3PUGA

Haloferax volcanii malate synthase native at 3mm glyoxylate
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
431
structure length
349
Chain Sequence
TERRHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Malate Synthase
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 349
sequence length 431
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3pugA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3pugA01
1PKYA 1MUMA 3FA4A 4G1NA 1OQFA 3EOEA 3LYEA 1DIKA 1O68A 2V5KA 3R4IA 2XDFA 1IZCA 3QV8A 1PYMA 2XZ9A 1OY0A 1F3WA 4L7ZA 4IP7A 3QZ6A 3OYXA 3HQPA 3T0TA 2HJPA 4B5VA 3QTGA 2VGGA 3GR4A 2WQDA 5JVLA 1S2VA 3H6OA 4IMAA 1VBHA 4QG8A 1ZLPA 1S2WA 4IQEA 1T5AA 4WJ8A 1GGOA 3BJFA 2HRWA 2VWTA 3PUGA 2R82A 2KX9A 3T07A 1O66A 1JDEA 2HWGA 2DIKA 4L9ZA 4QG9A 3BJTA 3EOOA 3M0JA 1Z6KA 2HROA 3OQ8A 1F3XA 4HYVA 2QIWA 1M1BA 4B5XA 3I4EA 4B5TA 1DQUA 4B5UA 1IGWA 4KCUA 4QG6A 3HQNA 3G2GA 3E0VA 4TV6A 4ROQA 3E5BA 1E0UA 3LG3A 1F61A 2VGIA 4B5SA 4KCVA 4B2DD 2E28A 2BG5A 1F8MA 3QV7A 4QGCA 3N25A 2OLSA 2L5HA 4B2DA 3EZ4A 2VGBA 1A3XA 4FXFA 4KCTA 1AQFA 1A5UA 2DUAA 3SRDA 4JPGA 1UJQA 4MG4A 1A3WA 1SGJA 1XG4A 3P0XA 1ZJHA 1F8IA 4KS0A 3SRFA 4L9YA 4YNGA 3GG8A 3IS4A 4HYWA 4KCWA 4LSBA 1XG3A 4TV5A 3B8IA 3HQOA 1KC7A 3U2ZA 3KHDA 1PKNA 4KRZA 1KBLA 3OYZA 4DRSA 3QQWA 4B5WA 1PKLA 3SRKA 3PP7A 4MF4A 1DXFA 4RPPA 2VWSA 3FA3A 3ME3A 3QLLA 4L80A 3QV9A 1U5HA 1U5VA 2X0SA 1O5QA 4IQDA 3T05A 1DXEA 3SRHA 2G50A 1VBGA 3EOLA 1A49A 3MA8A 4FXJA 3QV6A 2XZ7A 3M0KA 1PKMA 1E0TA 2ZE3A 3E0WA 1M3UA 3GQYA 2V5JA 2VGFA 1S2TA 3KTXA 5TAOA 1S2UA 3VAVA 4YJ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PDLA 3QTPA 4CQ8A 3CIXA 3ZJ2A 4LB4A 2V7LA 1ZJAA 3ZT5A 5JDGA 1UA7A 4MIMA 4QEEA 4X60A 4BCEA 4E3TA 4PUJA 1WR6A 4IZGA 4LUTB 1ZQ5A 3KCOA 4WJXA 1V7YA 5CPQA 1OGSA 3MYOA 3TMLA 3ZMRA 1G4EA 4F4RA 2A3HA 1MXDA 1MMNA 5JDNA 1IBMT 3BGGA 2XINA 2NXIA 1Z6KA 3ITGA 3RRCA 5IUXA 2YBUA 4S3JA 3GUWA 2D2JA 2PUZA 3HQNA 2VZTA 4DJFD 1QR7A 2C19A 4IFRA 4DXXA 2X2GA 3ARZA 3SCUA 4O54A 