The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
156
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structure length |
156
|
Chain Sequence |
GSDLGKKLLEAARAGRDDEVRILMANGADVNAADVVGWTPLHLAAYWGHLEIVEVLLKNGADVNAYDTLGSTPLHLAAHFGHLEIVEVLLKNGADVNAKDDNGITPLHLAANRGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTAFDISINNGNEDLAEILQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Multidrug efflux pump subunit AcrB
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| total genus |
50
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| structure length |
156
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| sequence length |
156
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| chains with identical sequence |
E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-08-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DZO A; 3Q9N C; 4HRM B; 5FIO A; 1SVX A; 3J5Q B; 2J8S D; 4F6R D; 1MX6 A; 4LNU D; 4DX2 A; 3V2X A; 3TWQ A; 2XEE A; 4HQD A; 3EU9 A; 5HRY A; 4ZFH A; 5AAR A; 2L6B A; 4J8Y A; 5EYL A; 1BI8 B; 2B0O E; 1A5E A; 4HRN A; 3B7B A; 4K5A B; 1AP7 A; 3ZNG A; 3W9F A; 4Z68 A; 3TWR A; 1DC2 A; 4BES A; 1K3Z D; 1K1B A; 5EYP F; 1MX4 A; 4N5Q A; 4O1O A; 5EIL A; 4HNA D; 2P2C P; 2F37 A; 1DCQ A; 3TWV A; 5ITZ F; 3V2O A; 2QYJ A; 2Y0B G; 3TWS A; 3NBN B; 2JAB A; 1UOH A; 5BXO A; 5BXU A; 4B93 B; 3TWX A; 1OY3 D; 3NOG D; 2MYO A; 5ENP D; 2QC9 A; 3EHR A; 4CYM D; 3V79 K; 3JUE A; 2PNN A; 5ENT D; 3V31 A; 5EID A; 4GPM A; 3V30 A; 2DWZ A; 1QYM A; 1S70 B; 1MYO A; 1BD8 A; 1IKN D; 4RLY A; 3EHQ A; 4DX7 D; 4C48 B; 2RFA A; 5HKP A; 4BET A; 3DEO A; 3UTM A; 3HG0 D; 1MJ0 A; 2V4H C; 2KBX A; 2HE0 A; 5ENS D; 2AJA A; 5CEC B; 4OAU C; 5AQ7 A; 5CEA A; 1BLX B; 4YDY A; 5AAO A; 4U96 D; 2NYJ A; 3T9K A; 3Q9U C; 4ZHB A; 4ATZ D; 1G3N B; 5HS0 A; 3ZKJ A; 4F1P A; 2KXP C; 4JB8 P; 3TWW A; 3TWT A; 2F8Y A; 2A5E A; 3D9H A; 4CZ2 D; 4DX6 D; 1AWC B; 3ZUV B; 2XEN A; 5ENO D; 4HI8 A; 4BSZ B; 1OT8 A; 4U95 D; 3NOC D; 3UXG A; 4BER A; 5AN8 A; 5KBA A; 2Y1L E; 2BKG A; 1YYH A; 2VGE A; 4HB5 A; 2BKK B; 4DUI A; 4DX1 A; 3SO8 A; 2XEH A; 3W9G A; 1BI7 B; 2ZGD A; 2XZD G; 4HBD A; 4YDW A; 3T8K A; 1TR4 A; 5AQB A; 4BEP A; 4DRX E; 4QQI A; 5AQA A; 3KEA A; 2DZN A; 5KNH D; 4LSZ E; 4U8V D; 2F8X K; 3IXE A; 4K5B A; 4LG6 A; 5EN5 D; 1N0Q A; 3C5R A; 5KWD A; 1MX2 A; 