The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
273
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sequence length |
850
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structure length |
850
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Chain Sequence |
RGHKIKGTVVLMRKNVLDVNSVTSVGGIIGQGLDLVGSTLDTLTAFLGRSVSLQLISATKADANGKGKLGKATFLEGIITSLPTLGAGQSAFKINFEWDDGSGIPGAFYIKNFMQTEFFLVSLTLEDIPNHGSIHFVCNSWIYNAKLFKSDRIFFANQTYLPSETPAPLVKYREEELHNLRGDGTGERKEWERIYDYDVYNDLGDPDKGENHARPVLGGNDTFPYPRRGRTGRKPTRKDPNSESRSNDVYLPRDEAFGHLKSSDFLTYGLKSVSQNVLPLLQSAFDLNFTPREFDSFDEVHGLYSGGIKLPTDIISKISPLPVLKEIFRTDGEQALKFPPPKVIQVSKSAWMTDEEFAREMLAGVNPNLIRCLKDFPPRSKLDSQVYGDHTSQITKEHLEPNLEGLTVDEAIQNKRLFLLDHHDPIMPYLRRINATSTKAYATRTILFLKNDGTLRPLAIELSLPHPQGDQSGAFSQVFLPADEGVESSIWLLAKAYVVVNDSCYHQLVSHWLNTHAVVEPFIIATNRHLSVVHPIYKLLHPHYRDTMNINGLARLSLVNDGGVIEQTFLWGRYSVEMSAVVYKDWVFTDQALPADLIKRGMAIEDPSCPHGIRLVIEDYPYTVDGLEIWDAIKTWVHEYVFLYYKSDDTLREDPELQACWKELVEVGHGDKKNEPWWPKMQTREELVEACAIIIWTASALHAAVNFGQYPYGGLILNRPTLSRRFMPEKGSAEYEELRKNPQKAYLKTITPKFQTLIDLSVIEILSRHASDEVYLGERDNPNWTSDTRALEAFKRFGNKLAQIENKLSERNNDEKLRNRCGPVQMPYTLLLPSSKEGLTFRGIPNSISI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Effect of crystal freezing and small-molecule binding on internal cavity size in a large protein: X-ray and docking studies of lipoxygenase at ambient and low temperature at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| molecule keywords |
Seed lipoxygenase-3
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| total genus |
273
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| structure length |
850
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| sequence length |
850
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| ec nomenclature |
ec
1.13.11.58: Linoleate 9S-lipoxygenase. |
| pdb deposition date | 2003-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00305 | Lipoxygenase | Lipoxygenase |
| A | PF01477 | PLAT | PLAT/LH2 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Lipoxygenase-1; domain 5 | Lipoxygenase-1; Domain 5 | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Lipoxygenase-1 | PLAT/LH2 domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Lipoxygenase-1; domain 3 | Lipoxygenase-1; Domain 3 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Lipoxygenase-1; domain 2 | Lipoxygenase-1; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QMD A; 1FGM A; 2FNQ A; 3FG4 A; 1NO3 A; 2OXE A; 1Y4K A; 3BND A; 1LNH A; 1HPL A; 1RP1 A; 4QWT A; 2IUK A; 2P0M A; 1BU8 A; 3V92 A; 1RRL A; 3VF1 A; 1KHO A; 3PZW A; 1GPL A; 1N8S A; 2PPL A; 1IK3 A; 1FGQ A; 5EEO A; 1ETH A; 2WXU A; 1F8N A; 4NRE A; 1W52 X; 1N8Q A; 3FG1 A; 1JNQ A; 3O8Y A; 3CWZ B; 2PVS A; 1LPA B; 1QM6 A; 2SBL A; 1HU9 A; 1LOX A; 1OLP A; 3RDE A; 3FG3 A; 3V99 A; 1CA1 A; 3BNE A; 3D3L A; 4WFO A; 1LPB B; 4WHA A; 1RRH A; 1GYG A; 1YGE A; 1FGO A; 2IUJ A; 1ROV A; 3V98 A; 2WY6 A; 3BNC A; 3DY5 A; 1FGR A; 1FGT A; 2WXT A; 3BNB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XSO B; 4K1V A; 3WHO A; 4OK0 A; 1GD3 A; 1RJO A; 3PCR A; 1KHO A; 1NDO B; 2ZL8 A; 1G02 A; 1Q42 A; 1YI2 3; 1HZ1 A; 1BVI A; 2UGI A; 3EN1 B; 1BIR A; 4X2H A; 1A2K A; 1CH0 A; 1UI7 A; 3D4A A; 1N8R 4; 2KCD A; 3SVA A; 2D42 A; 1W00 A; 1C7H A; 3CCL 3; 3GZY B; 1EA2 A; 1UCK A; 3WOD G; 4DKI A; 1OAC A; 3JUM A; 1DE3 A; 3WOF B; 3VSY A; 3LZA A; 3AMO B; 3PS8 A; 2WOH A; 5STD A; 3BIR A; 1DMM A; 3LML A; 2CIU A; 3PCS A; 3UNL A; 5M18 A; 1FGT A; 1OF5 B; 1PY3 A; 2F98 A; 3LYG A; 3QRD A; 1DMQ A; 2SAR A; 5AIF A; 2J8X B; 5CF2 A; 3EHC A; 1IT8 A; 1IDP A; 3FG4 A; 1NU3 A; 1BU4 A; 1W5Z A; 2OOV C; 2P05 A; 1Y4K A; 3BND A; 1I0V A; 2V1L A; 2Z77 A; 5DRV A; 6GSP A; 3F14 A; 1Q7Y 4; 4JF8 A; 1RRL A; 1RDS A; 1TP6 A; 2A15 A; 3CNM A; 3JUP A; 4MMZ B; 1IK3 A; 1B2U A; 3HZP A; 5AEU B; 5BU4 A; 3CC2 3; 3X3X A; 2QEX 3; 2KF6 A; 3EC9 A; 1UUW B; 2PVS A; 4HOH A; 5HOH A; 2BU4 A; 2KXT A; 2CFD A; 3KE7 A; 4CPK A; 2CW9 A; 4AEQ A; 3FCS B; 1W2Z A; 1NNV A; 4FMA A; 5KP3 A; 1TTO A; 3DH2 A; 3SED A; 1US1 A; 3EB8 A; 5IER A; 1GSP A; 1VQL 3; 6RNT A; 5BXQ A; 1L5G B; 1BAO A; 2BMQ B; 3STD A; 1VQ9 3; 1RCL A; 1O7G B; 1X1X A; 3EF8 A; 2CFL A; 4XDW A; 1ZS7 A; 3K5T A; 3DGL A; 3CME 3; 3ECF A; 4IPB A; 1IVW A; 2KXG A; 2XEP A; 1IVU A; 1FGM A; 4OVM A; 2HMM B; 4XM4 A; 2XFD A; 3EX9 A; 1LNH A; 1GOY A; 2B1X B; 4QWT A; 1TFK A; 2OQE A; 1N8S A; 5D81 A; 3GSP A; 3RNT A; 3U1W A; 2CKF B; 3E99 A; 4BL3 A; 4HM8 B; 5AIH A; 1TRQ A; 2BNG A; 3I0Y A; 4MJD A; 1B3S A; 3DM8 A; 4ILF A; 4WP5 A; 2F99 A; 3DXO A; 1OGX A; 2UUG C; 5CF1 A; 3DMC A; 1SIH A; 1RN4 A; 2CWT A; 2IMJ A; 3EBT A; 3NM7 A; 5AYS C; 2H0G A; 1YJW 3; 2KAA A; 3HII A; 1IT7 A; 2OWP A; 3A5E A; 1VQ6 3; 4WYK A; 1ZGX A; 2YFL B; 3NM2 A; 1VQ5 3; 2K0M A; 3V98 A; 1AVL A; 1T5Y A; 1JBS A; 1IU7 A; 1I2F A; 1O7H B; 2E2T A; 4R9K A; 1BRJ A; 1JBT A; 1HPL A; 1SJW A; 