The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
139
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sequence length |
353
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structure length |
353
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Chain Sequence |
NDEERIRIKEQGILQQGELYKQEGKAKELADLIKVTRPFLSSISKAKAAKLVRSLVDMFLDMDAGTGIEVQLCKDCIEWAKQEKRTFLRQSLEARLIALYFDTALYTEALALGAQLLRELKKLDDKNLLVEVQLLESKTYHALSNLPKARAALTSARTTANAIYCPPKVQGALDLQSGILHAADERDFKTAFSYFYEAFEGFDSVDSVKALTSLKYMLLCKIMLGQSDDVNQLVSGKLAITYSGRDIDAMKSVAEASHKRSLADFQAALKEYKKELAEDVIVQAHLGTLYDTMLEQNLCRIIEPYSRVQVAHVAESIQLPMPQVEKKLSQMILDKKFSGILDQGEGVLIVFEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The proteasomal subunit Rpn6 is a molecular clamp holding the core and regulatory subcomplexes together.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase, protein binding
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| source organism |
Drosophila melanogaster
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| molecule keywords |
26S proteasome regulatory complex subunit p42B
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| total genus |
139
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| structure length |
353
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| sequence length |
353
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-09-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01399 | PCI | PCI domain |
| A | PF18503 | RPN6_C_helix | 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T5X A; 4LCT A; 3CHM A; 3JCK C; 3TXM A; 3TXN A; 4D10 C; 2MRI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1E7U A; 2LSU A; 3C98 A; 4N3A A; 1TN6 A; 4DLO A; 2X6I A; 4HLE A; 3TXM A; 1UN9 A; 2OOE A; 4GTR A; 3FUJ A; 3FUK A; 2B0O E; 3EHN A; 4DX6 D; 2X38 A; 3PZD A; 4J8E A; 4AXH A; 1AWC B; 4TXQ A; 2VQ2 A; 3CKC A; 3JYS A; 1Z5S C; 2HM8 A; 4JL0 A; 3FUN A; 4NIK A; 3UT4 A; 4F3V A; 4I6J A; 4JHR A; 4MBG A; 4G1T A; 4J0U A; 3ZPJ A; 1JPL A; 2YHC A; 3JQ0 A; 5ITZ F; 2ZGG A; 4G8L A; 3C3R A; 5KWD A; 4BSX A; 4HI9 A; 2QFC A; 3E30 A; 4U07 A; 4GTT A; 1JCS A; 2JLB A; 4OVV A; 1H6O A; 3TWW A; 4B94 A; 4N2S A; 3URZ A; 