The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
168
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structure length |
168
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Chain Sequence |
VVTPFSRDDRGHTPLHVAAVCGQASLIDLLVSKGAMVNATDYHGATPLHLACQKGYQSVTLLLLHYKASAEVQDNNGNTPLHLACTYGHEDCVKALVYYDVESCRLDIGNEKGDTPLHIAARWGYQGVIETLLQNGASTEIQNRLKETPLKCALNSKILSVMEAYHLS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Varp is Recruited on to Endosomes by Direct Interaction with Retromer, Where Together They Function in Export to the Cell Surface.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
RAS-RELATED PROTEIN RAB-32
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| total genus |
57
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| structure length |
168
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| sequence length |
168
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| chains with identical sequence |
E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| D | PF12796 | Ank_2 | Ankyrin repeats (3 copies) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CBO A; 2Y1L E; 4HLL A; 1IXV A; 2V5Q C; 4HRN A; 4LSZ E; 4O1O A; 3TWQ A; 3LJN A; 4J8Y A; 1MX4 A; 3TWS A; 3V30 A; 4O60 A; 2V4H C; 1TR4 A; 4GMR A; 2ETC A; 2DZN A; 3V2O A; 3F6Q A; 1YYH A; 1K1B A; 3ZNG A; 1S70 B; 5CED B; 3UXG A; 2QYJ A; 5AQ9 A; 4CZ2 D; 1MJ0 A; 4CYM D; 5CBN A; 1OY3 D; 1UOH A; 2ZGG A; 5ENP D; 4Z68 A; 5EIB E; 3EU9 A; 4BEP A; 4U96 D; 2NYJ A; 3JXJ A; 1A5E A; 4LNU D; 1OT8 A; 2BKK B; 1YMP A; 3C5R A; 3NOG D; 3B95 A; 2ETB A; 4F6R D; 3IXE A; 3Q9N C; 5ENQ D; 2QC9 A; 2RFM A; 1MYO A; 5ENR D; 3ZUV B; 4U95 D; 2MYO A; 3J5P A; 4C48 B; 3TWR A; 1WG0 A; 3EHQ A; 1BLX B; 4BER A; 2ZGD A; 5KBA A; 1G3N B; 5HS0 A; 3TWU A; 4A63 B; 3V79 K; 2XEH A; 1SVX A; 5ENO D; 5KNG A; 1K1A A; 3B7B A; 4O1P A; 2KBX A; 4G8K A; 4DRX E; 2F8X K; 1DCQ A; 5EYL A; 2RFA A; 2KXP C; 5D66 A; 2XZT G; 4ATZ D; 4HI8 A; 3ZU7 B; 1BU9 A; 1DC2 A; 2XEE A; 3AAA C; 3T9K A; 2J8S D; 5HRY A; 5AAO A; 1WDY A; 1N0R A; 2XZD G; 3V2X A; 5ITZ F; 1MX2 A; 2DZO A; 4U8Y D; 