3DEP A; 3LJN A; 1N0R A; 4G8L A; 5JMN D; 1BU9 A; 4U8Y D; 5CED B; 3AAA C; 5AQ9 A; 4HRL A; 5KNG A; 1WDY A; 4HI9 A; 4J7W A; 2V5Q C; 4O1P A; 5ENR D; 5CER B; 5FIN A; 1YCS B; 3AJI A; 4OAV B; 3JXI A; 3HRA A; 3J5P A; 1IHB A; 1WG0 A; 2ETB A; 1K1A A; 4K5C A; 4NIK A; 3ZU7 B; 1N11 A; 1IXV A; 4DX5 D; 5JA4 D; 1SW6 A; 1YMP A; 4A63 B; 4TUM A; 2FO1 E; 1D9S A; 2ETA A; 4GMR A; 4G8K A; 2RFM A; 4O60 A; 5ENQ D; 3B95 A; 2DVW A; 3TWU A; 5CBO A; 3UI2 A; 5CBN A; 4QFV A; 5EIB E; 2ETC A; 2ZGG A; 3JXJ A; 4HLL A; 2XZT G; 4UUC A; 1NFI E; 5D66 A; 3F6Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3R7Q A; 3G2W A; 1IQR A; 4IN3 B; 3E34 A; 2J4D A; 3FY4 A; 3V2X A; 2LO6 A; 2V8S E; 4B0Z A; 2R05 A; 4GTP A; 3TWR A; 1NI1 A; 2OND A; 1OCO E; 4A1G A; 3HVE B; 4GZD A; 3HXD A; 3UT4 A; 2OVF A; 2XGM A; 4GZ3 A; 2WXF A; 2MHK A; 4DJA A; 5H7P A; 5AJD A; 4GPK A; 3CGH A; 2XRY A; 3E30 A; 4AOF A; 3HG0 D; 3SZ7 A; 2XRZ A; 1S0P A; 3LY9 A; 3RRM B; 4F1P A; 2KXP C; 4UQY A; 1QZ2 A; 2Y4T A; 2F0Y A; 4PS3 A; 2C0M A; 5ANR A; 4EZL A; 3I3N A; 1FVH A; 4L1B A; 4GZC A; 1OCZ E; 4BER A; 3DSS A; 1YYH A; 2OEV A; 3FH5 A; 2IEJ A; 4C0E A; 2LUH A; 3ASO E; 3G2S A; 1WAO 1; 3LJN A; 4K03 A; 4Y6C A; 3CST A; 2WXO A; 2DCP A; 2WQ7 A; 1PY1 A; 3IV0 A; 3UIO C; 2HYZ A; 2DVW A; 3FUD A; 4HOU A; 1NFI E; 4GTS A; 3FU6 A; 4U0U A; 4JZY A; 1SVX A; 3J5Q B; 2ZIR A; 2VSX E; 4LNU D; 2V5F A; 2GRQ B; 2L6B A; 3LCA A; 3ZIM A; 4EBA G; 3D9K A; 4GTV A; 2FEZ A; 4F3V A; 3SHF A; 1H2T C; 1ELR A; 3C72 A; 5T3R A; 1UJJ A; 3RK6 A; 2F37 A; 2ION A; 5AYW D; 2QYU A; 4CT0 A; 3QWW A; 2VJ8 A; 2L0I A; 4B93 B; 3ESK A; 3FUE A; 3EHR A; 5D0Q D; 1JCR A; 3E4B A; 3AU4 A; 4P29 A; 4GTR A; 4G1T A; 3AS4 A; 4BET A; 4UWL A; 3AG2 E; 1RZ4 A; 3KSL A; 3Q9U C; 1G3N B; 4EEC A; 3QK0 A; 5FTP A; 3CQG B; 2ILR A; 3CHQ A; 1OCR E; 4CZ2 D; 4HOS A; 4AXH A; 1OXJ A; 2GW1 A; 1SZA A; 3EHM A; 4FU3 A; 4DUI A; 3SD5 A; 3PNT B; 3PH0 C; 3T8K A; 4A3T A; 4BEP A; 2R02 A; 3ESL A; 4U8V D; 4G24 A; 3CVX A; 4J8S A; 2NC9 A; 5AQ9 A; 3UX4 A; 4FC8 A; 1WG0 A; 1IXV A; 2EQX A; 4AY6 A; 3C3Q A; 1LD7 A; 2E2E A; 4QFV A; 4CGW A; 4RSY A; 2DZO A; 3ENE A; 4HRM B; 3FUM A; 3K9I A; 4OVU A; 4JEU A; 1QBQ A; 4J6I A; 1ELK A; 4LNB A; 2L9B A; 4LER A; 3ZNG A; 3JYS A; 2AXV A; 2VTB B; 4TXP A; 1S64 A; 3O48 A; 4BTB A; 1MX4 A; 3IKO B; 3V2O A; 3CVL A; 2Y69 E; 1TNO A; 3ABL E; 3LY7 A; 3TWX