The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
257
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sequence length |
851
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structure length |
851
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Chain Sequence |
HRGHKIKGTVVLMRKNVLDVNSVTSVGGIIGQGLDLVGSTLDTLTAFLGRSVSLQLISATKADANGKGKLGKATFLEGIITSLPTLGAGQSAFKINFEWDDGSGIPGAFYIKNFMQTEFFLVSLTLEDIPNHGSIHFVCNSWIYNAKLFKSDRIFFANQTYLPSETPAPLVKYREEELHNLRGDGTGERKEWERIYDYDVYNDLGDPDKGENHARPVLGGNDTFPYPRRGRTGRKPTRKDPNSESRSNDVYLPRDEAFGHLKSSDFLTYGLKSVSQNVLPLLQSAFDLNFTPREFDSFDEVHGLYSGGIKLPTDIISKISPLPVLKEIFRTDGEQALKFPPPKVIQVSKSAWMTDEEFAREMLAGVNPNLIRCLKDFPPRSKLDSQVYGDHTSQITKEHLEPNLEGLTVDEAIQNKRLFLLDHHDPIMPYLRRINATSTKAYATRTILFLKNDGTLRPLAIELSLPHPQGDQSGAFSQVFLPADEGVESSIWLLAKAYVVVNDSCYHQLVSHWLNTHAVVEPFIIATNRHLSVVHPIYKLLHPHYRDTMNINGLARLSLVNDGGVIEQTFLWGRYSVEMSAVVYKDWVFTDQALPADLIKRGMAIEDPSCPHGIRLVIEDYPYTVDGLEIWDAIKTWVHEYVFLYYKSDDTLREDPELQACWKELVEVGHGDKKNEPWWPKMQTREELVEACAIIIWTASALHAAVNFGQYPYGGLILNRPTLSRRFMPEKGSAEYEELRKNPQKAYLKTITPKFQTLIDLSVIEILSRHASDEVYLGERDNPNWTSDTRALEAFKRFGNKLAQIENKLSERNNDEKLRNRCGPVQMPYTLLLPSSKEGLTFRGIPNSISI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Soybean lipoxygenase-3 in complex with 4-nitrocatechol.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Lipoxygenase-3
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
257
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| structure length |
851
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| sequence length |
851
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| ec nomenclature |
ec
1.13.11.58: Linoleate 9S-lipoxygenase. |
| pdb deposition date | 2003-01-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00305 | Lipoxygenase | Lipoxygenase |
