The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
177
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sequence length |
563
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structure length |
530
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Chain Sequence |
ELWRQCTHWLIQCRVLPPSHRVTWEGAQVCELAQALRDGVLLCQLLNNLLPHAINLREVNLRPQMSQFLCLKNIRTFLSTCCEKFGLKRSELFEAFDLFDVQDFGKVIYTLSALSWTPIAQNRGIMPFYSGLSDQIDDEDLYDCVENEEAEGDEIYEDLMRSMTEYDKRCCCLREIQQTEEKYTDTLGSIQQHFLKPLQRFLKPQDIEIIFINIEDLLRVHTHFLKEMKEALGTPGAANLYQVFIKYKERFLVYGRYCSQVESASKHLDRVAAAREDVQMKLEECSQRANNGRFTLRDLLMVPMQRVLKYHLLLQELVKHTQEAMEKENLRLALDAMRDLAQCVNEVKRDNETLRQITNFQLSIENLDQSLAHYGRPKIDGELKITSVERRSKMDRYAFLLDKALLICKRRGDSYDLKDFVNLHSFQVRDDDNKKWSHMFLLIEDQGYELFFKTRELKKKWMEQFEMAISNIYPENATANGHDFQMFSFEETTSCKACQMLLRGTFYQGYRCHRCRASAHKECLGRVPPC
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Energetic Mechanisms of Cooperative Autoinhibition and Activation of Vav1
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Apoptosis
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Proto-oncogene vav
|
| total genus |
177
|
| structure length |
530
|
| sequence length |
563
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00130 | C1_1 | Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) |
| A | PF00169 | PH | PH domain |
| A | PF00621 | RhoGEF | RhoGEF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 | Calponin-like domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Dbl Homology Domain; Chain A | Dbl homology (DH) domain | ||
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YT1 A; 1WJO A; 4K81 A; 1OY2 A; 2XQN M; 2DKP A; 2D9V A; 2J9R A; 3PVU A; 1ZC3 B; 2PZ1 A; 1I7A A; 4HDO A; 1FB8 A; 1WKU A; 3A8Q A; 3AU5 A; 1AWE A; 1FGZ A; 2DKQ A; 3X23 A; 3P6A A; 2N0Y A; 2D10 A; 2J87 A; 1TBN A; 2AL6 A; 3PZD A; 1TJT A; 2Y7B A; 2KGX B; 2RSG A; 3DXC A; 3UZT A; 2K2R A; 3SV1 A; 1SH5 A; 2L3G A; 1LB1 A; 5C79 A; 5D27 A; 5D3X A; 1WYN A; 2P0F A; 3ML4 A; 2VZG B; 5EFX A; 4Z2N A; 2LKO A; 2WA6 A; 1UNQ A; 3HW2 B; 4IFS A; 2J0J A; 3CXL A; 1U5G A; 3SO6 A; 3WYF B; 2DB6 A; 1BHD A; 1DDM A; 3UEY A; 2P8V A; 4GXB A; 2JV9 A; 1KBE A; 4PNK A; 5A4B A; 1TQZ A; 4EMO A; 1XBT