The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
42
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
PFTNHRGETLLHIASIKGDIPSVEYLLQNGSDPNVKDHAGWTPLHEACNHGHLKVVELLLQHKALVNTTGYQNDSPLHDAAKNGHVDIVKLLLSYGASRNAVNIFGLRPVDYTDDESMKSLLLLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the BARD1 Ankyrin Repeat Domain and Its Functional Consequences.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
BRCA1-associated RING domain protein 1
|
| total genus |
42
|
| structure length |
125
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| sequence length |
125
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2008-02-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00023 | Ank | Ankyrin repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VGE A; 4BEP A; 2XZT G; 4ZFH A; 3TWR A; 2F37 A; 2RFM A; 4B93 B; 4CYM D; 4K5C A; 4HI9 A; 5AQB A; 3TWT A; 1K3Z D; 4BES A; 2F8X K; 3B7B A; 4Z68 A; 4OAU C; 3JXJ A; 5KBA A; 4JB8 P; 2ETB A; 3HG0 D; 4HNA D; 5EID A; 5AQ9 A; 3W9F A; 1BU9 A; 4DX1 A; 2V4H C; 1BI8 B; 3D9H A; 4G8K A; 4RLY A; 3DEP A; 2ETC A; 2BKK B; 3NOC D; 5CBO A; 4DX7 D; 3EHQ A; 1IHB A; 4DX6 D; 2Y1L E; 1MX4 A; 4UUC A; 2DZN A; 4HLL A; 4HQD A; 3HRA A; 3UI2 A; 1MX2 A; 4U8Y D; 3V2X A; 4DRX E; 1TR4 A; 4BSZ B; 2XZD G; 2DWZ A; 3B95 A; 4HI8 A; 3J5P A; 1OT8 A; 3TWU A; 1BI7 B; 4NIK A; 5HRY A; 3C5R A; 3JXI A; 4K5A B; 5ENT D; 4BER A; 5FIO A; 2QC9 A; 5EN5 D; 3T9K A; 2AJA A; 1G3N B; 5EYP F; 3TWW A; 3W9G A; 2ETA A; 4G8L A; 5EYL A; 5CER B; 4O1P A; 2MYO A; 3ZKJ A; 2FO1 E; 2JAB A; 2L6B A; 2V5Q C; 4YDW A; 5EIL A; 3UXG A; 2J8S D; 4GMR A; 3EHR A; 4O1O A; 3TWX A; 2HE0 A; 1OY3 D; 1QYM A; 1N0R A; 2QYJ A; 3JUE A; 1SW6 A; 4HRN A; 5ITZ F; 3EU9 A; 4U95 D; 2KXP C; 4DUI A; 1DC2 A; 1NFI E; 1K1B A; 2XEN A; 3UTM A; 2XEE A; 4YDY A; 5ENS D; 3V79 K; 3IXE A; 3F6Q A; 5ENO D; 5HKP A; 3V2O A; 4U96 D; 5BXO A; 1MX6 A; 5AAR A; 4ATZ D; 5KWD A; 4DX2 A; 2Y0B G; 1BD8 A; 1IXV A; 2F8Y A; 3AJI A; 5ENQ D; 4TUM A; 5AQA A; 4J7W A; 4U8V D; 5JA4 D; 1K1A A; 3NOG D; 5CED B; 5D66 A; 4K5B A; 2B0O E; 2BKG A; 5AAO A; 1AWC B; 4OAV B; 5AQ7 A; 3LJN A; 4A63 B; 4C48 B; 3ZUV B; 5EIB E; 5HS0 A; 3V30 A; 4HB5 A; 4QQI A; 2ZGG A; 2PNN A; 2KBX A; 4CZ2 D; 5CEA A; 1D9S A; 3TWS A; 1IKN D; 4LG6 A; 3TWV A; 3ZU7 B; 1YMP A; 3Q9N C; 5KNG A; 3DEO