3PUGA

Haloferax volcanii malate synthase native at 3mm glyoxylate
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
431
structure length
349
Chain Sequence
TERRHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Malate Synthase
publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
total genus 135
structure length 349
sequence length 431
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3pugA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3pugA01
3R4IA 1ZJHA 3T07A 2ZE3A 3SRFA 1Z6KA 1A3XA 4KCUA 3T05A 3BJFA 3HQOA 1VBHA 4WJ8A 3U2ZA 3MA8A 4QG6A 2XZ9A 3QQWA 2V5JA 2R82A 4IP7A 3SRHA 3PP7A 3VAVA 1ZLPA 4B2DA 1U5VA 1AQFA 2VGGA 3EOEA 1GGOA 2X0SA 3FA3A 1PKYA 2HROA 4B5UA 3P0XA 4QG8A 1DQUA 1F3XA 3QTGA 1A3WA 2BG5A 3EOLA 4MF4A 3LG3A 4RPPA 1DIKA 2XZ7A 4YNGA 4FXJA 4KCVA 1XG3A 4B5XA 4DRSA 1S2WA 4TV5A 1F61A 2V5KA 4IMAA 1IGWA 1PKNA 1O5QA 4B2DD 1OY0A 3H6OA 2HWGA 3SRDA 2DUAA 1F8IA 1M1BA 3BJTA 2XDFA 4KRZA 3B8IA 4B5TA 2E28A 2KX9A 4KCTA 1A49A 3QV6A 4TV6A 1O68A 3OYZA 3E5BA 1OQFA 4L9YA 1KBLA 3I4EA 1F3WA 4LSBA 2QIWA 3KTXA 3T0TA 4QGCA 4G1NA 4HYWA 5TAOA 2VWSA 1U5HA 1XG4A 3OQ8A 4YJ5A 1PKMA 1E0UA 1S2UA 3PUGA 4L80A 1KC7A 2L5HA 3GG8A 3E0WA 2G50A 3G2GA 1PYMA 5JVLA 3ME3A 4KCWA 1T5AA 4MG4A 1PKLA 3EZ4A 1A5UA 3GQYA 3N25A 3QV7A 1VBGA 4L9ZA 4ROQA 2HRWA 3FA4A 1M3UA 3E0VA 4IQEA 1UJQA 4L7ZA 1O66A 4JPGA 1JDEA 4B5WA 3IS4A 3KHDA 2HJPA 4FXFA 1S2VA 4HYVA 3LYEA 2OLSA 3QLLA 1DXEA 3HQNA 4KS0A 3EOOA 4IQDA 4B5VA 4B5SA 2VGFA 3M0KA 1F8MA 1S2TA 3QV9A 4QG9A 1E0TA 2VWTA 3M0JA 3SRKA 3GR4A 3QV8A 1DXFA 1IZCA 2DIKA 2VGBA 2VGIA 3HQPA 3QZ6A 2WQDA 3OYXA 1SGJA 1MUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TW7A 4QAIA 1ESWA 4DAFA 2WDQA 4ZOLE 2CLPA 4IP7A 3L4YA 5ABFB 2J7GA 4QDWA 1T0OA 1V6XA 1J1JA 2BODX 5HXRA 4LYPA 4Y9AA 3FEMA 3KTCA 2PC4A 4WRHA 4CCDA 3U57A 1U30A 3TQPA 1UW9A 3FB2A 1LOSA 4IFRA 1S46A 1Z7AA 3H23A 5LHFA 4A21A 1K4HA 1QHPA 3UPBA 3GU1A 1V0MA 3IJIA 1OC7A 1VS1A 3VIMA 3UY7A 3WQDA 4H2CA 4HN8A 2QCMA 1LT7A 2Z1VA 3OLGA 4B5TA 