 1E7U A; 3CVQ A; 5FJY A; 3T5V A; 1MQS A; 5G04 J; 2R2L A; 3FTV A; 3QNK A; 3GYZ A; 1BI8 B; 1Z3X A; 2BKK B; 3CK7 A; 3U9W A; 5HKP A; 1WDY A; 2LAI A; 1N4Q A; 5EIB E; 4WWN A; 1AP7 A; 5ANR A; 2WXN A; 2Y1L E; 4LNU D; 2XGO A; 5JJ6 A; 2PNN A; 4LSZ E; 5A6C A; 4WND A; 2WQH A; 3URZ A; 4HLL A; 3ZHE A; 4N39 A; 4AEZ C; 4JXT A; 3QOU A; 4APO A; 4EEC A; 3LVR E; 4R7L A; 5EX0 A; 2NXP A; 1UJJ A; 3NOC D; 4F53 A; 1H2T C; 2L0I A; 2DYS E; 1HX8 A; 5FQ7 A; 3AG2 E; 1XNF A; 4RLY A; 4XE0 A; 3ASO E; 1O5M A; 4J8S A; 2L9B A; 2VSN A; 4TUU A; 5G04 C; 3UQ3 A; 4I2W A; 1FVH A; 1IKN D; 3U4T A; 3D9J A; 4APF A; 4DK5 A; 1MJ0 A; 3TWQ A; 1IHB A; 3ZYM A; 1SZA A; 3UM2 A; 3RJV A; 2HM8 A; 1H19 A; 3ZHE B; 4IYP A; 2Y3A A; 3QJZ A; 4K0R A; 1P5Q A; 4BT9 A; 4FJZ A; 1G3N B; 4HOR A; 3SBS A; 2IY0 C; 4AIF A; 4GYY A; 3V30 A; 4UUC A; 3CK9 A; 4CDR A; 1BI7 B; 4HBD A; 3NAW A; 5HI7 A; 4DJA A; 5BV1 A; 4FHK A; 2UWJ G; 5BPP A; 4J6I A; 3FH5 A; 4HFG A; 3Q75 A; 2PM7 A; 1OWM A; 4I1M A; 5E76 A; 1UN8 A; 5EDS A; 2FF4 A; 4U04 A; 3MGB A; 1B89 A; 3HXE A; 2AXU A; 2VGE A; 4MRU A; 2DZN A; 1KT0 A; 3RKV A; 4UQX A; 3CV0 A; 5JA4 D; 4GA0 A; 4HXI A; 3MZL B; 3FUK A; 4GTR A; 1ELR A; 1HS6 A; 3ONK A; 5EIL A; 4LER A; 3PRE A; 3CVL A; 2R59 A; 1H0A A; 4ILH B; 5ENP D; 4G11 A; 3WG7 E; 3GZS A; 1TJF A; 1KT1 A; 4AVX A; 2WMN A; 3KEZ A; 2AXV A; 3JQ0 A; 3PRZ A; 5T8I A; 4ZHB A; 2H6H A; 1DNP A; 4AV7 A; 3E32 A; 2F8X K; 3DXM G; 5KJL A; 3QWW A; 1N4S A; 4EZK A; 5FZS A; 3C3R A; 3OXF A; 3TL5 A; 5CMY A; 1HG2 A; 1MHQ A; 4O60 A; 2ILR A; 2MOW A; 1S0P A; 4UWL A; 4DLO A; 1U3D A; 2WMO A; 1LD8 A; 1Z5S C; 2AVP A; 3OTN A; 4B8A A; 3ASH A; 4B8C B; 2C2L A; 4KT6 B; 5LFA A; 2C0M A; 1WG0 A; 4OVV A; 3L13 A; 5G05 C; 2OEW A; 4K5A B; 3D3M A; 2OCC E; 3UT7 A; 4HQD A; 4AY6 A; 1HF8 A; 5T4Y A; 3MV3 B; 3R9A B; 3AG3 E; 4L23 A; 3S7J A; 4GTM A; 2IO3 C; 1RW2 A; 3IV0 A; 2IO2 C; 2IEJ A; 3UMV A; 2P9K G; 1X5B A; 4AP2 A; 4HRM B; 2DCP A; 1OCZ E; 5EYL A; 1YMP A; 4ACK A; 2X38 A; 4JHJ A; 3AG4 E; 1JPL A; 1N52 A; 3C3O A; 2QZA A; 3AAA C; 