The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
144
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sequence length |
337
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structure length |
330
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Chain Sequence |
GSMEASCLELALEGERLCKSGDCRAGVSFFEAAVQVGTEDLKTLSAIYSQLGNAYFYLHDYAKALEYHHHDLTLARTIGDQLGEAKASGNLGNTLKVLGNFDEAIVCCQRHLDISRELNDKVGEARALYNLGNVYHAKGKSFGGEFPEEVRDALQAAVDFYEENLSLVTALGDRAAQGRAFGNLGNTHYLLGNFRDAVIAHEQRLLIAKEFGDKAAERRAYSNLGNAYIFLGEFETASEYYKKTLLLARQLKDRAVEAQSCYSLGNTYTLLQDYEKAIDYHLKHLAIAQELNDRIGEGRACWSLGNAYTALGNHDQAMHFAEKHLEISRE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the recognition of the scaffold protein Frmpd4/Preso1 by the TPR domain of the adaptor protein LGN
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein/protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
G-protein-signaling modulator 2
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| total genus |
144
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| structure length |
330
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| sequence length |
337
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-10-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13176 | TPR_7 | Tetratricopeptide repeat |
| A | PF13181 | TPR_8 | Tetratricopeptide repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CCL A; 5BT1 A; 2XGS A; 3ASG A; 4WNE A; 3GZ1 A; 2KCK A; 1NA0 A; 3CK7 A; 2WPV A; 4N3B A; 3TGO A; 3OXL A; 5JJT A; 3S7F A; 1NA3 A; 5EX0 A; 2VQ2 A; 3UPV A; 2V5F A; 3LKU A; 2VGX A; 1W3B A; 3ZHE B; 4GYW A; 3CVN A; 3QWP A; 4GZ3 A; 4N5C A; 2PQN A; 3KD7 A; 5FZR A; 3Q4A B; 4UI9 J; 4EQF A; 3CV0 A; 3MEK A; 4GYO A; 3FP3 A; 4GYY A; 4U0Z A; 3KAE A; 3CVL A; 3PE3 A; 4I17 A; 2QFC A; 4CGW A; 2Y4U A; 5AYW D; 3QDN A; 2PZI A; 3MV3 B; 5BW8 C; 4GA1 A; 5FTP A; 3RKV A; 1E96 B; 4U0S A; 3SZ7 A; 4AY6 A; 3QKY A; 4JA9 A; 2DBA A; 2FF4 A; 4I9C A; 4O6F A; 1WAO 1; 2XGO A; 4GZ6 A; 4JL0 A; 4ABN A; 3AS8 A; 2LSV A; 5G05 J; 4W9R A; 3VTY A; 4J8D A; 3ZGQ A; 5C1D A; 2KAT A; 4HOQ A; 3VTX A; 2VGY A; 3LY9 A; 2FBN A; 2UY1 B; 3LCA A; 3NF1 A; 3ESK