A; 5KNH D; 1AP7 A; 5FIN A; 2NYJ A; 1WDY A; 3AAA C; 4F6R D; 3T8K A; 4ZHB A; 3V31 A; 3NBN B; 4HRL A; 5CBN A; 5BXU A; 4HRM B; 4DX5 D; 5CEC B; 2XEH A; 1DCQ A; 1YYH A; 3Q9U C; 4GPM A; 2A5E A; 5AN8 A; 5JMN D; 4O60 A; 1YCS B; 2DZO A; 4LSZ E; 1N11 A; 1A5E A; 1MYO A; 3TWQ A; 4LNU D; 1N0Q A; 2DVW A; 2ZGD A; 3ZNG A; 4J8Y A; 1BLX B; 5ENR D; 2RFA A; 3KEA A; 4F1P A; 4N5Q A; 1MJ0 A; 1SVX A; 1UOH A; 4HBD A; 3SO8 A; 1WG0 A; 4QFV A; 3J5Q B; 4BET A; 1S70 B; 2P2C P; 5ENP D; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ILI A; 1ELW A; 2RFM A; 2WM9 A; 4HI9 A; 4J8E A; 5KBA A; 3HDX A; 4XX5 A; 2KC7 A; 5G2N A; 4DX1 A; 3L6A A; 2LXM A; 1TYQ G; 3R9M A; 4KZC A; 3EHQ A; 2NXP A; 3HRA A; 2XZD G; 3AU4 A; 4FAD A; 2AW6 A; 2OCC E; 4CEM A; 3G2W A; 3EHM A; 4BER A; 3APD A; 4RSY A; 3FTW A; 3PVL A; 3ZXP A; 2NSZ A; 2VSX E; 4G25 A; 2P9L G; 3I5P A; 3GZ2 A; 3FWV A; 5EIL A; 5C2Y A; 4LNB A; 2VTB B; 1OUV A; 2HE0 A; 2QYJ A; 2XPY A; 4CT4 A; 4CCA A; 5ENS D; 5LCW C; 3PS6 A; 4ATZ D; 5ANR A; 4EBA G; 2Q7F A; 1UN8 A; 3T8M A; 1KPS B; 3LJ3 A; 4KXK B; 3B7S A; 4JW1 A; 2CHX A; 2V0P A; 1JCR A; 4BX9 A; 3NQP A; 4NQ0 A; 1FVF A; 1HG5 A; 2CG3 A; 1H2T C; 3TWS A; 4AJW A; 4AM9 A; 1E8W A; 3CKC A; 4GYW A; 4E85 A; 4TRQ A; 3AAA C; 4GZ5 A; 5JHB A; 2EIJ E; 4YND A; 4U04 A; 3I4G A; 4BT8 A; 3Q79 A; 2DZO A; 3RRU A; 3Q49 B; 2J4B A; 3L17 A; 4E6H A; 4QFV A; 2V8S E; 1E96 B; 1MHQ A; 3HHM A; 4HXI A; 3ESK A; 3SFX A; 3MX3 A; 1K3Z D; 2V5F A; 1NI1 A; 5LX8 A; 3RU0 A; 1UJJ A; 2JEK A; 3B7R L; 4RLY A; 4YDO A; 1N95 A; 3MZL B; 3SY2 A; 4L2L A; 2H6I A; 3BEE A; 4U63 A; 4HI8 A; 4B89 A; 3FUF A; 4BTA A; 3MKR A; 3LDZ A; 4ACL A; 1SA4 A; 4W9R A; 4Q94 A; 2BED A; 1O1R A; 4WUY A; 1KT1 A; 4R7L A; 3ASF A; 2FO1 E; 4XIF A; 4Y6W A; 3Q78 A; 3FUJ A; 4MRU A; 1B89 A; 1QYM A; 4WWN A; 5DIZ A; 5LOZ A; 1TN7 A; 5AIJ A; 3QWP A; 5KJK A; 3F6Q A; 3QB2 A; 1MX6 A; 1OWL A; 3AG3 E; 3TAX A; 5BNW A; 5ARG A; 3CLJ A; 3ZXS A; 3EU5 A; 4BFR A; 2KCL A; 1AP7 A; 3T8K A; 1Y8M A; 5FQ8 A; 4GTM A; 1OXJ A; 3G2S A; 2AXZ A; 2VSO E; 4NAC A; 3CVN A; 5CRU A; 4BET A; 2WXG A; 5ENP D; 3GZ1 A; 1X5B A; 3JYS A; 1UN9 A; 3PUJ A; 4KZ0 A; 4CGW A; 4K5C A; 4UI9 C; 2WXH A; 1ZBP A; 3MKQ A; 1UW4 B; 4TXP A; 3UM1 A; 2WPV A; 3QAQ A; 2ILR A; 3D9O A; 4G8K A; 2GRP B; 3DEP A; 2UY1 A; 2LSU A; 3HXC A; 4ILH B; 4G1T A; 4JEH A; 3L54 A; 