A; 3KY9 A; 2Y8G A; 4TKN A; 1RRP B; 4UXJ A; 2I1K A; 2EC1 A; 2NZ8 B; 2Q13 A; 4DX8 A; 2X18 A; 1WG7 A; 1TXD A; 4EDL A; 3UEJ A; 1AA2 A; 1NI2 A; 1WYP A; 2DK9 A; 3D8F A; 1BY1 A; 1ZM0 A; 2D9Y A; 4HB2 B; 4GPT B; 2DHK A; 2ELA A; 5D3Y A; 1GC6 A; 4DX9 0; 1UEG A; 1BWN A; 5FI0 A; 2R0O A; 1NU2 A; 2LYD A; 2JP2 A; 2QQE A; 2BCJ A; 5FUV A; 1ZVR A; 3G9W A; 2YVC A; 4UXI A; 2COF A; 3PVL A; 1SHC A; 4GOU A; 5BVR A; 1P3R A; 1MB8 A; 1ZSQ A; 2H7E A; 2Z0O A; 1PLS A; 2JA1 A; 4IAP A; 3MPX A; 2GCL A; 4ZRK A; 2HTH B; 4HAX B; 3VIA A; 1XX6 A; 2EE7 A; 2W2W A; 2VZI B; 1TJ6 A; 1XKE A; 1WI1 A; 4A6F B; 4DXA B; 4HB4 B; 1GC7 A; 2J0M A; 1RT8 A; 1H4R A; 2DA0 A; 2IYB A; 1FAO A; 1LW3 A; 2ORV A; 3FER A; 2ADZ A; 1MPH A; 5DHA B; 1MKE A; 4TXI A; 3M1I B; 3TO1 A; 1ISN A; 1P2X A; 1WYQ A; 2D9W A; 3UGI A; 1ZC4 B; 1MK9 B; 1BTN A; 3UGD A; 2EJ8 A; 2COA A; 3EO2 A; 2M14 A; 3GF9 A; 5HE1 A; 4EDN A; 3ZVR A; 5LOP B; 3KSY A; 4Q57 B; 1MIZ B; 1OQN A; 3CIK A; 2GS0 A; 2ORW A; 4KVG B; 2D9Z A; 4KHB B; 1KBF A; 3UFF A; 5DHF B; 2YUU A; 2D4Q A; 2DN6 A; 1WJ1 A; 1B55 A; 3MDB C; 1BTK A; 5DIF B; 2D11 A; 2KUP A; 1VKA A; 3TVV A; 4Q58 A; 4NSW A; 4D0N B; 5J3Y A; 3P7Z A; 1U29 A; 2QJX A; 4D0O A; 1WJM A; 5J3Q A; 1Y8F A; 2ENZ A; 1FHO A; 2RGN B; 4B7L A; 2CRF A; 4A6K A; 1BAK A; 3QBV B; 4C0A A; 3CXB B; 4HAY B; 5JHH A; 1OMW A; 2ROZ B; 1R79 A; 2K2U A; 1P5S A; 1XOD A; 1WYO A; 2NMB A; 3D8D A; 5L0O A; 1EGX A; 2EYN A; 1WYL A; 5C5B B; 2VZD A; 2DYQ A; 2M38 A; 2CY4 A; 1DRO A; 3F7P A; 2IFS A; 1WGU A; 4HAU B; 1KI1 B; 1QC6 A; 3HOR A; 1KZ7 A; 5D3W A; 2KR9 A; 1PFJ A; 5D3V A; 3DXE A; 1XR0 B; 2EMS A; 1PA7 A; 5A36 A; 5LON B; 4A6F A; 2J59 M; 2MKR A; 2DYN A; 1UJO A; 4ZRI A; 4WJ7 A; 4HDQ A; 2G35 A; 1J0W A; 4K2O A; 3AJ4 A; 1PTR A; 2E9K A; 3PSC A; 2D88 A; 1U27 A; 1GG3 A; 4EJN A; 3GYP A; 4K17 A; 2D9X A; 4HB0 B; 1V5K A; 2QKL A; 1Y19 B; 3CO1 A; 1IRS A; 5A37 A; 2LG1 A; 5A38 A; 1X11 A; 4F7U P; 4KHA A; 1V5P A; 2N23 A; 5FUW A; 4HAZ B; 2OTX A; 1SGH A; 2QPO A; 4CHJ A; 2D2Q A; 2GJY A; 3U8Z A; 1W1H A; 4YL8 A; 2MFQ A; 5JHG A; 1WYM A; 3ZDT A; 1V61 A; 1PMS A; 1M7R A; 5KCV A; 4XWX A; 1RJ2 A; 2DHI A; 2YSZ A; 1XX0 A; 3IVF A; 4PQ0 A; 2EMT A; 4GMX B; 5C6R A; 1QQG A; 1K5G B; 3DXD A; 3WA0 A; 4L6E A; 1FAQ A; 3FSS A; 1UPQ A; 2CAY A; 4MY6 