5D2M C; 4JZY A; 4HLE A; 2KCL A; 5AIJ A; 1OXJ A; 2VSO E; 4EHM A; 1N0R A; 3RAU A; 2EQX A; 3FTW A; 3Q73 A; 3G2U A; 2X6J A; 3FTY A; 4UQZ A; 3E4B A; 3UKU G; 3HXD A; 2RKK A; 5D0O D; 2FO7 A; 1BLX B; 3R7Q A; 2XCC A; 3I3N A; 4D10 C; 4WNF A; 5JHB A; 1Y8M A; 4KVO A; 3LDZ A; 3EIQ C; 2XPI A; 3CVP A; 4DLQ A; 1WM5 A; 3FU5 A; 3V2O A; 3MV2 B; 3DST A; 3HRA A; 4ANX A; 2KBX A; 4A3V A; 4GTS A; 2V4L A; 2BED A; 3CHP A; 4AXH A; 2R5S A; 3MCX A; 4GCO A; 5AYW D; 3K9I A; 3ONL A; 3AS4 A; 5AAO A; 4K03 A; 2ETC A; 2EIL E; 3C98 A; 4I1A A; 4I9E A; 1MX6 A; 4A63 B; 4PH4 B; 4QFV A; 1ELK A; 1UJK A; 4XI0 A; 5FWQ A; 2J9Q A; 1N94 A; 3VTY A; 2F0Y A; 2JAB A; 3QKY A; 2V5Q C; 3LXU X; 3QC1 A; 1NA0 A; 4GMR A; 1H6O A; 1KZO A; 2UY1 A; 2AW6 A; 3D9H A; 3OXL A; 2P9L G; 4BT8 A; 3PNL B; 2EIM E; 2LNI A; 5FIN A; 4A1S A; 2J8S D; 3APD A; 4A1G A; 1TN8 A; 4ME2 A; 2PZI A; 3CHM A; 2JLB A; 3N71 A; 3NQP A; 3KSL A; 4FHJ A; 2NSZ A; 4MKT A; 3PZ4 A; 4GU5 A; 2KXP C; 5E75 A; 3PNT B; 3G2W A; 3IBE A; 4EQF A; 3SD5 A; 2CHZ A; 2UY1 B; 4U95 D; 3Q79 A; 2BF0 X; 4XEI G; 3FU3 A; 2CFZ A; 1DC2 A; 4YDW A; 4GTO A; 1TNB A; 3IHV A; 4PS7 A; 3LKU A; 3LPZ A; 3EHQ A; 5CMW A; 5B3S E; 3P2B A; 3TWW A; 2J09 A; 3Q49 B; 2XGM A; 4JA9 A; 4HOS A; 4U96 D; 2WVI A; 3QAR A; 2V5F A; 2VGX A; 4UQY A; 5BT1 A; 1IQU A; 2F37 A; 1U3C A; 3DSW A; 5J90 A; 3UT4 A; 3ML8 A; 1PC2 A; 1UOH A; 1SVX A; 3AJI A; 1TNU A; 3ESL A; 2QYU A; 1EYH A; 3LY7 A; 4XI9 A; 5EX3 A; 5ENR D; 3U64 A; 2E2E A; 5AJD A; 1N4R A; 4N2Q A; 4GA1 A; 4HVB A; 1OWP A; 5KNH D; 4X8Q A; 2WB2 A; 3ZPJ A; 3B7R L; 2YIN A; 5BXO A; 3I5P A; 4RG9 A; 2VJ8 A; 3PZ3 A; 5JJ7 A; 4BWR A; 2VSX E; 2WXI A; 5HRY A; 2HE0 A; 3TG4 A; 3JXI A; 4WUY A; 1HU3 A; 1TJC A; 3SF4 A; 3IEG A; 2WXH A; 3Q7A A; 1E7V A; 3SO8 A; 4RVB A; 4C0M A; 3B7S A; 2KAT A; 2XHE A; 5B1A E; 3VLE A; 3UI2 A; 4B0Z A; 3CQG B; 3UUX A; 3TWU A; 5LCW J; 1OCC E; 5ARF A; 3ZXP A; 1H6K A; 3TWX A; 3J5Q B; 3LJN A; 2X6I A; 1N11 A; 2XRZ A; 3ULQ A; 1NI1 A; 3RRU A; 3PE3 A; 2EIN E; 4XKB A; 5C2Y A; 4UI9 J; 4J8D A; 2KZT