The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
187
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sequence length |
498
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structure length |
498
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Chain Sequence |
VDWYLVRSLALNLQDLMMPEQENFSQYVDCLMAGAFSGYVADSNLGTGWSGRYATYNPSDDWKKIPFNDFYSKFYPDYFNLKNQSDDELFLSLAELYRIVVMLRVTDTYGPIPYSKVGAANAIKSPYDSQQAVYAKMLEDLDNIITVLGKFGNQSFSSSADRIYNGNTSAWYKFANSLKLRMAMRTCYVAGFNVNGKTSQQLAEEAVAAGVMTAATDGAYRKVADHNPWQRFMVLWSDARISADLTCYMNAYNDPRREAYYDKSTFGTVSGNAYTGEESYVGLRRGILQGQYNSWSQGSSCMKVTTSDNIVVFRASEVAFLRAEGALRNWNMGGTAKDFYEEGIRLSFEENGITSGVENYLASTGKVEAYKDPLKGQSAQTYDYSGAINTNVTVAWSGGDFEKSLEQIITQKWIANFPNGMESWTEYRRTGYPKLMPMAANASGGIVNDAEGARRMPYPTDEYRENRESVEAAVATLTQESKTKRGDTMATHVWWDCK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a susd homolog (BACOVA_04803) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 2.25 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
SusD homolog
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| molecule tags |
Sugar binding protein
|
| source organism |
Bacteroides ovatus
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| total genus |
187
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| structure length |
498
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| sequence length |
498
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12741 | SusD-like | Susd and RagB outer membrane lipoprotein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Q69 A; 3MCX A; 5T4Y A; 3JQ1 A; 3JYS A; 5J90 A; 4F7A A; 5FQ4 A; 4LER A; 3HDX A; 5FQ7 A; 5FQ6 A; 4F53 A; 5T3R A; 3GZS A; 4L7T A; 3OTN A; 3SGH A; 3FDH A; 5E75 A; 3MX3 A; 3NQP A; 5FQ8 A; 3KEZ A; 3JQ0 A; 3L22 A; 3CKC A; 3IV0 A; 3CK9 A; 3EHM A; 3CK7 A; 5LX8 A; 4MRU A; 3CKB A; 3P1U A; 3MYV A; 5E76 A; 3EHN A; 3EJN A; 3CK8 A; 3CGH A; 3I4G A; 4PUC A; 3LEW A; 3QNK A; 3SNX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HU3 A; 4J8F A; 3CEQ A; 4NUR A; 3L6A A; 5G2N A; 2B0O E; 2V8S E; 2L0I A; 3IKO B; 4AIF A; 1TN7 A; 3ASH A; 4CDR A; 3O48 A; 1NI1 A; 1TJC A; 2VGY A; 2DZO A; 3DSW A; 5T8I A; 3CHQ A; 3FTU A; 3EIJ A; 2J9Q