2PLCA 3TP4A 4HWDA 3KOWA 1QK0A 3TJXA 3DUGA 3S3GA 2YBVA 4I0UA 2EHHA 3KOXA 3E49A 3PZ9A 2AGKA 1JYWA 3NNTA 2E8ZA 4HBKA 3UUBA 3T2QA 4GBUA 1ISVA 1EOKA 3RCYA 4GNVA 4LUYA 3UWEA 3NG3A 2DT1A 3PJXA 4FX7A 3WEOA 6A3HA 2AL1A 4L56A 3TOYA 5KMGP 2NLIA 1XYFA 1E1HB 3G1XA 4ZOCA 4QCEA 3PU8A 3MBDA 4OWGA 4UTHA 2VGFA 3WENA 1CEOA 3S4TA 4GYPA 1KRCC 1QNPA 4V28A 4F9DA 4TN7B 5BU9A 4WDXA 2HVMA 3V1PA 2ACZA 4WR3A 4FEZA 3P82A 5FAJA 4GIEA 1M6JA 3GS6A 5FF0A 1BWVA 5ETWA 2IDOB 4X20E 4GABA 1IZJA 1RD6A 1QHZA 1ZTVA 3NXLA 4GO9A 3LS9A 3ALGA 3VOHA 1GORA 3EOEA 5D2TA 4BI7A 5FXWA 3LERA 5EMLA 4JTJA 1ZBKA 4Q8TA 3O06A 3L23A 1WP6A 4INFA 4OV4A 1XF0A 2ACQA 4QROA 3AIUA 3AE3A 1KFEA 3WNPA 1OX5A 3I68A 2FJUB 1YNYA 1A5BA 3BLPX 1ZNNA 3UXIA 2P0IA 4WCJA 1P4CA 4FOJA 2R1LA 4AZHA 1KTBA 3EKZA 3VGBA 1VPYA 3C0LA 1IJ5A 3THAA 1RVGA 4JBWF 3SR7A 3M5VA 3ALFA 5HNTA 1TG7A 1WQ5A 1T41A 2ODOA 1LG2A 4AISA 3GFZA 2CLIA 3H21A 4UVCB 5JMUA 2X67A 2G50A 5DEZA 4LFCT 2BVTA 4TX5A 2XTKA 5LNRA 1PKLA 1UH2A 4Q4OA 3UUXB 1O1HA 2AAMA 1ITQA 2Z29A 3E0VA 1N8IA 3GXDA 3PS7A 2OO0A 1V02A 3WUBA 1VCSA 4B5VA 2J8GA 3WK1A 3BOLA 1E0TA 2RJHA 3H53A 5M5DA 3AISA 3RPDA 1MUWA 3P6LA 1YXRA 4B3ZA 3M0YA 4AY1A 3P3BA 4WNKA 3RH3A 3NSMA 2Y63A 5M17A 4GZEA 2NVDA 3TYAA 3WNMA 2J62A 4JS3A 3L4VA 2DT0A 4XAYA 5B7YA 4UXDA 3M4HA 3ZIZA 4RDWA 5BCAA 1AH4A 4QQ3A 3Q9DA 3NO1A 3W87A 4AZ6A 3P4PA 4MB4A 5HPCA 2ZE0A 2XHYA 3SCQA 4XD3A 5CXPA 4LBUA 1FWFC 4XKYA 3GTFA 3O63A 4UFLA 1JJKA 2ZXDA 2H9AB 2XZEA 4XTDA 1NDWA 3V5CA 4OJYA 4K1WA 3UZXA 1SHZC 9RUBA 4UTUA 3UU0A 5J04A 3SECA 2WK2A 4X1YE 3PTMA 1KCZA 1L0VA 1GHRA 3I4EA 3TMQA 1ICPA 4GKLA 4NRSA 3I7SA 1YIXA 3UZJA 5K9XA 2QJIA 3KBMA 3WBXA 5FAGA 3LU2A 3KX6A 2NXGA 1UBSA 1R0MA 3L12A 5DRIA 4B3ST 2OJPA 5B80A 2W91A 2W66A 5LA6E 4C6QA 4QS5A 4F0HA 1T5AA 3UWWA 1K6AA 1JD9A 4JI6T 4BJMA 1G01A 3RGTA 3B0YA 1OFQA 4ICCX 4MLRA 2XGZA 1VFFA 4JIPA 3B9DA 3VGHA 3WUEA 3SEPA 3W1LA 1VRBA 4A35A 3LRMA 1LLZA 3AZSA 1J0JA 4FLRA 3AALA 3PBMA 4GI4A 3UFEA 4Y8FA 5BMVE 3EMQA 4FAMA 1VYSX 3L4ZA 5HCJA 3V0SA 1TE6A 2ZZ2A 3STFA 3II1A 