4G8L A; 1MX6 A; 3Q9U C; 4HNA D; 4NIK A; 5EYP F; 1NFI E; 1BI7 B; 2A5E A; 5EID A; 1SW6 A; 3TWV A; 1AP7 A; 1IHB A; 3W9G A; 3V31 A; 4QFV A; 3TWX A; 4TUM A; 5BXO A; 2FO1 E; 3D9H A; 4N5Q A; 3UI2 A; 1K3Z D; 2F37 A; 3EHR A; 4ZHB A; 4F1P A; 3DEO A; 5EIL A; 4YDY A; 5JMN D; 5JA4 D; 4HB5 A; 5HKP A; 2Y0B G; 5AQB A; 2DWZ A; 3TWW A; 2F8Y A; 5BXU A; 5ENT D; 1D9S A; 4YDW A; 2B0O E; 4BET A; 3HG0 D; 3UTM A; 5AN8 A; 3ZKJ A; 3SO8 A; 4OAU C; 2VGE A; 4DX2 A; 3JUE A; 5ENS D; 3W9F A; 4DX7 D; 3J5Q B; 5AQ7 A; 4HBD A; 4B93 B; 3NBN B; 5CEA A; 2BKG A; 4LG6 A; 2JAB A; 4HRM B; 4UUC A; 1AWC B; 2XEN A; 4BES A; 4OAV B; 4DUI A; 3JXI A; 4K5B A; 5CEC B; 2AJA A; 4K5A B; 4QQI A; 4BSZ B; 5KNH D; 4K5C A; 1N11 A; 1YCS B; 3HRA A; 4HI9 A; 2ETA A; 4HRL A; 4U8V D; 5EN5 D; 5AQA A; 5FIN A; 5CER B; 3AJI A; 4GPM A; 1IKN D; 1BD8 A; 5KWD A; 5FIO A; 3T8K A; 3KEA A; 4DX6 D; 4DX1 A; 2L6B A; 2P2C P; 1QYM A; 4JB8 P; 4ZFH A; 5AAR A; 2PNN A; 3DEP A; 1BI8 B; 3TWT A; 2HE0 A; 4RLY A; 1N0Q A; 3NOC D; 4J7W A; 2DVW A; 4HQD A; 4DX5 D; #chains in the Genus database with same CATH topology 2X38 A; 3PZ4 A; 3MKR A; 3FH8 A; 4L1B A; 1OCC E; 4JL0 A; 3EU5 A; 1XNF A; 3AU4 A; 5BV0 A; 3B7R L; 4PDX A; 2AXV A; 2OND A; 3JXJ A; 3WG7 E; 4E6H A; 1O5M A; 1IHG A; 2AVP A; 2LXL A; 4U95 D; 2VGX B; 4CRW A; 4HXI A; 2R03 A; 4YDO A; 4GA2 A; 4F1S A; 4LNB A; 1HFA A; 3L54 A; 1IHB A; 4QFV A; 3UI2 A; 3EHR A; 3FUL A; 1E7U A; 3D9O A; 3CSF A; 3T5X A; 4GZ3 A; 3G2V A; 4I1A A; 3UTM A; 3LVR E; 2I6H A; 1RZ4 A; 1JUQ A; 3B7U X; 2I2O A; 3ASG A; 4UUC A; 4U8H A; 3D9M A; 4XE0 A; 2WQ7 A; 4FJY A; 4UQY A; 4ANU A; 2NXP A; 4OVU A; 3PRE A; 1HZ4 A; 2I9C A; 4GTQ A; 3FDH A; 3CK8 A; 2V5Q C; 3Q78 A; 1OXJ A; 1TEZ A; 1S0P A; 3GZ1 A; 3D9P A; 1S70 B; 3PH0 C; 2FUL A; 2R05 A; 3TXN A; 3B7T A; 5EIB E; 1OWP A; 4PUC A; 5BPP A; 4L7T A; 3ZYM A; 3IXE A; 1MYO A; 3ZUV B; 2VSX E; 4G24 A; 3QNK A; 3LS8 A; 3BQO A; 2H6F A; 4B0Z A; 3ZEF A; 2ZGD A; 3DSU A; 4LER A; 5HS0 A; 3D9N A; 2KBX A; 5D66 A; 3HVE B; 3PDN A; 5JJT A; 2J8S D; 3VLE A; 4A1S A; 3PEV B; 3S7F A; 3FTX A; 3V2X A; 1NA0 A; 4GCO A; 4JPS A; 3Q73 A; 3P1U A; 2OOE A; 2EIN E; 4F1P A; 4MRU