The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
89
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Knots found |
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sequence length |
332
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structure length |
244
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Chain Sequence |
RHKVQIDMERQVQIAKDLLAQKKFLEAAKRCQQTLDSLPKDGLLPDPELFTIFAQAVYNMEVQNSHELANFSPANEHDDEIEDVSQLRKSGFHIYFENDLYENALDLLAQALMLLGRPTADGQSLTENSRLRIGDVYILMGDIEREAEMFSRAIHHYLKALGYYKTLKPAEQVTEKVIQAEFLVCDALRWVDQVPAKDKLKRFKHAKALLEKHMTTRPKDSELQQARLAQIQDDIDEVQENQQH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights into the Association of Hif1 with Histones H2A-H2B Dimer and H3-H4 Tetramer
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HAT1-interacting factor 1
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| molecule tags |
Chaperone
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
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| total genus |
89
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| structure length |
244
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| sequence length |
332
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| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: Artifct S -31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-06-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UWJ G; 4GZ3 A; 2FI7 A; 4JA9 A; 4WUY A; 2XPI A; 2OOE A; 3OXG A; 3PE3 A; 3UQ3 A; 3QOU A; 3S7F A; 1PC2 A; 3ULQ A; 4G24 A; 4XI0 A; 3KAE A; 3TG4 A; 2Y4T A; 4WNG A; 4N3B A; 4N2S A; 4H7X A; 5G05 J; 4CGV A; 2C0M A; 4APO A; 2Y4U A; 3KS2 A; 5A6C A; 4YND A; 5EX0 A; 5AYW D; 3MV3 B; 3CKC A; 1ZBP A; 3U4T A; 4I9E A; 4I2W A; 3ZHE B; 4G1T A; 3GZ1 A; 3FP3 A; 5FZS A; 5KJN A; 4GA2 A; 4GZ6 A; 4KBQ A; 4GA0 A; 4ABN A; 1QQE A; 1HH8 A; 2HYZ A; 2WQH A; 4BTB A; 3GW4 A; 2YHC A; 5FZQ A; 4YVQ C; 3TG5 A; 1KT1 A; 3ASF A; 3IEG A; 1W3B A; 3ZGQ A; 5D0O D; 4I1A A; 4BT9 A; 2IF4 A; 4NQ0 A; 2XCC A; 5KJL A; 3VTX A; 2KCL A; 5A7D B; 2VGX B; 5HI7 A; 3GYZ A; 4GA1 A; 5ARF A; 3PE4 A; 4WND A; 3CKB A; 5FZR A; 2KCK A; 2PL2 A; 4KYO B; 3CVP A; 4G2V A; 4I9C A; 3QWW A; 5CHE E; 3JYS A; 5FT9 A; 2FBN A; 2UY1 B; 4JL0 A; 1B89 A; 3CVQ A; 2HR2 A; 3RIB A; 1FCH A; 2VSY A; 1E96 B; 3SF4 A; 1IHG A; 4RG6 A; 4AIF A; 4NRH B; 4N5C A; 3ASG A; 3AS5 A; 4UI9 K; 4HOQ A; 4UI9 C; 4Y6C A; 5G04 C; 1HXI A; 4G23 A; 2JLB A; 4A1S