The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
187
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structure length |
187
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Chain Sequence |
TELIKQGEQLEQMAQQLEQLKSQLETQKNMYESMAKTTNLGDLLGTSTNTLANNLPDNWKEVYSDAMNSSSSVTPSVNSMMGQFNAEVDDMTPSEAIAYMNKKLAEKGAYDRVMAEKAYNNQMQELSDMQALTEQIKSTPDLKSIADLQARIQTSQGAIQGEQAKLNLMNMLQQSQDKLLRAQKDRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional characterization of the VirB5 protein from the type IV secretion system encoded by the conjugative plasmid pKM101
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TraC
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
70
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| structure length |
187
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| sequence length |
187
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-10-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07996 | T4SS | Type IV secretion system proteins |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Type IV secretion system, VirB5-domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1R8I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AAI A; 4J2C A; 4YFS A; 2WBL A; 4U72 A; 3Q9D A; 3KVA A; 2LRL A; 3JC6 C; 4DR2 T; 4EIW A; 2DL1 A; 2VB6 A; 2E9X D; 2EHO D; 3E08 A; 2C5J A; 5FL0 A; 4B3R T; 2X9W A; 4WYV A; 4AIS A; 1IBM T; 5EK2 A; 1MMG A; 4X20 E; 3HKC E; 1NEK A; 3GN5 A; 5LG3 A; 3ZC0 A; 4AQF C; 4E7S A; 1JNZ A; 5LNK A; 5AQJ B; 3N9L A; 3C4X A; 4QXB B; 4QX7 B; 1HG5 A; 3K3N A; 5HEU A; 4UV9 B; 3M65 A; 5FMN A; 2MPK A; 2XHE B; 4YTN A; 3C98 B; 2FJB A; 4U33 A; 4MAL A; 1XMQ T; 2V7I A; 5DAB A; 4YHJ A; 5AQP B; 2J1D G; 3SS1 A; 3JCF A; 3C4Z A; 2BVM A; 2IDO B; 2YOE A; 2VL8 A; 4LFB T; 3RYF E; 2VUR A; 4ILB A; 4TNV A; 5H6Q B; 5JVD E; 4IT4 A; 2BKP A; 5JDN A; 4U2Y A; 3OYX A; 2HN1 A; 2ZM6 T; 1VRB A; 1IAP A; 2W61 A; 1VCT A; 2NW7 A; 3Q5X A; 3FXD B; 4U3C A; 5JDH A; 1WFD A; 4EYU A; 3LK4 2; 4IDQ A; 2WY2 A; 1ZKE A; 3UU4 A; 2YIN A; 5AQL B; 2X0Y A; 4L5G A; 4C91 A; 4PK6 A; 4IL4 A; 4U2Z A; 