5ABG | Genus

Total Genus 239

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	239
sequence length	712
structure length	663
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISIKNLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINEISTDGKEWKLSAGLQKAPVKFVRFLRQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
total genus	239
structure length	663
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abgA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abgA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abgA01

1E5JA 3AXXA 3WD1A 3IAQA 4DWSA 1V08A 3PZQA 2E3ZA 4F9JA 1HP5A 4JHZA 3W37A 3ZSTA 4TVCA 2GFTA 4AIOA 2X09A 3MV11 2WHKA 2ZUWA 1UR9A 3CMGA 3W38A 5A6LA 1KQZA 2D23A 3MUY1 3VVGA 2BXZA 5HOSA 5FCZA 1F4HA 1HVXA 1QBAA 4CUCA 4TXEA 2G3IA 3WMSA 1TUXA 1VB9A 2D0FA 3CMJA 1GOMA 2XTKA 3VIGA 1XSIA 1JFXA 1E71M 1C3FA 1BTCA 1ISYA 1FP8A 2UY3A 3PZNA 3L4ZA 4M24A 3N13A 4Z2HA 1JF5A 2A3HA 4JFVA 1EHAA 1HKMA 4XZWA 2WMGA 4Z2GA 1WDRA 3BAIA 3T2QA 4BA0A 2WLYA 3ZOAA 3TOPA 3WH5A 1UR2A 1JYNA 1E40A 2J7GA 4W8LA 1B3WA 2E9BA 1GW1A 1NP0A 1ZJAA 4TUFA 4Z2KA 1B0IA 5AYIA 3TTYA 2XWDA 2Y24A 3KZSA 2PWGA 4HP5A 1BYDA 3GNOA 1U2YA 1KXTA 8CGTA 5C8BB 4CKQA 2W92A 2VCBA 1QHOA 3ZIZA 3EDFA 1UHVA 4YPJA 4RE4A 1VENA 2E8ZA 1Q6CA 3NIYA 4CN6A 3OG2A 3AMDA 1OGSA 2DT2A 1C91A 4UOJA 3ZSSA 5AC5A 5JBEA 4GXPA 1PPIA 2GJXA 3RM4A 1SYTA 4QFUA 1MFVA 4CU6A 1PX3A 3WH7A 1UKTA 1WDSA 2FHBA 2VVNA 4FK9A 2QMJA 3QOMA 4CD5A 3WMBA 3RPMA 3SUSA 1JZ3A 4JFWA 4WSKA 4AWEA 3BAKA 4CGTA 1JYWA 4ATDA 4L4OA 2G41A 2WNWA 1SFSA 1YHTA 1OGGA 3PTMA 4QLLA 4A3YA 4EANA 2ZOXA 3BSHA 2O9TA 3CIVA 3NDYA 3BMWA 2OWWA 2WMHA 2MANA 2D0GA 3BLPX 1D2KA 1KFWA 2XWEA 4YN5A 2W4XA 4YHEA 4K68A 1V0MA 2BY2A 4UFKA 2J47A 1C93A 1CWYA 3HU7A 4CD8A 1TA3B 3LPFA 2VZSA 5GQBA 3WDJA 4PBGA 4HZ7A 4BCEA 2V3DA 4GQRA 1VFOA 3T0AA 1E73M 2AAAA 2CNCA 4FLSA 3VIIA 3A6OA 1WZAA 1G9HA 4H8VA 2VVSA 3RJXA 1HKKA 1HX0A 3MKKA 4TX8A 2J7CA 5A94A 6A3HA 1CTNA 2EO7A 3VPLA 4EE9A 1KCLA 1FFQA 5BWFA 1JXJA 3VD4A 1U33A 1V0LA 1GJWA 3VGFA 3L4UA 1QI2A 1C7TA 1V3KA 3NSMA 2V38A 3WQWA 2YKKA 5JBFA 3GXIA 2VI0A 3ZMRA 5FL1A 4UQEA 2XIBA 3IK2A 3RIKA 3MSDA 2O92A 3HN3A 1GOQA 2J7DA 4J3SA 4CU8A 2WVVA 2WZHA 3CHDA 2ZUSA 1AQHA 1FOBA 1BVZA 4PMRA 1I1XA 3SCUA 2WAGA 1BYCA 5I79A 1RD6A 5A6BD 1TFVA 4UCFA 3MUAA 1UG6A 2E8YA 1WAWA 3FHAA 2GK1A 3MS8A 4E8CA 3N1AA 4AD0A 5I0DA 1MVYA 2E4TA 2WCGA 3EMCA 3CPUA 2V3EA 3N9KA 2BHUA 1JD9A 3BCDA 2ZUUA 5HPCA 4HA1A 5I6SA 3KE0A 4P7RA 1FH9A 3SUWA 2PWFA 3VD5A 3ZR5A 3FW6A 2YBUA 3J7HA 2XVPA 3IJ8A 1WP6A 2DQXA 3VIPA 1E1FA 5A2AA 2C8NA 4AW7A 3SCVA 3THDA 3VKKA 1CXLA 3TTOA 3AZTA 3TTSA 5I3DA 1E6QM 2CXGA 4AZCA 3OGRA 2W63A 5IXEA 1MXGA 5CLWA 4PMXA 3AMLA 2VJXA 3ARSA 3AXIA 4IISA 4TVUA 3M07A 3L2LA 4NZCA 1ODUA 2ZXDA 4U31A 1ISZA 1E6RA 4W93A 1KR1A 1ODZA 3GXFA 1E72M 1J0YA 2WMJA 4UNIA 4MNJA 3WF2A 2UY4A 4RL3A 3CZGA 4B9ZA 2J8FA 2WHLA 4OIFA 2DSVA 1E9LA 1FFRA 3PZOA 1UH3A 3WF1A 1GOOA 4PTXA 4TX6A 3OLIA 1I1WA 4W7WA 3GBEA 2PBGA 1TVNA 2WANA 4HZ8A 4AZBA 1LL6A 3SCQA 3DYMA 4MADA 3SUTA 1XYZA 5EMYA 4AMCA 3VDHA 3WIJA 2FGZA 4P7NA 2ZXAA 3MSGA 5DMYA 4W8BA 3WF4A 5M3WA 1Q6DA 3CUFA 1GONA 4MTVA 4KRUA 2YA0A 4W5ZA 5AC4A 4OOZA 1WCGA 5FIPA 3NSNA 1CXEA 4PCSA 2WCSA 4JCLA 4QCFA 2DSWA 2DT0A 3GTNA 4S3JA 3HJEA 2OYLA 3N18A 5E9AA 1UR4A 1WPCA 2OSWA 4HPGA 5BCAA 1E4IA 2J62A 1VIWA 3VTRA 2Z1SA 3K8LA 3WH8A 4PMOA 3ZT6A 4D71A 2WHMA 2NW0A 2X1IA 2XVLA 3VX1A 2BY0A 1PX8A 3QGVA 4M8UA 3BCFA 2V5CA 3K8KA 3VDCA 1ZBWA 1JYXA 1TR1A 1OT2A 4W8AA 3ARVA 4D6JA 4B3KA 2OWCA 1NWUA 1ZU8A 3AHYA 3VM5A 1VBRA 4IPLA 1DTUA 1GVIA 3VDBA 2JFEX 4AXNA 5CZKA 1P6WA 4U5IA 1BPLB 4E8DA 1JZ2A 3W6MA 2XSAA 4JL1A 1B9ZA 4UFLA 4ACYA 3FAWA 3A4AA 2WK2A 4U5KA 4URIA 1E3ZA 3WD3A 3VGBA 2BVTA 3CZKA 5C71A 5IHRA 3T2OA 3ARPA 1O7AA 4R5EA 3UG4A 3AS3A 3VM7A 1H4PA 1CENA 3EBVA 5LA1A 3I3EA 1G5AA 1LWHA 5I2UA 1J10A 4MB3A 1Y7VA 4UFIA 1EDTA 1HJQA 2J7EA 1XSJA 3CLWA 1GOIA 4Y7EA 4P7OA 3TA9A 3ZJKA 1W2PA 2ZIDA 4HTYA 5E70A 4Z2LA 3U57A 3ARZA 4GIAA 1OWQA 3LMYA 1GORA 3G6LA 