The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
210
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structure length |
210
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Chain Sequence |
SSERIRYAKWMLEHGFNIIPIDPESKKPVLKEWQKYSHEMPSDEEKQRFLKMIEEGYNYAIPGGQKGMVIMDFESKEKLKAWIGESALEELCRKTLCTNTVHGGIHIYVLSNDIPPHKINPLFEENGKGIIDLQSYNSYVLGLGSCVNHLHCTTDKCPWKEQNYTTCYTLYNELKEISKVDLKSLLRFLAEKGKRLGITLSKTAKEWLEG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a bifunctional DNA primase-polymerase
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Replication
|
| source organism |
Sulfolobus islandicus
|
| molecule keywords |
hypothetical protein ORF904
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| total genus |
59
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| structure length |
210
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| sequence length |
210
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-12-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09250 | Prim-Pol | Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A | Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Prim-pol fold | Bifunctional DNA primase/polymerase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RO2 A; 1RO0 A; 1RNI A; 3M1M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YJW P; 1WW9 A; 3G1G A; 3HOV I; 2FVF A; 1TWC I; 5A2Q b; 3S2H I; 2FQ1 A; 3H4E A; 1ZMB A; 1M1K Q; 1QF8 A; 4A3L I; 4BXX I; 3G29 A; 3CCE 1; 2K92 A; 4RVH A; 2NVX I; 4MD7 A; 2N98 A; 3I4N I; 1NQ4 A; 2KOS A; 1KQS O; 2FQ2 A; 2Z45 A; 2JQ4 A; 3IFU A; 1VQ4 Z; 4BY1 I; 2M8L A; 1VQ5 P; 2BJO A; 3MZL B; 3NTE A; 3P5J B; 2JNY A; 2FAE A; 1I50 I; 1Z02 A; 1A43 A; 1YJW Z; 5EW5 E; 2Q51 A; 2EG5 A; 3TE5 B; 5F2O A; 4NB9 A; 3CC4 P; 3CMA P; 3CXC O; 3HOW I; 2KG6 A; 3PO2 I; 2N6Z A; 2EHS A; 3CME P; 1VQK P; 2OTL 1; 2HU9 A; 2VLP A; 2CQ8 A; 4NEO A; 2JU2 A; 4WYM A; 2Y0S