2BUG A; 4WWP A; 2L0T B; 3T9K A; 4CT0 A; 3PRZ A; 4L23 A; 4FLH A; 4B0Z A; 3JQ0 A; 2AXU A; 4B8A A; 4UI9 J; 2XRZ A; 1ELK A; 1OWP A; 2X6K A; 2XEN A; 4YDY A; 3E30 A; 3LEW A; 3FH7 A; 2ION A; 2PZI A; 1ZU2 A; 2DIW A; 5JHA A; 2X6J A; 3FHE A; 3ULE G; 4URK A; 4D10 C; 2Y4T A; 4JHJ A; 1NP7 A; 4LRZ A; 4FC8 A; 4GZ6 A; 3KAE A; 2LAH A; 1N11 A; 2WXM A; 4AV7 A; 2MOW A; 4FA6 A; 3RK6 A; 2WXJ A; 2EIM E; 4FHK A; 3CIA A; 3OXF A; 3ZYM A; 3EIQ C; 2YQ8 A; 3S7D A; 1Z3Y A; 3CSF A; 1E7U A; 2LNI A; 4AOF A; 1ELR A; 3P2B A; 3BUA A; 2QZA A; 5EKQ D; 1EDU A; 3FUD A; 4RQI A; 3Q7F A; 3HVE B; 2LUH A; 1DVP A; 3LY8 A; 3OXG A; 2BF0 X; 4I9C A; 2J9Q A; 1P5Q A; 3UUX A; 4DPR A; 3CK7 A; 4YVO A; 4LNG A; 4ANV A; 4KBQ A; 3D9L A; 2ZU6 B; 4ANX A; 4ME2 A; 3PDN A; 2DCP A; 4O1O A; 3ZHE A; 2MRI A; 1U3C A; 4AXH A; 5E75 A; 5H7P A; 4G23 A; 5HKP A; 2GW1 A; 3VLE A; 3OTN A; 3ZVV A; 5JA4 D; 5FQ4 A; 2KZT B; 3ONL A; 4MBG A; 3TXN A; 1N4R A; 2PQN A; 4MLP A; 3DSX A; 4RG9 A; 5E76 A; 1TJF A; 2PM6 A; 4YDE A; 4L7T A; 1JUQ A; 1RW2 A; 3V31 A; 4ATG A; 4GZ3 A; 4HRM B; 4N2S A; 4I1M A; 1TJC A; 2IOS A; 2EIN E; 1E7V A; 3ASD A; 1OWN A; 5T8I A; 2C0L A; 3APC A; 1MJ0 A; 4HOT A; 2ZXW E; 2XHE A; 2XCC A; 3KSQ A; 2FI7 A; 3MYV A; 3U64 A; 2F8X K; 2DYS E; 3B7B A; 1H2V C; 3W9F A; 4N3C A; 4DX7 D; 4G26 A; 2IU1 A; 1D8D A; 3PEU B; 4I1O B; 4JA9 A; 4PS8 A; 2B6C A; 3BU8 A; 1S64 A; 1NL4 A; 3C5R A; 4TXQ A; 3FUK A; 2QC9 A; 2CG2 A; 2OOE A; 4UWF A; 2I1J A; 3FTV A; 3CEQ A; 1EF1 C; 1N0R A; 2DBA A; 1OCR E; 1WAO 1; 3PZ2 A; 4KYO B; 2EQX A; 3U9W A; 3LS8 A; 2P9P G; 3IXE A; 5BXO A; 3CKB A; 3E32 A; 3ISM C; 1YA0 A; 2Y69 E; 3NOG D; 5G04 C; 2P9I G; 1JPL A; 4FJZ A; 4A63 B; 4I43 A; 5HQ8 A; 2V4L A; 3MV3 B; 4NRH B; 4CZ2 D; 5AYW D; 4KMO A; 4K03 A; 1U2V G; 3ASO E; 1WDY A; 2VQ2 A; 4ZHB A; 4C0M A; 3FEY A; 4HRL A; 3Q9U C; 4GPM A; 3HXE A; 3L9T A; 3FTU A; 4EPZ A; 2I6H A; 3FFL A; 2L0I A; 2WXR A; 3ZRH A; 4GML A; 2VGE A; 2XZT G; 2IOL A; 4U7E B; 4DJA A; 3QNK A; 2VGX A; 4EQF A; 3CGH A; 3FTX A; 4DLO A; 2WVI A; 1SA5 A; 1BI8 B; 2ETC A; 4GA2 A; 3PE3 A; 2J49 A; 2IF4 A; 1FCH A; 2C2L A; 3AG2 E; 1L5J A; 1V55 E; 3J5P A; 4V3I A; 5LFA A; 3DSW A; 4AEZ C; 3FTY A; 3ZKJ A; 4U8H A; 2V5Q C; 3UXG A; 4GTQ A; 3CHQ A; 3SZ7 A; 3CVW A; 4GTV A; 3B13 A; 4OVV A; 3FY4 A; 2KCK A; 4L2Y A; 4CRW A; 1HE8 A; 5ENO D; 1LD8 A; 4LUN U; 