1X79 A; 2QA7 A; 5JDL A; 4O4I E; 2FBW A; 5AQI B; 3VRB A; 2V7L A; 5KX5 E; 5E0O A; 5M4Y A; 3PUY F; 4AI6 A; 4P0B A; 1H7C A; 1U4Q A; 4H9N C; 2KIN B; 5FP3 A; 4IE6 A; 1FJG T; 2XAJ B; 4HTE A; 4DV5 T; 1O3X A; 4ILC A; 5AQN B; 4EEB A; 4KHZ F; 4A98 A; 4NXN T; 2ZM2 A; 3JAF A; 3A5X A; 5LP6 E; 1HR0 T; 1MIW A; 5A1L A; 2I6H A; 2FUP A; 2JQQ A; 2XM2 A; 3RIA A; 5JDG A; 3H3M A; 2D9D A; 4IDP A; 2V6Y B; 4IE7 A; 4HFD A; 5AQH B; 1WLX A; 4H63 H; 5AQT B; 2JQH A; 2E9X B; 2EHO B; 5LHH B; 3ETV A; 2PG8 A; 3UU6 A; 2YK0 A; 4JI2 T; 3VKH A; 3UFE A; 4NPP A; 3N9M A; 2H3R A; 3EUH A; 4EYY R; 2CHO A; 2OA5 A; 3CX7 B; 3TLU A; 1WYC A; 1QLB A; 1AJ3 A; 2LSJ A; 4LFA T; 4ZI2 C; 3LBX A; 3KV4 A; 4HGA A; 2WZH A; 2WB5 A; 3I9Y A; 3SWH A; 2UU9 T; 5LGN B; 4AIU A; 3CPZ A; 2VK9 A; 2K5B B; 2YDS A; 5AQU B; 3NWI A; 2CMR A; 5FXV A; 4G63 A; 1ZOY A; 5F5W A; 3ZJ2 A; 2OV9 A; 4OK0 A; 2BKN A; 1JNR A; 5JDM A; 1D0Z A; 2VWA A; 3ZEF B; 5J2T E; 3EDV A; 5LXT E; 4GKK T; 3RRC A; 3Q5E A; 3TLT A; 3UUX B; 2A3D A; 5J1G A; 5LG4 A; 4GK0 E; 3AA7 B; 3IHR A; 3C4W A; 4OX9 T; 3MA9 A; 3I9W A; 4V1A v; 3N9P A; 4UF0 B; 2KZ7 B; 3K3O A; 3LSV A; 1T98 A; 2CBJ A; 2OLT A; 2NWB A; 2A72 A; 3AAE B; 2V7J A; 2LE8 A; 3AAA B; 4LF8 T; 3ZLI A; 3P4Q A; 1G8X A; 1MNE A; 2E9X C; 2EHO C; 3A7M A; 5L2L A; 4QXH B; 3L39 A; 4E7Z A; 1MIY A; 4PK5 A; 3EVY A; 3J9X 1; 5LJM A; 1E2A A; 3H3A A; 4U74 A; 3GN5 B; 4DUZ T; 4PNI A; 2PTF A; 4P09 A; 3KBU A; 3KV5 A; 5AQG B; 3OBV E; 1KNZ A; 2D5U A; 4TWH A; 5JRC B; 1IBK T; 3KV9 A; 3T1H T; 3VR9 A; 2Y48 B; 2X67 A; 1HNX T; 5L3F B; 3PDY A; 2YU1 A; 3SRZ A; 4PFP A; 3CQC B; 1M7K A; 1UUR A; 4KI0 F; 3HR0 A; 2W2U A; 4X62 T; 5AQS B; 1HF8 A; 2JMH A; 2N1G A; 2UUC T; 5JH7 E; 2HHH T; 5KMG P; 3DJB A; 4DND A; 3UUM A; 4KBM B; 5C8Y E; 2KMF A; 1ZV4 X; 3B57 A; 5CJ5 A; 1OED B; 2ZLY A; 2D0U A; 1KFY A; 3A8Y C; 2XTL A; 2JIW A; 4LF5 T; 3FZK B; 2KSR A; 2GK9 A; 3K3Q C; 2DLR A; 1WRD A; 1HX8 A; 2G0U A; 2XQ8 A; 2CWO A; 4YHH T; 1FMW A; 3TLW A; 2WSS V; 4CQI A; 2WAU A; 3AEF A; 4NXM T; 3I0O A; 3U3I A; 3FZL B; 3QNU A; 3MK7 C; 5L4H A; 3TKL B; 4X1I E; 4I55 E; 2PBI A; 5HWY A; 4IE5 A; 3ZCI A; 4CN4 A; 3PUZ F; 4HWH