| A | PF01477 | PLAT | PLAT/LH2 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Lipoxygenase-1; domain 5 | Lipoxygenase-1; Domain 5 | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Lipoxygenase-1 | PLAT/LH2 domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Lipoxygenase-1; domain 3 | Lipoxygenase-1; Domain 3 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Lipoxygenase-1; domain 2 | Lipoxygenase-1; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JNQ A; 1ROV A; 2P0M A; 1F8N A; 1LPA B; 1ETH A; 2PVS A; 1HPL A; 3BND A; 3BNC A; 2PPL A; 1FGR A; 1QMD A; 1LOX A; 1LNH A; 3DY5 A; 3FG1 A; 3FG4 A; 1CA1 A; 1GPL A; 4NRE A; 1OLP A; 2WY6 A; 2IUK A; 5EEO A; 3PZW A; 1FGQ A; 3CWZ B; 3BNE A; 1KHO A; 1RP1 A; 3V92 A; 3V98 A; 1FGO A; 3D3L A; 1W52 X; 2WXT A; 3V99 A; 1RRL A; 1IK3 A; 3O8Y A; 2FNQ A; 4WFO A; 1Y4K A; 1N8S A; 1HU9 A; 1BU8 A; 1YGE A; 1FGM A; 4QWT A; 2OXE A; 1LPB B; 4WHA A; 1N8Q A; 3BNB A; 1QM6 A; 2WXU A; 3VF1 A; 1RRH A; 1NO3 A; 3FG3 A; 2IUJ A; 3RDE A; 1GYG A; 2SBL A; 1FGT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EV5 A; 1WQL B; 1BNE A; 1I3F A; 4HM7 B; 3CC7 3; 2F98 A; 2WOF A; 2BMR B; 3OWS A; 1EA2 A; 2L4V A; 3UL5 A; 1DVD A; 1AVL A; 4NRE A; 2IMJ A; 1UI7 A; 3PZW A; 2XSO B; 1TU5 A; 1SQW A; 3EB8 A; 1B2X A; 1KQS 2; 2B1X B; 1W52 X; 3NBJ A; 1JKG B; 1NU3 A; 2E2T A; 3Q2P A; 4XM4 A; 4HKV B; 3TDG A; 2CK3 H; 3NM7 A; 2CX1 A; 1N9E A; 3T0U A; 1W02 A; 2Y74 A; 1IV7 A; 4CPK A; 2P09 A; 1LPB B; 4KFD A; 1UUG B; 3Q90 A; 1EEJ A; 1PFP A; 2W0Q A; 1YJ9 3; 3KCH A; 1JBS A; 3NV0 A; 1R4Y A; 5STD A; 2XFD A; 3JVC A; 3B7C A; 1W5Z A; 1FGT A; 1BOX A; 3NUV A; 1JZO A; 1UDI I; 3FF2 A; 4Q53 A; 4NHF A; 2W9P A; 1N5H A; 2F86 B; 1STD A; 1EG9 B; 2A15 A; 1WTH A; 4J9A A; 5IEO A; 3H3H A; 3VSY A; 3EN8 A; 1N5P A; 4BIR A; 4N6L A; 1MWT A; 2OCT A; 3V92 A; 1JKG A; 1UUV B; 1RN7 A; 3RGR A; 1X1X A; 1ZO2 A; 2GU3 A; 3ZFZ A; 1OHP A; 1UW1 A; 4H61 A; 5IG5 A; 1A2V A; 3GZR A; 1HKX A; 3GSP A; 1FZU A; 3HIG A; 4XB5 A; 4FMA A; 5KP1 A; 1BRN L; 1IYY A; 1G02 A; 1RCL A; 2RCD A; 2UGI A; 3ECF A; 1OGX A; 4OVM A; 5ELU A; 1VQ8 3; 4LGQ A; 3F8X A; 2XFT A; 5IG4 A; 2P0M A; 3SED A; 1X1Y A; 2W9Q A; 3DGY A; 5AYR B; 2BMO B; 3CCV 3; 3F14 A; 1VQM 3; 3HX8 A; 4EYC A; 2BU4 A; 1CA1 A; 3WMD A; 3U1W A; 1Q7H A; 1VQQ A; 3AMO A; 4HM2 B; 4J8T A; 2KXT A; 1BRS A; 1VZZ A; 5DRV A; 1FGO A; 3D3L A; 4K1V A; 1B20 A; 1ASK A; 3T8U A; 1KSI A; 1RRL A; 1GMP A; 2D1W A; 3LML A; 2BHM A; 5JPP A; 1A2P A; 