1AQMA 2QHAA 4BQ2A 1JFHA 5ABHA 1UKSA 3ARQA 1NH6A 1XH0A 1ZL1A 2ZX5A 2JIWA 2Z1KA 2DIEA 1G0CA 1BSIA 2V3GA 3ARYA 1I75A 1BGGA 3BXWA 3AXHA 3IJ7A 3L4TA 5BXSA 2D20A 3W4RA 1UD4A 3RILA 5ECUA 4RE2A 4HMEA 4AZHA 1S46A 1B31A 1W9XA 1RP9A 1NQ6A 4OZOA 1HL8A 1C8YA 2A3EA 2JE8A 3OA5A 3BAJA 1XD0A 1E1EA 1HJSA 4MNKA 1AVAA 1PEZA 3F5JA 3AS1A 1NWRA 2D2OA 4MJ2A 2Y8KA 4GO9A 3RJYA 3VILA 4P8WA 5IFPA 4OBRA 3BMVA 2ZXQA 3DYPA 3FXYA 2A3AA 4UR9A 4D1IA 1E5NA 3GNPA 3SCNA 1EXPA 2UY5A 3AHVA 3PBGA 1ESWA 1XCWA 2EQDA 2VNCA 2FH8A 3WUFA 3WNPA 3GNRA 3I3DA 3BSGA 2WKLA 5A6AA 2W61A 1C92A 4MB4A 3VOCA 1PJ9A 3VIKA 1HF6A 4JHOA 3TTQA 1V3IA 1RPKA 4HOXA 1JGIA 2F61A 1C90A 2YA1A 1GNXA 4AZ7A 1R87A 2XFRA 2GSJA 1DEDA 2D3LA 2VZVA 4HMDA 3UG3A 3W24A 4PMDA 3GXDA 3AFBA 2D22A 1XCXA 4JFUA 2V3FA 1G01A 4TVDA 3K46A 1OM0A 1UQYA 1CNVA 4V28A 3PTQA 4PMUA 3UG5A 4D6CA 1JG9A 2NSXA 4PMZA 4PMNA 4MPKA 1D7FA 1GQIA 3AJ7A 4D6HA 4UZUA 2QMKA 1VFUA 3VU2A 1GVYA 2ZX6A 1UD2A 3CBWA 5D9OA 4P8XA 5CSUA 3WFLA 2PBOA 5CPSA 3AIUA 3MMWA 1MW2A 1AMYA 3AROA 1R86A 4NRSA 2BNJA 4J3XA 3KL0A 5E09A 1E4NA 3GM8A 4QLKA 1V6YA 1WZKA 5BYWA 4WJXA 1UWIA 4ML4A 3SUUA 1J0ZA 4PTVA 2BFGA 5EB8A 1KWGA 2EEXA 1J9YA 2E40A 4LQ1A 1KQYA 4UQBA 4TTUA 3CUHA 1W3LA 3B8SA 5IDIA 2YDQA 1B2YA 3B9EA 3M6DA 1NM9A 5BRPA 1H11A 1XH2A 1G1YA 1ZB5A 3ZR6A 3EDEA 2ZUTA 4PEEA 4AZIA 3A47A 1NOFA 1W9UA 4S3KA 5HBFA 3WN6A 1JI1A 1MWOA 2JF6A 4W85A 4UQCA 1MW1A 4J3WA 1SMDA 4WK9A 1XSKA 4KGJA 1LG1A 2RGLA 5JIWA 4A3HA 3T2PA 4X9YA 3EDJA 3WDQA 3N12A 3OB8A 3O2LA 3W29A 2O9PA 4P7LA 5A69A 2XFFA 1L8NA 3T0BA 1M01A 4ZE5A 2YLAA 1UKPA 1OB0A 3W26A 4M81A 4PRWA 4QAWA 4E2OA 4W84A 1B1YA 3T0DA 1KXQA 1OIFA 1TG7A 7CGTA 2J79A 4FLRA 4DWSD 1JZ7A 1UR1A 2BHZA 3ZT7A 4GI6A 4HZ6A 2WHJA 4D6EA 1EH9A 1EDQA 1DWAM 3WQ4A 4GZIA 2QF8A 1KXVA 4W7UA 5A8PA 2YBTA 5GPRA 1H09A 4AD5A 3KL5A 5A6SA 3AIBA 3F4VA 1LLOA 2B31A 1B90A 2VCAA 2CBVA 4CU7A 1ITCA 5BXPA 1SR0A 3AOFA 1WDPA 4CD6A 2BVYA 2E0PA 1FH8A 5D9PA 4YHGA 1V6UA 4GKLA 3BAXA 5IFTA 3DHUA 4L4PA 1BG9A 4QCEA 