1JF5A 2H9AB 3K3NA 1L6YA 1UWSA 2R1KA 4IICA 4AZCA 1UR8A 2Q09A 2L5HA 2LT3A 1X8CA 1J0KA 3NSMA 3FJ4A 1L0PA 2ACSA 4DO7A 5AYIA 3EOSA 4U74A 1QI0A 3UWWA 4GC4A 1ELSA 4M80A 4HNVA 1XPGA 3UFGA 1ECQA 2Z1WA 3W7NA 3SB0A 3VIHA 5F8PA 1XFCA 1HR0T 3A4JA 5JRCB 3GDBA 3H55A 2QS8A 3IGUA 5K2ZA 4O1FA 5HINA 4WK9A 3G0XA 4AZHA 2AGKA 4H6EA 3A24A 1QNSA 2YW3A 3VRBA 3AEBA 4FLOA 3KV9A 2LSJA 4IJRA 4DBQA 4LYPA 3VIFA 3B9NA 4HOWA 3E0FA 2GUBA 2JGQA 5IDZA 3CIVA 4E8GA 3SUTA 5A94A 4JFSA 2JALA 1TUXA 3GG7A 3LCFA 2YR1A 1CYGA 3I6RA 2YBVA 3OZMA 3KRZA 1S2WA 3RHGA 5IYZE 1F6YA 5A6SA 2WWVA 4W7WA 2PDIA 1RCOB 4DJED 3W24A 3PNUA 4QXIA 5HJYA 3CLMA 1CX9A 3B57A 3LLDA 4J3TA 2NQ5A 3BCJA 1MWOA 1GT8A 4B5UA 4A21A 1HTIA 2P0OA 4YY3T 2BY1A 5A1LA 2E5BA 4X20E 1SUXA 5F1VA 1J5WA 2Y8DA 2L3LA 2CLKA 3EUHA 2WJFA 1OF6A 4NXMT 1VB9A 3PR2A 4PUDA 1D0XA 4GOUA 2DW6A 3M0XA 1IEWA 3PBWA 2Y7FA 2XGBA 4C90A 3W82A 2ALDA 5BROA 1QPNA 2BZNA 4K68A 3QOMA 3L4XA 3DTOA 1SM9A 2Q3RA 3PUYF 2OZTA 2UXDT 3AQUA 3REQA 3TLSA 4IUOA 3AECA 3WQEA 3F5KA 4AZ5A 3VX0A 6ALDA 4ZQRA 5AECA 4H9NC 1KGXA 1TMLA 2V8ZA 1J18A 2H90A 2TYSA 3PJTA 2AKMA 2NSXA 4DUZT 4NY2A 2BKOA 3JUGA 5I6SA 1W3JA 4D6FA 4G7FA 1HL9A 4HMCA 1EOKA 1EOMA 5E0CA 4DWDA 5HWXA 4HZ7A 3TWAA 1UC5A 4HTBA 4H8NA 1HNWT 1M7XA 5HWYA 3LHYA 5LXEA 1QOQA 2P9BA 1RALA 1VCSA 4J27A 2PAJA 3O15A 4EVZA 1EHNA 3APTA 3A3WA 2QGYA 1MIVA 3C52A 1WDRA 2DUZA 1EBGA 5A6MA 3WLPA 1ZY9A 4P2VA 1RVKA 3OA3A 1UQZA 4DR5T 3TEVA 5D30A 4MNMA 1R8IA 1TPDA 4PJJA 3JAFA 2XM1A 4P5UA 3B5MA 1BYCA 4CQBA 4JFUA 2F2KA 3GD6A 3ZLGA 4UTJA 3W1AA 1RP9A 4DNHA 2ISFA 2VURA 2WMGA 1G4SA 2QT3A 4XZLX 1MFUA 2MUCA 4N0RA 4LYRA 2OSYA 3VKDA 3B0UX 4XIMA 1I8JA 4UQAA 4ZGYA 1ESWA 4IGSA 2OFJA 4LSBA 2XYLA 2O7SA 3KHDA 2HBXA 5HQEA 5ABGA 3BO9A 2O4MA 1I2RA 2XIJA 2WHMA 4L56A 3UXDA 2ATSA 2OX1A 3FX4A 4HPNA 4GVIA 3WF3A 2E77A 3S1XA 4FPSA 1A5LC 4BK9A 4FNQA 2VCAA 2C79A 5GNYA 4LW7A 4LF7T 1X6NA 3P14A 1HKMA 1E6ZA 3R8RA 3ZCJA 1DWGM 3CIRA 1XMQT 1H5VA 3UUBA 2B7NA 1EFZA 1NF0A 2D2SA 5J2TE 3TTEA 4XZ9A 4GBDA 3M46A 5D03A 3AIQA 