2CW6A 1OYBA 3GNDA 3HGJA 1RXOB 4HTEA 5GQBA 2BWGA 1ONEA 5CGTA 4M6PA 1Q2SA 7PTDA 4HFBA 2NQZA 2EHOA 2H88A 4K1GA 2YDQA 4JI2T 5GNZA 5D4YA 2CXFA 3N2KE 3UA3A 3HOJA 3KV4A 3BMVA 4PMOA 3KBVA 4ZTXA 4PNIA 3OGRA 2F61A 2GDQA 2XZ7A 3LCWA 1QBBA 3ITTA 4EIWA 1MEWA 2IQDA 1A0EA 3CTTA 3N9NA 3H6OA 3W7DA 3EX1A 3IUIA 4NZ5A 1KEYA 5DO8A 4LC6A 1VQTA 4IIGA 4DM2A 3K46A 3WQCA 2J75A 4DJEC 5FCZA 4MKNA 5GJNA 4JTHA 2QUVA 4A05A 4ADTA 2JRKA 4X62T 4O17A 4Q8VA 2KXPB 1J10A 1OFEA 3CUGA 2VDGA 1OT2A 2XVPA 4U7IA 2PF8A 4KFNA 2VJXA 1JDAA 3G2GA 1H09A 2CITA 5F5WA 3MP3A 3EA3A 4ALDA 3PVFA 4XUGA 2X9WA 4B92A 4JTDA 1UP3A 4E3VA 1N32T 2F38A 4AD3A 1ZU8A 3TR2A 4B5WA 3C0JA 1KM6A 3FJNA 2R1NA 1DXEA 1P6BA 5CG0A 1NM9A 4LCSA 3Q5DA 3RPMA 3GN5B 4D6IA 2DZPA 2P8BA 4ZEYA 1PUDA 1OWAA 2A3CA 1WYCA 3FXGA 4J4KA 4ISTA 3GVVA 4ZO6A 4HNNA 3P7IA 4H9SE 1LBLA 3PWGA 1W8GA 3VKCA 4G6CA 3T07A 4PGLA 2IXVA 2NQLA 3GU9A 2D0HA 4AQFC 1YKWA 2XSAA 4U4MA 1IQ8A 1EA9C 4HYRA 2CM0A 4WY0F 2A85A 2VGGA 2X0SA 4O28A 3A7MA 2HE5A 3TE9A 1SJCA 1Q13A 1A3WA 2Q9QC 1CXLA 3MV01 3KVLA 2CPUA 3GNRA 4KCVA 2WJEA 5A95A 2TSYA 2J7FA 5JR9B 4P5UA 3W1AA 5BRPA 1X39A 1S2CA 3MI3A 2VUNA 3P14A 3BANA 3WLKX 1W1B1 4P2VA 5D9OA 3G1DA 1LVKA 5AYZA 3IK4A 4JN7A 2C5JA 5MKGA 4F2TA 3WMCA 4KCTA 4G2AA 3UJ2A 1RAKA 3L0NA 4EF8A 3ZR4A 1H60A 2X1TA 2OKTA 2X8RA 3RRCA 3VMNA 4C6CA 1EF2A 3NM1A 3WUGA 2OG9A 1FWWA 3CXOA 1A4LA 3VOCA 4HT3A 5G4HC 4CNOA 3TYCA 2O9RA 3VX1A 4WDUA 3GKAA 2YYTA 1E5JA 5A6BA 2JFEX 1HJWA 5AQHB 1ZJAA 3D47A 2NX3A 3W22A 2YZRA 3NL3A 2CLYC 1XX1A 3VX0A 3C4ZA 5LA1A 1KTCA 3SRKA 4DPPA 4JL2A 3WQOA 4DUWA 4Z2GA 2DIKA 4WY0A 5AFDA 2WVUA 5HPOA 1UHVA 3TV8A 2C15A 4MNKA 1I45A 1UR2A 1PSCA 1E15A 1U1UA 1PHWA 1PPIA 3ZCIA 5D9NA 2QMJA 4NAEA 1W5NA 5TBOA 3BJFA 3DERA 2QF7A 3JAEA 4G2DA 4IX2A 3NPUA 1U5VA 3IIPA 3WBWA 3GIYA 2WWVA 1FFRA 5F1VA 2J8TA 1JDDA 1J5TA 3QMRA 1CZ1A 4PUDA 4O54A 5XIAA 1OCQA 4YNGA 4I7UA 5LIKX 3GD6A 3TTOA 4JN8A 2P9BA 1RA5A 3IIZA 1DJYA 5A8NA 2X7WA 2J78A 4KRTA 4IG2A 3QGAC 4O53A 1E1CA 3LPPA 1H0IA 3O2LA 5CZSA 3ZYZA 3KTSA 3LSCA 1O5RA 