5JBS A; 5AEW B; 3IBZ A; 3SLU A; 8CHO A; 4BTW A; 2JDI H; 1LOW A; 3LH4 A; 1WMP A; 3QRD A; 3BLZ A; 1I0V A; 1ZS7 A; 3HII A; 1SJW A; 4ZM8 A; 1LOY A; 1NWW A; 2YFI B; 3FCS B; 1ETH A; 1RNB A; 1VQ9 3; 3F40 A; 4HZ9 B; 1AV4 A; 4FMB A; 2KXG A; 1LVN A; 4WYK B; 3N8B A; 4X2O A; 5DRE A; 5JPU A; 4O3V A; 2LYX A; 3RGA A; 1I2G A; 1VQ6 3; 3HZP A; 1B27 A; 1IU7 A; 1UGI A; 4FMD A; 4U13 A; 1W2B 2; 1TRQ A; 1GY5 A; 1LQG C; 3F7X A; 2PZV A; 1C7H A; 2AAE A; 2XRX B; 3FZW A; 3KKG A; 3N9H A; 4N6M A; 1RKY A; 2OQE C; 1JBT A; 4XDW A; 1JB2 A; 1JV2 B; 2YFL B; 3DGM A; 3RNT A; 3EBT A; 4IIA A; 4HYZ A; 1HZ1 A; 1B2M A; 3CXC 2; 5RNT A; 1GYB A; 1N8Q A; 5M19 A; 2OTJ 3; 1L5G B; 1X1U A; 2QZ7 A; 3PCR A; 3EC9 A; 2CG1 A; 1K8A 4; 1BSC A; 1OGZ A; 3G4S 3; 3LYG A; 1LXE A; 1OF5 B; 1UCJ A; 2JQ5 A; 3U97 A; 2OQE A; 3G6E 3; 3DGL A; 1TP6 A; 3Q1C A; 1FW7 A; 1RCK A; 5LC6 A; 2XSH B; 3B8L A; 3OV4 A; 1B21 A; 3LT8 A; 4WYK A; 2UUG C; 3WOF B; 2CC3 A; 1Z1S A; 2Z76 A; 2WY6 A; 1FYS A; 3DXO A; 3X3X A; 3CC4 3; 1TFO A; 3LOY A; 1A90 A; 1AR0 A; 4HVN A; 6GSP A; 4HM0 B; 1CYV A; 2KAA A; 4HM3 B; 3G0K A; 2GBX B; 3X41 A; 1VQL 3; 1HYF A; 1NB5 I; 2GU1 A; 1B2U A; 1JB4 A; 3ER7 A; 2BT3 A; 1W6Y A; 3WA2 X; 3EX9 A; 1Q40 B; 4L8O A; 1BAO A; 1NO3 A; 3RDE A; 3DM8 A; 2OTL 3; 1Q9E A; 3S5C A; 1YVB I; 5IEN A; 2QNG A; 1RMS A; 1G0T A; 1LRA A; 3CPO A; 3FH1 A; 4HOH A; 1OF5 A; 4N6T A; 4R9L A; 3CCE 3; 3URP A; 3S29 A; 2Y73 A; 2CG0 A; 3KZT A; 1O7H B; 4KVH A; 3CME 3; 3A76 A; 1GD3 A; 1VQN 3; 1W6G A; 2LGE A; 1LNH A; 3FG4 A; 1GOV A; 2XF3 A; 3DUK A; 4O2H A; 1CH0 A; 4STD A; 2WGO A; 1YIJ 3; 1BGS A; 1RHL A; 5IER A; 1IVU A; 1MNL A; 3GRD A; 2BMQ B; 2GEX A; 4RBN A; 3NM2 A; 3T8N A; 3B4P A; 3JUP A; 3UJM A; 2ZDJ A; 1RN4 A; 1DMM A; 2J8X B; 1YJW 3; 5BIR A; 2OWP A; 1BNF A; 1BRI A; 1J2B A; 1VQK 3; 4GSP A; 1RGG A; 1NNV A; 1V74 A; 1Q40 A; 1BNI A; 1PYL A; 4OK0 A; 2IUJ A; 3CU3 A; 3VF1 A; 5IW9 A; 1A67 A; 3CCM 3; 3CC2 3; 4RNZ A; 1BNJ A; 1EUI C; 2IY2 A; 1RGK A; 1OH0 A; 1ZGX A; 2KF5 A; 3NQZ A; 1W6C A; 2HMM B; 5AEU B; 1BNS A; 5IG0 A; 3BNC A; 2RFR A; 3OX9 A; 1Q7Y 4; 1RLS A; 1GPL A; 1RTU A; 2CWU A; 2Z7A A; 4RNY A; 1YGW A; 3BNE A; 1X1W A; 4JRF A; 4RNT A; 