The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
107
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sequence length |
312
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structure length |
281
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Chain Sequence |
GYYFHTENPFKDWPGAFEEGLKRLKEGDLPVTILFMEAAILQDPGDAEAWQFLGITQAENENEQAAIVALQRCLELQPNNLKALMALAVSYTNTSHQQDACEALKNWIKQNPKYKYLDSSVLEGVKELYLEAAHQNGDMIDPDLQTGLGVLFHLSGEFNRAIDAFNAALTVRPEDYSLWNRLGATLANGDRSEEAVEAYTRALEIQPGFIRSRYNLGISCINLGAYREAVSNFLTALSLQRKSGNIWAALRIALSLMDQPELFQAANLGDLDVLLRAFNLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and stoichiometry of an accessory subunit TRIP8b interaction with hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channels.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding/transport protein
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
PEX5-related protein
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| total genus |
107
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| structure length |
281
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| sequence length |
312
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13181 | TPR_8 | Tetratricopeptide repeat |
| A | PF13432 | TPR_16 | Tetratricopeptide repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2V5F A; 1A17 A; 4J8D A; 2HR2 A; 4J8F A; 5EX0 A; 2Y4U A; 5FZS A; 3MEK A; 4HOS A; 4LEU A; 4N39 A; 4GA1 A; 3SF4 A; 3U3W A; 2L6J A; 2XPI A; 3QWV A; 1KT1 A; 4XI0 A; 3WXX A; 3MV3 B; 3PE4 A; 5BW8 C; 1HH8 A; 3CK9 A; 1PC2 A; 1KLX A; 5BNW A; 4I17 A; 4UI9 J; 3FFL A; 5CCM A; 3LKU A; 3QWW A; 4GZ5 A; 3CVN A; 4RG9 A; 5JJ6 A; 3OXF A; 3S7J A; 2Y4T A; 2WPV A; 4U04 A; 4CDR A; 2UY1 B; 4BTB A; 1Y8M A; 3KS2 A; 5LCW C; 3ULQ A; 1NA3 A; 5HQ8 A; 4N3C A; 3RJV A; 1TJC A; 2BUG A; 4YVQ C; 3LY8 A; 1HXI A; 2HO1 A; 2VQ2 A; 4YND A; 4GCN A; 4U07 A; 5FZQ A; 2JLB A; 3EDT B; 3Q15 A; 1KT0 A; 5KJM A; 3R9A B; 4WUY A; 2UY1 A; 3S7D A; 3PE3 A; 3TAX A; 4AY6 A; 4ME2 A; 3QWP A; 4H7X A; 4NRH B; 3PDN A; 1P5Q A; 1WAO 1; 3IEG A; 5BT1 A; 4BWR A; 4XIF A; 2FO7 A; 1ZBP A; 4I2W A; 3LCA A; 3NF1 A; 5G05 J; 