A; 1OY3 D; 4BY6 A; 2VGX B; 3V30 A; 4GB9 A; 3NZS A; 2AJA A; 4V3I A; 2J08 A; 2I1K A; 1PC2 A; 4X8Q A; 4KBQ A; 4DK5 A; 2AWI A; 3ZKJ A; 3KEZ A; 3HXF A; 3CVY A; 4N2S A; 3FDH A; 5BT1 A; 5AN8 A; 3ZPJ A; 3D9I A; 2IJG X; 3PRZ A; 4M3O A; 2A4Z A; 3OTN A; 4WWP A; 3FWV A; 2UY1 A; 1P5Q A; 3QKY A; 1TN7 A; 4U8H A; 3UM3 A; 5FZS A; 3ZHE B; 1TNY A; 3ZN3 A; 5FZR A; 4WAF A; 4FAD A; 4JA7 A; 2LAH A; 3J5P A; 1OWM A; 4WNF A; 4HOT A; 2YIN A; 4E85 A; 3DSW A; 3DST A; 3MKQ A; 3T5V A; 3TWQ A; 1JCQ A; 2OOE A; 2WXM A; 4HRN A; 4K5A B; 4J0U A; 4BES A; 4O1O A; 4XI9 A; 2R03 A; 5FJY A; 4DLO A; 4G23 A; 3L6A A; 3NOG D; 1MQS A; 4IYP A; 4EPZ A; 2DYS E; 2WXI A; 3EIJ A; 4YVO A; 4B94 A; 1OWP A; 2IF4 A; 2DBA A; 4C0M A; 3SI5 A; 3OAW A; 4KT6 B; 3ASH A; 4TRQ A; 3IBE A; 1VDY A; 2HR2 A; 3QAQ A; 1JPL A; 4BFR A; 3QOU A; 3SO8 A; 3IHV A; 3W9G A; 2XHE A; 4AV7 A; 3DSX A; 2X6J A; 1DNP A; 2DZN A; 3S7F A; 1N94 A; 4M7C A; 4I1A A; 5KWD A; 5A6C A; 4N3A A; 3Q7A A; 4OVV A; 1WDY A; 3JXI A; 4I6E A; 4GAA A; 2FO1 E; 4TUM A; 1XGW A; 3D3M A; 5B1A E; 5CBO A; 5FQ8 A; 4HLL A; 4HI8 A; 3MA5 A; 3L9T A; 1N4P A; 1MX6 A; 3Q78 A; 5HRY A; 4CDN A; 1BI8 B; 4I9C A; 3TG4 A; 4EQF A; 1N52 A; 1HO8 A; 1K3Z D; 1NL4 A; 1JUQ A; 4RQI A; 3QAR A; 4IRU A; 3RO2 A; 2EIJ E; 3CHM A; 1SQM A; 5JJ6 A; 3UM2 A; 1XNF A; 5ENP D; 3CHP A; 1HG5 A; 3JUE A; 3V31 A; 4GTQ A; 5LP0 A; 1A17 A; 4I6G A; 3ZW3 A; 2AW6 A; 3BEE A; 1HXI A; 3MX3 A; 2JEK A; 1N4Q A; 2OVB A; 1MJ0 A; 2V4H C; 2R2L A; 2HE0 A; 3GZS A; 3QNK A; 4YDY A; 3FUF A; 2NYJ A; 5HQ8 A; 3T9K A; 3P2B A; 2FF4 A; 3TWW A; 4G11 A; 2UWJ G; 1E7U A; 1HX8 A; 4CGV A; 1FPP A; 1TNZ A; 3CKB A; 2BKG A; 3ASN E; 5FQ7 A; 3MV3 B; 3QB2 A; 3Q4A B; 5AQA A; 4LSZ E; 3C5R A; 1L5J A; 3FTS A; 3TXM A; 3B7S A; 2OV8 A; 4HRL A; 3FTX A; 4DLQ A; 2I1J A; 4U0S A; 5AJL A; 1E8W A; 2P9I G; 4FJZ A; 4J8E A; 1MHQ A; 3C3O A; 4YDE A; 3ABK E; 1S63 A; 2ZIS A; 2DIW A; 3F6Q A; 3CEQ A; 4ACL A; 1N9A A; 5AEN A; 1D8E A; 5EYL A; 3CK9 A; 2L0T B; 1ZU2 A; 2XGO A; 2VTB A; 5EYP F; 2QY7 A; 2WXL A; 2P2C P; 1H19 A; 2Y0B G; 4JC8 A; 4CRW A; 1LTX A; 4GA2 A; 4F53 A; 2EIM E; 1MZC A; 4RLY A; 2V4L A; 5HKP A; 2KZT B; 1X5B A; 2CHZ A; 3Q5M A; 3I5P A; 4GYY A; 1GW6 A; 2CHX A; 3HXB A; 3FUH A; 2WQH A; 3L82 A; 3ZFW A; 4WWN A; 5CHE E; 3RAU A; 1TEZ A; 5HS0 A; 3CVQ A; 3SBS A; 3N71 A; 5AIJ A; 4DX6 D; 5B3S E; 2XQ0 A; 3ZUV B; 3CHS