A; 3DBS A; 2Y4U A; 2Y0B G; 5DBK A; 4LNG A; 2B0O E; 5FZR A; 3EUV A; 4UWK A; 4L23 A; 3SO8 A; 2JEK A; 4TRQ A; 4DX7 D; 4B93 B; 2HM8 A; 5CEA A; 3ISM C; 2BKG A; 4LG6 A; 4D10 C; 3FU0 A; 4XX5 A; 4K5B A; 2F0Y A; 2CFZ A; 3MA5 A; 3R7R A; 3SD5 A; 3EHM A; 4GYW A; 1ELW A; 1WAO 1; 3Q75 A; 4FAD A; 4ZFH A; 3RK6 A; 3U64 A; 2J4D A; 5A6C A; 2C0M A; 3IKO B; 2DVW A; 4DX5 D; 4HRN A; 4RQI A; 4FHK A; 4KZC A; 4I17 A; 2L6J A; 1MX4 A; 2J09 A; 2KZT A; 3QC1 A; 4JHJ A; 2DCP A; 2QYJ A; 4PS7 A; 4IYP A; 5KCM A; 4BEP A; 2XRZ A; 4CGW A; 1UJJ A; 3SGH A; 2DYR E; 4ILG A; 4W9R A; 3PUJ A; 2GGF A; 2ETB A; 3CKC A; 2EQX A; 3GYZ A; 3DRA A; 3FTZ A; 3S7J A; 5T8I A; 1O1T A; 4WWO A; 3PRZ A; 1NL4 A; 4HLE A; 1SVX A; 3CR3 A; 5FZQ A; 2WM9 A; 4K03 A; 3Q9U C; 3ESL A; 2IU1 A; 3D9H A; 1Z3Y A; 4Q69 A; 3ULQ A; 3ZKJ A; 5FTP A; 4FA6 A; 5IY5 E; 1YA0 A; 2WXP A; 5JHA A; 3ZIM A; 1N11 A; 5FQ6 A; 2NC9 A; 2VQ2 A; 3ABL E; 3ZYK A; 5BNW A; 5BW8 C; 4WNE A; 5KJN A; 1TN7 A; 3UQ3 A; 1UN8 A; 4HQD A; 4J8D A; 1OWL A; 2EIL E; 3FUE A; 1FPP A; 1K1B A; 5CRV A; 4JVS A; 3G2T A; 1WY6 A; 2QC9 A; 1TNZ A; 4EEC A; 4BWR A; 2XEH A; 5CHE E; 3TGO A; 3PNT B; 3SQV A; 4ACK A; 1Y6I A; 4G26 A; 4WNG A; 4U04 A; 2XZT G; 3ULY A; 4XKB A; 2VSY A; 2XGS A; 4EZL A; 2RKK A; 4B89 A; 1HXI A; 1EYH A; 5ITZ F; 4BTA A; 3FUD A; 2OEW A; 1BI7 B; 1QQE A; 3JYS A; 4ABN A; 2P58 C; 1HS6 A; 5JA4 D; 3C98 A; 5AQB A; 5BT1 A; 3HG0 D; 3FTV A; 4M7C A; 4N3B A; 3FUK A; 4FLH A; 3CQC B; 3CV0 A; 4HRM B; 5FT9 A; 4GZC A; 4GTV A; 3FTW A; 3CVY A; 4I1M A; 4HRL A; 2DBA A; 2YHE A; 4NRH B; 4GPM A; 4GYY A; 3MYV A; 3SBT B; 5KJK A; 4YVO A; 4DX1 A; 3UT7 A; 4A3V A; 3PE4 A; 3FEX A; 4YVQ C; 5LFA A; 3CLJ A; 3ABM E; 5EX0 A; 3CST A; 3S2A A; 4Q94 A; 2X6I A; 1TNO A; 1JWF A; 3Q4A B; 4UWG A; 3QB2 A; 3MKQ B; 4ANW A; 3ULE G; 4URK A; 3U66 A; 4N5C A; 4B8C B; 2P9P G; 3WXX A; 2WXF A; 3FFL A; 5FWQ A; 4XIF A; 3BUA A; 1N94 A; 3CEQ A; 4HOT A; 3UT4 A; 4IN3 B; 2R2L A; 5CCM A; 3LVQ E; 3HXF A; 2B6C A; 3MEK A; 4NAC A; 3UT8 A; 3L13 A; 2PQR A; 1WDY A; 4LEU A; 2EIK E; 2IQC A; 4KVO A; 1S63 A; 1MX6 A; 5ENN A; 1SW6 A; 4ZHB A; 3E30 A; 3E4B A; 5JMN D; 2R02 A; 4TXR A; 3TWW