1RLS A; 1CYV A; 1ULI B; 5JPU A; 1MOL A; 3FLJ A; 3LH4 A; 1LOV A; 3F8X A; 4JRF A; 4K90 B; 3D9R A; 1FZU A; 2F86 B; 4H3U A; 3CCJ 3; 3O8Y A; 1VQ8 3; 1AV4 A; 1UCJ A; 3CCU 3; 1W6Y A; 1BSB A; 1OLP A; 1BSE A; 4RZM A; 3V99 A; 5KP1 A; 1N9J A; 1U8C B; 5IEN A; 2CX0 A; 1HYF A; 4KT3 B; 2R4I A; 1GYG A; 1UW1 A; 3X42 A; 4BU4 A; 5IEP A; 1BSD A; 1B21 A; 1A2V A; 1M1X B; 3WMD A; 1VQP 3; 1STF I; 1RGF A; 1QAL A; 2KF3 A; 1BUJ A; 1EUI C; 2Q07 A; 1QMD A; 1I3I A; 2WGO A; 3D5I A; 1NO3 A; 1EEJ A; 4N3V A; 1A2P A; 3D79 A; 1IQX A; 2XHJ A; 3GZB A; 2H0H A; 4AKY A; 1UUG B; 3F9S A; 3WA3 A; 5CXO A; 1OCV A; 2HML B; 3BLZ A; 1STD A; 4K61 A; 1FYS A; 3PXM A; 1W4N A; 5JBS A; 2WXU A; 2XRX B; 2QNG A; 2RNT A; 1E3R A; 1RGH A; 3T8N A; 1C54 A; 2CHC A; 1BNI A; 2QIY A; 3ZG0 A; 4KVH A; 3ALA A; 2CFK A; 2W9Q A; 1MWU A; 3AMO A; 1JRQ A; 4FCZ A; 2WY6 A; 2L1S A; 2QZ7 A; 1EG9 B; 2GSP A; 3LTB A; 1R4C A; 4RNT A; 3JUO A; 1OF5 A; 1D6Y A; 2XFE A; 1RSN A; 2ZDJ A; 5GSP A; 1ISK A; 1V57 A; 1RNB A; 1RGK A; 3S27 A; 1DET A; 3FSD A; 1QVF 2; 4L7K A; 4XBY A; 1GPL A; 2INX A; 5AIG A; 2W0Q A; 2E2V A; 2RCD A; 1FGQ A; 1ETH A; 2KF4 A; 4HM0 B; 3CD6 3; 1N8Q A; 3N9H A; 4XDV A; 2F5M A; 1W6G A; 2LGE A; 8CHO A; 1IQ8 A; 4L8P A; 1LOX A; 1R4Y A; 3G16 A; 3FG3 A; 2JQ5 A; 1YNV X; 4WFO A; 3K9M C; 2HMK B; 2OCT A; 4U13 A; 1KD1 4; 1BSA A; 5RNT A; 2IA7 A; 1FGO A; 4FMB A; 1BNS A; 2IUJ A; 2GEY A; 1OUN A; 3Q90 A; 3KKG A; 1MGR A; 4HM1 B; 1GY7 A; 3UJM A; 4EW5 A; 3EQQ B; 1HKX A; 4HAA A; 1LOY A; 1BRI A; 3UL6 A; 3SXX A; 3SOA A; 1JB5 A; 1LVN A; 1T2I A; 2IY2 A; 4BTW A; 3GZR A; 1S5A A; 4KFF A; 1NB5 I; 1LRA A; 2MF7 A; 4QEY A; 3LOY A; 2QA4 3; 3JVC A; 3OWY A; 1BGS A; 4ZM8 A; 5M19 A; 3BNE A; 3B7C A; 9RNT A; 1WQL B; 1YGW A; 2WOF A; 1JKG B; 1KWI A; 3D5G A; 1K8A 4; 1SII A; 2OTJ 3; 3ER7 A; 4XBX A; 5D83 A; 2MC8 A; 2FXT A; 1LQG C; 4ORL A; 1JZD A; 3FGY A; 3LT8 A; 3BNB A; 1BRH A; 3NHX A; 3G4S 3; 1Q81 4; 2OOV A; 2CH9 A; 3NUV A; 4I4K A; 4X2O A; 3G0K A; 3LTD A; 4FCM A; 2XHH A; 2W2C A; 3RGR A; 3JUN A; 4GSP A; 1JJ2 2; 1VQN 3; 3CPO A; 3MWZ A; 1YVB I; 1SQW A; 1X1Y A; 1NJI 4; 1GY6 A; 3CWZ B; 2PNC A; 4HBR A; 1FUW A; 1PYL A; 2XSH B; 3ZG5 A; 1Q86 4; 2FGT A; 1OPY A; 1Q40 A; 4HM4 B; 1OH0 A; 1TUH A; 1RGE A; 1UGI A; 2F4Y A; 3HK4 A; 3AGN A; 3NV0 B; 2W6J H; 3UB1 A; 2GEX A; 5BIR A; 1KQS 2; 1S72 3; 1Z1S A; 1CYU A; 3RGA A; 3KSE D; 5KP4 A; 5G1K A; 1JB4 A; 3CCS 3; 4LGQ A; 1VQQ A; 2L4V A; 1B27 A; 3J7Y d; 3F7X A; 4HM6 B; 4GHO A; 2K54 A; 4HZ9 B; 