The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
336
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structure length |
310
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Chain Sequence |
NLSPSVIAQTNWKFVEGLLKECRNKTKRMLVEKMGREAVELGNITGVEENTLIASLCDLLERIWSHGLQVKQGKSALWSHLLHYQENRQRKLAVMSPLRISLIQDMRHIQNIGEIKTDVGKARAWVRLSMEKKLLSRHLKQLLSDHELTKKLYKRYAFLRCDDEKEQFLYHLLSFNAVDYFCFTNVFTTILIPYHILIVPSKKLGGSMFTANPWICISGELGETQILQIPRNVLEMTFECQNLGKLTTVQIGHDNSGLYAKWLVECVMVRNEVTGHTYKFPCGRWLGKGMDDGSLERVLVGELLTSLPEV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for recruitment of Rab6-interacting protein 1 to Golgi via a RUN domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
Ras-related protein Rab-6A
|
| total genus |
87
|
| structure length |
310
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| sequence length |
336
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01477 | PLAT | PLAT/LH2 domain |
| B | PF02759 | RUN | RUN domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Lipoxygenase-1 | PLAT/LH2 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WY6 A; 3O8Y A; 1Y4K A; 1LPB B; 1QM6 A; 2DWK A; 1LPA B; 1LOX A; 1GYG A; 1RRL A; 2PVS A; 1ETH A; 1FGT A; 1ROV A; 1OLP A; 3V92 A; 1FGR A; 1CA1 A; 2OXE A; 1N8Q A; 3VF1 A; 2DWG A; 4WFO A; 1JNQ A; 2FNQ A; 1LNH A; 2WXU A; 2SBL A; 4QWT A; 2IUJ A; 1YGE A; 4GIW A; 1FGO A; 1FGM A; 1W52 X; 3BNB A; 3BNE A; 3FG1 A; 1GPL A; 1RP1 A; 1N8S A; 3FG3 A; 2CXL A; 1HPL A; 1HU9 A; 4NRE A; 2WXT A; 1FGQ A; 1KHO A; 2CXF A; 1QMD A; 3FG4 A; 3BND A; 3V98 A; 4WHA A; 1NO3 A; 3V99 A; 1IK3 A; 2P0M A; 1RRH A; 2PPL A; 3CWZ B; 3BNC A; 2IUK A; 5EEO A; 1BU8 A; 1F8N A; 3PZW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3N2O A; 4HFH A; 1E1H B; 4P1N A; 2E5L T; 1Z0P A; 4DUZ T; 1VOM A; 4NUU A; 3P4P A; 5TAO A; 3RIU C; 4UR9 A; 2D5U A; 3O8Y A; 4C91 A; 4UEM A; 2FJA A; 5LBM A; 4J2C A; 4QHO A; 4IDN A; 4X1Y E; 2JQK A; 1W0A A; 2JIW A; 5LJN A; 2YU1 A; 1OED A; 5DQV A; 2BKP A; 1T8B A; 1MMD A; 3AE3 A; 2YU2 A; 1BR2 A; 3OVU A; 3OKQ A; 3ZT7 A; 3AE6 A; 2WS3 A; 4ZI2 D; 3SRZ A; 5AQG B; 3EDV A; 1QSD A; 4LF7 T; 1HX8 A; 4CI2 B; 2BVM A; 1LKX A; 2B76 A; 4EB6 E; 1XMQ T; 4TWH A; 3EHZ A; 4JI3 T; 2ZLY A; 1T72 A; 2WU2 A; 5FYM A; 1FIO A; 3MJX A; 1IBK T; 3RIF A; 2XAH B; 5LCY A; 3P8C D; 1IBM T; 4TUY E; 2IIU A; 5FKY A; 2LKG A; 2BVL A; 2Q9Q C; 1LPB B; 3CK6 A; 4ASK A; 3E08 A; 1JNZ A; 4GKK T; 1RRH A; 1M62 A; 2BS2 A; 1VCT A; 4JEH B; 4L9I A; 4V1A v; 5M4Y A; 2WSS V; 3GN5 B; 2J62 A; 2NTX A; 1UX4 A; 1XNQ T; 2A2F X; 2LHN A; 1N34 T; 2Z6E A; 4ZI3 D; 3RKG A; 2V6Y A; 1D0X A; 3C4X A; 3BNC A; 2IML A; 3M3Z B; 4YT0 A; 1MNE A; 4DV6 T; 3AA7 B; 3O1H A; 1KF6 A; 3UU5 A; 3B57 A; 4CI3 B; 5L4E A; 3OJA A; 4TX5 A; 3RYI E; 4PJL A; 2LE8 A; 1Y4K A; 4CXX A; 1RRL A; 1ZV4 X; 1ETH A; 3VKG A; 4H9S E; 4B3R T; 5LNK A; 3ANW B; 2K48 A; 3VR8 A; 1W09 A; 2VL0 A; 5JH7 E; 3BQK A; 1U5P A; 1CUN A; 4UXN B; 2EHO C; 4JI2 T; 2XUE A; 1QM6 A; 2XM2 A; 1UUR A; 2DCF A; 2FUP A; 1YGE A; 4EYU A; 2LHR A; 3LSV A; 4LFC T; 3JC6 D; 4E7Z A; 5HAX A; 3ZEF B; 2XQ8 A; 4AXP A; 3CVR A; 2YN6 A; 3C4W A; 4OYJ A; 3NZQ A; 2VQE T; 2C5J A; 2ODU A; 5FXZ A; 4YJ2 E; 5AQR B; 2A3D A; 2V6Y B; 1L0V A; 4FI5 A; 3N9L A; 3PUY F; 2QA7 A; 3LK4 2; 2BG9 C; 4IIJ E; 1HNW T; 4UVC B; 1I6Z A; 2JQQ A; 4BAY B; 5C8Y E; 2KT9 A; 1Z8U A; 2UXB T; 5H6R B; 2PPL A; 4KHZ F; 2V5D A; 4QH5 A; 3MK7 C; 4KI0 F; 2IUK A; 4YHH T; 2BKO A; 4X62 T; 3DJB A; 3J9X 1; 2XAF B; 4P0A A; 1FGR A; 3RIA A; 2WWV A; 2JQ9 A; 4H63 V; 5FXW A; 2WB5 A; 3ZSS A; 3WI3 A; 3TLW A; 3KBT A; 1VRB A; 3HL6 A; 2X68 A; 2HHH T; 2V7K A; 3QUJ A; 3VRB A; 1XDP A; 4JYA T; 5KDM C; 4P0B A; 3FXE B; 2RP4 A; 4DO0 A; 4ISS A; 4EAH A; 3ZMT B; 2N1G A; 4I4T E; 2W2U A; 4LMJ A; 1FMV A; 2ZM0 A; 5LYJ E; 4EYY R; 1XMO T; 2OLT A; 4JEU B; 5E0O A; 4TN7 B; 5ABH A; 4AI6 A; 4ZI3 C; 3O9X A; 5EEO A; 2UU9 T; 1J5E T; 1M7K A; 2VKD A; 3H37 A; 4X5T A; 3I9Y A; 5JDN A; 2WY2 A; 2KWI B; 1OED E; 3P4Q A; 1T98 A; 4DR6 T; 2BS4 A; 1J5W A; 1QLB A; 1SUM B; 2BG9 E; 1MMG A; 2KWH A; 2KXV A; 4YTP A; 1U4Q A; 3AE8 A; 3HA4 A; 1D0Y A; 4WFO A; 4K0U A; 1HF8 A; 2Y6X A; 2XFD A; 3TLV A; 2CPT A; 5FVK A; 3AA1 B; 1BR0 A; 3FZL B; 4NPP A; 5FNV E; 2CBJ A; 1DU2 A; 4QH1 A; 2MPK A; 