3BJSA 1VPXA 4AQFC 1H7PA 3BV7A 1GTEA 1JL8A 4Z2KA 4EZ4A 3UERA 1KM3A 4CVWA 2XHEB 4DXKA 1WZKA 5HOSA 1WX0A 5BWFA 4IE6A 3P4WA 2OODA 3KV6A 2ZZ1A 4IPJA 1W8GA 1JRBA 1D2KA 3WLQA 3LCGA 1E4NA 3OBVE 4Q8TA 4DELA 3NTYA 3S8HA 3WG6A 5HNTA 3B8DA 2PI6A 3KW3A 3VD7A 4HE8A 1W0AA 3H70A 1UD3A 3LCWA 4DZIA 1RQHA 4FXRA 3VGBA 1KA9F 1UH3A 3GXPA 2B7QA 3DG6A 4AD3A 5A1AA 1XPYA 2FB3A 4YWIA 1QI2A 1UHVA 4IMCA 5HMEA 4DNMA 3GTNA 2XU2A 4JV5T 3SCRA 1QOXA 3K8LA 4HHHA 4AQFA 4E6MA 4IP5A 1WYBA 3IV3A 2ZUSA 3A6OA 3P4PA 4JI5T 1Q6GA 3GMIA 1POKA 1K1DA 1KB3A 2PC8A 1JUBA 4KEZA 3GHRA 2GGGA 5FL0A 5CAHA 1W0MA 5GONE 1I2PA 2GJXA 3NPUA 3AWOA 1GNXA 5F4XA 5BR8T 1UQYA 2J62A 4GI8A 1S5TA 1B9BA 3L67A 1REQB 1HQTA 3NDYA 3WBYA 2XGIA 5G1TA 1QRQA 1VZWA 4HYRA 4DZHA 4ES4A 1M7KA 1JD7A 5C3JA 1K6AA 5T26A 5I3DA 1E4IA 1QW9A 3W1UA 3W87A 1OCNA 2XSXA 1C92A 1KNZA 7TAAA 3LCHA 4CQIA 3UZ5A 2YB1A 3R58A 1YW0A 3QRHA 5DRIA 4H19A 2X42A 2XPKA 3EWDA 1MNSA 4MGGA 4HFHA 3GTFA 3EX2A 4KEMA 1ZJBA 4NT0A 1W32A 5FJRA 5IXEA 2WSPA 4S1FA 1TTPA 5HXMA 2HVNA 4RNJA 5CBBA 4GXMA 2Z6JA 5HEJA 3WLIA 4TIMA 2QGHA 1HG5A 2CIPA 2A2FX 5FSEC 3ABRA 2VQET 2NWBA 4OOZA 3A9IA 4ZTYA 5C7HA 1ZNNA 1CLVA 4BR1A 3WYZA 3B8IA 2OCZA 4GIYA 2YXOA 1WDDA 4I9MA 3VKGA 3BAKA 4K1GA 1TWZA 3ME3A 1K8CA 3WNPA 3MHUA 4IIDA 3TN6A 2GSHA 1UWUA 2J9ZA 4AZ7A 4HNOA 3QV6A 2HK1A 4LRSA 2YL9A 4NZ5A 2P53A 3KAOA 3VKAA 1OFRA 1VJIA 2C0AA 5HULA 2FHBA 1DJXA 4GYPC 1Y01A 5G1MA 4Q4OA 4ZFCA 1HN1A 4DO0A 2PD5A 2F2HA 3CUIA 1MDLA 2ZCGA 3RYSA 3VK5A 1KFLA 1EB3A 3PUXF 2EXOA 1EGZA 2F8QA 2CLYC 2IKGA 1T0OA 2EBNA 2F4VT 1KEYA 2GZXA 3M47A 1VFLA 2QNEA 1FKXA 3WUEA 1M03A 2NW0A 1JPMA 3RCMA 3TYCA 3SUWA 3C51A 2V7IA 5JTGA 3ZQ9A 4I9AA 1ZP3A 3ZLIA 4MAVA 2ZUMA 4C6OA 1F61A 1JIBA 3ESLA 1CI1A 3SN4A 1WA3A 3QV7A 4HCHA 1OFPA 4B90A 5I00A 2BS3A 2CLPA 1LWJA 3L3PA 2W27A 2B76A 2JKPA 5AVNA 1R3SA 2E3ZA 4MY1A 3HA4A 2V6XA 3HB9A 5GJPA 4O14A 3SCOA 1CXLA 1IAPA 3LBMA 5CA0E 4UTKA 3F4DA 3GXIA 1O5RA 1K8YA 4WX2A 2RPAA 1WAUA 4IHJE 2BXZA 3S5OA 2D0TA 4RDZA 1FWBC 3URNA 4D72A 2ZRVA 3ENLA 3BW4A 5HJXA 3WDJA 3D0CA 2Y5EA 1EGVA 5D2TA 3MKKA 4WDUA 1W5QA 4RDYA 3AE2A 3AYRA 2QCMA 3EVYA 1T99A 1HJVA 4RZ6A 2CZEA 4C6IA 1FA2A 1S2UA 2I56A 2V81A 4KT2A 4BQ2A 4QTGA 3MCMA 1Q63A 4C5ZA 4M56A 1LL4A 3DENA 3W75A 2WM1A 3W1NA 4ICNA 2VEKA 1OFBA 4TNVA 1LRZA 1MEHA 3U57A 1HGWA 1QNRA 1XQLA 3NO5A 5DY2A 2IKIA 5CGMA 1BWVA 3UQ7A 1W1PA 3S2LA 3TP4A 1FWFC 1F3XA 1F4HA 1NOWA 1P1MA 4MYXA 3U4FA 5AYYA 4TTUA 4AXPA 3PB2A 4XSLA 4JFTA 5DCBA 4TX8A 4J9JA 1DWIM 4FNUA 1CBGA 3TN3A 4UFHA 2E28A 4LF4T 3NJ3A 3TLVA 2DSKA 4B2DA 2BY0A 2DVXA 3BLPX 1WZMA 2JMHA 3N2MA 4IMDA 2AMGA 4JN6A 4E8DA 4UVBB 3ZN0B 1ISZA 1HVQA 1F8IA 2O55A 1Q7MA 3TTSA 3J7Yq 3AEDA 1I6NA 1G7VA 1AJ0A 3KOWA 1KBLA 3U2EA 1K7EA 3WMCA 2VENA 1KCZA 3R2GA 5CEWA 4HPJA 4X3ZA 4HFEA 2EEXA 2X68A 1KWGA 3M43A 4IP4A 1DBTA 1LRNA 2A3EA 1BHGA 3SQSA 4WDTA 1MMDA 2YX0A 3RCYA 2ZUTA 2CKSA 4EGWA 2ZX5A 5AN7A 2BHUA 2P1FA 3ZKRA 1IXNA 3CEPA 4HZ8A 2A3CA 2BLEA 2LRLA 4JDYA 6XIAA 4Q8MA 4QAIA 3MO7A 3UUNA 3W2KA 4UF0B 2UZ9A 2E6DA 2FTYA 1QBBA 4UB9A 1KF6A 1JYNA 3NZQA 4UBPC 2WSYA 4GFSA 4I9JA 1BVNP 1AQMA 4QS6A 3UJ2A 1XIFA 4AYGA 1LDCA 3BK0A 2Q8LA 1LM1A 1K9DA 1XIGA 3C4WA 4X9YA 1KBIA 3WJWA 5IHYA 3T1HT 4XD6A 2V8SV 1XYAA 2W63A 4QG6A 2Z00A 4AKRB 1KWKA 2YZ5A 4R53A 4I7VA 2ON3A 3AEEA 3EWYA 2E09A 2Y61A 3VNIA 3SJNA 3WSUA 4NAEA 3AEGA 4X1YE 1MNZA 3MK7C 3WK1A 5U7SA 5HJLA 3ZYKA 1AH4A 2E9BA 3BTNA 2PLKA 4O2BE 2RUSA 2NSOA 3B0VC 1US3A 1KQYA 5JMUA 1P0DA 3FYOA 2QIIA 1FH9A 5T91A 1ZSXA 3KL0A 2ZFAA 3AE4A 3HI2A 1V79A 3OVRA 2LM2A 3QHOA 1XBZA 1FEWA 3KDNA 4LAMA 2CPTA 1TG7A 1XSKA 3JC6D 1TR9A 2AQWA 3FK4A 1XUUA 1MRAA 4JAWA 4R33A 4JBWF 4R5EA 2WO5A 4A3QA 1C91A 1TTQA 2DIEA 1FWTA 2VNCA 4NXKA 2NWRA 3HN3A 3ANWA 3DHUA 5CB4E 1JZ8A 2N1GA 4RLIA 1FDJA 2V0TA 2BVMA 2R91A 4TZ4C 5XINA 7REQB 3MZ2A 3LFMA 1SJAA 3DOPA 1LTDA 4PMUA 3EKLA 3MKCA 4P7QA 3RLHA 2V6AA 4OK0A 1UW9A 2PDGA 4QR6A 2W4XA 2D2GA 4NJJA 2PFVA 3LQLA 2H6RA 3BCDA 1I60A 3T07A 4JDBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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