5BVB A; 4KZ1 A; 2WGQ A; 3FH1 A; 1QMA A; 1E3V A; 4XBT A; 8RNT A; 3U97 A; 1O7N B; 2P09 A; 5IEO A; 3KSP A; 3X3Z A; 2BT3 A; 5ELU A; 5AYR B; 3EE1 A; 3OW2 2; 4MMX B; 1BUQ A; 1Q40 B; 1QJG A; 4Q53 A; 1BNE A; 7GSP A; 6STD A; 4FR9 A; 3PGB A; 1K9M 4; 1ROV A; 1UGH I; 1NWW A; 1FGR A; 3OWU A; 3IPT A; 3B4O A; 1D6U A; 3X41 A; 3CCQ 3; 3LTA A; 5IF6 A; 1G96 A; 4J9A A; 1TFO A; 4OUQ A; 1RGL A; 1B2S A; 1BNF A; 4CCV A; 1I8V A; 3MHE A; 2GBW B; 3N54 B; 3URP A; 1Q7H A; 1TU5 A; 3VF1 A; 3S67 A; 2F56 A; 3NBJ A; 1YIJ 3; 2LRG A; 1QAF A; 1TJD A; 3F8H A; 1RKY A; 4RNZ A; 2Z7A A; 1M9G A; 3MKI A; 1MWS A; 1UUV B; 5IG3 A; 2SBL A; 4NHF A; 1WMN A; 3CCE 3; 2XFS A; 1I2G A; 3NX0 A; 2HMJ B; 1ULJ B; 3D3L A; 3DGY A; 3AHW A; 3CCV 3; 1BOX A; 1O7M B; 1RRH A; 2B24 B; 2LYX A; 4R4K A; 2C10 A; 1RGC A; 3OWS A; 3MG2 A; 3X3Y A; 1AVK A; 2W03 A; 2YFI B; 1D6Z A; 2K3D A; 2Z6B A; 4EYC A; 3CPW 2; 1NB3 I; 1VQ7 3; 1A90 A; 4XB5 A; 3EBY A; 1RHL A; 3NQY A; 2KF5 A; 1K28 A; 1MNL A; 4R9L A; 3G71 3; 1M90 4; 1LNI A; 5I97 A; 2IUK A; 1BU8 A; 1B2X A; 2AAD A; 3V92 A; 4O8S A; 7RNT A; 3H3H A; 1A67 A; 2CG0 A; 3FKA A; 2BMO B; 1MGW A; 1I2E A; 5IG4 A; 1BNG A; 1IQY A; 4N6T A; 5LC6 A; 2O3O A; 4HZB B; 4CJN A; 3B8L A; 1VQ4 3; 2OTL 3; 1W52 X; 3FG1 A; 3DGM A; 1JNQ A; 3KII A; 3G6E 3; 2LG7 A; 1ASK A; 1MWT A; 4STD A; 5DRE A; 1PU4 A; 1BRN L; 2W56 B; 1W01 A; 2Y73 A; 4KFD A; 3T0U A; 5HGR A; 1OHS A; 2ML5 A; 3H51 A; 3L0R A; 1YJN 3; 2I9W A; 1UDI I; 4KFE A; 1VQM 3; 1JKG A; 3CNX A; 1FA3 A; 1JV2 B; 1V74 A; 1IYY A; 3TDG A; 2YFJ B; 1DMN A; 4HM3 B; 1VQO 3; 1G0T A; 3CCM 3; 3BU4 A; 3Q2P A; 3SX1 A; 3CXC 2; 3QK9 A; 4TX4 A; 3CC4 3; 2GU3 A; 2XF3 A; 3EN8 A; 1WTH A; 1QAK A; 3ZFZ A; 5IW9 A; 3HX8 A; 3PZW A; 4FMD A; 2JDI H; 3AHS A; 3F7S A; 4J5K A; 5EEO A; 1W2B 2; 3CCR 3; 3JUQ A; 1O7W B; 3I55 3; 1BRK A; 1HU9 A; 1X1W A; 2CFW A; 3BB9 A; 3DGO A; 3OV4 A; 2HMN B; 4RBN A; 5ELJ A; 1BSC A; 3CMA 3; 3U6G A; 3DZL A; 2XGN A; 1B20 A; 1AR0 A; 1YGE A; 1PFP A; 2ML6 A; 4O2H A; 2W9P A; 3NV0 A; 2CG1 A; 1TRP A; 1TIJ A; 1JN5 B; 1N5P A; 1B2Z A; 1GOV A; 3WDG B; 1ZX2 A; 1I70 A; 4HM2 B; 4CDL A; 1BNJ A; 1B2M A; 1RP1 A; 4LEH A; 1CEW I; 1N9E A; 4MEI A; 5JPP A; 5EQL A; 1LXE A; 1W7C A; 4EXR A; 4GL6 A; 2PPL A; 1LOW A; 2OQE C; 3MG1 A; 2C4B A; 3PYJ A; 4N6M A; 4O3V A; 4R1K A; 5M1A A; 4RNY A; 2M7O A; 1RN1 A; 4EC6 A; 1YJ9 3; 3NBR A; 1RCK A; 1FW7 A; 2CK3 H; 1ZO2 A; 4NPB A; 2ZHX B; 2WO0 A; 2RFR A; 1U5O A; 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