3C5R A; 4KZ0 A; 1TNU A; 1KT1 A; 2NXP A; 5HKP A; 2WXO A; 3FDH A; 1N4P A; 4JC8 A; 4I17 A; 4TXR A; 3ZEF A; 2GRQ B; 4J8F A; 2AJA A; 4L7T A; 1YYH A; 3U9W A; 5BV1 A; 4NQ0 A; 3RIB A; 3UX4 A; 5KBA A; 4BEP A; 2RKK A; 1RZ4 A; 2HR2 A; 5CHE E; 4ZFH A; 1IYG A; 2QZA A; 3ZHE B; 4UI9 C; 3MV2 B; 1E7V A; 4N5C A; 3CHR A; 5ENO D; 1UN8 A; 4GZC A; 2Y4U A; 2YQ8 A; 4N3C A; 3FFL A; 2ION A; 3ULQ A; 4XKC A; 3HXC A; 1NI1 A; 3TL5 A; 3PNT B; 5KNH D; 3LEW A; 4HOQ A; 4U8H A; 1FT1 A; 4N2Q A; 4JEU A; 5BXO A; 1MHQ A; 5LCW J; 3FUM A; 1HG5 A; 4WND A; 4Y6C A; 5FJY A; 1UW4 B; 1S64 A; 5FQ4 A; 4TUM A; 4NAC A; 4HBD A; 4JVS A; 3PZ1 A; 1NA0 A; 3S7F A; 2L6B A; 2J4D A; 4EHM A; 1BU9 A; 4HB5 A; 3JUE A; 5LOZ A; 2UY1 A; 1E8Z A; 1SW6 A; 4U0Z A; 5D66 A; 3E4B A; 3V31 A; 2L6J A; 2V5Q C; 2XCB A; 3DEO A; 2NC9 A; 2IFU A; 3D9K A; 4ANX A; 5HRY A; 3RRM B; 2I6H A; 4K5C A; 2KCV A; 1BD8 A; 5AAR A; 1O1R A; 4DX1 A; 4I43 A; 2LNI A; 3V2X A; 3R7R A; 2NSZ A; 3CK8 A; 1FVH A; 4U8Y D; 2GRL A; 3V2O A; 2ETC A; 3L6A A; 3SBT B; 4KVO A; 5G05 J; 3Q79 A; 3KSL A; 3L9T A; 3L54 A; 5ANL A; 4A63 B; 1NP7 A; 1BPO A; 3CVW A; 2IEJ A; 3G2T A; 1TN7 A; 5EX0 A; 2CHZ A; 2XS1 A; 1HE8 A; 1HX8 A; 1SZ9 A; 5KNG A; 5FT9 A; 5FIO A; 3UI2 A; 5EIL A; 1TN8 A; 5CBO A; 5ANR A; 2VSN A; 1A5E A; 2J49 A; 1ELW A; 2CHX A; 1Y8M A; 3W9F A; 1JWG A; 3R7Q A; 2GRM A; 4L9P A; 5J08 A; 2I1K A; 2VGX A; 1FVF A; 2LAH A; 4YDW A; 3DPY A; 4O1O A; 4AV7 A; 3DWL G; 3CGH A; 4AOF A; 3UKU G; 3FTY A; 3RJV A; 3KD7 A; 3FTU A; 3ASG A; 4DK5 A; 4FAD A; 3DST A; 2IOL A; 3CVP A; 3PNL B; 4KT6 B; 3D9L A; 4GZ3 A; 3VLE A; 1N0Q A; 4I1A A; 5KJL A; 3Q47 B; 2I2O A; 4XKB A; 4GZ6 A; 1BI7 B; 2A5E A; 4OVU A; 2IU1 A; 4BY6 A; 1TNO A; 5ARG A; 4B0Z A; 1KT0 A; 3VTX A; 3ZW3 A; 4TRQ A; 3PUJ A; 3DSX A; 2VJ8 A; 2LXM A; 2Y1L E; 3PZ2 A; 3ZHE A; 3ZYL A; 2IQC A; 3B95 A; 4M3O A; 3I4G A; 1QBQ A; 4FHK A; 4WNG A; 4CRW A; 3MGB A; 4E85 A; 1W3B A; 4I6G A; 5DBK A; 2AXZ A; 3ZYQ A; 5LCW C; 1JCQ A; 1K8K G; 4U63 A; 1OXJ A; 3FH7 A; 1H19 A; 4ILH B; 2WM9 A; 2RFM A; 2OEV A; 1TR4 A; 2L0T B; 5KJK A; 1VDY A; 2MRI A; 3EDT B; 3CVV A; 2OCC E; 2WQH A; 4LNB A; 2XS8 A; 4H7Y A; 3FTZ A; 1UJK A; 4QFV A; 4BER A; 3SHF A; 3L22 A; 2Y4T A; 3DBS A; 2WB2 A; 3CVU A; 3LKU A; 3LYA A; 5BT1 A; 2GGF