A; 4A5K A; 3OAN A; 3QWM A; 1X1G A; 4L9M A; 4HHV A; 1V5M A; 2LUL A; 3ULB A; 4F7G A; 3KRX A; 2D86 A; 2K00 A; 4KAX B; 2D85 A; 2Z0P A; 1WVH A; 1DBH A; 1P5T A; 4HAT B; 4HB3 B; 1H67 A; 2DTC A; 2HE7 A; 2RUK B; 5CLL B; 3JAR M; 1Z87 A; 2R0D A; 1U5E A; 4GMV A; 5C5B A; 4UXH A; 1FAR A; 2VSZ A; 2QJZ A; 4EDM A; 3KZ1 A; 1U5F A; 1SH6 A; 2L2I A; 2AEH A; 1PTQ A; 1M7E A; 1MAI A; 2RLO A; 5JLJ B; 1KZG A; 3VOQ A; 2WA5 A; 1NTY A; 2ZPY A; 1FHX A; 1UNP A; 1Q67 A; 3U7D A; 1AOA A; 4GYV A; 3SYX A; 4K2P A; 1EVH A; 1I2H A; 2GCJ A; 1EAZ A; 4Y94 A; 3T06 A; 2Y8F A; 3I6X A; 3HK0 A; 2COC A; 5HE3 A; 4NY0 A; 2DX5 A; 2B8T A; 1NTV A; 2DFK A; 4WSF A; 4BBK A; 3N7C A; 2L1C A; 3KMU B; 2YS5 A; 4WVF B; 1K5D B; 1AQC A; 3ODW A; 2W2X C; 2WA7 A; 2ENN A; 1EF1 A; 2OQB A; 3BJI A; 1N3H A; 5FUY A; 1W4R A; 3JAL M; 1X05 A; 4Q59 A; 3TW1 A; 1V88 A; 5L81 A; 2ELI A; 1BKR A; 3F5R A; 1XD4 A; 4EKU A; 1W1G A; 1DDW A; 1DDV A; 4KHO A; 1X1F A; 1WGQ A; 4B6D A; 2D89 A; 1W1D A; 2WFN A; 2KCJ A; 5J3T A; 4Z2M B; 3BIN A; 2WVJ A; 2R09 A; 2UZ3 A; 1UPR A; 2J0K A; 2ROV A; 2VKI A; 2GVI A; 1DXX A; 1X86 A; 3JV3 A; 2RVB B; 1MIX A; 4F7H A; 4GN1 A; 3SNH A; 3SUZ A; 2D87 A; 2FJL A; 3A8P A; 1J19 A; 3D8E A; 5J8E A; 3AU4 A; 5KQ1 A; 4HAV B; 3PVW A; 3ODX A; 3V5W A; 2VRW B; 2EYI A; 2K3S A; 1F5X A; 3E2I A; 1V89 A; 3O96 A; 2W2X D; 5HE0 A; 3ODO A; 3TFM A; 1XCG A; 2VZC A; 1PXY A; 1UEF A; 5HE2 A; 3UGL A; 2LOX A; 4P7I A; 2RNR B; 3HQC A; 3PG7 A; 5C16 A; 2P0D A; 4FKD A; 1MK7 B; 2YS1 A; 4IOY X; 5JP4 A; 2MDX A; 3LJU X; 1V5U A; 1P6S A; 2UZR A; 2YT0 A; 2R8U A; 2DHJ A; 5CLQ B; 2UZS A; 2V76 A; 2YRY A; 2DLW A; 2E2X A; 2H7D A; 2I5C A; 1U5D A; 4CYE A; 1E5W A; 3ULC A; 5GOW B; 1XA6 A; 2K2J A; 3F0W A; 4H8S A; 2CY5 A; 1H10 A; 3TCA A; 5DI9 B; 2YS3 A; 1FGY A; 4GZU A; 2I1J A; 2ELB A; 1DYN A; 2Z0Q A; 1UNR A; 2YRN A; 1FOE A; 1U2B A; 3FEH A; 5KQ4 A; 4DBB A; 4MT7 A; 3GYO A; 2UVM A; 1WIX A; 2P0H A; 4ZRJ A; 3FM8 C; 3NSU A; 1RFH A; 2RR8 A; 2LOZ A; 3KRW A; 3KMW B; 2MWN B; 2ROW A; 1Y5O A; 4YON A; 4CHM A; 4A6H A; 4TYZ A; 1WYR A; 2DX1 A; 2I5F A; 4HAW B; 3HOP A; 3REP B; 2QQ0 A; 3HOC A; 1TBO A; 3QIJ A; 5FI1 A; 3A98 B; 5DH9 B; 3RCP A; 2COD A; 4B6H A; 3PEG A; 4TXK A; 2QKM A; 4MK0 A; 2E73 A; 1FHW A; 3JAK M; 3PP2 A; 2FNF X; 1QAG A; 5FUX