A; 4GKJ T; 4IE4 A; 1XWM A; 3RKG A; 4ASK A; 2MAW A; 5KXJ A; 2V6Y A; 3PUV F; 2YU2 A; 2YDQ A; 1KNP A; 1X9B A; 2XQ5 A; 2IC9 A; 4YSY A; 2K48 A; 1N36 T; 5CA1 E; 2LOS A; 3FXE B; 2XQ6 A; 3RYH E; 3ONJ A; 2E5L T; 4QHO A; 3AE4 A; 3ZT7 A; 1OED C; 2E9X A; 2EHO A; 4CI2 B; 3LG7 A; 5LGU B; 5JDF A; 2LSI A; 4TNW A; 1HX1 B; 3RGL A; 4QH1 A; 3O1J A; 2V26 A; 3QC9 A; 3ZYM A; 3AE6 A; 4MBQ A; 4KX6 A; 1NEN A; 3UQ7 A; 3NKZ A; 5LCY A; 3NRX A; 4UR9 A; 2DHR A; 2L9Q A; 3FB2 A; 1G73 A; 1OWA A; 4DV7 T; 2WU2 A; 3P4W A; 5C2T A; 4DR1 T; 2H7V C; 3LK3 B; 3PJA J; 5IHY A; 4PAG A; 1VOM A; 3P4P A; 4I4T E; 4UV8 B; 3AE9 A; 4AKI A; 4DUY T; 3C50 A; 5LMN T; 1D1C A; 5HEO A; 3P8C D; 4MFR A; 3B5M A; 1YQ3 A; 3U78 A; 5L47 A; 4H63 V; 2CBI A; 3TLV A; 4O4L E; 4O8S A; 4F6R C; 1OXZ A; 2B76 A; 3AA0 B; 4JI7 T; 5C3J A; 1MND A; 5EK4 A; 3AA6 B; 4LF7 T; 4GYR A; 3O1I A; 2DI4 A; 2NR4 A; 2NTX A; 4NUV A; 2WMN A; 4UF0 A; 5LA6 E; 4ISS A; 1BR2 A; 2N2N A; 2UUB T; 1KNR A; 4DID B; 2W62 A; 1YW0 A; 2KND A; 4DR4 T; 2KWI B; 3RHW A; 3Q2M A; 1ZEE A; 2CA5 A; 2ZM0 A; 3X1D A; 4IRE A; 2IC6 A; 4ZS2 A; 4KP3 C; 3K1S A; 3BQK A; 1KF6 A; 5HXE A; 2A2F X; 3UUL A; 4X1Y E; 4YSZ A; 3ZST A; 2UXN B; 1HFA A; 2X9Y A; 3PU8 A; 2D2S A; 3HI2 A; 5JRC A; 3PJA A; 3UU5 A; 4PK4 A; 1E1H B; 2R6G F; 3BQL A; 4I43 B; 4WNK A; 3NZP A; 3FHN A; 4JLE A; 2LHR A; 5L4E A; 2CE7 A; 3EAM A; 2HN2 A; 4F8H A; 4O2A E; 3JAD A; 4DV4 T; 2VVN A; 1CUN A; 2VL0 A; 3MXZ A; 2V7M A; 2K3W A; 5DQW A; 4X1K E; 3ONX A; 1ZP0 A; 5LYJ E; 4HWF A; 2CXD A; 1T72 A; 3RIU C; 1OED A; 2LT3 A; 1T8B A; 4WZX A; 2XQA A; 3I1A A; 4O4J E; 3OPC A; 2UXB T; 2VQE T; 5JRE A; 2VKJ A; 4MHC A; 2Q9Q D; 3HL6 A; 4QKN A; 4O2B E; 3UUB A; 3H37 A; 3RF1 A; 1XDO A; 3NVO A; 1SUM B; 2NTY A; 5AQK B; 3VHL A; 1SA0 E; 3BK9 A; 3QK6 A; 2WCA A; 1N33 T; 2M6I A; 3RI5 A; 1D0Y A; 5KDM C; 3F31 A; 3AVR A; 4IDN A; 3PUA A; 4L0R A; 3CX8 B; 1HS7 A; 2LEH A; 1UCU A; 3P50 A; 4COF A; 2LM9 A; 3FZM B; 5FXX A; 2C0S A; 3PUR A; 2D0T A; 4GK5 E; 4JI6 T; 3RLF F; 2JPF A; 5ABF B; 1MIV A; 5AQM B; 2M67 A; 2V5C A; 3EI0 A; 3FZH B; 3E22 E; 1KK7 A; 3ZKR A; 4DBR A; 5ADX L; 3RX6 A; 4XZC A; 4KHP T; 4H9S E; 