3NAW A; 3LXU X; 3ABL E; 1N4S A; 4EHM A; 1EPU A; 1HG2 A; 1H6O A; 3CHP A; 2X3M A; 2ZGG A; 1A17 A; 3UMV A; 1FT1 A; 4RG6 A; 2EIK E; 1N54 A; 1IYG A; 4H7Y A; 2OEW A; 3RRN B; 2OV8 A; 2VTB A; 2WXL A; 4Q96 A; 3N71 A; 1MYO A; 1U3D A; 4F1P A; 3NZU A; 4ANU A; 1JCQ A; 2FO7 A; 2P2C P; 3D9P A; 2OND A; 3PZ3 A; 4MS6 A; 3RJV A; 3UM2 A; 5CCL A; 4J6I A; 4JB8 P; 1H6P A; 4A3V A; 3Q73 A; 3D9H A; 2IQC A; 3AS5 A; 3RO2 A; 5C1D A; 1IHB A; 4N3B A; 3RSE G; 3ZN3 A; 3PNL B; 4JHK A; 3ENE A; 2DWZ A; 1KZO A; 5HRY A; 4I6G A; 3FUH A; 3PZ4 A; 3P1U A; 3I3N A; 3PZ1 A; 2LO6 A; 1SZ9 A; 2LAI A; 4GMR A; 2LSV A; 4HRN A; 3ZYQ A; 4JEU A; 4U95 D; 2I1K A; 3HIZ A; 3UTM A; 3D9I A; 3C98 A; 3LCA A; 2F8Y A; 4HVB A; 4IN3 B; 2MHK A; 2J07 A; 2B0O E; 2XPI A; 2HR2 A; 2Y4U A; 3ZUV B; 4AY5 A; 4LEU A; 5T4Y A; 3DEO A; 5FIN A; 4JA7 A; 3G2U A; 1WY6 A; 5CRV A; 3DST A; 2E2E A; 2PL2 A; 3TWQ A; 4HLE A; 1LD7 A; 4IYP A; 1E8Z A; 4JXT A; 3ABM E; 4J8F A; 3GW4 A; 2WB2 A; 2KM4 A; 4B93 B; 4CYM D; 1W3B A; 3LY9 A; 1O1S A; 3ML8 A; 1NZN A; 2ETB A; 5EID A; 3PRE A; 4OYS A; 4GTS A; 1HFA A; 5G55 A; 4C9B B; 2AVP A; 2GRM A; 1MX4 A; 4UUC A; 5BUZ A; 3V2X A; 1OCC E; 4GTR A; 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2XGO A; 3FUE A; 3IHY A; 5HI7 A; 3UM0 A; 3QWV A; 2WXO A; 1DCQ A; 2XEH A; 3G2T A; 5AN8 A; 2YNQ A; 5JJ6 A; 4O60 A; 4I6J A; 4PUC A; 3CVX A; 4J8Y A; 3FDH A; 2M63 A; 2E0I A; 3WG7 E; 1IHG A; 3QJZ A; 4C0E A; 2OVB A; 1PAQ A; 3FTZ A; 5IY5 E; 4KVO A; 2HYZ A; 5AQB A; 5KJM A; 4GZC A; 4HOS A; 3TXM A; 3NOC D; 4XI9 A; 4DX6 D; 3C3R A; 2WXI A; 1N9A A; 4XEI G; 4ACK A; 5ENT D; 5KJN A; 1KLX A; 2XRY A; 2R03 A; 1TN6 A; 1MZC A; 3JUE A; 3R7R A; 1DNP A; 4I2Z A; 2FEZ A; 3OXL A; 3ULY A; 4LCT A; 5J90 A; 3MEK A; 3D9J A; 3LVR E; 3CK8 A; 1JWG A; 2RKK A; 4WND A; 5AQ7 A; 2WQ6 A; 4U07 A; 3TGO A; 4ANW A; 2XEV A; 2KBX A; 1IKN D; 3Q9N C; 4KVM A; 4F6R D; 3D9K A; 5CBN A; 5BXU A; 3DSV A; 1TNY A; 5JMN D; 3CHM A; 3DXM G; 2RFA A; 1SVX A; 1WG0 A; 3DRA A; 4N2Q A; 5G05 J; 4L1B A; 3APF A; 1OWM A; 1QBQ A; 2ZIR A; 3EJN A; 1E90 A; 5AQ9 A; 2KAT A; 4DI4 A; 1IQR A; 3RO3 A; 2RD0 A; 3CHS A; 3O4Z A; 4JD2 G; 3UI2 A; 4M7C A; 1TEZ A; 5BT1 A; 2KCV A; 4I1A A; 4WAF A; 3JXI A; 3U66 A; 4AP2 A; 4G2V A; 3IBE A; 3C3Q A; 2MYO A; 1SQM A; 1K8K G; 3PUK A; 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