A; 2YF0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KIG A; 1WJO A; 2YT1 A; 1YTP A; 4K81 A; 1OY2 A; 3FVC A; 2XQN M; 1OMT A; 2DKP A; 1T77 A; 2D9V A; 1SGN I; 3PVU A; 2J9R A; 5CCL A; 2Z59 A; 1ZC3 B; 1Z2I A; 2PZ1 A; 4CSQ A; 2NU3 I; 1I7A A; 4HDO A; 4GI3 C; 1FB8 A; 2ZKM X; 2JYY A; 2LEO A; 1WKU A; 3A8Q A; 3AU5 A; 1AWE A; 3R5C A; 1FGZ A; 2DKQ A; 3X23 A; 3P6A A; 1WTJ A; 2N0Y A; 2D10 A; 5E3P A; 2J87 A; 2Z14 A; 1TBN A; 2AL6 A; 1Q9B A; 2PQ8 A; 3PZD A; 1TJT A; 2Y7B A; 1CT2 I; 2KGX B; 2RSG A; 1M8C A; 2ODD A; 3DXC A; 3UZT A; 2K2R A; 3SV1 A; 1SH5 A; 2L3G A; 1Y1B A; 1SGY I; 1LB1 A; 1R0R I; 5C79 A; 5I2M A; 5D27 A; 5D3X A; 5EX3 A; 1WYN A; 2P0F A; 3ML4 A; 5FMT A; 2VZG B; 5EFX A; 4Z2N A; 2LKO A; 2WA6 A; 1UNQ A; 3HW2 B; 4IFS A; 1LR9 A; 1N13 A; 2J0J A; 3CXL A; 1U5G A; 2GKV A; 3SO6 A; 3WYF B; 2DB6 A; 1BHD A; 1DDM A; 1DS3 I; 3MEK A; 3FC3 A; 3UEY A; 2P8V A; 4GXB A; 2JV9 A; 5HQ8 A; 1KBE A; 2HL9 A; 2GUM A; 4PNK A; 5J8F A; 5A4B A; 5HI7 A; 1TQZ A; 4EMO A; 1XBT A; 1OVO A; 3FSX A; 3KY9 A; 2Y8G A; 4TKN A; 5I2S A; 1X4S A; 2SGE I; 1RRP B; 3HSA A; 4UXJ A; 2I1K A; 2EC1 A; 2NZ8 B; 2Q13 A; 4DX8 A; 2X18 A; 1WG7 A; 1TXD A; 4EDL A; 3UEJ A; 1MJ9 A; 1AA2 A; 1NI2 A; 1WYP A; 1K7T A; 2DK9 A; 3D8F A; 1BY1 A; 1ZM0 A; 2D9Y A; 2V1C C; 4HB2 B; 4GPT B; 2DHK A; 2ELA A; 5D3Y A; 3SEK C; 1GC6 A; 4DX9 0; 1UEG A; 1BWN A; 5FI0 A; 2R0O A; 1NU2 A; 2LYD A; 2JP2 A; 2QQE A; 2KR0 A; 2BCJ A; 5FUV A; 1ZVR A; 3G9W A; 2YVC A; 4UXI A; 3E59 A; 2COF A; 3PVL A; 1IY5 A; 1SHC A; 1TBQ R; 4GOU A; 4OT1 A; 2KMQ A; 5BVR A; 4SGB I; 1P3R A; 2EQO A; 1MB8 A; 1ZSQ A; 1IY6 A; 2H7E A; 1IW4 A; 4GNK B; 2Z0O A; 1PLS A; 2JA1 A; 4IAP A; 5CCM A; 1EUV A; 3MPX A; 2GCL A; 4ZRK A; 3QAH A; 2OD1 A; 2SGQ I; 4DIX A; 2HTH B; 1UVF A; 2W0T A; 3R5D A; 4HAX B; 3VIA A; 1XX6 A; 2EE7 A; 2W2W A; 2VZI B; 1TJ6 A; 1XKE A; 2GKT I; 1WI1 A; 4A6F B; 4DXA B; 1AN1 I; 4HB4 B; 2CWG A; 1GC7 A; 1TBR R; 2J0M A; 2YT2 A; 1SGR I; 1RT8 A; 1H4R A; 2DA0 A; 2IYB A; 1FAO A; 1LW3 A; 2ORV A; 3FER A; 2ADZ A; 1MPH A; 4QJ5 B; 5DHA B; 1MKE A; 4TXI A; 3M1I B; 3TO1 A; 1ISN A; 1P2X A; 1WYQ A; 2D9W A; 3UGI A; 1K7U A; 1UHA A; 1ZC4 B; 1MK9 B; 1BTN A; 3UGD A; 2EJ8 A; 2COA A; 3EO2 A; 2M14 A; 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