The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
140
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structure length |
140
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Chain Sequence |
MAHHHHHHAMVIDHILKCVFDKICKIGTESVEAGRLIELSQEGGGGGGPLYFVVNVIEPCKKFSELTGLVFYLPTDSGEKMTESKSVLKSLTEKLKKIVELIPSTSSAVPLIGKYMLFTKEFVESSIKITEEVINTHHRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure and dynamics of a designed water-soluble transmembrane domain of nicotinic acetylcholine receptor.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Acetylcholine receptor
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Torpedo marmorata
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| total genus |
32
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| structure length |
140
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| sequence length |
140
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UU6 A; 3RQW A; 3RI5 A; 3TLT A; 2XQ5 A; 2M6B A; 2XQ4 A; 4ILB A; 3JAF A; 2XQA A; 3TLS A; 3UUB A; 5HEJ A; 4QH1 A; 4ZZB A; 3EI0 A; 3RIF A; 4NPP A; 3RIA A; 4ZZC A; 5HCJ A; 2XQ8 A; 5HEU A; 4Z90 A; 5L4E A; 3TLW A; 1OED B; 5J0Z A; 5L47 A; 4HFC A; 1OED A; 4COF A; 2BG9 B; 3EHZ A; 2BG9 A; 4TNV A; 2KSR A; 2M6I A; 5HEO A; 4LMJ A; 3P50 A; 3UQ7 A; 4HFI A; 2XQ7 A; 1OED C; 3JAE A; 3RHW A; 4A97 A; 5LG3 A; 2XQ6 A; 4HFB A; 4A98 A; 2XQ9 A; 2BG9 C; 3TLV A; 4QH4 A; 2YOE A; 4HFE A; 3RQU A; 5HEH A; 2LLY A; 3P4W A; 2LKH A; 4HFH A; 4TNW A; 3UU5 A; 2XQ3 A; 4IL9 A; 3TLU A; 3EAM A; 4X5T A; 3UQ4 A; 4ILA A; 2LKG A; 2YN6 A; 2YKS A; 3UU4 A; 2VL0 A; 4TWH A; 1OED E; 4HFD A; 4IL4 A; 3ZKR A; 4TWD A; 3LSV A; 4LMK A; 2MAW A; 4QH5 A; 2LM2 A; 2BG9 E; 4ILC A; 5HCM A; 4F8H A; 5CFB A; 5IUX A; 4Z91 A; 4TWF A; 3JAD A; 5HEG A; 4IRE A; 4LML A; 5L4H A; 3UU3 A; 3UU8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CE7 A; 4ZHQ E; 4ZI2 D; 1NEK A; 2W00 A; 3ZN0 B; 4O8S A; 2W2U A; 4DMW A; 3B57 A; 1YW0 A; 1WR6 A; 3C50 A; 3GA8 A; 2QYW A; 2X66 A; 3O1J A; 5FXZ A; 2NWB A; 3NRX A; 3BQK A; 2FJB A; 4UVB B; 5CGM