3SZ7 A; 2VSN A; 3CEQ A; 3ZFW A; 2GW1 A; 4I1A A; 4UI9 C; 2KAT A; 5G04 J; 2C0M A; 4U0U A; 5DIZ A; 2J9Q A; 2FEZ A; 4Y6C A; 2PL2 A; 5ARG A; 4B94 A; 3QDN A; 4UQY A; 3JYS A; 3Q47 B; 3VTY A; 2C2L A; 2XGM A; 5FTP A; 5KJL A; 4BT9 A; 3UPV A; 1IYG A; 5KJK A; 1YA0 A; 2E2E A; 4UQX A; 5FJY A; 4G2V A; 3N71 A; 3HYM B; 3O48 A; 3Q4A B; 4I9C A; 3RIB A; 3OXG A; 3MA5 A; 4G1T A; 5FT9 A; 4U0S A; 4N2S A; 2OOE A; 1WM5 A; 4J8E A; 3ASH A; 2MHK A; 3ASD A; 2VGY A; 2DBA A; 3K9I A; 4YVO A; 5AYW D; 3TGO A; 4HOR A; 1ZU2 A; 2LSU A; 4WND A; 5G05 C; 4HOU A; 1NA0 A; 5G04 C; 3CVL A; 4UI9 K; 4HOT A; 3CV0 A; 1W3B A; 2I6H A; 4APO A; 1XNF A; 2XGO A; 3TG4 A; 2VYI A; 5JJ7 A; 4KYO B; 3U4T A; 4WNG A; 2WQH A; 2FI7 A; 4GYW A; 4GZ6 A; 5FZR A; 5D0O D; 2NC9 A; 3CKB A; 2LSV A; 4BT8 A; 3RO3 A; 1OUV A; 2HYZ A; 2XCB A; 2VSY A; 4KBQ A; 5D0Q D; 4CGV A; 4XI9 A; 4N3A A; 5A7D B; 4G25 A; 4EQF A; 2KCK A; 3MV2 B; 1ELR A; 3BEE A; 4I9E A; 3LYA A; 1IHG A; 4AIF A; 2KCL A; 2IFU A; 3ZN3 A; 4JA7 A; 3S7F A; 3RKV A; 1QZ2 A; 3GYZ A; 2VGX B; 4KXK B; 4UQZ A; 3KAE A; 5CHE E; 4H7Y A; 2YHC A; 2Q7F A; 2R5S A; 5CCL A; 3GW4 A; 3VTX A; 3AS8 A; 2KCV A; 4J0U A; 3LY9 A; 2VGX A; 4U0Z A; 4WNE A; 5A6C A; 3Q49 B; 3OXL A; 3KD7 A; 3S7B A; 3FP3 A; 1FCH A; 4GZ3 A; 3RU0 A; 3ASG A; 2LNI A; 4JHR A; 4W9R A; 2QFC A; 5ARF A; 3ZHE B; 2PQN A; 2AVP A; 4AM9 A; 4JA9 A; 4G23 A; 5EX3 A; 3CVP A; 4GPK A; 4O6F A; 4GCO A; 2YQ8 A; 3LY7 A; 4A1S A; 2C0L A; 3ASF A; 2OND A; 3AS4 A; 3CK7 A; 4F3V A; 3ESK A; 5EKQ D; 3ZHE A; 3ZGQ A; 4JL0 A; 3E4B A; 2FF4 A; 3FWV A; 4G24 A; 4N2Q A; 3LPZ A; 4AY5 A; 5M72 A; 1QQE A; 4G26 A; 4I2Z A; 1ELW A; 2UWJ G; 3CK8 A; 3URZ A; 3GZ1 A; 5KJN A; 4GA2 A; 2XCC A; 3RO2 A; 3AS5 A; 1B89 A; 3ZPJ A; 2PZI A; 2PQR A; 2P58 C; 3CVQ A; 3Q5M A; 4GA0 A; 5C1D A; 5JJT A; 4Y6W A; 4CGW A; 4GYO A; 4GYY A; 4WNF A; 1E96 B; 3MKR A; 3CKC A; 5LCW J; 3QOU A; 1NZN A; 4N3B A; 4IN3 B; 4RG6 A; 3UQ3 A; 4BTA A; 4N5C A; 4ABN A; 5HI7 A; 3TG5 A; 1HZ4 A; 4NQ0 A; 2KC7 A; 2FBN A; 3UUX A; 5DBK A; 2XEV A; 2XGS A; 3QKY A; 4HOQ A; 3GZ2 A; 2IF4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2V5F A; 4HS2 A; 3QNK A; 4I1O B; 3W9G A; 3HG0 D; 5CEC B; 3MEK A; 4HOS A; 1TNZ A; 