A; 4I9E A; 3HIZ A; 3EHQ A; 3AG2 E; 4WND A; 4OVV A; 4GAA A; 2XGM A; 5LX8 A; 4DX2 A; 3BG1 B; 3V2X A; 2A5U A; 2MOW A; 2ZIR A; 2LXL A; 4IN3 B; 1IHG A; 1SVX A; 5KNG A; 2P9P G; 3HXE A; 3ZYM A; 1NP7 A; 2FI7 A; 4A3V A; 2WXO A; 2KZT A; 3FU3 A; 5EID A; 3MGB A; 3QWV A; 3LYA A; 3ZN3 A; 1IQR A; 3TJP A; 2R03 A; 1DCQ A; 4Q96 A; 4ZFH A; 2WMO A; 2Y4T A; 2HYZ A; 2NYJ A; 4QQI A; 2V4H C; 3Q4A B; 2XEE A; 3J5Q B; 2J49 A; 3S7J A; 3JXI A; 2JAB A; 4OAU C; 4EZJ A; 1TNU A; 1YYH A; 3FUN A; 2FO1 E; 2IOL A; 4DX6 D; 4C0M A; 2XZD G; 2ETC A; 2LAI A; 3J5P A; 5A7D B; 4J8Y A; 2GRO B; 5BV1 A; 4HRM B; 4FJY A; 1NA3 A; 3CVV A; 3PS6 A; 4W9R A; 2R59 A; 2H6I A; 2NXP A; 2YIN A; 2P9U G; 4GYW A; 2KXP C; 3SY2 A; 1OUV A; 4BSX A; 4YVO A; 1YA0 A; 4GTS A; 3SF4 A; 3FEY A; 2WXQ A; 3DST A; 2Y69 E; 1HH8 A; 1H6O A; 3CVL A; 3ASG A; 3B95 A; 4U8Y D; 2KM4 A; 3ZPJ A; 2J8S D; 2LAH A; 3CK8 A; 3QNK A; 4LNU D; 3I4R B; 2RD0 A; 3EDT B; 1Q2Z A; 2X6F A; 3ZKJ A; 3ASF A; 4ZHB A; 4NRH B; 3PZ3 A; 4BT8 A; 4EPZ A; 4U63 A; 1OCZ E; 3VLD A; 3U64 A; 3ZUV B; 2DIW A; 2AW6 A; 1IXV A; 3CVQ A; 1LD7 A; 3Q49 B; 3LEW A; 5EIB E; 2LXM A; 3PNT B; 4KMO A; 1KZO A; 5BNW A; 3JYS A; 2GRQ B; 4BER A; 4M3O A; 4B89 A; 3AU5 A; 1S63 A; 4JXT A; 4JPS A; 3U66 A; 5AQ9 A; 2KCK A; 4R7L A; 3EHM A; 4AP2 A; 4GTR A; 2F8Y A; 1E7U A; 3NAW A; 3FP3 A; 3EU5 A; 4EEC A; 2IOS A; 5CBN A; 2Q7F A; 4WUY A; 5H7P A; 1HFA A; 3VTY A; 3FH5 A; 3CLJ A; 3L13 A; 4LNG A; 5M72 A; 3BG0 B; 4XI0 A; 2XRY A; 3CST A; 3OXG A; 2KZT B; 3I5P A; 2WXH A; 4UI9 J; 4ME2 A; 5ENO D; 2WPV A; 4DLQ A; 2IEJ A; 4G8K A; 1ELR A; 2GW1 A; 5AJD A; 4H7X A; 1O5M A; 3AG3 E; 5D0O D; 5BUZ A; 2J08 A; 1QNF A; 4GTP A; 3LVR E; 3N71 A; 4L9P A; 4A55 A; 2F8X K; 5A6C A; 2L6J A; 2XS1 A; 4G8L A; 1EF1 C; 4N3B A; 4E85 A; 2XQ0 A; 5FWQ A; 2WQH A; 3IV0 A; 2WXP A; 2I6H A; 3CQG B; 3CV0 A; 1OWP A; 1O1S A; 3ABK E; 4J8D A; 4JEH A; 2IF4 A; 4RG9 A; 2XEH A; 4GCN A; 4HI9 A; 5CRU A; 1BPO A; 3TG4 A; 1MYO A; 1O1R A; 4XE0 A; 4RG6 A; 1H19 A; 3CVU A; 1YCS B; 3KSL A; 4YDW A; 4UWK A; 4CCA A; 4TXR A; 5FZR A; 3CVX A; 3MYV A; 1U3D A; 4UWG A; 4I1O B; 5D66 A; 2OCC E; 3IEG A; 3FTX A; 3BQO A; 3G2W A; 5FZQ A; 2CFZ A; 3MX3 A; 2I2O A; 1X5B A; 3PNL B; 1WY6 A; 3QAQ A; 3CKB A; 4JA9 A; 1TNY A; 3C5R