A; 2L6B A; 3E30 A; 3LY8 A; 3IKO B; 4ZFH A; 4CCA A; 3D9N A; 4TXR A; 2QC9 A; 4YDE A; 4L9P A; 5EID A; 1QQE A; 3Q9N C; 1H2U A; 3ZXS A; 4L1B A; 3SQV A; 4BEP A; 3FEY A; 3EUV A; 2PQR A; 2ZU6 B; 1D8E A; 1N95 A; 5AEN A; 2KZT B; 5FTP A; 1QBQ A; 2YNQ A; 3ULE G; 2WXR A; 3UKR G; 3BG1 B; 1EF1 C; 3FTU A; 4B93 B; 1K1B A; 4I9C A; 4N3B A; 4J8E A; 2I2O A; 3VLF A; 2YHE A; 2OEV A; 4ILI A; 3DPY A; 3UX4 A; 4JL0 A; 3RU0 A; 3QDN A; 4G8K A; 3I4G A; 2WQ7 A; 4GZ3 A; 3RO3 A; 3ASF A; 2H6G A; 2ZIR A; 5B1B E; 1DCQ A; 1DCE A; 5KCM A; 5C1D A; 5DIZ A; 4YVO A; 3ZEF A; 4CRW A; 1H2V C; 4FLB A; 3CHQ A; 5J08 A; 4DX7 D; 3BU8 A; 4TUM A; 2BKG A; 1IHG A; 3L22 A; 3SHF A; 4O6F A; 3W9F A; 2X6H A; 2GGF A; 4Y6W A; 4UWH A; 3Q5M A; 5CBN A; 4FP7 A; 3LCA A; 4HI9 A; 1SA5 A; 3FH7 A; 3UT8 A; 4LRZ A; 1OWN A; 4BTA A; 4F1S A; 3MYV A; 3UIP C; 4GYO A; 3SZ7 A; 3D9K A; 5A7D B; 4G1T A; 3CKB A; 1QYM A; 2GRR B; 2KC7 A; 1H6P A; 4YDO A; 5D0Q D; 3LEW A; 4G26 A; 3Q78 A; 4JD2 G; 4CGV A; 5JJT A; 1U2V G; 2QFC A; 4IN3 B; 4AOF A; 3PS6 A; 1V54 E; 4C9B B; 3MKQ B; 3CIA A; 3L6A A; 2OV8 A; 1NP7 A; 1JUQ A; 4UWG A; 3FP3 A; 1SW6 A; 3PE4 A; 3C3Q A; 1XGW A; 4U8Y D; 4NIK A; 1HH8 A; 3FDH A; 2RFM A; 4GAA A; 3L82 A; 3FUN A; 3ZU7 B; 2VTB A; 2WXQ A; 2P2C P; 4EZL A; 4J7W A; 2NC9 A; 2ZXW E; 4N3A A; 3SFY A; 4GZ5 A; 3NF1 A; 4GTP A; 4WWP A; 4UWK A; 4AM9 A; 4DX5 D; 3PEV B; 3FUL A; 2R02 A; 2AJA A; 1FPP A; 3O4Z A; 1OT8 A; 2KM4 A; 1D8D A; 3TG5 A; 3V2X A; 5AN8 A; 4DX2 A; 4OAV B; 1WAO 1; 4I43 A; 4DPR A; 2XCB A; 1BD8 A; 3P1U A; 2VTB B; 1SZ9 A; 2BTD A; 4KBQ A; 3PEU B; 3EJN A; 2CG3 A; 3TJP A; 3BG0 B; 2XEN A; 3DBS A; 3SI5 A; 5ENQ D; 5IY5 E; 2C0L A; 3DSU A; 4KMO A; 2PQN A; 2VSY A; 4EBA G; 3HG0 D; 3HXC A; 4A55 A; 1JCS A; 5AQA A; 2WPV A; 4LUN U; 4N2S A; 1WY6 A; 1S64 A; 2LSU A; 3ASG A; 4G2V A; 3RO2 A; 3RRM B; 4IRU A; 4KYO B; 2P58 C; 3ZYL A; 3FWV A; 4PS3 A; 4HOT A; 3CVN A; 2ETA A; 1N54 A; 3L16 A; 5ENS D; 4FA6 A; 1E8Z A; 3FUM A; 5CEC B; 3CVW A; 2R05 A; 3GZ1 A; 4GZ6 A; 5KJM A; 3DSV A; 2I6H A; 2I9C A; 