The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
76
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sequence length |
235
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structure length |
235
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Chain Sequence |
VLFQGPHMLEENIQEKIAFIFNNLSQSNMTQKVEELKETVKEEFMPWVSQYLVMKRVSIEPNFHSLYSNFLDTLKNPEFNKMVLNETYRNIKVLLTSDKAAANFSDRSLLKNLGHWLGMITLAKNKPILHTDLDVKSLLLEAYVKGQQELLYVVPFVAKVLESSIRSVVFRPPNPWTMAIMNVLAELHQEHDLKLNLKFEIEVLCKNLALDINELKPGNLLKDKDRLKNLDEQLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structural basis for the interaction between the CAF1 nuclease and the NOT1 scaffold of the human CCR4-NOT deadenylase complex
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
CCR4-NOT transcription complex subunit 1
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| total genus |
76
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| structure length |
235
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| sequence length |
235
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ION A; 4LUN U; 3L6A A; 4B89 A; 2KZT B; 3D3M A; 1H2U A; 3FEY A; 1HU3 A; 2FUL A; 1H2T C; 3FEX A; 4JHJ A; 4CRW A; 4B8C B; 3EIJ A; 4GML A; 2HM8 A; 2VSX E; 5ANR A; 4GMJ A; 2I2O A; 4C9B B; 1H2V C; 2IU1 A; 2RG8 A; 1UG3 A; 4CT4 A; 2IOS A; 3EIQ C; 2NSZ A; 2VSO E; 1N54 A; 1H6K A; 4JHK A; 2ZU6 B; 3RK6 A; 2IOL A; 1UW4 B; 2GGF A; 4CEM A; 4B8A A; 2KZT A; 3JUI A; 4IUL A; 1N52 A; 1PAQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LDZ A; 3Q73 A; 3JQ0 A; 4DK5 A; 4CCA A; 3L9T A; 3CIA A; 3B13 A; 3RAU A; 5J08 A; 5G04 J; 1E8Y A; 4RLY A; 3ZUV B; 3SNX A; 3E32 A; 2KXP C; 3CHQ A; 3RRU A; 3BEE A; 4JB8 P; 2IEJ A; 2OEV A; 4K5B A; 1X81 A; 4KBQ A; 1UJJ A; 4DLQ A; 2XGS A; 4RG9 A; 3ENE A; 3CGH A; 4UWG A; 3VLF A; 2XZT G; 5FT9 A; 1OWL A; 4DX6 D; 4ILH B; 5H7P A; 4AP2 A; 5J90 A; 2WXG A; 2WXL A; 3APD A; 3RU0 A; 1KZO A; 2E2E A; 1MJ0 A; 2A5E A; 1AP7 A; 1EF1 C; 3IBE A; 5BXU A; 4G26 A; 2V5Q C; 4GA0 A; 4B94 A; 4PS3 A; 1E7U A; 3PE4 A; 3ZHE A; 2PNN A; 5LCW C; 1FVH A; 4JVS