3NBR A; 3PXM A; 4HJL B; 1PY3 A; 2YX9 A; 3WOD G; 1N8R 4; 2QGU A; 3WDG B; 4WFO A; 2D42 A; 2K0M A; 2O9U X; 6STD A; 1HU9 A; 1BU8 A; 1YGE A; 3G71 3; 1C54 A; 3K7C A; 2OXE A; 4K90 B; 5AIF A; 3Q3F A; 4HM6 B; 3X3Z A; 3OWU A; 2V1L A; 1W2Z A; 1WMN A; 1BRJ A; 1T2I A; 5HOH A; 3EBY A; 1W7C A; 4R4K A; 5KP3 A; 1LPA B; 1MGW A; 3KII A; 4G1M B; 3EHC A; 4IPB A; 3FKA A; 3J7Y d; 2PPL A; 4HZB B; 1LOX A; 2K54 A; 3GAX A; 3I55 3; 3I0Y A; 3A5E A; 5EQL A; 3PYJ A; 5EEO A; 2INX A; 4R9K A; 1VQ4 3; 5CLK A; 5I97 A; 3D9R A; 4CDL A; 1B2S A; 3EE1 A; 2K3D A; 6RNT A; 1IVW A; 1VQ5 3; 3SYU A; 1CEW I; 1MWU A; 4LZI A; 1QMA A; 3K9M C; 4J5K A; 2W56 B; 5G1L A; 4QWT A; 1RGC A; 2W6J H; 4WHA A; 3ZG5 A; 2WXU A; 3EJV A; 3K5T A; 3NBB A; 1K9M 4; 2ML5 A; 2MF7 A; 1GYG A; 2P38 A; 1UCK A; 2LQV A; 3F8H A; 1BRK A; 1BIR A; 3U6G A; 3D5I A; 2BO9 B; 3HOH A; 5GSP A; 2H0G A; 2ZL8 A; 1QVF 2; 2CIU A; 2KRT A; 1I70 A; 1IVX A; 2R41 A; 3D5G A; 1SAR A; 3MYT A; 4RZM A; 1E3V A; 1M1K 4; 1WNH A; 1I2E A; 2C10 A; 2HOH A; 1O7P B; 1BSB A; 2CFG A; 3S27 A; 2CFW A; 2SAR A; 1RJO A; 4EW5 A; 1S5A A; 2HMJ B; 3CCS 3; 1YHQ 3; 5G1K A; 1I3I A; 4ORL A; 1LOV A; 5CF1 A; 5IEP A; 2KF4 A; 4WP5 A; 1QAF A; 4PEJ A; 1YVS A; 2FNQ A; 1ZX2 A; 3NXJ A; 2W56 A; 1IT7 A; 3BIR A; 4R1K A; 1D6Y A; 3F7S A; 3MSO A; 2XR8 B; 1U8C B; 1OHS A; 1UCL A; 2P0X A; 1IT8 A; 2CKF B; 4BU4 A; 2BIR A; 2XHJ A; 2SBL A; 2QIY A; 3AHW A; 4X2H A; 1DE3 A; 3KN4 A; 3D79 A; 1ROV A; 4KT3 B; 2HMN B; 3DMC A; 3PS8 A; 5KP4 A; 4BTX A; 1LQM B; 1ULI B; 1HPL A; 2CFK A; 3GZB A; 5BVB A; 1BVI A; 3LT9 A; 3FSD A; 1CQS A; 2BNG A; 4EC6 A; 1UI8 A; 1ISK A; 4HAA A; 3WHO A; 1O7M B; 2H0H A; 3MG2 A; 4H3U A; 2XGL A; 1QVG 2; 1BUJ A; 1BRH A; 3V99 A; 1MOL A; 8RNT A; 1JZD A; 3O8Y A; 2FGT A; 4BL2 A; 1GSP A; 1GMR A; 4HM5 B; 3X40 A; 1GD4 A; 2Z77 A; 1RGE A; 3AHS A; 3CNX A; 3HI7 A; 3BNB A; 3FF0 A; 1QM6 A; 5TGN A; 1MWR A; 3VGN A; 1RRH A; 3UNL A; 7GSP A; 3CNM A; 3MPH A; 1QAL A; 2CFL A; 1JN5 B; 2C11 A; 3EF8 A; 1BSD A; 3KSP A; 5AIG A; 2YFJ B; 3G16 A; 1FUT A; 4HM1 B; 3QK9 A; 1KD1 4; 1DYU A; 1A2K A; 3DGN A; 3KFQ C; 4MMZ B; 2CW9 A; 1D6U A; 2R4I A; 2F5W A; 3G8Z A; 5IG3 A; 2KF6 A; 1K73 4; 1PU4 A; 