A; 3CC2 P; 3HYB A; 2GU2 A; 4A93 I; 3BG0 B; 2KOO A; 3S16 I; 2XV6 A; 1JJ2 Y; 1Q82 2; 2N5I A; 5DCK A; 4A3F I; 2RHB A; 5CM2 M; 1L0I A; 3CCU Z; 4E2X A; 4H2W C; 2PEI A; 2JB0 A; 4E32 A; 3CCJ P; 3CCR P; 1DV5 A; 3S1R I; 4NFR A; 2HF1 A; 3K7A I; 2N50 A; 5IP7 I; 3I56 1; 2O4H A; 4UHP B; 3GTQ I; 2L4B A; 4U0C A; 3CC2 Z; 1NJI 2; 1RO4 A; 2JAZ A; 2OAR A; 1AUM A; 1VQ6 P; 1P9N A; 3CD6 P; 1VQM Z; 3I55 P; 4E30 A; 3GTM S; 2W03 A; 1YIT 1; 3CCJ Z; 3G6E P; 1YHQ P; 1VQN P; 1X3O A; 4E2W A; 3CCR Z; 5HGL A; 1KQS Y; 2RT9 A; 2LL8 A; 4U0B A; 1L1O C; 3GCF A; 4QNB A; 4RVF A; 5D1P A; 4A3E I; 2ERH A; 1Q82 Q; 2QEX Z; 4XRQ A; 2V8I A; 3S1M I; 2JIR A; 3CCM 1; 2PY8 A; 2NVQ I; 1VQO 1; 3DS0 A; 1IMQ A; 3CXC Y; 2GZG A; 2RBL A; 1VHN A; 2H85 A; 4PXH B; 2R7Z I; 1Q7Y 1; 1DL6 A; 3J81 f; 5KP8 B; 1KD1 1; 1Q86 1; 3G6E Z; 1TWG I; 1YHQ Z; 4XFX A; 4COP A; 1I6H I; 2K3R A; 1NJI Q; 4BBR I; 3CCV P; 4MD9 A; 3GTG I; 2LF4 A; 1N8R 1; 4HKG A; 1RQF A; 2LKI A; 1VQ4 1; 5HV8 A; 3G4S Z; 3DTJ A; 2KG8 A; 2ZAE B; 2GDW A; 1WJ2 A; 3NFZ A; 3S17 I; 4NBG A; 4BBS I; 1YJ9 Z; 4PH0 A; 2JS4 A; 2IV2 X; 1K73 2; 2K0D X; 2GZE A; 2Q4Z A; 1A8O A; 1S72 Z; 3NH4 A; 3J81 b; 1ZH1 A; 4U0F A; 2DE5 A; 1Y1W I; 2GDX A; 2DE6 A; 4IPY A; 1QVF Z; 3EJB A; 2QRD B; 1Q81 2; 1Z03 A; 2VPW A; 2PNG A; 3IX0 A; 3CCV Z; 1QVG Z; 2KOD A; 2JYG A; 2JGP A; 3NY7 B; 4A3G I; 2L22 A; 3P05 A; 4XRO A; 2GZJ A; 3LRY A; 2R93 I; 1FDI A; 3CCU 1; 3FQM A; 3EER A; 1K9M 2; 1W2B Z; 1K8A 1; 3EED A; 4QKO A; 1M90 1; 2AYD A; 3U43 A; 3CCL P; 2CNR A; 4U0E A; 1L0H A; 4A3I I; 1VQ9 Z; 3CCS P; 5D1O B; 1Y1V S; 3S15 I; 2M8P A; 1EOQ A; 3DS5 A; 4BPG A; 1FDO A; 1ZNV A; 1LQL A; 3T4N B; 3I07 A; 4BY7 I; 2PMZ A; 1VQM 1; 1K73 Q; 1ZB8 A; 2DNW A; 2L0Q A; 3GZM A; 3CPW Z; 2PEQ A; 2JYL A; 4RV9 A; 2VPY A; 1RNI A; 1M6E X; 3CCQ P; 3CCL Z; 1Q81 Q; 4HGY A; 1BXI A; 1NUI A; 3OW2 Z; 1M1K 1; 2QLV B; 4MH4 A; 2MF4 A; 3EJD A; 2EGT A; 3G28 A; 4Y52 I; 2QEX 1; 3HOU I; 2JA8 I; 5D1O A; 1HQB A; 3S2D I; 