A; 5EKQ D; 5BT1 A; 3UUX A; 3ASH A; 2V5F A; 2PQR A; 4GCN A; 2KCV A; 2C2L A; 4BWR A; 4EQF A; 4BT8 A; 5BNW A; 3RO2 A; 3Q4A B; 3CK7 A; 5D0Q D; 2C0L A; 2LSU A; 4U07 A; 3KD7 A; 1WAO 1; 4HOT A; 1ELR A; 4HOR A; 2PZI A; 1IYG A; 1XNF A; 3TAX A; 3UPV A; 3LCA A; 3NF1 A; 3Q5M A; 2VSN A; 3Q15 A; 3RKV A; 5HQ8 A; 3MEK A; 3PDN A; 3URZ A; 1TJC A; 2FO7 A; 5LCW J; 5G05 C; 2FF4 A; 2XGS A; 3QDN A; 2VYI A; 3R9A B; 3QWP A; 1ELW A; 3RO3 A; 2E2E A; 3ZPJ A; 5M72 A; 2P58 C; 3AS8 A; 2AVP A; 4XIF A; 3TGO A; 4I2Z A; 4Y6W A; 3QWV A; 2HO1 A; 5C1D A; 5KJK A; 3U3W A; 2WPV A; 3LKU A; 4UQY A; 4JA7 A; 3CK9 A; 2Q7F A; 3FWV A; 4GZ5 A; 3S7J A; 3ASD A; 4F3V A; 4LEU A; 5DIZ A; 2LSV A; 2NC9 A; 3Q47 B; 2VQ2 A; 4GCO A; 1ZU2 A; 2XCB A; 1KLX A; 3VTY A; 4AY5 A; 2OND A; 5JJ7 A; 5FJY A; 1YA0 A; 3LPZ A; 3MA5 A; 4UI9 J; 3AS4 A; 4GPK A; 2J9Q A; 2KC7 A; 1KT0 A; 3Q49 B; 4GYO A; 2KAT A; 2XGM A; 5FTP A; 3CVN A; 4H7Y A; 4YVO A; 3CVL A; 3K9I A; 4U0S A; 3GZ2 A; 2IFU A; 4HOS A; 2MHK A; 3RJV A; 5EX3 A; 1HZ4 A; 3ESK A; 1NZN A; 2L6J A; 2PQN A; 3ZFW A; 4RG9 A; 2FEZ A; 3LY7 A; 2DBA A; 3N71 A; 3BEE A; 4I17 A; 2LNI A; 4U0U A; 4BTA A; 4UQX A; 3RU0 A; 3LYA A; 1A17 A; 1NA3 A; 3MV2 B; 5CCM A; 3EDT B; 2BUG A; 4N39 A; 3SZ7 A; 4W9R A; 3S7D A; 4G25 A; 2QFC A; 4J8D A; 4AY6 A; 3ZHE A; 3HYM B; 4KXK B; 5KJM A; 4J0U A; 4UQZ A; 3WXX A; 4ME2 A; 4CDR A; 5JJ6 A; 4J8F A; 2XGO A; 2XEV A; 5LCW C; 3CK8 A; 2YQ8 A; 3ZN3 A; 1P5Q A; 4AM9 A; 1QZ2 A; 4IN3 B; 4J8E A; 4B94 A; 4XI9 A; 3O48 A; 3FFL A; 4U04 A; 4N2Q A; 2I6H A; 4N3A A; 2VGY A; 5BW8 C; 4WNF A; 2VGX A; 4CGW A; 4WNE A; 3OXF A; 3S7B A; 3E4B A; 3MKR A; 5CCL A; 1WM5 A; 3LY8 A; 4N3C A; 5DBK A; 1Y8M A; 5G04 J; 3CEQ A; 3LY9 A; 3CV0 A; 3OXL A; 2UY1 A; 1NA0 A; 4O6F A; 4GYW A; 5JJT A; 5ARG A; 2GW1 A; 1OUV A; 2R5S A; 4GYY A; 4G26 A; 4JHR A; 4U0Z A; 4HOU A; 3QKY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4K5C A; 5HRY A; 3ZYQ A; 2HE0 A; 4HRN A; 4AVX A; 5CED B; 1JUQ A; 4O1P A; 3D9N A; 2OOE A; 3W9F A; 4J8Y A; 3UQ3 A; 4FLH A; 2V8S E; 3ABM E; 3S7F A; 4G24 A; 4ANU A; 4ATG A; 2BED A; 3NOC D; 4N3B A; 4N2S A; 5G05 J; 3DST A; 2C0M A; 4CGV A; 3R9M A; 1E90 A; 4DUI A; 5AYW D; 4PUC A; 3FUF A; 3U4T A; 4N5Q A; 4I9E A; 3QK0 A; 3ASN E; 1N11 A; 2H6I A; 2WQH A; 5AQA A; 3GW4 A; 2IQC A; 3ZEF A; 3ASO E; 2RD0 A; 4F53 A; 2J08 A; 1Q2Z A; 1KT1 A; 1KZO A; 2ETA A; 3IEG A; 4TXQ A; 3APF A; 3FUJ A; 2BF0 X; 5D0O D; 3NQP A; 3J5Q B; 2IF4 A; 3C72 A; 3MCX A; 4NQ0 A; 4L2L A; 3HXB A; 3VTX A; 5BV1 