A; 5L47 A; 1FEW A; 3EDV A; 4DUZ T; 3H3M A; 2ZLY A; 3N9P A; 5AQU B; 2EHO A; 2QA7 A; 4H9N C; 3RH3 A; 1KNP A; 3AE1 A; 5JQG E; 1S94 A; 2XAF B; 4JV5 T; 1KNR A; 5KMG P; 4EB6 E; 5F3J A; 1CHU A; 2C5I T; 1G8X A; 3GN5 B; 3CX8 B; 3K3N A; 2W63 A; 2XAG B; 4TX5 A; 3VRB A; 3L39 A; 4U2Z A; 3UU5 A; 2NW7 A; 4ILA A; 2ZM2 A; 2J4G A; 3PUG A; 4AI6 A; 2VL0 A; 1N36 T; 3AA6 B; 4LMK A; 2XY8 B; 5F8P A; 5JVD E; 4ILC A; 4PNI A; 5JRC B; 4PJN A; 1SE7 A; 4DUY T; 5JRC A; 1WR0 A; 2BKO A; 4IRE A; 2BBH A; 2FJD A; 3ZT5 A; 3HKE E; 2H7O A; 4G63 A; 2M6B A; 2Y6X A; 4JLE A; 2L3L A; 1IBM T; 3KDS E; 4X64 T; 2KXP B; 2WP9 A; 3ANW A; 2WM9 A; 4ZZC A; 4AKR B; 4CN6 A; 2XQ8 A; 5L2L A; 4LF9 T; 3ZC1 A; 1D1A A; 3RYC E; 3CWZ B; 4DBQ A; 3ONX A; 2YDS A; 2LOS A; 4JI7 T; 1LRZ A; 2WDR A; 3IA3 A; 2JPF A; 4ZS2 A; 4IDQ A; 3NKZ A; 2MTQ A; 3RGL A; 2CMR A; 3PU3 A; 3GWH A; 3KIN B; 3UQ7 A; 5FP3 A; 3U3I A; 5FKY A; 4YXD A; 3KVA A; 3PTR B; 2UUB T; 4UR9 A; 2X51 A; 4OYK A; 4YJ2 E; 4U72 A; 1BR2 A; 2DWG A; 3VRA A; 3DP7 A; 2J1D G; 5F5W A; 2CXD A; 2UUA T; 4JYA T; 3M65 A; 4XAX B; 3ZEF B; 3ZLI A; 4O4J E; 4LFB T; 1FMV A; 2YEV C; 3UUN A; 4AIS A; 2WWV A; 5IHY A; 4EYU A; 2X9W A; 3V5S A; 1US7 B; 4UVA B; 3HR0 A; 4CZZ B; 1LVK A; 3PUW F; 3K8P C; 1M7K A; 2CEA A; 1J5E T; 3C64 A; 3LBX A; 3PUY F; 4A5X A; 1UUR A; 2UXX B; 2JRK A; 4AKL A; 2XQA A; 3RIU C; 3EI0 A; 2K5B B; 2LT3 A; 3L09 A; 3ONL C; 5GON E; 1N34 T; 4O2B E; 2IW5 B; 3FZM B; 5AQJ B; 3ZJ2 A; 4EV6 A; 5LP6 E; 2I6H A; 2V7J A; 3I9Y A; 3KV9 A; 4KBM B; 3T1H T; 3AE4 A; 5E0O A; 5C8Y E; 3LK4 2; 1LVF A; 4JI3 T; 2WU2 A; 1QLB A; 3AB3 B; 2ACX A; 2I59 A; 1XNR T; 2WMO A; 4C91 A; 3MJX A; 2HPL A; 3ZYL A; 2DLR A; 2XM1 A; 2LKG A; 2YKS A; 3AE5 A; 1OXZ A; 3VU7 H; 4ZS3 A; 1XWM A; 2MBG A; 3Q5X A; 3N5L A; 4HTE A; 2AE9 A; 4YTM A; 3O4X E; 1YQ4 A; 4ZI3 D; 4N78 D; 2NTY A; 4H63 H; 2PBI A; 1J5W A; 4J2C A; 2A3D A; 2VKJ A; 1HNZ T; 3AE2 A; 1XZY A; 1MNE A; 2F4V T; 2WDQ A; 4IDP A; 2I0M A; 4HWI B; 1IZN B; 1T7S A; 5AQQ B; 4PJJ A; 3Q5D A; 3VR9 A; 2IDO B; 5LYJ E; 4JEH B; 2XZE A; 2VWA A; 2FJA A; 4AKI A; 4P0B A; 4V1A v; 3TLS A; 4AKG A; 