4CA3 A; 4E33 A; 1K9M Q; 1USP B; 3TDH B; 3S1Q I; 1WCM I; 4A3B I; 1VQL P; 4EWC A; 3CC7 P; 2QNW A; 3G71 P; 1QYP A; 2LIW A; 2P9X A; 3H47 A; 3MGE A; 2OTJ P; 2JMO A; 2YAD A; 2NAP A; 1YI2 1; 4NB8 A; 1YJN 1; 3VMH A; 3H3V J; 2M8N A; 1VQ5 Z; 5FLX f; 2K5R A; 2BUO A; 3CCQ Z; 2GYK A; 4DK1 A; 4A3J I; 2LML A; 4A3D I; 3DS2 A; 4M0I A; 4DQY B; 3VTN A; 2PK7 A; 5AN9 F; 1VQ8 1; 3CC4 Z; 3CMA Z; 2AKL A; 2L6E A; 2EHT A; 5KP7 B; 3CME Z; 1GXH A; 3G4S 1; 1VQK Z; 1M6N A; 2VLQ A; 4NH1 C; 2CWO A; 2QA4 1; 2GZI A; 1Z01 A; 1Q7Y 2; 1YJ9 1; 2VLN A; 2FHS C; 1USP A; 1EMV A; 2PEM A; 2FAD A; 3GJN A; 3CC7 Z; 4A3M I; 3GTM I; 3S1N I; 2G2K A; 1K83 I; 1S72 1; 1QVF O; 4CL1 A; 1QVG O; 1FR2 A; 5FLX b; 2LPK A; 2RIQ A; 1YIJ P; 5C3E I; 1PFT A; 3J7A 4; 1OR5 A; 1KRL A; 4H2Y C; 2OZK A; 1KC8 1; 3ESW A; 1RO2 A; 1GPJ A; 1W2B O; 2XZ1 C; 2KGC A; 2OTL P; 2Z46 A; 5I4T G; 5HGO A; 3H0D A; 3HOY I; 2LTE A; 5IP9 I; 1VQ6 Z; 2O53 A; 1VQ9 1; 3RG6 C; 2W04 A; 2KOP A; 3CD6 Z; 2GDY A; 2KOR A; 3H0G I; 3PO3 I; 3I55 Z; 1UJZ A; 4NBD A; 3M4O I; 1YIJ Z; 1VQN Z; 2JIO A; 1Q7Y Q; 1Q82 1; 4HGZ A; 4XX2 A; 1M90 2; 1QXF A; 1E6J P; 3CPW O; 1ACP A; 5C4J I; 2B63 I; 3I56 P; 2OTL Z; 1GXG A; 2WB1 A; 3HZQ A; 3E2D A; 2L9F A; 3MZK B; 2F4M A; 2ROQ A; 1N8R Q; 3OW2 O; 2VF1 A; 3Q87 A; 1N2F A; 3CCL 1; 2V45 A; 2MY5 A; 1YJW 1; 3IF8 A; 2KGE A; 2JIP A; 3VB9 A; 1Y8C A; 1MZ8 A; 3D9X A; 4RS4 A; 4MON A; 1UNK A; 5EJD A; 4NBF A; 4NBC A; 1YIT P; 2BHV A; 1E0H A; 4RVD A; 1TFI A; 2JR6 A; 3D6W A; 3GTJ I; 1YUA A; 2CG5 B; 2QRE B; 5T6B A; 4DGL A; 2JA6 I; 1QVF Y; 2CGQ A; 5T67 A; 2EFJ A; 1TWF I; 2XXM A; 4TNU A; 3VMI A; 1QVG Y; 4S1T A; 3GKL C; 2E2H I; 3I56 Z; 2AF8 A; 1TWA I; 1VQ5 1; 1M74 A; 4X6A I; 4RVG A; 3CCQ 1; 2KPI A; 3CCM P; 3DPH A; 1Y1V I; 4A3K I; 4COC A; 5CZD B; 1ZB9 A; 1W2B Y; 3CC4 1; 4GR2 A; 5HGN A; 1VQO P; 3NDI A; 1K8A Q; 3CMA 1; 2I3C A; 2E2J I; 3CME 1; 5F2N A; 1M90 Q; 5C44 I; 1VQK 1; 3GTK I; 4NBH A; 1EIA A; 3HKZ A; 2KW2 A; 3CC2 1; 