2VVS A; 3L09 A; 4MLK A; 3ZJ1 A; 3CQX C; 2WDV A; 3K8P C; 2BDE A; 2UXC T; 1QUU A; 1GQE A; 4ILA A; 5TAO A; 5DQV A; 2W0G A; 4X64 T; 3PE0 A; 4PW8 A; 1NAF A; 4WBN E; 1LRZ A; 2WWV A; 2ZMA A; 2QVA A; 5AQO B; 1N32 T; 1EZ3 A; 1HCI A; 3PV0 F; 2W63 A; 1UGO A; 4U7I A; 4U31 A; 4UXN B; 2LKG A; 5LHG B; 3SOL A; 4HFC A; 4HWI B; 3MKD A; 1SHZ C; 2WZI A; 4ZHQ E; 1DU2 A; 2LOP A; 2CXF A; 1NWM X; 2XSB A; 3N2O A; 3HKE E; 3O1H A; 4UVC B; 2VQF T; 3ZSS A; 3KFW X; 4A56 A; 3HKD E; 4KUM B; 4G2A A; 4DO0 A; 3BQI A; 4EZ4 A; 2BG9 B; 2K9A A; 2IML A; 3MJX A; 3RIU A; 2V5D A; 2CRB A; 2YEV C; 4ZZB A; 3UU8 A; 1S94 A; 3ZN0 B; 1IJ5 A; 2Q9Q B; 2ZM8 A; 3P4R A; 1D0X A; 2DWG A; 2X0H A; 3AA1 B; 2X66 A; 3FBL A; 2LSY A; 2W4X A; 3IBP A; 4YLH A; 3DP7 A; 2LM2 A; 4GYS A; 2BZB A; 4AKG A; 5H6R B; 4EAH A; 5JTG A; 3RPU A; 2BS4 A; 3T1Y T; 4YJ3 E; 4BA9 A; 5ABG A; 1XMO T; 3FBZ A; 2K24 A; 2H7O A; 4YXD A; 3S4U A; 2C5I T; 1SE7 A; 3ANW B; 1WR6 A; 5HEG A; 5L3C B; 2X68 A; 2I0M A; 4CN6 A; 3NRY A; 4DR5 T; 5LBQ B; 1J5W A; 2IHR 1; 4B6X A; 3UT5 E; 2HPL A; 4A97 A; 1V9D A; 4OYJ A; 4JI0 T; 1YD8 G; 3I0Q A; 2J62 A; 3N9O A; 5EK3 A; 3D0T A; 1XNQ T; 2X0L B; 1QSD A; 1HNW T; 4L9I A; 2BG9 E; 3PUW F; 3ZYL A; 3EHZ A; 1FMV A; 3AEG A; 3E0Z A; 2Q9Q C; 3R6N A; 4QWN B; 4AKL A; 3ZCJ A; 4HE8 A; 2DNX A; 3ZYK A; 3FZF B; 2B1E A; 3RQW A; 4PJM A; 4TWD A; 2UXX B; 4JI4 T; 4DR7 T; 4LMK A; 4ZI3 C; 2X9H A; 5L3B B; 2J4G A; 3HKB E; 5AQV B; 1Z0P A; 1Z8U A; 4CXX A; 3CWZ B; 2CM0 A; 2RPA A; 4PFO A; 2LKH A; 5HXH A; 5J2U E; 2CHN A; 5ABF A; 2XAQ B; 3R84 B; 2LHN A; 2FJE A; 2BS2 A; 1XNR T; 2CWY A; 2N9D A; 4LMJ A; 1US7 B; 4WBO A; 4O4H E; 5DJQ C; 4ZI7 E; 2JRK A; 3QB5 A; 2XPK A; 4P1N A; 3PU3 A; 4GOU A; 4GIW A; 3RQU A; 1B7T A; 4YTM A; 3RKO A; 3ABV A; 5FXZ A; 3PUQ A; 1M62 A; 4JV5 T; 2WU5 A; 5JR9 B; 3CML A; 2QRX A; 5GON E; 3O9X A; 4H9P C; 2VKO A; 4TZ4 C; 1XDP A; 3Q5D A; 2DCF A; 4YSX A; 4JEU B; 2XAS B; 4EB6 E; 4IDO A; 4AXP A; 4I50 E; 4ZEY A; 2F4V T; 4QXC B; 3KIN B; 2RA1 A; 4HFE A; 5IWA T; 3PUG A; 2A9U A; 2W00 A; 5JDQ A; 3MAC A; 5HCM A; 3DTO A; 4EGW A; 1FEW A; 3AEC A; 1HTJ F; 3JAE A; 3LDQ B; 4AQY T; 3KV6 A; 