3UIO C; 3EDT B; 1BU9 A; 3Q4A B; 4UWF A; 5BV0 A; 2DZO A; 1JCR A; 1UW4 B; 2FI7 A; 3SGH A; 3O48 A; 2MHK A; 3PUJ A; 3RIB A; 3Q7F A; 4W9R A; 3FFL A; 3QB2 A; 4U8V D; 1HFA A; 4JHK A; 2CFU A; 1PAQ A; 5CCL A; 1NL4 A; 1TR4 A; 3NZS A; 3ZRH A; 5CCM A; 4GPK A; 4EBA A; 4PUC A; 2X6K A; 2GRO B; 4FUL A; 4LG6 A; 3PZ1 A; 3EU9 A; 4GTV A; 1O1R A; 1Q2Z A; 3T5X A; 2RFA A; 1FVF A; 3ENE A; 5DBK A; 3G2V A; 1TNZ A; 4L2Y A; 2J49 A; 3ASN E; 1N9A A; 3D9O A; 1QZ2 A; 4DRX E; 4O1O A; 2FUL A; 2XRY A; 4DX6 D; 3FUD A; 4JEU A; 5LOZ A; 3NBN B; 3UTM A; 5EYP F; 4DI4 A; 4ANU A; 3QWV A; 5FQ4 A; 3DRA A; 4GB9 A; 4CDM A; 2ZGD A; 2L0T B; 2DWZ A; 2X3M A; 2Y4T A; 3ZW3 A; 5AQ7 A; 4EZJ A; 4QQI A; 2IOL A; 1ZBP A; 2XEE A; 2LO6 A; 4LEU A; 4UI9 K; 4K5C A; 5G2N A; 1MX2 A; 5BUZ A; 3LY9 A; 3CHR A; 3ABM E; 2I1K A; 2LXL A; 4NRH B; 4U7E B; 2YQ8 A; 2OND A; 1KZP A; 5HS0 A; 1NA3 A; 3AG1 E; 1OWO A; 2Q7F A; 1NZN A; 4MBG A; 5H7P A; 2XEV A; 1O1T A; 3B7B A; 3SY2 A; 3EIJ A; 4FLH A; 3RSE G; 2XPY A; 3JCK C; 3PDN A; 3GZ2 A; 3L08 A; 4ATZ D; 2Y4U A; 1E8W A; 4KXK B; 2JEK A; 3EHR A; 4EPZ A; 2P9U G; 2WXK A; 4ACL A; 2PL2 A; 4HB5 A; 3DEP A; 1ZB1 A; 3U66 A; 1TNO A; 4OAU C; 1Z6T A; 5LP0 A; 4F7A A; 4JHR A; 3C72 A; 3TXN A; 2EIJ E; 2V8S E; 3JYS A; 1DVP A; 2GRQ B; 4M7C A; 4YDY A; 4BFR A; 3DXK G; 4G8L A; 1RZ4 A; 4WWO A; 1LD7 A; 4TRQ A; 4DUI A; 2DYR E; 1K3Z D; 3FUF A; 2FBN A; 3DEO A; 4HS2 A; 3ZKJ A; 3CHO A; 5KNG A; 3RRN B; 3CR3 A; 3BUA A; 4U8H A; 5EN5 D; 1VDY A; 3NZU A; 1HE8 A; 2WXL A; 3JUE A; 5FZQ A; 2AWI A; 3UM0 A; 4MS6 A; 4RSY A; 3UIN C; 1FT1 A; 2V0P A; 2ETB A; 4DI3 A; 5FQ6 A; 2J4B A; 4YVQ C; 4U0Z A; 4BET A; 2DIW A; 4URK A; 4NAC A; 3OAW A; 4HRN A; 2L6J A; 4WAF A; 3TWT A; 4FC8 A; 2KCV A; 1L5J A; 2V4H C; 3FUE A; 2F8Y A; 3W9G A; 5ARG A; 3TGO A; 4IUL A; 3HYM B; 4P29 A; 3J5P A; 4XZ4 A; 3TWV A; 4BSX A; 2CHX A; 1BPO A; 4E85 A; 2M63 A; 4HOU A; 3AU5 A; 2BUG A; 2A5U A; 1HO8 A; 3D9L A; 1O1S A; 2WXP A; 4Z68 A; 2GRL A; 4B89 A; 4BSZ B; 5AJL A; 3TWR A; 1E8X A; 4GTQ A; 3E37 A; 4I6E A; 