A; 3PNL B; 3BU8 A; 2IY0 C; 2P2C P; 1SW6 A; 2X6F A; 3T5V A; 3UKU G; 4XKB A; 1YCS B; 4WNF A; 3HG0 D; 4NIK A; 2QYJ A; 2DZO A; 5G2N A; 1D9S A; 4I1M A; 4FP7 A; 2RFM A; 2Y0B G; 3V2X A; 1INZ A; 4DPR A; 2ZGD A; 3BUA A; 3RO2 A; 4UWF A; 1JCR A; 2LAH A; 4I2W A; 1K3Z D; 4DX2 A; 2EIN E; 1W3B A; 2IFU A; 2WXJ A; 4HI9 A; 4U96 D; 1V54 E; 1HG2 A; 1QQE A; 2V8S E; 3FTV A; 3B7U X; 2BED A; 2YHC A; 5HKP A; 3TWR A; 2UY1 A; 1TN6 A; 2P9U G; 3Q79 A; 3ZGQ A; 3UMV A; 1SZ9 A; 1WY6 A; 4WWP A; 2H6G A; 2J07 A; 4A3T A; 3PS6 A; 2HYZ A; 3ONL A; 3HYM B; 4ME2 A; 4I17 A; 4OYS A; 3QWV A; 2UY1 B; 2L6J A; 4DX1 A; 3D9K A; 2NXP A; 4ILI A; 3TAX A; 1TNY A; 1QYM A; 4WWN A; 3ZU7 B; 5E75 A; 3L13 A; 4I9E A; 1SVX A; 4DUI A; 1NA3 A; 2XEE A; 4CDN A; 3LYA A; 3Q49 B; 4UQZ A; 3GZ1 A; 3TG5 A; 3CST A; 1SZA A; 4FHJ A; 5EN5 D; 3E37 A; 3PZD A; 1H2V C; 4X8Q A; 4FAD A; 2MRI A; 2VGY A; 3Q7F A; 3I5P A; 3CHS A; 3UM0 A; 3V2O A; 2RKK A; 2XQ0 A; 5BUZ A; 3CKB A; 5AQ9 A; 4I2Z A; 3ASF A; 4HFG A; 2XS8 A; 2J8S D; 3R7Q A; 2HE0 A; 4CT0 A; 3QNK A; 2LXL A; 1UN8 A; 3JYS A; 5JJ6 A; 3UIO C; 3EHM A; 4B89 A; 1O5M A; 4GB9 A; 1HE8 A; 2FI7 A; 3LPZ A; 3PEV B; 4HOQ A; 1IQU A; 1OXJ A; 5FIO A; 2YHE A; 3TJP A; 4FA6 A; 2UWJ G; 2WXK A; 2IOS A; 2GRP B; 4GTS A; 3HXB A; 3ZNG A; 3VLE A; 4I9C A; 1N52 A; 3MV3 B; 2X6J A; 3C3O A; 2J9Q A; 3LJN A; 5DIZ A; 3ML8 A; 3OTN A; 2R03 A; 1MHQ A; 4TXR A; 3E34 A; 2F8Y A; 4D10 C; 3TXM A; 5LP0 A; 3KAE A; 2GRL A; 1TN7 A; 3PNT B; 4BT9 A; 3SGH A; 2F37 A; 4I6G A; 4B0Z A; 3FUL A; 1NA0 A; 2VSN A; 2AJA A; 1FCH A; 3S7J A; 2WXO A; 1TN8 A; 3MZL B; 4PH4 B; 4A1S A; 4GZD A; 2KC7 A; 2V4L A; 3MGB A; 2ZIR A; 1EYH A; 5T8I A; 1UN9 A; 4DX7 D; 5HRY A; 4LG6 A; 1MYO A; 3CHP A; 4G2V A; 4CEM A; 3GZS A; 5C2Y A; 3AG3 E; 5CBO A; 5FZS A; 1KT1 A; 1O1T A; 3MYV A; 3DSW A; 3APC A; 4L2Y A; 3DPD A; 3I4R B; 3PZ4 A; 1E90 A; 3DSU A; 4EQF A; 3Q15 A; 5JHA A; 4R7L A; 2AXU A; 3VLD A; 3V30 A; 3FU5 A; 1WAO 1; 1U3C A; 1WG0 A; 1NI1 A; 3LS8 A; 2OEW A; 3DSX A; 3SO8 A; 4Q94 A; 3S7F A; 2AW6 A; 5FZQ A; 1N0Q A; 1N54 A; 4EPZ A; 2LO6 A; 2IOL A; 3BQO A; 4DLO A; 1QNF A; 3LEW A; 3HXF A; 5JJ7 A; 2VGX