3KIF A; 3B5I A; 1VQP P; 3G0V A; 4QTT A; 2IZ3 A; 2V3V A; 3RZO I; 2V8J A; 1VQ7 P; 3VRL C; 1R9T I; 1Q16 A; 2LEX A; 4XFZ A; 1JWH C; 4NBA A; 4NBE A; 1VQ4 P; 2N5H A; 3CCJ 1; 1KLP A; 4F37 A; 4PWV B; 2RPR A; 3CCR 1; 4U0D A; 1T8K A; 3DS1 A; 3CPW Y; 1Z6M A; 1ML8 A; 1K30 A; 1VQO Z; 3CE7 A; 2VPX A; 3U50 C; 2JA7 I; 3CCS Z; 3GTL I; 3CQZ I; 2YU9 I; 2XT1 A; 3OW2 Y; 1VQP Z; 1DNY A; 2K94 A; 3VMG A; 1K73 1; 4XFY A; 2KI7 B; 3MON A; 2FVE A; 1VQ7 Z; 1VQ6 1; 2K0Y A; 4AYB A; 3CD6 1; 2M6N A; 3I55 1; 5FLM I; 2P28 A; 2DE7 A; 2JBG A; 3JAM f; 3LMO A; 3HOX I; 1KC8 2; 1Q81 1; 3QWU A; 1YUK A; 3CCU P; 3G6E 1; 1YHQ 1; 2GTI A; 1YIJ 1; 1VQN 1; 3I4M I; 5BS2 A; 4A3C I; 3FKI I; 2Z44 A; 3D2L A; 2K0X A; 2N6Y A; 2OOX B; 1RO0 A; 5T64 A; 1K9M 1; 2GZF A; 1SFO I; 4PH1 A; 2K2Q A; 5F2K A; 2LIY A; 3G26 A; 4MD8 A; 3HOZ I; 2PEO A; 3RG2 A; 1QRJ A; 1JJ2 Z; 2NVT I; 3RZD I; 2LIU A; 2MD9 A; 3CCE P; 2QR1 B; 2E1M A; 1VQL Z; 1KD1 2; 2QRC B; 1Q86 2; 3G71 Z; 3G1I A; 3JAM b; 1VQM P; 4IZ6 A; 2OTJ Z; 2PEJ A; 2K93 A; 3DS4 A; 1N8R 2; 3CCV 1; 4MXU A; 2NVY I; 3G21 A; 1AF8 A; 2MR7 A; 5C4X I; 1HY8 A; 1BAJ A; 1WZN A; 2NO8 A; 3GKQ A; 5KP6 B; 2QEX P; 1KC8 Q; 1NP6 A; 2ONT A; 3J80 f; 1IMP A; 2PEN A; 2VPZ A; 2FAC A; 2KGD A; 4U0A A; 3CCE Z; 2VLO A; 4MRI A; 3EJE A; 1D1D A; 2AFD A; 1I3Q I; 1S7M A; 4HH4 A; 3Q20 A; 2PM9 A; 4DG9 A; 1YI2 P; 1KQS Z; 2AVA A; 1YJN P; 1X0T A; 5JPA A; 4NOZ A; 2FVA A; 3DS3 A; 2KGA A; 4R0M A; 2KWL A; 2E7Z A; 2E2I I; 5BS1 A; 1KD1 Q; 1K8A 2; 3NDJ A; 2K5X A; 1Q86 Q; 1VQ8 P; 2PEK A; 5HVC A; 3J80 b; 1AYI A; 3NH8 A; 2GTH A; 3G4S P; 2F4O A; 1CEI A; 3NH5 A; 3CXC Z; 2MR8 A; 1WII A; 2AFE A; 2QA4 P; 7CEI A; 1YJ9 P; 2LOL A; 3CCS 1; 2P3Y A; 2JIQ A; 3GTO I; 2JA5 I; 5LL6 f; 4Y7N I; 1S72 P; 2QKD A; 2WPT A; 2J6A A; 1NJI 1; 3F3F C; 1RLY A; 1X3W A; 2LFU A; 1VQP 1; 1YI2 Z; 3PO3 S; 1YJN Z; 5HGM A; 1SIW A; 3M3Y I; 1IUQ A; 2MVU A; 1VQ7 1; 1TWH I; 4GR6 A; 2JO0 A; 2OOY B; 2VUM I; 2FQ0 A; 1VQ8 Z; 3LUS A; 