3CIXA 2DH2A 3AHTA 4JTQA 4XD4A 1QASA 4AQLA 3EDVA 5DBTA 3TU9A 3HA1A 1M53A 2BASA 3QSRA 1O12A 1F2JA 1XIDA 4MYXA 4XAFA 1XWMA 2OSXA 3LSBA 3OO2A 3UJFA 2BOFX 2F4VT 3WDHA 4I5UA 1XBVA 4R9XA 2Y7GA 2C1GA 2PS2A 2B7OA 2CZFA 2QVAA 3CAVA 2ZM2A 4PSPA 5EMUA 3O1JA 4LV9A 1Z8UA 3O0FA 4CNSA 3DENA 1B0IA 4AWEA 4JFUA 5LMUT 2KSRA 1H50A 2I14A 2CLMA 2FMOA 4W85A 3U8GA 3AAIA 2PI6A 4JFTA 2CLLA 4GXMA 1AD1A 3S8HA 3Q5WA 4QEEA 5HK4A 3C61A 5AHFA 2GYIA 4PMNA 1W9PA 3MKKA 5LGUB 5M2FX 1EP1A 3DGRA 5FESA 4AD1A 1HKWA 1PCWA 4M56A 4LEQA 2DSKA 2QCDB 3FVDA 1KD0A 3MSGA 4DR1T 4G8TA 1KCXA 5DQVA 2ZVRA 1CIUA 1V6VA 5CKSA 5DMLA 4W7VA 3TA6A 1JCMP 3BJSA 3SJ3A 4EZHA 5GNYA 1HFBA 3EKGA 2TPSA 4CN4A 2OTDA 2QJGA 1BHGA 1Q7ZA 5HWMA 1MDLA 5HATA 4AIEA 3TLQA 2OYLA 3UG5A 4JQ3A 1H62A 2WWCA 2VR4A 5HR7A 2PWHA 1JUBA 1KBBA 1KBLA 3M0VA 1XIIA 4KGLA 4PN2A 3UNTA 2YFNA 2P50A 1MW2A 1YE4A 2PEVA 1QO2A 5HEJA 1XD0A 3ZVHB 3GW0A 4XIMA 2QGHA 4DUVA 2NQHA 2CLOA 3C2YA 1RK5A 1NDYA 4X64T 1A53A 1BRLB 1P6WA 1XYMA 4A2SA 1KM1A 3CKDA 4HYVA 5LNVA 1MFVA 3ZEFB 4D6FA 5A8GA 3K4WA 5FJTA 1GTHA 3QN3A 4A22A 3UZYA 4HU0A 5AYXA 5K4XA 3W70A 4V15A 1S38A 3R10A 4Q7NA 3UEQA 2E9XC 2PWFA 3QHNA 2X51A 2WWDA 3VZYA 3GDTA 4TMCA 1JULA 4GYFA 2ZUUA 4DJED 2N9DA 4QNEA 3H54A 1Q6DA 4O4VA 2R6OA 3KZSA 4PUKA 1K9EA 2EPOA 3E2QA 4MDOA 3AZTA 2N1GA 1XMOT 4GIYA 2K9AA 4TV5A 5A8PA 3URNA 1R3TA 3SCWA 1X6NA 5LSMA 1EJSC 1AL7A 3L09A 4PTWA 2W5FA 3LPOA 4NZCA 5LGZA 4YHHT 2C1HA 4FI4A 4IUOA 3G1YA 2FH8A 4LMJA 5F1UA 4DZ5A 4DO5A 1L2UA 2BG9A 1F3EA 2Q3RA 3LK42 3RRWA 1GQNA 4QS6A 4QJ5B 4HFIA 4S3CA 3DFYA 3E02A 4JEHB 2BG9B 2X1RA 3PTKA 5D32A 4FZIA 3VNLA 2L9QA 3CAQA 2BY0A 3EDFA 3NTYA 1OYCA 4PMDA 4TOQA 4LT9A 3R0UA 3JZEA 1XSJA 1FRBA 2Q9QD 2FZ9A 1R47A 4EWND 4E6MA 2V1DB 4GI6A 4A3YA 1O7AA 4BA0A 3QV8A 3T0AA 2DHRA 3VOJA 3W4RA 4J2CA 3EI0A 4TV8E 4HU8A 3BLLA 2QRXA 3AYTA 3PPCA 1TX2A 2ANUA 3U48A 1PWLA 4YPJA 2PGRA 3I7RA 3IGHX 4MNJA 1XLCA 2O56A 1DU2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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