The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
302
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sequence length |
862
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structure length |
862
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Chain Sequence |
MLEEYRKHVAERAAEGIAPKPLDANQMAALVELLKNPPAGEEEFLLDLLTNRVPPGVDEAAYVKAGFLAAIAKGEAKSPLLTPEKAIELLGTMQGGYNIHPLIDALDDAKLAPIAAKALSHTLLMFDNFYDVEEKAKAGNEYAKQVMQSWADAEWFLNRPALAEKLTVTVFKVTGETNTDDLSPAPDAWSRPDIPLHALAMLKNAREGIEPDQPGVVGPIKQIEALQQKGFPLAYVGDVVGTGSSRKSATNSVLWFMGDDIPHVPNKRGGGLCLGGKIAPIFFNTMEDAGALPIEVDVSNLNMGDVIDVYPYKGEVRNHETGELLATFELKTDVLIDEVRAGGRIPLIIGRGLTTKAREALGLPHSDVFRQAKDVAESDRGFSLAQKMVGRACGVKGIRPGAYCEPKMTSVGSQDTTGPMTRDELKDLACLGFSADLVMQSFCHTAAYPKPVDVNTHHTLPDFIMNRGGVSLRPGDGVIHSWLNRMLLPDTVGTGGDSHTRFPIGISFPAGSGLVAFAAATGVMPLDMPESVLVRFKGKMQPGITLRDLVHAIPLYAIKQGLLTVEKKGKKNIFSGRILEIEGLPDLKVEQAFELTDASAERSAAGCTIKLNKEPIIEYLNSNIVLLKWMIAEGYGDRRTLERRIQGMEKWLANPELLEADADAEYAAVIDIDLADIKEPILCAPNDPDDARPLSAVQGEKIDEVFIGSCMTNIGHFRAAGKLLDAHKGQLPTRLWVAPPTRMDAAQLTEEGYYSVFGKSGARIEIPGCSLCMGNQARVADGATVVSTSTRNFPNRLGTGANVFLASAELAAVAALIGKLPTPEEYQTYVAQVDKTAVDTYRYLNFNQLSQYTEKADGVIFQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
E. coli aconitase B structure reveals a HEAT-like domain with implications for protein-protein recognition.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Aconitate hydratase 2
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| total genus |
302
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| structure length |
862
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| sequence length |
862
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.3: Aconitate hydratase. |
| pdb deposition date | 2002-03-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00330 | Aconitase | Aconitase family (aconitate hydratase) |
| A | PF06434 | Aconitase_2_N | Aconitate hydratase 2 N-terminus |
| A | PF11791 | Aconitase_B_N | Aconitate B N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | Aconitase; domain 4 | Aconitase, domain 4 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aconitase; domain 3 | Aconitase, domain 3 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aconitase; domain 3 | Aconitase, domain 3 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aconitase; Domain 2 | Aconitase, Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2B3Y