A; 3PEV B; 3GYZ A; 4GA1 A; 4CCA A; 2VSX E; 3PNT B; 3LDZ A; 4J7W A; 3ZXP A; 3FEX A; 3ABL E; 3ZYK A; 5EN5 D; 4UWL A; 3CVU A; 3UI2 A; 3DEP A; 2VTB B; 2HR2 A; 2WXO A; 4FHJ A; 3FTW A; 4RG6 A; 1E7U A; 2QY7 A; 4MS6 A; 1O1S A; 3C3R A; 4CDM A; 3PNL B; 3TWT A; 3AS5 A; 2NXP A; 3ZVV A; 5G04 C; 3APC A; 3UUX A; 3ASH A; 2V5F A; 4BWR A; 4KT6 B; 3IXE A; 5B1B E; 1TNY A; 4EZJ A; 3Q7A A; 2R17 C; 5FQ6 A; 4EEC A; 5A23 A; 4HOR A; 2PZI A; 1EDU A; 4ZFH A; 2GRM A; 3TAX A; 4A1G A; 2XEN A; 3Q5M A; 1E8Y A; 5EID A; 2RFA A; 2I1K A; 3MEK A; 2WXR A; 1TJC A; 2X6H A; 3TL5 A; 5G05 C; 3E30 A; 1RW2 A; 1INZ A; 3R9A B; 4HFG A; 3JUE A; 3O4Z A; 1UJK A; 4HI8 A; 2V4L A; 1H2V C; 2CFZ A; 5JA4 D; 1HO8 A; 2HO1 A; 4L1B A; 2WPV A; 2OCC E; 2GRQ B; 3PZ2 A; 1S70 B; 4GMR A; 4EZK A; 3ML8 A; 2DZO A; 3C98 A; 1OWM A; 5G55 A; 1N4S A; 3S7J A; 1JCS A; 1WY6 A; 4F3V A; 4B89 A; 2XZT G; 3EJN A; 1EYH A; 3ONL A; 5FIN A; 1WDY A; 3AG4 E; 4BES A; 1UJJ A; 1OWN A; 5HKP A; 3CGH A; 5C2Y A; 2M63 A; 4GZD A; 4LNG A; 4U8Y D; 5FJY A; 4RVB A; 1HE8 A; 4GMJ A; 3DSS A; 3ZU7 B; 4UI9 J; 4A55 A; 1MYO A; 2EQX A; 1KT0 A; 2CFU A; 2IO3 C; 3CVN A; 2YNQ A; 3MYV A; 2YHE A; 4AP2 A; 3Q78 A; 3UT7 A; 3GZ2 A; 1V54 E; 1X5B A; 2PNN A; 4HOS A; 2MHK A; 4DLQ A; 2J09 A; 3UIN C; 3ESK A; 4MKT A; 1OY3 D; 1E7V A; 5LOZ A; 4RG9 A; 3LY7 A; 2DBA A; 2AWI A; 4DX2 A; 1N4Q A; 2NSZ A; 3UTM A; 4ANX A; 2F8X K; 4G8L A; 1K8K G; 4CEM A; 2YIN A; 2ILR A; 4U7E B; 3L9T A; 3QJZ A; 1YYH A; 1A17 A; 3FUM A; 3I4G A; 2GRN B; 1IKN D; 4U8V D; 5EIB E; 3ISM C; 2BUG A; 2J49 A; 1HFA A; 5ENT D; 2OV8 A; 5CER B; 3UM1 A; 1O1T A; 4ANV A; 4URK A; 3S7D A; 1WG0 A; 3ZW3 A; 4AY6 A; 4HXI A; 3I4R B; 3HYM B; 1BU9 A; 4F6R D; 4JVS A; 3UKU G; 4UWF A; 4GU5 A; 4CYM D; 5KWD A; 3VLF A; 4WWP A; 5CRU A; 2QYU A; 3ZN3 A; 2H6F A; 5KNG A; 4RLY A; 1VDY A; 4N2Q A; 3ONK A; 5ITZ F; 2I6H A; 3TXN A; 3ABK E; 2DWZ A; 2XS8 A; 3U9W A; 3S7B A; 2X3M A; 5FQ8 A; 1O1R A; 4YDW A; 3B7B A; 4A3V A; 3AG2 E; 1WM5 A; 3QAQ A; 3ZXS A; 1H6P A; 4N3C A; 5DBK A; 3SGH A; 4JPS A; 3DPD A; 4AEZ C; 2UY1 A; 5AQ7 A; 4O6F A; 4EBA A; 5JJT A; 5ARG A; 3FU3 A; 2GGF A; 3PRE A; 4D10 C; 4JB8 P; 3CLJ A; 1XGW A; 5CBO A; 2UWJ G; 3E37 A; 2FI7 A; 4JA9 A; 4WUY A; 3EU5 A; 2Y0B G; 3L6A A; 2XPI A; 3W9G A; 1MX4 A; 1K1B A; 4HVB A; 3ZYM A; 3QOU A; 1UG3 A; 4UWH A; 3OTN A; 4KVO A; 3E34 A; 1N94 A; 3ULQ A; 4WNG A; 4H7X A; 4JXT A; 4APO A; 5A6C A; 2QZA A; 3L22 A; 3NOG D; 1L5J A; 3UM3 A; 3C3O A; 3MV3 B; 3CKC A; 4XKC A; 5T3R A; 1NI1 A; 2WXH A; 