A; 3PDN A; 2FO7 A; 4J8E A; 1YA0 A; 4BTA A; 5KJL A; 2HO1 A; 5LCW J; 3Q47 B; 3QWW A; 3Q5M A; 4A1S A; 4U0U A; 4UI9 C; 2C2L A; 4NQ0 A; 3IEG A; 3LYA A; 4G2V A; 4G24 A; 4F3V A; 3CK9 A; 2FEZ A; 3ZPJ A; 3TG4 A; 2VYI A; 1OUV A; 3MKR A; 4N2S A; 1P5Q A; 3WXX A; 3U4T A; 4J0U A; 5ARG A; 5D0Q D; 4Y6W A; 4BT8 A; 1NZN A; 1XNF A; 4UI9 K; 4AIF A; 2YQ8 A; 2XGM A; 4GZ5 A; 4BT9 A; 5G05 C; 4BWR A; 1KLX A; 5JJ7 A; 4HOS A; 4G25 A; 5KJN A; 5HQ8 A; 2KC7 A; 5JJ6 A; 2UWJ G; 2R5S A; 5A7D B; 4XI9 A; 1PC2 A; 3TG5 A; 3ZHE A; 4UQX A; 4N3C A; 5LCW C; 2XCC A; 4KXK B; 4HOT A; 3GYZ A; 1HH8 A; 3MV2 B; 4H7Y A; 4WND A; 4IN3 B; 4RG6 A; 1Y8M A; 3FFL A; 4UQZ A; 5DIZ A; 4U04 A; 2PL2 A; 3U3W A; 4KYO B; 2XPI A; 3CK8 A; 4HOR A; 3LY8 A; 3URZ A; 3S7D A; 5G04 J; 2P58 C; 3CKC A; 2AVP A; 4KBQ A; 3RJV A; 3AS4 A; 4CDR A; 1ZBP A; 2PQR A; 1HXI A; 2Q7F A; 4GPK A; 3JYS A; 3KS2 A; 4GCO A; 4UQY A; 3ULQ A; 4GA2 A; 3LPZ A; 4JA7 A; 1IYG A; 4I2Z A; 4YND A; 4YVO A; 2KCL A; 4NRH B; 3CVP A; 2HR2 A; 1KT1 A; 2IF4 A; 3ASD A; 4J8F A; 1ELW A; 4G26 A; 2Y4T A; 2KCV A; 3CKB A; 3QOU A; 3E4B A; 5A6C A; 4G23 A; 4N39 A; 5ARF A; 2L6J A; 4I2W A; 2OND A; 5BNW A; 3HYM B; 2GW1 A; 3OXG A; 3Q15 A; 2WQH A; 3O48 A; 2JLB A; 1ELR A; 5EX3 A; 2VGX B; 5EKQ D; 4AY5 A; 1QQE A; 5FT9 A; 2NC9 A; 2YHC A; 2OOE A; 4CGV A; 5FZS A; 1A17 A; 3MA5 A; 3FWV A; 5G04 C; 3SF4 A; 5KJK A; 4ME2 A; 3ZFW A; 4I9E A; 3QWV A; 3ASH A; 3EDT B; 2C0M A; 3LY7 A; 5KJM A; 2IFU A; 3BEE A; 3RO2 A; 2FI7 A; 1B89 A; 5DBK A; 4HOU A; 3GZ2 A; 1TJC A; 4WNF A; 2MHK A; 4LEU A; 2VSY A; 3CVQ A; 4GCN A; 3Q49 B; 1WM5 A; 4U07 A; 2BUG A; 5CCM A; 3RO3 A; 3K9I A; 1HZ4 A; 5D0O D; 2E2E A; 3N71 A; 1QZ2 A; 3S7B A; 4N2Q A; 4N3A A; 3TAX A; 3RU0 A; 4GA0 A; 1IHG A; 2HYZ A; 2XEV A; 4XI0 A; 4YVQ C; 3PE4 A; 4WNG A; 2J9Q A; 2LNI A; 1ZU2 A; 4AM9 A; 4JHR A; 3RIB A; 4B94 A; 5M72 A; 3CEQ A; 2I6H A; 3ZN3 A; 3AS5 A; 5FJY A; 3R9A B; 1FCH A; 3ASF A; 2UY1 A; 3OXF A; 4XIF A; 4BTB A; 4G1T A; 2LSU A; 4RG9 A; 5HI7 A; 3UQ3 A; 4APO A; 5CHE E; 3S7J A; 1KT0 A; 4I1A A; 3UUX A; 4Y6C A; 3GW4 A; 5FZQ A; 4WUY A; 2C0L A; 2VSN A; 2XCB A; 4H7X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WAF A; 3Q78 A; 5AN8 A; 1VDY A; 2KBX A; 2KCK