2R92 I; 4BPF A; 2JU1 A; 5IT9 f; 3M1M A; 1M1K 2; 2JIM A; 2V8K A; 2QA4 Z; 2KG9 A; 3B4Q A; 4BPH A; 4E2Y A; 3S14 I; 3KIH A; 1VLA A; 2IZ4 A; 1VQ9 P; 4E31 A; 2M5R A; 1VKU A; 2KR5 A; 2WAQ A; 3GZL A; 4MRT C; 3BG1 B; 2X2B A; 4QTU A; 1JJ2 O; 5A2Q f; 3F3P C; 2DGY A; 1YIT Z; 2E9H A; 2JUB A; 3IR7 A; 4H2X C; 3WBH A; 1VQL 1; 2VUG A; 3CC7 1; 3G71 1; 2OTJ 1; 5IT9 b; 1X3Z A; 3GTP I; 4NBB A; 2R6M A; 2M48 A; 1AA6 A; 2XZ0 D; 4E2Z A; 3FQQ A; 3CCM Z; 1F80 D; 2EIA A; 2MVV A; 2KOQ A; 2VSQ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1YJW P; 1WW9 A; 3G1G A; 3HOV I; 1TWC I; 5A2Q b; 3S2H I; 3H4E A; 1ZMB A; 1M1K Q; 1QF8 A; 4A3L I; 4BXX I; 3G29 A; 3CCE 1; 4RVH A; 2NVX I; 4MD7 A; 3I4N I; 1KQS O; 2Z45 A; 3IFU A; 1VQ4 Z; 4BY1 I; 2M8L A; 1VQ5 P; 2BJO A; 3MZL B; 3NTE A; 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2Q4Z A; 1A8O A; 1S72 Z; 3NH4 A; 3J81 b; 1ZH1 A; 4U0F A; 2DE5 A; 1Y1W I; 2DE6 A; 4IPY A; 1QVF Z; 2QRD B; 1Q81 2; 1Z03 A; 3CCV Z; 3IX0 A; 1QVG Z; 2KOD A; 2JYG A; 4A3G I; 3P05 A; 4XRO A; 3LRY A; 2R93 I; 3CCU 1; 3FQM A; 3EER A; 1K9M 2; 1W2B Z; 1K8A 1; 3EED A; 1M90 1; 3CCL P; 4U0E A; 4A3I I; 1VQ9 Z; 3CCS P; 5D1O B; 1Y1V S; 3S15 I; 2M8P A; 1EOQ A; 3DS5 A; 1LQL A; 3T4N B; 3I07 A; 4BY7 I; 2PMZ A; 1VQM 1; 1K73 Q; 1ZB8 A; 3CPW Z; 2PEQ A; 2JYL A; 4RV9 A; 1RNI A; 1M6E X; 3CCQ P; 3CCL Z; 1Q81 Q; 4HGY A; 1NUI A; 3OW2 Z; 1M1K 1; 2QLV B; 4MH4 A; 4Y52 I; 2EGT A; 3G28 A; 2QEX 1; 3HOU I; 2JA8 I; 5D1O A; 3S2D I; 4E33 A; 1K9M Q; 1USP B; 3TDH B; 3S1Q I; 1WCM I; 4A3B I; 1VQL P; 4EWC A; 3CC7 P; 3G71 P; 1QYP A; 2P9X A; 3H47 A; 3MGE A; 2OTJ P; 2JMO A; 2YAD A; 1YI2 1; 4NB8 A; 1YJN 1; 3VMH A; 3H3V J; 2M8N A; 1VQ5 Z; 5FLX f; 2K5R A; 2BUO A; 3CCQ Z; 4DK1 A; 4A3J I; 4A3D I; 3DS2 A; 4M0I A; 4DQY B; 3VTN A; 2PK7 A; 5AN9 F; 1VQ8 1; 3CC4 Z; 3CMA Z; 2AKL A; 2L6E A; 3CME Z; 3G4S 1; 1VQK Z; 1M6N A; 4NH1 C; 2CWO A; 2QA4 1; 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