The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
207
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sequence length |
539
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structure length |
532
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Chain Sequence |
VTGDQIASPEYVDNLVISAYAIWATGDDINSSFSLWNYDVRSDDCYKGGSGTEDGGVFNALEISKGINTTDWNINDIWKRLYQCITRANTALQSLDQMDEKTYPLKNQRIAEMRFLRGHAHFMLKQLFKKIVIVNDENMEPDAYNELSNTTYTNDEQWQKIADDFQFAYDNLPEVQIEKGRPAQAAAAAYLAKTYLYKAYRQDGADNALTGINEEDLKQVVKYTDPLIMAKGGYGLETDYSMNFLPQYENGAESVWAIQYSINLNWGMGLTTPQILGCCDFHKPSQNLVNAFKTDSQGKPLFSTYDNENYEVATDNVDPRLFHTVGMPGFPYKYNEGYIIQKNDDWSRSKGLYGYYVSLKENVDPDCDCLKKGSYWASSLNHIVIRYADVLLMRAEALIQLNDGRITDAISLINEVRSRAAGSTMLIFNYKEDYGVNFKVTPYDLKAYAQDEAMKMLKWERRVEFGMESSRFFDLVRWGEAKDVINAYYVTEASRCSIYKNAGFTENKNEYLPVPFEQISASNGNYTQNFGW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for nutrient acquisition by dominant members of the human gut microbiota.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SusD homolog
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Bacteroides thetaiotaomicron (strain atcc 29148 / dsm 2079 / nctc 10582 / e50 /
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| total genus |
207
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| structure length |
532
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| sequence length |
539
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-09-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07980 | SusD_RagB | SusD family |
| A | PF14322 | SusD-like_3 | Starch-binding associating with outer membrane |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EHM A; 3JQ0 A; 3CKC A; 5T4Y A; 3FDH A; 3QNK A; 4PUC A; 3LEW A; 3JQ1 A; 3CK8 A; 3NQP A; 4L7T A; 3GZS A; 3IV0 A; 3MX3 A; 3P1U A; 4LER A; 5E75 A; 3MCX A; 3EJN A; 3CGH A; 3MYV A; 5FQ8 A; 3CK9 A; 3CKB A; 5T3R A; 5J90 A; 3CK7 A; 4F53 A; 5E76 A; 3OTN A; 3L22 A; 3KEZ A; 3SGH A; 4Q69 A; 3SNX A; 4F7A A; 3I4G A; 5LX8 A; 3JYS A; 3EHN A; 5FQ7 A; 3HDX A; 5FQ6 A; 4MRU A; 5FQ4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OY3 D; 1UG3 A; 4GZD A; 1L5J A; 2EIM E; 4G26 A; 3IHY A; 3S2A A; 4J8E A; 4LUN U; 1JUQ A; 1S64 A; 3D9L