A; 1YYH A; 3FU6 A; 3MZL B; 3DRA A; 3TGO A; 2VJ8 A; 2CHZ A; 1TEZ A; 3S7F A; 1NA3 A; 2EQX A; 2RFA A; 3S2A A; 3FEX A; 5LP0 A; 3UPV A; 3MKQ B; 2EIK E; 2JEK A; 3C3R A; 3PH0 C; 4GTQ A; 4JEH A; 1S70 B; 2F8Y A; 3QWP A; 3CHR A; 2WXL A; 4IUL A; 3Q4A B; 2DIW A; 4BER A; 4U95 D; 1WG0 A; 3MEK A; 4GYY A; 4U0Z A; 3SFZ A; 3KAE A; 2QFC A; 5ANL A; 3O4Z A; 4CGW A; 5KBA A; 4Q69 A; 5EIB E; 5AQ7 A; 4C0M A; 3TXN A; 2BKK B; 1MX2 A; 4U0S A; 3UX4 A; 2AW6 A; 4ILG A; 3VLD A; 3LVR E; 4APF A; 4UWG A; 3D9O A; 1N9A A; 3IKO B; 4L7T A; 2XGO A; 2YHE A; 3AS8 A; 5G05 J; 1Z3X A; 1DCQ A; 5ENO D; 3VTY A; 5AJD A; 4HNA D; 1DVP A; 2KAT A; 2PM7 A; 5LOZ A; 4CEM A; 3LY9 A; 3LCA A; 2DZN A; 3NF1 A; 3T8K A; 4C9B B; 4GTR A; 1N52 A; 3PRE A; 2CFZ A; 3Q9U C; 2IOS A; 3NBN B; 2WXN A; 3G2V A; 4L23 A; 3EHM A; 2P9S G; 5C2Y A; 3DPY A; 3Q5M A; 4DI3 A; 4U0U A; 4NQ0 A; 3IEG A; 4JW1 A; 3J5P A; 2P9L G; 3UM0 A; 3ZPJ A; 1INZ A; 4A3V A; 3D9N A; 3CVY A; 3PUK A; 2DCP A; 3T8M A; 4A3T A; 2WB2 A; 3V79 K; 1XNF A; 1N4Q A; 2X3M A; 5JJ7 A; 2GRN B; 4J8S A; 4HOS A; 2XRY A; 4CT0 A; 4FLH A; 4XX5 A; 5KJN A; 1BLX B; 2DZO A; 4E6H A; 2Y0B G; 2KXP C; 5A7D B; 4AP2 A; 1H2T C; 5JHA A; 1DCE A; 2KM4 A; 1OCC E; 4F1S A; 1FVH A; 3TG5 A; 2OEW A; 2WXG A; 1SVX A; 5LCW C; 1JUQ A; 2WXI A; 3E33 A; 2XCC A; 2I1K A; 4F7A A; 1E90 A; 4BSZ B; 2GRQ B; 2IU1 A; 3DEP A; 1PY1 A; 4H7Y A; 3UIN C; 5JHB A; 3FFL A; 3EHR A; 4TXR A; 3QNK A; 4HBD A; 1TNO A; 3FUF A; 3URZ A; 2P58 C; 3CKC A; 3MX3 A; 3HXF A; 2J4D A; 4GMR A; 2PQR A; 1OWO A; 4HS2 A; 4GMJ A; 3LEW A; 2ZXW E; 3D9M A; 3KS2 A; 4YDY A; 5J90 A; 2EIN E; 3FDH A; 4GZD A; 4JEU A; 2V0P A; 3LPZ A; 4I2Z A; 2KCL A; 4NRH B; 4WWN A; 1KT1 A; 2IF4 A; 1H19 A; 3ASD A; 2CG3 A; 2BED A; 1TN7 A; 1OCO E; 3T5X A; 4HVB A; 5JA4 D; 5FIO A; 5A6C A; 4XE0 A; 1KPS B; 2L6J A; 5BXU A; 2WQ6 A; 5FQ4 A; 1TR4 A; 2WQH A; 4G8K A; 3LJN A; 3AAA C; 4AY5 A; 1QQE A; 3B7S A; 3J5Q B; 2YHC A; 2OOE A; 4CGV A; 2B6C A; 3MA5 A; 2J8S D; 5G04 C; 2OEV A; 4A63 B; 4M7C A; 2VTB A; 4TXP A; 4GB9 A; 1HG5 A; 4BFR A; 1IQR A; 1Q2Z A; 3NQP A; 2ETC A; 2C0M A; 3V31 A; 4ZHB A; 2RD0 A; 4EZJ A; 5KJM A; 5EN5 D; 4HLE A; 2A4Z A; 4PUC A; 1Y6I A; 4L1B A; 2WXH A; 3BEE A; 3RO2 A; 3ULY A; 1B89 