3RRW A; 4U2Z A; 2QZ7 A; 2DL1 A; 3ZN0 B; 4U3C A; 3EI0 A; 2LRG A; 5AQK B; 3GA8 A; 3FG3 A; 3RLF F; 1BR1 A; 1YXR A; 4O4J E; 3ETU A; 3OTO T; 1IK3 A; 5HYA A; 2M6B A; 3KFW X; 2E9X D; 3IEE A; 1S94 A; 3GMI A; 4DR3 T; 3PUZ F; 5CB4 E; 3LJC A; 1FGO A; 1W52 X; 1WCR A; 5FL1 A; 2E9X B; 1NEK A; 4LML A; 2I0M A; 4I55 E; 2JQH A; 2AXD S; 3W15 B; 1FEW A; 2ZM2 A; 4B6X A; 4LF9 T; 2KZ7 B; 4X1K E; 1OED C; 3N9O A; 4IE0 A; 1LVK A; 5JDG A; 2YOE A; 1YD8 G; 2Q9Q D; 1E2A A; 3NZP A; 2E8I A; 2YK0 A; 4JI8 T; 2XQ6 A; 3ZMS B; 4IDP A; 4GK0 E; 3A5X A; 1KNZ A; 3DP7 A; 2PTF A; 3OYZ A; 1FMW A; 2WY6 A; 4EIW A; 4LMK A; 3O1J A; 4QX7 B; 2YKS A; 3PUX F; 3ABV A; 4KP3 C; 2Y48 B; 3C64 A; 4BA9 A; 2NW8 A; 4EED A; 5L3G B; 3O4X E; 5HEH A; 1KEY A; 5L3E B; 2QRX A; 2BKN A; 4LF6 T; 3RX6 A; 1QUU A; 5ETW A; 3JC6 C; 2XAG B; 4AQY T; 5H6Q B; 3AEC A; 2VL8 A; 4WNK A; 4GK5 E; 5LHH B; 3SFD A; 4JBW F; 2LSK A; 4IL4 A; 3IA3 A; 4F6R C; 5ABE A; 5FXV A; 3ZMV B; 2NP9 A; 4YHJ A; 3K3N A; 4AQF A; 3PZW A; 1NAF A; 4MLK A; 4P09 A; 1D1A A; 5IHY A; 1YQ3 A; 2B1E A; 3ESL A; 4WYV A; 1HR0 T; 3CKD A; 3KV6 A; 4HWF A; 3BQL A; 4OX9 T; 1XWM A; 5LOV E; 4O2B E; 3ONX A; 3ZST A; 1Y64 B; 1HTJ F; 3GN5 A; 2H3R A; 3I0O A; 2BG9 B; 4QXB B; 2W66 A; 2X0L B; 3FZH B; 2LM2 A; 5HEO A; 5L2L A; 3U78 A; 2I6H A; 2V26 A; 4N78 D; 3N9P A; 3AED A; 2KIN B; 3FBZ A; 1D0Z A; 3CML A; 3AEF A; 3MKD A; 3JAD A; 4EZH A; 2WXU A; 3LG7 A; 4KUM B; 3PJA J; 3HKC E; 1MMN A; 3MAC A; 3RHW A; 1N33 T; 4O4I E; 2YEV C; 4Z90 A; 3VR9 A; 3PUA A; 2WZH A; 1KNR A; 4H63 H; 2HPL A; 3QC9 A; 4E7S A; 3B5M A; 3NRY A; 5ADX L; 2IHR 1; 2J47 A; 4XZC A; 4BJM A; 2NWB A; 3AA0 B; 2RA1 A; 2KSR A; 4UVA B; 1HU9 A; 5JRC A; 2CXF A; 4IE6 A; 2A72 A; 5JR9 A; 4AKH A; 3CX7 B; 3U3I A; 3PU3 A; 2JMH A; 4M1P A; 2XFE A; 2V7L A; 3NVO A; 3UQ7 A; 3AEB A; 3CQX C; 4YFS A; 4HFD A; 2V7J A; 3M65 A; 2WXT A; 1YQ4 A; 3JAF A; 2YIN A; 3AE9 A; 3PJA A; 5HEG A; 2XQ3 A; 4HFI A; 4PFP A; 3PV0 F; 2BZB A; 2DLR A; 1OLP A; 2PFV A; 2HN1 A; 2H89 A; 3Q5E A; 4JUY A; 1UK5 A; 1IAP A; 5AQO B; 2UXN B; 4WZX A; 3ZT5 A; 3CQG B; 1LVF A; 3K3Q C; 2VKJ A; 3VF1 A; 3CX6 B; 4QXH B; 1N8S A; 3RGL A; 