A; 1NIT A; 3H5H A; 3SN2 A; 1ACO A; 3H5J A; 2PKP A; 7ACN A; 1FGH A; 1B0M A; 1AMJ A; 3VBA A; 3Q3W A; 1C97 A; 1B0J A; 4KP1 A; 1C96 A; 4NQY A; 5ACN A; 3H5E A; 3SNP A; 1AMI A; 6ACN A; 2B3X A; 2HCU A; 4KP2 A; 1L5J A; 8ACN A; 1V7L A; 1B0K A; 1NIS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H6H A; 4LNU D; 2FEZ A; 5CED B; 2Y4U A; 2CHW A; 2F37 A; 4G1T A; 1BLX B; 1OCC E; 1SW6 A; 4FJY A; 3CVY A; 2IOS A; 2QFC A; 5FQ6 A; 1BI7 B; 3CVU A; 4WWP A; 2IY0 C; 4PS8 A; 4KP2 A; 4M3O A; 5C2Y A; 5HQ8 A; 1H0A A; 2PQR A; 3ZXP A; 2AW6 A; 1C97 A; 4TXQ A; 5ACN A; 2WXM A; 2IOL A; 2KAT A; 4MKT A; 4G8K A; 4KXK B; 1UN8 A; 4MBG A; 1KLX A; 2J4D A; 2Y69 E; 4U8H A; 4EBA G; 4I2W A; 3R9M A; 1OWM A; 2BKK B; 3SY2 A; 4O1O A; 2OEW A; 1FT2 A; 3D9L A; 1QBQ A; 1H6O A; 3JYS A; 5JJ7 A; 4JZY A; 3FTZ A; 4W9R A; 5A6C A; 2P9I G; 4U0Z A; 4PS7 A; 3ENE A; 5LX8 A; 4KBQ A; 1OT8 A; 4G11 A; 1K8K G; 4KZC A; 2B6C A; 4ANW A; 1S64 A; 3KSQ A; 5JJT A; 4BTB A; 4HS2 A; 1IXV A; 1QZ2 A; 3MV2 B; 3CIA A; 2HCU A; 2I1K A; 1V7L A; 3SFZ A; 2XEN A; 3KS2 A; 3D9J A; 2QZA A; 4HOT A; 4GMJ A; 2WXH A; 3AG1 E; 2UY1 A; 3HDX A; 3HXF A; 4MS6 A; 3QC1 A; 2VGE A; 4BSX A; 3E30 A; 4ACL A; 4U63 A; 3Q49 B; 3HYM B; 2EIK E; 2WXL A; 1IKN D; 3IV0 A; 4KP1 A; 4GZ3 A; 6ACN A; 3URZ A; 4OAU C; 3S7B A; 2I9C A; 3CVX A; 5KBA A; 4L2Y A; 2WQ6 A; 3FUH A; 2ETA A; 5BW8 C; 2E2E A; 2ZU6 B; 3NZS A; 2F8X K; 4TXR A; 3EIJ A; 3PE4 A; 5CRV A; 1UOH A; 5FQ8 A; 4RG9 A; 4DX7 D; 3D9P A; 2XQ0 A; 2AWI A; 3C3R A; 4AV7 A; 4UWG A; 3ISM C; 2ZGD A; 3RK6 A; 4A3V A; 1N11 A; 1FVH A; 1OUV A; 4B89 A; 4I43 A; 2J08 A; 1KT1 A; 2C0M A; 3MA5 A; 4N2S A; 2XS8 A; 1PY1 A; 4GYY A; 2RKK A; 3EJN A; 3FU6 A; 3EIQ C; 4GCN A; 4TXP A; 4CDR A; 3CKB A; 1EDU A; 4A55 A; 3MX3 A; 2GW1 A; 3S2A A; 4Y6C A; 3PUJ A; 5AQB A; 5FQ7 A; 3BQO A; 4YND A; 4RLY A; 3CKC A; 1AWC B; 1D8E A; 1NFI E; 3MCX A; 4GPK A; 2OCC E; 3T9K A; 2EIJ E; 3J5P A; 1FGH A; 3IKO B; 3KAE A; 4GTS A; 4DJA A; 1X81 A; 1E8Y A; 3LVR E; 3WXX A; 1AMI A; 3HVE A; 1O1S A; 3NOC D; 1L5J A; 3DSU A; 4ATG A; 4GTQ A; 2KCK A; 1KT0 A; 3T8K A; 3NB2 A; 2OOE A; 3DSW A; 4Z68 A; 3UUX A; 4GML A; 5DBK A; 2MHK A; 4LRZ A; 4DX1 A; 4GZ6 A; 5G55 A; 3L16 A; 2F0Y A; 2OEV A; 3PNL B; 4DI4 A; 2WMN A; 2GGF A; 3JCK C; 1MQS A; 4CGW A; 3H5E A; 4RQI A; 4ANU A; 1TNO A; 4ANX A; 5CRU A; 4D10 C; 2VSY A; 3G2W A; 3H5J A; 2LXL A; 3I3N A; 5JMN D; 5KNH D; 3LEW A; 3UT4 A; 3L54 A; 4LNG A; 3SI5 A; 2R03 A; 