1KNZ A; 4HWC A; 2WZH A; 4ZOL E; 2CWO A; 1IJ5 A; 1D0Y A; 2D0T A; 2CPT A; 5J2U E; 3A5X A; 3NWI A; 5TAO A; 1MIW A; 4MHC A; 2YK0 A; 4IDO A; 3EHZ A; 3AEC A; 3WAK A; 2BZB A; 1H7C A; 2J47 A; 5FNV E; 2XAJ B; 1ZV4 X; 1DU2 A; 4BJM A; 4U3C A; 2VQE T; 4XZC A; 4IE6 A; 4AQF A; 3I0Q A; 1N33 T; 3A8Y C; 5JDN A; 2V6Y A; 1U4Q A; 2LRK A; 2WZI A; 3LG7 A; 1I94 T; 3NVO A; 4CN4 A; 5LA6 E; 2XSB A; 3QB5 A; 3I1A A; 4HN9 A; 3KV4 A; 4HWF A; 5DJQ C; 3AXJ B; 2DWK A; 3AXJ A; 2MPK A; 2JJ9 A; 1UGO A; 5AQT B; 1T98 A; 5HXE A; 1U5P A; 2Q9Q A; 3ZKR A; 3AEG A; 2K9A A; 2KMF A; 3JCF A; 2DNX A; 1HTJ F; 2R6G F; 1FMW A; 4Z91 A; 3RF1 A; 2NOX A; 5AQN B; 3K3O A; 2OLT A; 2E5V A; 3I0O A; 4WW0 A; 5AQI B; 4JEU B; 3BQI A; 1HR0 T; 4QXB B; 2BS4 A; 1EZ3 A; 4ADZ A; 4TUY E; 2VAS A; 2J62 A; 3UUB A; 3LK2 B; 4PJL A; 2LE8 A; 3J9X 1; 1HF8 A; 4ZZB A; 3RIA A; 1WFD A; 4EZ4 A; 4WBN E; 4GKK T; 3ZJ1 A; 4LF4 T; 2BKN A; 4I43 B; 3AA0 B; 5FXX A; 1OED B; 4B3T T; 4CI1 B; 5FL1 A; 1OED A; 3HI2 A; 3PJA J; 1D0X A; 3FZK B; 4H9R C; 1JNR A; 2WB5 A; 1Z8U A; 4EOZ B; 1MMA A; 3C4W A; 2CXF A; 2H88 A; 3NZP A; 4EZH A; 3RC8 A; 1GQE A; 4L0R A; 3CQC B; 5L3B B; 2X0H A; 3FBL A; 4FI5 A; 3HL6 A; 5LG3 A; 2CLY B; 3KBT A; 4HKA A; 3FXE B; 4FJO A; 4LFC T; 3E22 E; 2GK9 A; 2V5D A; 3QNU A; 4DV6 T; 2E9X C; 3CQX C; 4ZI7 E; 2EHO D; 4ZI2 C; 4KHP T; 3P7I A; 3PU8 A; 2BG9 E; 4X1Y E; 2KT9 A; 4YT0 A; 5HXH A; 2KWI B; 2V1D B; 1HS7 A; 2JQH A; 4C90 A; 3Q9D A; 2W67 A; 2LSK A; 5J1G A; 2XQ5 A; 3AVS A; 3JAF A; 4DID B; 4UF0 B; 2BS2 A; 2P9B A; 5AQK B; 1AJ3 A; 2X0Y A; 4DR3 T; 3RYH E; 1UK5 A; 1IBL T; 4H63 V; 5HXS A; 5HYA A; 2E9X D; 2M67 A; 2FUP A; 5JDF A; 4AQG A; 4COF A; 3P4Q A; 3FZL B; 4PK4 A; 2C0S A; 1XMO T; 2UXD T; 4PFP A; 1XNQ T; 5HEO A; 5LOV E; 4HFI A; 2HHH T; 4B3M T; 3ETV A; 2BG9 C; 3EUH A; 1MIY A; 3UUM A; 3QC9 A; 3P4R A; 4NIQ A; 2XSA A; 3TLU A; 3AE8 A; 1X9B A; 4NUU A; 4TWH A; 2W0G A; 1QUU A; 3MA9 A; 2KND A; 4IL4 A; 4KI0 F; 4CI2 B; 2CRB A; 2VB6 A; 3ESL A; 3GN5 A; 2LM2 A; 5HAX A; 2AXD S; 4H9O C; 3AE6 A; 3R84 B; 1FJG T; 2ODU A; 2JQK A; 1ZOY A; 5LMU T; 3UFE A; 3GMI A; 4DR5 T; 1ZHC