1TNY A; 3ZNG A; 1MZC A; 5BNW A; 3JUI A; 3CGH A; 3B7T A; 3MJW A; 3BEE A; 1EDU A; 1YCS B; 5ANL A; 2DVW A; 2P9I G; 4KZC A; 3EU5 A; 4WNE A; 3MX3 A; 2LUH A; 1UG3 A; 2QY7 A; 2KCK A; 5JMN D; 2XQ0 A; 4GCN A; 5BW8 C; 3APC A; 1EPU A; 3TWS A; 3FUI A; 2WXM A; 3E33 A; 5CRU A; 3S7D A; 3E34 A; 1OY3 D; 4U0U A; 2J08 A; 3OXG A; 3IXE A; 2WXO A; 3UM3 A; 3TAX A; 2AXZ A; 3CVU A; 5ITZ F; 4NQ0 A; 1TYQ G; 5ENN A; 5LCW C; 4BY6 A; 5HQ8 A; 3S7B A; 3SFX A; 2Y69 E; 4Q96 A; 3KD7 A; 2RD0 A; 4FAD A; 1JWF A; 3ZYQ A; 1PY1 A; 4UI9 C; 3ABL E; 4XKC A; 4PS8 A; 2MYO A; 4G24 A; 4OVU A; 3PVL A; 4ATG A; 2GRP B; 5G55 A; 3APF A; 1LF8 A; 1YYH A; 4KZ0 A; 3VTX A; 1MYO A; 1E8Y A; 3MKQ A; 1N4P A; 2WM9 A; 4JC8 A; 3ISM C; 4HI8 A; 5ENT D; 4F6R D; 2OOE A; 3SFZ A; 3ULY A; 2IJG X; 2OVF A; 2IF4 A; 4WNG A; 2Y0B G; 2J07 A; 3FH8 A; 3IHY A; 2FO1 E; 3R9M A; 3V31 A; 2RG8 A; 2ION A; 2XS8 A; 2YHC A; 1UN9 A; 3HIZ A; 5KBA A; 1AWC B; 4FJY A; 1ZU2 A; 1TN6 A; 3Q47 B; 3ASD A; 1OUV A; 2B6C A; 4GML A; 4HNA D; 2XZD G; 4U0S A; 4XIF A; 4BX8 A; 3CEQ A; 3HXB A; 3ZN3 A; 4TXP A; 5D66 A; 3CVV A; 3HXF A; 4CT0 A; 2B0O E; 4XX5 A; 2EIK E; 5G05 J; 4FU3 A; 2XGS A; 2H6F A; 1QNF A; 3X2Q E; 3CK8 A; 3KSQ A; 3MEK A; 2VQ2 A; 1Y6I A; 3HVE A; 2A5E A; 3PUK A; 4H7X A; 4N5Q A; 4CT4 A; 1OCO E; 3D9I A; 2GRN B; 4CGW A; 3TXM A; 4LCT A; 3C5R A; 4CEM A; 1JCQ A; 2XZT G; 2OVB A; 3FTZ A; 3LS8 A; 1JWG A; 3DWL G; 2VYI A; 4GZD A; 3R7R A; 1MX4 A; 3EHM A; 3BQO A; 3NB2 A; 3NOG D; 5EKQ D; 2PM6 A; 4H7Y A; 3HVE B; 2IQC A; 3U3W A; 4AY5 A; 4N3C A; 4K5B A; 4ILG A; 4ABN A; 3GW4 A; 3G2T A; 3G2S A; 3JXJ A; 1IQR A; 5AAR A; 4AJW A; 5AQ9 A; 3UPV A; 3UM1 A; 4U63 A; 1INZ A; 2WXJ A; 3MA5 A; 4RQI A; 3FTS A; 3KAE A; 2WXF A; 5FIO A; 4G25 A; 3AS8 A; 2I1J A; 3PH0 C; 3FU0 A; 4OYS A; 4HRL A; 4HOQ A; 5BXU A; 1TEZ A; 2IOS A; 4J0U A; 3SBT B; 4I1O B; 3Q9U C; 3RK6 A; 2E0I A; 1S63 A; 5T3R A; 3ZGQ A; 4I17 A; 4Y6C A; 4O1P A; 4JW1 A; 1K8K G; 2HR2 A; 3ZYK A; 3CVX A; 5CRV A; 2HYZ A; 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