3QK0 A; 4AEZ C; 2UY1 B; 4I2Z A; 4HOR A; 2XZT G; 4JA7 A; 3ZIM A; 3UM0 A; 2WQ7 A; 4URK A; 4CRW A; 1TNU A; 3S7F A; 4ILG A; 4JHJ A; 5ENR D; 3EU9 A; 2GRL A; 1MX6 A; 1OWO A; 3PS6 A; 5CCL A; 4BTA A; 4U04 A; 1H2V C; 3AS8 A; 2P58 C; 4YVO A; 3IHV A; 4ATZ D; 4A63 B; 1DCE A; 2IF4 A; 3Q15 A; 1Z6T A; 4J8E A; 3CQC B; 3ML8 A; 3PVL A; 1E7U A; 3CVQ A; 2XGS A; 3PZ4 A; 5KJL A; 2VJ8 A; 1H2T C; 2YQ8 A; 2L6B A; 3L9T A; 3QWW A; 3UM1 A; 3DBS A; 3EHR A; 3DSX A; 1IYG A; 4FU3 A; 5ENP D; 5FWQ A; 3JUI A; 3D9I A; 2Q7F A; 2LSV A; 3GZ2 A; 4IUL A; 3ZEF A; 4AXH A; 4AM9 A; 1N0Q A; 3DSV A; 2JAB A; 4F7A A; 3SD5 A; 4KVM A; 2WPV A; 3ASO E; 3EHM A; 3R7R A; 4WAF A; 2L0I A; 3JXI A; 1K1B A; 2MOW A; 4CT0 A; 2IJG X; 3EHN A; 7ACN A; 1O1T A; 4BEP A; 1B0J A; 4PH4 B; 4G2V A; 2WXK A; 1FVF A; 2XZD G; 5CMW A; 3FWV A; 4AY5 A; 4XKC A; 2PQN A; 3C72 A; 4GZD A; 2IO3 C; 3Q75 A; 3FH7 A; 4GA0 A; 2P9U G; 4J6I A; 3UPV A; 1ELK A; 3GYZ A; 3LVQ E; 5LP0 A; 3ZVV A; 3AS5 A; 5IY5 E; 3APD A; 1N9A A; 1JCS A; 3UM2 A; 3HVE B; 2GRO B; 4YDO A; 4EBA A; 4PDX A; 5CBN A; 1KZP A; 3DST A; 2WXR A; 4FJZ A; 1JWG A; 2C0L A; 4BSZ B; 3SBT B; 4U8Y D; 2WXQ A; 2B0O E; 4ZFH A; 4YVQ C; 3SFY A; 2KCL A; 4CEM A; 4L23 A; 3PDN A; 2FO1 E; 3QAQ A; 3ASF A; 2DYS E; 4WNG A; 5EIB E; 1H6K A; 3UI2 A; 5T8I A; 5EKQ D; 2AJA A; 4H7Y A; 3ABK E; 1H6P A; 3IXE A; 3ULY A; 4JL0 A; 3FTX A; 1GW6 A; 3SNX A; 3DEP A; 3ZXS A; 2RFM A; 2V5Q C; 4I9C A; 3UTM A; 4WNE A; 2PM6 A; 5G2N A; 3FEY A; 1PAQ A; 4LG6 A; 3ULE G; 2CHX A; 3K9I A; 3Q7F A; 2X3M A; 4EHM A; 1HF8 A; 3ZGQ A; 2PL2 A; 1MJ0 A; 1TN6 A; 5FZS A; 3GZS A; 5E75 A; 5EYP F; 3TWS A; 3RRN B; 4HFG A; 3B7T A; 3JQ1 A; 1N0R A; 1B0K A; 4CCA A; 3SHF A; 1N52 A; 2LAH A; 3GZ1 A; 4GTO A; 5BXU A; 3AS4 A; 2DWZ A; 4M7C A; 3U64 A; 1LF8 A; 2WXI A; 1NZN A; 4K0R A; 3MGB A; 3VBA A; 4DX5 D; 4R7L A; 3ULQ A; 2WXG A; 1UG3 A; 5G04 C; 4BES A; 3HXB A; 4XI0 A; 5AQ7 A; 4H7X A; 2P9N G; 1ACO A; 3C98 A; 4GTM A; 1HX8 A; 1OWL A; 5HS0 A; 4OVV A; 4MRU A; 2V4L A; 4HI9 A; 4UQZ A; 3E32 A; 3DWL G; 3L82 A; 3UKU G; 3S7D A; 1NL4 A; 1SQM A; 4JEU A; 4LEU A; 1RW2 A; 2XPZ A; 3L6A A; 3V2X A; 2WVI A; 3IHY A; 1HH8 A; 5ENO D; 3SN2 A; 3D9K A; 2CG3 A; 3BUA A; 3Q78 A; 4BFR A; 5AJL A; 3D9N A; 3ESK A; 2P9L G; 5ENS D; 4EEC A; 1OCR E; 3TWR A; 2ZGG A; 2A5E A; 1D8D A; 2XPY A; 3QWV A; 5BUZ A; 1NIT A; 1Z5S C; 2X6F A; 5DIZ A; 4U7E B; 4LSZ E; 4HQD A; 2L6J A; 1B0M A; 3C5R A; 3TAX A; 1N95 A; 3B7R L; 3Q9U C; 4I9E A; 3JQ0 A; 3U9W A; 5D66 A; 