A; 4CT0 A; 3L16 A; 3ZXP A; 4HVB A; 4DX2 A; 1N9A A; 1H19 A; 4AP2 A; 4UQX A; 4JD2 G; 3ABK E; 2CHX A; 3CVN A; 1AWC B; 5EX3 A; 2MRI A; 1N4P A; 3FEY A; 5JHB A; 1YCS B; 1INZ A; 4A1G A; 4GML A; 2WXL A; 4L9P A; 1HH8 A; 1QYM A; 2WPV A; 3MJW A; 3AG3 E; 2KCL A; 5KJL A; 4U0Z A; 2PNN A; 2AWI A; 2L9B A; 4ACL A; 3FH5 A; 1FT1 A; 5CRU A; 3SI5 A; 4CT4 A; 4LSZ E; 3TWQ A; 4J8S A; 1LD8 A; 4OYS A; 4Y6C A; 1P5Q A; 2GRL A; 5AJD A; 4KXK B; 3CVL A; 3FP3 A; 4DLQ A; 1N54 A; 3UXG A; 5CBN A; 2J07 A; 1UOH A; 3SBS A; 4XEI G; 2BUG A; 4Q96 A; 3NOG D; 3BU8 A; 3ONL A; 2GRN B; 1N95 A; 3EHQ A; 5KBA A; 4J8F A; 2EIM E; 4A63 B; 2F8X K; 3DSV A; 5CMY A; 5BUZ A; 3UM3 A; 3SFX A; 4FC8 A; 3FUF A; 4GTO A; 1AP7 A; 3IHV A; 5BXO A; 5ARF A; 1K3Z D; 3Q7F A; 3MKQ A; 4GYO A; 1MHQ A; 3MGB A; 1N4R A; 3CVX A; 3R9A B; 4FUL A; 3BEE A; 4JEU A; 3ZN3 A; 2VTB B; 3ZW3 A; 2HR2 A; 2GRM A; 3VTY A; 4OAV B; 4BSZ B; 5KNH D; 4C0M A; 3FU3 A; 4N39 A; 5CER B; 4EBA A; 1IKN D; 1HO8 A; 1NI1 A; 4KYO B; 4IUL A; 4WNF A; 2IFU A; 3EIQ C; 4RLY A; 4O1O A; 4JW1 A; 4WWN A; 1Z6T A; 4I6E A; 3X2Q E; 3N71 A; 4UI9 J; 3TL5 A; 1KT1 A; 2UY1 A; 3PUK A; 1QZ2 A; 4U96 D; 1TN6 A; 5AJL A; 3IV0 A; 4LNU D; 4MKT A; 4XKC A; 3C5R A; 3BG0 B; 4L2Y A; 3ONK A; 4DK5 A; 3E32 A; 3ZVV A; 3C72 A; 4U0S A; 5H7P A; 3DWL G; 2WXH A; 4C48 B; 1BPO A; 3Q15 A; 4GAA A; 3EJN A; 3QDN A; 3L08 A; 4KT6 B; 4U8Y D; 3AG2 E; 3SF4 A; 4GTR A; 2E2E A; 1HX8 A; 2ZXW E; 4I6J A; 2WXG A; 3UPV A; 4EZJ A; 3UKR G; 3CVQ A; 1ZBP A; 2F8Y A; 5A23 A; 5AN8 A; 2WXN A; 5ANR A; 2ZU6 B; 5G55 A; 2LAI A; 1TYQ G; 3NB2 A; 3JXI A; 4EZK A; 4DLO A; 5CEC B; 3URZ A; 3LYA A; 3I4R B; 5G2N A; 4UI9 C; 4FHJ A; 3T8K A; 4LCT A; 3KEA A; 4F3V A; 1EDU A; 4HOS A; 4I2W A; 3CHP A; 3DSW A; 4J6I A; 2OCC E; 2KM4 A; 3C3Q A; 1HU3 A; 1IXV A; 2VGX A; 3LJN A; 1SZA A; 2BTD A; 3V30 A; 1S64 A; 1UJK A; 2UWJ G; 2ETC A; 2EIJ E; 4KMO A; 4MBG A; 2LUH A; 2P9N G; 3ZPJ A; 1GW6 A; 2WVI A; 3K9I A; 1FVH A; 3EU9 A; 2IOL A; 2VTB A; 3B7S A; 2XGM A; 1RW2 A; 3ASO E; 5LCW C; 1JWG A; 2CG3 A; 3CVP A; 5B1B E; 4I6G A; 4AXH A; 2V0P A; 4BER A; 1E8W A; 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