A; 4JD2 G; 3DST A; 4NRH B; 3GW4 A; 2J09 A; 5ENS D; 4M7C A; 4ACK A; 4QQI A; 1V55 E; 2CHX A; 1N4Q A; 2QZA A; 4F7A A; 3QOU A; 1OWP A; 4FUL A; 3FTZ A; 3T8K A; 4KVO A; 4A1G A; 3UXG A; 3D3M A; 3NZU A; 3SFZ A; 4HQD A; 2VGX B; 4FC8 A; 3ASN E; 3OXF A; 2LSV A; 4ACL A; 3UT8 A; 2R59 A; 2I9C A; 3S7B A; 1XNF A; 4N3A A; 5AQ7 A; 3KSL A; 1H2U A; 1IYG A; 3CQC B; 3ULQ A; 1K8K G; 4APO A; 3G2W A; 4CDR A; 4AM9 A; 2XPZ A; 1U3D A; 4ANU A; 4XX5 A; 3EHQ A; 4J6I A; 4O1P A; 3UIN C; 1FT1 A; 2IO3 C; 3FTY A; 4BTB A; 4EZK A; 2R05 A; 3TWU A; 3O4Z A; 1O1R A; 2PM7 A; 4HOR A; 4HRM B; 2PQN A; 3E30 A; 3FUE A; 3PVL A; 4HS2 A; 1UJK A; 4G24 A; 5ENN A; 4HBD A; 4E85 A; 2JEK A; 4F3V A; 3ONK A; 3W9G A; 4PS8 A; 4HOS A; 2DZN A; 4ZFH A; 2XGM A; 3FFL A; 2B0O E; 1LTX A; 2MYO A; 3NOC D; 3P1U A; 4N3B A; 3WXX A; 3PDN A; 3NB2 A; 4I1A A; 1OWN A; 3ULY A; 4YVQ C; 1SQM A; 3FU0 A; 4F1P A; 1H6K A; 3SQV A; 4A55 A; 5B1B E; 3QWW A; 3SF4 A; 3PE3 A; 3UM1 A; 3ISM C; 3Q9N C; 1TNO A; 3DXK G; 3AJI A; 4FJZ A; 2MHK A; 4OAV B; 3CVX A; 2F0Y A; 2B6C A; 4W9R A; 2CFZ A; 4AXH A; 3D9H A; 4I6J A; 4BFR A; 4GTP A; 1RW2 A; 5M72 A; 3ASO E; 2NYJ A; 3DBS A; 3T5X A; 3CVU A; 4EEC A; 4U0U A; 4N3C A; 3FU6 A; 3C3Q A; 2GRR B; 1DNP A; 2KCL A; 4BEP A; 2J49 A; 3HXE A; 2H6F A; 4KT6 B; 5AAO A; 3G2T A; 3LY7 A; 3MKR A; 3KEZ A; 3KEA A; 2FO1 E; 2EIJ E; 2ILR A; 1OT8 A; 4YVO A; 5ENR D; 4L7T A; 3D9P A; 4UI9 K; 1AWC B; 4GYY A; 2WXI A; 4YND A; 2BUG A; 4C0E A; 3O48 A; 4XIF A; 4OVU A; 3B7S A; 3NAW A; 2KCK A; 2XS1 A; 4URK A; 4J0U A; 2XEN A; 2NSZ A; 1MX6 A; 4A63 B; 3U3W A; 2WQH A; 1EPU A; 4UQX A; 4WND A; 4NQ0 A; 4G8L A; 3B7R L; 1H2T C; 3FEX A; 2XCB A; 4UI9 C; 1NL4 A; 2OND A; 3OAW A; 4CT4 A; 3Q9U C; 2IO2 C; 2IF4 A; 3S2A A; 2CHW A; 1N0R A; 4Q96 A; 4UWH A; 5EIB E; 2BKK B; 3LXU X; 4QFV A; 2Y4U A; 1S63 A; 3ZXP A; 3L22 A; 2ZIS A; 3ZFW A; 2Y1L E; 1TNU A; 4RG6 A; 5ITZ F; 4CGW A; 4IYP A; 4U7E B; 5AIJ A; 4APF A; 2I1K A; 5AYW D; 3ZHE B; 4I1O B; 3UM3 A; 2L0I A; 3NBN B; 3TWQ A; 5JMN D; 2A4Z A; 3D9J A; 4U63 A; 1DCQ A; 1DVP A; 4C0M A; 3LVR E; 1NFI E; 4GCN A; 1ZB1 A; 4HOT A; 5EX0 A; 3ZIM A; 3NZS A; 2FO7 