3TGO A; 1OWP A; 2RG8 A; 5BV1 A; 3V30 A; 2XEV A; 1DNP A; 4PUC A; 4DLO A; 2BF0 X; 2VGY A; 3CK7 A; 3CSF A; 3RJV A; 5A23 A; 3CK9 A; 1IQU A; 1YA0 A; 3RAU A; 5AAR A; 5KWD A; 2X6H A; 2XRY A; 2XEE A; 3BU8 A; 3AU4 A; 4YDW A; 2IO2 C; 3FU3 A; 4K5B A; 3MV3 B; 1OWN A; 3O4Z A; 1DCQ A; 3JUE A; 2Y4T A; 5AN8 A; 4UUC A; 4U8V D; 2NSZ A; 2Y1L E; 3NZU A; 4XX5 A; 4QFV A; 2XGM A; 3AAA C; 1NP7 A; 4J7W A; 4B8C B; 3ZYL A; 5KNG A; 4QQI A; 4V3I A; 1TNB A; 1SA5 A; 3Q79 A; 1EYH A; 3QAR A; 3J5Q B; 5CEA A; 2EIM E; 2DZO A; 4WWN A; 5CCM A; 4EZK A; 4O1P A; 4NAC A; 2L9B A; 2DZN A; 1W3B A; 4FLH A; 3FUM A; 5BPP A; 4ABN A; 3UIO C; 1V54 E; 3QWP A; 2P2C P; 4JXT A; 5AIJ A; 3ABL E; 3CK8 A; 2BKG A; 2YIN A; 1EF1 C; 3TWQ A; 4FA6 A; 4YDY A; 4CDM A; 4LNB A; 3APF A; 3CGH A; 5EN5 D; 5ITZ F; 1E7V A; 2ION A; 3U66 A; 3CVN A; 5KCM A; 3LKU A; 4HOQ A; 4WNF A; 3DXM G; 5G04 J; 4UQY A; 1ELW A; 4LER A; 4A3T A; 5LFA A; 4F53 A; 4HB5 A; 5H7P A; 2A4Z A; 2FI7 A; 2R5S A; 3TWU A; 1EPU A; 2B3X A; 3D3M A; 1N54 A; 3TXN A; 4J0U A; 3TWT A; 4HRN A; 3LJN A; 4LUN U; 1SZ9 A; 1WDY A; 5LCW C; 1BD8 A; 4G24 A; 3HXC A; 2FUL A; 4CT4 A; 1SA4 A; 3Q3W A; 2P9K G; 3T5V A; 2OV8 A; 1K3Z D; 1QNF A; 2X6K A; 4DRX E; 2ZIR A; 3S7J A; 1NI1 A; 4IN3 B; 1JCR A; 3R7Q A; 1IHG A; 5E76 A; 5A7D B; 3ABM E; 2KM4 A; 4EZL A; 1C96 A; 1E8Z A; 1PC2 A; 4HBD A; 3C3O A; 2GRN B; 4TRQ A; 1UN9 A; 3FTW A; 4UI9 K; 3PUK A; 4GYW A; 2WXF A; 1O5M A; 3NF1 A; 3UKR G; 5D0O D; 3ZYQ A; 4ACK A; 2IFU A; 3SBS A; 2WM9 A; 3UT8 A; 3PH0 C; 3MZL B; 3MYV A; 3I5P A; 1H2U A; 1DVP A; 5C1D A; 1IHB A; 1U3C A; 1S63 A; 3ZN3 A; 4DPR A; 2DBA A; 3HIZ A; 4GTT A; 3EHQ A; 4X8Q A; 2I2O A; 4NRH B; 4APO A; 3OAW A; 4GZC A; 1JWF A; 2AXU A; 2BED A; 3QKY A; 3BEE A; 3E33 A; 5ANR A; 3RO3 A; 3RKV A; 3TWX A; 4TUM A; 1WAO 1; 2FO7 A; 3FUK A; 3BG0 B; 3ZYM A; 2J4B A; 2PM7 A; 3PZ3 A; 4C48 B; 3KEA A; 3L17 A; 4RSY A; 4K5A B; 1TYQ G; 3Q73 A; 4L1B A; 3T5X A; 3NOG D; 2P9S G; 4N3B A; 1HFA A; 4UQX A; 3FUE A; 3O48 A; 5HI7 A; 4MLP A; 1ELR A; 8ACN A; 3T8M A; 2GRM A; 1MX2 A; 3UIN C; 1H19 A; 3ASG A; 2Y3A A; 3Q5M A; 4UWF A; 1OCZ E; 2KXP C; 3SGH A; 4KMO A; 4E85 A; 3BG1 B; 4U95 D; 4FHJ A; 4JB8 P; 4AJW A; 4B94 A; 4I6J A; 3ZYK A; 1TEZ A; 3MKR A; 4LCT A; 2FF4 A; 2HO1 A; 1BU9 A; 3ASN E; 5KJM A; 3FUJ A; 3ZUV B; 5EDS A; 2H6G A; 2LO6 A; 2KZT A; 1FPP A; 1NA0 A; 2QYJ A; 4ANV A; 4ILI A; 3PEU B; 2V4H C; 3FH8 A; 2WB2 A; 2XS1 A; 3HHM A; 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