A; 2WMO A; 4ACL A; 4MS6 A; 4XIF A; 4A55 A; 3AS8 A; 1OT8 A; 5CRU A; 4DX5 D; 4FJZ A; 3GZ2 A; 5FZS A; 3AAA C; 4XE0 A; 1WDY A; 3G2W A; 3DSS A; 1OWL A; 3AG4 E; 2E2E A; 2WMN A; 2OV8 A; 2C0M A; 3QAQ A; 3EU9 A; 5H7P A; 2XZT G; 3C3O A; 5G05 C; 2KZT B; 4JXT A; 3MEK A; 2ILR A; 1MJ0 A; 2NYJ A; 4Y6W A; 5FIN A; 3UQ3 A; 3BG1 B; 4F7A A; 2P9S G; 3B7T A; 4I2Z A; 1LD8 A; 3HVE B; 2WXH A; 1SZA A; 4TXP A; 5KCM A; 5BV0 A; 3D3M A; 1N4S A; 1UJJ A; 4XI9 A; 2VSY A; 1A17 A; 4W9R A; 3AG3 E; 4GCO A; 2V4H C; 4ILI A; 3CV0 A; 3IHY A; 4DJA A; 2P9P G; 4GTP A; 1HFA A; 4HOR A; 3ULE G; 2WQ7 A; 5AQB A; 4GML A; 4F1S A; 1SA5 A; 3QNK A; 5EIB E; 1WAO 1; 3RRU A; 4G23 A; 1Z3X A; 2ETB A; 3RK6 A; 2Y69 E; 5LP0 A; 5M72 A; 3FY4 A; 5CEC B; 3TG5 A; 4U8V D; 4K0R A; 2L9B A; 3D9M A; 5AAO A; 5ENR D; 3PEV B; 3QWV A; 4AP2 A; 3UM3 A; 1E8X A; 5EYL A; 4O6F A; 4UQZ A; 2J08 A; 2PM6 A; 4PH4 B; 3I5P A; 3CK7 A; 1Z3Y A; 3Q9U C; 4K03 A; 3TWX A; 1TJC A; 4Q96 A; 3P2B A; 3ASF A; 3LS8 A; 2P9L G; 2F8X K; 2LAI A; 4HLL A; 2BTD A; 2HYZ A; 2XPI A; 5D0Q D; 1PY1 A; 1WY6 A; 3AG1 E; 3ZYK A; 3ZUV B; 3NAW A; 2VGY A; 2V5F A; 4WUY A; 2FUL A; 4APF A; 3FWV A; 2F0Y A; 4UI9 K; 4ILG A; 2P9K G; 1IQU A; 2PQR A; 2VSO E; 3U66 A; 2GRP B; 3BU8 A; 3T8K A; 4CT0 A; 4Q69 A; 2WPV A; 2IF4 A; 2IOS A; 2DBA A; 2H6G A; 4P29 A; 3T5X A; 1LF8 A; 2XGS A; 3KAE A; 4XX5 A; 4J8S A; 5D2M C; 3PDN A; 2V4L A; 5KJM A; 2R05 A; 2ZIS A; 1XNF A; 3CHS A; 3RU0 A; 1HS6 A; 2DZO A; 4AJW A; 1K1B A; 4FUL A; 3MZL B; 2H6H A; 3IXE A; 3WG7 E; 3Q4A B; 3UT8 A; 4MLP A; 2WXP A; 5FTP A; 3ZGQ A; 3PRZ A; 3FUF A; 3D9P A; 4CDR A; 4DRX E; 2PM7 A; 4RSY A; 3UKR G; 4OAV B; 3FUE A; 2Q7F A; 5JHB A; 2OVB A; 3B7R L; 2H6F A; 4OYS A; 5G04 C; 3FU6 A; 1L5J A; 3JXJ A; 3LDZ A; 1DCE A; 5CBN A; 1AP7 A; 4B8C B; 3PUK A; 1NL4 A; 3UTM A; 4KMO A; 3GZS A; 5B1A E; 3UIP C; 4HI8 A; 1K1A A; 3RKV A; 2LO6 A; 3EHQ A; 2KZT A; 1WG0 A; 4RQI A; 4J8D A; 3DPD A; 4OAU C; 1BLX B; 5JHA A; 1LTX A; 4HOS A; 5E76 A; 3MA5 A; 5AJD A; 4I2W A; 5AN8 A; 2YNQ A; 2PNN A; 3B13 A; 3TWT A; 3FU0 A; 4APO A; 3G2S A; 2XZD G; 2FO7 A; 1DCQ A; 3BUA A; 3L17 A; 1UOH A; 5T4Y A; 4ACK A; 4BT9 A; 2C2L A; 4Q94 A; 3PRE A; 4U04 A; 2XEE A; 4YDY A; 3CIA A; 3ML8 A; 4HRN A; 3CVN A; 3S2A A; 4HRM B; 4YVQ C; 