A; 3ML9 A; 1BPO A; 4XE0 A; 3FTS A; 3ASH A; 5LCW J; 3FU3 A; 5KWD A; 3HXC A; 3LCA A; 3FUH A; 2X6I A; 5AQA A; 1LD7 A; 2GRN B; 4KZC A; 3V79 K; 4G11 A; 2P9I G; 3FTW A; 4L23 A; 5D66 A; 2VSX E; 2ZGG A; 2DCP A; 2EQX A; 5CHE E; 2OOE A; 2R2L A; 2C0L A; 2YNQ A; 3SY2 A; 1IQR A; 5IY5 E; 2XEH A; 5ARF A; 2IJG X; 5ARG A; 3ASD A; 3X2Q E; 4BT8 A; 1JWG A; 4CYM D; 5E76 A; 3FH7 A; 3J5Q B; 5ANR A; 2CFU A; 5FTP A; 4GZ3 A; 4N5C A; 3LVQ E; 2AXZ A; 2JLB A; 3MKQ A; 4ABN A; 2DVW A; 5EX3 A; 3QKY A; 2I1J A; 5ENO D; 1KLX A; 5T3R A; 3IHY A; 5CCM A; 4P29 A; 2FEZ A; 5CEC B; 4JXT A; 1H6O A; 2WQ6 A; 5FQ7 A; 2A5U A; 2GGF A; 3MKQ B; 2KZT A; 1TYQ G; 2VSO E; 5HQ8 A; 3L6A A; 2GRM A; 2XRY A; 3ABM E; 4GTM A; 3JCK C; 2GW1 A; 3EDT B; 4AY5 A; 2Y3A A; 4G23 A; 3PH0 C; 3ZYK A; 3D9M A; 4TRQ A; 1PY1 A; 4GTQ A; 4Y6C A; 5FZR A; 3CEQ A; 5LOZ A; 5EDS A; 5FIN A; 2WXP A; 4CDM A; 4PDX A; 2KZT B; 4HI8 A; 4L9P A; 4CRW A; 4JZY A; 5KJK A; 1HFA A; 1LD8 A; 4Y6W A; 4JA7 A; 2OV8 A; 1H6P A; 3QB2 A; 1FPP A; 2VQ2 A; 2QYU A; 4N39 A; 3ULE G; 3ZW3 A; 5A6C A; 2VTB A; 1N4P A; 1HG5 A; 1UW4 B; 5G55 A; 5C1D A; 4IUL A; 2GRQ B; 2X6H A; 4DI3 A; 2P9L G; 3CVN A; 4RSY A; 4U0S A; 3D9O A; 2ZXW E; 4TUM A; 1Y6I A; 1WDY A; 3RRN B; 3ZPJ A; 4PUC A; 5BT1 A; 2VTB B; 4J8Y A; 3FP3 A; 1KT0 A; 4ZHB A; 3S7D A; 1U2V G; 3JXJ A; 1SA5 A; 3RO3 A; 2VYI A; 2WXN A; 5G05 C; 5FWQ A; 3WG7 E; 1JUQ A; 2DBA A; 4DRX E; 3AS8 A; 3L54 A; 1MZC A; 3Q47 B; 3DXM G; 4EZL A; 1QBQ A; 3I4G A; 3JUE A; 1S0P A; 1K1B A; 3UTM A; 2P9P G; 4UUC A; 4ILG A; 2YIN A; 1MX2 A; 3FDH A; 3AU5 A; 3AAA C; 4U0Z A; 3ZRH A; 1H19 A; 2JAB A; 3UT4 A; 5BW8 C; 4IN3 B; 1XGW A; 4J8F A; 3QJZ A; 3CHR A; 1ZU2 A; 2ION A; 2P9S G; 3E33 A; 4XEI G; 4WNG A; 4JL0 A; 3I3N A; 1OWM A; 4MLP A; 4RVB A; 1E96 B; 3EIQ C; 3UT7 A; 2KBX A; 3NF1 A; 3TXN A; 4B8A A; 4BTA A; 2M63 A; 4GMR A; 4LUN U; 3AS5 A; 5G05 J; 3BG0 B; 3IEG A; 1HO8 A; 5KNG A; 1A5E A; 3U64 A; 4JW1 A; 4HXI A; 1RZ4 A; 2DIW A; 3IXE A; 3SI5 A; 3G2U A; 5ANL A; 4GTO A; 4WNE A; 4KMO A; 3EU9 A; 1X5B A; 3FUD A; 2IQC A; 2PQR A; 3EU5 A; 1BI8 B; 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