A; 3EHQ A; 4DX5 D; 3D9P A; 2AW6 A; 3CVQ A; 3AS5 A; 5JHA A; 1EYH A; 3AG1 E; 3PEU B; 4GZC A; 2OEW A; 2PZI A; 4O1O A; 4PS3 A; 4KMO A; 4U0Z A; 5JJ7 A; 1QZ2 A; 3UIO C; 4BY6 A; 3B7T A; 4O6F A; 3UM0 A; 4CT4 A; 1N0R A; 4PDX A; 5BV0 A; 4KBQ A; 3UIP C; 3LPZ A; 3IEG A; 1E8Y A; 5AEN A; 5AAR A; 1UJK A; 4BT9 A; 1TNZ A; 5JMN D; 2AXU A; 4DK5 A; 1XGW A; 4FLB A; 3D9O A; 2J08 A; 4WWN A; 2V4L A; 2KAT A; 4N39 A; 4RVB A; 5B1A E; 3C3O A; 4FU3 A; 4CDN A; 3Q47 B; 1B89 A; 1HS6 A; 5A6C A; 1E90 A; 3DSV A; 1O1S A; 5JHB A; 4L7T A; 3ASG A; 3IV0 A; 4OVU A; 3IBE A; 4I1A A; 5KNH D; 3BEE A; 4F53 A; 3K9I A; 3L17 A; 4EZL A; 2CFU A; 4JA7 A; 4I2W A; 3JUE A; 3U9W A; 1BU9 A; 4HNA D; 3DST A; 1MZC A; 3Q75 A; 2A4Z A; 2OVB A; 3W9G A; 4GA0 A; 2P9P G; 4YDO A; 3ZFW A; 3LJN A; 3CQG B; 1N4P A; 3SZ7 A; 3TXN A; 1E8Z A; 5KJN A; 4TUM A; 2LAH A; 2XEH A; 3PEV B; 1U2V G; 2E0I A; 3EU5 A; 3D9K A; 1LF8 A; 2VGY A; 2FO1 E; 1H0A A; 4A55 A; 4HLE A; 4JHJ A; 1H19 A; 1JCQ A; 2WQ7 A; 2VQ2 A; 3ESK A; 4UQZ A; 4W9R A; 2WXQ A; 4KYO B; 2L9B A; 5KBA A; 5CCM A; 3BU8 A; 5HS0 A; 3MCX A; 4I1M A; 2RFM A; 1E8X A; 5ANL A; 3ZYL A; 3V2O A; 2VGE A; 2QY7 A; 4U8V D; 1N9A A; 1IQU A; 5LCW J; 3TGO A; 2IEJ A; 4LER A; 4JXT A; 2KXP C; 4GYY A; 1YYH A; 3CHS A; 2AXV A; 5FIN A; 3FTY A; 3E32 A; 4J8D A; 4MS6 A; 3ABM E; 4F3V A; 3DSW A; 5ENS D; 3AAA C; 3CK8 A; 3FTZ A; 3D9N A; 3GZS A; 5EDS A; 3PS6 A; 4K5A B; 1OCZ E; 4HBD A; 2OCC E; 4ME2 A; 2R03 A; 3EDT B; 3FUD A; 5BXO A; 4M3O A; 5FZS A; 2ETC A; 2WXF A; 4LNU D; 4G2V A; 3L16 A; 5LOZ A; 4C48 B; 3DEO A; 1X5B A; 3CHR A; 2WXI A; 3DBS A; 3N71 A; 5HQ8 A; 3ZHE A; 2VSO E; 4FP7 A; 2VTB A; 2CHW A; 4U8Y D; 5JJ6 A; 5C2Y A; 2IFU A; 5ENT D; 3DRA A; 3ZYQ A; 2X6K A; 3B7S A; 4GTM A; 2BKG A; 2E2E A; 3HXE A; 2XHE A; 3ULQ A; 3ML9 A; 3FWV A; 5D0O D; 3ZKJ A; 3CK7 A; 3RKV A; 1HE8 A; 4YDY A; 2ETA A; 2ZGD A; 4EZK A; 3KAE A; 1PAQ A; 4KVM A; 4HB5 A; 3ASN E; 3MEK A; 4F1S A; 5KJM A; 2FF4 A; 3RK6 A; 4HOR A; 3IHV A; 4HRL A; 5HI7 A; 5ENQ D; 5FQ8 A; 2R59 A; 3C3Q A; 2Y3A A; 3FUF A; 2BUG A; 5AQB A; 5KJL A; 3UKR G; 3S7J A; 2EIL E; 4XKB A; 4DI3 A; 1TN6 A; 5EX0 A; 4JEU A; 4DX1 A; 3JXJ A; 4DRX E; 3FU6 A; 3TXM A; 1OWP A; 4WNG A; 1N4S A; 3DXM G; 3CR3 A; 1QBQ A; 3ZUV B; 4G11 A; 4GU5 A; 4PUC A; 4OVV A; 4JW1 A; 4B89 