1GJUA 3ZJ6A 1CGTA 4UTFA 4J3TA 1J0JA 1UKQA 3I3BA 1E70M 3GH5A 4NI3A 1V3JA 4CN4A 1K9EA 4D6GA 3AMCA 3VO0A 4W89A 4PMYA 2YDRA 2EPOA 2WC4A 3SIMA 3B9DA 3VGDA 2CBUA 4AZ5A 3M46A 3CH9A 3OBAA 2UY2A 4ZXOA 4DUWA 3AYRA 3SURA 1WKYA 5A1AA 1JAEA 2Y2WA 4LYQA 1X6LA 4B9YA 5C70A 3WFZA 2CKRA 1LF1A 4CVUA 5CGTA 4JL2A 3AZSA 5HNNA 4UFJA 1RH9A 3DC0A 1M03A 4EKJA 4GZJA 3AICA 1UR0A 4X0VA 4OJYA 1JXKA 4W5UA 2PI6A 1YQ2A 1JD7A 3EDKA 4AD3A 1E6ZA 2VZOA 1KR0A 1TVPA 1V02A 4MB1A 3THCA 1HJUA 1TE1A 3FN9A 1NARA 4OOUA 2XM2A 2QV4A 2WVTA 2WWDA 9CGTA 1QI4A 1E55A 1MQQA 4U3CA 4IPNB 1IT0A 1KBBA 5AYBA 2X0YA 4AD1A 2X05A 4MDPA 2XVKA 1LJYA 3RM9A 1EQPA 4BQ4A 3CUGA 5BROA 1NWTA 3BGAA 6TAAA 3ARWA 2Y4SA 1XHGA 3VD7A 3M7SA 4H2CA 1QNPA 1WE5A 3ARTA 2VOTA 1W1TA 3FNDA 2V5DA 2D24A 2HVMA 4H7VA 3GH7A 3CO4A 5ABFB 1TA3A 4AYSA 1UWTA 3S6TA 3OZPA 5GNXA 2OSXA 1Q6FA 1W3JA 2GJRA 3AIQA 3ARRA 4WIWA 1W1YA 5CLTA 5I78A 1MW0A 1WB0A 1UQZA 1BGAA 1UH2A 3WNNA 4P8VA 3CGTA 3N11A 1JI2A 1J0HA 1KXHA 2GDUA 4MJ4A 4HOZA 4KRTA 1QVBA 3TONA 4HU8A 2PB1A 1UYQA 3MMDA 5DEZA 2WC3A 2EPLX 2WLZA 3K4AA 2XYLA 3VMPA 1QI5A 2DDXA 2AMGA 6CGTA 1E0XA 3LPPA 2QPSA 1BF2A 3N15A 5GNYA 3VMOA 3WL1A 2ZUMA 1MFUA 5BXRA 1JZ4A 2YA2A 4GZEA 1E43A 3E1F1 2D1ZA 1J01A 3W6LA 1GPFA 1BQCA 4H04A 4BZYA 3ZM8A 1FA2A 4IUGA 1KGXA 4AIEA 3WL0A 4TTGA 3WMCA 4DM1A 1EOKA 2GUYA 1E4LA 2G3MA 2EPKX 1W32A 2VQUA 4JAWA 8A3HA 3BC9A 3FY1A 3PZ9A 3UETA 5D4YA 3W53A 5FKYA 4D1JA 2C0HA 1QNSA 1X6NA 2WVUA 1GQKA 3WEMA 2XM1A 1UZ4A 1BAGA 4W86A 4R27A 5E0FA 3UESA 1QW8A 2J77A 2JALA 1NOWA 4JKMA 1UWQA 1HKIA 2IXUA 1BLIA 4PN2A 2YL6A 1J12A 1TMQA 1V6WA 2VZUA 1BG4A 1CIUA 1ZS2A 1W3KA 1IZKA 4HA4A 1QNOA 1DWJM 3L4YA 2G8ZA 2ZWZA 2UWFA 2YOCA 4ACZB 2CHNA 4AD2A 3WD0A 4LX4A 3CHEA 1L0PA 1M53A 4C7GA 1JIBA 3PZGA 3EYPA 4U33A 4WSJA 1ZBCA 2CESA 2EPNA 4UOZA 3W27A 1V0NA 3KWXA 4UQDA 3O6AA 3WBAA 4DWSB 3ZJ7A 2VUYA 5HXMA 3VD9A 2ZUNA 2W62A 2FHCA 3MUZ1 1K9TA 1Q6GA 1UD3A 4GPNA 5D8ZA 2HISA 4P7QA 2VR5A 2BY3A 1K6AA 4DUXA 5CGMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2AOS