5FZS A; 5KJN A; 3FP3 A; 4GA2 A; 4KBQ A; 4CZ2 D; 3FUL A; 1QQE A; 3C3Q A; 2Y1L E; 3SBT B; 4ILI A; 1U3C A; 2YHC A; 3FTS A; 3BQO A; 4V3I A; 1BI7 B; 2L0T B; 4UUC A; 2QYJ A; 3ASF A; 1YCS B; 3ZGQ A; 3L17 A; 2P9L G; 3DXM G; 4WWN A; 4I1A A; 1FVF A; 3IV0 A; 2Y3A A; 3ZUV B; 2XEH A; 1ELK A; 3ZNG A; 4BET A; 2KCL A; 3D9H A; 5HI7 A; 3FTV A; 4DLO A; 2H6G A; 4CT0 A; 4L9P A; 1FVH A; 3PE4 A; 4HS2 A; 2RG8 A; 3D9J A; 4XKB A; 5FZR A; 2KCK A; 4KYO B; 4G2V A; 4I9C A; 1GW6 A; 3L16 A; 4AOF A; 2UY1 B; 4IUL A; 2NYJ A; 1B89 A; 5EIL A; 3CVQ A; 4X8Q A; 3T9K A; 1HG2 A; 2VTB A; 1E96 B; 3ZRH A; 3FUD A; 4UWG A; 2FUL A; 3ASG A; 3PS6 A; 3PUJ A; 4HOQ A; 3PZ4 A; 4A1S A; 5EKQ D; 5BT1 A; 2XS1 A; 3Q7F A; 2AXV A; 4F7A A; 2R2L A; 4MRU A; 1D8D A; 2KCV A; 2C2L A; 2WB2 A; 4FP7 A; 4BT8 A; 3FU5 A; 4PS7 A; 2C0L A; 1N95 A; 4XEI G; 3KD7 A; 4R7L A; 3FEY A; 5BXU A; 1WAO 1; 1ELR A; 2L9B A; 4P29 A; 1BPO A; 3PVL A; 2GRL A; 3DWL G; 1EPU A; 3HDX A; 5AJD A; 3UPV A; 3LCA A; 2AJA A; 2WVI A; 4MBG A; 4J8S A; 4K03 A; 4E85 A; 1N9A A; 2BTD A; 2R02 A; 4U95 D; 3CHR A; 1N4P A; 3RAU A; 5LCW J; 4HLL A; 1N4R A; 3QDN A; 3AU4 A; 1ELW A; 3ML9 A; 2XQ0 A; 3G2S A; 1S64 A; 2V5Q C; 3TGO A; 4DX6 D; 3U66 A; 3PZ1 A; 5C1D A; 3ZIM A; 4BER A; 2MRI A; 3QB2 A; 2R05 A; 5KBA A; 3CHQ A; 1TNB A; 1SW6 A; 4ILG A; 2Q7F A; 3TWR A; 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1LF8 A; 3UM0 A; 5LCW C; 3SHF A; 3L82 A; 2IOL A; 2YQ8 A; 3DEO A; 1TJF A; 3L54 A; 1QZ2 A; 1OCC E; 1H6K A; 4B94 A; 3O48 A; 5J08 A; 2RKK A; 3Q9N C; 2X6I A; 5H7P A; 1G3N B; 2VGY A; 5BW8 C; 4WNF A; 2VGX A; 4CGW A; 2IO2 C; 3OXF A; 4GB9 A; 2DIW A; 1N0Q A; 5CCL A; 4BY6 A; 3LY8 A; 3SI5 A; 2V4H C; 4IRU A; 4RQI A; 5KNH D; 3B95 A; 3UM2 A; 3UX4 A; 2ZGD A; 4LG6 A; 4GTV A; 1OUV A; 5D2M C; 4HRL A; 1LD8 A; 4ANW A; 3AJI A; 4O60 A; 5J90 A; 3QKY A; 2LXL A; 2EIM E; 3LVQ E; 4YDY A; 2J4B A; 2OEW A; 3JUI A; 3OXG A; 2ZIR A; 3PE3 A; 3RRN B; 1FT2 A; 2QC9 A; 3E32 A; 4CDN A; 3G2T A; 1D8E A; 3TG4 A; 2Y4T A; 2X6F A; 2X6J A; 4K0R A; 3AG1 E; 3HHM A; 3HXC A; 2Y4U A; 2WXL A; 4YND A; 5FIO A; 3E33 A; 3I5P A; 1UN8 A; 4C0E A; 1ZBP A; 3DSW A; 3ZHE B; 4G1T A; 3R7Q A; 5AAO A; 3FU0 A; 4GZ6 A; 2R59 A; 4GA0 A; 4ABN A; 4YDE A; 3I3N A; 1Z5S C; 3MKQ B; 3SO8 A; 1TNU A; 4BTB A; 3V79 K; 1OCR E; 3D9P A; 5FZQ A; 3LVR E; 4YVQ C; 4CRW A; 1TR4 A; 3DBS A; 4DPR A; 1W3B A; 4BT9 A; 4DK5 A; 3EHR A; 1MX2 A; 1U3D A; 2XCC A; 5KJL A; 2VGX B; 1K1A A; 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