A; 1MHQ A; 2DCP A; 2I1K A; 4ZHB A; 3B7U X; 5CBN A; 2F8Y A; 3B13 A; 1N52 A; 1HH8 A; 2QYU A; 2OVF A; 4C0E A; 3F6Q A; 2DZO A; 5FT9 A; 4B8C B; 1PC2 A; 3I3N A; 1E7U A; 5KCM A; 4APO A; 3FTX A; 4I2Z A; 3V79 K; 4EHM A; 3NOG D; 2EIK E; 3GZ1 A; 3TWR A; 2JAB A; 3NB2 A; 4F7A A; 4J8Y A; 2MRI A; 4A1S A; 4YND A; 4CCA A; 1MQS A; 5ARF A; 2I2O A; 4G8L A; 5FZQ A; 1UJJ A; 4UI9 J; 1E8W A; 1DCE A; 4X8Q A; 4CDR A; 3Q7A A; 2PQN A; 2Y69 E; 4JEH A; 3V31 A; 2MYO A; 4K03 A; 2C0M A; 4CDM A; 2PQR A; 3LY7 A; 4WUY A; 3I5P A; 1ZB1 A; 2LO6 A; 3J5P A; 2ETB A; 3ZYM A; 1KT0 A; 2ZIR A; 3J5Q B; 3TWT A; 2H6G A; 4HI9 A; 1NP7 A; 1JWF A; 2V5F A; 1FT1 A; 3TJP A; 4I1O B; 1OUV A; 3PVL A; 5EYP F; 4FA6 A; 3SI5 A; 4U8H A; 5AJL A; 3ZXS A; 2I6H A; 2AJA A; 3TAX A; 3ZHE B; 4CGW A; 4XKC A; 2FO7 A; 3C3R A; 1FPP A; 5AQA A; 2V5Q C; 4GMR A; 1D9S A; 2L6B A; 3BG1 B; 3UM2 A; 1OCR E; 4H7X A; 5B1B E; 3W9F A; 3EHR A; 4YDE A; 4U7E B; 2J49 A; 1N4Q A; 4N3B A; 4BTB A; 3DPY A; 2WXL A; 5KJK A; 1JWG A; 5CEC B; 4ATZ D; 1V54 E; 2A5U A; 3LEW A; 5BXU A; 1G3N B; 3SO8 A; 3UX4 A; 1IKN D; 4FLH A; 3FU0 A; 2XCC A; 4TV3 A; 5BV1 A; 2GRL A; 5AQ9 A; 3AU4 A; 5LP0 A; 3UQ3 A; 3UUX A; 1ELW A; 3Q9U C; 4JVS A; 4U95 D; 3FY4 A; 3ZW3 A; 4GTS A; 1WY6 A; 2B6C A; 2RFA A; 3WG7 E; 3VTY A; 3PNL B; 3QNK A; 1SA4 A; 2GRO B; 1HZ4 A; 1OCO E; 2BF0 X; 2M63 A; 4BSX A; 3SQV A; 3D9H A; 4UI9 K; 1ZU2 A; 2J09 A; 3HHM A; 3PNT B; 4UWK A; 3FTS A; 3CST A; 3LKU A; 1K1A A; 5G05 J; 3CQC B; 4LNG A; 2R2L A; 5JJT A; 4I17 A; 3CV0 A; 3MV2 B; 4JHR A; 2KZT B; 4LCT A; 1JCS A; 3DXK G; 4URK A; 5CRV A; 1PY1 A; 3L13 A; 4RQI A; 4JPS A; 4A3T A; 3RU0 A; 1MJ0 A; 4NIK A; 3C98 A; 3QKY A; 5EX3 A; 2ZGG A; 2B0O E; 2PM6 A; 4WNF A; 3EHN A; 4BWR A; 3FH7 A; 4EQF A; 3TG4 A; 3NQP A; 4XE0 A; 3TWX A; 5EYL A; 4AVX A; 2PNN A; 1RZ4 A; 3NZU A; 4Y6W A; 1YCS B; 1EPU A; 3KEA A; 3PUJ A; 4BSZ B; 3ZEF A; 5BT1 A; 2I1J A; 3JQ0 A; 2XEN A; 3QJZ A; 3FEX A; 3PRE A; 3R9A B; 4IUL A; 5T3R A; 4FAD A; 5J90 A; 3UKU G; 4GTQ A; 1UN8 A; 4ILG A; 1NL4 A; 5ARG A; 3PUK A; 3HG0 D; 4LG6 A; 4BEP A; 3UMV A; 3NBN B; 1K3Z D; 1MX6 A; 3JQ1 A; 4Q96 A; 1LTX A; 3CVU A; 2WXR A; 2X6H A; 5H7P A; 3ISM C; 2X3M A; 1OT8 A; 3CIA A; 4AY6 A; 5G55 A; 3APF A; 4BX9 A; 5FQ4 A; 4GML A; 4AY5 A; 2VGX B; 3V2X A; 3L9T A; 3QAQ A; 3GYZ A; 1EDU A; 2L6J A; 3AS8 A; 4I43 A; 4U07 A; 1BI7 B; 1OCC E; 4TXQ A; 1SVX A; 1NFI E; 3ZRH A; 5DIZ A; 3VLD A; 3MJW A; 4TRQ A; 1UOH A; 2Y1L E; 4GYO A; 1DC2 A; 3P1U A; 2J8S D; 3ABL E; 2P2C P; 5LCW C; 1YA0 A; 3AJI A; 1TNY A; 2YHC A; 4XZ4 A; 5CMY A; 4ATG A; 5ENR D; 3ONL A; 5EID A; 3C72 A; 1Y6I A; 2NXP A; 4XX5 A; 2KBX A; 4DPR A; 1AP7 A; 1TNB A; 3CSF A; 2C2L A; 5CRU A; 4QQI A; 4LNB A; 1BI8 B; 2V4H C; 2X6J A; 4AOF A; 4MBG A; 1INZ A; 2IO3 C; 5G2N A; 3JUI A; 3SFX A; 1H6K A; 3IXE A; 4IYP A; 1HX8 A; 4TXR A; 2FEZ A; 4XEI G; 4L9P A; 1TNU A; 3QWV A; 4GMJ A; 1HFA A; 2AVP A; 5EKQ D; 4OYS A; 2J07 A; 2GRN B; 1JPL A; 4Y6C A; 2DBA A; 3CVL A; 3FUK A; 2XGM A; 3Q7F A; 4G8K A; 3MKR A; 2EQX A; 2IJG X; 4BTA A; 3SNX A; 3RAU A; 3AG2 E; 4AEZ C; 1DVP A; 1O5M A; 4I9E A; 3HXD A; 3UTM A; 3SFY A; 5ANR A; 2EIN E; 1OWN A; 1O1T A; 3PZ3 A; 3QAR A; 5A23 A; 2GRR B; 1H6O A; 4EEC A; 4KZC A; 2FUL A; 2ILR A; 2ZIS A; 4GPK A; 1WAO 1; 5AIJ A; 3UIN C; 5FZR A; 3Q78 A; 1IHB A; 3HIZ A; 3UT8 A; 4GA1 A; 2XZD G; 4AIF A; 4UWH A; 3UI2 A; 1D8E A; 3JCK C; 3KSQ A; 5FIO A; 3CLJ A; 1EF1 C; 4XIF A; 2PL2 A; 3E34 A; 3CVX A; 4GYW A; 3HXF A; 3PDN A; 2P58 C; 4L2Y A; 1RW2 A; 2KCV A; 5AYW D; 3T5X A; 4BFR A; 2RD0 A; 3FP3 A; 4P29 A; 5BW8 C; 4JL0 A; 4WWO A; 4LEU A; 1FT2 A; 4I6G A; 4DJA A; 2JLB A; 4EZJ A; 1HG2 A; 2A5E A; 2P9S G; 3FUN A; 1UN9 A; 4U04 A; 3PRZ A; 5E75 A; 1TEZ A; 3R7Q A; 2QC9 A; 3KSL A; 3S7D A; 4YVO A; 4ACL A; 2J4B A; 3ASF A; 3CHP A; 3V30 A; 3R7R A; 2XCB A; 3MA5 A; 2Q7F A; 3ZNG A; 1SQM A; 4K5B A; 1N54 A; 3ULE G; 5D66 A; 5G04 J; 3MX3 A; 3URZ A; 2H6I A; 4HOU A; 3IKO B; 2H6H A; 2VSX E; 2QYJ A; 2MOW A; 1KT1 A; 1ZBP A; 2HYZ A; 4WAF A; 4L1B A; 4HI8 A; 1LD8 A; 2KZT A; 5AQ7 A; 5A7D B; 3FU3 A; 4HOQ A; 4NUR A; 1KZO A; 3Q9N C; 4B0Z A; 5AJD A; 4UI9 C; 3PZ1 A; 3UM3 A; 3UT4 A; 5IY5 E; 3LJ3 A; 1IHG A; 2DYR E; 4ANV A; 1N4R A; 1H2V C; 1Z3Y A; 1GW6 A; 4J0U A; 3TG5 A; 2R17 C; 2Y4T A; 3RSE G; 4BX8 A; 1ELK A; 1S70 B; 3LXU X; 2ZXW E; 3D9I A; 1TYQ G; 1BPO A; 2WXK A; 4ANU A; 2WPV A; 3FTW A; 3KEZ A; 2RKK A; 4N5C A; 3ULY A; 4UWG A; 4FHK A; 2IQC A; 5KWD A; 5ITZ F; 3UM1 A; 4EBA G; 5B3S E; 1E96 B; 2IY0 C; 3ENE A; 5AN8 A; 2F37 A; 2UWJ G; 3Q4A B; 4TUU A; 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