4N39 A; 3SF4 A; 1D8E A; 3QWV A; 3DXK G; 2ZXW E; 3MV3 B; 1HF8 A; 3SNX A; 1N4Q A; 2XRZ A; 5AAR A; 3RRN B; 4B93 B; 4URK A; 3B13 A; 5BW8 C; 1HH8 A; 3CK9 A; 4PS7 A; 2IJG X; 1N94 A; 3E30 A; 4I17 A; 1O1R A; 5AQB A; 5CCM A; 3D3M A; 3BG0 B; 2NSZ A; 4GTT A; 3SFZ A; 2GRM A; 3S7J A; 2WPV A; 3LDZ A; 4TUM A; 4BTB A; 2XPZ A; 4DPR A; 3D9P A; 5CED B; 1UN9 A; 3FTX A; 4JC8 A; 1TJC A; 4J8S A; 3MCX A; 2CHW A; 3LY8 A; 1N11 A; 4K0R A; 4C9B B; 4BES A; 4U07 A; 2JLB A; 3EDT B; 2RKK A; 1BU9 A; 1HG2 A; 4WUY A; 2LAI A; 5AEN A; 3S7D A; 4PS3 A; 3D9I A; 4A3T A; 4NRH B; 4GAA A; 2EQX A; 3DEO A; 4BX8 A; 3UTM A; 5BT1 A; 3SHF A; 5HRY A; 3SBT B; 4M3O A; 3AG1 E; 5E75 A; 1SA5 A; 5G2N A; 5C2Y A; 4JHK A; 1PAQ A; 5G05 J; 3NQP A; 5ENR D; 1JCR A; 3UT8 A; 4GU5 A; 3UM1 A; 3C3O A; 3SGH A; 3ZFW A; 3T8M A; 2L9B A; 3TWV A; 2P9U G; 4YDE A; 2R59 A; 1E8X A; 4MKT A; 1LD7 A; 2J9Q A; 2WXQ A; 1U3C A; 2PL2 A; 3DSW A; 4ANW A; 5ARG A; 4B94 A; 3AU5 A; 3L22 A; 4UQY A; 2GRQ B; 3JYS A; 3Q47 B; 3FUE A; 1E8Y A; 1ELK A; 2P9P G; 4TXR A; 3AG4 E; 5KJL A; 3FU6 A; 3L13 A; 3UT7 A; 5E76 A; 1MX4 A; 3Q78 A; 2LXL A; 5KJK A; 2V5Q C; 3DEP A; 1TN8 A; 1YA0 A; 3JUE A; 4X8Q A; 4DLO A; 1FT2 A; 1Q2Z A; 1KZP A; 5FJY A; 4GPM A; 3HYM B; 1IXV A; 3MA5 A; 4G1T A; 1YCS B; 4BSX A; 2VJ8 A; 4U0S A; 5H7P A; 3ASH A; 2ION A; 3J5Q B; 3E33 A; 4FC8 A; 4G11 A; 2WQ7 A; 3G2S A; 1HE8 A; 5ENS D; 3R7R A; 4YVO A; 5ANR A; 5G05 C; 3LVR E; 1OT8 A; 1H0A A; 3PZ1 A; 4A3V A; 4HOU A; 4A63 B; 4CT4 A; 2A4Z A; 3CVL A; 3FEY A; 4RLY A; 3MJW A; 4UWH A; 3D9O A; 3CV0 A; 2I1K A; 5EYP F; 2B0O E; 1S64 A; 3S2A A; 4QQI A; 3L08 A; 5JJ7 A; 2CG3 A; 4KYO B; 4FHJ A; 3FTU A; 3I4G A; 3CHS A; 3ENE A; 4GTO A; 2FI7 A; 4DX5 D; 3Q9N C; 2F0Y A; 5D0O D; 5B1A E; 4BT8 A; 2HYZ A; 4GZD A; 2XCB A; 2J8S D; 2VSY A; 5D66 A; 2WXN A; 3HVE B; 2AXZ A; 4CGV A; 4N3A A; 5JHA A; 2DZN A; 3UX4 A; 2WQ6 A; 1IHG A; 4LUN U; 2GRR B; 3QK0 A; 4GTS A; 4EEC A; 1LTX A; 4Q94 A; 2V4L A; 1MHQ A; 2P9L G; 1SVX A; 2XRY A; 4V3I A; 2XEN A; 2J07 A; 4UQZ A; 3HXC A; 3AG3 E; 3Q75 A; 4DX2 A; 2Q7F A; 2R5S A; 3LEW A; 4FA6 A; 4WWP A; 4GTP A; 2GRN B; 2I1J A; 3TWT A; 3AS8 A; 2KCV A; 3LY9 A; 2R03 A; 4AV7 A; 3KD7 A; 3S7B A; 3PZD