A; 2XHE B; 2LEH A; 4EGW A; 2X67 A; 3BQL A; 2ODV A; 3AE7 A; 4WNK A; 2WS3 A; 1MIV A; 2XUE A; 4NPP A; 4DO0 A; 5HCJ A; 4Z90 A; 3EVY A; 4JI2 T; 3WI3 A; 1YKH B; 2XQY A; 2V26 A; 4U33 A; 5DQW A; 2BVL A; 3MZK B; 3PDY A; 4IDN A; 2LHR A; 2RA1 A; 4LF7 T; 4O2A E; 2KSR A; 4OHF A; 2XQ7 A; 1E7P A; 2XQ6 A; 2OV9 A; 2XAH B; 5L3E B; 4CN1 A; 5JTG A; 4Q25 A; 5LCY A; 4GIW A; 3RQU A; 2Y8D A; 4MBQ A; 2ACZ A; 3S4U A; 2LKH A; 2V7I A; 4X62 T; 3ABV A; 2E2A A; 3MXZ A; 4O4L E; 3ONJ A; 2K3W A; 3LSV A; 1D1C A; 4I4T E; 1I6Z A; 4X66 T; 3M3Z B; 2VK9 A; 3UU3 A; 2VKD A; 2ZM8 A; 3UU6 A; 3FZH B; 5ADX L; 4LF6 T; 1NWM X; 5L3D B; 3H3A A; 4JI5 T; 4WBO A; 4AKH A; 2CHN A; 2W61 A; 4PAG A; 3MK7 C; 5AQS B; 3VKH A; 4IT4 A; 2PTF A; 3E08 A; 4QXH B; 4DBR A; 1HX1 B; 4G2A A; 3RLF F; 2A72 A; 5JR9 C; 5EZY E; 3RHW A; 3HKB E; 4UV9 B; 4KX6 A; 4HFB A; 2UUC T; 4QKN A; 2H89 A; 4ZI3 C; 4PK6 A; 3RKO A; 3N2K E; 3ZMV B; 4EYY R; 3JC6 C; 1Z0P A; 3P8C D; 3Q5W A; 2CCQ A; 3OTO T; 5H6Q B; 5EK3 A; 3EAM A; 2NP9 A; 3H37 A; 2MYS A; 5LJM A; 3QB5 K; 4IE5 A; 3U78 A; 2WCA A; 5EK4 A; 2XAS B; 1W0A A; 3PJA A; 2OA5 A; 4U7Y A; 4TWF A; 4WZX A; 2DI4 A; 3AAI A; 1NEN A; 4PFO A; 2BDE A; 3TLT A; 4E7S A; 3KFW X; 2WWU A; 1LKX A; 3FZF B; 3JC6 D; 2CHO A; 3N2O A; 3F31 A; 1KEY A; 1FIO A; 2Q9Q D; 5KDM C; 1WLX A; 4OK0 A; 4P0A A; 3AE9 A; 4UV8 B; 3ZMS B; 4YTP A; 2ES0 A; 2D9D A; 2NTX A; 4LFA T; 2D0U A; 3J7Y q; 4JBW F; 5AQR B; 3P4S A; 4DV0 T; 4LF8 T; 2M6I A; 5FVK A; 1IBK T; 3NZQ A; 5H6R B; 2YIN A; 3N9L A; 5CB4 E; 4DR2 T; 4QH4 A; 4DV5 T; 4DR4 T; 5J2T E; 4IDZ A; 5LHG B; 3AEF A; 2V8S V; 3ZPO A; 5KX5 E; 4EED A; 5FXV A; 4H9P C; 3PUS A; 5LHH B; 2H3R A; 3CKD A; 4MFR A; 3ZMU B; 2XPK A; 4YSY A; 1VCS A; 3RIU A; 5AQF B; 5JR9 B; 3QOF A; 5HXC A; 2UU9 T; 2LJL A; 2PFV A; 3LK3 B; 2XQ4 A; 4I0U A; 4YHH T; 3Q2M A; 3CX6 B; 2XJ7 A; 3O9X A; 4WYV A; 2BBJ A; 5L4E A; 3HKC E; 3CK6 A; 5J0Z A; 4JI8 T; 1KFY A; 2A9U A; 5JDG A; 4DVD A; 1HG2 A; 2FBW A; 4BAY B; 5JDL A; 3AEA A; 2N2N A; 2FJE A; 3MAC A; 5IYZ E; 4GYR A; 2V5C A; 3LJC A; 1HNX T; 3P50 A; 1ZEE A; 5DQV A; 4BJN A; 3ZMZ B; 5ABE A; 4F6R C; 