A; 5CCL A; 3ASN E; 3E33 A; 1Y8M A; 3ULE G; 4AXH A; 3FTS A; 5AQA A; 4GCO A; 1TJF A; 4D10 C; 2E0I A; 4XEI G; 4F1P A; 5G04 J; 2V5F A; 5AEN A; 4TUM A; 3FUM A; 3ZYL A; 3V31 A; 1S64 A; 1VDY A; 3HXB A; 3CR3 A; 2WB2 A; 3QK0 A; 5CHE E; 2YHC A; 2B6C A; 5AYW D; 3L22 A; 1Y6I A; 3ABM E; 1OT8 A; 4DPR A; 5KJK A; 3R9M A; 2OV8 A; 4U96 D; 1KT0 A; 1MX6 A; 5AQ7 A; 3S7F A; 1HE8 A; 3P1U A; 3FUH A; 5JA4 D; 4WWN A; 3DRA A; 3SNX A; 3TWS A; 2IU1 A; 3NZS A; 3MJW A; 2Y4U A; 3CVY A; 4HI8 A; 1QQE A; 3VLF A; 3DXK G; 2XPY A; 3DPY A; 3ZU7 B; 1TNB A; 2VYI A; 2YHE A; 1D8D A; 1N4P A; 3U4T A; 3FU6 A; 4FHK A; 2PQN A; 5J08 A; 4GU5 A; 1RZ4 A; 3HXD A; 3KAE A; 2C0L A; 5EKQ D; 3MKR A; 4URK A; 4RVB A; 4MRU A; 4CRW A; 5ENN A; 3RRM B; 1XGW A; 3UMV A; 4I2Z A; 5JJT A; 5EN5 D; 1OCR E; 4G1T A; 3FTV A; 3Q47 B; 1FPP A; 4I6J A; 2UY1 B; 1JCQ A; 2WXM A; 4J7W A; 4BFR A; 1LF8 A; 4EBA G; 3FWV A; 3TL5 A; 4ACK A; 2XGO A; 3EU9 A; 2AVP A; 5CCM A; 3ZW3 A; 4EZL A; 4DRX E; 1PY1 A; 1NL4 A; 4N5Q A; 4BX9 A; 4Q69 A; 4UQY A; 5CMY A; 4N2S A; 3FH8 A; 4KBQ A; 3SZ7 A; 4TV3 A; 4KT6 B; 5ENP D; 1JCR A; 5JHA A; 4YDE A; 3D9M A; 3D9L A; 4GPK A; 1K8K G; 1PC2 A; 2BKG A; 5BXO A; 3LY9 A; 4U7E B; 2EIL E; 2AXV A; 4HOU A; 1O1T A; 3CSF A; 4KVM A; 4XI9 A; 3BU8 A; 4I2W A; 2DCP A; 3T9K A; 4N2Q A; 1K3Z D; 4PH4 B; 3HXF A; 1H2V C; 4EZK A; 4A63 B; 3UKU G; 3ZGQ A; 3OXF A; 3FUL A; 3GZ2 A; 3CQC B; 3MA5 A; 3L82 A; 4JZY A; 5FTP A; 5HI7 A; 2ETB A; 4GZC A; 3PZ1 A; 3C98 A; 1OCO E; 2XGS A; 1HG5 A; 1E7V A; 3ASO E; 2OEW A; 3CK9 A; 3FFL A; 2VTB A; 3V79 K; 4U07 A; 3D9O A; 2XPI A; 5LFA A; 5J90 A; 4ILG A; 1N54 A; 4KXK B; 2Y3A A; 5D0Q D; 3CK7 A; 2VSX E; 3LDZ A; 4HRN A; 3FTW A; 3B13 A; 3JQ1 A; 5EYP F; 5AIJ A; 2AJA A; 5T3R A; 4BET A; 1DC2 A; 5BXU A; 4A3T A; 2IQC A; 3QWW A; 4GZ6 A; 3AJI A; 1HO8 A; 2AWI A; 1IKN D; 2V0P A; 2BUG A; 4FLB A; 1MX4 A; 1UW4 B; 3PRZ A; 2WM9 A; 3QJZ A; 2VGE A; 3AS8 A; 3D9H A; 4CT4 A; 2FBN A; 2VSY A; 2IJG X; 1N4S A; 1V55 E; 2CG3 A; 4HOS A; 4GZ3 A; 3TAX A; 4LUN U; 3PEV B; 2DVW A; 2CHX A; 1OWM A; 3IHV A; 1KPS B; 1HS6 A; 2BF0 X; 4CZ2 D; 1G3N B; 4IUL A; 4WNF A; 3DSS A; 3HYM B; 4IYP A; 2ILR A; 2WXN A; 4NQ0 A; 4C48 B; 2CHW A; 4XKB A; 3UT4 A; 2WVI A; 1E8Y A; 5CMW A; 3I4G A; 2GGF A; 5KBA