A;  2Q8X A;  5EFF A;  4UQ9 A;  4WKA A;  3SCR A;  1UD6 A;  3DHP A;  3MV0 1;  3AS0 A;  2XJ7 A;  1E15 A;  2CEQ A;  4PMV A;  1HIZ A;  3NCO A;  2J25 A;  5F7U A;  4M56 A;  4J27 A;  4GQQ A;  3RM8 A;  2WXD M;  3CZL A;  1JDA A;  1E6N A;  5HDR A;  1HXJ A;  2VL4 A;  3SUV A;  2XVN A;  1H5V A;  3G6M A;  3ZQ9 A;  1DHK A;  4AEF A;  1CXH A;  3OLD A;  3MO4 A;  4MNL A;  4QP0 A;  3AIW A;  4AZG A;  4D6F A;  2OYM A;  1E0V A;  5M17 A;  3ECQ A;  2WMI A;  2WSK A;  1C8X A;  4A4A A;  2J7H A;  1FP9 A;  5A8N A;  4EAM A;  3CUI A;  1JND A;  2EJ1 A;  2RGM A;  1VFF A;  2ZX8 A;  3WUG A;  1RP8 A;  4ACZ A;  3POC A;  3K8M A;  2J4G A;  5M5D A;  4LXF A;  3WD4 A;  2WCA A;  3WDP P;  2WW5 A;  3DEC A;  2WYS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B9O A;  4E7Z A;  2ALD A;  3AXX A;  4DWS A;  3L5M A;  4F9J A;  4JHZ A;  3ZST A;  4TVC A;  4R33 A;  4NXK A;  3DI1 A;  5FNV E;  4IGU A;  2HHH T;  1D0Y A;  1CB7 B;  3CMG A;  5LA6 E;  3RRA A;  4P09 A;  5HOS A;  3CH0 A;  2CC0 A;  1QBA A;  3KDO A;  4X22 A;  1RZM A;  3WMS A;  2RA1 A;  2BOG X;  2UXN B;  1GOM A;  4DYE A;  2OOD A;  2NQJ A;  3RIU C;  4A35 A;  1UB3 A;  1I6N A;  1ISY A;  2ZRW A;  4O19 A;  1FP8 A;  2V7L A;  5BMV E;  2E67 A;  3L4Z A;  4QTG A;  2GWN A;  1C8V A;  5DAB A;  4I90 A;  3UJF A;  3T07 A;  2GYI A;  1WKD A;  4Y6G A;  3FA3 A;  4XZW A;  4Q4R A;  1UUM A;  3T2Q A;  1XDL A;  4EXT A;  1DYS A;  3KAO A;  4I9T A;  4O18 A;  4TN7 B;  1JYN A;  3C64 A;  2LEH A;  1B3W A;  4MYA A;  1VS1 A;  1S2U A;  3EXS A;  3LHT A;  1SW7 A;  5CBJ A;  2XWD A;  5AZ0 A;  3KZS A;  4X60 A;  1UWA A;  3QGA C;  1SO4 A;  2V69 A;  1VGA A;  1XKJ A;  1W1I E;  2XN2 A;  2VCB A;  3ZMT B;  1QHO A;  3A5F A;  2P53 A;  1P1X A;  1W5O A;  3LHW A;  3EI0 A;  4YPJ A;  1NU5 A;  4H9V A;  3JC6 D;  3NOY A;  1IBM T;  2ASH A;  1ITQ A;  5AC5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABGA

Total Genus

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