3OVU A; 4B3S T; 2EHO C; 5LGN B; 4B6X A; 4QWN B; 5AQM B; 2D5U A; 1W0B A; 3SS1 A; 2C5J A; 4QHO A; 2VVS A; 4IL9 A; 3UQ4 A; 2WY2 A; 4TV8 E; 4ANJ A; 2SPC A; 3RYI E; 3B13 A; 4DR1 T; 2V6X A; 5LGU B; 4I50 E; 1M62 A; 5LXT E; 4IST A; 5CFB A; 1KK7 A; 5AQL B; 1BR4 A; 4AIU A; 2D2S A; 4YTN A; 3JAD A; 5LBM A; 3KBU A; 2E5L T; 4JI4 T; 3SRZ A; 5ETW A; 3RKG A; 2K48 A; 2BS3 A; 4GYS A; 1YXR A; 3F2E A; 4UXN B; 4P1N A; 3ZYM A; 2UXN B; 1SUM B; 2WMN A; 2VL8 A; 4DV2 T; 4TN7 B; 4GK5 E; 3VR8 A; 5FXW A; 2X9X A; 4K0U A; 3ZMT B; 4HFC A; 4ZXL A; 4DR7 T; 4UF0 A; 4E7Z A; 4DV4 T; 4JI1 T; 2QVA A; 4ILU A; 4HWH A; 1QSD A; 2WSS V; 2B1E A; 1WRD A; 1V9D A; 3IBP A; 2VKO A; 4DV3 T; 2JQ9 A; 5ABF B; 3RPU A; 3CML A; 4X1K E; 2BVM A; 1D1B A; 3ZCJ A; 4YLH A; 2L8K A; 2YOE A; 4QXC B; 3AAE B; 5CA0 E; 1VCT A; 3L3P A; 4GK0 E; 3OPC A; 3QK6 A; 3UFG A; 3CIR A; 1HX8 A; 4HFD A; 4NXM T; 3I9W A; 3AA1 B; 3PUR A; 4YHJ A; 2WU5 A; 4ERR A; 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3JAE A; 5LNK A; 4OX9 T; 3UUL A; 2XQ9 A; 3EAB A; 1S35 A; 2LLY A; 1NAF A; 2WQY A; 3P4W A; 1HCI A; 5FY0 A; 5LHI B; 5L3F B; 4AQF C; 5IWA T; 1WYB A; 3LBX B; 4LF5 T; 5A1L A; 1OED E; 2X9H A; 3Q5E A; 4ISS A; 2LSJ A; 5BR8 T; 3CX7 B; 3CPZ A; 3W15 B; 2C5K T; 5FY1 A; 5LG4 A; 5AFU L; 4KMC A; 5FL0 A; 2N1G A; 2Q9Q C; 2HPJ A; 5HXR A; 3T1Y T; 2PG8 A; 2DCF A; 5C3J A; 3T8O A; 3RI5 A; 1Y01 A; 4DND A; 3PE0 A; 3V5U A; 3AVR A; 5HWX A; 3OYZ A; 2VKH A; 3G06 A; 2KZ7 B; 1IJ6 A; 4QX7 B; 4DMV A; 4YSX A; 1UCU A; 4MLK A; 2B76 A; 4UIG A; 4JI0 T; 1XDP A; 2LSI A; 5JDQ A; 1VRB A; 5CJ5 A; 2G0U A; 2WBL A; 1J1J A; 3N9N A; 2XM2 A; 4LMJ A; 3KVB A; 4EEB A; 1OED C; 2WAU A; 5AQV B; 4A56 A; 3UUX B; 1SA0 E; 4IIJ E; 5AQH B; 4Z8X A; 3TLV A; 3BK9 A; 5ABH A; 3KV5 A; 3AEE A; 1MMG A; 4HFV A; 4EAH A; 3N9Q A; 5L3G B; 2XQ3 A; 3SOL A; 3SFD A; 1XMQ T; 3WAJ A; 3NBX X; 5DAB A; 2YN6 A; 3IEE A; 2CLY C; 4IE0 A; 5FMN A; 4U2Y A; 3DJB A; 2MAW A; 4QH5 A; 2IUB A; 1G73 A; 1Y64 B; 4QX8 B; 3N9M A; 2CBJ A; 1ZKE A; 3PUQ A; 5HWY A; 1IAP A; 1WYC A; 2VVN A; 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