A; 3U9W A; 5BV1 A; 3V30 A; 1TJC A; 2WVI A; 2VSY A; 2P9U G; 1N4R A; 3CVQ A; 3VLE A; 4HI9 A; 4DX5 D; 3IXE A; 4TXQ A; 5CCM A; 3D9J A; 3DST A; 4N2Q A; 3HXB A; 2R05 A; 3LS8 A; 1UOH A; 3FH8 A; 4XI0 A; 3EJN A; 2Y69 E; 4I43 A; 2CHX A; 1GW6 A; 2LNI A; 3C3Q A; 1ZU2 A; 4AM9 A; 1EF1 C; 4B94 A; 1N94 A; 3SO8 A; 2I6H A; 3AG2 E; 4FAD A; 5FJY A; 4KVO A; 2MOW A; 1TN6 A; 2XHE A; 4HFG A; 2ETA A; 3ZYK A; 4LER A; 1IXV A; 1LD8 A; 4XEI G; 5ENP D; 4GML A; 3HDX A; 3QAQ A; 3UQ3 A; 4APO A; 5CHE E; 3C5R A; 4I1A A; 4N5Q A; 4ZFH A; 1E8W A; 1N11 A; 3L54 A; 2AXV A; 5FZQ A; 2C0L A; 3UT4 A; 3SBT B; 1TNU A; 4A55 A; 4P29 A; 4OYS A; 4AVX A; 3FTV A; 4WNE A; 2OCC E; 1E7U A; 4YDW A; 1NA0 A; 3CK7 A; 5ANR A; 1UN8 A; 2ION A; 1RZ4 A; 3CVX A; 1W3B A; 3ZHE B; 3ZEF A; 2H6I A; 2PQN A; 2WMO A; 2F0Y A; 2ZGG A; 4UI9 J; 4EQF A; 3JQ0 A; 5D66 A; 4GYO A; 2XEN A; 3FP3 A; 4G8L A; 1IKN D; 3HXD A; 3CVL A; 3ZYQ A; 3FUD A; 4A1G A; 2LXL A; 5AYW D; 2PZI A; 3MV3 B; 5BW8 C; 2P2C P; 4EBA G; 1EYH A; 1E96 B; 3SZ7 A; 3BUA A; 3PZ2 A; 3HVE A; 3U66 A; 4MLP A; 5ENN A; 3L6A A; 4I9C A; 4YDE A; 1WAO 1; 3FUJ A; 4GZ6 A; 1S0P A; 2EIM E; 2EIL E; 4U8Y D; 4W9R A; 5G55 A; 4F53 A; 4LNB A; 4FUL A; 2VGY A; 3FUN A; 5ENS D; 3CQG B; 4DPR A; 2FO7 A; 4NUR A; 4GAA A; 1YA0 A; 4RLY A; 4MRU A; 5JMN D; 5ITZ F; 4V3I A; 4O1O A; 2MRI A; 2CFU A; 2XS8 A; 4A1S A; 3FUE A; 2HE0 A; 3TL5 A; 2C2L A; 3QJZ A; 2M63 A; 3NAW A; 2A5E A; 2KZT A; 2IQC A; 4GZC A; 3LJ3 A; 3QB2 A; 2X6K A; 3CVV A; 3B7B A; 3ZIM A; 3D9K A; 3SY2 A; 3B7R L; 1BI8 B; 1OUV A; 3ENE A; 3FUK A; 2VGE A; 4JC8 A; 1UN9 A; 2Y3A A; 3WXX A; 4J0U A; 1N4P A; 3UXG A; 3OAW A; 5D0Q D; 3NOG D; 3RAU A; 4BT8 A; 3F6Q A; 3L16 A; 4UI9 K; 4AIF A; 3R7R A; 2FUL A; 4GZ5 A; 3ABM E; 4HRN A; 3SD5 A; 5G05 C; 4BT9 A; 3CST A; 4BWR A; 1KLX A; 2LXM A; 2WXM A; 2XQ0 A; 4PS8 A; 3P2B A; 5HQ8 A; 5JJ6 A; 4FP7 A; 4Q96 A; 2UWJ G; 2R5S A; 4XI9 A; 2QC9 A; 1K1B A; 5KNH D; 5CBN A; 4DRX E; 3QK0 A; 1LF8 A; 3E32 A; 4HRL A; 4KXK B; 3B7U X; 1SQM A; 4WND A; 4JVS A; 4IN3 B; 3X2Q E; 1Y8M A; 2RG8 A; 2P9P G; 3RRM B; 5BPP A; 2L0I A; 3CK8 A; 1OWM A; 2X6I A; 2XS1 A; 3UT8 A; 4U63 A; 2LAI A; 3RJV A; 1BI7 B; 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