1M9G A; 3N54 B; 1B2Z A; 3MWZ A; 4BL3 A; 3K63 A; 2XGN A; 3S28 A; 3ZG0 A; 4BTY A; 2C4B A; 1BNR A; 1UUW B; 4GHO A; 1S72 3; 1KC8 4; 2F99 A; 2RSX A; 1T2H A; 2CFD A; 1FGM A; 3ALA A; 3NQY A; 2F56 A; 4N6U A; 1UCI A; 4XBX A; 7STD A; 1IQY A; 1SPU A; 4I5Q A; 3JUO A; 2ZA4 A; 5D82 A; 3FG3 A; 2E2U A; 3IJE B; 1JN5 A; 1NB3 I; 5HGR A; 5A0O B; 2E2V A; 1FUW A; 1F8N A; 3H51 A; 4MJD A; 1TTO A; 1FGR A; 1QMD A; 2GBW B; 4N6O B; 3I56 3; 1OLP A; 1RDS A; 5EVH A; 1CYU A; 1QJG A; 3X3Y A; 3JUQ A; 5BU4 A; 4MMX B; 5AII A; 1AQZ A; 4LSO A; 1U5O A; 1EKM A; 1TRP A; 2HMO B; 5CF2 A; 2WXT A; 4L8P A; 1GOU A; 2KF3 A; 4QEY A; 1IQX A; 1BSA A; 1OUN A; 1OHO A; 4KFF A; 1Y4K A; 2CHC A; 2F4Y A; 3EN1 B; 3EQQ B; 5AYS C; 1OCV A; 3DGO A; 3GZY B; 1AVK A; 5AI1 A; 3CCR 3; 1JB5 A; 3CD6 3; 3B4O A; 3MHE A; 1BU4 A; 1E97 A; 3GZX B; 4EXR A; 7RNT A; 1NDO B; 3PGB A; 3LTC A; 2Z6B A; 4FCZ A; 3K0Z A; 1RGL A; 1DMQ A; 1I2F A; 2CH9 A; 3WA3 A; 3LTB A; 2AAD A; 3WR2 A; 1STF I; 1N9J A; 1BRG A; 1BAN A; 1BNG A; 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3JUN A; 3MG1 A; 4J5G A; 5M18 A; 2XFE A; 3DY5 A; 2UX0 A; 1YNV X; 5M1A A; 5D81 A; 4K61 A; 1YI2 3; 5G2G A; 4LMI A; 1RSN A; 2IUK A; 2FXT A; 2CX0 A; 1UGH I; 9RNT A; 1OPY A; 5AIH A; 1RP1 A; 3SX1 A; 4FMC A; 1M1X B; 1QAK A; 2HML B; 4N6N B; 1JJ2 2; 4I4K A; 2LRG A; 1IK3 A; 2STD A; 1LNI A; 2I9W A; 1RGH A; 1Q42 A; 2ML6 A; 2O3O A; 1AY7 A; 2M7O A; 1IDP A; 3L0R A; 3CCQ 3; 1VQO 3; 2B24 B; 1Q82 4; 2OOV C; 2F5M A; 3M8C A; 1GY7 A; 3DH2 A; 3SVA A; 2GXF A; 4L7K A; 4LEH A; 4KFE A; 1DMN A; 1OAC A; 2KCD A; 3HK4 A; 3JUM A; 4XBY A; 1GOY A; 4NPB A; 2PVS A; 1WMO A; 2W03 A; 3BND A; 4CCV A; 2XEP A; 2WOH A; 4IT7 A; 4N6V 0; 1G96 A; 2PNC A; 3FG1 A; 4XDV A; 4DKI A; 3IMA B; 1RGF A; 4HM8 B; 2WGQ A; 2KXV A; 3OW2 2; 3FLJ A; 4LYL B; 2H0I A; 3CWZ B; 4MEI A; 2OOV A; 1YJN 3; 1B3S A; 1GS3 A; 2W2C A; 2WO0 A; 4MMY B; 1ROA A; 3AGO A; 3CPW 2; 1TJD A; 5BXQ A; 1D6Z A; 4EV2 A; 1K28 A; 4JF8 A; 1SIH A; 5D83 A; 2GSP A; 1BSE A; 1O7W B; 1V58 A; 1M90 4; 2HMK B; 1FUS A; 1TFK A; 3F9S A; 4GB5 A; 2QEX 3; 1K41 A; 3NV0 B; 3DZL A; 4O02 B; 4HBR A; 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