A; 3FUJ A; 2XZT G; 4Q94 A; 1Z5S C; 5FT9 A; 4BTB A; 4AEZ C; 3APF A; 5BW8 C; 1XNF A; 4OAV B; 4FJZ A; 3SFZ A; 4UWL A; 3MKQ B; 4UQX A; 3SBT B; 4RSY A; 2FF4 A; 3LJN A; 4BWR A; 3EHR A; 4LNB A; 3FDH A; 3OAW A; 1HX8 A; 1K1A A; 2BKK B; 2XRZ A; 5B1B E; 1UJK A; 1WG0 A; 4TXQ A; 1MJ0 A; 2A5E A; 4DLO A; 4UI9 C; 2VTB B; 5KJL A; 2L9B A; 2XCC A; 4K03 A; 4HNA D; 1N95 A; 4ABN A; 4L7T A; 4TRQ A; 4DI3 A; 5E75 A; 2MRI A; 2LSU A; 3AS5 A; 4V3I A; 2DZN A; 1IYG A; 4O1O A; 2I1J A; 4N3C A; 5T4Y A; 4APF A; 3ULQ A; 3ZEF A; 1SZA A; 4I6G A; 3HXC A; 4HB5 A; 4JVS A; 4FUL A; 4L23 A; 1QBQ A; 4ACL A; 2AXZ A; 2WXI A; 1B89 A; 2Y0B G; 4K5B A; 4F1S A; 4FA6 A; 3ZIM A; 1JWG A; 1TN6 A; 1EPU A; 2EIJ E; 3SGH A; 5HKP A; 3TWX A; 3BEE A; 3K9I A; 4LG6 A; 1WDY A; 4GTO A; 2ION A; 4BES A; 4ANW A; 1OWL A; 4J8E A; 5KCM A; 2X6J A; 1KT1 A; 2DYR E; 4AM9 A; 1UN9 A; 3C3O A; 4DX5 D; 1S0P A; 1W3B A; 2YQ8 A; 1N4R A; 3FU0 A; 3TWV A; 4C0E A; 5HQ8 A; 4XKC A; 2R02 A; 3EJN A; 3UM0 A; 1FCH A; 4XX5 A; 2WQ6 A; 3V2O A; 5FQ4 A; 4M7C A; 3D9K A; 1TN8 A; 3UPV A; 2KCV A; 2AXU A; 4A1G A; 2V5Q C; 5G04 C; 1LTX A; 3IXE A; 4Z68 A; 3I3N A; 4ATG A; 1UJJ A; 4GTV A; 4YDO A; 3W9G A; 4APO A; 4HOR A; 1UG3 A; 1DVP A; 2J09 A; 4JHJ A; 4A1S A; 2BED A; 4F6R D; 3SD5 A; 4JHR A; 3Q7F A; 4P29 A; 3TGO A; 2HO1 A; 5JHB A; 4H7Y A; 5KJN A; 1BI8 B; 2VQ2 A; 3QWP A; 2HE0 A; 3PZ4 A; 3O4Z A; 3C72 A; 1EDU A; 3NB2 A; 2L0T B; 3ASD A; 3D9I A; 4MS6 A; 3CKC A; 3SFX A; 1V54 E; 3ESK A; 5ENT D; 4XIF A; 4GA0 A; 1H0A A; 1E8Z A; 1BI7 B; 3QKY A; 4ANU A; 1HXI A; 3FY4 A; 2X3M A; 3ONK A; 4HOQ A; 4BTA A; 3B7B A; 3VTX A; 2JLB A; 4YDY A; 4FC8 A; 5FJY A; 4B94 A; 5ARG A; 2F0Y A; 2OND A; 2QZA A; 3ZXP A; 5JJ7 A; 1HF8 A; 1MQS A; 2GRR B; 3CHR A; 1N0Q A; 3FH7 A; 4WWO A; 4OVU A; 4JC8 A; 3SO8 A; 2F37 A; 3MCX A; 1SA4 A; 4AVX A; 2R5S A; 1D9S A; 2WXR A; 2JEK A; 3FU5 A; 3LS8 A; 2ZXW E; 3SQV A; 3PUJ A; 2P9S G; 5LP0 A; 1H2T C; 2ZGG A; 4U8V D; 3E34 A; 2RKK A; 5CEA A; 3DBS A; 4N39 A; 3UIN C; 1NFI E; 2OVF A; 2R2L A; 4GZD A; 3ESL A; 4WWP A; 2QYU A; 3CHS A; 4K5C A; 3KEA A; 4E6H A; 3CGH A; 3TWR A; 1Z3Y A; 3U3W A; 4PDX A; 4UQZ A; 2C0M A; 1UOH A; 1HZ4 A; 2DBA A; 2VSO E; 4GTM A; 3E30 A; 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