A; 2LNI A; 2QZA A; 4Q69 A; 4HLE A; 2QFC A; 3UI2 A; 3BQO A; 2Y0B G; 2PQN A; 1TR4 A; 3HHM A; 3ISM C; 3PEU B; 2CFZ A; 2LO6 A; 3FUF A; 3UM2 A; 4EBA A; 4A1S A; 1UJK A; 2C0L A; 5KNH D; 3CR3 A; 2OND A; 3JUI A; 4U96 D; 5EKQ D; 3ZRH A; 2ETB A; 1OWN A; 2X3M A; 4JB8 P; 1ELW A; 3CK8 A; 4LER A; 5EDS A; 3HDX A; 3TL5 A; 4PDX A; 5FWQ A; 1U3D A; 3V2O A; 2KM4 A; 3AS5 A; 4JD2 G; 2NXP A; 1H2V C; 3CVQ A; 3Q5M A; 4ILI A; 3CHP A; 3I4R B; 3SD5 A; 3PUK A; 5JJT A; 4CGW A; 2YIN A; 4WNF A; 3CVW A; 4JEU A; 1UJJ A; 4IN3 B; 3UQ3 A; 4EZK A; 2IO3 C; 4ABN A; 5KNG A; 4JXT A; 1HZ4 A; 2WXI A; 2BF0 X; 4O1O A; 2FBN A; 4UWK A; 2NYJ A; 2AW6 A; 4ANV A; 2AWI A; 2ETC A; 5EN5 D; 4U8V D; 3GZ2 A; 5BV1 A; 4IRU A; 2F8X K; 3D9J A; 1QYM A; 2J09 A; 5FIN A; 2Y4U A; 2Y69 E; 2X6J A; 2IQC A; 4HXI A; 2MYO A; 3HXF A; 1ZB1 A; 4GA1 A; 4LRZ A; 1TNU A; 4FUL A; 4JZY A; 3WXX A; 3PE4 A; 5D2M C; 3FU5 A; 4MLP A; 3B7S A; 4HQD A; 5BNW A; 1RZ4 A; 4UI9 J; 3ZUV B; 1WY6 A; 1H6K A; 3FU0 A; 1H19 A; 3QWW A; 3CVN A; 3FH8 A; 4FLH A; 4AEZ C; 5JJ6 A; 2VTB B; 4CDR A; 3V30 A; 3FUJ A; 2DVW A; 2WXP A; 4LNU D; 3ESL A; 4PUC A; 3ABK E; 4RQI A; 3ULQ A; 3Q79 A; 1UN8 A; 3L6A A; 4CRW A; 2XS1 A; 1TJF A; 1MYO A; 1MX6 A; 4L2Y A; 2HO1 A; 3FHE A; 4YND A; 5ENN A; 5ANL A; 1HFA A; 3B7U X; 1JPL A; 2UY1 A; 3BUA A; 3LS8 A; 4AY6 A; 4ME2 A; 3HRA A; 1DVP A; 5EIL A; 4ZHB A; 4IUL A; 4XE0 A; 2OVB A; 3J5P A; 3IEG A; 4FLB A; 4E6H A; 4BWR A; 3FH7 A; 3LJN A; 4XIF A; 4U8H A; 2FO7 A; 4OAV B; 5EIB E; 4I2W A; 3RRU A; 1AWC B; 2AJA A; 3SZ7 A; 1EDU A; 3FUD A; 3ABL E; 2VSN A; 3FUL A; 2WXL A; 3PS6 A; 3QAQ A; 1H6O A; 4UI9 C; 3SFX A; 4PH4 B; 2C0M A; 2FO1 E; 2ZGD A; 2EIJ E; 3FUI A; 3ULY A; 3ASO E; 3L9T A; 3UIO C; 2ZU6 B; 4QFV A; 3TWW A; 3ZVV A; 4MBG A; 2ZIR A; 4TRQ A; 3JXI A; 5EYL A; 3DST A; 2Y3A A; 2C2L A; 5BXU A; 2FUL A; 4BT9 A; 4G8K A; 4GTQ A; 3EJN A; 2EIM E; 1V55 E; 2IEJ A; 1NI1 A; 4UQX A; 3EHR A; 3N71 A; 2WXG A; 4PS8 A; 3DBS A; 1N0Q A; 1K1B A; 1JCS A; 4I6E A; 4J8E A; 3B7B A; 3ASD A; 5ENO D; 5LOZ A; 4KVM A; 2RFA A; 5LX8 A; 2DBA A; 4P29 A; 1Z5S C; 2X38 A; 4K5B A; 2LSU A; 2ILR A; 3CHQ A; 1TYQ G; 4DI4 A; 2X6F A; 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