3RYI E; 1N34 T; 3OTO T; 5FNV E; 1YKE B; 4B3T T; 4HFI A; 4JEH B; 4Z90 A; 2IIU A; 3G06 A; 3GMI A; 2KXP B; 1YXR A; 2Y8D A; 2WQY A; 3ZMZ B; 3B13 A; 3F57 A; 1R8I A; 3F2E A; 3RC8 A; 1WCR A; 5FY0 A; 2WMO A; 3AB3 B; 4BAY B; 2V7K A; 2XM1 A; 4H9O C; 2IUB A; 2KWH A; 4UEM A; 2XQ9 A; 3KDS E; 1W09 A; 2BG9 A; 2BBH A; 4PJL A; 2C5K T; 2MYS A; 3LFM A; 2XAF B; 3AEB A; 2Q9Q A; 4IGU A; 1W0B A; 4YJ2 E; 3IA3 A; 1BR0 A; 2CXL A; 5CFB A; 3ONL C; 2IW5 B; 2ACX A; 3RIF A; 3ZC1 A; 4DVD A; 3UQ4 A; 5HWX A; 2JJ9 A; 4OFZ A; 3ZMT B; 2NP9 A; 3VU7 H; 3L8R A; 3OVU A; 2J47 A; 5CB4 E; 4IE0 A; 2M6B A; 4HFB A; 3ANW A; 4HWC A; 3CX6 B; 1ZHC A; 1HNZ T; 4NIQ A; 3QB5 K; 1WYB A; 2SPC A; 2XY8 B; 3VRA A; 2I59 A; 1LKX A; 4PJN A; 2WS3 A; 3AE5 A; 4Z8X A; 2W67 A; 2XJ7 A; 2JMK A; 5CA0 E; 5L3E B; 2Z6E A; 3AE2 A; 4IDZ A; 4OHF A; 3CKD A; 5LBM A; 5ABE A; 4DV3 T; 4DMV A; 5EZY E; 5LJN A; 4B3S T; 5HXC A; 2V1D B; 3MZK B; 4CI1 B; 3IEE A; 3ZPO A; 5FY7 A; 1D1A A; 4QX8 B; 4JI5 T; 2FJD A; 5FYM A; 3OYZ A; 4JI8 T; 4UVA B; 3ESL A; 2UUA T; 4ZS3 A; 5AQR B; 4DR6 T; 3N9Q A; 4CXW A; 4X5T A; 5J0Z A; 5FVK A; 4JBW F; 3PUS A; 4ZI3 D; 2FJA A; 4AQG A; 5FL1 A; 3UUN A; 5AFU L; 2MBG A; 5HYA A; 3KVB A; 3AXJ B; 1IJ6 A; 2XUE A; 1KEY A; 3LJC A; 4ZZC A; 1LVF A; 2XQ4 A; 3NZQ A; 2VKH A; 3OJA A; 3IF8 B; 5FXW A; 3VKG A; 3UTK A; 2P9B A; 5HXS A; 1BR1 A; 5LHI B; 1UX4 A; 3T8O A; 4QH4 A; 3ETU A; 4I0U A; 4B3M T; 4ZOL E; 5JR9 A; 2H88 A; 1D1B A; 5IYZ E; 4TV8 E; 3RYC E; 4HN9 A; 5AQQ B; 1S35 A; 2V8S V; 4DV6 T; 2VAS A; 2XSA A; 2YN6 A; 3EAB A; 4IL9 A; 3VR8 A; 2W66 A; 3GWH A; 2KLQ A; 3AE8 A; 2WM9 A; 1YKH B; 4EXT A; 2CEA A; 4JI3 T; 3AE1 A; 5FY1 A; 4XBF B; 4C90 A; 4AQF A; 4UVB B; 2LRK A; 5FKY A; 4YY3 T; 4JYA T; 2HH7 A; 1W0A A; 4Z91 A; 3RH3 A; 1UUS A; 1XZY A; 2JQ9 A; 4K0U A; 4X65 T; 5IUX A; 1BR4 A; 2ES0 A; 4LF6 T; 2ODV A; 2CCQ A; 4CI3 B; 3M3Z B; 5L3G B; 4AKH A; 3P7I A; 4HFH A; 3UU3 A; 3P4S A; 5CGM A; 1J1J A; 5HCJ A; 4LML A; 3CQG B; 4FJO A; 3N5L A; 3KBT A; 4N78 D; 4UEL A; 3EDU A; 1E7P A; 2XQ3 A; 3ZT6 A; 2UXD T; 4BJN A; 3UFG A; 4DV1 T; 2MTQ A; 4IHJ E; 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