1O5M A; 3KEZ A; 1N94 A; 3ZFW A; 2F37 A; 1E8Y A; 2XPY A; 2ZIR A; 4YND A; 5CCL A; 2R2L A; 4A3V A; 1TYQ G; 1ZU2 A; 2X6H A; 3QWW A; 4PUC A; 3SBS A; 1SQM A; 5G55 A; 3FH8 A; 1MZC A; 4G8K A; 3QJZ A; 4JW1 A; 3ZXP A; 1JCR A; 2J8S D; 3ML9 A; 3SO8 A; 5LX8 A; 4BET A; 1H6P A; 4IYP A; 1HH8 A; 3B7B A; 4UWG A; 3K9I A; 4ZHB A; 1N4Q A; 3DSU A; 4XI0 A; 3LPZ A; 1OCR E; 3ZXS A; 3NQP A; 2C0L A; 3HRA A; 5BW8 C; 2QC9 A; 3MKQ B; 1U3C A; 3CHO A; 4AM9 A; 3C72 A; 3ABL E; 3ZYM A; 3OAW A; 2QYU A; 4GTO A; 4HQD A; 3G2U A; 3U3W A; 3AS5 A; 3APF A; 3T8M A; 4I6E A; 4A1S A; 4URK A; 1DVP A; 4DX7 D; 4GZD A; 2LUH A; 3LVQ E; 5HQ8 A; 3Q7A A; 1SA4 A; 5CED B; 4BSZ B; 3RAU A; 1KPS B; 2WXK A; 4JD2 G; 4PS3 A; 4DI3 A; 4U0S A; 3TGO A; 3L08 A; 1YA0 A; 2VGE A; 2FI7 A; 3GW4 A; 4JA9 A; 1TEZ A; 3L16 A; 4GPK A; 3OTN A; 5EKQ D; 4K5B A; 1IQR A; 3UIN C; 2R5S A; 4I1M A; 1H6K A; 1FT2 A; 2XGO A; 4AY6 A; 3G2V A; 3R9A B; 1OCC E; 2ZXW E; 3ESK A; 4BES A; 4FU3 A; 3DSW A; 3CQC B; 4WWP A; 1HXI A; 5J90 A; 4K5A B; 4J6I A; 2WXR A; 3UPV A; 2OEW A; 1P5Q A; 5AJL A; 1EPU A; 2EQX A; 3HYM B; 3Q75 A; 3QKY A; 4LEU A; 2OND A; 3PVL A; 3FEY A; 1QQE A; 1YMP A; 2CG3 A; 1N54 A; 5FQ6 A; 4V3I A; 4J8Y A; 4MRU A; 4EBA G; 4L1B A; 5AIJ A; 2Y3A A; 3D9H A; 1PC2 A; 4TV3 A; 3ONK A; 1XGW A; 5BXU A; 4NUR A; 1N52 A; 4GTV A; 3NOG D; 3QC1 A; 2X3M A; 3ISM C; 3TJP A; 2J09 A; 4YDE A; 4GA2 A; 4WNE A; 4GTS A; 2AVP A; 3JQ1 A; 1IHG A; 2HE0 A; 1KZP A; 4AVX A; 2ETA A; 4BX9 A; 3DSV A; 3VLD A; 5CMW A; 2AW6 A; 3SFZ A; 3N71 A; 4EZL A; 4GMR A; 1SVX A; 4HS2 A; 4BT8 A; 2IY0 C; 2XHE A; 2ZU6 B; 2A4Z A; 2LSV A; 3DXK G; 3TWU A; 3FTS A; 4ME2 A; 3C3Q A; 4HXI A; 2LXL A; 5FWQ A; 5ENQ D; 1IKN D; 2DIW A; 1OWP A; 3FU5 A; 1HG2 A; 1PAQ A; 3BG0 B; 4G11 A; 5AQA A; 5G04 J; 4D10 C; 3EIJ A; 2UWJ G; 3ZKJ A; 2J4B A; 3CEQ A; 4R7L A; 3SFY A; 2P9N G; 3Q73 A; 2IJG X; 1HF8 A; 5IY5 E; 2EIJ E; 2MHK A; 2WXJ A; 2PZI A; 4ANW A; 3T9K A; 3ZNG A; 3Q78 A; 3CR3 A; 5E75 A; 2GRN B; 1JUQ A; 3I4R B; 3FU3 A; 5AQ7 A; 4H7X A; 1HZ4 A; 4E6H A; 4CGW A; 2CFU A; 3D9I A; 4GYO A; 1FPP A; 2JEK A; 3UXG A; 3KSQ A; 5FQ8 A; 1N0R A; 3FTW A; 4O1P A; 2CFZ A; 3I3N A; 3LCA A; 2BED A; 1INZ A; 4RLY A; 4IRU A; 4EQF A; 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