A; 1OT8 A; 2I9C A; 2R5S A; 3MGB A; 5KBA A; 3AG4 E; 2R17 C; 1KPS B; 3SF4 A; 3TL5 A; 1TR4 A; 1EPU A; 3PZ2 A; 1LF8 A; 3UPV A; 4UQZ A; 1EYH A; 2BTD A; 3KEA A; 3JCK C; 3E37 A; 3PZ4 A; 3EDT B; 3ZHE A; 5BUZ A; 5FWQ A; 5J90 A; 2RKK A; 1NA0 A; 4U8Y D; 3AAA C; 3FFL A; 2LAI A; 3HRA A; 4NUR A; 2XPZ A; 2XCC A; 3ULE G; 5JA4 D; 4ANW A; 3MCX A; 3MV2 B; 4GMR A; 3LVQ E; 4O60 A; 4JPS A; 3AS5 A; 2AVP A; 4H7X A; 3KS2 A; 4UWG A; 3EIQ C; 5D66 A; 4WNE A; 3GZ2 A; 4U04 A; 1H6O A; 2J8S D; 5BNW A; 2A5U A; 4J8F A; 3UKR G; 2X6I A; 4ANX A; 2WXN A; 5KJK A; 3QDN A; 4BWR A; 4JA9 A; 2IO3 C; 2QYJ A; 4K0R A; 2AXU A; 2VSO E; 5EKQ D; 3SY2 A; 2FUL A; 1JWF A; 4CYM D; 5M72 A; 1LD8 A; 4YND A; 3FTZ A; 4DX7 D; 1WY6 A; 5BW8 C; 3CQC B; 3CV0 A; 4EBA A; 3BG1 B; 1NA3 A; 3SNX A; 2PM7 A; 4U96 D; 1N95 A; 4U7E B; 2PZI A; 4TV3 A; 1K8K G; 4UWK A; 3FU5 A; 2GGF A; 5JJT A; 1H0A A; 3C98 A; 1H6K A; 3AG3 E; 3CHO A; 4HVB A; 3OXL A; 4ILI A; 4HB5 A; 4I1M A; 2L6J A; 2XEH A; 4O6F A; 2P9L G; 2WXR A; 3MEK A; 3JUI A; 1Z3Y A; 2XPI A; 2WB2 A; 3FU0 A; 2VGY A; 4I1O B; 5DIZ A; 3G2T A; 5LX8 A; 5KNH D; 4B8C B; 3PNL B; 5E76 A; 2QZA A; 2I6H A; 2KCL A; 5IY5 E; 1BU9 A; 2YNQ A; 5CED B; 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4BTA A; 3HVE A; 5C2Y A; 4MS6 A; 5KJL A; 2IFU A; 1O5M A; 4APF A; 2J49 A; 2J07 A; 3KAE A; 4ABN A; 1DVP A; 2BUG A; 3MZL B; 3CSF A; 5CMW A; 1E8Y A; 4GYW A; 5ARG A; 4J8D A; 3PS6 A; 4UQX A; 3DEP A; 5G04 C; 2FBN A; 2NSZ A; 1PAQ A; 2LXL A; 5DBK A; 5KNG A; 2X3M A; 1YCS B; 1FT1 A; 2CG3 A; 1K1A A; 2R59 A; 3DBS A; 4I2W A; 4F1S A; 3HXE A; 1TN6 A; 5FIO A; 3ZGQ A; 3FUJ A; 2GRL A; 4DX2 A; 2PL2 A; 3RO3 A; 4YVQ C; 4KVM A; 3URZ A; 3ULY A; 2WVI A; 4LNG A; 2C2L A; 1D8D A; 3D9M A; 3ZRH A; 2WM9 A; 3LPZ A; 3TWS A; 4ME2 A; 3QWP A; 3X2Q E; 1V54 E; 2X6F A; 1UOH A; 1OUV A; 2QC9 A; 1FCH A; 4JXT A; 2FO7 A; 4PDX A; 3EHQ A; 4N39 A; 4JHR A; 4C9B B; 4RG9 A; 3ONK A; 1H2U A; 4GTO A; 2VSY A; 2WMO A; 4GA0 A; 1HS6 A; 3Q79 A; 5G05 C; 1BLX B; 4GA1 A; 2M63 A; 3FH7 A; 2BF0 X; 3ML9 A; 2F8Y A; 5D0O D; 3MKR A; 4F7A A; 1EF1 C; 3ZEF A; 2YQ8 A; 3P1U A; 5CCL A; 5ENO D; 4IUL A; 2EIN E; 4WWO A; 1O1T A; 3QJZ A; 3ZYM A; 3AS8 A; 3E32 A; 2OEW A; 2JLB A; 3ASF A; 3L17 A; 4HFG A; 3ABM E; 1H2V C; 3HHM A; 3L13 A; 4XEI G; 3B7U X; 3LY8 A; 4G8L A; 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