5J1G A; 3FHN A; 2OV9 A; 5EK3 A; 3TKL B; 4ERR A; 2J4G A; 2CWY A; 3AXJ A; 1GYG A; 3JCF A; 3KV4 A; 3V5S A; 4PJN A; 4BJN A; 3HI2 A; 3P4S A; 4IE7 A; 4ZHQ E; 2BDE A; 4NUV A; 5HCJ A; 4OHF A; 2CXL A; 1D1B A; 3UFE A; 3FZK B; 5JTG A; 1IJ6 A; 4COF A; 3V99 A; 3T8O A; 4MFR A; 5AQU B; 4DBQ A; 3KV9 A; 3I9W A; 2CXD A; 2YDR A; 5ABG A; 5LMU T; 3ETV A; 3ZC0 A; 4CQI A; 1OWA A; 3UU6 A; 1N32 T; 2EHO A; 4ZEY A; 1W9R A; 4DV2 T; 2IUJ A; 4DMV A; 2XPK A; 4Z91 A; 1XDO A; 4JI5 T; 1RP1 A; 4AKG A; 5EZY E; 4YSZ A; 2CM0 A; 3PDY A; 4ILB A; 5JRC B; 4U2Y A; 2L8K A; 3QB5 K; 3C4Z A; 3ZLI A; 2C0S A; 4U72 A; 2CLY C; 4DBR A; 2LLY A; 1BU8 A; 2XQY A; 1LOX A; 2IUB A; 4AKL A; 2W63 A; 2X67 A; 3T1Y T; 4TWF A; 3H3A A; 4ANJ A; 4AQF C; 2LSG A; 2UXD T; 4EZ4 A; 4U7Y A; 2CHO A; 5LMN T; 5KXJ A; 4HFC A; 2W4X A; 3A7M A; 2LSI A; 2E2A A; 5L3F B; 5JDF A; 3IF8 B; 3LBX B; 1S35 A; 2L3L A; 4PFO A; 3ZC1 A; 2XHE B; 4IDO A; 4YXD A; 1MIV A; 4QX8 B; 2G0U A; 5LGT B; 1KK7 A; 1X79 A; 5HWY A; 4A98 A; 4DR7 T; 5JRE A; 2CMR A; 3EAB A; 4OYK A; 2X66 A; 3UUN A; 4DV5 T; 1QMD A; 3HKB E; 2KXT A; 2LRL A; 2X0H A; 3N5L A; 3UUB A; 5F5W A; 2BBJ A; 2FJD A; 5CGM A; 2FJB A; 3E0Z A; 3P4R A; 2XQ4 A; 4KBM B; 3EAM A; 2CWO A; 3AAE B; 2WM9 A; 3QK6 A; 3OPC A; 2W0G A; 5CA1 E; 4EOZ B; 3AE5 A; 5L3C B; 3L3P A; 5KX5 E; 2UUC T; 4UV8 B; 4DID B; 5LG4 A; 1NEN A; 4JI7 T; 3N2G E; 3RKO A; 4DR1 T; 4TZ4 C; 2C5K T; 4X1I E; 4MAL A; 2Q9Q B; 2LKH A; 4EXT A; 1IZN B; 3JAE A; 2HN2 A; 4HWH A; 2GK9 A; 3NBX X; 2XM1 A; 3BNE A; 4PK5 A; 3C98 B; 1WLX A; 3TLT A; 3P50 A; 4O4L E; 3PTR B; 4EEB A; 2XSB A; 3I1A A; 5JR9 C; 1SE7 A; 2M6I A; 1UUS A; 3BQI A; 4L0R A; 3ZMU B; 4GOU A; 2X9Y A; 3K1S A; 5DQW A; 3UTK A; 3FXD B; 4YY3 T; 5L47 A; 5LG3 A; 4G63 A; 4CN6 A; 5JDQ A; 2QGS A; 2WDR A; 4DV1 T; 4GKJ T; 4QWT A; 3AVR A; 2PBI A; 4HTE A; 3PU8 A; 4NRE A; 4H9Q C; 1X9B A; 3G06 A; 1D1C A; 2VVS A; 3SOL A; 5C3J A; 4PK6 A; 3AEA A; 3N2K E; 3RF1 A; 3IBZ A; 1I94 T; 3ONL C; 4HFB A; 4IDZ A; 2ACX A; 2V5C A; 2CHN A; 2LM9 A; 3VKH A; 4FJO A; 1UCU A; 5F3J A; 1YKE B; 2AE9 A; 5AQP B; 1XNR T; 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